Linguistic sequence complexity
भाषाई अनुक्रम जटिलता (एल. सी.) जीन अनुक्रमों में आनुवंशिक पाठ की 'शब्दावली समृद्धि' का एक उपाय है। जब एक न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम को चार-अक्षर वर्णमाला का उपयोग करके पाठ के रूप में लिखा जाता है, तो पाठ की पुनरावृत्ति, यानी इसके एन-ग्राम (शब्दों) की पुनरावृत्ति की गणना की जा सकती है और अनुक्रम जटिलता के माप के रूप में कार्य करती है। इस प्रकार, एक डी. एन. ए. अनुक्रम जितना अधिक जटिल होता है, उसकी ओलिगोन्यूक्लियोटाइड शब्दावली उतनी ही समृद्ध होती है, जबकि दोहराव वाले अनुक्रमों में अपेक्षाकृत कम जटिलताएं होती हैं। बाद के काम ने भाषाई जटिलता दृष्टिकोण के सार को बदले बिना ट्रिफ़ोनोव (1990) में वर्णित मूल एल्गोरिथ्म में सुधार किया। एल. सी. के अर्थ को दिए गए अनुक्रम के सभी अनुक्रमों के वृक्ष के रूप में एक अनुक्रम की प्रस्तुति के संबंध में बेहतर ढंग से समझा जा सकता है। सबसे जटिल अनुक्रमों में अधिकतम संतुलित वृक्ष होते हैं, जबकि असंतुलन या वृक्ष विषमता का माप एक जटिलता माप के रूप में कार्य करता है। वृक्ष स्तर पर नोड्स की संख्या दिए गए अनुक्रम में लंबाई के साथ शब्दों के वास्तविक शब्दावली आकार के बराबर होती है; सबसे संतुलित वृक्ष में नोड्स की संख्या, जो वृक्ष स्तर पर लंबाई एन के सबसे जटिल अनुक्रम से मेल खाती है, या तो 4i या N-i + 1 है, जो भी छोटा हो। एक अनुक्रम खंड (लंबाई आर. डब्ल्यू. के साथ) की जटिलता () की गणना सीधे शब्दावली-उपयोग उपायों (यू. आई.) के उत्पाद के रूप में की जा सकती हैः किसी दिए गए आकार के अल्पसंख्याकों के लिए शब्दावली उपयोग को किसी दिए गए अनुक्रम के वास्तविक शब्दावली आकार और उस लंबाई के अनुक्रम के लिए अधिकतम संभव शब्दावली आकार के अनुपात के रूप में परिभाषित किया जा सकता है। उदाहरण के लिए, अनुक्रम ए. सी. जी. जी. ए. जी. सी. टी. जी. ए. टी. सी. सी. ए. = 14/16 के लिए यू. 2, क्योंकि इसमें 16 संभावित विभिन्न डाइन्यूक्लियोटाइड्स में से 14 होते हैं; उसी अनुक्रम के लिए यू. 3 = 15/15, और यू. 4 = 14/14। अनुक्रम ए. सी. ए. सी. ए. सी. ए. सी. ए. सी. ए. के लिए, यू1 = 1/2; यू2 = 2/16 = 0.125, क्योंकि इसमें केवल दो डाइन्यूक्लियोटाइड्स की सरल शब्दावली है; इस अनुक्रम के लिए यू3 = 2/15। दो से डब्ल्यू तक के के साथ के-टुपल्स पर विचार किया जाता है, जबकि डब्ल्यू आरडब्ल्यू पर निर्भर करता है। 18 से कम आरडब्ल्यू मानों के लिए, डब्ल्यू 3 के बराबर है; 67 से कम आरडब्ल्यू के लिए, डब्ल्यू 4 के बराबर है; आरडब्ल्यू <260 के लिए, डब्ल्यू = 5; आरडब्ल्यू <1029 के लिए, डब्ल्यू = 6, और इसी तरह। का मान किसी दी गई लंबाई के विभिन्न डी. एन. ए. अनुक्रम टुकड़ों के लिए 0 <सी <1 की सीमा में अनुक्रम जटिलता का एक माप प्रदान करता है। यह सूत्र मूल एल. सी. माप से दो मायनों में अलग हैः जिस तरह से शब्दावली उपयोग यू. आई. की गणना की जाती है, और क्योंकि यह 2 से एन-1 की सीमा में नहीं है, बल्कि केवल डब्ल्यू तक है। यू. आई. की सीमा पर यह सीमा एल्गोरिथ्म को शक्ति के नुकसान के बिना काफी अधिक कुशल बनाती है। एक अन्य संशोधित संस्करण का उपयोग किया गया था, जिसमें भाषाई जटिलता (एल. सी.) को स्ट्रिंग में मौजूद किसी भी लंबाई के सबस्ट्रिंग की संख्या और सबस्ट्रिंग की अधिकतम संभव संख्या के अनुपात के रूप में परिभाषित किया गया है। शब्द आकार 1 से मीटर तक की अधिकतम शब्दावली की गणना सरल सूत्र के अनुसार की जा सकती है। इस अनुक्रम विश्लेषण जटिलता गणना का उपयोग सरल अनुक्रम दोहराव, अपूर्ण प्रत्यक्ष या उल्टे दोहराव, पॉलीप्यूरिन और पॉलीपाइरिमिडीन ट्रिपल-स्ट्रैंडेड डीएनए संरचनाओं और चार-स्ट्रैंडेड संरचनाओं (जैसे जी-क्वाड्रप्लेक्स) सहित कम-जटिलता वाले क्षेत्रों का पता लगाने के लिए तुलना किए गए अनुक्रमों के बीच संरक्षित क्षेत्रों की खोज के लिए किया जा सकता है। संदर्भ न्यूक्लिक एसिड जैव सूचना विज्ञान