DEPDC5
डी. ई. पी. डी. सी. 5 (या डी. ई. पी. डोमेन-युक्त 5) खराब रूप से समझे गए कार्य का एक मानव प्रोटीन है लेकिन कई अध्ययनों में कैंसर से जुड़ा हुआ है। यह गुणसूत्र 22 पर स्थित इसी नाम के एक जीन द्वारा कूटबद्ध है। कार्य डी. ई. पी. डी. सी. 5 का कार्य अभी तक ज्ञात नहीं है, लेकिन इसे डी. ई. पी. डी. सी. 5 और डिसहेवेल्ड-1 (डी. वी. एल. 1) के डी. ई. पी. डोमेन के बीच समरूपता के आधार पर इंट्रासेल्युलर सिग्नल ट्रांसडक्शन में शामिल किया गया है। इस जीन में उत्परिवर्तन फोकल मिर्गी (डोईः 10.1038/ng.2601) के मामलों से जुड़े हुए हैं। होमो सेपियन्स में, डी. ई. पी. डी. सी. 5 जीन को पी. आर. आर. एल. 14 और वाई. डब्ल्यू. एच. ए. एच. जीन के बीच गुणसूत्र 22,22q12.2-q12.3 की लंबी भुजा में स्थानीयकृत किया गया है। इस जीन की नैदानिक प्रासंगिकता में एक इंट्रोनिक एसएनपी (आरएस1012068) शामिल है जो 2 गुना हेपेटोसेलुलर कार्सिनोमा-जोखिम वृद्धि से जुड़ा हुआ है। संरचना डोमेन डी. ई. पी. डी. ई. पी. डोमेन का नाम प्रोटीन डिसहेवेल्ड, ई. जी. एल.-10 और प्लेकस्ट्रिन से लिया गया है, जिनमें से प्रत्येक में इस डोमेन का एक प्रकार होता है। यह 82 अवशेषों में फैला हुआ है और सी-टर्मिनस से 343 एमिनो एसिड है। एक स्विस-मॉडल डोमेन के भीतर निहित दो बीटा शीट और तीन अल्फा हेलिक्स की भविष्यवाणी करता है। जबकि इसका सटीक कार्य ज्ञात नहीं है, डी. ई. पी. डी. सी. 5 डी. ई. पी. डोमेन में एन. सी. बी. आई. में सी. बी. एल. ए. एस. टी. का प्रदर्शन करते समय डी. वी. एल. 1 के डी. ई. पी. डोमेन के साथ उच्चतम संरचनात्मक समानता है। संरेखण 1.00e-08 का मूल्यांकन करता है और दो प्रोटीनों के DEP डोमेन के बीच 30 प्रतिशत पहचान को इंगित करता है। डी. वी. एल. 1 में, डी. ई. पी. क्षेत्र डब्ल्यू. एन. टी. संकेत मार्ग के हिस्से के रूप में प्लाज्मा झिल्ली में प्रोटीन के स्थानीयकरण में शामिल है। डीयूएफ 3608 डीयूएफ 3608 डोमेन एन-टर्मिनस से 99 एमिनो एसिड बैठता है और स्वयं 280 एमिनो एसिड तक फैला हुआ है। पी. ई. एल. ई. इस क्षेत्र के भीतर कम से कम एक बीटा शीट और दो अल्फा हेलिक्स की भविष्यवाणी करता है। इसमें 26 अत्यधिक संरक्षित अवशेष और अनुवाद के बाद के कई संशोधन भी शामिल हैं। इन दोनों घटनाओं पर बाद में इस लेख में चर्चा की गई है। डीयूएफ 3608 के कार्य के लिए साक्ष्य खमीर होमोलॉग इमल1पी में उजागर किया गया है। माना जाता है कि आई. एम. एल. पी. 1 का डी. यू. एफ. 3608 दो प्रोटीन भागीदारों, एन. पी. आर. 2 और एन. पी. आर. 3 को बांधने में सहायता करता है। एक साथ, ये तीन प्रोटीन आई. एम. एल. 1-एन. पी. आर. 2-एन. पी. आर. 3 कॉम्प्लेक्स बनाते हैं और "गैर-नाइट्रोजन भुखमरी" ऑटोफैगी विनियमन में शामिल होते हैं। जिन शोधकर्ताओं ने इसका खुलासा किया, उन्होंने डी. यू. एफ. 3608 का नाम बदलकर आर. ए. एन. एस. (गैर-नाइट्रोजन भुखमरी की स्थिति में प्रेरित ऑटोफैगी के लिए आवश्यक) करने का प्रस्ताव रखा। द्वितीयक संरचना द्वितीयक संरचना भविष्यवाणी उपकरण पी. ई. एल. ई. द्वारा सर्वसम्मत सहमति के आधार पर, डी. ई. पी. डी. सी. 