Consensus CDS Project
સર્વસંમતિ કોડિંગ સિક્વન્સ (સી. સી. ડી. એસ.) પ્રોજેક્ટ એ પ્રોટીન-કોડિંગ પ્રદેશોના ડેટાસેટને જાળવવાનો એક સહયોગી પ્રયાસ છે જે માનવ અને માઉસ સંદર્ભ જીનોમ એસેમ્બલીઓ પર સમાન રીતે ટિપ્પણી કરે છે. સી. સી. ડી. એસ. પ્રોજેક્ટ સંદર્ભ માઉસ અને માનવ જીનોમ પર સમાન પ્રોટીન એનોટેશન્સને સ્થિર ઓળખકર્તા (સી. સી. ડી. એસ. આઈ. ડી.) સાથે ટ્રેક કરે છે, અને ખાતરી કરે છે કે તેઓ સતત નેશનલ સેન્ટર ફોર બાયોટેકનોલોજી ઇન્ફર્મેશન (એન. સી. બી. આઈ.), એન્સેમ્બલ અને યુ. સી. એસ. સી. જીનોમ બ્રાઉઝર દ્વારા રજૂ થાય છે. સીસીડીએસ ડેટાસેટની અખંડિતતા કડક ગુણવત્તા ખાતરી પરીક્ષણ અને ચાલુ મેન્યુઅલ ક્યુરેશન દ્વારા જાળવવામાં આવે છે. પ્રેરણા અને પૃષ્ઠભૂમિ જૈવિક અને બાયોમેડિકલ સંશોધન જનીનો અને તેમના ઉત્પાદનોની જીનોમ એસેમ્બલી પર સચોટ અને સુસંગત ટિપ્પણી પર આધાર રાખે છે. જીનોમની સંદર્ભ ટિપ્પણીઓ વિવિધ સ્રોતોમાંથી ઉપલબ્ધ છે, દરેકના પોતાના સ્વતંત્ર ધ્યેયો અને નીતિઓ છે, જેના પરિણામે કેટલીક ટિપ્પણીઓમાં વિવિધતા જોવા મળે છે. સી. સી. ડી. એસ. પ્રોજેક્ટની સ્થાપના પ્રોટીન-કોડિંગ જનીન એનોટેશન્સના સુવર્ણ માનક સમૂહને ઓળખવા માટે કરવામાં આવી હતી, જે સહભાગી એનોટેશન જૂથો દ્વારા માનવ અને માઉસ સંદર્ભ જીનોમ એસેમ્બલીઓ પર સમાન રીતે ટિપ્પણી કરવામાં આવે છે. વિવિધ ભાગીદારોની સર્વસંમતિ દ્વારા પ્રાપ્ત થયેલા સી. સી. ડી. એસ. જનીન સમૂહોમાં હવે 18,000 થી વધુ માનવ અને 20,000 થી વધુ માઉસ જનીનોનો સમાવેશ થાય છે (જુઓ સી. સી. ડી. એસ. પ્રકાશન ઇતિહાસ). સી. સી. ડી. એસ. ડેટાસેટ દરેક નવા પ્રકાશન સાથે વધુને વધુ વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ ઘટનાઓનું પ્રતિનિધિત્વ કરી રહ્યું છે. ભાગ લેનારા જૂથોમાં નીચેનાનો સમાવેશ થાય છેઃ નેશનલ સેન્ટર ફોર બાયોટેકનોલોજી ઇન્ફર્મેશન (NCBI) યુરોપિયન બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ ઇન્સ્ટિટ્યૂટ (EBI) વેલકમ ટ્રસ્ટ સેંગર ઇન્સ્ટિટ્યૂટ (WTSI) HUGO જીન નોમેનક્લેચર કમિટી (HGNC) માઉસ જીનોમ ઇન્ફોર્મેટિક્સ (MGM) મેન્યુઅલ એનોટેશન આના દ્વારા પ્રદાન કરવામાં આવે છેઃ WTSI ખાતે NCBI હ્યુમન એન્ડ વર્ટેબ્રેટ એનાલિસિસ એન્ડ એનોટેશન (HAVANA) ખાતે રેફરન્સ સિક્વન્સ (રિફસેક) CCDS જનીન સમૂહની વ્યાખ્યા "સર્વસંમતિ" ને પ્રોટીન-કોડિંગ ક્ષેત્રો તરીકે વ્યાખ્યાયિત કરવામાં આવે છે જે સ્ટાર્ટ કોડન, સ્ટોપ કોડન અને સ્પ્લાઇસ જંકશન પર સંમત થાય છે, અને જેના માટે આગાહી ગુણવત્તાને પૂર્ણ કરે છે. (એન. સી. બી. આઈ.) અને એન્સેમ્બલ (જેમાં મેન્યુઅલ હાવાના એનોટેશન્સનો સમાવેશ થાય છે) દ્વારા પૂરી પાડવામાં આવેલ મેન્યુઅલ અને ઓટોમેટેડ જીનોમ એનોટેશન્સના સંયોજનની સરખામણી જીનોમિક કોઓર્ડિનેટ્સ સાથે મેળ ખાતી એનોટેશન્સને ઓળખવા સાથે કરવામાં આવે છે. ગુણવત્તા ખાતરી પરીક્ષણ સીડીએસ ઉચ્ચ ગુણવત્તાના છે તેની ખાતરી કરવા માટે, બહુવિધ ગુણવત્તા ખાતરી (ક્યુએ) પરીક્ષણો કરવામાં આવે છે (કોષ્ટક 1). તમામ પરીક્ષણો દરેક સી. સી. ડી. એસ. બિલ્ડના એનોટેશન તુલનાત્મક પગલાને અનુસરીને કરવામાં આવે છે અને એનોટેશન સરખામણી પહેલાં કરવામાં આવેલા વ્યક્તિગત એનોટેશન જૂથ ક્યુ. એ. પરીક્ષણોથી સ્વતંત્ર છે. ટિપ્પણીઓ કે જે ક્યુએ પરીક્ષણોમાં નિષ્ફળ જાય છે તે મેન્યુઅલ ચકાસણીના એક રાઉન્ડમાંથી પસાર થાય છે જે પરિણામોમાં સુધારો કરી શકે છે અથવા ક્યુએ નિષ્ફળતાના આધારે ટિપ્પણી મેળને નકારી કાઢવાના નિર્ણય સુધી પહોંચી શકે છે. સમીક્ષા પ્રક્રિયા સીસીડીએસ ડેટાબેઝ અનન્ય છે જેમાં સમીક્ષા પ્રક્રિયા બહુવિધ સહયોગીઓ દ્વારા હાથ ધરવામાં આવવી આવશ્યક છે, અને કોઈપણ ફેરફારો કરી શકાય તે પહેલાં કરાર પર પહોંચવું આવશ્યક છે. આ સહયોગી સંકલન પ્રણાલી દ્વારા શક્ય બને છે જેમાં કાર્ય પ્રક્રિયાનો પ્રવાહ અને વિશ્લેષણ અને ચર્ચા માટેના મંચોનો સમાવેશ થાય છે. સી. સી. ડી. એસ. ડેટાબેઝ એક આંતરિક વેબસાઇટનું સંચાલન કરે છે જે ક્યુરેટર સંચાર, સહયોગી મતદાન, વિશેષ અહેવાલો પ્રદાન કરવા અને સી. સી. ડી. એસ. રજૂઆતોની સ્થિતિ પર નજર રાખવા સહિત બહુવિધ હેતુઓને પૂર્ણ કરે છે. જ્યારે સહયોગી સી. સી. ડી. એસ. જૂથનો સભ્ય સી. સી. ડી. એસ. આઇ. ડી. ને ઓળખે છે જેને સમીક્ષાની જરૂર પડી શકે છે, ત્યારે અંતિમ પરિણામ નક્કી કરવા માટે મતદાન પ્રક્રિયાનો ઉપયોગ કરવામાં આવે છે. મેન્યુઅલ ક્યુરેશન કોઓર્ડિનેટેડ મેન્યુઅલ ક્યુરેશનને પ્રતિબંધિત-ઍક્સેસ વેબસાઇટ અને ચર્ચા ઈ-મેલ સૂચિ દ્વારા સમર્થન આપવામાં આવે છે. ઉચ્ચ આવર્તન પર જોવા મળતા ચોક્કસ સંઘર્ષોને ઉકેલવા માટે