PBDC1
CXorf26 (क्रोमोसोम X ओपन रीडिंग फ्रेम 26), जिसे MGC874 के नाम से भी जाना जाता है, एक अच्छी तरह से संरक्षित मानव जीन है जो X गुणसूत्र की छोटी भुजा के प्लस स्ट्रैंड पर पाया जाता है। जीन के सटीक कार्य को बहुत कम समझा गया है, लेकिन पॉलीसेकेराइड बायोसिंथेसिस डोमेन जो प्रोटीन उत्पाद के एक बड़े हिस्से (जिसे यूपीएफ0368 के रूप में जाना जाता है) के साथ-साथ यीस्ट होमोलॉग, वाई. पी. एल. 225, इसके संभावित कार्य में अंतर्दृष्टि प्रदान करता है। प्रस्तावित कार्य CXorf26 पर उपलब्ध डेटा के द्रव्यमान को देखते हुए, संभावित कार्य संभवतः कोशिका द्रव्य में RNA पोलीमरेज़ II, सर्वव्यापी और राइबोसोम के कामकाज से संबंधित है। इन तर्कों का आधार मानव CXorf26 के साथ-साथ इसके खमीर समरूप, YPL225W के अंतःक्रिया डेटा पर है। दोनों होमोलॉग कई सर्वव्यापी प्रोटीन के साथ-साथ ट्रांसक्रिप्शनल एंजाइम आर. एन. ए. पोलीमरेज़ II के साथ बातचीत दिखाते हैं। उदाहरण के लिए, 26S प्रोटीजॉम का सर्वव्यापीकरण और बाद में क्षरण यूकेरियोट्स में प्रतिलेखन को विनियमित करने में एक महत्वपूर्ण कार्य करता है। खमीर प्रोटीन आर. पी. एन. 11, जो वाई. पी. एल. 225. डब्ल्यू. के साथ अंतःक्रिया करता है, मनुष्यों में एक समरूप है जो 26एस प्रोटीजॉम का एक मेटालोप्रोटीज घटक है जो यूबीक्विटिन मार्ग द्वारा विनाश के लिए लक्षित प्रोटीन को भी कम करता है। ये कार्य एक पॉलीसेकेराइड जैवसंश्लेषण कार्य से संबंधित नहीं प्रतीत होते हैं जैसा कि इसके संरक्षित क्षेत्र के कारण माना जाता है, लेकिन यह अभी भी माध्यमिक संरचना या फॉस्फोराइलेशन के स्थलों में एक भूमिका निभा सकता है। सी. एक्स. ओ. आर. एफ. 26 की संभावित भूमिका में आगे के प्रयोग इन प्रमुख कोशिकीय प्रक्रियाओं में इसके सटीक कार्य के बारे में अधिक जानकारी दे सकते हैं। आर. एन. ए. पोलीमरेज़ II अवरोधक और सी. एक्स. ओ. आर. एफ. 26 की बाद की जीन अभिव्यक्ति जैसे प्रयोग संभावित कार्य के साथ-साथ आर. एन. ए. आई. जैसी विधियों का उपयोग करके खमीर में वाई. पी. एल. 225. डब्ल्यू. के पूर्ण नॉकआउट को प्रबुद्ध कर सकते हैं। जीन CXorf26 एक्स गुणसूत्र की छोटी भुजा के प्लस स्ट्रैंड पर पाया जाता है, विशेष रूप से आधार 75,393,420-75,397,740 से जीनोमिक गुणसूत्र क्षेत्र में फैले जीन लोकस Xq13.3 पर। प्राथमिक एम. आर. एन. ए. प्रतिलेखन अनुक्रम में 1214 आधार जोड़े होते हैं और इसका प्रोटीन उत्पाद, यू. पी. एफ0368,233 एमिनो एसिड से बना होता है और इसका अनुमानित द्रव्यमान 26,057 डी. ए. होता है। जिस स्थान पर CXorf26 स्थित है, Xq13.3, वह एक्स-लिंक्ड मानसिक मंदता से जुड़ा हुआ है। सी. एक्स. ओ. आर. एफ. 26 के ऊपर की ओर स्थित तीसरा जीन ए. टी. आर. एक्स. है, जो ए. टी. पी. एस./हेलिकेस डोमेन के लिए कूटबद्ध करता है, और जब उत्परिवर्तित होता है तो अल्फा थैलेसीमिया सिंड्रोम के साथ एक एक्स-लिंक्ड मानसिक मंदता सिंड्रोम का कारण बनता है; दोनों को डी. एन. ए. मिथाइलेशन पैटर्न में परिवर्तन का कारण बनने के लिए जाना जाता है। इसके अलावा, सी. एक्स. ओ. आर. एफ. 26, जेड. डी. एच. एच. सी. 