AutoDock
ऑटोडॉक एक आणविक मॉडलिंग अनुकरण सॉफ्टवेयर है। यह विशेष रूप से प्रोटीन-लिगैंड डॉकिंग के लिए प्रभावी है। ऑटोडॉक 4 जीएनयू जनरल पब्लिक लाइसेंस के तहत उपलब्ध है। ऑटोडॉक अनुसंधान समुदाय में सबसे अधिक उद्धृत डॉकिंग सॉफ्टवेयर अनुप्रयोगों में से एक है। इसका उपयोग एच. आई. वी./एड्स और कोविड-19 के खिलाफ एंटीवायरल की खोज के लिए वर्ल्ड कम्युनिटी ग्रिड में संचालित FightAIDS@Home और ओपनपैंडेमिक-कोविड-19 परियोजनाओं द्वारा किया जाता है। फरवरी 2007 में, आई. एस. आई. साइटेशन इंडेक्स की खोज से पता चला कि प्राथमिक ऑटोडॉक विधि पत्रों का उपयोग करके 1,100 से अधिक प्रकाशनों का हवाला दिया गया था। 2009 तक, यह संख्या 1,200 को पार कर गई। ऑटोडॉक वीना ऑटोडॉक का उत्तराधिकारी है, जो सटीकता और प्रदर्शन के मामले में काफी बेहतर है। यह अपाचे लाइसेंस के तहत उपलब्ध है। ऑटोडॉक और वीना दोनों का रखरखाव वर्तमान में स्क्रिप्स रिसर्च द्वारा किया जाता है, विशेष रूप से डॉ. आर्थर जे. ओल्सन ऑटोडॉक के नेतृत्व में सेंटर फॉर कम्प्यूटेशनल स्ट्रक्चरल बायोलॉजी (सी. सी. एस. बी.) का व्यापक रूप से उपयोग किया जाता है और मर्क एंड कंपनी द्वारा पहले नैदानिक रूप से अनुमोदित एच. आई. वी.-1 इंटीग्रेज़ अवरोधक के विकास में भूमिका निभाई जाती है। ऑटोडॉक के उपयोग ने एच. आई. वी. 1 एकीकृत अवरोधकों सहित कई दवाओं की खोज में योगदान दिया है। प्लेटफ़ॉर्म समर्थन ऑटोडॉक लिनक्स, मैक ओएस एक्स, एसजीआई आईआरआईएक्स और माइक्रोसॉफ्ट विंडोज पर चलता है। यह डेबियन, फेडोरा और आर्क लिनक्स सहित कई लिनक्स वितरणों में एक पैकेज के रूप में उपलब्ध है। माइक्रोसॉफ्ट विंडोज पर नेटिव 64-बिट मोड में एप्लिकेशन को संकलित करने से सॉफ्टवेयर का तेजी से फ्लोटिंग-पॉइंट ऑपरेशन संभव हो जाता है। जीपीयू के लिए उन्नत संस्करण ऑटोडॉक ओपनसीएल और सीयूडीए का उपयोग करके बेहतर गणना दिनचर्या ऑटोडॉक स्क्रिप्स शोध दल द्वारा विकसित की गई है। इसके परिणामस्वरूप सीपीयू पर मूल सीरियल ऑटोडॉक 4.2 (सोलिस-वेट्स) पर 4x (क्वाड-कोर सीपीयू) और 56x (जीपीयू) तक की गति देखी गई। सीयूडीए संस्करण को स्क्रिप्स अनुसंधान दल और एनवीडिया के सहयोग से विकसित किया गया था, जबकि ओपनसीएल संस्करण को आईबीएम वर्ल्ड कम्युनिटी ग्रिड टीम के समर्थन से और अनुकूलित किया गया था। ऑटोडॉक वीना ऑटोडॉक का एक उत्तराधिकारी, ऑटोडॉक वीना है, जिसमें एक बेहतर स्थानीय खोज दिनचर्या है और यह मल्टी-कोर/मल्टी-सीपीयू कंप्यूटर सेटअप का उपयोग करता है। ऑटोडॉक वीना को सॉफ्टवेयर का उपयोग करने वाली कई विश्व सामुदायिक ग्रिड परियोजनाओं में 64-बिट लिनक्स ऑपरेटिंग सिस्टम के तहत काफी तेजी से चलने के लिए जाना जाता है। ऑटोडॉक वीना वर्तमान में संस्करण 1.2 पर है, जिसे जुलाई 2021 में जारी किया गया था। तृतीय-पक्ष सुधार और उपकरण एक मुक्त स्रोत परियोजना के रूप में, ऑटोडॉक ने कई तृतीय-पक्ष उन्नत संस्करण प्राप्त किए हैं जैसे किः ऑटोडॉक वीना (स्मिना) के साथ स्कोरिंग और मिनिमाइजेशन ऑटोडॉक वीना का एक कांटा है जिसमें स्कोरिंग फ़ंक्शन विकास और ऊर्जा न्यूनतमकरण के लिए बेहतर समर्थन है। ऑफ-टारगेट पाइपलाइन बड़ी परियोजनाओं के भीतर ऑटोडॉक के एकीकरण की अनुमति देती है। सर्वसम्मति स्कोरिंग टूलकिट कई स्कोरिंग कार्यों और सर्वसम्मति स्कोरिंग समीकरणों के अंशांकन के साथ ऑटोडॉक वीना पोज़ का बचाव प्रदान करता है। वी. एस. एल. ए. बी. एक वी. एम. डी. प्लग-इन है जो सीधे वी. एम. डी. से ऑटोडॉक के उपयोग की अनुमति देता है। ऑटोडॉक के साथ वर्चुअल स्क्रीनिंग चलाने के लिए पायआरएक्स एक अच्छा जीयूआई प्रदान करता है। पायआरएक्स में एक डॉकिंग विज़ार्ड शामिल है और आप इसका उपयोग क्लाउड या एचपीसी क्लस्टर में ऑटोडॉक वीना चलाने के लिए कर सकते हैं। पी. ओ. ए. पी. एक शेल-स्क्रिप्ट-आधारित उपकरण है जो लिगैंड की तैयारी से लेकर पोस्ट डॉकिंग विश्लेषण तक वर्चुअल स्क्रीनिंग के लिए ऑटोडॉक को स्वचालित करता है। वर्चुअलफ्लो ऑटोडॉक वीना-आधारित डॉकिंग कार्यक्रमों का उपयोग करके कंप्यूटर समूहों और क्लाउड पर अल्ट्रा-लार्ज वर्चुअल स्क्रीनिंग करने की अनुमति देता है, जिससे नियमित रूप से अरबों यौगिकों की स्क्रीनिंग की जा सकती है। एफ. पी. जी. ए. त्वरण सह-प्रोसेसर के रूप में सामान्य प्रोग्रामेबल चिप्स का उपयोग करते हुए, विशेष रूप से ओ. एम. आई. एक्स. ओ. एन. प्रायोगिक उत्पाद, स्पीडअप मानक इंटेल डुअल कोर 2 गीगाहर्ट्ज़ सी. पी. यू. की गति 10x-100x की सीमा के भीतर था। डॉकिंग (आणविक) प्रोटीन-लिगैंड डॉकिंग सॉफ्टवेयर की आभासी जांच सूची भी देखें संदर्भ बाहरी लिंक ऑटोडॉक होमपेज ऑटोडॉक वीना होमपेज आणविक मॉडलिंग सॉफ्टवेयर आणविक मॉडलिंग मुक्त और मुक्त स्रोत सॉफ्टवेयर