MicroRNA sequencing
माइक्रो आर. एन. ए. अनुक्रमण (एम. आई. आर. एन. ए.-एस. ई. क्यू.), एक प्रकार का आर. एन. ए.-एस. ई. क्यू., माइक्रो आर. एन. ए. के अनुक्रम के लिए अगली पीढ़ी के अनुक्रमण या बड़े पैमाने पर समानांतर उच्च-थ्रूपुट डी. एन. ए. अनुक्रमण का उपयोग है, जिसे एम. आई. आर. एन. ए. भी कहा जाता है। एम. आई. आर. एन. ए.-एस. ई. क्यू. आर. एन. ए.-एस. ई. क्यू. के अन्य रूपों से अलग है क्योंकि इनपुट सामग्री को अक्सर छोटे आर. एन. ए. के लिए समृद्ध किया जाता है। एम. आई. आर. एन. ए.-एस. ई. क्यू. शोधकर्ताओं को ऊतक-विशिष्ट अभिव्यक्ति पैटर्न, रोग संघों और एम. आई. आर. एन. ए. के समरूपों की जांच करने और पहले से अस्वाभाविक एम. आई. आर. एन. ए. की खोज करने की अनुमति देता है। इस बात के प्रमाण कि अनियंत्रित एम. आई. आर. एन. ए. कैंसर जैसी बीमारियों में एक भूमिका निभाते हैं, ने एम. आई. आर. एन. ए.-एस. ई. क्यू. को भविष्य में निदान और पूर्वानुमान के लिए संभावित रूप से एक महत्वपूर्ण उपकरण बनने के लिए तैनात किया है क्योंकि लागत में कमी जारी है। अन्य एम. आई. आर. एन. ए. प्रोफाइलिंग प्रौद्योगिकियों की तरह, एम. आई. आर. एन. ए.-सेक के दोनों फायदे (अनुक्रम-स्वतंत्रता, कवरेज) और नुकसान (उच्च लागत, बुनियादी ढांचे की आवश्यकताएं, रन लेंथ और संभावित कलाकृतियां) हैं। सूक्ष्म आर. एन. ए. (एम. आई. आर. एन. ए.) छोटे रिबोन्यूक्लिक एसिडों का एक परिवार है, लंबाई में 21-25 न्यूक्लियोटाइड्स, जो प्रतिलेखन क्षरण, अनुवाद के अवरोध, या प्रतिलेखों को अलग करने के माध्यम से प्रोटीन अभिव्यक्ति को संशोधित करते हैं। खोजा जाने वाला पहला एम. आई. आर. एन. ए., लिन-4, नेमाटोड कैनोरहाबैडिटिस एलिगेंस के भ्रूण के बाद के विकास को नियंत्रित करने वाले आणविक तत्वों की पहचान करने के लिए एक आनुवंशिक उत्परिवर्तन स्क्रीन में पाया गया था। लिन-4 जीन ने लिन-14 एम. आर. एन. ए. प्रतिलेखन और डाउनरेगुलेटेड एल. आई. एन.-14 प्रोटीन अभिव्यक्ति के 3 '-अनट्रांसलेटेड क्षेत्र में संरक्षित पूरक बंधन स्थलों के साथ एक 22 न्यूक्लियोटाइड आर. एन. ए. को कूटबद्ध किया। एम. आई. आर. एन. ए. को अब कई विकासात्मक और जैविक प्रक्रियाओं के विनियमन में शामिल माना जाता है, जिसमें हेमेटोपोइज़िस (म्यूस मस्कुलस में एम. आई. आर.-181), लिपिड चयापचय (ड्रोसोफिला मेलानोगास्टर में एम. आई. आर.-14) और न्यूरोनल विकास (सिनोरहाबैडिटिस एलिगेंस में एल. एस. आई.-6) शामिल हैं। इन खोजों ने एम. आई. आर. एन. ए.-एस. ई. क्यू. जैसी एम. आई. आर. एन. ए. की पहचान करने और उनकी विशेषता बताने में सक्षम तकनीकों के विकास की आवश्यकता पैदा कर दी। इतिहास माइक्रो आर. एन. ए. अनुक्रमण (एम. आई. आर. एन. ए.