Probalign
प्रोबालाइन एक अनुक्रम संरेखण उपकरण है जो विभाजन कार्य पश्च संभावनाओं का उपयोग करके अधिकतम अपेक्षित सटीकता संरेखण की गणना करता है। आधार जोड़ी संभावनाओं का अनुमान बोल्ट्जमैन वितरण के समान एक अनुमान का उपयोग करके लगाया जाता है। विभाजन कार्य की गणना एक गतिशील प्रोग्रामिंग दृष्टिकोण का उपयोग करके की जाती है। एल्गोरिदम निम्नलिखित आधार जोड़ी संभावनाओं को निर्धारित करने के लिए प्रोबलाइन द्वारा उपयोग किए जाने वाले एल्गोरिदम का वर्णन करता है। संरेखण अंक दो अनुक्रमों के संरेखण को प्राप्त करने के लिए दो चीजों की आवश्यकता होती हैः एक समानता कार्य (जैसे। पी. ए. एम., बी. एल. ओ. एस. यू. एम.,.) एफ़ाइन गैप पेनल्टीः एक संरेखण ए के स्कोर को इस प्रकार परिभाषित किया गया हैः अब एक संरेखण ए का बोल्टज़मैन भारित स्कोर हैः जहाँ एक स्केलिंग कारक है। बोल्ट्ज़मैन वितरण को मानते हुए संरेखण की संभावना विभाजन फलन के द्वारा दी जाती है, अर्थात। सभी संरेखणों के बोल्ट्ज़मैन भार का योग। डायनेमिक प्रोग्रामिंग आइए उपसर्गों और के विभाजन कार्य को निरूपित करें। तीन अलग-अलग मामलों पर विचार किया जाता हैः दो उपसर्गों के सभी संरेखण का विभाजन कार्य जो एक मिलान में समाप्त होता है। दो उपसर्गों के सभी संरेखण का विभाजन कार्य जो एक सम्मिलन में समाप्त होता है। दो उपसर्गों के सभी संरेखण का विभाजन कार्य जो एक विलोपन में समाप्त होता है। फिर हमारे पास हैः आरंभीकरण मैट्रिक्स को निम्नानुसार आरंभ किया जाता हैः पुनरावृत्ति दो अनुक्रमों के संरेखण के लिए विभाजन कार्य और इसके द्वारा दिया जाता है, जिसे पुनरावर्ती रूप से गणना की जा सकती हैः समान रूप से आधार जोड़ी संभावना अंत में स्थिति और एक आधार जोड़ी बनाने की संभावना इसके द्वारा दी जाती हैः व्युत्क्रम आधार जोड़ी स्ट्रिंग के साथ पुनः गणना के लिए संबंधित मान हैं। प्रोबकॉन्स मल्टीपल सीक्वेंस संरेखण संदर्भ बाहरी लिंक प्रोबालाइन वेब सर्विस सीक्वेंस संरेखण एल्गोरिदम भी देखें।