IMOD (software)
आई. एम. ओ. डी. मॉडलिंग, डिस्प्ले और इमेज प्रोसेसिंग प्रोग्राम का एक ओपन-सोर्स, क्रॉस-प्लेटफ़ॉर्म सूट है जिसका उपयोग इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी डेटा पर विशेष जोर देने के साथ 3डी पुनर्निर्माण और माइक्रोस्कोपी छवियों के मॉडलिंग के लिए किया जाता है। आई. एम. ओ. डी. का उपयोग मैक्रोमोलेक्यूल संरचनाओं से लेकर ऑर्गेनेल से लेकर पूरी कोशिकाओं तक के पैमाने की एक श्रृंखला में किया गया है और इसका उपयोग ऑप्टिकल वर्गों के लिए भी किया जा सकता है। आई. एम. ओ. डी. में छवि पुनर्निर्माण, छवि विभाजन, 3डी जाल मॉडलिंग और 2डी और 3डी डेटा के विश्लेषण के लिए उपकरण शामिल हैं। आई. एम. ओ. डी. को बोल्डर प्रयोगशाला में कोशिकाओं की 3-डी इलेक्ट्रॉन सूक्ष्मदर्शी के लिए विकसित किया गया था। आई. एम. ओ. डी. पहली बार 1995 में जारी किया गया था, इसे डाउनलोड करने और किसी भी उद्देश्य के लिए उपयोग करने के लिए स्वतंत्र है। आई. एम. ओ. डी. के मुख्य कार्यक्रमों में यहां सूचीबद्ध 180 से अधिक कमांड लाइन कार्यक्रम और तीन मुख्य जी. यू. आई. कार्यक्रम शामिल हैंः 3 डी. एम. ओ. डी.-आई. एम. ओ. डी. का मुख्य जी. यू. आई. जिसका उपयोग छवियों को देखने और खंड करने के लिए किया जाता है और 3 डी. वेक्टर मॉडल। मिडास-एक प्रोग्राम जिसका उपयोग एक दूसरे के ऊपर छवियों को संरेखित करने के लिए किया जाता है, आमतौर पर स्वचालित क्रॉस-सहसंबंध के बाद ठीक समायोजन लागू करने के लिए। ईटोमो-एक कार्यक्रम जिसका उपयोग छोटे खंडों को जोड़कर और/या एकल और दोहरी अक्ष झुकाव श्रृंखला के टोमोग्राफिक पुनर्निर्माण की प्रक्रिया के माध्यम से उपयोगकर्ता का मार्गदर्शन करके 3डी खंडों का पुनर्निर्माण करने के लिए किया जाता है। इस प्रक्रिया के दौरान ईटोमो कई प्रोग्राम कॉल करता है और अक्सर उपयोगकर्ताओं को ठीक समायोजन करने की अनुमति देने के लिए 3डीमॉड और मिडास लॉन्च करता है। समर्थित फ़ाइल प्रारूप छवि प्रारूपः आई. एम. ओ. डी. द्वारा समर्थित मुख्य छवि प्रारूप एम. आर. सी. फ़ाइल प्रारूप है, जिसमें आम तौर पर. "एस. टी"., "एम. आर. सी". या ". आर. ई. सी". विस्तार होते हैं और विभिन्न प्रकार के "छवि ढेर" का प्रतिनिधित्व करते हैं जो एक साथ एक झुकाव श्रृंखला या 3डी मात्रा का प्रतिनिधित्व कर सकते हैं। आई. एम. ओ. डी. टी. आई. एफ. फाइलों को भी खोलेगा और इसमें सामान्य सूक्ष्मदर्शी प्रारूपों जैसे. "रॉ" और ". डी. एम. 4" सहित छवि प्रारूपों के बीच परिवर्तित करने के लिए कार्यक्रमों का एक समूह शामिल होगा। वेक्टर प्रारूपः आई. एम. ओ. डी. एक आई. एम. ओ. डी. द्विआधारी फ़ाइल प्रारूप में समोच्च (बहुभुज) और जाली के रूप में वेक्टर डेटा को बचाता है और खोलता है, आमतौर पर ". मॉड" या ". फिड" विस्तार के साथ। ये आई. एम. ओ. डी. मॉडल फाइलें आम तौर पर एक छवि फ़ाइल के शीर्ष पर अधिक रखी जाती हैं और इनका उपयोग रुचि के क्षेत्रों को टिप्पणी और खंड करने के लिए किया जा सकता है। मॉडल में एक या अधिक वस्तुएँ हो सकती हैं, जहाँ प्रत्येक वस्तु में बंद, खुले या बिखरे हुए बिंदु "समोच्च" हो