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सामुदायिक फिंगरप्रिंटिंग आणविक जीव विज्ञान तकनीकों का एक समूह है जिसका उपयोग सूक्ष्मजीव समुदाय की विविधता को जल्दी से प्रोफाइल करने के लिए किया जा सकता है। पर्यावरणीय नमूने में अलग-अलग कोशिकाओं को सीधे पहचानने या गिनने के बजाय, ये तकनीकें दिखाती हैं कि जीन के कितने प्रकार मौजूद हैं। सामान्य तौर पर, यह माना जाता है कि प्रत्येक अलग-अलग जीन संस्करण एक अलग प्रकार के सूक्ष्मजीव का प्रतिनिधित्व करता है। सामुदायिक फिंगरप्रिंटिंग का उपयोग सूक्ष्म जीवविज्ञानी द्वारा विभिन्न प्रकार की सूक्ष्मजीव प्रणालियों का अध्ययन करने के लिए किया जाता है (जैसे। समुद्री, ताजे पानी, मिट्टी और मानव सूक्ष्मजीव समुदाय) जैव विविधता को मापने या समय के साथ सामुदायिक संरचना में परिवर्तनों को ट्रैक करने के लिए। विधि जीनोमिक डी. एन. ए. का परीक्षण करके पर्यावरणीय नमूनों का विश्लेषण करती है। यह दृष्टिकोण सूक्ष्मजीव संवर्धन का एक विकल्प प्रदान करता है, जो महत्वपूर्ण है क्योंकि अधिकांश रोगाणुओं को प्रयोगशाला में संवर्धित नहीं किया जा सकता है। सामुदायिक फिंगरप्रिंटिंग के परिणामस्वरूप व्यक्तिगत सूक्ष्मजीव प्रजातियों की पहचान नहीं होती है; इसके बजाय, यह एक सूक्ष्मजीव समुदाय की समग्र तस्वीर प्रस्तुत करता है। इन विधियों को अब बड़े पैमाने पर उच्च थ्रूपुट अनुक्रमण द्वारा प्रतिस्थापित किया जा रहा है, जैसे कि लक्षित माइक्रोबायोम विश्लेषण (जैसे, 16s rRNA अनुक्रमण) और मेटाजेनॉमिक्स। फिंगरप्रिंटिंग विश्लेषण एक पर्यावरणीय नमूने के साथ शुरू होता है (जैसे। समुद्री जल या मिट्टी), जिससे कुल डीएनए निकाला जाता है। (कुल डीएनए में नमूने में मौजूद सभी रोगाणुओं से आनुवंशिक सामग्री का मिश्रण होता है।) एक विशेष जीन या डी. एन. ए. क्षेत्र को तब विश्लेषण के लिए एक लक्ष्य के रूप में चुना जाता है, इस धारणा के तहत कि प्रत्येक सूक्ष्मजीव प्रजाति में एक अलग जीन संस्करण होगा (जिसे "फाइलोटाइप" भी कहा जाता है)। एक नमूने में मौजूद फाइलोटाइप की कल्पना करने के लिए विभिन्न तरीकों (नीचे देखें) का उपयोग किया जा सकता है। क्योंकि सामुदायिक फिंगरप्रिंटिंग का उद्देश्य सामुदायिक संरचना की समग्र समझ हासिल करना है, यह क्षेत्र से एकत्र किए गए समय-श्रृंखला डेटा का विश्लेषण करने के लिए एक विशेष रूप से उपयोगी तकनीक है। उदाहरण के लिए, कोई एक निवास स्थान में सूक्ष्मजीव उत्तराधिकार के पैटर्न का अध्ययन कर सकता है, या कोई एक पर्यावरणीय गड़बड़ी के लिए एक सूक्ष्मजीव समुदाय की प्रतिक्रिया की जांच कर सकता है, जैसे कि एक प्रदूषक की रिहाई। इस बात पर निर्भर करते हुए कि कौन सी जानकारी वांछित है, विभिन्न जीन को लक्षित किया जा सकता है। सबसे आम हैं छोटे सबयूनिट राइबोसोमल आर. एन. ए. (आर. आर. एन. ए.) जीन, जैसे कि 16एस आर. आर. एन. ए.। इन