Hp53int1
માનવ પ્રોટીન 53 ઇન્ટ્રોન 1 (Hp53int1) એ મનુષ્યમાં Hp53int1 જનીન દ્વારા એન્કોડ થયેલ પ્રોટીન છે. જનીન Hp53int1 જનીન રંગસૂત્ર 17p.13 પર સ્થિત છે, જે વિસ્તાર 7,685,260 bp-7,686,371 bp ને આવરી લેતા ડીએનએ ક્રમ 1125 આધાર જોડીઓ દ્વારા એન્કોડ કરવામાં આવે છે. Hp53int1 જનીનમાં બે ઉપનામો છે, WRAP53int1 અને TP53int1, જે રંગસૂત્ર 17 પર WRAP53 અને TP53int1 જનીનો સાથે તેના ઓવરલેપ અનુસાર છે. Hp53int1 એ p53p2 પ્રારંભ સ્થળની નીચેની બાજુએ આવેલું છે. Hp53int1 માં બહુવિધ એક્સોન નથી, અને તેથી તેમાં કોઈ આઇસોફોર્મ નથી. TP53 સાથે મહત્વપૂર્ણ સંબંધ Hp53int1 જનીન TP53 જેવી જ દિશામાં લખાયેલું છે અને TP53 પ્રોટીનથી સમૃદ્ધ માયલોઇડ લ્યુકેમિયા કોષો HL-60 અને U937માં હાજર છે. આ TP53 જનીન અને અનુગામી પ્રોટીન સાથે મજબૂત સંબંધ સૂચવે છે, જેમાં ટ્રાન્સક્રિપ્શન પરિબળો, પ્રમોટર સંકેતો, પેશી અભિવ્યક્તિ અને ઉપકોષીય સ્થાનિકીકરણનો સમાવેશ થાય છે. જ્યારે આ જનીનો સમાન નથી, ત્યારે આ સંબંધ કાર્ય, માળખું અને અભિવ્યક્તિ માટે સંકેતો આપી શકે છે. mRNA ટ્રાન્સક્રિપ્ટ Hp53int1 લંબાઈમાં 1125 બેઝ જોડી દ્વારા પોલિએડેનાઈલેટેડ ટ્રાન્સક્રિપ્ટ દ્વારા એન્કોડ કરવામાં આવે છે. આધાર જોડી 633.926 અને આધાર જોડી 496.1000 વચ્ચે નિયમનકારી પોલી એ પૂંછડી ક્રમ વચ્ચે પુનરાવર્તિત ક્રમ છે. આધાર જોડી 633 અને 926 વચ્ચે પુનરાવર્તન ક્રમ આલુ એસસી ઉપકુટુંબ પુનરાવર્તન જેવો જ હોવાનું નોંધવામાં આવ્યું છે, જે ક્રમ મનુષ્યો અને વાંદરાઓમાં સૌથી વધુ વિપુલ પ્રમાણમાં પુનરાવર્તન ક્રમની લાક્ષણિકતા ધરાવે છે, અને જે સંભવતઃ લગભગ 32 મિલિયન વર્ષો પહેલા અન્ય આલુ ઉપકુટુંબ સંકુલથી અલગ થયો હતો. Hp53int1 જનીનનો પ્રવર્તક ક્રમ લંબાઈમાં 540 આધાર જોડીઓ હોવાનું દર્શાવવામાં આવ્યું હતું. અનુલેખન પરિબળો એસ. એમ. એ. ડી. 2, એસ. આર. વાય. અને ઇ. ટી. વી. 7માં મૂળભૂત રીતે સંરક્ષણ ગુણાંક અનુક્રમે 2.99,2.73 અને 3.03 હતા, જેમાં 4નું મૂલ્ય સૌથી વધુ સંરક્ષણ અને-0.5 સૌથી ઓછું સૂચવે છે. કે. એલ. એફ. 2 અને કે. એલ. એફ. 5 નો સ્કોર 3.73 હતો. સરખામણી કરવામાં આવેલી પ્રજાતિઓમાં હાથી, કૂતરો, રીસસ મકાક અને ચિકનનો સમાવેશ થાય છે. Hp53int1 પ્રોટીનનું પરમાણુ વજન 13.3 kdal છે અને તેની લંબાઈ 118 એમિનો એસિડ છે. તે મૂળભૂત પ્રોટીન છે. 