Protein fold class
आणविक जीवविज्ञान में, प्रोटीन तह वर्ग प्रोटीन तृतीयक संरचना स्थलविज्ञान की व्यापक श्रेणियां हैं। वे प्रोटीन के समूहों का वर्णन करते हैं जो समान अमीनो एसिड और माध्यमिक संरचना अनुपात साझा करते हैं। प्रत्येक वर्ग में कई, स्वतंत्र प्रोटीन सुपरफेमिली होते हैं (अर्थात। आवश्यक रूप से एक दूसरे से विकासवादी रूप से संबंधित नहीं हैं)। आम तौर पर मान्यता प्राप्त वर्ग प्रोटीन के चार बड़े वर्ग जिन पर आम तौर पर दो मुख्य संरचना वर्गीकरण डेटाबेस (एससीओपी और सीएटीएच) द्वारा सहमति व्यक्त की जाती है। ऑल-α ऑल-α प्रोटीन संरचनात्मक डोमेन का एक वर्ग है जिसमें माध्यमिक संरचना पूरी तरह से α-हेलिक्स से बनी होती है, परिधि पर कुछ अलग-अलग β-शीट्स के संभावित अपवाद के साथ। सामान्य उदाहरणों में ब्रोमोडोमेन, ग्लोबिन फोल्ड और होमियोडोमेन फोल्ड शामिल हैं। ऑल-बीटा ऑल-बीटा प्रोटीन संरचनात्मक क्षेत्रों का एक वर्ग है जिसमें परिधीय पर कुछ पृथक α-हेलिक्स के संभावित अपवाद के साथ माध्यमिक संरचना पूरी तरह से β-शीट्स से बनी होती है। सामान्य उदाहरणों में एसएच3 डोमेन, बीटा-प्रोपेलर डोमेन, इम्यूनोग्लोबुलिन फोल्ड और बी3 डीएनए बाइंडिंग डोमेन शामिल हैं। α + βα + β प्रोटीन संरचनात्मक क्षेत्रों का एक वर्ग है जिसमें माध्यमिक संरचना α-हेलिसेस और β-स्ट्रैंड्स से बनी होती है जो रीढ़ की हड्डी के साथ अलग-अलग होती है। इसलिए β-स्ट्रैंड ज्यादातर एंटीपैरलल होते हैं। सामान्य उदाहरणों में फेरेडॉक्सिन फोल्ड, रिबोन्यूक्लीज़ ए और एसएच2 डोमेन शामिल हैं। α/βα/β प्रोटीन संरचनात्मक क्षेत्रों का एक वर्ग है जिसमें माध्यमिक संरचना रीढ़ की हड्डी के साथ वैकल्पिक α-हेलिसेस और β-स्ट्रैंड्स से बनी होती है। इसलिए β-स्ट्रैंड ज्यादातर समानांतर हैं। सामान्य उदाहरणों में फ्लेवोडॉक्सिन फोल्ड, टी. आई. एम. बैरल और ल्यूसीन-समृद्ध-दोहराव (एल. आर. आर.) प्रोटीन जैसे कि रिबोन्यूक्लीज़ अवरोधक शामिल हैं। अतिरिक्त वर्ग झिल्ली प्रोटीन झिल्ली प्रोटीन या तो जैविक झिल्ली के साथ अंतःक्रिया करते हैं, या सहसंयोजक रूप से जुड़े लिपिड के माध्यम से बंधे होते हैं। वे घुलनशील गोलाकार प्रोटीन, रेशेदार प्रोटीन और अव्यवस्थित प्रोटीन के साथ सामान्य प्रकार के प्रोटीन में से एक हैं। वे सभी आधुनिक औषधीय दवाओं के 50 प्रतिशत से अधिक के लक्ष्य हैं। यह अनुमान लगाया गया है कि अधिकांश जीनोम में सभी जीनों का 20-30% झिल्ली प्रोटीन को कूटबद्ध करता है। आंतरिक रूप से अव्यवस्थित प्रोटीन आंतरिक रूप से अव्यवस्थित प्रोटीन में एक निश्चित या क्रमबद्ध त्रि-आयामी संरचना का अभाव होता है। आई. डी. पी. पूरी तरह से असंरचित से लेकर आंशिक रूप से संरचित अवस्थाओं के एक स्पेक्ट्रम को कवर करते हैं और इसमें यादृच्छिक कॉइल, (पूर्व-) पिघले हुए ग्लोब्यूल और लचीले लिंकर्स द्वारा जुड़े बड़े बहु-डोमेन प्रोटीन शामिल हैं। वे मुख्य प्रकार के प्रोटीन (गोलाकार, रेशेदार और झिल्ली प्रोटीन के साथ) में से एक हैं। कुंडलित कुंडल प्रोटीन कुंडलित कुंडल प्रोटीन बाह्य कोशिकीय मैट्रिक्स में शामिल लंबे, अघुलनशील फाइबर बनाते हैं। केराटिन, कोलेजन, इलास्टिन और फाइब्रॉइन सहित कई स्क्लेरोप्रोटीन सुपर फैमिली हैं। इस तरह के प्रोटीन की भूमिकाओं में सुरक्षा और समर्थन, संयोजी ऊतक, टेंडन, हड्डी मैट्रिक्स और मांसपेशियों के फाइबर का निर्माण शामिल है। छोटे प्रोटीन छोटे प्रोटीन में आम तौर पर एक तृतीयक संरचना होती है जिसे डाइसल्फ़ाइड पुल (सिस्टीन युक्त प्रोटीन), धातु लिगेंड (धातु-बाध्यकारी प्रोटीन), और या हेम जैसे सह-कारकों द्वारा बनाए रखा जाता है। डिज़ाइन किए गए प्रोटीन कई प्रोटीन संरचनाएं तर्कसंगत डिज़ाइन का परिणाम हैं और प्रकृति में मौजूद नहीं हैं। प्रोटीन को नए सिरे से डिज़ाइन किया जा सकता है या किसी ज्ञात प्रोटीन संरचना और उसके अनुक्रम (जिसे प्रोटीन रीडिज़ाइन के रूप में जाना जाता है) पर गणना किए गए बदलाव किए जा सकते हैं। तर्कसंगत प्रोटीन डिजाइन दृष्टिकोण प्रोटीन-अनुक्रम भविष्यवाणियाँ करते हैं जो विशिष्ट संरचनाओं में मोड़ लेंगे। इन अनुमानित अनुक्रमों को फिर पेप्टाइड संश्लेषण, साइट-निर्देशित उत्परिवर्तन या कृत्रिम जीन संश्लेषण जैसी विधियों के माध्यम से प्रयोगात्मक रूप से मान्य किया जा सकता है। प्रोटीन सुपरफेमिली एस. सी. ओ. पी. डाटाबेस सी. ए. टी. एच. डाटाबेस एफ. एस. एस. पी. डाटाबेस संदर्भ प्रोटीन तह भी देखें।