-एस. ई. क्यू.) को अगली पीढ़ी के अनुक्रमण या बड़े पैमाने पर समानांतर उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण प्रौद्योगिकियों का लाभ उठाने के लिए विकसित किया गया था ताकि किसी दिए गए नमूने में नए एम. आई. आर. एन. ए. और उनके अभिव्यक्ति प्रोफाइल का पता लगाया जा सके। miRNA अनुक्रमण अपने आप में कोई नया विचार नहीं है, अनुक्रमण के प्रारंभिक तरीकों में सेंगर अनुक्रमण विधियों का उपयोग किया गया है। अनुक्रमण की तैयारी में स्तंभ और जेल इलेक्ट्रोफोरेसिस द्वारा चुने गए 21-25 bp आकार के अंतर्जात छोटे RNA से प्रतिलेखित DNA रिवर्स की क्लोनिंग द्वारा पुस्तकालयों का निर्माण करना शामिल था। हालाँकि, यह विधि समय और संसाधनों के संदर्भ में संपूर्ण है, क्योंकि प्रत्येक क्लोन को व्यक्तिगत रूप से प्रवर्धित और अनुक्रमण के लिए तैयार करना पड़ता है। यह विधि अनजाने में उन miRNAs का भी समर्थन करती है जो अत्यधिक व्यक्त किए जाते हैं। अगली पीढ़ी की अनुक्रमण डीएनए माइक्रोएरे विश्लेषण में आवश्यक अनुक्रम विशिष्ट संकरण जांच के साथ-साथ सेंगर अनुक्रमण विधि में आवश्यक श्रमसाध्य क्लोनिंग विधियों की आवश्यकता को समाप्त करती है। इसके अतिरिक्त, एम. आई. आर. एन. ए.-एस. ई. क्यू. विधि में अगली पीढ़ी के अनुक्रमण मंच एकल अनुक्रमण दौड़ में छोटे आर. एन. ए. के बड़े पूल के अनुक्रमण की सुविधा प्रदान करते हैं। miRNA-SEQ को विभिन्न अनुक्रमण प्लेटफार्मों का उपयोग करके किया जा सकता है। एम. आई. आर. एन. ए.-एस. ई. क्यू. विधियों का उपयोग करते हुए छोटे आर. एन. ए. के पहले विश्लेषण में लिंक्स थेरेप्यूटिक्स के मैसिवली पैरेलल सिग्नेचर सीक्वेंसिंग (एम. पी. एस. एस.) अनुक्रमण मंच का उपयोग करते हुए मॉडल प्लांट अरबीडोप्सिस थालियाना से लगभग 14 लाख छोटे आर. एन. ए. की जांच की गई। इस अध्ययन ने छोटे आर. एन. ए. के अध्ययन के लिए नवीन, उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण प्रौद्योगिकियों की क्षमता का प्रदर्शन किया, और यह दिखाया कि जीनोम बड़ी संख्या में छोटे आर. एन. ए. उत्पन्न करते हैं जिसमें पौधे विशेष रूप से छोटे आर. एन. ए. के समृद्ध स्रोत होते हैं। बाद के अध्ययनों में अन्य अनुक्रमण तकनीकों का उपयोग किया गया, जैसे कि सी. एलिगेंस में एक अध्ययन जिसमें 18 नए miRNA जीन के साथ-साथ 21U-RNA नामक नेमाटोड छोटे RNA के एक नए वर्ग की पहचान की गई। मानव ग्रीवा ट्यूमर और सामान्य ऊतक के छोटे आर. एन. ए. प्रोफाइल की तुलना करने वाले एक अन्य अध्ययन में, 64 नए