Downstream-peptide motif
डाउनस्ट्रीम-पेप्टाइड मोटिफ एक संरक्षित आर. एन. ए. संरचना को संदर्भित करता है जिसे साइनोबैक्टीरियल जेनेरा सिनेकोकोकस और प्रोक्लोरोकोकस में जैव सूचना विज्ञान द्वारा पहचाना जाता है और एक फेज जो ऐसे बैक्टीरिया को संक्रमित करता है। यह असिंचित बैक्टीरिया से डीएनए के समुद्री नमूनों में भी पाया गया था, जो संभवतः साइनोबैक्टीरिया की अन्य प्रजातियां हैं। डाउनस्ट्रीम-पेप्टाइड आर. एन. ए. छोटे ओपन रीडिंग फ्रेम (ओ. आर. एफ.) के ऊपर की ओर पाए जाते हैं जो छोटे पेप्टाइड्स (आमतौर पर 17 और 100 एमिनो एसिड के बीच) को कूटबद्ध करने की भविष्यवाणी करते हैं। नाइट्रोजन स्रोतों की अपर्याप्त आपूर्ति के साथ कोशिकाओं को उगाने पर ओ. आर. एफ. में से एक को स्पष्ट रूप से कम विनियमित किया जाता है। डाउनस्ट्रीम-पेप्टाइड मोटिफ की संरचना एक अलग उम्मीदवार आर. एन. ए. संरचना से मिलती-जुलती है जिसे जी. एल. एन. ए. आर. एन. ए. मोटिफ कहा जाता है जिसे साइनोबैक्टीरिया में एक कार्यात्मक ग्लूटामाइन बाइंडिंग राइबोस्विच के रूप में दिखाया गया था। सबसे उल्लेखनीय समानता दोनों रूपांकनों के पी1 तने के भीतर न्यूक्लियोटाइड संरक्षण है, और इस और अन्य समानताओं पर पहले चर्चा की गई थी। यह परिकल्पना की गई थी कि साक्ष्य की कई पंक्तियों के आधार पर डाउनस्ट्रीम-पेप्टाइड आर. एन. ए. राइबोस्विच के अनुरूप हैं। सबसे पहले, जी. एल. एन. ए. आर. एन. ए. अक्सर नाइट्रोजन चयापचय में शामिल कई वर्गों के जीन के अनुमानित 5 'अनुवादित क्षेत्रों में स्थित होते हैं। यह और अन्य साक्ष्य बताते हैं कि जी. एल. एन. ए. आर. एन. ए. राइबोस्विच हैं, और डाउनस्ट्रीम-पेप्टाइड आर. एन. ए. के साथ उनकी संरचनात्मक समानता से पता चलता है कि डाउनस्ट्रीम-पेप्टाइड आर. एन. ए. भी राइबोस्विच हैं। दूसरा, डाउनस्ट्रीम-पेप्टाइड्स लगातार एक ऐसे स्थान पर स्थित होते हैं जो डाउनस्ट्रीम ओ. आर. एफ. को विनियमित करने में सी. आई. एस.-नियामक भूमिका के अनुरूप है, हालांकि ओ. आर. एफ. की जैविक भूमिका अज्ञात है। तीसरा, सूडोकनॉट संरचना में एक मध्यम जटिलता होती है जो राइबोस्विच की विशेषता है। अंत में, नाइट्रोजन की उपलब्धता द्वारा डाउनस्ट्रीम ओ. आर. एफ. के विनियमन का अवलोकन भी तत्व की सी. आई. एस.-नियामक भूमिका का सुझाव देता है। यह परिकल्पना जैव रासायनिक और आनुवंशिक डेटा द्वारा समर्थित है। सबसे पहले, डाउनस्ट्रीम-पेप्टाइड आर. एन. ए. और जी. एल. एन. ए. आर. एन. ए. दोनों चुनिंदा रूप से ग्लूटामाइन को बांधते हैं। दूसरा, डाउनस्ट्रीम-पेप्टाइड मोटिफ के रिपोर्टर जीन विश्लेषण से पता चला कि यह आर. एन. ए. ग्लूटामाइन के बंधन पर रिपोर्टर जीन अभिव्यक्ति को बढ़ावा देता है और इसलिए इसे एक सक्रिय राइबोस्विच माना जा सकता है। डाउनस्ट्रीम-पेप्टाइड मोटिफ द्वारा नियंत्रित किए जाने वाले संभावित उम्मीदवार ऐसे जीन हैं जो अक्सर अपने 5 'यू. टी. आर. में डाउनस्ट्रीम-पेप्टाइड मोटिफ को ले जाते हैं और छोटे, अज्ञात प्रोटीन को कूटबद्ध करते हैं जिनमें डी. यू. एफ. 4278 होता है और ग्लूटामाइन सिंथेटेज के अनुमानित नियामक होते हैं। इस परिकल्पना का समर्थन इस निष्कर्ष से किया जाता है कि डीयूएफ4278 युक्त ग्लूटामाइन सिंथेटेज अवरोधक कारक आई. एफ. 17 एन्कोडिंग जीन जी. आई. एफ. बी. की अभिव्यक्ति को संरचनात्मक रूप से संबंधित जी. एल. एन. ए. आर. एन. ए. रूपांकन द्वारा नियंत्रित किया गया था। डाउनस्ट्रीम-पेप्टाइड आर. एन. ए. एक अनुमानित गैर-कोडिंग आर. एन. ए. को ओवरलैप करते हैं जिसे वाई. एफ. आर. 6 कहा जाता है जिसकी लंबाई 200 से अधिक न्यूक्लियोटाइड्स होती है, लेकिन यह प्रस्तावित किया गया था कि केवल अपस्ट्रीम क्षेत्र (डाउनस्ट्रीम-पेप्टाइड मोटिफ के अनुरूप) आर. एन. ए. संरचना के रूप में कार्य करता है। एक विशिष्ट अनुमानित गैर-कोडिंग आर. एन. ए. जिसे वाई. एफ. आर. 14 कहा जाता है, वाई. एफ. आर. 6 और डाउनस्ट्रीम-पेप्टाइड आर. एन. ए. दोनों को ओवरलैप करता है। हालाँकि, यह स्पष्ट नहीं है कि क्या yfr6 या yfr14 का डाउनस्ट्रीम-पेप्टाइड राइबोस्विच की अब स्थापित भूमिका से परे कोई कार्य है। संदर्भ बाहरी लिंक सिस-नियामक आर. एन. ए. तत्व राइबोस्विच