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युग्मित-अंत टैग (पी. ई. टी.) (कभी-कभी "युग्मित-अंत डीटैग", या बस "डीटैग") एक डी. एन. ए. टुकड़े के 5 'और 3' सिरों पर छोटे अनुक्रम होते हैं जो इतने अद्वितीय होते हैं कि वे (सैद्धांतिक रूप से) एक जीनोम में केवल एक बार एक साथ मौजूद होते हैं, इसलिए उनके बीच डी. एन. ए. का अनुक्रम खोज पर उपलब्ध होता है (यदि पूर्ण-जीनोम अनुक्रम डेटा उपलब्ध है) या आगे के अनुक्रमण पर (क्योंकि टैग साइटें प्राइमर एनीलिंग साइटों के रूप में काम करने के लिए पर्याप्त अद्वितीय हैं)। पेयर्ड-एंड टैग (पी. ई. टी.) पी. ई. टी. पुस्तकालयों में मौजूद होते हैं जिसमें मध्यवर्ती डी. एन. ए. अनुपस्थित होता है, यानी, एक पी. ई. टी. जीनोमिक या सी. डी. एन. ए. के एक बड़े टुकड़े का प्रतिनिधित्व करता है जिसमें एक छोटा 5 'लिंकर अनुक्रम, एक छोटा 5' अनुक्रम टैग, एक छोटा 3 'अनुक्रम टैग और एक छोटा 3' लिंकर अनुक्रम होता है। यह वैचारिक रूप से दिखाया गया था कि 13 आधार जोड़े विशिष्ट रूप से टैग को मैप करने के लिए पर्याप्त हैं। हालांकि, विशिष्ट रूप से पढ़ने वाले मानचित्रण के लिए लंबे अनुक्रम अधिक व्यावहारिक हैं। पीईटी का उत्पादन करने के लिए उपयोग किए जाने वाले एंडोन्यूक्लीज़ (नीचे चर्चा की गई) लंबे टैग (18/20 आधार जोड़े और 25/27 आधार जोड़े) देते हैं, लेकिन 50-100 आधार जोड़े के अनुक्रम मानचित्रण और लागत दक्षता दोनों के लिए इष्टतम होंगे। कई डी. एन. ए. टुकड़ों से पी. ई. टी. निकालने के बाद, उन्हें कुशल अनुक्रमण के लिए एक साथ जोड़ा जाता है (संयोजित)। औसतन, 20-30 टैग को सेंगर विधि के साथ अनुक्रमित किया जा सकता है, जिसकी पढ़ने की लंबाई लंबी होती है। चूंकि टैग अनुक्रम छोटे होते हैं, इसलिए अलग-अलग पी. ई. टी. अगली पीढ़ी के अनुक्रमण के लिए अच्छी तरह से अनुकूल होते हैं जिसमें कम पढ़ने की लंबाई और उच्च प्रवाह क्षमता होती है। पी. ई. टी. अनुक्रमण के मुख्य लाभ केवल छोटे टुकड़ों को अनुक्रमित करके इसकी कम लागत, जीनोम में संरचनात्मक रूपों का पता लगाना और एकल टैग की तुलना में जीनोम में वापस संरेखित करते समय विशिष्टता में वृद्धि है, जिसमें डी. एन. ए. टुकड़े का केवल एक छोर शामिल होता है। पी. ई. टी. पुस्तकालयों का निर्माण पी. ई. टी. पुस्तकालयों को आम तौर पर दो सामान्य तरीकों से तैयार किया जाता हैः क्लोनिंग आधारित और क्लोनिंग-मुक्त आधारित। क्लोनिंग आधारित विखंडित जीनोमिक डी. एन. ए. या रुचि के पूरक डी. एन. ए. (सी. डी. एन. ए.) को प्लास्मिड वैक्टर में क्लोन किया जाता है। क्लोनिंग साइटों को एडाप्टर अनुक्रमों के साथ फ़्लैंक किया गया है जिसमें एंडोन्यूक्लीज़ के लिए प्रतिबंध साइटें हैं (नीचे चर्चा की गई है)। आवेषण को प्लास्मिड वैक्टरों से जोड़ा जाता है और अलग-अलग वैक्टरों को फिर ई. कोलाई में बदल दिया जाता है जिससे पीईटी लाइब्रेरी बन जाती है। पी. ई. टी. अनुक्रम प्लास्मिड को शुद्ध करके और वैक्टर के सिरों पर दो छोटे अनुक्रम छोड़कर विशिष्ट एंडोन्यूक्लीज़ के साथ पचाकर प्राप्त किए जाते हैं। इंट्रामोलिक्युलर (डाइलूट) स्थितियों के तहत, वैक्टर को फिर से वृत्ताकार और लिगेटेड किया जाता है, जिससे वेक्टर में केवल डिटैग रह जाते हैं। क्लोन के लिए अद्वितीय अनुक्रमों को अब एक साथ जोड़ा गया है। अगली पीढ़ी की अनुक्रमण तकनीक के आधार पर, पी. ई. टी. अनुक्रमों को एकवचन, आयामी या लंबी श्रृंखलाओं में संयोजित किया जा सकता है। क्लोनिंग के बजाय, एंडोन्यूक्लीज़ अनुक्रम वाले एडेप्टरों को विखंडित जीनोमिक डी. एन. ए. या सी. डी. एन. ए. के सिरों से जोड़ा जाता है। इसके बाद अणुओं को स्व-वृत्ताकार किया जाता है और पी. ई. टी. को मुक्त करते हुए एंडोन्यूक्लीज़ के साथ पचाया जाता है। अनुक्रमण से पहले, इन पी. ई. टी. को एडेप्टरों से जोड़ा जाता है जिन पर पी. सी. आर. प्राइमर प्रवर्धन के लिए काम करते हैं। पुस्तकालय के प्रतिरूपण आधारित निर्माण का लाभ यह है कि यह भविष्य में उपयोग के लिए टुकड़ों या सी. डी. एन. ए. को बरकरार रखता है। हालाँकि, निर्माण प्रक्रिया क्लोनिंग-मुक्त विधि की तुलना में बहुत लंबी है। अगली पीढ़ी की अनुक्रमण कंपनियों द्वारा अपनी-अपनी प्रौद्योगिकियों के अनुरूप पुस्तकालय निर्माण पर भिन्नताओं का उत्पादन किया गया है। एंडोन्यूक्लीज़ अन्य एंडोन्यूक्लीज़ के विपरीत, एम. एम. ई. आई. (प्रकार आई. आई. एस.) और ई. सी. ओ. पी. 15. आई. (प्रकार III) प्रतिबंध एंडोन्यूक्लीज़ अपने लक्ष्य बंधन स्थलों के नीचे की ओर काटते हैं। एम. एम. ई. आई. 18/20 आधार जोड़े को नीचे की ओर काटता है और इको. पी. 15. आई. 25/27 आधार जोड़े को नीचे की ओर काटता है। जैसे ही ये प्रतिबंध एंजाइम एडेप्टर में स्थित अपने लक्ष्य अनुक्रमों पर बांधते हैं, वे उन वैक्टरों को काटते और छोड़ते हैं जिनमें टुकड़े या सी. डी. एन. ए. के छोटे अनुक्रम होते हैं जो पी. ई. टी. का उत्पादन करते हैं। पी. ई. टी. अनुप्रयोग डी. एन. ए.