In silico PCR
सिलिको में पी. सी. आर. एक अनुक्रमित जीनोम या ट्रांसक्रिप्टोम से डी. एन. ए. अनुक्रमों को बढ़ाने के लिए प्राइमर (जांच) के दिए गए सेट का उपयोग करके सैद्धांतिक पोलीमरेज़ श्रृंखला प्रतिक्रिया (पी. सी. आर.) परिणामों की गणना करने के लिए उपयोग किए जाने वाले कम्प्यूटेशनल उपकरणों को संदर्भित करता है। इन उपकरणों का उपयोग लक्षित डी. एन. ए. या सी. डी. एन. ए. अनुक्रमों के लिए प्राइमर के डिजाइन को अनुकूलित करने के लिए किया जाता है। प्राइमर अनुकूलन के दो लक्ष्य हैंः दक्षता और चयनशीलता। दक्षता में जी. सी.-सामग्री, बंधन की दक्षता, पूरकता, द्वितीयक संरचना और एनीलिंग और पिघलने बिंदु (टी. एम.) जैसे कारकों को ध्यान में रखना शामिल है। प्राइमर चयनात्मकता के लिए आवश्यक है कि प्राइमर जोड़े संयोग से रुचि के लक्ष्य के अलावा अन्य यादृच्छिक स्थलों से नहीं जुड़ते हैं, और न ही प्राइमर जोड़े को जीन परिवार के संरक्षित क्षेत्रों से जुड़ना चाहिए। यदि चयनात्मकता खराब है, तो प्राइमर का एक समूह ब्याज के लक्ष्य के अलावा कई उत्पादों को बढ़ाएगा। उपयुक्त छोटे या लंबे प्राइमर जोड़े का डिज़ाइन पी. सी. आर. उत्पाद भविष्यवाणी का केवल एक लक्ष्य है। इन सिलिको पी. सी. आर. उपकरणों द्वारा प्रदान की गई अन्य जानकारी में प्राइमर स्थान, अभिविन्यास, प्रत्येक एम्प्लिकन की लंबाई, इलेक्ट्रोफोरेटिक गतिशीलता का अनुकरण, खुले पठन फ्रेम की पहचान और अन्य वेब संसाधनों के लिंक शामिल हो सकते हैं। फीचर सेट, उपयोग में आसानी, दक्षता और लागत के अलग-अलग संतुलन की पेशकश करने वाले कई सॉफ्टवेयर पैकेज उपलब्ध हैं। प्राइमर-ब्लास्ट व्यापक रूप से उपयोग किया जाता है, और राष्ट्रीय जैव प्रौद्योगिकी सूचना केंद्र (एन. सी. बी. आई.) की वेबसाइट से स्वतंत्र रूप से उपलब्ध है। दूसरी ओर, फास्टपीसीआर, एक वाणिज्यिक अनुप्रयोग, एकल प्राइमर या मल्टीप्लेक्स लक्ष्य अनुक्रमों के लिए डिज़ाइन किए गए प्राइमर के एक सेट के एक साथ परीक्षण की अनुमति देता है। यह लक्ष्य अनुक्रमों के लिए प्राइमर की पूरकता का परीक्षण करने के लिए एक तेज़, अंतराल रहित संरेखण करता है। संभावित पी. सी. आर. उत्पाद मानक या व्युत्क्रम पी. सी. आर. के साथ-साथ मल्टीप्लेक्स पी. सी. आर. का उपयोग करके रैखिक और गोलाकार टेम्पलेटों के लिए पाए जा सकते हैं। वी. पी. सी. आर. मल्टीप्लेक्स पी. सी. आर. का एक गतिशील अनुकरण चलाता है, जिससे एक प्रतिक्रिया में कई एम्प्लिकॉनों के बीच मात्रात्मक प्रतिस्पर्धा प्रभावों का अनुमान लगाया जा सकता है। यू. सी. एस. सी. जीनोम ब्राउज़र आई. एस. पी. सी. आर. प्रदान करता है, जो 100 से अधिक अनुक्रमित जीनोम पर पी. सी. आर. उत्पादों को देखने के लिए ग्राफिकल के साथ-साथ टेक्स्ट-फाइल आउटपुट प्रदान करता है। एक प्राइमर कई अनुमानित अनुक्रमों से जुड़ सकता है, लेकिन पॉलिमरेज़ विस्तार के लिए प्राइमर के 3 'छोर पर केवल बिना या कुछ बेमेल अनुक्रमों (1 या 2, स्थान और न्यूक्लियोटाइड के आधार पर) का उपयोग किया जा सकता है। प्राइमर के 3 'छोर पर अंतिम 10-12 आधार टेम्पलेट बाइंडिंग साइट पर पोलीमरेज़ एक्सटेंशन और सामान्य प्राइमर स्थिरता की शुरुआत के प्रति संवेदनशील होते हैं। प्राइमर के 3 'छोर पर इन अंतिम 10 आधारों पर एकल बेमेल का प्रभाव इसकी स्थिति और स्थानीय संरचना पर निर्भर करता है, जिससे प्राइमर बाइंडिंग, चयनात्मकता और पीसीआर दक्षता कम हो जाती है। संदर्भ बाहरी लिंक पी. सी. आर., क्यू. पी. सी. आर., सिलिको पी. सी. आर. और ऑलिगोन्यूक्लियोटाइड्स के लिए वेब टूल आणविक जीव विज्ञान प्रयोगों के सिलिको अनुकरण में न्यूक्लिक एसिड जैव सूचना विज्ञान