સી. સી. ડી. એસ. ક્યુરેશન માર્ગદર્શિકા સ્થાપિત કરવામાં આવી હતી. સી. સી. ડી. એસ. ક્યુરેશન માર્ગદર્શિકાની સ્થાપનાએ સર્વસંમતિ સમજૂતી સુધી પહોંચવા માટે વિરોધાભાસી મતોની સંખ્યા અને ચર્ચામાં ખર્ચવામાં આવતા સમયને ઘટાડીને સી. સી. ડી. એસ. ક્યુરેશન પ્રક્રિયાને વધુ કાર્યક્ષમ બનાવવામાં મદદ કરી છે. સી. સી. ડી. એસ. ક્યુરેશન માર્ગદર્શિકાની લિંક અહીં મળી શકે છે. સી. સી. ડી. એસ. ડેટા સમૂહ માટે સ્થાપિત ક્યુરેશન નીતિઓને રેફસેક અને હવાના એનોટેશન માર્ગદર્શિકામાં સંકલિત કરવામાં આવી છે અને આમ, બંને જૂથો દ્વારા પ્રદાન કરવામાં આવેલી નવી એનોટેશન સુસંગત હોવાની શક્યતા વધુ છે અને પરિણામે સી. સી. ડી. એસ. આઇ. ડી. ઉમેરવામાં આવે છે. આ ધોરણો ચોક્કસ સમસ્યાના ક્ષેત્રોને સંબોધિત કરે છે, એનોટેશન માર્ગદર્શિકાનો વ્યાપક સમૂહ નથી, અને કોઈપણ સહયોગી જૂથની એનોટેશન નીતિઓને પ્રતિબંધિત કરતા નથી. ઉદાહરણોમાં, દીક્ષા કોડોનની પસંદગી માટે પ્રમાણિત ક્યુરેશન માર્ગદર્શિકા અને અપસ્ટ્રીમ ઓ. આર. એફ. અને લખાણોના અર્થઘટનનો સમાવેશ થાય છે, જે નોનસેન્સ-મધ્યસ્થી ક્ષય માટેના ઉમેદવાર હોવાની આગાહી કરવામાં આવે છે. ક્યુરેશન સતત થાય છે, અને કોઈપણ સહયોગી કેન્દ્રો સી. સી. ડી. એસ. આઈ. ડી. ને સંભવિત સુધારા અથવા ઉપાડ તરીકે ફ્લેગ કરી શકે છે. વિરોધાભાસી મંતવ્યોને વૈજ્ઞાનિક નિષ્ણાતો અથવા હ્યુગો જીન નામકરણ સમિતિ (એચ. જી. એન. સી.) અને માઉસ જીનોમ ઇન્ફોર્મેટિક્સ (એમ. જી. આઈ.) જેવા અન્ય એનોટેશન ક્યુરેશન જૂથો સાથે પરામર્શ કરીને સંબોધવામાં આવે છે. જો કોઈ સંઘર્ષનું સમાધાન ન થઈ શકે, તો વધુ માહિતી ઉપલબ્ધ ન થાય ત્યાં સુધી સહયોગીઓ સી. સી. ડી. એસ. આઈ. ડી. પાછી ખેંચવા માટે સંમત થાય છે. ક્યુરેશન પડકારો અને એનોટેશન માર્ગદર્શિકા નોનસેન્સ-મેડિએટેડ ડીકે (NMD): NMD એ સૌથી શક્તિશાળી mRNA સર્વેલન્સ પ્રક્રિયા છે. એન. એમ. ડી. ખામીયુક્ત એમ. આર. એન. એ. ને પ્રોટીનમાં રૂપાંતરિત કરી શકાય તે પહેલાં તેને દૂર કરે છે. આ મહત્વપૂર્ણ છે કારણ કે જો ખામીયુક્ત એમ. આર. એન. એ. નું ભાષાંતર કરવામાં આવે, તો કપાયેલ પ્રોટીન રોગનું કારણ બની શકે છે. એન. એમ. ડી. ને સમજાવવા માટે વિવિધ પદ્ધતિઓ પ્રસ્તાવિત કરવામાં આવી છે; જેમાંથી એક એક્સોન જંક્શન કોમ્પ્લેક્સ (ઇ. જે. સી.) મોડેલ છે. આ મોડેલમાં, જો સ્ટોપ કોડન છેલ્લા એક્સોન-એક્સોન જંક્શનના> 50 nt અપસ્ટ્રીમ હોય, તો ટ્રાન્સક્રિપ્ટ NMD ઉમેદવાર હોવાનું માનવામાં આવે છે. સી. સી. ડી. એસ. ના સહયોગીઓ એમ. આર. એન. એ. લખાણોની તપાસ કરવા માટે ઇ. જે. સી. મોડેલ પર આધારિત રૂઢિચુસ્ત પદ્ધતિનો ઉપયોગ કરે છે. એન. એમ. ડી. ઉમેદવાર તરીકે નિર્ધારિત કોઈપણ લખાણોને નીચેની પરિસ્થિતિઓ સિવાય સી. સી. ડી. એસ. માહિતી સમૂહમાંથી બાકાત રાખવામાં આવે છેઃ એક ચોક્કસ સ્થાન પરના તમામ લખાણોનું મૂલ્યાંકન એન. એમ. ડી. ઉમેદવાર તરીકે કરવામાં આવે છે, જો કે તે સ્થાન અગાઉ પ્રોટીન કોડિંગ ક્ષેત્ર તરીકે જાણીતું હતું; પ્રાયોગિક પુરાવા સૂચવે છે કે એન. એમ. ડી. ઉમેદવાર લખાણમાંથી કાર્યાત્મક પ્રોટીન ઉત્પન્ન થાય છે. અગાઉ, એન. એમ. ડી. ઉમેદવાર લખાણોને રેફસેક અને હવાણા બંને દ્વારા પ્રોટીન કોડિંગ લખાણ તરીકે ગણવામાં આવતા હતા, અને તેથી, આ એન. એમ. ડી. ઉમેદવાર લખાણોને સી. સી. ડી. એસ. ડેટા સેટમાં રજૂ કરવામાં આવતા હતા. રેફસેક જૂથ અને હવાના પરિયોજનાએ ત્યારબાદ તેમની ટિપ્પણી નીતિઓમાં સુધારો કર્યો છે. બહુવિધ ઇન-ફ્રેમ અનુવાદ પ્રારંભ સાઇટ્સઃ બહુવિધ પરિબળો અનુવાદની શરૂઆતમાં ફાળો આપે છે, જેમ કે અપસ્ટ્રીમ ઓપન રીડિંગ ફ્રેમ્સ (યુઓઆરએફ), ગૌણ માળખું અને અનુવાદની શરૂઆતની સાઇટની આસપાસના ક્રમ સંદર્ભ. એક સામાન્ય શરૂઆત સ્થળને કોઝાક સર્વસંમતિ ક્રમમાં વ્યાખ્યાયિત કરવામાં આવે છેઃ (GCC) કરોડઅસ્થિધારી પ્રાણીઓમાં GCCACCAUGG. કૌંસમાં ક્રમ (જી. સી. સી.) એ અજ્ઞાત જૈવિક અસર સાથેની રચના છે. કોઝાક સર્વસંમતિ ક્રમમાં ભિન્નતા છે, જેમ કે જી અથવા એ એ. યુ. જી. ના ઉપરના ભાગમાં (સ્થિતિ-3 પર) ત્રણ ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ જોવા મળે છે. કોઝાક ક્રમની સ્થિતિ-3 અને + 4 વચ્ચેના પાયા અનુવાદની કાર્યક્ષમતા પર સૌથી વધુ નોંધપાત્ર અસર કરે છે. આથી, ક્રમ (એ/જી) એન. એન. એ. યુ. જી. જી. ને સી. સી. ડી. એસ. પ્રોજેક્ટમાં મજબૂત કોઝાક સંકેત તરીકે વ્યાખ્યાયિત કરવામાં આવે છે. સ્કેનીંગ મિકેનિઝમ અનુસાર, નાના રિબોસોમલ સબયૂનિટ પ્રથમ પહોંચેલા સ્ટાર્ટ કોડનથી અનુવાદ શરૂ કરી શકે છે. સ્કેનીંગ મોડેલમાં અપવાદો છેઃ જ્યારે દીક્ષા સ્થળ મજબૂત કોઝાક સંકેતથી ઘેરાયેલું ન હોય, જે લીકી સ્કેનીંગમાં પરિણમે છે. આમ, રાઇબોઝોમ આ એ. યુ. જી. ને અવગણે છે અને ડાઉનસ્ટ્રીમ સ્ટાર્ટ સાઇટ પરથી અનુવાદ શરૂ કરે છે; જ્યારે ટૂંકા ઓ. આર. એફ. રાઇબોઝોમને ડાઉનસ્ટ્રીમ ઓ. આર. એફ. પર અનુવાદ ફરીથી શરૂ કરવાની મંજૂરી આપી શકે છે. સી. સી. ડી. એસ. એનોટેશન માર્ગદર્શિકા અનુસાર, અનુવાદ શરૂ કરવા માટે આંતરિક પ્રારંભ સાઇટનો ઉપયોગ કરવામાં આવે છે તેવા પ્રાયોગિક પુરાવા સિવાય સૌથી લાંબા ઓ. આર. એફ. ની ટિપ્પણી કરવી આવશ્યક છે. વધુમાં, અન્ય પ્રકારના નવા ડેટા, જેમ કે રિબોઝોમ પ્રોફાઇલિંગ ડેટા, નો ઉપયોગ સ્ટાર્ટ કોડોન્સને ઓળખવા માટે કરી શકાય છે. સી. સી. ડી. એસ. ડેટા સેટ સી. સી. ડી. એસ. આઈ. ડી. દીઠ એક અનુવાદ દીક્ષા સાઇટ રેકોર્ડ કરે છે. કોઈપણ વૈકલ્પિક પ્રારંભ સાઇટ્સનો ઉપયોગ અનુવાદ માટે થઈ શકે છે અને તે સી. સી. ડી. એસ. જાહેર નોંધમાં જણાવવામાં આવશે. અપસ્ટ્રીમ ઓપન રીડિંગ ફ્રેમ્સઃ ટ્રાન્સક્રિપ્ટ લીડર્સમાં સ્થિત એયુજી દીક્ષા કોડોન્સને અપસ્ટ્રીમ એયુજી (યુએયુજી) તરીકે ઓળખવામાં આવે છે. કેટલીકવાર, યુ. એ. યુ. જી. યુ. ઓ. આર. એફ. સાથે સંકળાયેલા હોય છે. યુઓઆરએફ લગભગ 50 ટકા માનવ અને માઉસ લખાણોમાં જોવા મળે છે. યુ. ઓ. આર. એફ. નું અસ્તિત્વ એ સી. સી. ડી. એસ. ડેટા સમૂહ માટે અન્ય એક પડકાર છે. અનુવાદની શરૂઆત માટેની સ્કેનીંગ પદ્ધતિ સૂચવે છે કે નાના રિબોસોમલ પેટા એકમો (40S) નવજાત mRNA ટ્રાન્સક્રિપ્ટના 5 'છેડે જોડાય છે અને પ્રથમ AUG સ્ટાર્ટ કોડન માટે સ્કેન કરે છે. શક્ય છે કે પહેલા યુ. એ. યુ. જી. ને માન્યતા આપવામાં આવે અને પછી અનુરૂપ યુ. ઓ. આર. એફ. નું ભાષાંતર કરવામાં આવે. અનુવાદિત યુઓઆરએફ એન. એમ. ડી. ઉમેદવાર હોઈ શકે છે, જોકે અભ્યાસો દર્શાવે છે કે કેટલાક યુઓઆરએફ એન. એમ. ડી. ને ટાળી શકે છે. યુ. ઓ. આર. એફ. માટે સરેરાશ કદ મર્યાદા જે એન. એમ. ડી. થી બચી જશે તે આશરે 35 એમિનો એસિડ છે. એવું પણ સૂચવવામાં આવ્યું છે કે યુઓઆરએફ રાઇબોઝોમ દીક્ષા સંકુલને ફસાવીને અને પ્રોટીન-કોડિંગ પ્રદેશોમાં પહોંચે તે પહેલાં રાઇબોઝોમને એમઆરએનએ ટ્રાન્સક્રિપ્ટથી અલગ કરીને ડાઉનસ્ટ્રીમ જનીનના અનુવાદને અટકાવે છે. હાલમાં, કોઈ પણ અભ્યાસમાં અનુવાદાત્મક નિયમન પર યુઓઆરએફની વૈશ્વિક અસરની જાણ કરવામાં આવી નથી. વર્તમાન