मानव एम. आई. आर. एन. ए. जीन के साथ-साथ 67 अलग-अलग व्यक्त एम. आई. आर. एन. ए. की पहचान करने के लिए इल्यूमिना (कंपनी) जीनोम विश्लेषक का उपयोग किया गया। मानव स्तन कैंसर का पता लगाने में एम. आई. आर. एन. ए. के पूर्वानुमानक मूल्य की जांच करने के लिए अनुप्रयुक्त जैव प्रणाली सोल्ड अनुक्रमण मंच का भी उपयोग किया गया है। विधियाँ छोटे आर. एन. ए. तैयारी अनुक्रम पुस्तकालय निर्माण को नियोजित किए जा रहे उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण मंच के आधार पर विभिन्न किटों का उपयोग करके किया जा सकता है। हालांकि, छोटे आर. एन. ए. अनुक्रमण की तैयारी के लिए कई सामान्य चरण हैं। कुल आर. एन. ए. पृथक्करण एक दिए गए नमूने में सभी आर. एन. ए. को एक आइसोथियोसाइनेट/फिनोल/क्लोरोफॉर्म (जी. आई. टी. सी./फिनोल) विधि या एक वाणिज्यिक उत्पाद जैसे ट्राइज़ोल (इनविट्रोजन) अभिकर्मक का उपयोग करके निकाला और अलग किया जाता है। कुल आर. एन. ए. की प्रारंभिक मात्रा, 1 ग्राम ऊतक आमतौर पर कुल आर. एन. ए. का 1 मिलीग्राम उत्पन्न करता है, आमतौर पर जेल शुद्धिकरण और आकार चयन के लिए आवश्यक है। आर. एन. ए. के गुणवत्ता नियंत्रण को भी मापा जाता है, उदाहरण के लिए कैलिपर लैबचिपजीएक्स (कैलिपर लाइफ साइंसेज) पर आर. एन. ए. चिप चलाना। जेल इलेक्ट्रोफोरेसिस द्वारा छोटे आर. एन. ए. का आकार अंशण पृथक आर. एन. ए. को एक विकृत पॉलीएक्रिलामाइड जेल पर चलाया जाता है। एक आकार की सीढ़ी के साथ रेडियोधर्मी 5 '-32 पी-लेबल वाले ऑलिगोन्यूक्लियोटाइड्स जैसी एक इमेजिंग विधि का उपयोग जेल के एक हिस्से की पहचान करने के लिए किया जाता है जिसमें उपयुक्त आकार के आर. एन. ए. होते हैं, जिससे अंततः अनुक्रमित सामग्री की मात्रा कम हो जाती है। यह कदम आवश्यक रूप से नीचे उल्लिखित बंधन और रिवर्स प्रतिलेखन चरणों से पहले नहीं किया जाना चाहिए। बंधन बंधन चरण छोटे आर. एन. ए. के दोनों सिरों पर डी. एन. ए. एडाप्टर जोड़ता है, जो रिवर्स ट्रांसक्रिप्शन और पी. सी. आर. प्रवर्धन के दौरान प्राइमर बाइंडिंग साइट के रूप में कार्य करता है। एक एडेनाइलेटेड एकल स्ट्रैंड डीएनए 3 'एडेप्टर के बाद एक 5' एडेप्टर को टी4 आरएनए लाइगेज2 जैसे लिगेटिंग एंजाइम का उपयोग करके छोटे आरएनए से जोड़ा जाता है। एडेप्टरों को 5 'हाइड्रॉक्सिल समूह के साथ आर. एन. ए. क्षरण उत्पादों के बजाय 5' फॉस्फेट समूह, विशेषता सूक्ष्म आर. एन. ए. के साथ छोटे आर. एन. ए. को पकड़ने के लिए भी डिज़ाइन किया गया है। रिवर्स ट्रांसक्रिप्शन और पी. सी. आर. प्रवर्धन यह चरण छोटे एडाप्टर लिगेटेड आर. एन. ए. को अनुक्रमण प्रतिक्रिया में