RNA22
आर. एन. ए. 22 माइक्रो आर. एन. ए. लक्ष्य स्थलों और संबंधित हेटेरोडुप्लेक्स की खोज के लिए एक पैटर्न-आधारित एल्गोरिथ्म है। एल्गोरिथ्म माइक्रोआरएनए की भविष्यवाणी करने के लिए अन्य तरीकों से वैचारिक रूप से अलग हैः एमआरएनए हेटेरोडुप्लेक्स जिसमें यह प्रशिक्षण के लिए प्रयोगात्मक रूप से मान्य हेटेरोडुप्लेक्स का उपयोग नहीं करता है, इसके बजाय केवल ज्ञात परिपक्व एमआईआरएनए के अनुक्रमों पर भरोसा करता है जो सार्वजनिक डेटाबेस में पाए जाते हैं। आर. एन. ए. 22 का मुख्य विचार यह है कि किसी भी मुख्य अनुक्रम विशेषताओं का विपरीत पूरक जिसे कोई परिपक्व माइक्रो आर. एन. ए. अनुक्रमों में पहचान सकता है (पैटर्न खोज तकनीकों का उपयोग करके) किसी को रुचि के अनुक्रम में उम्मीदवार माइक्रो आर. एन. ए. लक्ष्य स्थलों की पहचान करने की अनुमति देनी चाहिएः आर. एन. ए. 22 ऐसी मुख्य विशेषताओं की खोज के लिए टीरेसियस एल्गोरिदम का उपयोग करता है। एक बार जब एक उम्मीदवार माइक्रोआरएनए लक्ष्य स्थल का पता लगा लिया जाता है, तो लक्षित माइक्रोआरएनए को आरएनए की गणना करने में सक्षम कई एल्गोरिदम की मदद से पहचाना जा सकता हैः आरएनए हेटेरोडुप्लेक्स। एल्गोरिथम का एक नया संस्करण (v2.0) अब उपलब्ध हैः v2.0-beta प्रत्येक भविष्यवाणी के लिए संभाव्यता अनुमान जोड़ता है, उपयोगकर्ताओं को उड़ान पर संवेदनशीलता/विशिष्टता सेटिंग्स चुनने की क्षमता देता है, मूल की तुलना में काफी तेज है, और http://cm.jefferson.edu/rna22/Interactive के माध्यम से पहुँचा जा सकता है। आर. एन. ए. 22 न तो अप्रत्याशित उम्मीदवारों को छानने के लिए किसी भी पार-जीव संरक्षण बाधाओं पर निर्भर करता है और न ही लागू करता है; यह इसे सूक्ष्म आर. एन. ए. बाध्यकारी स्थलों की खोज करने की क्षमता देता है जो जातिजनित रूप से समीपस्थ जीवों में संरक्षित नहीं हो सकते हैं। इसके अलावा, जैसा कि ऊपर उल्लेख किया गया है, आरएनए22 लक्षित माइक्रोआरएनए की पहचान जानने की आवश्यकता के बिना अनुमानित माइक्रोआरएनए बाइंडिंग साइटों की पहचान कर सकता है। आर. एन. ए. 22 का एक उल्लेखनीय गुण यह है कि इसे हेटेरोडुप्लेक्स के बीज क्षेत्र में एक अनुमानित लक्ष्य अनुमति देने वाले उभार और जीः यू कंपन में माइक्रो आर. एन. ए. के बीज के सटीक विपरीत पूरक की उपस्थिति की आवश्यकता नहीं होती है। अंत में, एल्गोरिथ्म को उच्च संकेत-से-शोर अनुपात प्राप्त करने के लिए दिखाया गया है। आर. एन. ए. 22 के उपयोग से माउस नैनोग, अक्टूबर 4 और सॉक्स 2 के कोडिंग क्षेत्रों में "गैर-कैनॉनिकल" माइक्रो आर. एन. ए. लक्ष्यों की खोज हुई। इनमें से अधिकांश लक्ष्य इन तीन प्रतिलेखन कारकों के मानव ऑर्थोलॉग में संरक्षित नहीं हैं, भले ही वे संबंधित एम. आर. एन. ए. के कोडिंग क्षेत्र में रहते हों। इसके अलावा, इनमें से अधिकांश लक्ष्यों में हेटेरोडुप्लेक्स के बीज क्षेत्र में जीः यू कंपन, एक या अधिक उभार, या दोनों होते हैं। कोडिंग क्षेत्रों के अलावा, आर. एन. ए. 22 ने 3 'यू. टी. आर. में गैर-प्रामाणिक लक्ष्यों की खोज में मदद की है। हाल के एक अध्ययन ने आर्गोनाउट-एम. आर. एन. ए.: एम. आर. एन. ए. त्रयी परिसर की क्रिस्टल संरचना के आणविक गतिकी अनुकरण का उपयोग करके गैर-कैनॉनिकल एम. आर. एन. ए. लक्ष्यों की समस्या की जांच की। अध्ययन में पाया गया कि बीज क्षेत्र में कई जीः यू कंपन और बेमेल के संयोजन सहित कई प्रकार के संशोधन स्वीकार्य हैं और इसके परिणामस्वरूप केवल मामूली संरचनात्मक उतार-चढ़ाव होते हैं जो तृतीयक परिसर की स्थिरता को प्रभावित नहीं करते हैं। अध्ययन से यह भी पता चला है कि आणविक गतिशीलता अनुकरण के निष्कर्ष एच. आई. टी. एस.-सी. एल. आई. पी. (सी. एल. आई. पी.-से. क्यू.) डेटा द्वारा समर्थित हैं। इन परिणामों से पता चलता है कि प्रामाणिक एम. आई. आर. एन. ए. लक्ष्य विहित बीज-मॉडल से आगे निकल जाते हैं और बदले में आर. एन. ए. 22 जैसे लक्ष्य भविष्यवाणी उपकरण एम. आई. आर. एन. ए. लक्ष्यों के नए संवर्धित स्पेक्ट्रम की खोज के लिए एक आदर्श विकल्प बन जाते हैं। संदर्भ आर. एन. ए. माइक्रो आर. एन. ए. पैटर्न मिलान