15 का तीसरा जीन, जो जब उत्परिवर्तित होता है, तो मानसिक मंदता एक्स-लिंक्ड टाइप 91 का कारण बनता है। पास में स्थित एक उल्लेखनीय जीन ज़िस्ट है, जो एक्स गुणसूत्र की निष्क्रियता प्रक्रिया में भूमिका निभाता है। X निष्क्रियता CXorf26 से संबंधित है, और प्रासंगिक शोध अनुभाग में नीचे चर्चा की गई है। CXorf26 के लिए अभिव्यक्ति अभिव्यक्ति डेटा से पता चलता है कि यह लगभग सभी स्थितियों में मानव ऊतकों और EST में अत्यधिक सर्वव्यापी रूप से व्यक्त किया जाता है। दाहिनी ओर का जी. ई. ओ. प्रोफाइल आम मानव ऊतकों में सी. एक्स. ओ. आर. एफ. 26 के लिए अभिव्यक्ति स्तर को लगातार 75वें प्रतिशत सीमा के आसपास दिखाता है, यह सुझाव देता है कि यह अपनी सर्वव्यापी अभिव्यक्ति के कारण एक हाउसकीपिंग कार्य कर सकता है। यदि संरक्षित क्षेत्र वास्तव में किसी प्रकार के पॉलीसेकेराइड जैवसंश्लेषण में भूमिका निभाता है, तो यह उच्च जीन अभिव्यक्ति उस कार्य के लिए संवेदनशील है। एन. सी. बी. आई. वेबसाइट के भीतर स्थित जीन एक्सप्रेशन ऑम्निबस (जी. ई. ओ.) रिपॉजिटरी में जीन एक्सप्रेशन प्रोफाइल ने प्रदर्शित किया कि ऐसे कई उपचार नहीं थे जिनके परिणामस्वरूप जांच किए गए ऊतकों में सी. एक्स. ओ. आर. एफ. 26 की अभिव्यक्ति में बदलाव आया। हालांकि, एक प्रयोग ने फेफड़ों के एडेनोकार्सिनोमा सी. एल. 1-5 कोशिकाओं में सी. एक्स. ओ. आर. एफ. 26 अभिव्यक्ति की तुलना या तो अति-अभिव्यक्त या अप्रभावित क्लॉडीन-1 से की। परिणामों ने संकेत दिया कि सी. एल. डी. एन. 1 के अधिक अभिव्यक्त होने पर सी. एक्स. ओ. आर. एफ. 26 अभिव्यक्ति बहुत कम हो जाती है। सी. एल. डी. एन. 1 कोशिकाओं के बीच तंग जंक्शन परिसर बनाने में एक प्रमुख घटक है, जो कोशिका झिल्ली के कोशिका-कोशिका आसंजन को बढ़ावा देता है। सी. एल. डी. एन. 1 द्वारा बनाए गए अधिक तंग जंक्शनों के परिणामस्वरूप सी. एक्स. ओ. आर. एफ. 26 की अभिव्यक्ति में कमी आने की संभावना है क्योंकि कोशिका झिल्ली का उपयोग हेपरान सल्फेट से संबंधित अपने सामान्य कार्य के बजाय तंग जंक्शनों के लिए किया जाएगा। वैकल्पिक स्प्लाइस रूप CXorf26 के लिए केवल एक वैकल्पिक स्प्लाइस रूप है। इस स्प्लाइस रूप में 977 पर काफी कम एम. आर. एन. ए. आधार जोड़े हैं, लेकिन फिर भी इसमें 232 एमिनो एसिड का प्रोटीन उत्पाद है। इस वैकल्पिक स्प्लाइस रूप में प्रतिलेखन का एक्सॉन 5 गायब प्रतीत होता है, लेकिन इसे एक्सॉन 6 पर जोड़ा जा सकता है, जिससे सर्वसम्मत प्रतिलेखन की तुलना में एक बड़ा एक्सॉन बनता है। जीनोमिक CXorf26 अनुक्रम के भीतर कोई अन्य अनुमानित एक्सॉन नहीं थे जब खोज में दोनों तरफ 3000 आधार जोड़े जोड़े गए थे। प्रवर्तक क्षेत्र सी. एक्स. ओ. आर. एफ. 26 के प्रवर्तक के एक्स गुणसूत्र सकारात्मक स्ट्रैंड पर आधार 75392235 से 75393075 तक स्थित होने की भविष्यवाणी की गई है। प्रवर्तक क्षेत्र में सभी नरवानर और अधिकांश स्तनधारी समरूपों के साथ व्यापक संरक्षण है, लेकिन अधिक दूर से संबंधित प्रजातियों में संरक्षण कम हो गया है। यह देखते हुए कि प्राथमिक प्रतिलेख आधार 7539277 से शुरू होता है, प्रवर्तक इसके साथ 304 आधारों से ओवरलैप करता है। उनके प्रतिलेखन कारक परिवार के साथ 20 अनुमानित प्रतिलेखन कारक बाध्यकारी साइटों को भी एकत्र किया गया था। ट्रांसक्रिप्शनल कारकों की एक उच्च मात्रा जिंक फिंगर कारकों से संबंधित है, जिनमें प्रोटीन फोल्ड को स्थिर करने का कार्य होता है, जबकि कोई भी कारक संभावित पॉलीसेकेराइड जैवसंश्लेषण कार्य से संबंधित नहीं लगता है। एक प्रतिलेखन कारक परिवार ने प्रवर्तक क्षेत्र से जुड़ने की भविष्यवाणी की थी जो वी $सीएचआरएफ था, और कोशिका चक्र के विनियमन में शामिल है। विनियमन यूबीक्विटिन फ़ंक्शन से संबंधित हो सकता है; सर्वव्यापी प्रकार के फ़ंक्शन वाले प्रोटीन CXorf26 के साथ बातचीत करते पाए गए। प्रोटीन उपकोशिकीय वितरण CXorf26 प्रोटीन 56.5% कोशिका द्रव्य के भीतर स्थानीयकृत होने की संभावना है जबकि 17.4% माइटोकॉन्ड्रिया में स्थानीयकृत होने की संभावना है। CXorf26 के यीस्ट होमोलॉग, YPL225W, को GFP टैग किया गया था और इसका स्थान कोशिका द्रव्य में होने के लिए निर्धारित किया गया था। ट्रांसमेम्ब्रेन के बजाय साइटोप्लाज्मिक स्थान का समर्थन किया गया था क्योंकि कोई हाइड्रोफोबिक सिग्नल पेप्टाइड अनुक्रम और टी. एम. ए. पी. ने सी. एक्स. ओ. आर. एफ. 26 या अन्य प्रजातियों में इसके किसी भी समरूप में कोई संभावित ट्रांसमेम्ब्रेन खंड की भविष्यवाणी नहीं की थी। पॉलीसेकेराइड डोमेन CXorf26 को अपने अनुक्रम के भीतर DUF757 के रूप में जाना जाने वाला संरक्षित डोमेन पाया गया। संरक्षित क्षेत्र अमीनो एसिड 39-159 से प्रोटीन अनुक्रम के अधिकांश हिस्से में फैला हुआ है। स्तनधारियों, अकशेरुकी जैसे कीड़ों और यहां तक कि स्पंज सहित सभी समरूपों की तुलना में क्षेत्र का संरक्षण मजबूत है। यीस्ट होमोलॉग, YPL225W, इस क्षेत्र में 42.4% पहचान और 62 प्रतिशत समानता दिखाता है। डोमेन का संरक्षण विशेष रूप से उन क्षेत्रों में अधिक है जिनमें कई अल्फा हेलिसेस या बीटा शीट शामिल हैं। टायरोसिन 72 और सेरीन 126 पर अमीनो एसिड अनुक्रम में स्थित कई संरक्षित फॉस्फोराइलेशन स्थल भी हैं। एन. सी. बी. आई. के अनुसार, यह क्षेत्र पौधों की कोशिका दीवारों में ज़ाइलन जैवसंश्लेषण में भूमिका निभाने वाले प्रोटीन के परिवार में है, लेकिन संश्लेषण मार्ग में इसकी सटीक भूमिका अज्ञात है। चूँकि पशु कोशिकाओं में कोशिका भित्ति नहीं होती है, इसलिए मनुष्यों जैसे अन्य जीवों में इसका सटीक कार्य अज्ञात है। ज़ायलान को पेंटोज़ शुगर ज़ाइलोज़ की इकाइयों से बनाया जाता है, जो हेपरान सल्फेट और कोंड्रोइटिन सल्फेट जैसे आयनिक पॉलीसेकेराइड्स के कई जैवसंश्लेषक मार्गों में पहला सैकराइड होने के लिए जाना जाता है। ज़ायलान की तरह, हेपरान सल्फेट यह कोशिका की सतह