BRENDA tissue ontology
બ્રેન્ડા ટિશ્યુ ઓન્ટોલોજી (બી. ટી. ઓ.) એક વ્યાપક સંરચિત જ્ઞાનકોશ રજૂ કરે છે. તે ઉત્સેચક સ્રોતો તરીકે તમામ વર્ગીકરણ જૂથો (પ્રાણીઓ, છોડ, ફૂગ, પ્રોટોઝૂન) માંથી પેશીઓ, અંગો, શારીરિક રચનાઓ, છોડના ભાગો, કોષ સંવર્ધન, કોષના પ્રકારો અને સજીવોની કોષ રેખાઓની શરતો, વર્ગીકરણ અને વ્યાખ્યાઓ પ્રદાન કરે છે. આ માહિતી BRENDA ("Braunschweig Enzyme DAtabase") એન્ઝાઇમ માહિતી પ્રણાલીમાં કાર્યાત્મક માહિતી સાથે જોડાયેલી છે. બી. ટી. ઓ. એ જીવન વિજ્ઞાનમાં પ્રથમ પેશી-વિશિષ્ટ ઑન્ટોલોજીઓમાંની એક છે, જે કોઈ ચોક્કસ જીવતંત્ર અથવા ચોક્કસ જીવતંત્ર જૂથ સુધી મર્યાદિત નથી, જે પેશીઓ અને કોષ-પ્રકારની માહિતીની વિશાળ શ્રેણી માટે વપરાશકર્તા-મૈત્રીપૂર્ણ ઍક્સેસ પ્રદાન કરે છે. ડેટાબેઝ, જેમ કે ઓન્ટોલોજી લુકઅપ સર્વિસ અથવા સેઝ, જેમ કે એમ. આઈ. આર. આઈ. એ. એમ. રજિસ્ટ્રી અથવા ઇ. બી. આઈ.-ઇ. એમ. બી. એલ., ટિશ્યુ ડિસ્ટ્રિબ્યુશન ડી. બી., જેમાં હેડલબર્ગમાં જર્મન કેન્સર રિસર્ચ સેન્ટર (ડી. કે. એફ. ઝેડ.) ની ટિશ્યુ સમાનાર્થી લાઇબ્રેરી અથવા યુએસએના સ્ટેનફોર્ડમાં નેશનલ સેન્ટર ફોર બાયોમેડિકલ ઓન્ટોલોજીના બાયોપોર્ટલ પ્લેટફોર્મનો સમાવેશ થાય છે, તે બીટીઓ પર આધાર રાખે છે અને જ્ઞાનકોશને તેમના સંબંધિત પ્લેટફોર્મમાં માહિતીના આવશ્યક ભંડાર તરીકે અમલમાં મૂકે છે. બી. ટી. ઓ. તબીબી સંશોધન અને ફાર્માસ્યુટિકલ વિજ્ઞાનના વપરાશકર્તાઓને પેશીઓમાં રોગ સંબંધિત ઉત્સેચકોની ઘટના અને હિસ્ટોલોજીકલ શોધ શોધવા માટે સક્ષમ બનાવે છે, જે નિદાન, ઉપચાર અને દવાના વિકાસમાં મહત્વપૂર્ણ ભૂમિકા ભજવે છે. બાયોકેમિસ્ટ્રી અને બાયોટેકનોલોજીમાં એન્ઝાઇમ ફંક્શનલ ડેટા સાથે જોડાયેલા જીવતંત્ર-વિશિષ્ટ પેશી શબ્દો જીવન વિજ્ઞાનમાં ચયાપચય અને નિયમનની સમજણ માટે એક મહત્વપૂર્ણ સંસાધન છે. ઓન્ટોલોજી વર્ગીકરણ પ્રણાલીઓનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે જે નિયંત્રિત અને સંરચિત શબ્દભંડોળ પ્રદાન કરે છે. ઉત્ક્રાંતિના સહસંબંધોને સમજાવવા અને જોડવા માટે તેઓ મહત્વપૂર્ણ સાધનો છે. બી. ટી. ઓ. નો વિકાસ 2003માં શરૂ થયો હતો, જેનો ઉદ્દેશ બી. આર. ઇ. એન. ડી. એ. ના બાયોકેમિકલ અને મોલેક્યુલર બાયોલોજિકલ એન્ઝાઇમ ડેટાને