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सिंगल-सेल जीनोम और एपिजेनोम बाय ट्रांसपोज़ेस सीक्वेंसिंग (एस. सी. जी. ई. टी.-एस. ई. क्यू.) खुले और बंद क्रोमैटिन की प्रोफाइलिंग के लिए एक डी. एन. ए. सीक्वेंसिंग विधि है। अनुक्रमण (स्कैटैक-सेक) के साथ ट्रांसपोसेज-सुलभ क्रोमैटिन के लिए एकल-कोशिका परख के विपरीत, जो केवल सक्रिय यूक्रोमैटिन को लक्षित करता है। एस. सी. जी. ई. टी.-एस. ई. क्यू. निष्क्रिय हेटेरोक्रोमैटिन की जांच करने में भी सक्षम है। यह टी. एन. एच. के उपयोग के माध्यम से प्राप्त किया जाता है, जो हेटेरोक्रोमैटिन प्रोटीन-1-अल्फा (एच. पी.-1) के क्रोमोडोमेन (सी. डी.) को टी. एन. 5 ट्रांसपोसेज से जोड़कर बनाया जाता है। टीएनएच तब हिस्टोन 3 लाइसिन 9 ट्राइमिथाइलेशन (एच3के9एमई3) को लक्षित करने में सक्षम है, जो हेटेरोक्रोमैटिन के लिए एक मार्कर है। एकिन से आर. एन. ए. वेग, जो कोशिकीय विकास के दौरान जीन अभिव्यक्ति में परिवर्तनों के कैनेटीक्स का अनुमान लगाने के लिए स्प्लिस्ड और अनस्प्लिस्ड आर. एन. ए. के अनुपात का उपयोग करता है, एस. सी. जी. ई. टी.-एस. ई. क्यू. से प्राप्त टी. एन. एच. और टी. एन. 5 संकेतों के अनुपात का उपयोग क्रोमैटिन वेग की गणना करने के लिए किया जा सकता है, जो कोशिकीय विकासात्मक मार्गों के दौरान क्रोमैटिन की पहुंच की गतिशीलता को मापता है। इतिहास प्रतिलेखन विनियमन क्रोमैटिन अवस्थाओं से मजबूती से जुड़ा हुआ है। क्रोमैटिन जो खुला है, या प्रतिलेखन के लिए अनुमेय है, जीनोम का केवल 2-3% बनाता है, लेकिन प्रतिलेखन कारक बाध्यकारी साइटों के 94.4% को शामिल करता है। इसके विपरीत, अधिक कसकर पैक किया गया डीएनए, या हेटेरोक्रोमैटिन, जीनोम संगठन और स्थिरता के लिए जिम्मेदार है। कोशिकीय विभेदन प्रक्रियाओं के दौरान क्रोमैटिन का घनत्व भी बदलता है, लेकिन हेटेरोक्रोमैटिन का सीधे परीक्षण करने के लिए उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण विधियों की कमी है। कई जीनोमिक-संबंधित बीमारियाँ जैसे कि कैंसर उनके एपिजेनोम में परिवर्तन से अत्यधिक जुड़े हुए हैं। कैंसर विशेष रूप से एकल-कोशिका विषमता की विशेषता है, जो मेटास्टेसिस और उपचार प्रतिरोध को चला सकता है। इन प्रक्रियाओं को आधार बनाने वाले तंत्र अभी भी काफी हद तक अज्ञात हैं, हालांकि एकल-कोशिका एपिजेनोमिक्स सहित एकल-कोशिका प्रौद्योगिकियों के आगमन ने उनके स्पष्टीकरण में बहुत योगदान दिया है। 2015 में, ए. टी. ए. सी.-एस. ई. क्यू., जो टी. एन. 5 ट्रांसपोसेज का उपयोग टुकड़ों में करता है और अनुक्रमण के लिए सुलभ क्रोमैटिन, या यूक्रोमैटिन को टैग करता है, एकल-कोशिका संकल्प पर संभव हो गया। एस. सी. जी. ई. टी.