Swiss-model
स्विस-मॉडल एक संरचनात्मक जैव सूचना विज्ञान वेब-सर्वर है जो 3डी प्रोटीन संरचनाओं के समरूपता प्रतिरूपण के लिए समर्पित है। होमोलॉजी मॉडलिंग वर्तमान में विश्वसनीय त्रि-आयामी प्रोटीन संरचना मॉडल उत्पन्न करने के लिए सबसे सटीक विधि है और नियमित रूप से कई व्यावहारिक अनुप्रयोगों में उपयोग किया जाता है। समविज्ञान (या तुलनात्मक) मॉडलिंग विधियाँ विकासवादी संबंधित प्रोटीन ("लक्ष्य") के लिए मॉडल बनाने के लिए प्रयोगात्मक प्रोटीन संरचनाओं ("टेम्पलेट") का उपयोग करती हैं। आज, स्विस-मॉडल में तीन ठोस रूप से एकीकृत घटक हैंः (1) स्विस-मॉडल पाइपलाइन-स्वचालित प्रोटीन संरचना मॉडलिंग के लिए सॉफ्टवेयर उपकरणों और डेटाबेस का एक समूह, (2) स्विस-मॉडल वर्कस्पेस-एक वेब-आधारित ग्राफिकल उपयोगकर्ता वर्कबेंच, (3) स्विस-मॉडल रिपॉजिटरी-उच्च जैव चिकित्सा रुचि के मॉडल जीव प्रोटिओम के एक समूह के लिए समरूपता मॉडल का एक निरंतर अद्यतन डेटाबेस। पाइपलाइन स्विस-मॉडल पाइपलाइन में चार मुख्य चरण शामिल हैं जो किसी दिए गए प्रोटीन संरचना के समरूपता मॉडल के निर्माण में शामिल हैंः संरचनात्मक टेम्पलेट (ओं) की पहचान। टेम्पलेटों की पहचान करने के लिए ब्लास्ट और एचएचब्लिट का उपयोग किया जाता है। टेम्पलेटों को स्विस-मॉडल टेम्पलेट लाइब्रेरी (एस. एम. टी. एल.) में संग्रहीत किया जाता है, जो पी. डी. बी. से लिया गया है। लक्ष्य अनुक्रम और टेम्पलेट संरचना (ओं) का संरेखण। मॉडल निर्माण और ऊर्जा न्यूनीकरण। स्विस-मॉडल मॉडलिंग के लिए एक कठोर खंड संयोजन दृष्टिकोण लागू करता है। औसत बल की सांख्यिकीय क्षमता क्यू. एम. ई. ए. एन. का उपयोग करके मॉडल की गुणवत्ता का मूल्यांकन। कार्यस्थल स्विस-मॉडल कार्यस्थल वेब-आधारित कार्यस्थल में प्रोटीन संरचना मॉडलिंग के लिए आवश्यक कार्यक्रमों और डेटाबेस को एकीकृत करता है। मॉडलिंग कार्य की जटिलता के आधार पर, उपयोग के विभिन्न तरीकों को लागू किया जा सकता है, जिसमें उपयोगकर्ता के पास व्यक्तिगत मॉडलिंग चरणों पर नियंत्रण के विभिन्न स्तर होते हैंः स्वचालित मोड, संरेखण मोड और परियोजना मोड। एक पूरी तरह से स्वचालित मोड का उपयोग तब किया जाता है जब लक्ष्य और टेम्पलेट (> 50 प्रतिशत) के बीच पर्याप्त रूप से उच्च अनुक्रम पहचान किसी भी मानव हस्तक्षेप की अनुमति नहीं देती है। इस मामले में इनपुट के रूप में केवल प्रोटीन के अनुक्रम या यूनीप्रोट परिग्रहण कोड की आवश्यकता होती है। संरेखण मोड उपयोगकर्ता को अपने स्वयं के लक्ष्य-टेम्पलेट संरेखण को इनपुट करने में सक्षम बनाता है जिससे मॉडलिंग प्रक्रिया शुरू होती है (यानी। टेम्पलेट के लिए खोज चरण को छोड़ दिया जाता है और शायद ही कभी प्रदान किए गए संरेखण में केवल मामूली बदलाव किए जाते हैं)। परियोजना मोड का उपयोग अधिक कठिन मामलों में किया जाता है, जब परिणामी मॉडल की गुणवत्ता में सुधार के लिए लक्ष्य-टेम्पलेट संरेखण के मैनुअल सुधार की आवश्यकता