जीनों का उपयोग अक्सर माइक्रोबियल फाइलोजेनेटिक विश्लेषण में किया जाता है, इसलिए उनके अध्ययन के लिए अच्छी तरह से स्थापित तकनीकें मौजूद हैं। रुचि के अन्य जीन वे हो सकते हैं जो विभिन्न चयापचय प्रक्रियाओं में महत्वपूर्ण हैं। लाभ और नुकसान सामुदायिक फिंगरप्रिंटिंग के फायदे यह हैं कि इसे जल्दी और अपेक्षाकृत सस्ते में किया जा सकता है, और विश्लेषण एक साथ बड़ी संख्या में नमूनों को समायोजित कर सकते हैं। ये गुण सामुदायिक फिंगरप्रिंटिंग को विशेष रूप से समय के साथ माइक्रोबियल समुदायों में परिवर्तनों की निगरानी के लिए उपयोगी बनाते हैं। इसके अलावा, फिंगरप्रिंटिंग तकनीकों के लिए किसी नमूने में जीवों के लिए प्राथमिकता अनुक्रम डेटा की आवश्यकता नहीं होती है। सामुदायिक फिंगरप्रिंटिंग का एक नुकसान यह है कि इसका परिणाम काफी हद तक गुणात्मक होता है, न कि मात्रात्मक डेटा। गुणात्मक डेटा का उपयोग करते समय, विभिन्न अध्ययनों में या विभिन्न जांचकर्ताओं के बीच देखे गए पैटर्न की तुलना करना मुश्किल हो सकता है। इसके अलावा, सामुदायिक फिंगरप्रिंटिंग पर्यावरण के नमूने में सीधे टैक्स की पहचान नहीं करती है, हालांकि कुछ तकनीकों से डेटा आउटपुट (जैसे। डी. जी. जी. ई.) का आगे विश्लेषण किया जा सकता है यदि कोई पहचान करना चाहता है। कुछ लेखक कुछ फिंगरप्रिंटिंग विधियों के लिए परिणामों की खराब प्रजनन क्षमता की ओर इशारा करते हैं, जबकि अन्य लेखकों ने प्रचुरता अनुमानों की अशुद्धता और दुर्लभ टैक्स की उपस्थिति को पकड़ने में कुछ तकनीकों की अक्षमता की आलोचना की है। उदाहरण के लिए, डी. जी. जी. ई. विधि के लिए बैक्टीरिया समुदाय के 0.5%-1% से कम सूक्ष्मजीवों का पता लगाना मुश्किल है। तकनीक यह खंड सामुदायिक फिंगरप्रिंटिंग की तीन विधियों को प्रस्तुत करता है। टर्मिनल प्रतिबंध खंड लंबाई बहुरूपता (टी-आर. एफ. एल. पी.) टर्मिनल प्रतिबंध खंड लंबाई बहुरूपता (टी-आर. एफ. एल. पी.) एक ऐसी विधि है जो सामुदायिक फिंगरप्रिंट का उत्पादन करने के लिए प्रतिदीप्ति-लेबल वाले डी. एन. ए. टुकड़ों का उपयोग करती है। यह खंड सामुदायिक फिंगरप्रिंटिंग के विशिष्ट संदर्भ में टी-आर. एफ. एल. पी. की संक्षिप्त व्याख्या प्रस्तुत करता है। अधिक विस्तृत व्याख्या के लिए, टी-आर. एफ. एल. पी. लेख देखें। प्रक्रिया टी-आर. एफ. एल. पी. (चित्र 1) करने के लिए, किसी को एक लक्षित जीन का चयन करना चाहिए (जैसे। 16एस आर. आर. एन. ए. जीन) पी. सी. आर. द्वारा प्रवर्धित करने के लिए। पी. सी. आर. प्रतिक्रिया में उपयोग किए जाने वाले कम से कम एक प्राइमर को 5 'के अंत में फ्लोरोसेंट रूप से लेबल किया जाता है। पी. सी. आर. प्रवर्धन के बाद, प्रत्येक प्रतिलिपि किए गए डी. एन. ए. खंड में फ्लोरोसेंट लेबल होता है। इसके बाद, विशिष्ट पहचान स्थलों पर प्रवर्धित डीएनए को काटने के लिए प्रतिबंध एंजाइमों का उपयोग