સી. સી. ડી. એસ. એનોટેશન માર્ગદર્શિકા યુ. ઓ. આર. એફ. ધરાવતા એમ. આર. એન. એ. લખાણોનો સમાવેશ કરવાની મંજૂરી આપે છે જો તેઓ નીચેની બે જૈવિક જરૂરિયાતોને પૂર્ણ કરે છેઃ એમ. આર. એન. એ. લખાણમાં મજબૂત કોઝાક સંકેત હોય છે; એમ. આર. એન. એ. લખાણ કાં તો 35 એમિનો એસિડ હોય છે અથવા પ્રાથમિક ખુલ્લી વાંચન ફ્રેમ સાથે ઓવરલેપ થાય છે. રીડ-થ્રુ ટ્રાન્સક્રિપ્ટઃ રીડ-થ્રુ ટ્રાન્સક્રિપ્ટને સંયુક્ત જનીનો અથવા સહ-અનુલેખન જનીનો તરીકે પણ ઓળખવામાં આવે છે. રીડ-થ્રુ ટ્રાન્સક્રિપ્ટને ટ્રાન્સક્રિપ્ટ તરીકે વ્યાખ્યાયિત કરવામાં આવે છે જે બે અથવા વધુ અલગ જાણીતા (ભાગીદાર) જનીનોમાંથી દરેકમાંથી એક એક્સોનના ઓછામાં ઓછા ભાગને સંયોજિત કરે છે જે સમાન દિશામાં સમાન રંગસૂત્ર પર આવેલા હોય છે. રીડ-થ્રુ ટ્રાન્સક્રિપ્ટ અને તેમના અનુરૂપ પ્રોટીન અણુઓનું જૈવિક કાર્ય અજ્ઞાત રહે છે. જો કે, સી. સી. ડી. એસ. ડેટા સેટમાં રીડ-થ્રુ જનીનની વ્યાખ્યા એ છે કે વ્યક્તિગત ભાગીદાર જનીનો અલગ હોવા જોઈએ, અને રીડ-થ્રુ ટ્રાન્સક્રિપ્ટ્સ દરેક અલગ ટૂંકા સ્થાન સાથે ≤1 એક્સોન (અથવા વહેંચાયેલ ટર્મિનલ એક્સોનના કિસ્સામાં સિવાય ≤2 સ્પ્લાઇસ સાઇટ્સ) શેર કરવી આવશ્યક છે. ટ્રાન્સક્રિપ્ટને નીચેના સંજોગોમાં રીડ-થ્રુ ટ્રાન્સક્રિપ્ટ ગણવામાં આવતા નથીઃ જ્યારે ટ્રાન્સક્રિપ્ટ ઓવરલેપિંગ જનીનોમાંથી ઉત્પન્ન થાય છે પરંતુ તે જ સ્પ્લાઇસ સાઇટ્સ શેર કરતા નથી; જ્યારે ટ્રાન્સક્રિપ્ટનું અનુવાદ જનીનોમાંથી કરવામાં આવે છે જે એકબીજા સાથે સંબંધિત માળખા ધરાવે છે. આ ઉદાહરણમાં, સી. સી. ડી. એસ. ના સહયોગીઓ અને એચ. જી. એન. સી. સંમત થયા છે કે રીડ-થ્રુ ટ્રાન્સક્રિપ્ટને અલગ લોકસ તરીકે રજૂ કરવામાં આવે. સંદર્ભ જીનોમ અનુક્રમની ગુણવત્તાઃ જેમ કે સીસીડીએસ ડેટા સેટ માનવ અને ઉંદરના જીનોમિક એનોટેશન્સને રજૂ કરવા માટે બનાવવામાં આવ્યો છે, માનવ અને ઉંદર સંદર્ભ જીનોમ સિક્વન્સ સાથેની ગુણવત્તાની સમસ્યાઓ અન્ય પડકાર બની જાય છે. જ્યારે સંદર્ભ જીનોમને ખોટી રીતે જોડવામાં આવે છે ત્યારે ગુણવત્તાની સમસ્યાઓ થાય છે. આથી ખોટી રીતે ભેગા થયેલા જિનોમમાં અકાળ સ્ટોપ કોડોન્સ, ફ્રેમ-શિફ્ટ ઇન્ડેલ્સ અથવા સંભવિત બહુરૂપી સ્યુડોજેન્સ હોઈ શકે છે. એકવાર આ ગુણવત્તાની સમસ્યાઓની ઓળખ થઈ જાય પછી, સી. સી. ડી. એસ. ના