5 में कम से कम दस अल्फा हेलिसेस और नौ बीटा शीट होते हैं। इन द्वितीयक संरचनाओं के स्थानों को नीचे दी गई छवि में चित्रित किया गया हैः लाल हाइलाइट्स अल्फा हेलिसेस हैं और नीली हाइलाइट्स बीटा शीट हैं। होमोलॉजी ऑर्थोलॉग कवक सबसे दूर से संबंधित जीव हैं जिनमें मानव डी. ई. पी. डी. सी. 5 के लिए एक प्रोटीन ऑर्थोलॉगस होता है, जिसमें सैक्रोमाइसेस सेरेविसिया और अल्बुगो लाइबाची शामिल हैं। कवक में, प्रोटीन का नाम आई. एम. एल. 1. पी., या वैक्यूलर झिल्ली से जुड़ा प्रोटीन आई. एम. एल. 1 है। अन्य जीवों में नाम विचलन में सी. जी. 12090 (ड्रोसोफिला) और ए. जी. ए. पी. 007010 (मच्छर) शामिल हैं। मनुष्यों और अन्य कशेरुकी प्रजातियों के बीच संरक्षण अधिक है, जो सिक्लिड्स में 74 प्रतिशत पहचान से लेकर चिंपांज़ी में 99 प्रतिशत पहचान तक है। निम्नलिखित तालिका मानव डी. ई. पी. डी. सी. 5 के लिए ऑर्थोलॉगस 20 प्रोटीनों के विश्लेषण का सारांश देती है। जानवरों और कवक के अलग होने के बाद से 30 अवशेषों को संरक्षित किया गया है, जिनमें से 26 डीयूएफ 3608 क्षेत्र में स्थित हैं। निम्नलिखित एकाधिक अनुक्रम संरेखण डीयूएफ डोमेन के इस संरक्षण को दर्शाता है; अकशेरुकी और कवक क्लैड्स के प्रतिनिधियों को पूरी तरह से संरक्षित अवशेष रंगीन हरे रंग के साथ मानव डीयूएफ 3608 के साथ संरेखित किया जाता है। पैरालॉग कोई ज्ञात मानव डी. ई. पी. डी. सी. 5 पैरालॉग नहीं हैं, लेकिन एक समान डी. ई. पी. डोमेन वाले 64 मानव प्रोटीन हैं। खमीर प्रोटीन आई. एम. एल. 1 के लिए कोई पहचाने गए पैरालॉग भी नहीं हैं, जो मानव डी. ई. पी. डी. सी. 5 का सबसे दूर से संबंधित ऑर्थोलॉग है। अभिव्यक्ति डी. ई. पी. डी. सी. 5 अभिव्यक्ति को आर. टी.-पी. सी. आर. विश्लेषण और डी. एन. ए. माइक्रोएरे अध्ययनों द्वारा मानव ऊतक में सर्वव्यापी के रूप में चिह्नित किया गया है जैसा कि नीचे दिए गए चार्ट में प्रदर्शित किया गया है। हेपेटोसेल्युलर कार्सिनोमा के रोगियों पर किए गए एक अध्ययन में गैर-ट्यूमर ऊतक की तुलना में ट्यूमर ऊतक में उच्च डी. ई. पी. डी. सी. 5 अभिव्यक्ति पाई गई। इसके विपरीत, तीन जीनों का एक सजातीय विलोपन, एक डी. ई. पी. डी. सी. 5, दो ग्लियोब्लास्टोमा मामलों में पाया गया। अन्य अभिव्यक्ति विसंगतियों में एमडीए-एमबी-221 स्तन कैंसर कोशिका रेखा में शून्य अभिव्यक्ति और पी116 (जेडएपी70 नकारात्मक) कोशिका रेखा में कम अभिव्यक्ति शामिल है। अनुवाद के बाद के संशोधन मानव डी. ई. पी. डी. सी. 5 प्रोटीन के लिए एक्स. पी. ए. एस. आई. और फॉस्फोसाइट प्लस में संकलित प्रोटिओमिक उपकरणों के साथ निम्नलिखित अनुवाद के बाद के संशोधनों की भविष्यवाणी की गई थी। अंतःक्रिया डी. ई. पी. डी. सी. 5 संभवतः प्रोटीजॉम सबयूनिट पी. एस. एम. ए. 3 के साथ अंतःक्रिया कर सकता है जैसा कि कॉइम्युनोप्रेसिपिटेशन और प्रतिलेखन कारक एम. वाई. सी. द्वारा प्रमाणित है। डी. ई. पी. डी. सी. 5 एन. पी. आर. एल. 2 और एन. पी. आर. एल. 3 के साथ "जी. ए. टी. ओ. आर. 1" परिसर में है। संदर्भ