होती है। इस मोड में इनपुट एक परियोजना फ़ाइल है जिसे डीपव्यू (स्विस पीडीबी व्यूअर) विज़ुअलाइज़ेशन और संरचनात्मक विश्लेषण उपकरण द्वारा उत्पन्न किया जा सकता है, ताकि उपयोगकर्ता को इसके संरचनात्मक संदर्भ में लक्ष्य-टेम्पलेट संरेखण की जांच और हेरफेर करने की अनुमति मिल सके। तीनों मामलों में आउटपुट मॉडल के परमाणु निर्देशांक या डीपव्यू परियोजना फ़ाइल के साथ एक पी. डी. बी. फ़ाइल है। समरूपता प्रतिरूपण के चार मुख्य चरणों को एक संतोषजनक प्रतिरूप प्राप्त होने तक बार-बार दोहराया जा सकता है। स्विस-मॉडल कार्यस्थल एक्सपासी वेब सर्वर के माध्यम से सुलभ है, या इसका उपयोग डीपव्यू (स्विस पीडीबी-व्यूअर) कार्यक्रम के हिस्से के रूप में किया जा सकता है। सितंबर 2015 तक इसे वैज्ञानिक साहित्य में 20000 बार उद्धृत किया गया है, जिससे यह प्रोटीन संरचना मॉडलिंग के लिए सबसे व्यापक रूप से उपयोग किए जाने वाले उपकरणों में से एक बन गया है। यह उपकरण शैक्षणिक उपयोग के लिए निःशुल्क है। रिपॉजिटरी स्विस-मॉडल रिपॉजिटरी उच्च सामान्य रुचि के मॉडल जीवों के एक समूह के लिए एनोटेटेड त्रि-आयामी प्रोटीन मॉडल के अप-टू-डेट संग्रह तक पहुंच प्रदान करता है। मॉडल जीवों में मानव, चूहा, C.elegans, E.coli, और गंभीर तीव्र श्वसन सिंड्रोम कोरोनावायरस 2 (SARS-CoV-2) सहित विभिन्न रोगजनक शामिल हैं। स्विस-मॉडल रिपॉजिटरी कई बाहरी संसाधनों के साथ एकीकृत है, जैसे कि यूनीप्रोट, इंटरप्रो, स्ट्रिंग और नेचर पीएसआई एसबीकेबी। स्विस-मॉडल विशेषज्ञ प्रणाली के नए विकास की विशेषताएँ (1) होमो-ऑलिगोमेरिक संयोजनों का स्वचालित प्रतिरूपण; (2) प्रोटीन संरचनाओं में आवश्यक धातु आयनों और जैविक रूप से प्रासंगिक लिगेंडों का प्रतिरूपण; (3) क्यू. एम. ई. ए. एन. स्थानीय स्कोर कार्य के आधार पर स्थानीय (प्रति-अवशेष) मॉडल विश्वसनीयता अनुमान; (4) मॉडल के लिए यूनीप्रोट विशेषताओं का मानचित्रण। (1) और (2) स्विस-मॉडल वर्कस्पेस के स्वचालित मोड का उपयोग करते समय उपलब्ध हैं; (3) स्विस-मॉडल वर्कस्पेस का उपयोग करके एक समरूपता मॉडल की गणना करते समय हमेशा प्रदान किया जाता है, और (4) स्विस-मॉडल रिपॉजिटरी में उपलब्ध है। विधि की सटीकता और विश्वसनीयता अतीत में, स्विस-मॉडल सर्वर पाइपलाइन की सटीकता, स्थिरता और विश्वसनीयता को ई. वी. ए.-सी. एम. बेंचमार्क परियोजना द्वारा मान्य किया गया था। वर्तमान में, स्विस-मॉडल सर्वर पाइपलाइन CAMEO3D (निरंतर स्वचालित मॉडल मूल्यांकन) परियोजना में भाग ले रही है जो पूरी तरह से स्वचालित तरीके से प्रोटीन संरचना भविष्यवाणी सेवाओं की सटीकता और विश्वसनीयता का लगातार मूल्यांकन करती है। संदर्भ बाहरी लिंक स्विस-मॉडल होमोलॉजी मॉडलिंग प्रोटीन संरचना भविष्यवाणी प्रोटीन संरचना भविष्यवाणी सॉफ्टवेयर सीएएसपी (प्रोटीन संरचना भविष्यवाणी के लिए तकनीकों का महत्वपूर्ण मूल्यांकन) जैव सूचना विज्ञान आणविक मॉडलिंग सॉफ्टवेयर भी देखें