સહયોગીઓ જીનોમ રેફરન્સ કન્સોર્ટિયમને મુદ્દાઓની જાણ કરે છે, જે તપાસ કરે છે અને જરૂરી સુધારા કરે છે. સી. સી. ડી. એસ. ડેટાની પહોંચ સી. સી. ડી. એસ. પ્રોજેક્ટ એન. સી. બી. આઈ. સી. સી. ડી. એસ. ડેટા સેટ પેજ (અહીં) પરથી ઉપલબ્ધ છે, જે એફ. ટી. પી. ડાઉનલોડ લિંક્સ અને સી. સી. ડી. એસ. સિક્વન્સ અને સ્થાનો વિશે માહિતી મેળવવા માટે ક્વેરી ઇન્ટરફેસ પ્રદાન કરે છે. સી. સી. ડી. એસ. અહેવાલો ક્વેરી ઇન્ટરફેસનો ઉપયોગ કરીને મેળવી શકાય છે, જે સી. સી. ડી. એસ. ડેટા સેટ પૃષ્ઠની ટોચ પર સ્થિત છે. વપરાશકર્તાઓ ચોક્કસ સી. સી. ડી. એસ. માહિતી શોધવા માટે સી. સી. ડી. એસ. આઇ. ડી., જનીન આઇ. ડી., જનીન પ્રતીક, ન્યુક્લિયોટાઇડ આઇ. ડી. અને પ્રોટીન આઇ. ડી. જેવા વિવિધ પ્રકારના ઓળખકર્તાઓ પસંદ કરી શકે છે. સી. સી. ડી. એસ. અહેવાલો (આકૃતિ 1) કોષ્ટક સ્વરૂપમાં રજૂ કરવામાં આવે છે, જે ચોક્કસ સંસાધનોની કડીઓ પૂરી પાડે છે, જેમ કે ઇતિહાસ અહેવાલ, એન્ટ્રેઝ જીન અથવા સી. સી. ડી. એસ. ડેટા સમૂહની ફરીથી પૂછપરછ. અનુક્રમ ઓળખકર્તા કોષ્ટક VEGA, Ensembl અને Blink માં લખાણની માહિતી રજૂ કરે છે. રંગસૂત્ર સ્થાન કોષ્ટકમાં ચોક્કસ કોડિંગ ક્રમના દરેક વ્યક્તિગત એક્સોન માટે જીનોમિક કોઓર્ડિનેટ્સનો સમાવેશ થાય છે. આ કોષ્ટક વિવિધ જીનોમ બ્રાઉઝર્સની કડીઓ પણ પ્રદાન કરે છે, જે તમને કોડિંગ ક્ષેત્રની રચનાની કલ્પના કરવાની મંજૂરી આપે છે. ચોક્કસ કોડિંગ ક્રમનો ચોક્કસ ન્યુક્લિયોટાઇડ ક્રમ અને પ્રોટીન ક્રમ પણ સી. સી. ડી. એસ. ક્રમ માહિતીના વિભાગમાં પ્રદર્શિત થાય છે. વર્તમાન ઉપયોગો CCDS ડેટાસેટ એ GENCODE જનીન એનોટેશન પ્રોજેક્ટનો અભિન્ન ભાગ છે અને તેનો ઉપયોગ ક્લિનિકલ અભ્યાસો, મોટા પાયે એપિજેનોમિક અભ્યાસો, એક્સોમ પ્રોજેક્ટ્સ અને એક્સોન એરે ડિઝાઇન સહિત વિવિધ સંશોધન ક્ષેત્રોમાં ઉચ્ચ ગુણવત્તાની કોડિંગ એક્સોન વ્યાખ્યા માટે પ્રમાણભૂત તરીકે થાય છે. સ્વતંત્ર એનોટેશન જૂથો દ્વારા સી. સી. ડી. એસ. એક્સોનની સર્વસંમતિ ટિપ્પણીને કારણે, ખાસ કરીને એક્સોમ પ્રોજેક્ટ્સે સી. સી. ડી. એસ. કોડિંગ એક્સોનને ડાઉનસ્ટ્રીમ અભ્યાસો માટે વિશ્વસનીય લક્ષ્યાંકો તરીકે માન્યા છે (દા. ત., સિંગલ ન્યુક્લિયોટાઇડ વેરિઅન્ટ ડિટેક્શન માટે), અને આ એક્સોનનો ઉપયોગ વ્યાપારી રીતે