पर पाया जाता है; क्योंकि यह कोशिका की सतह और बाह्य कोशिकीय मैट्रिक्स दोनों के लिए आवश्यक है, यह लगभग सभी मानव ऊतकों में CXorf26 की उच्च अभिव्यक्ति की व्याख्या कर सकता है। हेपरान जैवसंश्लेषण एंडोप्लाज्मिक रेटिकुलम के लुमेन में होता है और यह प्रोटीन कोर के भीतर विशिष्ट सेरीन अवशेषों में जाइलोसिलट्रांसफेरेज द्वारा यूडीपी-जाइलोस से एक जाइलोस के हस्तांतरण से शुरू होता है। पी. एस. ओ. आर. टी. आई. सी. एक्स. ओ. आर. एफ. 26 के सी-टर्मिनल के पास के. के. एक्स. एक्स. जैसे रूपांकन, जी. ई. के. ए. की उपस्थिति की भविष्यवाणी करता है। केकेएक्सएक्स-जैसे रूपांकन अनुमानित एंडोप्लाज्मिक रेटिकुलम झिल्ली प्रतिधारण संकेत हैं। यह रूपांकन केवल नरवानरों में संरक्षित है। हालांकि, डोमेन के अंत में एक और के. के. एक्स. एक्स. जैसा रूपांकन, क्यू. डी. के. ई. मौजूद पाया गया है। इस रूपांकन में के अधिकांश अकशेरुकी जीवों के लिए अत्यधिक संरक्षित है। हालांकि, नेटएनजीलाइक के विरोधाभासी परिणामों ने कोई एन-ग्लाइकोसिलेशन साइटों की भविष्यवाणी नहीं की, यह सुझाव देते हुए कि CXorf26 एंडोप्लाज्मिक रेटिकुलम लुमेन में विशेष तह से नहीं गुजरता है। यह देखते हुए कि संरक्षित क्षेत्र xylan बनाने के लिए कार्य नहीं कर सकता है क्योंकि पशु कोशिकाओं में कोई कोशिका दीवार नहीं है, कार्य इस मार्ग से संबंधित हो सकता है। कई कार्यक्रमों में माध्यमिक संरचना की भविष्यवाणियाँ CXorf26 के लिए 7 अल्फा हेलिक्स और 2 बीटा शीट्स की उपस्थिति का सुझाव देती हैं; अधिकांश माध्यमिक संरचनाएँ संरक्षित क्षेत्र में हैं। यीस्ट होमोलॉग में प्रायोगिक साक्ष्य 4 अल्फा हेलिक्स और 2 बीटा शीट्स को पॉलीसेकेराइड डोमेन में दिखाता है, जैसा कि ऊपर अनुमानित एस. डब्ल्यू. आई. एस. एस. मॉडल मनुष्यों के लिए दिखाता है। द्वितीयक संरचनाओं का स्थान भी संरक्षित है। अनुवाद के बाद के संशोधनों पेप्सिन (पी. एच. 1.3), ए. एस. पी.-एन. एंडोपेप्टिडेज़, एन-टर्मिनल ग्लूटामेट और प्रोटीनज़ के सभी में प्रोटीन के भीतर 50 या अधिक दरार स्थल थे, लेकिन 10 कैस्पेसों में से किसी में भी कोई दरार स्थल नहीं था। इससे पता चलता है कि एपोप्टोसिस के दौरान CXorf26 के टूटने या खराब होने की संभावना नहीं है। यह इस अवलोकन के साथ होता है कि CXorf26 लगभग सभी ऊतकों और प्रयोगात्मक स्थितियों में अत्यधिक व्यक्त किया जाता है। लाइसिन 63 और 66 लाइसिन के एप्सिलॉन अमीनो समूहों के ग्लाइकेशन के संभावित स्थल हैं। लाइसिन 63 को मकाका मुलट्टा और बॉम्बस इम्पेटियन्स दोनों में संरक्षित किया गया था। CXorf26 प्रोटीन के भीतर 10 सेरीन, 3 थ्रेओनिन और 6 टायरोसिन फॉस्फोराइलेशन साइटों की भविष्यवाणी की गई है। अनुमानित फॉस्फोराइलेशन स्थलों की तुलना करते समय, नीचे दी गई तालिका में जो दिखाए गए हैं वे मकाका मुलट्टा के साथ-साथ बॉम्बस इम्पेटियन्स में संरक्षित थे। एस127 को तालिका में छोड़ दिया गया था, भले ही होमो सेपियन्स और मकाका मुलट्टा के पास उस