HIKESHI
हाइकेशी एक प्रोटीन है जो फेफड़ों और बहुकोशिकीय जीवों के विकास में महत्वपूर्ण है, जिसे मनुष्यों में हाइकेशी जीन द्वारा कूटबद्ध किया जाता है। हाइकेशी मनुष्यों में गुणसूत्र 11 पर और चूहों में गुणसूत्र 7 पर पाया जाता है। इसी तरह के अनुक्रम (ऑर्थोलॉग) अधिकांश पशु और कवक प्रजातियों में पाए जाते हैं। माउस होमोलॉग, गुणसूत्र 7 रिंचिक 6 प्रोटीन पर घातक जीन को l7Rn6 जीन द्वारा कूटबद्ध किया जाता है। जीन हाइकेशी होमो सेपियन्स में एक प्रोटीन-कोडिंग जीन है। जीन के वैकल्पिक नाम हैं एफएलजे43020, एचएसपीसी138, एचएसपीसी179 और एल7आरएन6। क्षेत्र q14.2 पर गुणसूत्र 11 की लंबी भुजा पर स्थित, इंट्रॉन और एक्सॉन सहित पूरा जीन प्लस स्ट्रैंड पर 42,698 आधार जोड़े हैं। हाइकेशी संस्करण 1 के एम. आर. एन. ए. में 1,183 आधार जोड़े के लिए 1,3,4,5 और 7 एक्सॉन शामिल हैं, जिसमें आधार जोड़े 239 से 832 कोडिंग क्षेत्रों का प्रतिनिधित्व करते हैं। वैकल्पिक विभाजन संस्करण 1 सबसे लंबा और सबसे आम प्रोटीन कोडिंग संस्करण है। तीन अन्य मुख्य प्रकार एक वैकल्पिक एक्सॉन अनुक्रम का उपयोग करते हैं जो पढ़ने के ढांचे को फेंक देता है, जिससे एमआरएनए अनुक्रम जल्दी समाप्त हो जाता है और प्रोटीन क्षय से गुजरता है। नीचे दी गई तालिका विभिन्न प्रकारों और एक्सॉन उपयोग को दर्शाती है। ऊपर दी गई तालिका में दिखाए गए चार प्रकार मानव कोशिकाओं में पाए जाने वाले सबसे आम समरूप हैं। कुल 13 वैकल्पिक रूप से विभाजित अनुक्रम और तीन गैर-विभाजित रूप हैं जो दो वैकल्पिक प्रवर्तकों का उपयोग करते हैं। एम. आर. एन. ए. प्रकार 8 अलग-अलग एक्सोन, वैकल्पिक, अतिव्यापी एक्सोन और इंट्रॉन के प्रतिधारण के संयोजन पर भिन्न होते हैं। वैकल्पिक विभाजन के अलावा, एम. आर. एन. ए. 3 'छोर पर छंटाई से भिन्न होते हैं। वैरिएंट 1 दस एम. आर. एन. ए. में से एक है जिसे प्रोटीन के लिए कोड दिखाया गया है, जबकि बाकी मूर्खतापूर्ण मध्यस्थ एम. आर. एन. ए. क्षय के लिए बाध्य प्रतीत होते हैं। C11orf73 आइसोफॉर्म्स प्रमोटर का ऐसव्यू प्रतिनिधित्व प्रमोटर क्षेत्र, GXP 47146, जीनोमैटिक्स के एलडोराडो उपकरण का उपयोग करते हुए पाया गया था। 840 बी. पी. अनुक्रम डी. एन. ए. बिंदु 86012753 से 86013592 पर हिकेशी जीन से पहले स्थित है। प्रवर्तक 12 में से 12 अर्थोलॉग और 6 प्रासंगिक प्रतिलेखों के लिए कोड में संरक्षित है। जीनोमैटिक्स एलडोराडो उपकरण से संरक्षित प्रतिलेखन कारक बंधन स्थलः एम. आर. एन. ए. उत्पाद की समाप्ति को जीन के सी. डी. एन. ए. के भीतर कूटबद्ध किया जाता है। एक एम. आर. एन. ए. उत्पाद की अंतिम समाप्ति में आम तौर पर तीन मुख्य विशेषताएं होती हैंः पॉली ए संकेत, पॉली ए पूंछ, और अनुक्रम का एक क्षेत्र जो एक स्टेम लूप संरचना बना सकता है। पॉली ए संकेत एक अत्यधिक संरक्षित स्थल है, जो छह न्यूक्लियोटाइड लंबा अनुक्रम है। यूकेरियोट्स में अनुक्रम ए. ए. टी. ए. ए. है और पॉली ए साइट से लगभग 10-30 न्यूक्लियोटाइड्स स्थित है। ए. ए. टी. ए. ए. अनुक्रम एक