AMRFinderPlus
राष्ट्रीय जैव प्रौद्योगिकी सूचना केंद्र (एन. सी. बी. आई.) का ए. एम. आर. एफ. आइंडरप्लस उपकरण एक जैव-सूचनात्मक उपकरण है जो उपयोगकर्ताओं को जीवाणु जीनोम में रोगाणुरोधी प्रतिरोध निर्धारक, तनाव प्रतिक्रिया और विषाणुजनित जीन की पहचान करने की अनुमति देता है। इस उपकरण का विकास 2018 में (एएमआरएफाइंडर के रूप में) शुरू हुआ और अभी भी चल रहा है। राष्ट्रीय स्वास्थ्य संस्थान सॉफ्टवेयर और इसके द्वारा उपयोग किए जाने वाले डेटाबेस के विकास के लिए धन देते हैं। उपयोग ए. एम. आर. एफ. आइंडरप्लस का उपयोग एन. सी. बी. आई. की रोगजनक पहचान परियोजना द्वारा किया जाता है, जो भोजन, पर्यावरणीय स्रोतों और रोगियों से समान रोगजनक जीनोमिक अनुक्रमों को इकट्ठा करता है और ढूंढता है। एएमआरएफाइंडरप्लस रोगजनक पहचान परियोजना में प्रत्येक जीवाणु पृथक के लिए चलाया जाता है, और निष्कर्ष सार्वजनिक उपयोग के लिए प्रदान किए जाते हैं। 2021 में अपने वैज्ञानिक प्रकाशन के बाद से, इसने अन्य उपयोगकर्ताओं से भी उद्धरण एकत्र किए हैं। डेटाबेस डिजाइन और क्यूरेशन एएमआरएफाइंडरप्लस अधिग्रहित एंटीबायोटिक प्रतिरोध, तनाव प्रतिक्रिया और विषाणु जीन और आनुवंशिक उत्परिवर्तन का पता लगा सकता है जो एंटीबायोटिक प्रतिरोध प्रदान करने के लिए जाने जाते हैं। जब ए. एम. आर. एफ. आइंडरप्लस को शुरू में विकसित और वितरित किया गया था, तो पहले से ही एंटीबायोटिक प्रतिरोध निर्धारकों वाले कई डेटाबेस थे। टीम ने इन स्रोतों को समेकित करने और एक उच्च गुणवत्ता वाला संसाधन बनाने के लिए डेटाबेस डेवलपर्स, विशेषज्ञ पैनलों और अन्य लोगों के साथ सहयोग किया जो इन विभिन्न डेटा स्रोतों में सीमाओं को संबोधित करता है जिन्हें समुदाय ने उस समय उजागर किया था। एन. सी. बी. आई. की टीम नियमित रूप से डेटाबेस और इसकी व्याख्या विकसित करने के लिए विशेषज्ञ समूहों के साथ भी सहयोग करती है। समीक्षा पत्रों का निरंतर मूल्यांकन और प्रतिरोध प्रोटीन की नई रिपोर्ट इन स्रोतों को बढ़ाती हैं। जबकि कुछ ए. एम. आर. जीन पहचान उपकरण ब्लास्ट-आधारित पद्धतियों पर निर्भर करते हैं, अन्य छिपे हुए मार्कोव मॉडल (एच. एम. एम.) दृष्टिकोण का उपयोग करते हैं। बी. एल. ए. एस. टी.-आधारित विधियाँ विशेष एलील और जीन की पहचान कर सकती हैं जो निकटता से संबंधित हैं, लेकिन वे अक्सर मनमाने ढंग से कटौती लागू करते हैं जो ए. एम. आर. जीन की गलत पहचान कर सकते हैं या गैर-ए. एम. आर. जीन को प्रतिरोध प्रदान कर सकते हैं। एएमआरएफाइंडरप्लस में, पहचान की संवेदनशीलता और विशिष्टता को अनुकूलित करने के लिए प्रत्येक जीन के लिए कस्टम ब्लास्ट कटऑफ बनाए जाते हैं। BLAST-आधारित दृष्टिकोणों के विपरीत, जो किसी भी अनुक्रम में अनुक्रम बेमेल के लिए समान दंड लागू करते हैं, HMM अनुक्रम बेमेल के वजन के लिए अनुमति देते हैं कि वे प्रकृति में कितने प्रचलित हैं, जिसके परिणामस्वरूप BLAST-आधारित दृष्टिकोणों की तुलना में सही समरूपता का पता लगाने में उच्च सटीकता होती है, लेकिन इन मॉडलों को सटीकता सुनिश्चित करने के लिए क्यूरेशन और सत्यापन की आवश्यकता होती है। उपकरण के बैक्टीरियल रोगाणुरोधी प्रतिरोध संदर्भ जीन डेटाबेस में अप-टू-डेट जीन नामकरण, छिपे हुए मार्कोव मॉडल (एच. एम. एम.) का एक सेट और एक क्यूरेटेड प्रोटीन परिवार पदानुक्रम शामिल है। डेटाबेस में 627 से अधिक ए. एम. आर. एच. एम. एम., 6,428 जीन और 682 उत्परिवर्तन हैं, जो इस डेटा को कई समूहों के सहयोग से जीन परिवारों, प्रतीकों और नामों के पदानुक्रमित ढांचे में रखते हैं। डाटाबेस में जीन में 5588 ए. एम. आर. जीन, 210 तनाव प्रतिक्रिया जीन और 630 विषाणु जीन शामिल हैं। ए. एम. आर. जीन एंटीबायोटिक के 31 विभिन्न वर्गों और 58 विशिष्ट दवाओं के प्रतिरोध को कवर करते हैं। अनुक्रम अभिलेखों में, जहां संभव हो, प्राइमर के डिजाइन में सहायता के लिए कोडिंग क्षेत्र के दोनों ओर एक अतिरिक्त 100 बी. पी. शामिल है। एक मैनुअल प्रक्रिया के माध्यम से प्रत्येक एच. एम. एम. के लिए व्यक्तिगत रूप से कटौती निर्धारित की गई थी जिसमें सहायक साहित्य की पुष्टि, संबंधित परिवारों के अन्य ए. एम. आर. प्रोटीनों के खिलाफ बेंचमार्किंग और एन. सी. बी. आई. के गैर-अनावश्यक प्रोटीन अनुक्रम डेटाबेस में शामिल लाखों अतिरिक्त प्रोटीनों की पृष्ठभूमि शामिल थी। उपयोग के अधिकार यूनाइटेड स्टेट्स कॉपीराइट एक्ट के नियमों के तहत, NCBI AMRFinderPlus को "यूनाइटेड स्टेट्स गवर्नमेंट वर्क" के रूप में वर्गीकृत किया गया है। इसे डेवलपर्स के "अमेरिकी सरकार के लिए आधिकारिक दायित्वों" के हिस्से के रूप में किया गया काम माना जाता है, और इसलिए यह कॉपीराइट द्वारा संरक्षित नहीं है। सॉफ्टवेयर इसलिए जनता के लिए उपयोग के लिए स्वतंत्र रूप से सुलभ है और इसके वर्तमान या भविष्य के उपयोग पर कोई सीमा नहीं है। रोगाणुरोधी प्रतिरोध जीनोमिक्स जैव सूचना विज्ञान संदर्भ बाहरी लिंक गिथब पृष्ठ प्रलेखन मुक्त जैव सूचना विज्ञान सॉफ्टवेयर कम्प्यूटेशनल विज्ञान भी देखें।