ઉપલબ્ધ એક્સોમ કિટમાં કોડિંગ ક્ષેત્ર લક્ષ્યાંકો તરીકે કરવામાં આવ્યો છે. સી. સી. ડી. એસ. પ્રકાશન ઇતિહાસ કોમ્પ્યુટેશનલ જીનોમ એનોટેશન અપડેટ્સ, જે ઇન્ટરનેશનલ ન્યુક્લિયોટાઇડ સિક્વન્સ ડેટાબેઝ કોલાબોરેશન (આઈ. એન. એસ. ડી. સી.) ને સબમિટ કરેલા નવા ડેટા સેટ્સને એકીકૃત કરે છે અને તે એનોટેશનને પૂરક અથવા સુધારે છે તેવી ચાલુ ક્યુરેશન પ્રવૃત્તિઓ બંને સાથે સી. સી. ડી. એસ. ડેટા સેટનું કદ વધતું રહ્યું છે. કોષ્ટક 2 દરેક સી. સી. ડી. એસ. બિલ્ડ માટેના મુખ્ય આંકડાઓનો સારાંશ આપે છે જ્યાં જાહેર સી. સી. ડી. એસ. આઇ. ડી. એ એવા તમામ છે કે જે વર્તમાન પ્રકાશન તારીખના સમયે સમીક્ષા હેઠળ ન હતા અથવા અપડેટ અથવા ઉપાડ બાકી હતા. પ્રકાશન આંકડાનો સંપૂર્ણ સમૂહ તેમના પ્રકાશન અને આંકડાકીય પૃષ્ઠ પર સત્તાવાર સી. સી. ડી. એસ. વેબસાઇટ પર મળી શકે છે. ભવિષ્યની સંભાવનાઓ લાંબા ગાળાના લક્ષ્યાંકોમાં વિશેષતાઓનો ઉમેરો સામેલ છે જે સૂચવે છે કે ટ્રાન્સક્રિપ્ટ એનોટેશન પણ ક્યાં સમાન છે (યુ. ટી. આર. સહિત) અને સમાન સી. સી. ડી. એસ. આઇ. ડી. ધરાવતા વિવિધ યુ. ટી. આર. સાથે સ્પ્લાઇસ વેરિઅન્ટ્સ સૂચવે છે. એવી પણ ધારણા કરવામાં આવે છે કે જેમ જેમ અન્ય સજીવો માટે વધુ સંપૂર્ણ અને ઉચ્ચ ગુણવત્તાની જીનોમ અનુક્રમ માહિતી ઉપલબ્ધ થાય છે, તેમ તેમ આ સજીવોની ટિપ્પણીઓ સી. સી. ડી. એસ. ની રજૂઆત માટે અવકાશમાં હોઈ શકે છે. સી. સી. ડી. એસ. સમૂહ વધુ સંપૂર્ણ બનશે કારણ કે સ્વતંત્ર ક્યુરેશન જૂથો એવા કિસ્સાઓ પર સંમત થાય છે કે જ્યાં તેઓ શરૂઆતમાં અલગ પડે છે, કારણ કે નબળા સમર્થિત જનીનોની વધારાની પ્રાયોગિક માન્યતા થાય છે, અને જેમ જેમ સ્વચાલિત એનોટેશન પદ્ધતિઓમાં સુધારો થતો રહે છે. સી. સી. ડી. એસ. ના સહયોગી જૂથો વચ્ચે વાતચીત ચાલી રહી છે અને તે મતભેદોને ઉકેલશે અને સી. સી. ડી. એસ. ના સુધારા ચક્ર વચ્ચેના સુધારાઓને ઓળખશે. માનવ સુધારાઓ આશરે દર 6 મહિને થવાની અપેક્ષા છે અને માઉસ દર વર્ષે પ્રકાશિત થાય છે. આ પણ જુઓ GENCODE હ્યુમન જીનોમ માઉસ જીનોમ ઇન્ફોર્મેટિક્સ રેફસેક એન્સેમ્બલ સંદર્ભો બાહ્ય કડીઓ CCDS હોમ પેજ યુનાઇટેડ કિંગડમમાં જૈવિક ડેટાબેસેસ આનુવંશિક ઇજનેરી ડેટાબેસેસ કેમ્બ્રિજશાયર સાઉથ કેમ્બ્રિજશાયર ડિસ્ટ્રિક્ટ વેલકમ ટ્રસ્ટમાં વિજ્ઞાન અને ટેકનોલોજી