स्थिति के लिए सीमा से ऊपर महत्वपूर्ण अंक नहीं थे। विकासवादी परिवर्तन के माध्यम से, बॉम्बस में सेरीन को होमो सेपियन्स और मकाका मुलट्टा में एक टायरोसिन में बदल दिया गया था, जो अभी भी फॉस्फोराइलेशन में सक्षम है, यह सुझाव देते हुए कि हालांकि एक उत्परिवर्तन था, यह संभवतः प्रोटीन और इसके कार्य के लिए एक बड़े परिवर्तन में परिणाम नहीं देगा। प्रजाति वितरण CXorf26 दृढ़ता से विकासवादी संरक्षित है, जिसमें संरक्षण बत्राचोसाइट्रियम डेंड्रोबेटिडिस में पाया जाता है। 20 ऑर्थोलॉगस प्रोटीन अनुक्रमों के एक बहु अनुक्रम संरेखण से पॉलीसेकेराइड जैवसंश्लेषण क्षेत्र के बहुत मजबूत संरक्षण का पता चलता है, लेकिन इसके बाद संरक्षण अनिवार्य रूप से अकशेरुकी जीवों में मौजूद नहीं था। उन कशेरुकी जीवों के लिए जिनमें संरक्षित क्षेत्र के बाद एक अनुक्रम था, यह कम जटिलता का पाया गया और एमिनो एसिड मोटिफ 'जीईके' के दोहराए जाने वाले अनुक्रम से भरा हुआ था, जो एमिनो एसिड ग्लाइसिन, ग्लूटामिक एसिड और लाइसिन के अनुरूप था। ग्लूटामिक एसिड और लाइसिन दोनों चार्ज होते हैं, जो संरक्षित क्षेत्र के बाद खंड की समग्र हाइड्रोफिलिसिटी में योगदान करते हैं। यीस्ट होमोलॉग YPL225W यीस्ट में CXorf26 होमोलॉग, YPL225W, की समग्र पहचान 27 प्रतिशत है लेकिन एक 42.4% पहचान और पॉलीसेकेराइड बायोसिंथेसिस डोमेन के साथ 62 प्रतिशत समानता है। अनुमानित मानव द्वितीयक संरचना की तरह, वाई. पी. एल. 225. डब्ल्यू. को प्रायोगिक रूप से जैवसंश्लेषण क्षेत्र के भीतर चार अल्फा हेलिक्स और दो बीटा शीट शामिल करने के लिए सत्यापित किया गया है। CXorf26 की तरह, खमीर में YPL225W कार्य अज्ञात है, लेकिन सह-शुद्धिकरण प्रयोगों के आधार पर यह राइबोसोम के साथ बातचीत कर सकता है क्योंकि इसके 18 परस्पर प्रोटीन में से कई आरएनए और राइबोसोम से संबंधित थे। आर. एन. ए. पोलीमरेज़ के साथ कई प्रोटीन भी शामिल थे, जो प्रतिलेखन की कोशिकीय प्रक्रिया में शामिल हैं। इसके अलावा, कई प्रोटीन सर्वव्यापीता में शामिल थे। उच्च अंतःक्रिया स्कोर वाले कुछ अंतःक्रियाशील खमीर प्रोटीन यूबीआई4, आरपीबी8, एसआरओ9 और एनएबी2 थे। इंटरैक्टिंग प्रोटीन संभावित इंटरैक्टिंग प्रोटीन की पहचान आई2डी इंटरलॉगस इंटरैक्शन डेटाबेस और स्ट्रिंग 9 कार्यक्रम में प्रदान किए गए उपकरणों का उपयोग करके की गई थी। हालांकि अधिक प्रोटीन की भविष्यवाणी की गई थी, नीचे दिखाए गए लोगों में उच्चतम अंक थे और संभावित CXorf26 फ़ंक्शन से संबंधित होने की सबसे बड़ी संभावना दिखाई दी। एस. एम. ए. डी. 2, पी. एच. बी. और सी. टी. एन. एन. बी. 1 को प्रतिलेखन कारक नेटवर्क की जांच करने वाले एक प्रयोग में पाया गया। बीएबीएएम1 अंतःक्रिया दोनों डेटाबेस में एक एंटी-टैग कॉइम्युनोप्रेसिपिटेशन परख का उपयोग करते हुए पाई गई थी जबकि पीओएलआर2एच यीस्ट होमोलॉग, वाईपीएल225डब्ल्यू का उपयोग करते हुए एक टेंडम एफिनिटी प्यूरिफिकेशन परख पर आधारित था। मानव गुणसूत्र एक्स पर संदर्भ जीन