अत्यधिक संरक्षित, यूकेरियोटिक पॉलीए संकेत है जो संकेत अनुक्रम के बाद एम. आर. एन. ए. उत्पाद 10-30 आधार जोड़े के पॉलीएडीनाइलेशन के लिए संकेत देता है। C11orf73 के लिए पॉलीए साइट जीटीए है। जीन अभिव्यक्ति हाइकेशी को औसत से 2.3 गुना अधिक के उच्च स्तर पर सर्वव्यापी रूप से व्यक्त करने के लिए निर्धारित किया गया था। C11orf73 बड़ी संख्या में मानव ऊतकों में व्यक्त किया जाता है। यूनिजीन पर एक्सप्रेशन प्रोफाइल और ईएसटी प्रोफाइल के बीच, केवल 11 ऊतकों को C11orf73 को व्यक्त नहीं करने के लिए दिखाया गया था, संभवतः ऊतक में छोटे नमूने के आकार के कारण। प्रोटीन मानव हाइकेशी जीन एक प्रोटीन के लिए कूटबद्ध करता है जिसे अस्वाभाविक प्रोटीन C11orf73 कहा जाता है। समरूप चूहा L7rn6 जीन गुणसूत्र 7 रिंचिक 6 पर घातक जीन नामक प्रोटीन को कूटबद्ध करता है। 1 mfgclvagrl vqtaaqqva dkfvfdlpdy Esinhvvvfm lgtipfpegm ggsvyfsypd 61 sngmpvqll gfvtngkpsa iffkisglksg egsqhpfgam nivrtpsvaq igisvellds 121 mqtpvgna avssvdsftq ftqkmldnfy nfassfavsq aqmtpspsem fipanvvlkw 181 yenfqrrlaq nplfwkt कूटबद्ध मानव प्रोटीन 197 एमिनो एसिड लंबा होता है। माउस प्रोटीन के सादृश्य के माध्यम से, मानव हाइकेशी प्रोटीन का काल्पनिक कार्य फेफड़ों की कोशिकाओं में स्रावी उपकरण का संगठन और कार्य है। डीयूएफ775 (डोमेन ऑफ अननोन फंक्शन 775) के रूप में जाना जाने वाला प्रोटीन डोमेन मानव हाइकेशी और माउस एल7आरएन6 प्रोटीन दोनों के भीतर स्थित है। DUF775 डोमेन 197 एमिनो एसिड लंबा है, जो प्रोटीन के समान लंबाई है। परिभाषा के अनुसार DUF 775 सुपर परिवार को बनाने वाले अन्य प्रोटीनों में C11orf73 के सभी ऑर्थोलॉग शामिल हैं। हाइड्रोपैथी विश्लेषण से पता चलता है कि प्रोटीन में कोई व्यापक हाइड्रोफोबिक क्षेत्र नहीं हैं और इसलिए, यह निष्कर्ष निकाला जाता है कि हाइकेशी एक साइटोप्लाज्मिक प्रोटीन है। C11orf73 के लिए आइसोइलेक्ट्रिक बिंदु 5.108 है जो सुझाव देता है कि यह अधिक अम्लीय वातावरण में इष्टतम रूप से कार्य करता है। एसएनपी सी11ओआरएफ73 अनुक्रम के लिए एकमात्र एसएनपी, या एकल-न्यूक्लियोटाइड बहुरूपता, प्रोटीन के भीतर एक एमिनो एसिड परिवर्तन में परिणाम देती है। अन्य एसएनपी की कमी की सबसे अधिक संभावना हाइकेशी के उच्च स्तर के संरक्षण और जीव पर प्रोटीन में एक उत्परिवर्तन के घातक प्रभाव के कारण है। एस. एन. पी. के लिए फेनोटाइप अज्ञात है। हाइकेशी के आसपास के जीन सी. सी. डी. सी. 81, एम. ई. 3 और ई. ई. डी हैं। आसपास के जीन के कार्य को देखकर जीन के संभावित कार्य की बेहतर समझ प्राप्त करने के लिए आनुवंशिक पड़ोस को देखा जाता है। सी. सी. डी. सी. 81 जीन एक अस्वाभाविक प्रोटीन उत्पाद के लिए कोड करता है और प्लस स्ट्रैंड पर उन्मुख होता है। सी. सी. डी. सी. 