सकते हैं जिनका उपयोग 3डी जाल बनाने के लिए किया जाता है। मुख्य विशेषताएं पुनर्निर्माणः टोमोग्राफिक पुनर्निर्माण तकनीकों का उपयोग करके एकल और संयुक्त दोहरी अक्ष झुकाव-श्रृंखला का पुनर्निर्माण। झुकाव-श्रृंखला संरेखण में सुधार के लिए विश्वसनीय कणों की स्वचालित ट्रैकिंग और पंजीकरण। समानांतर प्रक्रिया की क्षमता कई मशीनों में महंगी झुकाव-श्रृंखला पुनर्निर्माण। मॉन्टेज्ड डेटासेट का संयोजन। क्रॉस-सहसंबंध और हस्तचालित संरेखण के लिए मिडास जीयूआई का उपयोग करके छवियों को संरेखित करने और फिर विकृत करने की क्षमता। क्रमिक खंडों जैसे कई खंडों को संरेखित करने और शामिल करने की क्षमता। झुकाव श्रृंखला का स्वचालित पुनर्निर्माण और बैच प्रसंस्करण। छवि देखना और फिल्म बनानाः 3 डी. एम. ओ. डी. इंटरफेस के भीतर बड़े 3 डी छवियों को टुकड़ों में देखना। 3डीमॉड स्लाइसर विंडो का उपयोग करके मनमाने अभिविन्यास पर 3डी छवियों और मॉडलों को देखने की क्षमता। 2डी छवि स्लाइस और/या 3डी जाल मॉडल की उच्च फिल्में बनाने की क्षमता। छवि प्रसंस्करणः आई. एम. ओ. डी. सूट में कई स्वचालित विभाजन कार्यक्रम शामिल हैं। 3 डी. एम. ओ. डी. इंटरफेस सामान्य फ़िल्टरिंग और एज डिटेक्शन एल्गोरिदम प्रदान करता है। आयतन को टुकड़ों में तोड़ने की क्षमता फिर समानांतर प्रसंस्करण के बैच के लिए फिर से जुड़ने की क्षमता। एक सीमा प्रणाली का उपयोग करके स्वचालित सम-सतह। छवियों को समोच्च (वेक्टर रूप) में बदलना और इसके विपरीत। विभाजनः बंद आकृति, खुली आकृति (नलिकाओं के लिए) और बिखरे हुए पिंट्स (गोले के लिए) का उपयोग करके रुचि के क्षेत्रों का हस्तचालित अनुरेखण की अनुमति देता है। ऑर्गेनेल सीमाओं के तेजी से अनुरेखण और परिष्करण के लिए मैनुअल और अर्ध-स्वचालित ड्राइंग उपकरणों का एक सेट प्रदान करता है। विशेष अंतर्वेशन इंटरफेस के माध्यम से कई टुकड़ों में आकृति के स्मार्ट अंतर्वेशन की अनुमति देता है। स्टीरियोलॉजी के लिए एक प्लगइन शामिल है। मेशिंग तेजी से अंतिम फिल्मों और विश्लेषण के लिए जाली में आकृति उत्पन्न करता है ट्यूबों और मनमाने जाली के लिए कई अलग-अलग जाली विकल्पों की अनुमति देता है सतह को चिकना करना और तेजी से प्रतिपादन के लिए कम रीस जाली का उत्पादन बुनियादी मात्रात्मक जानकारी के लिए मॉडल फ़ाइलों का विश्लेषण विश्लेषण जैसे किः आयतन, सतहों की संख्या, आयतन, सतह क्षेत्र और गोले का व्यास, और खुले आकृति की लंबाई। छवि घनत्व और हिस्टोग्राम के उत्पादन का विश्लेषण। माइक्रोट्यूबुल विश्लेषण के लिए विशेष रूप से कार्यक्रमों की एक श्रृंखला। विभिन्न सतहों के वितरण और निकटता को निर्धारित करने के लिए स्थानिक विश्लेषण। यह भी देखें संचरण इलेक्ट्रॉन सूक्ष्मदर्शी छवि प्रसंस्करण मुफ्त और मुक्त स्रोत सॉफ्टवेयर पैकेजों की सूची सूक्ष्मदर्शी दृश्य प्रणालियों की सूची संदर्भ बाहरी लिंक आई. एम. ओ. डी. होम पेज आई. एम. ओ. डी. का उपयोग करके त्रि-आयामी छवि डेटा का कंप्यूटर दृश्य-मूल आई. एम. ओ. डी. पेपर यूनिवर्सिटी ऑफ कोलोराडो, बोल्डर जैव सूचना विज्ञान सॉफ्टवेयर विज्ञान सॉफ्टवेयर फ्रीवेयर