किया जाता है। अंतर्निहित धारणा यह है कि नमूने में प्रत्येक सूक्ष्मजीव का लक्ष्य जीन पर एक अलग अनुक्रम होगा, इसलिए एक प्रतिबंध एंजाइम प्रत्येक सूक्ष्मजीव के डीएनए को एक अलग स्थान पर काट देगा। (प्रत्येक अलग-अलग प्रतिबंध स्थल को एक एकल परिचालन वर्गीकरण इकाई [ओटीयू] का प्रतिनिधित्व करने वाला माना जाता है)। इस प्रकार, एंजाइम नमूने में मौजूद प्रत्येक प्रकार के सूक्ष्मजीव के लिए एक टुकड़े की लंबाई का उत्पादन करेगा। पाचन का परिणाम अलग-अलग लंबाई के प्रतिबंध टुकड़ों का एक समूह है, जिनमें से प्रत्येक को एक छोर पर फ्लोरोसेंट रूप से लेबल किया जाता है। इन्हें "अंतिम टुकड़े" के रूप में जाना जाता है क्योंकि उन्हें उस अंत में लेबल किया जाता है जहां पी. सी. आर. प्राइमर संलग्न होता है। (बिना लेबल वाले सिरों को अंतिम विश्लेषण में दर्ज नहीं किया गया है।) इसके बाद, टुकड़ों को या तो जेल या केशिका इलेक्ट्रोफोरेसिस के माध्यम से आकार से अलग किया जाता है। लेजर डिटेक्शन अंतिम टुकड़ों के आकार और प्रतिदीप्ति-तीव्रता पैटर्न को पकड़ता है। ज्ञात आकार और प्रतिदीप्ति के डी. एन. ए. मानकों को विश्लेषण में संदर्भ के रूप में शामिल किया जाता है। प्रतिदीप्ति के लिए न्यूनतम सीमा निर्धारित करने से, पृष्ठभूमि शोर को बाहर रखा जाएगा। डेटा आउटपुट और व्याख्या लेजर डिटेक्शन चरण का आउटपुट एक इलेक्ट्रोफेरोग्राम है जो क्षैतिज अक्ष पर टुकड़े की लंबाई और ऊर्ध्वाधर अक्ष पर प्रतिदीप्ति तीव्रता (चित्र 1) के साथ शिखरों की एक श्रृंखला दिखाता है। दूसरा आउटपुट एक डेटा टेबल है जो टुकड़ों के प्रवास समय, प्रत्येक शिखर के आधार जोड़े में आकार और प्रत्येक शिखर के नीचे की ऊंचाई और क्षेत्र को सूचीबद्ध करता है। टी-आर. एफ. एल. पी. का सैद्धांतिक आधार यह मानता है कि क्षैतिज अक्ष के साथ विभिन्न स्थितियों पर शिखर विभिन्न प्रकार के जीवों (या ओटीयू) का प्रतिनिधित्व करते हैं। प्रत्येक प्रतिदीप्ति तीव्रता शिखर के तहत क्षेत्र समुदाय में प्रत्येक फाइलोटाइप की सापेक्ष प्रचुरता के लिए एक प्रॉक्सी है। हालांकि, कई चेतावनियों को ध्यान में रखा जाना चाहिए। विभिन्न प्रकार के जीव रुचि के जीन में एक प्रतिबंध स्थल साझा कर सकते हैं; यदि ऐसा है, तो इन जीवों को इलेक्ट्रोफेरोग्राम पर विभिन्न शिखरों के रूप में अलग नहीं किया जाएगा। इसके अलावा, एक शिखर के नीचे का क्षेत्र पूर्ण प्रचुरता के बजाय सापेक्ष प्रचुरता का प्रतिनिधित्व करता है, और प्रचुरता माप और पीसीआर प्रवर्धन में पूर्वाग्रह हैं। उदाहरण के लिए, जो जीव मूल कुल डीएनए नमूने में दुर्लभ हैं, उन्हें अंतिम विश्लेषण में पता लगाने के लिए पर्याप्त रूप से प्रवर्धित नहीं किया जाएगा। इससे सामुदायिक विविधता को कम आंका जाता है। लियू एट अल। अन्य संभावित कारकों का हवाला दें जो परिणामों को विकृत कर सकते हैं, जिनमें "कोशिका लिसिस, डी. एन. ए. निष्कर्षण और पी. सी. आर. प्रवर्धन के दौरान शुरू की गई प्रजातियों और पूर्वाग्रहों के बीच जीन प्रतिलिपि संख्या में अंतर" (पी. 