उपयोग किए जाने वाले सी. डी. एन. ए. क्लोन में परिवर्तित करता है। कई वाणिज्यिक किट उपलब्ध हैं जो किसी प्रकार के रिवर्स ट्रांसक्रिप्टेस का उपयोग करके इस चरण को पूरा करेंगे। इसके बाद सी. डी. एन. ए. अनुक्रमों के पूल को बढ़ाने के लिए पी. सी. आर. किया जाता है। अद्वितीय न्यूक्लियोटाइड टैग के साथ डिज़ाइन किए गए प्राइमर का उपयोग इस चरण में पूल्ड लाइब्रेरी मल्टीप्लेक्स अनुक्रमण में आईडी टैग बनाने के लिए भी किया जा सकता है। अनुक्रमण वास्तविक आर. एन. ए. अनुक्रमण उपयोग किए गए मंच के आधार पर काफी भिन्न होता है। तीन आम अगली पीढ़ी के अनुक्रमण मंच हैं 454 जीवन विज्ञान मंच पर पायरोसीक्वेंसिंग, इल्यूमिना (कंपनी) मंच पर पोलीमरेज़-आधारित अनुक्रम-दर-संश्लेषण, या ए. बी. आई. सॉलिड सीक्वेंसिंग मंच पर बंधन द्वारा अनुक्रमण। डेटा विश्लेषण केंद्रीय से एम. आई. आर. एन. ए.-एस. ई. क्यू. डेटा विश्लेषण की क्षमता है 1) अनुक्रम पढ़ने से एम. आई. आर. एन. ए. की प्रचुरता के स्तर को प्राप्त करना, 2) नए एम. आई. आर. एन. ए. की खोज करना और फिर 3) भिन्न रूप से व्यक्त एम. आई. आर. एन. ए. और उनके 4) संबंधित एम. आर. एन. ए. जीन लक्ष्यों को निर्धारित करने में सक्षम होना। एम. आई. आर. एन. ए. संरेखण और प्रचुर मात्रा में एम. आई. आर. एन. ए. को अधिमानतः कुछ कोशिका प्रकारों, ऊतकों, विकास के चरणों या कैंसर जैसी विशेष रोग स्थितियों में व्यक्त किया जा सकता है। चूंकि गहरी अनुक्रमण (miRNA-SEQ) किसी दिए गए नमूने से लाखों रीड्स उत्पन्न करता है, यह हमें miRNAs को प्रोफाइल करने की अनुमति देता है; चाहे वह उनकी पूर्ण प्रचुरता की मात्रा निर्धारित करके हो, उनके रूपों की खोज करने के लिए (जिन्हें आइसोमिर के रूप में जाना जाता है) ध्यान दें कि अनुक्रम रीड्स की औसत लंबाई औसत miRNA (17-25 nt) से लंबी है, इसलिए miRNA के 3 'और 5' छोर एक ही रीड पर पाए जाने चाहिए। कई miRNA प्रचुरता परिमाणीकरण एल्गोरिदम हैं। उनके सामान्य चरण इस प्रकार हैंः अनुक्रमण के बाद, कच्चे अनुक्रम को गुणवत्ता के आधार पर फ़िल्टर किया जाता है। अडैप्टर अनुक्रमों को कच्चे अनुक्रम पढ़ने से भी काट दिया जाता है। इसके परिणामस्वरूप पढ़ने को फिर एक फास्टा फ़ाइल में प्रारूपित किया जाता है जहां प्रत्येक अद्वितीय टैग के लिए प्रतिलिपि संख्या और अनुक्रम दर्ज किया जाता है। ई. कोलाई संदूषण का प्रतिनिधित्व करने वाले अनुक्रमों की पहचान ई. कोलाई डेटाबेस के खिलाफ ब्लास्ट खोज द्वारा की जाती है और उन्हें विश्लेषण से हटा दिया जाता है। अपूर्ण डी. आई. सी. ई. आर. प्रसंस्करण के लिए शेष अनुक्रमों में से