Phylo (video game)
ફાઈલો એ બહુવિધ અનુક્રમ સંરેખણ ઓપ્ટિમાઇઝેશન વિશેની એક પ્રાયોગિક વિડિયો ગેમ છે. મેકગિલ સેન્ટર ફોર બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ દ્વારા વિકસિત, તે મૂળરૂપે નવેમ્બર 2010 માં મફત ફ્લેશ ગેમ તરીકે રજૂ કરવામાં આવી હતી. હેતુ સાથે રમત તરીકે રચાયેલ, ખેલાડીઓ પેટર્ન-મેળ ખાતી કોયડાઓ હલ કરે છે જે કમ્પ્યુટર અલ્ગોરિધમ પર ગોઠવણીને શ્રેષ્ઠ બનાવવા માટે વિવિધ ફિલોજેનેટિક ટેક્સાના ન્યુક્લિયોટાઇડ સિક્વન્સને રજૂ કરે છે. દરેક ન્યુક્લિયોટાઇડ ક્રમને એકસાથે સંરેખિત કરીને, જે અલગ-અલગ રંગીન બ્લોક્સ તરીકે રજૂ થાય છે, ખેલાડીઓ શક્ય તેટલા રંગો સાથે મેળ ખાતા અને અંતરાયોને ઘટાડીને ક્રમના દરેક સમૂહ માટે ઉચ્ચતમ બિંદુ મૂલ્ય સ્કોર બનાવવાનો પ્રયાસ કરે છે. ફાયલો દ્વારા પેદા થયેલ ન્યુક્લિયોટાઇડ સિક્વન્સ યુસીએસસી જીનોમ બ્રાઉઝરમાંથી વાસ્તવિક સિક્વન્સ ડેટામાંથી મેળવવામાં આવે છે. ઉચ્ચ સ્કોરિંગ ખેલાડીઓની ગોઠવણી માહિતી તરીકે એકત્રિત કરવામાં આવે છે અને મજબૂત સ્કોરિંગ અલ્ગોરિધમ સાથે વધુ મૂલ્યાંકન કરવા માટે મેકગિલ સેન્ટર ફોર બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સને પરત મોકલવામાં આવે છે. જે ખેલાડીઓ વર્તમાન કોમ્પ્યુટર-જનરેટેડ સ્કોર કરતાં વધુ સ્કોર કરે છે તેમને ઓપ્ટિમાઇઝેશન તરીકે વૈશ્વિક સંરેખણમાં ફરીથી રજૂ કરવામાં આવશે. પૃષ્ઠભૂમિ ફિલોજેનેટિક્સમાં બહુવિધ અનુક્રમ સંરેખણનો ધ્યેય બાળકોની પ્રજાતિઓના ક્રમની સરખામણી સૌથી તાજેતરના સામાન્ય પૂર્વજો સાથે કરીને દરેક પ્રજાતિનો સૌથી સંભવિત ન્યુક્લિયોટાઇડ ક્રમ નક્કી કરવાનો છે. આવા શ્રેષ્ઠ બહુવિધ અનુક્રમ સંરેખણનું નિર્માણ સામાન્ય રીતે ગતિશીલ પ્રોગ્રામિંગ અલ્ગોરિધમ સાથે નક્કી કરવામાં આવે છે જે જરૂરી પરિવર્તનની સંખ્યાને ઘટાડીને સૌથી સંભવિત ઉત્ક્રાંતિ પરિણામ શોધે છે. આ અલ્ગોરિધમ્સ દરેક પ્રજાતિ માટે અનુક્રમમાં દરેક ન્યુક્લિયોટાઇડ માટે ફિલોજેનેટિક વૃક્ષો ઉત્પન્ન કરે છે, અને બાળ પ્રજાતિઓના વૃક્ષોની સરખામણી