4521) शामिल हैं। जो लोग विस्तृत तकनीकी जानकारी चाहते हैं, उनके लिए मार्श संभावित पूर्वाग्रहों की एक सूची प्रदान करता है जिसे टी-आर. एफ. एल. पी. प्रक्रिया के प्रत्येक चरण में पेश किया जा सकता है। टी-आर. एफ. एल. पी. के फायदे और नुकसान टी-आर. एफ. एल. पी. के प्रमुख फायदे यह हैं कि यह तेज़ है और आसानी से कई नमूनों को समायोजित कर सकता है। इसके अलावा, दृश्य उत्पादन विभिन्न नमूनों में सामुदायिक संरचना पैटर्न की तुलना को सरल बनाता है। एक नुकसान डेटा आउटपुट की व्यापक, गुणात्मक प्रकृति है, जिसकी व्याख्या उपरोक्त चेतावनियों को ध्यान में रखते हुए की जानी चाहिए। इसके अलावा, टी-आर. एफ. एल. पी. के माध्यम से एक नमूने में रोगाणुओं की सीधी पहचान संभव नहीं है। अनुप्रयोग डिसायाथानोट एट अल। थाईलैंड में मधुमक्खियों की दो प्रजातियों में माइक्रोबियल आंत समुदाय या माइक्रोबायोम का आकलन करने के लिए टी-आर. एफ. एल. पी. का उपयोग किया गया। उन्होंने पाया कि दोनों प्रजातियां अलग-अलग माइक्रोबियल समुदायों को आश्रय देती हैं और मधुमक्खियों के जीवनकाल में माइक्रोबायोम बदल जाता है। जू एट अल। फाइटोप्लांकटन निगरानी के लिए एक विधि के रूप में टी-आर. एफ. एल. पी. का परीक्षण किया गया। लेखकों ने एक समय श्रृंखला में जलाशयों से पर्यावरणीय जल के नमूने एकत्र किए। ज्ञात अंतिम प्रतिबंध टुकड़ों (संस्कृतियों से निर्मित डेटाबेस से) के साथ नमूनों की तुलना के बाद, उन्होंने निष्कर्ष निकाला कि टी-आर. एफ. एल. पी. का उपयोग फाइटोप्लांकटन समुदाय में परिवर्तनों की निगरानी के लिए एक तकनीक के रूप में प्रभावी ढंग से किया जा सकता है। हालाँकि, विविधता और प्रचुरता के अनुमान अन्य तरीकों से पाए जाने वाले अनुमानों की तुलना में कम सटीक पाए गए। डीनैचुरिंग ग्रेडिएंट जेल इलेक्ट्रोफोरेसिस (डी. जी. जी. ई.) प्रक्रिया डीनैचुरिंग ग्रेडिएंट जेल इलेक्ट्रोफोरेसिस (डी. जी. जी. ई.) एक माइक्रोबियल फिंगरप्रिंटिंग तकनीक है जो अनुक्रम गुणों (चित्र 2) के आधार पर लगभग समान आकार के एम्प्लिकॉन को अलग करती है। ये गुण उस सीमा को निर्धारित करते हैं जिस पर डी. एन. ए. विकृत होता है। डी. जी. जी. ई. जेल एक प्रवणता डी. एन. ए. विकृतीक (युरिया और फॉर्मामाइड का मिश्रण), या एक रैखिक तापमान प्रवणता का उपयोग करता है। जब टुकड़ा अपने पिघलने बिंदु (पर्याप्त विकृती की सीमा) तक पहुंच जाता है, तो यह चलना बंद कर देता है। यह इस तथ्य के कारण है कि आंशिक रूप से पिघलने वाला डबल-स्ट्रैंडेड डीएनए अब जेल के माध्यम से स्थानांतरित नहीं हो सकता है। एक जी. सी. क्लैम्प (उच्च जी. सी. सामग्री के साथ लगभग 40 बेस) का उपयोग एक विशेष प्राइमर के रूप में किया जाता है ताकि