प्रत्येक को एक एम. आई. आर. एन. ए. अनुक्रम डेटाबेस (जैसे एम. आई. आर. बी. एस.) के खिलाफ संरेखित किया जाता है, 3 'छोर पर 6' एन. टी. ओवरहैंग और 5 'छोर पर 3' एन. टी. की अनुमति है। जो रीड्स miRNA डेटाबेस से संरेखित नहीं होते हैं, उन्हें तब miRNA अग्रदूतों के साथ शिथिल रूप से संरेखित किया जाता है ताकि उन miRNA का पता लगाया जा सके जो उत्परिवर्तन ले सकते हैं या जो RNA संपादन से गुजरे हैं। प्रत्येक एम. आई. आर. एन. ए. के लिए पढ़ने की गिनती को फिर प्रत्येक एम. आई. आर. एन. ए. की प्रचुरता की रिपोर्ट करने के लिए मैप किए गए एम. आई. आर. एन. ए. की कुल संख्या में सामान्यीकृत किया जाता है। नोवेल एम. आई. आर. एन. ए. डिस्कवरी एम. आई. आर. एन. ए.-एस. ई. क्यू. का एक अन्य लाभ यह है कि यह नए एम. आई. आर. एन. ए. की खोज की अनुमति देता है जो पारंपरिक जांच और प्रोफाइलिंग विधियों से वंचित हो सकते हैं। कई नए miRNA खोज एल्गोरिदम हैं। उनके सामान्य चरण इस प्रकार हैंः ऐसे पाठ प्राप्त करें जो ज्ञात miRNA अनुक्रमों से संरेखित नहीं थे, और उन्हें जीनोम में मैप करें। आर. एन. ए. मोड़ने की विधि एम. आई. आर. एन. ए. अनुक्रमों के लिए एक सटीक मिलान पाया जाता है, दोनों तरफ ~ 100 बी. पी. के पार्श्व अनुक्रम सहित जीनोमिक अनुक्रम प्राप्त करें, और वियना पैकेज जैसे आर. एन. ए. मोड़ने वाले सॉफ्टवेयर के माध्यम से आर. एन. ए. को चलाएं। फोल्ड किए गए अनुक्रम जो एम. आई. आर. एन. ए. हेयरपिन की एक भुजा पर स्थित होते हैं और जिनकी न्यूनतम मुक्त ऊर्जा ~ 25 किलो कैलोरी/मोल से कम होती है, उन्हें अनुमानित एम. आई. आर. एन. ए. के रूप में चुना जाता है। शॉर्टलिस्ट किए गए अनुक्रमों को केवल संभावित पूर्ववर्ती अनुक्रम को शामिल करने के लिए छोटा किया जाता है और फिर यह सुनिश्चित करने के लिए फिर से मोड़ दिया जाता है कि पूर्ववर्ती को पड़ोसी अनुक्रमों द्वारा कृत्रिम रूप से स्थिर नहीं किया गया था। यदि एम. आई. आर. एन. ए. अनुक्रम हेयरपिन की एक भुजा के भीतर आता है, और प्रजातियों के बीच अत्यधिक संरक्षित होता है, तो परिणामी मुड़े हुए अनुक्रमों को नए एम. आई. आर. एन. ए. माना जाता है। स्टार स्ट्रैंड एक्सप्रेशन मेथड (एम. आई. आर. डी. पी.) नोवेल एम. आई. आर. एन. ए. अनुक्रमों की पहचान विशेषता अभिव्यक्ति पैटर्न के आधार पर की जाती है जो वे डी. आई. सी. ई. आर. प्रसंस्करण के कारण प्रदर्शित करते हैंः स्टार स्ट्रैंड और लूप अनुक्रमों पर परिपक्व एम. आई. आर. एन. ए. की उच्च अभिव्यक्ति। विभेदक अभिव्यक्ति विश्लेषण प्रत्येक नमूने के लिए एम. आई. आर. एन. ए. की प्रचुरता की मात्रा