Systematic Protein Investigative Research Environment
सिस्टेमेटिक प्रोटीन इन्वेस्टिगेटिव रिसर्च एनवायरनमेंट (एस. पी. आई. आर. ई.) प्रोटीन और पेप्टाइड्स की पहचान करने के लिए वेब-आधारित प्रयोग-विशिष्ट मास स्पेक्ट्रोमेट्री (एम. एस.) प्रोटिओमिक्स विश्लेषण और लेबल-मुक्त अभिव्यक्ति और सापेक्ष अभिव्यक्ति विश्लेषण प्रदान करता है। स्पायर एक वेब-इंटरफेस प्रदान करता है और इंटरैक्टिव और सरल दोनों डेटा प्रारूपों में परिणाम उत्पन्न करता है। मेथोडोलॉजी स्पायर के विश्लेषण एक प्रयोगात्मक डिजाइन पर आधारित हैं जो गलत खोज दर और स्थानीय गलत खोज दर (एफ. डी. आर., एल. एफ. डी. आर.) उत्पन्न करता है और ओपन-सोर्स खोज और डेटा विश्लेषण विधियों को एकीकृत करता है। एक्स के संयोजन से! टेंडम, ओएमएसएसए और स्पेक्ट्रास्ट स्पायर सटीक बहुआयामी त्रुटि अनुमान प्रदान करते हुए स्कोरिंग और एकल खोज इंजनों के वर्तमान संयोजनों की तुलना में प्रोटीन आईडी (50-90%) में वृद्धि कर सकते हैं। स्पायर अपने विश्लेषण परिणामों को प्रोटीन कार्य, मार्ग और मॉडल जीवों से प्रोटीन अभिव्यक्ति पर डेटा के साथ जोड़ता है। अन्य सूचनाओं के साथ एकीकरण स्पायर अपने मल्टी-ओमिक्स प्रोफाइलिंग एक्सप्रेशन डेटाबेस (एमओपीईडी) के माध्यम से परिणामों को सार्वजनिक रूप से उपलब्ध प्रोटिओमिक्स डेटा से भी जोड़ता है। एस. पी. आई. आर. ई. उपयोगकर्ता द्वारा आपूर्ति किए गए प्रोटीन आई. डी. और अभिव्यक्ति डेटा के लिए विश्लेषण और व्याख्या प्रदान कर सकता है। उपयोगकर्ता डेटा अपलोड कर सकते हैं (उचित रूप से मानकीकृत) या डेटा फ़ाइलों में मेल कर सकते हैं। संदर्भ आगे पढ़ने के लिए मास स्पेक्ट्रोमेट्री सॉफ्टवेयर प्रोटिओमिक्स जैविक डेटाबेस