पी. सी. आर. के टुकड़ों को एक साथ लंगर डाला जा सके जब वे विकृत हो जाते हैं। डेटा आउटपुट और व्याख्या एक जेल पर प्रत्येक लेन एक सूक्ष्मजीव समुदाय का प्रतिनिधित्व करती है। नमूनों के बीच साझा पट्टियाँ समान आकार की होती हैं और जेल पर लगभग समान स्थिति होती हैं। जिन जीन प्रकारों को सूक्ष्मजीव समुदाय के नमूनों के बीच साझा नहीं किया जाता है, वे दूसरों के साथ क्षैतिज रूप से मेल नहीं खाते हैं। उदाहरण के लिए, यदि रुचि का जीन 16S rRNA है, जैसा कि तब था जब तकनीक का पहली बार वर्णन किया गया था, तो पीसीआर-प्रवर्धित टुकड़े एक ही ऊर्ध्वाधर स्थान पर होंगे क्योंकि वे सभी लगभग एक ही आकार के हैं। एक अन्य लक्षित जीन की लंबाई में अधिक भिन्नता हो सकती है, लेकिन असंतृप्त प्रवणता नमूनों के बीच अंतर करने के लिए एक दूसरे तत्व (पिघलने बिंदु) का उपयोग करता है। डी. जी. जी. ई. जेल आधार अनुक्रम के आधार पर एक ही आकार के जीन को अलग करेगा। यह तकनीक दिखाती है कि सूक्ष्मजीव समुदाय वर्गीकरण संरचना में किस हद तक समान या अलग हैं। जेल पर एक अलग स्थान पर प्रत्येक बैंड एक अलग फ़ाइलोटाइप (एक फ़ाइलोजेनेटिक मार्कर जीन का एक अद्वितीय अनुक्रम) का प्रतिनिधित्व करता है। माइक्रोबियल समुदायों के लिए यह विधि कई व्यक्तिगत 16S rRNA अनुक्रमों को प्रोफाइल करती है। अलग-अलग क्षैतिज स्थितियों में पट्टियों की संख्या का उपयोग उस नमूने में जैव विविधता के स्तर का अनुमान लगाने और जातिजनित संबद्धता का अनुमान लगाने के लिए किया जा सकता है। फाइलोजेनेटिक संबद्धता के बारे में अधिक जानने के लिए, कोई भी जेल से उन बैंडों को एक्साइज कर सकता है और फिर उन्हें अनुक्रमित कर सकता है। लाभ और नुकसान डीनैचरिंग प्रोफाइल का उपयोग समान आकार के डीएनए टुकड़ों को अलग करने के तरीके के रूप में कार्य करता है। यह सूक्ष्मजीव विविधता का आकलन करने में फायदेमंद है क्योंकि 16S rRNA जीन बैक्टीरिया फैल में आकार में बहुत भिन्न नहीं होता है। डी. जी. जी. ई. जेल एक सूक्ष्मजीव नमूने में जैव विविधता को देखने का एक त्वरित तरीका प्रदान करता है और रुचि के बैंड को अनुक्रमित करने के विकल्प को नहीं रोकता है। इस विधि के लिए सूक्ष्मजीवों को प्रयोगशाला में संवर्धित करने की आवश्यकता नहीं होती है और संकरण विधियों के लिए जांच तैयार करने के लिए किसी भी अनुक्रम डेटा की आवश्यकता नहीं होती है। मुख्य नुकसान यह है कि यह जैव विविधता का एक गुणात्मक मूल्यांकन है और जातिजनित संबंध के बारे में निष्कर्ष निकालने के लिए जीन को अनुक्रमित करना चाहिए। एक अन्य नुकसान यह है कि जी. सी. क्लैंप हर बार संश्लेषित होने पर परिवर्तनशील हो सकता है। यह एक ही 16S rRNA अनुक्रम के लिए अलग-अलग DGGE प्रोफाइल की क्षमता की ओर ले जाता है। अनुप्रयोग स्टीफन एट अल। मिट्टी में प्रोटिओबैक्टीरिया के त्वरित विश्लेषण के लिए डी. जी. जी. ई. का