Genotyping by sequencing
आनुवंशिक अनुक्रमण के क्षेत्र में, अनुक्रमण द्वारा जीनोटाइपिंग, जिसे जीबीएस भी कहा जाता है, जीनोम-वाइड एसोसिएशन स्टडीज (जीडब्ल्यूएएस) जैसे जीनोटाइपिंग अध्ययन करने के लिए एकल न्यूक्लियोटाइड बहुरूपता (एसएनपी) की खोज करने की एक विधि है। जीबीएस जीनोम जटिलता और कई डीएनए नमूनों के जीनोटाइप को कम करने के लिए प्रतिबंध एंजाइमों का उपयोग करता है। पाचन के बाद, पी. सी. आर. को टुकड़ों के पूल को बढ़ाने के लिए किया जाता है और फिर जी. बी. एस. पुस्तकालयों को अगली पीढ़ी की अनुक्रमण तकनीकों का उपयोग करके अनुक्रमित किया जाता है, जिसके परिणामस्वरूप आमतौर पर लगभग 100 बी. पी. सिंगल-एंड रीड होते हैं। यह अपेक्षाकृत सस्ता है और इसका उपयोग पौधों के प्रजनन में किया जाता है। हालाँकि जी. बी. एस. प्रतिबंध-स्थल-संबंधित डी. एन. ए. अनुक्रमण (आर. ए. डी.-एस. ई. क्यू.) विधि के समान एक दृष्टिकोण प्रस्तुत करता है, वे कुछ महत्वपूर्ण तरीकों से भिन्न होते हैं। विधि जी. बी. एस. एस. एन. पी. की खोज और मानचित्रण के लिए एक मजबूत, सरल और सस्ती प्रक्रिया है। कुल मिलाकर, यह दृष्टिकोण उच्च-विविधता में प्रतिबंध एंजाइमों (आरई) के साथ जीनोम जटिलता को कम करता है, कुशल उच्च-थ्रूपुट, अत्यधिक बहुआयामी अनुक्रमण के लिए बड़ी जीनोम प्रजातियां। उपयुक्त आर. ई. का उपयोग करके, जीनोम के दोहराव वाले क्षेत्रों से बचा जा सकता है और निम्न प्रतिलिपि वाले क्षेत्रों को लक्षित किया जा सकता है, जो आनुवंशिक रूप से अत्यधिक विविध प्रजातियों में संरेखण समस्याओं को कम करता है। विधि का वर्णन सबसे पहले एलशायर एट अल द्वारा किया गया था। (2011)। संक्षेप में, उच्च आणविक भार वाले डी. एन. ए. को जीनोम के प्रमुख दोहराए जाने वाले अंश में बार-बार कटौती करके पहले परिभाषित एक विशिष्ट आर. ई. का उपयोग करके निकाला और पचाया जाता है। अपेकी सबसे अधिक उपयोग किया जाने वाला आरई है। बारकोड एडाप्टर को फिर चिपचिपे सिरों से जोड़ा जाता है और पी. सी. आर. प्रवर्धन किया जाता है। अगली पीढ़ी की अनुक्रमण तकनीक का प्रदर्शन किया जाता है जिसके परिणामस्वरूप लगभग 100 बी. पी. सिंगल-एंड रीड होते हैं। कच्चे अनुक्रम डेटा को फ़िल्टर किया जाता है और आमतौर पर बरोज-व्हीलर संरेखण उपकरण (बी. डब्ल्यू. ए.) या बॉटी 2 का उपयोग करके एक संदर्भ जीनोम के साथ संरेखित किया जाता है। अगला कदम संरेखित टैगों से एसएनपी की पहचान करना और विभिन्न कवरेज, गहराई और जीनोटाइपिक आंकड़ों के लिए सभी खोजे गए एसएनपी को स्कोर करना है। एक बार जब बड़े पैमाने पर, प्रजाति-व्यापी एस. एन. पी. उत्पादन चलाया जाता है, तो नए अनुक्रमित नमूनों में ज्ञात एस. एन. पी. को जल्दी से कॉल करना संभव है। जब शुरू में विकसित किया गया, तो जी. बी. एस. दृष्टिकोण का परीक्षण किया गया और उच्च-रिज़ॉल्यूशन मक्का मानचित्रण आबादी (आई. बी. एम.) और ओरेगन वोल्फ जौ (ओ. डब्ल्यू. बी.) मानचित्रण आबादी से डबल हैप्लोइड (डी. एच.) जौ लाइनों से पुनः संयोजक इनब्रेड लाइनों (आर. आई. एल.) में मान्य किया गया। जी. बी. एस. पुस्तकालय निर्माण के दौरान 96 आर. ई. (ए. पी. ई. के. आई.)-पचने वाले डी. एन. ए. नमूनों को एक साथ इकट्ठा किया गया और संसाधित किया गया, जिसे जीनोम विश्लेषक II (इल्यूमिना, आई. एन. सी.) पर जांचा गया। कुल मिलाकर, मक्के में 25,185 द्विवार्षिक टैगों का मानचित्रण किया गया, जबकि जौ में 24,186 अनुक्रम टैगों का मानचित्रण किया गया। एक एकल डी. एच. लाइन (ओ. डब्ल्यू. बी. 3003) का उपयोग करके जौ जी. बी. एस. मार्कर सत्यापन ने संदर्भ मार्करों और मानचित्रित जी. बी. एस. रीड्स के बीच 99 प्रतिशत सहमति दिखाई। हालाँकि जौ में एक पूर्ण जीनोम अनुक्रम का अभाव है, लेकिन जी. बी. एस. को अनुक्रम टैग मानचित्रण के लिए एक संदर्भ जीनोम की आवश्यकता नहीं है, संदर्भ नमूना जीनोटाइपिंग की प्रक्रिया के दौरान विकसित किया जाता है। संदर्भ जीनोम की अनुपस्थिति में वैकल्पिक आनुवंशिक विश्लेषण के लिए टैग को प्रमुख मार्कर के रूप में भी माना जा सकता है। मल्टीप्लेक्स जी. बी. एस. स्किमिंग के अलावा, लापता एस. एन. पी. के आरोप में जी. बी. एस. लागत को और कम करने की क्षमता है। जी. बी. एस. एक बहुमुखी और लागत प्रभावी प्रक्रिया है जो किसी भी प्रजाति के जीनोम संरचना के पूर्व ज्ञान के बिना जीनोम खनन की अनुमति देगी। प्रतिबंध स्थल से जुड़े डीएनए मार्कर भी देखें संदर्भ आनुवंशिकी जैव प्रौद्योगिकी डीएनए अनुक्रमण