निर्धारित करने के बाद, उनके अभिव्यक्ति स्तरों की तुलना नमूनों के बीच की जा सकती है। तब कोई व्यक्ति उन एम. आई. आर. एन. ए. की पहचान करने में सक्षम होगा जो अधिमानतः उस विशेष समय बिंदु, या विशेष ऊतकों या रोग स्थितियों में व्यक्त किए जाते हैं। नमूनों के बीच मैप किए गए रीड्स की संख्या को सामान्य करने के बाद, अंतर अभिव्यक्ति निर्धारित करने के लिए कई सांख्यिकीय परीक्षणों (जैसे जीन अभिव्यक्ति प्रोफाइलिंग में उपयोग किए जाने वाले) का उपयोग किया जा सकता है लक्ष्य भविष्यवाणी एक एम. आई. आर. एन. ए. के एम. आर. एन. ए. लक्ष्यों की पहचान जीन या नेटवर्क की समझ प्रदान करेगी जिनकी अभिव्यक्ति वे नियंत्रित करते हैं। सार्वजनिक डेटाबेस miRNA लक्ष्यों की भविष्यवाणियाँ प्रदान करते हैं। लेकिन गलत सकारात्मक भविष्यवाणियों से सही सकारात्मक भविष्यवाणियों को बेहतर ढंग से अलग करने के लिए, miRNA-SEQ डेटा को mRNA-SEQ डेटा में एकीकृत किया जा सकता है ताकि miRNA: mRNA कार्यात्मक जोड़े का निरीक्षण किया जा सके। आर. एन. ए. 22, टारगेटस्कैन, मिरांडा और पिकटार इस उद्देश्य के लिए डिज़ाइन किए गए सॉफ्टवेयर हैं। भविष्यवाणी सॉफ्टवेयर की एक सूची यहाँ दी गई है। सामान्य चरण हैंः एम. आर. एन. ए.: एम. आर. एन. ए. बाध्यकारी जोड़े का निर्धारण करें, एम. आर. एन. ए. अनुक्रम के 3 '-यू. टी. आर. पर एम. आर. एन. ए. अनुक्रमों के बीच पूरकता की पहचान की जाती है। एम. आई. आर. एन. ए.: प्रजातियों में एम. आर. एन. ए. बाध्यकारी जोड़े के संरक्षण की डिग्री निर्धारित करें। आमतौर पर, अधिक अत्यधिक बाध्यकारी जोड़े भविष्यवाणी के गलत सकारात्मक होने की संभावना कम होती है। एम. आर. एन. ए.-एस. ई. क्यू. या प्रोटीन अभिव्यक्ति डेटा में एम. आई. आर. एन. ए. लक्ष्यीकरण के साक्ष्य के लिए निरीक्षण करेंः जहां एम. आई. आर. एन. ए. अभिव्यक्ति अधिक है, उसके लक्ष्य जीन की जीन और प्रोटीन अभिव्यक्ति कम होनी चाहिए। क्लीव्ड एम. आर. एन. ए. लक्ष्यों के लिए लक्ष्य सत्यापन कई एम. आई. आर. एन. ए. अपने एम. आर. एन. ए. लक्ष्यों के सीधे विभाजन के लिए कार्य करते हैं; यह विशेष रूप से पौधों में सच है, और इस प्रकार क्लीव्ड या डिग्रेडेड एम. आर. एन. ए. के अनकैप्ड 3 'सिरों को अनुक्रमित करके एम. आई. आर. एन. ए. के इस गुण का लाभ उठाने के लिए उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण विधियों का विकास किया गया है। इन विधियों को डिग्रेडोम अनुक्रमण या पी. ए. आर. ई. के रूप में जाना जाता है। विशिष्ट एम. आर. एन. ए. में लक्ष्य दरार का सत्यापन आमतौर पर जीन-विशिष्ट प्राइमर के साथ सी. डी. एन. ए. के 5 'रैपिड एम्पलीफिकेशन एंड्स' के संशोधित संस्करण का उपयोग करके किया जाता है। नोवेल एम. आई. आर. एन. ए. के एम. आई. आर. एन. ए.