પેશી-વિશિષ્ટ શબ્દોના અધિક્રમિક અને પ્રમાણિત સંગ્રહ સાથે જોડવાનો હતો. BRENDA માં કાર્યાત્મક એન્ઝાઇમ ડેટા અને માહિતીને બાયોકેમિસ્ટ્રી, બાયોલોજી અને રસાયણશાસ્ત્રના નિષ્ણાતો દ્વારા જાતે વ્યાખ્યાયિત અને સંરચિત કરવામાં આવી છે. ઓક્ટોબર 2022 સુધીમાં, બી. ટી. ઓ. માં 6,527 થી વધુ શબ્દો હતા, જે 6,065 સમાનાર્થી શબ્દો અને 5,474 વ્યાખ્યાઓ સાથે જોડાયેલા હતા. આ શબ્દોને જીન ઓન્ટોલોજી કન્સોર્ટિયમ (જીઓ,) ની સામાન્ય શ્રેણીઓ, નિયમો અને બંધારણો હેઠળ વર્ગીકૃત કરવામાં આવે છે, જે ઓપન-સોર્સ ઓબીઓ-એડિટનો ઉપયોગ કરીને બનાવેલ નિર્દેશિત એસાયક્લિક ગ્રાફ (ડીએજી) તરીકે ગોઠવવામાં આવે છે. દરેક સ્તરના તમામ શબ્દો સીધા જ બ્રેન્ડામાં એન્ઝાઇમ ડેટા સાથે જોડાયેલા છે. બી. ટી. ઓ. એ વિવિધ ઉત્સેચકો વચ્ચે તફાવત કરવા માટે યોગ્ય સાધન છે જે પેશી-વિશિષ્ટ રીતે વ્યક્ત થાય છે. બી. ટી. ઓ. ની સામગ્રી અને વિશેષતાઓ બી. આર. ઈ. એન. ડી. એ. ઉત્સેચક માહિતી પ્રણાલીના વ્યાપક ઉત્સેચક વિશિષ્ટ ડેટા પર આધારિત છે. હાલમાં (ઓક્ટોબર 2019) 11,000 થી વધુ પ્રોટીનમાંથી 112,200 એન્ઝાઇમ-ઓર્ગેનિઝમ-ટીશ્યુ વિશિષ્ટ ડેટા બ્રેન્ડામાં સંગ્રહિત છે. આ એન્ટ્રીઓ 1,50,000 થી વધુ વિવિધ સાહિત્ય સંદર્ભોમાંથી જાતે ટિપ્પણી કરવામાં આવી હતી. બી. ટી. ઓ. માં તમામ શરતોનું મૂલ્યાંકન અને વર્ગીકરણ ઓ. બી. ઓ.-બંધારણ અનુસાર કરવામાં આવે છે, અને તે ચોક્કસ સંબંધો દ્વારા જોડાયેલા હોય છે. દરેક શબ્દ ઑન્ટોલોજીમાં એક અલગ પ્રવેશ છે અને તે આપમેળે એક અનન્ય બીટીઓ-ઓળખકર્તા (બીટીઓ-આઈડી) ને સોંપવામાં આવે છે. વધુ બાહ્ય બાયોકેમિકલ ડેટાબેઝ માટે ક્રોસ-રેફરન્સ બનાવવા માટે બીટીઓ-આઈડી સ્થિર જોડાણ સંખ્યાઓ તરીકે કામ કરે છે. આગળ બાહ્ય ડેટાબેઝમાંથી પેશીઓ અને કોષ-પ્રકારનાં ચોક્કસ શબ્દો (એટલે કે. યુનિપ્રોટ) બી. ટી. ઓ. માં સંકલિત છે. આ શબ્દોને 4 મુખ્ય વર્ગોમાં વર્ગીકૃત કરવામાં આવે છે (પેટા આલેખ): પશુ છોડની ફૂગ અન્ય સ્રોતો વધુ સ્તરને મુખ્ય વર્ગો (= ગાંઠો) ની નીચે વ્યાખ્યાયિત કરવામાં આવે છે, જેમાં "પિતૃ", "બાળક" અને "પૌત્ર" નું વર્ગીકરણ કરવામાં આવે છે, જે તમામ ચોક્કસ સંબંધો (= ધાર) દ્વારા જોડાયેલા છે (દા. ત. હાડપિંજરના સ્નાયુ તંતુ એ સ્નાયુ તંતુ છે (દા. ત. સ્નાયુનો સ્નાયુ તંતુ ભાગ) વિકસે છે/ઉદ્ભવે છે (e.g.myoma કોષ સ્નાયુ તંતુથી વિકસે છે/ઉદ્ભવે છે) સંબંધિત (અન્ય શબ્દો દ્વારા આવરી લેવામાં આવતા નથી તેવા શબ્દો વચ્ચેના વધુ સામાન્ય સંબંધોનું વર્ણન) મોટાભાગના શબ્દો સ્પષ્ટ રીતે ચોક્કસ સજીવો, અવયવો, પેશીઓ અથવા કોષના પ્રકારો સાથે સંકળાયેલા છે. છોડ અને પ્રાણીઓ બંનેમાં પેશીઓ માટે ઘણા સમાન હોદ્દાઓ છે, દા. ત. "બાહ્ય ત્વચા". તે પેશીની શરતો વચ્ચે તફાવત કરવા અને છોડની પેશીઓ માટે તેમને બી. ટી. ઓ. માં યોગ્ય રીતે વર્ગીકૃત કરવા માટે ઉપસર્ગ "પ્લાન્ટ" શબ્દ પહેલાં મૂકવામાં આવે છે, દા. ત. "પ્લાન્ટ બાહ્ય ત્વચા". 80 ટકાથી વધુ પેશી શબ્દોમાં વ્યાખ્યાઓ હોય છે જે અર્થ અને સંદર્ભનું વર્ણન કરે છે. આ વ્યાખ્યાઓ પરથી મેળવવામાં આવે છે એટલે કે. તબીબી શબ્દકોશો અને સેલ લાઇન ડેટાબેઝ (વેબસ્ટર્સ ડિક્શનરી, ડીએસએમઝેડ). ઉપલબ્ધતા બી. ટી. ઓ. માં એન્ટ્રીઓ બી. આર. ઈ. એન. ડી. એ. ના મુખ્ય સુધારાના ભાગરૂપે દર બે વર્ષે અપડેટ કરવામાં આવે છે. તે "ઓન્ટોલોજી એક્સપ્લોરર" શ્રેણીમાં બ્રેન્ડા વેબસાઇટ દ્વારા ઉપલબ્ધ છે. ઉત્સેચક સ્ત્રોત શબ્દોને બી. ટી. ઓ. ક્વેરી ફોર્મ દ્વારા શોધી શકાય છે. પરિણામે, વપરાશકર્તાને ઇસી નંબરોની સૂચિ પ્રાપ્ત થાય છે જે સીધા બ્રેન્ડાની એન્ઝાઇમ માહિતી સાથે જોડાયેલા હોય છે. BRENDA "સોર્સ ટિશ્યુ" સર્ચ ફોર્મ ("ક્લાસિક વ્યૂ") દ્વારા શોધવું પણ શક્ય છે. પરિણામ પૃષ્ઠ બધા ઉત્સેચકો પ્રદર્શિત કરે છે જે શોધાયેલ પેશી શબ્દમાં અલગ અથવા શોધી કાઢવામાં આવે છે, જે સીધા બીટીઓ સાથે જોડાયેલા છે. બીટીઓ અને બ્રેન્ડા શૈક્ષણિક વપરાશકર્તાઓ માટે મુક્તપણે સુલભ છે. તેને બ્રેન્ડા વેબસાઇટના "ઓન્ટોલોજી એક્સપ્લોરર" દ્વારા અથવા "ઓબોફાઉન્ડ્રી" માંથી ઓબીઓ ફોર્મેટમાં મુક્તપણે ડાઉનલોડ કરી શકાય છે. સંદર્ભો લિંક્સ બીટીઓ (બ્રેન્ડા ટિશ્યુ ઓન્ટોલોજી) બ્રેન્ડા ઓન્ટોલોજી એક્સપ્લોરર બ્રેન્ડા-વેબસાઇટ એક્સપ્લોરએન્ઝ-એન્ઝાઇમ નામકરણ ઓબોફાઉન્ડ્રી જીન ઓન્ટોલોજી કન્સોર્ટિયમ ઇબીઆઈ-ઇએમબીએલ બાયોપોર્ટલ ડેસ નેશનલ સેન્ટર ફોર બાયોમેડિકલ ઓન્ટોલોજી, સ્ટેનફોર્ડ, યુએસએ જૈવિક ડેટાબેઝ ઓન્ટોલોજી (માહિતી વિજ્ઞાન) સેલ કલ્ચર બાયોલોજી વિકાસલક્ષી બાયોકેમિસ્ટ્રી ઉત્સેચકો