ORF1ab
ORF1ab (जिसे ORF1a/b भी कहा जाता है) सामूहिक रूप से दो ओपन रीडिंग फ्रेम (ORFs), ORF1a और ORF1b को संदर्भित करता है, जो निडोवायरस के जीनोम में संरक्षित हैं, वायरस का एक समूह जिसमें कोरोनावायरस शामिल हैं। जीन बड़े पॉलीप्रोटीन को व्यक्त करते हैं जो प्रोटीयोलिसिस से गुजरते हैं और वायरल जीवन चक्र में विभिन्न कार्यों के साथ कई गैर-संरचनात्मक प्रोटीन बनाते हैं, जिसमें प्रोटीज और प्रतिकृति-ट्रांसक्रिप्टेस कॉम्प्लेक्स (आरटीसी) के घटक शामिल हैं। दोनों ओ. आर. एफ. को एक साथ कभी-कभी प्रतिकृति जीन के रूप में संदर्भित किया जाता है। वे एक क्रमादेशित राइबोसोमल फ्रेमशिफ्ट द्वारा संबंधित हैं जो राइबोसोम को-1 रीडिंग फ्रेम में ओ. आर. एफ. 1ए के अंत में स्टॉप कोडन से आगे अनुवाद करना जारी रखने की अनुमति देता है। परिणामी पॉलीप्रोटीन को पीपी1ए और पीपी1एबी के रूप में जाना जाता है। अभिव्यक्ति ओ. आर. एफ. 1ए. जीनोम के 5 'छोर पर पहला खुला पठन ढांचा है। ओ. आर. एफ. 1ए. बी. एक साथ जीनोम के लगभग दो तिहाई हिस्से पर कब्जा कर लेता है, शेष तीसरा 3 'छोर पर संरचनात्मक प्रोटीन और सहायक प्रोटीन को कूटबद्ध करता है। इसका अनुवाद 5 'कैप्ड आर. एन. ए. से कैप-निर्भर अनुवाद द्वारा किया जाता है। निडोवायरस में अपने अपेक्षाकृत बड़े आर. एन. ए. जीनोम (आमतौर पर कोरोना वायरस के लिए 27-32 के. बी.) में जीन की अभिव्यक्ति को सक्षम करने के लिए असंतत उप-जीनोमिक आर. एन. ए. उत्पादन की एक जटिल प्रणाली होती है, लेकिन ओ. आर. एफ. 1ए. बी. का अनुवाद सीधे जीनोमिक आर. एन. ए. से किया जाता है। ओ. आर. एफ. 1ए. बी. अनुक्रम गैर-कैनॉनिकल उप-जीनोमिक आर. एन. ए. में देखे गए हैं, हालांकि उनका कार्यात्मक महत्व स्पष्ट नहीं है। एक क्रमादेशित राइबोसोमल फ्रेमशिफ्ट स्टॉप कोडन के माध्यम से पढ़ने की अनुमति देता है जो ORF1a को-1 रीडिंग फ्रेम में जारी रखने के लिए समाप्त करता है, जिससे लंबे पॉलीप्रोटीन pp1ab का उत्पादन होता है। फ्रेमशिफ्ट एक फिसलन अनुक्रम में होता है जिसके बाद एक छद्म आर. एन. ए. द्वितीयक संरचना होती है। इसे म्यूरीन कोरोनावायरस के लिए 20-50% दक्षता, या SARS-CoV-2 में 45-70% के बीच मापा गया है, जिससे pp1ab प्रोटीन की तुलना में लगभग 1.5 से 2 गुना अधिक pp1a का स्टोइकिओमेट्री प्राप्त होता है। प्रसंस्करण पॉलीप्रोटीन पीपी1ए और पीपी1एबी में लगभग 13 से 17 गैर-संरचनात्मक प्रोटीन होते हैं। आंतरिक सिस्टीन प्रोटीज डोमेन की क्रियाओं के कारण गैर-संरचनात्मक प्रोटीन को छोड़ने के लिए वे स्वतः-प्रोटीओलिसिस से गुजरते हैं। कोरोनावायरस में, कुल 16 गैर-संरचनात्मक प्रोटीन होते हैं; पीपी1ए प्रोटीन में गैर-संरचनात्मक प्रोटीन एनएसपी 1-11 और पीपी1एबी प्रोटीन में एनएसपी 1-10 और एनएसपी 12-16 होते हैं। प्रोटियोलिटिक प्रसंस्करण दो प्रोटीज द्वारा किया जाता हैः मल्टीडोमेन प्रोटीन एन. एस. पी. 3 में स्थित पपैन जैसे प्रोटीज प्रोटीन डोमेन एन. एस. पी. 4 तक विभाजित हो जाता है, और 3. सी. एल. प्रोटीज (जिसे मुख्य प्रोटीज, एन. एस. पी. 5 के रूप में भी जाना जाता है) पॉलीप्रोटीन सी-टर्मिनस के माध्यम से एन. एस. पी. 5 के शेष दरारों का प्रदर्शन करता है। प्रोटीन एन. एस. पी. 12-16, पी. पी. 