102-110 વચ્ચે એક અત્યંત સંરક્ષિત એમિનો એસિડ ક્રમ છે. સેરીન સાઇટનું વિતરણ આર્જિનિન અને ટાયરોસિન સાઇટ્સ કરતાં નોંધપાત્ર રીતે વધારે છે. એમિનો એસિડ 22-25 વચ્ચે સંભવિત કેસિન કિનેઝ II ફોસ્ફોરાયલેશન સ્થળ છે. કેસિન કિનેઝ II ફોસ્ફોરાયલેશન કોષના પ્રસારમાં સામેલ છે. Hp53int1 પ્રોટીન માટે અવ્યવસ્થાના ત્રણ ક્ષેત્રોની આગાહી કરવામાં આવી છે. અનુવાદ પછીના ફેરફારો એમિનો એસિડ 14-20 વચ્ચે સંભવિત O-β-GlcNAc સ્થળ છે. ત્યાં કોઈ ટ્રાન્સમેમ્બ્રેન ડોમેન્સ કે સિગ્નલ પેપ્ટાઇડ્સ નથી. S5, S15 અને S20 ખાતે સંરક્ષિત ફોસ્ફોરાયલેશન સ્થળ છે. માળખું ગૌણ Hp53int1 પ્રોટીનમાં એક આલ્ફા હેલિક્સ અને પાંચ બીટા શીટ્સ હોવાની આગાહી કરવામાં આવી છે. આઠ સંભવિત પ્રોટીન બંધનકર્તા સ્થળો છે. તૃતીય ઉપકોષીય સ્થાનિકીકરણ એક 56.5% સંભાવના છે કે Hp53int1 પ્રોટીન કોષરસની અંદર સ્થાનબદ્ધ છે. પેશી અભિવ્યક્તિ Hp53int1 જનીન માટે ઓછી પેશી વિશિષ્ટતા છે. પુખ્ત માનવ પેશીઓના વિવિધ નમૂનાઓની સરખામણી કરતી વખતે થાઇમસ, અંડાશય, લસિકા ગાંઠો અને શ્વેત રક્તકણોમાં ઉચ્ચ અભિવ્યક્તિ થાય છે. નિકટવર્તી પાચનતંત્ર, જઠરાંત્રિય માર્ગ અને પુરુષ/સ્ત્રી પેશીઓમાં આર. એન. એ. અભિવ્યક્તિ અને પ્રોટીન અભિવ્યક્તિ બંને માટે ઉચ્ચ અભિવ્યક્તિ સ્કોર હતો. 10 થી 16 અઠવાડિયાની વચ્ચે ગર્ભના વિકાસ દરમિયાન, ફેફસાં અને હૃદયની પેશીઓમાં ઉન્નત અભિવ્યક્તિ થાય છે. Hp53int1 એ એવી પરિસ્થિતિઓમાં અલગ રીતે વ્યક્ત કરવામાં આવે છે જેમાં કોષ પ્રસાર અથવા એપોપ્ટોસિસની જરૂર હોય છે, TP53 ટ્યુમર સપ્રેસર જનીન હોમોલોજી અને ઇવોલ્યુશન પેરાલોગ્સ સાથે તેની સુસંગતતા અનુસાર Hp53int1 જનીનમાં કોઈ પેરાલોગ્સ ન હોવાનું જાણવા મળ્યું હતું. ઓર્થોલોગ્સ NCBI BLAST અનુક્રમ વિશ્લેષણ અને ક્લસ્ટલ W નો ઉપયોગ કરીને Hp53int1 અને વીસ ટોચના BLAST હિટ માટે બહુવિધ અનુક્રમ ગોઠવણી તૈયાર કરવામાં આવી હતી. જ્યારે આ સંશોધનનો ઉદ્દેશ વિવિધ સસ્તન પ્રાણીઓ, કરોડઅસ્થિધારી પ્રાણીઓ અને અપૃષ્ઠવંશી પ્રાણીઓમાં ઘણા ઓર્થોલોગ્સ શોધવાનો હતો, ત્યારે માત્ર બે વર્ગોમાં પરિણામો મળ્યા હતાઃ વાંદરા અને બેક્ટેરિયા. વધુમાં, Hp53int1 ની અંદર માત્ર એક જ એમિનો એસિડ ક્રમ હતો અને તેની લંબાઈમાં સામાન્ય 20 એમિનો એસિડના ઓર્થોલોગ્સ સીધા સંરેખિત હતા). પ્રાઈમેટ જનીનો રંગસૂત્ર 13 પર સ્થિત છે જ્યારે Hp53int1 રંગસૂત્ર 17 પર સ્થિત છે. પરમાણુ પરબિડીયુંની અંદર પ્રાઈમેટ પ્રોટીનના ઉપકોષીય સ્થાનિકીકરણ માટેના પુરાવા પણ છે, જ્યારે Hp53int1 માટેના પુરાવા