-पी. ई. टी.: क्योंकि पी. ई. टी. टैगों के बीच संपर्क का प्रतिनिधित्व करता है, जीनोम पुनः अनुक्रमण में पी. ई. टी. के उपयोग में एकल पठन के उपयोग की तुलना में लाभ हैं। इस अनुप्रयोग को जोड़ीदार अंत अनुक्रमण कहा जाता है, जिसे बोलचाल की भाषा में डबल-बैरल शॉटगन अनुक्रमण के रूप में जाना जाता है। जोड़ी के एक आधे हिस्से को जीनोम में एक ही स्थान पर विशिष्ट रूप से लंगर डालने से दूसरे आधे हिस्से का मानचित्रण करने की अनुमति मिलती है जो अस्पष्ट है। अस्पष्ट रीड्स वे हैं जो एक से अधिक स्थानों पर मानचित्र बनाते हैं। यह बढ़ी हुई दक्षता अनुक्रमण की लागत को कम कर देती है क्योंकि इन अस्पष्ट अनुक्रमों या पाठों को आम तौर पर त्याग दिया जाता है। पी. ई. टी. अनुक्रमों की कनेक्टिविटी संरचनात्मक विविधताओं का पता लगाने की भी अनुमति देती हैः सम्मिलन, विलोपन, दोहराव, व्युत्क्रम, स्थानान्तरण। पी. ई. टी. पुस्तकालय के निर्माण के दौरान, टुकड़ों को एक निश्चित आकार के लिए चुना जा सकता है। मानचित्रण के बाद, पी. ई. टी. अनुक्रमों के एक दूसरे से लगातार एक विशेष दूरी पर होने की उम्मीद है। इस दूरी से एक विसंगति पीईटी अनुक्रमों के बीच संरचनात्मक भिन्नता को इंगित करती है। उदाहरण के लिए (दाईं ओर चित्र): अनुक्रमित जीनोम में एक विलोपन उस मानचित्र को संदर्भ जीनोम में अपेक्षा से अधिक दूर पढ़ता है क्योंकि संदर्भ जीनोम में डीएनए का एक खंड होगा जो अनुक्रमित जीनोम में मौजूद नहीं है। चिप-पीईटीः क्रोमैटिन इम्यूनोप्रेसिपिटेशन (चिप) और पीईटी के संयुक्त उपयोग का उपयोग रुचि के प्रोटीन से बंधे डीएनए के क्षेत्रों का पता लगाने के लिए किया जाता है। उत्पन्न पाठ की अस्पष्टता को कम करके चिप-पीईटी को एकल पठन अनुक्रमण पर लाभ है। चिप संकरण (चिप-चिप) पर लाभ यह है कि संकरण टाइलिंग सरणी में सांख्यिकीय संवेदनशीलता नहीं होती है जो अनुक्रम में होती है। हालांकि, चिप-पीईटी, चिप-सेक और चिप-चिप सभी अत्यधिक सफल रहे हैं। चिया-पीईटीः क्रोमैटिन अंतःक्रिया विश्लेषण पर पीईटी अनुक्रमण का अनुप्रयोग। यह प्रोटीन कारकों से बंधे डीएनए तत्वों के बीच नई लंबी दूरी की बातचीत का पता लगाने के लिए एक जीनोम-व्यापी रणनीति है। पहला सी. आई. ए.-पी. ई. टी. फुलवुड एट अल. (2009) द्वारा एस्ट्रोजन-उपचारित मानव स्तन एडेनोकार्सिनोमा कोशिकाओं में एस्ट्रोजन रिसेप्टर α (ई. आर.-α) द्वारा बंधे क्रोमैटिन के बीच बातचीत का एक नक्शा तैयार करने के लिए विकसित किया गया था। चिया-पीईटी अंतःक्रियाओं और उच्च-क्रम क्रोमैटिन संरचनाओं का विश्लेषण करने का एक निष्पक्ष तरीका है क्योंकि यह अज्ञात डीएनए तत्वों के बीच अंतःक्रियाओं का पता लगा सकता है। इसके विपरीत, 3सी और 4सी विधियों का उपयोग जीनोम में एक विशिष्ट लक्षित क्षेत्र से जुड़े अंतःक्रियाओं का पता लगाने के लिए किया जाता है। चिया-पीईटी आरएनए-पीईटी के माध्यम से संलयन जीन खोजने के समान है जिसमें युग्मित टैग जीनोम में विभिन्न क्षेत्रों में मानचित्रित होते हैं। हालांकि, चिआ-पीईटी में आरएनए-पीईटी की तरह दो जीनोमिक क्षेत्रों के बीच प्राकृतिक रूप से होने वाले संलयन के बजाय विभिन्न जीनोमिक क्षेत्रों में स्थित विभिन्न डीएनए टुकड़ों के बीच कृत्रिम बंधन शामिल हैं। आर. एन. ए.