उपयोग किया। उन्होंने विभिन्न पी. एच. मानों पर 36 वर्षों तक रखी गई मिट्टी से अपने पर्यावरणीय नमूनों में सूक्ष्मजीव विविधता का प्रारंभिक मूल्यांकन प्राप्त किया। उन्होंने प्राकृतिक आबादी के बारे में अधिक जानकारी प्राप्त करने के लिए डी. एन. ए. के टुकड़ों की जांच करके डी. जी. जी. ई. और संकरण तकनीकों को जोड़ा। इस अध्ययन में, वे निकट से संबंधित जीवाणु प्रकारों के एक समूह को देख रहे थे, सभी ऑटोट्रॉफिक बीटा-प्रोटिओबैक्टीरियल अमोनिया ऑक्सीडाइज़र। 16एस आर. डी. एन. ए. के नमूनों से एक जेल के खत्म होने पर अस्पष्ट अतिव्यापी बैंड प्राप्त हुए। अस्पष्ट अतिव्यापी पट्टियों को समूह-विशिष्ट रेडियोलेल्ड जांच के साथ अलग किया गया था, जिससे नमूनों में विभिन्न जीनोटाइप की सापेक्ष प्रचुरता की जानकारी मिली। वार्ड एट अल। एरोबिक केमोरगानोट्रॉफिक आबादी के 16S rRNA जीन खंडों के DGGE विश्लेषण का उपयोग करके येलोस्टोन गर्म झरने में साइनोबैक्टीरियल चटाई समुदायों की जांच की गई। डी. जी. जी. ई. ने उन्हें विविधता के बारे में नई अंतर्दृष्टि प्राप्त करने वाले समुदाय की रूपरेखा तैयार करने की अनुमति दी। उन्होंने शुद्धिकरण और अनुक्रमण द्वारा रुचि के बैंड की विशेषता बताई और कई वंशावली का पता लगाया जो पहले से मौजूद नहीं थे। (स्वचालित) राइबोसोमल इंटरजेनिक स्पेसर विश्लेषण (ए. आर. आई. एस. ए.) प्रक्रिया (स्वचालित) राइबोसोमल इंटरजेनिक स्पेसर विश्लेषण, या (ए) आर. आई. एस. ए. (चित्र 3), इस तथ्य का लाभ उठाता है कि प्रोकैरियोटिक डी. एन. ए. दो अत्यधिक संरक्षित जीनों, 16 एस. आर. आर. एन. ए. जीन और 23 एस. आर. आर. एन. ए. जीन के लिए कूटबद्ध होता है। ये आर. आर. एन. ए. ऑपरॉन में छोटे और बड़े उप-इकाइयों को कूटबद्ध करते हैं। इन दोनों जीनों के बीच एक आंतरिक प्रतिलेखित स्पेसर (आई. टी. एस.) क्षेत्र होता है। इस तथ्य के कारण कि यह प्रोटीन के लिए गैर-कोडिंग है, यह एक अत्यधिक परिवर्तनशील न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम और लंबाई है। एक बार जब किसी समुदाय से डी. एन. ए. अलग हो जाता है, तो पी. सी. आर. इस स्पेसर क्षेत्र को बढ़ाता है। टुकड़ों को एक जेल (आर. आई. एस. ए.) पर समाप्त किया जा सकता है, या फ्लोरोसेंट प्राइमर को एक इलेक्ट्रोफेरोग्राम (ए. आर. आई. एस. ए.) पर विभिन्न टुकड़ों की लंबाई की प्रचुरता में शिखरों में अनुवाद किया जा सकता है। डेटा आउटपुट और व्याख्या परिवर्तनीय गैर-कोडिंग क्षेत्रों के कारण, आर. आई. एस. ए. के लिए आउटपुट विभिन्न बैंडिग पैटर्न के साथ एक जेल है, और ए. आर. आई. एस. ए. के लिए आउटपुट विभिन्न शिखरों (टी-आर. एफ. एल. पी. के समान) के साथ एक इलेक्ट्रोफेरोग्राम है। फ्लोरोसेंटली लेबल किए गए प्राइमर की चमक इस बात से संबंधित है कि समुदाय में बैक्टीरिया का प्रकार कितना प्रचलित है। जेल पर बैंडिग पैटर्न को एक समुदाय-विशिष्ट