-एस. ई. क्यू. प्रत्येक कोशिका के भीतर क्रोमैटिन संरचना और गतिशीलता पर अधिक व्यापक नज़र प्रदान करते हुए हेटेरोक्रोमैटिन पर जानकारी प्रदान करके इस तकनीक का निर्माण करता है। विधि नमूना तैयार करना एस. सी. जी. ई. टी.-एस. ई. क्यू. के लिए नमूना तैयार करना प्रारंभिक सामग्री के लिए उपयुक्त विधि का उपयोग करके कोशिकाओं से नाभिक के निलंबन को प्राप्त करने के साथ शुरू होता है। अगला कदम टी. एन. एच. ट्रांसपोसेज का उत्पादन करना है। टीएन5 एक ट्रांसपोसेज है जो न्यूक्लियोसोम (ओपन क्रोमैटिन) द्वारा बंधे जीनोमिक क्षेत्रों में एडाप्टर को काटता है और जोड़ता है। एचपी-1ए एचपी1 परिवार का एक सदस्य है और एच3के9एमई3 को पहचानने और विशेष रूप से बांधने में सक्षम है। इसका क्रोमोडोमेन इस क्रोमैटिन संशोधन को पहचानने के लिए एक प्रेरित-फिट तंत्र का उपयोग करता है। तीन पॉली-टायरोसिन-ग्लाइसिन-सेरीन (टी. जी. एस.) लिंकर का उपयोग करके क्रोमोडोमेन युक्त एच. पी.-1ए के पहले 112 एमिनो एसिड को टी. एन. 5 से जोड़ने से टी. एन. एच. ट्रांसपोसेज का निर्माण होता है, जो एच3के9एमई3 द्वारा चिह्नित हेटेरोक्रोमैटिन को लक्षित करने में सक्षम है। पुस्तकालय की तैयारी एकल-कोशिका ए. टी. ए. सी.-एस. ई. क्यू. के लिए एक संशोधित प्रोटोकॉल का उपयोग करके की जाती है, जहां नाभिक निलंबन को पहले टी. एन. 5 ट्रांसपोसेज और फिर टी. एन. एच. के साथ क्रमिक रूप से इनक्यूबेट किया जाता है। डेटा विश्लेषण डेटा विश्लेषण के लक्ष्य हैंः क्लस्टरिंग का उपयोग करके अलग-अलग कोशिका आबादी की पहचान और विशेषताएँ जीनोम में क्रोमैटिन की पहुंच को प्रोफाइल करने के लिए प्रतिलिपि-संख्या वाले रूपों और एकल-न्यूक्लियोटाइड रूपों की भविष्यवाणी करने के लिए प्री-प्रोसेसिंग पोस्ट-सीक्वेंसिंग, रीड्स को डिमल्टीप्लेक्स करने और उपयुक्त संदर्भ जीनोम में मैप करने की आवश्यकता है। डुप्लिकेट रीड्स की पहचान की जाती है और उन्हें हटा दिया जाता है। "चोटियाँ", या डी. एन. ए. में मानचित्रित रीड्स की संख्या में समृद्ध क्षेत्रों की पहचान की जाती है। गुणवत्ता नियंत्रण किया जाता है, और कम संख्या में पढ़ने वाली या कुछ ज्ञात विशेषताओं वाली कोशिकाओं को फ़िल्टर किया जाता है। चार गणना मैट्रिक्स (मैट्रिक्स जहां प्रत्येक स्तंभ एक कोशिका है और प्रत्येक पंक्ति एक विशेषता है) उत्पन्न होते हैंः Tn5-dhs, Tn5-पूरक, TnH-dhs और TnH-पूरक, सुलभ और सघन क्रोमैटिन से संकेत का प्रतिनिधित्व करते हैं। विश्लेषण आयाम में कमी, विज़ुअलाइज़ेशन और क्लस्टरिंग प्रत्येक मैट्रिक्स को साझा क्षेत्रों से फ़िल्टर किया जाता