1. ए. बी. पॉलीप्रोटीन के सी-टर्मिनल घटकों में वायरल प्रतिकृति के लिए आवश्यक मूल एंजाइमेटिक गतिविधियाँ होती हैं। प्रोटीयोलिटिक प्रसंस्करण के बाद, कई गैर-संरचनात्मक प्रोटीन एक बड़े प्रोटीन परिसर में इकट्ठा होते हैं जिसे प्रतिकृति-प्रतिलेखन परिसर (आर. टी. सी.) के रूप में जाना जाता है जो जीनोम प्रतिकृति और प्रतिलेखन करता है। घटक कोर रेप्लिकेस डोमेन पाँच संरक्षित "कोर रेप्लिकेस" प्रोटीन डोमेन का एक समूह सभी निडोवायरस वंशावली (आर्टरीवायरस, मेसोनिवायरस, रोनिवायरस और कोरोनावायरस) में मौजूद हैः ओआरएफ1ए से, मुख्य प्रोटीज दोनों छोरों पर ट्रांसमेम्ब्रेन डोमेन द्वारा फ़्लैंक किया गया है; और ओआरएफ1बी से, एक न्यूक्लियोटिडिलट्रांसफ़ेरेस डोमेन जिसे निरान, आरएनए-निर्भर आरएनए पोलीमरेज़ (आरडीआरपी), एक जिंक-बाइंडिंग डोमेन और एक हेलिकेस के रूप में जाना जाता है। (इसे कभी-कभी सात डोमेन माना जाता है, जो ट्रांसमेम्ब्रेन क्षेत्रों को अलग से गिनते हैं।) इसके अलावा, सभी निडोवायरस में एक एंडोरिबोन्यूक्लीज़ डोमेन पाया जाता है जो कशेरुकी मेजबानों को संक्रमित करता है। आर्टेरिवायरस, जिनमें अन्य निडोवायरस वंशावली की तुलना में छोटे जीनोम होते हैं, उनमें मिथाइलट्रांसफेरेस के साथ-साथ एक प्रूफरीडिंग एक्सोरिबोन्यूक्लीज़ की भी कमी होती है, एक ऐसा क्षेत्र जो बड़े जीनोम वाले निडोवायरस में संरक्षित होता है। माना जाता है कि बड़े आर. एन. ए. जीनोम को दोहराने के लिए पर्याप्त निष्ठा के लिए इस प्रूफरीडिंग कार्यक्षमता की आवश्यकता होती है, लेकिन यह कुछ वायरसों में अतिरिक्त भूमिका भी निभा सकती है। कोरोनावायरस में, पीपी1ए और पीपी1एबी में एक साथ सोलह गैर-संरचनात्मक प्रोटीन होते हैं, जिनके निम्नलिखित कार्य होते हैंः विकास ओआरएफ1ए, ओआरएफ1बी सहित जीनोम की संरचना और संगठन और उन्हें अलग करने वाली संरचना, निडोवायरस के बीच संरक्षित होती है। कुछ "गैर-कैनॉनिकल" निडोवायरस संरचनाओं का वर्णन किया गया है, जिसमें मुख्य रूप से जीन संलयन शामिल हैं। 41kb जीनोम के साथ सबसे बड़ा ज्ञात निडोवायरस, प्लानेरियन स्रावी कोशिका निडोवायरस (PSCNV) में एक गैर-कैनॉनिकल जीनोम संरचना होती है जिसमें संरचनात्मक प्रोटीन वाले ORF1a, ORF1b और डाउनस्ट्रीम ORFs को फ्यूज किया जाता है और 13,000 से अधिक एमिनो एसिड के पॉलीप्रोटीन को एन्कोडिंग करने वाले एकल बड़े ORF के रूप में व्यक्त किया जाता है। इन गैर-कैनॉनिकल जीनोम में, वायरल प्रोटीन के स्टोइकिओमेट्री को विनियमित करने के लिए अन्य फ्रेमशिफ्ट स्थानों या स्टॉप कोडन रीडथ्रू का उपयोग किया जा सकता है। निडोवायरस जीनोम आकार में व्यापक रूप से भिन्न होते हैं, आमतौर पर 12-15 kb जीनोम वाले धमनी वायरस से लेकर 27-32 kb पर कोरोनावायरस तक। वायरल आर. एन. ए.-निर्भर आर. एन. ए. पोलीमरेज़ (आर. डी. आर. पी.) की अपेक्षाकृत कम-निष्ठा प्रतिकृति तंत्र के बावजूद बहुत बड़े आर. एन. ए. जीनोम की प्रतिकृति को समझने में उनका विकासवादी इतिहास अनुसंधान रुचि का रहा है। बड़े निडोवायरस जीनोम (लगभग 20kb से ऊपर) एक प्रूफरीडिंग एक्सोरिबोन्यूक्लीज़ (कोरोनावायरस में एन. एस. पी. 14) को कूटबद्ध करते हैं जो प्रतिकृति निष्ठा के लिए आवश्यक माना जाता है। कोरोना वायरसों में, ओ. आर. एफ. 1ए. बी. 3 'ओ. आर. एफ. एन्कोडिंग संरचनात्मक प्रोटीनों की तुलना में अधिक संरक्षित है। कोविड-19 महामारी के दौरान, सार्स-कोव-2 वायरस के जीनोम को कई बार अनुक्रमित किया गया है, जिसके परिणामस्वरूप हजारों अलग-अलग रूपों की पहचान हुई है। जुलाई 2020 से विश्व स्वास्थ्य संगठन के विश्लेषण में, ओ. आर. एफ. 1ए. बी. सबसे अधिक बार उत्परिवर्तित जीन था, जिसके बाद एस जीन स्पाइक प्रोटीन को कूटबद्ध करता है। ओ. आर. एफ. 1ए. बी. के भीतर सबसे अधिक उत्परिवर्तित प्रोटीन पापेन-जैसे प्रोटीज (एन. एस. पी. 3) था, और सबसे अधिक देखा जाने वाला मिसेंस उत्परिवर्तन आर. एन. ए.-निर्भर आर. एन. ए. पोलीमरेज़ में था। कोविड-19 का पता लगाने वाले कुछ पी. सी. आर. परीक्षण ओ. आर. एफ. 1ए. बी. जीन के लिए नमूने का विश्लेषण करते हैं। संदर्भ कोरोनावायरस प्रोटीन