प्रोफ़ाइल के रूप में व्याख्या की जा सकती है। प्रत्येक डी. एन. ए. बैंड या शिखर उस जीव के कम से कम एक प्रतिनिधि को इंगित करता है। आर. आई. एस. ए. में, जेल पर बैंड जो लंबाई में मेल नहीं खाते हैं, वे समुदाय में विभिन्न जीवों का प्रतिनिधित्व करते हैं क्योंकि उनके पास दो अत्यधिक संरक्षित जीनों के बीच अलग-अलग स्पेसर क्षेत्र हैं। इलेक्ट्रोफेरोग्राम नमूने में उस स्पेसर क्षेत्र की सापेक्ष प्रचुरता से संबंधित चोटियों को दिखाता है। टी-आर. एफ. एल. पी. की तुलना में सूक्ष्मजीव विविधता का पता लगाने में ए. आर. आई. एस. ए. के फायदे और नुकसान अधिक हो सकते हैं। यह फिंगरप्रिंटिंग विधि सूक्ष्मजीव विविधता का अनुमान लगाने के लिए एक त्वरित और संवेदनशील विधि है। देखी गई लंबाई की विषमताओं की तुलना संवर्धित जीवों के साथ अतिव्यापी डेटाबेस से की जा सकती है। जातिजनित समूहों के बारे में प्रश्न प्राप्त करने के लिए फ़ायलम-स्तर के ऑलिगोन्यूक्लियोटाइड प्राइमर तैयार किए जा सकते हैं। ए. आर. आई. एस. ए. के लिए एक नुकसान यह तथ्य है कि एक एकल जीव सामुदायिक प्रोफ़ाइल में एक से अधिक शिखर का योगदान कर सकता है। असंबद्ध जीवों में भी समान अंतराल लंबाई हो सकती है, जिससे सामुदायिक विविधता को कम करके आंका जाता है। इन पूर्वाग्रहों के कारण, शोधकर्ता अक्सर औसत मूल्यांकन प्राप्त करने के लिए प्रत्येक समुदाय के कई नमूनों पर इस विधि का उपयोग करते हैं। अनुप्रयोग रांजार्ड एट अल। अध्ययनों के प्रकारों के कई उदाहरणों पर चर्चा करें जिनमें आर. आई. एस. ए. का उपयोग किया जा सकता है। वे कई अध्ययनों का हवाला देते हैं जिन्होंने एंटीबायोटिक उपचार, पारा तनाव और वनों की कटाई जैसी गड़बड़ी के बाद फिंगरप्रिंट बैक्टीरिया समुदायों के लिए इस तकनीक का उपयोग किया है। उन्होंने कवक समुदायों की विशेषता के लिए एआरआईएसए के सफल उपयोग का भी प्रदर्शन किया, जो सूक्ष्मजीव पारिस्थितिकी का एक पहलू है जिसे पूरी तरह से खोजा जाना बाकी है। स्क्लोस एट अल। पर्यावरणीय चरों की जांच करने और उन्हें खाद के ढेर के सूक्ष्मजीव पारिस्थितिकी में परिवर्तनों से जोड़ने के लिए एक अध्ययन किया। उन्होंने ए. आर. आई. एस. ए. का उपयोग सामुदायिक संरचना की रूपरेखा तैयार करने और खाद बनाने की प्रक्रिया के चरणों में सूक्ष्मजीव उत्तराधिकार को देखने के लिए किया। उन्होंने डी. एन. ए. के नमूने लिए और प्रक्रिया के विभिन्न चरणों में समुदाय के सदस्यों की पहचान करने के लिए 16एस आर. आर. एन. ए. जीन का अनुक्रमण किया। फिर उन्होंने समुदाय-व्यापी परिवर्तनों को देखने के लिए एआरआईएसए का उपयोग किया और फिर इन सूक्ष्मजीव समुदाय के सदस्यों की पहचान करने के लिए सबसे आम एआरआईएसए टुकड़ों के साथ 16एस आरआरएनए जीन अनुक्रम का मिलान किया। संदर्भ जैव विविधता पर्यावरण सूक्ष्म जीव विज्ञान आनुवंशिकी तकनीक आणविक जीव विज्ञान तकनीक