-एस. ई. क्यू. की अनुप्रयोग पहचान ने नए एम. आई. आर. एन. ए. का खुलासा किया है जो पहले पारंपरिक एम. आई. आर. एन. ए. प्रोफाइलिंग विधियों में छूट गए थे। इस तरह के निष्कर्षों के उदाहरण भ्रूण स्टेम कोशिकाओं, चिकन भ्रूण, तीव्र लिम्फोब्लास्टिक ल्यूकेमिया, फैलते बड़े बी-सेल लिम्फोमा और बी-कोशिकाओं, तीव्र मायलोइड ल्यूकेमिया और फेफड़ों के कैंसर में हैं। रोग बायोमार्कर सूक्ष्म आर. एन. ए. लगभग सभी कोशिकीय प्रक्रियाओं जैसे कि उत्तरजीविता, प्रसार और विभेदन के महत्वपूर्ण नियामक हैं। नतीजतन, यह अप्रत्याशित नहीं है कि एम. आई. आर. एन. ए. ऑन्को-और ट्यूमर सप्रेसर जीन अभिव्यक्ति के विनियमन के माध्यम से कैंसर के विभिन्न पहलुओं में शामिल हैं। उच्च-थ्रूपुट प्रोफाइलिंग विधियों के विकास के संयोजन में, एम. आई. आर. एन. ए. को कैंसर वर्गीकरण, चिकित्सा की प्रतिक्रिया और पूर्वानुमान के लिए बायोमार्कर के रूप में पहचाना गया है। इसके अतिरिक्त, क्योंकि एम. आई. आर. एन. ए. जीन अभिव्यक्ति को नियंत्रित करते हैं, वे महत्वपूर्ण नियामक नेटवर्क में गड़बड़ी को भी प्रकट कर सकते हैं जो एक विशेष विकार को चला सकते हैं। बायोमार्कर और बीमारी के भविष्यवक्ता के रूप में एम. आई. आर. एन. ए. के कई अनुप्रयोग नीचे दिए गए हैं। α यह इन विकृतियों से जुड़े miRNAs की एक व्यापक सूची नहीं है। एम. आई. आर. एन. ए. प्रोफाइलिंग के अन्य तरीकों के साथ तुलना एम. आई. आर. एन. ए. प्रोफाइलिंग के अन्य तरीकों की तुलना में एम. आई. आर. एन. ए.-एस. ई. क्यू. का उपयोग करने के नुकसान यह हैं कि यह अधिक महंगा है, आम तौर पर कुल आर. एन. ए. की बड़ी मात्रा की आवश्यकता होती है, जिसमें व्यापक प्रवर्धन शामिल होता है, और माइक्रोएरे और क्यू. पी. सी. आर. विधियों की तुलना में अधिक समय लेने वाला होता है। साथ ही, एम. आई. आर. एन. ए.-एस. ई. क्यू. पुस्तकालय तैयारी विधियों में एम. आई. आर. एन. ए. पूरक का व्यवस्थित अधिमान्य प्रतिनिधित्व प्रतीत होता है, और यह एम. आई. आर. एन. ए. की प्रचुरता के सटीक निर्धारण को रोकता है। साथ ही, दृष्टिकोण संकरण स्वतंत्र है और इसलिए एक प्राथमिक अनुक्रम जानकारी की आवश्यकता नहीं है। इस वजह से, कोई भी नए miRNAs और miRNA आइसोफॉर्म (isoMirs) के अनुक्रम प्राप्त कर सकता है, क्रमिक रूप से समान miRNAs को अलग कर सकता है, और बिंदु उत्परिवर्तन की पहचान कर सकता है। एम. आई. आर. एन. ए. रूपरेखा संदर्भ डी. एन. ए. अनुक्रमण की मंच तुलना