કરીને સામાન્ય પૂર્વજ માટે આનુવંશિક ક્રમ નક્કી કરે છે. એલ્ગોરિધમ્સ પછી પૂર્ણ થયેલ ફિલોજેનેટિક વૃક્ષને સ્કોર અને સૉર્ટ કરે છે, અને મહત્તમ પાર્સિમોની સ્કોર સાથેની ગોઠવણી શ્રેષ્ઠ તરીકે નક્કી કરવામાં આવે છે, અને આમ સૌથી વધુ ઉત્ક્રાંતિવાદી રીતે, બહુવિધ અનુક્રમ ગોઠવણીની શક્યતા છે. જો કે, મોટી સંખ્યામાં સિક્વન્સ માટે આવી શ્રેષ્ઠ ગોઠવણી શોધવી એ એન. પી.-પૂર્ણ સમસ્યા હોવાનું નક્કી કરવામાં આવ્યું છે. ફાઈલો તેના બદલે બહુવિધ અનુક્રમ સંરેખણ સમસ્યાને ઉકેલવા માટે ઇન્ટરેક્ટિવ આનુવંશિક અલ્ગોરિધમ બનાવવા માટે માનવ-આધારિત ગણતરીનો ઉપયોગ કરે છે. પૂર્વજોના ક્રમની રચના અને પારસીમોની સ્કોરિંગની ગણતરી હજુ પણ ફિચ-માર્ગોલિશ પદ્ધતિની વિવિધતાનો ઉપયોગ કરીને કરવામાં આવે છે, પરંતુ ફીલો યુસીએસસી જીનોમ બ્રાઉઝરમાંથી મેળવેલા આનુવંશિક ક્રમને પેટર્ન-મેળ ખાતી રમતમાં અમૂર્ત બનાવે છે, જે માનવ ખેલાડીઓને તમામ સંભવિત વૃક્ષોને અલ્ગોરિધમિક રીતે ધ્યાનમાં લેવાને બદલે સંભવિત સંરેખણ સૂચવવાની મંજૂરી આપે છે. ગેમપ્લે ફાઈલોમાં દરેક પઝલને સંરેખિત કરવાના કુલ અનુક્રમ ટુકડાઓની સંખ્યા અને મનુષ્યમાં તે ટુકડા સાથે સંકળાયેલ રોગના આધારે વર્ગીકૃત કરવામાં આવે છે. એકવાર પઝલ પસંદ થઈ જાય પછી, દરેક પ્રજાતિ માટે સંરેખિત કરવા માટેના કેટલાક આનુવંશિક ક્રમના ટુકડાઓ, રંગીન બ્લોક તરીકે રજૂ કરવામાં આવે છે, દરેકને ગ્રીડની એક જ પંક્તિ પર મૂકવામાં આવે છે. આનુવંશિક અનુક્રમ ટુકડાના દરેક ન્યુક્લિયોટાઇડ ગ્રીડ સાથે ખસેડવા માટે મુક્ત છે. ખેલાડીઓ પછી તેમની વચ્ચેના દરેક સ્તંભમાં સૌથી વધુ સંખ્યામાં રંગ મેળ બનાવવા માટે જરૂરી ક્રમમાં ગોઠવણ કરી શકે છે, જ્યારે દેખાતા અંતરાયોની સંખ્યાને ઘટાડી શકે છે. ક્રમ સંરેખણનો સ્કોર દરેક નોડ પર પેદા થયેલ અલ્ગોરિધમ-નિર્ધારિત પૂર્વજોના ક્રમ સાથે દરેક ખેલાડી-સંરેખિત ક્રમની સરખામણી કરીને કરવામાં આવે છે. એક કલર મેચ સ્કોર પર + 1 યીલ્ડ આપે છે, મેળ ખાતી યીલ્ડ-1, ગેપ યીલ્ડ-5 ની શરૂઆત, અને કોઈપણ હાલની ગેપ યીલ્ડ-1 નું વિસ્તરણ. તમામ સરખામણીઓનો સરવાળો પછી દર થોડી સેકંડમાં નક્કી કરવામાં આવે છે, જે તે ખેલાડીના સંરેખણ માટે અંતિમ સ્કોર પૂરો પાડે છે. દરેક પઝલ માટે, રમતની શરૂઆતમાં શરૂઆતમાં માત્ર થોડા જ ક્રમ ઉપલબ્ધ હોય છે. કમ્પ્યુટર દ્વારા નિર્ધારિત સમાન સ્કોરને ખેલાડી દ્વારા આગામી રાઉન્ડમાં જતા પહેલા અને મેળ કરવા માટે વધુ સિક્વન્સને ખોલતા પહેલા હરાવવો આવશ્યક છે. ખેલાડી જીતે છે અને દરેક પઝલ માટે કમ્પ્યુટર દ્વારા પેદા કરવામાં આવેલા અંતિમ સમાન સ્કોરને સરખાવીને અથવા પાર કરીને ડેટાબેઝમાં તેમની અનુક્રમ ગોઠવણી સબમિટ કરવાની મંજૂરી આપવામાં આવે છે. લેવલ (v 3.1.5), ફાઈલો ત્રણ ગેમ મોડમાં આવે છેઃ સ્ટોરી મોડ, માર્ગદર્શિત ટ્યુટોરીયલમાં ગોઠવાયેલા સ્તરો સાથે મૂળ ફાઈલો મોડ, રોગોની પસંદગી સાથે આર. એન. એ. મોલેક્યુલ્સ માટે એક નવો રિબો મોડ, જ્યાં બંને સિક્વન્સ અને આર. એન. એ. સેકન્ડરી સ્ટ્રક્ચર્સ (સ્ટેમ-લૂપ્સ) ગોઠવાયેલા હોય છે. પરિણામો કમ્પ્યુટર આઉટપુટની તુલનામાં, ખેલાડીઓ 70 ટકા ગોઠવણીમાં સુધારો કરવામાં સક્ષમ હતા. 2013 માં, ફીલો વિકાસકર્તાઓએ ઓપન-ફીલો (હવે નિષ્ક્રિય) નામનું વેબ સર્વર બનાવ્યું હતું જે સંશોધકોને ખેલાડીઓ સંરેખિત કરવા માટે તેમના પોતાના ક્રમના સેટ અપલોડ કરવાની મંજૂરી આપે છે. કોમ્પ્યુટર સંરેખણની તુલનામાં, નિષ્ણાત ખેલાડીઓ અનુક્રમ સંરેખણ અલ્ગોરિધમ્સ શું કરી શકે તેના પર મોટે ભાગે નાના સુધારાઓ કરવામાં સક્ષમ હતા. મનુષ્યો દ્વારા સૂચિત નોંધપાત્ર રીતે વધુ સારી ગોઠવણીના કેટલાક નાના કિસ્સાઓ પણ હતા. પાંચ વર્ષના ઐતિહાસિક ફાઈલો ડેટા પર 2017નો અહેવાલ સમાન નિષ્કર્ષ પર પહોંચે છે. આ પણ જુઓ નાગરિક વિજ્ઞાન ક્રાઉડસોર્સિંગ માનવ-આધારિત ગણતરી કોમ્પ્યુટેશનલ ફિલોજેનેટિક્સ ક્રાઉડસોર્સિંગ પ્રોજેક્ટ્સની સૂચિ સંદર્ભો બાહ્ય કડીઓ સત્તાવાર ફાયલો હોમપેજ 2010 વિડિયો ગેમ્સ બ્રાઉઝર ગેમ્સ ફ્લેશ ગેમ્સ કોયડો વિડિયો ગેમ્સ નાગરિક વિજ્ઞાન માનવ-આધારિત ગણતરી રમતો કેનેડામાં વિકસિત ક્રાઉડસોર્સિંગ વિડિયો ગેમ્સ