81 81 आइसोफॉर्म 1 वाले कुंडलित-कुंडल डोमेन के लिए खड़ा है। एम. ई. 3 जीन माइटोकॉन्ड्रियल मैलिक एंजाइम 3 अग्रदूत के लिए खड़ा है। मैलिक एंजाइम एक सह-कारक के रूप में एन. ए. डी. + या एन. ए. डी. पी. + का उपयोग करके मैलेट के ऑक्सीडेटिव डीकार्बोक्सिलेशन को पायरूवेट में उत्प्रेरित करता है। स्तनधारी ऊतकों में मैलिक एंजाइम के 3 अलग-अलग समरूप होते हैंः एक साइटोसोलिक एन. ए. डी. पी. (+)-निर्भर समरूप, एक माइटोकॉन्ड्रियल एन. ए. डी. पी. (+)-निर्भर समरूप, और एक माइटोकॉन्ड्रियल एन. ए. डी. (+)-निर्भर समरूप। यह जीन एक माइटोकॉन्ड्रियल एन. ए. डी. पी. (+)-निर्भर समरूप को कूटबद्ध करता है। इस जीन के लिए कई वैकल्पिक रूप से मिश्रित प्रतिलेख रूप पाए गए हैं, लेकिन कुछ रूपों की जैविक वैधता निर्धारित नहीं की गई है। ई. ई. डी. जीन भ्रूण एक्टोडर्म विकास आइसोफॉर्म बी के लिए खड़ा है और पॉलीकोम्ब-समूह (पी. सी. जी.) परिवार का सदस्य है। पी. सी. जी. परिवार के सदस्य मल्टीमेरिक प्रोटीन कॉम्प्लेक्स बनाते हैं, जो क्रमिक कोशिका पीढ़ियों में जीन की प्रतिलेखन दमनकारी स्थिति को बनाए रखने में शामिल होते हैं। यह प्रोटीन ज़ेस्ट 2, इंटीग्रिन बीटा 7 की साइटोप्लाज्मिक पूंछ, इम्यूनोडेफिशिएंसी वायरस टाइप 1 (एच. आई. वी.-1) एम. ए. प्रोटीन और हिस्टोन डेसिटिलेस प्रोटीन के संवर्धक के साथ अंतःक्रिया करता है। यह प्रोटीन हिस्टोन डीसेटीलेशन के माध्यम से जीन गतिविधि के दमन में मध्यस्थता करता है, और इंटीग्रिन कार्य के एक विशिष्ट नियामक के रूप में कार्य कर सकता है। इस जीन के लिए अलग-अलग समरूपों को कूटबद्ध करने वाले दो प्रतिलेख रूपों की पहचान की गई है। इंटरैक्शन स्ट्रींग और सिग्मा-एल्ड्रिच के पसंदीदा जीन कार्यक्रमों ने C11orf73 के साथ संभावित प्रोटीन इंटरैक्शन का सुझाव दिया। ए. आर. जी. यू. एल. 1, सी. आर. एच. बी. पी. और ई. ई. डी. टेक्स्ट माइनिंग से लिए गए थे और एच. एन. एफ. 4ए सिग्मा-एल्ड्रिच से आया था। ए. आर. जी. यू. एल. 1 एक अज्ञात कार्य के साथ एक अज्ञात प्रोटीन है। सी. आर. एच. बी. पी. एक कॉर्टिकोट्रोफिन रिलीज करने वाला हार्मोन बाइंडिंग प्रोटीन है जो संभवतः एक सिग्नल कैस्केड में भूमिका निभा सकता है जिसमें हाइकेशी शामिल या सक्रिय होता है। EED, C11orf73 का एक पड़ोसी प्रोटीन, एक भ्रूण एक्टोडर्म विकास प्रोटीन है और पॉलीकोम्ब-समूह (PcG) परिवार का सदस्य है। पी. सी. जी. परिवार के सदस्य मल्टीमेरिक प्रोटीन कॉम्प्लेक्स बनाते हैं, जो क्रमिक कोशिका पीढ़ियों में जीन की प्रतिलेखन दमनकारी स्थिति को बनाए रखने में शामिल होते हैं। एच. एन. एफ. 4. ए. एक प्रतिलेखन नियामक है और यह अज्ञात है कि एच. एन. एफ. 4. ए. सी11ओ. आर. एफ. 73 की अभिव्यक्ति को नियंत्रित करता है या बस इसके साथ बातचीत करता है। [12 विकासवादी इतिहास जीवों के विकासवादी इतिहास को एक जातिजनित वृक्ष बनाने के लिए समय संदर्भ के रूप में ऑर्थोलॉग के अनुक्रमों का उपयोग करके निर्धारित किया जा सकता है। CLUSTALW कई अनुक्रमों की तुलना करता है, कार्यक्रम का उपयोग C11orf73 के ऑर्थोलॉग के आधार पर इस तरह के फ़ाइलोजेनेटिक ट्री बनाने के लिए भी किया जा सकता है। दाहिनी ओर का वृक्ष विचलन के समय के आधार पर एक समय रेखा के साथ उत्पन्न जातिजनित वृक्ष को दर्शाता है। हिकेशी ऑर्थोलॉग्स से बना पेड़ साहित्य जातिजनित पेड़ के समान है, यहां तक कि मछली, पक्षी और कवक जैसे समान जीवों को एक साथ समूहित करता है। ऑर्थोलॉग होमोलॉगस अनुक्रम ऑर्थोलॉगस होते हैं यदि उन्हें एक प्रजाति घटना द्वारा अलग किया गया थाः जब एक प्रजाति दो अलग-अलग प्रजातियों में अलग हो जाती है, तो परिणामी प्रजातियों में एक ही जीन की अलग-अलग प्रतियों को ऑर्थोलॉगस कहा जाता है। ऑर्थोलॉग, या ऑर्थोलॉगस जीन, विभिन्न प्रजातियों में जीन हैं जो एक दूसरे के समान हैं क्योंकि वे एक सामान्य पूर्वज से उत्पन्न हुए हैं। ऑर्थोलॉगस अनुक्रम जीवों के वर्गीकरण और जातिजनित अध्ययन में उपयोगी जानकारी प्रदान करते हैं। आनुवंशिक विचलन के स्वरूप का उपयोग जीवों के संबंध का पता लगाने के लिए किया जा सकता है। दो जीव जो बहुत निकटता से संबंधित हैं, वे दो ऑर्थोलॉग के बीच बहुत समान डीएनए अनुक्रम प्रदर्शित करने की संभावना रखते हैं। इसके विपरीत, एक जीव जिसे आगे किसी अन्य जीव से विकासवादी रूप से हटा दिया जाता है, अध्ययन किए जा रहे ऑर्थोलॉग के अनुक्रम में अधिक विचलन प्रदर्शित करने की संभावना है। गुणसूत्र की तालिका 11 ओपन रीडिंग फ्रेम 73 ऑर्थोलॉग तालिका 13 अनुक्रमों (12 ऑर्थोलॉग, 1 मूल अनुक्रम) को प्रोटीन नाम, परिग्रहण संख्या, न्यूक्लियोटाइड पहचान, प्रोटीन पहचान और ई-मानों के साथ दिखाती है। परिग्रहण संख्याएँ एन. सी. बी. आई. प्रोटीन डाटाबेस से पहचान संख्याएँ हैं। न्यूक्लियोटाइड अनुक्रम को डी. बी. एस. ओ. यू. आर. सी. ई. से प्रोटीन के अनुक्रम पृष्ठ से प्राप्त किया जा सकता है, जो परिग्रहण संख्या देता है और न्यूक्लियोटाइड के अनुक्रम पृष्ठ की एक कड़ी है। प्रत्येक ऑर्थोलॉग और उसके संबंधित जीव के लिए न्यूक्लियोटाइड और प्रोटीन अनुक्रम दोनों की लंबाई भी तालिका में सूचीबद्ध है। अनुक्रम लंबाई के बगल में मूल हाइकेशी जीन के लिए ऑर्थोलॉग की पहचान होती है। पहचान और ई-मूल्यों को एस. डी. एस. सी. बायोलॉजी वर्कबेंच से वैश्विक संरेखण कार्यक्रम, ए. एल. आई. जी. एन. और एन. सी. बी. आई. से ब्लास्ट का उपयोग करके प्राप्त किया गया था। ग्राफ ज्यादातर रैखिक वक्र का उत्पादन करने के लिए जीव के विचलन समय के खिलाफ ऑर्थोलॉग की प्रतिशत पहचान दिखाता है। वक्र के भीतर दो मुख्य जोड़ क्रमशः लगभग 450 मिलियन वर्ष और 1150 मिलियन वर्ष पहले जीन दोहराव के समय का सुझाव देते हैं। जीन डुप्लिकेशन के पैरालॉग शायद हाइकेशी के अत्यधिक संरक्षित ऑर्थोलॉग से इतने अलग हैं कि यह ब्लिंक या ब्लास्ट टूल का उपयोग करके नहीं पाया गया था। मान m (100 अमीनो एसिड खंड में हुए अमीनो एसिड परिवर्तनों की कुल संख्या), जो कि n (टेम्पलेट अनुक्रम से अमीनो एसिड अंतरों की संख्या) का सही मूल्य है, का उपयोग λ (प्रति वर्ष औसत अमीनो एसिड परिवर्तन, आमतौर पर λE9 के मूल्यों में दर्शाया जाता है) की गणना करने के लिए भी किया जाता है। m/100 =-ln (1-n/100) λ = (m/100)/(2 * T) संदर्भ बाहरी लिंक मानव प्रोटीन