है और फिर सामान्यीकृत किया जाता है और लॉग 2 को परिवर्तित किया जाता है। रैखिक आयाम में कमी प्रमुख घटक विश्लेषण (पी. सी. ए.) का उपयोग करके की जाती है। कोशिकाओं के समूहों की पहचान के-एन. एन. एल्गोरिदम और लीडेन एल्गोरिदम का उपयोग करके की जाती है। अंत में, चार मैट्रिक्स को मैट्रिक्स फैक्टराइजेशन और यूएमएपी रिडक्शन का उपयोग करके जोड़ा जाता है। कोशिका पहचान एनोटेशन कोशिका पहचान एनोटेशन के लिए दो दृष्टिकोण हैंः ए. टी. ए. सी. शिखरों की विशेषता एनोटेशन के आधार पर एनोटेशन, और संदर्भ एस. सी. आर. एन. ए.-एस. ई. क्यू. डेटा के साथ एकीकरण के आधार पर एनोटेशन। अनुप्रयोग वर्तमान Tn5 से TnH संकेतों के अनुपात का उपयोग करके, यह वर्णन करने वाले मात्रात्मक मूल्यों की गणना की जा सकती है कि क्रोमैटिन का पुनर्निर्माण कितनी जल्दी और किस दिशा में हो रहा है (क्रोमैटिन वेग)। सबसे अधिक गतिशील क्षेत्रों को अलग करके और यह पहचानकर कि कौन से प्रतिलेखन कारक वहां बांधते हैं, क्रोमैटिन वेग का उपयोग किसी दिए गए कोशिका के भीतर होने वाली गतिशील एपिजेनेटिक प्रक्रियाओं और उन प्रक्रियाओं में विभिन्न प्रतिलेखन कारकों के योगदान का अनुमान लगाने के लिए किया जा सकता है। भविष्य में क्रोमैटिन पुनर्निर्माण जीन अभिव्यक्ति में परिवर्तन से पहले होता है और कोशिकीय परिवर्तनों के प्रक्षेपवक्र और तंत्र की समझ को बढ़ाता है। इस प्रकार, मल्टीमॉडल डेटा के एकीकरण के लिए मंच और उपकरण सक्रिय अनुसंधान के क्षेत्र हैं आर. एन. ए. वेग के साथ क्रोमैटिन वेग के एकीकरण के माध्यम से अस्थायी और दिशात्मक तत्वों को शामिल करने का प्रस्ताव किया गया है ताकि विभेदन मार्गों के बारे में और भी अधिक जानकारी प्रकट की जा सके। सीमाएँ एस. सी. जी. ई. टी.-एस. ई. क्यू. की कुछ सीमाएँ एस. सी. ए. टी. ए. सी.-एस. ई. क्यू. के समान हैं। दोनों प्रक्रियाओं के लिए व्यवहार्य कोशिकाओं से नाभिक के नमूनों और उच्च कोशिकीय व्यवहार्यता की आवश्यकता होती है। कम कोशिकीय व्यवहार्यता उच्च पृष्ठभूमि वाले डी. एन. ए. संदूषण की ओर ले जाती है जो प्रामाणिक जैविक संकेतों का सटीक रूप से प्रतिनिधित्व नहीं करते हैं। इसके अतिरिक्त, स्कैटैक-सेक और एससीजीईटी-सेक डेटा की अस्पष्टता और शोर-शराबे की प्रकृति विश्लेषण को चुनौतीपूर्ण बनाती है, और इस डेटा को सर्वोत्तम रूप से कैसे प्रबंधित किया जाए, इस पर अभी तक कोई आम सहमति नहीं है। भले ही थोक एक्सोम अनुक्रमण और एससीजीईटी-एसईक्यू परिणामों के बीच उत्परिवर्तन का एक उच्च सहसंबंध है, लेकिन एससीजीईटी-एसईक्यू सभी एक्सोम एसएनवी को पकड़ने में विफल रहता है। संदर्भ आणविक जीवविज्ञान तकनीकें