-पी. ई. टी.: इस अनुप्रयोग का उपयोग ट्रांसक्रिप्टोमः ट्रांसक्रिप्ट, जीन संरचना और जीन अभिव्यक्तियों के अध्ययन के लिए किया जाता है। पी. ई. टी. पुस्तकालय पूर्ण लंबाई के सी. डी. एन. ए. का उपयोग करके उत्पन्न किया जाता है, इसलिए डिटैग व्यक्तिगत प्रतिलेखों के 5 'कैप्ड और 3' पॉलीए टेल सिग्नेचर का प्रतिनिधित्व करते हैं। इसलिए, आर. एन. ए.-पी. ई. टी. प्रतिलेखन इकाइयों की सीमाओं का सीमांकन करने के लिए विशेष रूप से उपयोगी है। यह जीन के वैकल्पिक प्रतिलेखन प्रारंभ स्थलों और पॉलीएडीनैलेशन स्थलों की पहचान करने में मदद करेगा। आर. एन. ए.-पी. ई. टी. का उपयोग संलयन जीन और ट्रांस-स्प्लिसिंग का पता लगाने के लिए भी किया जा सकता है, लेकिन उनके बीच अंतर करने के लिए आगे के प्रयोग की आवश्यकता है। प्रतिलेखों की सीमाओं को खोजने के अन्य तरीकों में एकल-टैग रणनीतियाँ सी. ए. जी. ई., एस. ए. जी. ई. और सबसे हालिया सुपरसाज शामिल हैं, जिसमें सी. ए. जी. ई. और 5 'एस. ए. जी. ई. प्रतिलेखन प्रारंभ स्थलों को परिभाषित करते हैं और 3' एस. ए. जी. ई. पॉलीएडीनाइलेशन स्थलों को परिभाषित करते हैं। इन विधियों पर पी. ई. टी. अनुक्रमण के फायदे यह हैं कि पी. ई. टी. प्रतिलेखों के दोनों सिरों की पहचान करता है और साथ ही, जीनोम पर वापस मानचित्रण करते समय अधिक विशिष्टता प्रदान करता है। सी. डी. एन. ए. को अनुक्रमित करने से प्रतिलेखों की संरचनाओं को बहुत विस्तार से प्रकट किया जा सकता है, लेकिन यह दृष्टिकोण आर. एन. ए.-पी. ई. टी. अनुक्रमण की तुलना में बहुत अधिक महंगा है, विशेष रूप से पूरे प्रतिलेखों की विशेषता के लिए। आर. एन. ए.-पी. ई. टी. की प्रमुख सीमा प्रतिलेखों के आंतरिक एक्सोन के संगठन के बारे में जानकारी की कमी है। इसलिए, आर. एन. ए.-पी. ई. टी. वैकल्पिक विभाजन का पता लगाने के लिए उपयुक्त नहीं है। इसके अलावा, यदि क्लोनिंग प्रक्रिया का उपयोग पी. ई. टी. बनाने से पहले सी. डी. एन. ए. पुस्तकालय का निर्माण करने के लिए किया जाता है, तो जिन सी. डी. एन. ए. को क्लोन करना मुश्किल होता है (लंबे प्रतिलेखों के परिणामस्वरूप) उनका कवरेज कम होगा। इसी तरह, कम अभिव्यक्ति स्तरों के साथ प्रतिलेख (या प्रतिलेख समरूप) भी कम प्रतिनिधित्व किए जाने की संभावना है। संदर्भ आणविक जीव विज्ञान प्रयोगशाला तकनीक आणविक जीव विज्ञान तकनीक डीएनए अनुक्रमण