સૂચવે છે કે તે કોષરસમાં છે. આમ, એવું માનવું વાજબી છે કે વાંદરાઓ કડક ઓર્થોલોગ નથી. શા માટે કડક Hp53int1 સંરેખણ માત્ર બેક્ટેરિયામાં જોવા મળે છે તેનું સંભવિત સમજૂતી એ છે કે બેક્ટેરિયા અને વાંદરાઓના સામાન્ય પૂર્વજો વચ્ચે વહેંચાયેલી ઘટનાને પાર કરી શકાય છે. કાર્ય Hp53int1 પ્રોટીન સંભવતઃ સેલ્યુલર પ્રસાર અને એપોપ્ટોસિસના નિયમનમાં સામેલ છે. આ એપોપ્ટોસિસ-રેગ્યુલેટર અને સર્વવ્યાપક નિયમનકારની ક્રિયાપ્રતિક્રિયા પ્રોટીનના ઉપયોગ, TP53 સાથે ટ્રાન્સક્રિપ્શન પરિબળોનો તેનો હિસ્સો (ખાસ કરીને SMAD2, SRY અને ETV7 ટ્રાન્સક્રિપ્શન પરિબળો), p53p2 સ્ટાર્ટ સાઇટની ડાઉનસ્ટ્રીમમાં તેનું સ્થાન, તેની કેસિન કિનેઝ II ફોસ્ફોરાયલેશન સાઇટ અને પેશીઓમાં તેની સર્વવ્યાપક અભિવ્યક્તિ દ્વારા સૂચવવામાં આવે છે. Hp53int1 જનીન અભિવ્યક્તિ વાતાવરણમાં વધે છે જ્યારે પ્રોટીન કે જે કોષના પ્રસારને ઘટાડે છે તે વધુ પડતું વ્યક્ત થાય છે, જે સેલ્યુલર વાતાવરણમાં તેની જરૂરિયાત સૂચવે છે જે કોષના વિકાસને અટકાવવાની જરૂર છે. ઉપરાંત, માત્રાત્મક વિશ્લેષણ દર્શાવે છે કે સામાન્ય એચ. પી. 53 પ્રોટીન ડીએનએ નુકસાન માટે સેલ્યુલર પ્રતિક્રિયાના સક્રિયકરણ માટે સંપૂર્ણપણે જરૂરી છે. ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરતા પ્રોટીન TP53 માટે નીચેના ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરતા પ્રોટીન મળી આવ્યા હતા, પરંતુ તેમના રંગસૂત્ર સંબંધને કારણે Hp53int1 પર લાગુ કરી શકાય છે. નોંધવું અગત્યનું છેઃ આ ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરતા પ્રોટીનના કાર્યો સીધા કોષ નિયમન (સર્વવ્યાપકતા, ટ્રાન્સક્રિપ્શનલ રેગ્યુલેટર, એપોપ્ટોસિસ અને પ્રોટીન-ટાયરોસિન કિનેઝ) માં સામેલ છે. SNPs Hp53int1 માટે બે ઓળખાયેલ SNPS છે. SNP 15 TP53 પ્રમોટરના સૌથી મોટા ORFના ઉપરના ભાગમાં સ્થિત 43 અવશેષોના ક્રમમાં 32મા સ્થાને આવે છે. SNP 20 પછી 1125 bp cDNA (Hp53int1) ના 3 'છેડાના 45 bp ડાઉનસ્ટ્રીમ પર સ્થિત છે. તબીબી મહત્વ એવા પુરાવા છે કે Hp53int1 જનીન ગાંઠના દમનમાં સામેલ છે. Hp53int1 TP53 એક્સોન 1 (TAD1) સાથે ઓવરલેપ થાય છે. આ પ્રદેશમાં પરિવર્તન વૈકલ્પિક એક્સોન અભિવ્યક્તિ અથવા અપૂર્ણ સ્પ્લિસિંગમાં પરિણમી શકે છે અને ગાંઠ સપ્રેસર કાર્યમાં ઘટાડો કરી શકે છે. ઓસ્ટીયોસાર્કોમાના સંદર્ભમાં, TP53ના અપૂર્ણ સ્પ્લિસિંગને લગતા કેસોમાંથી ~20% માં TAD1ની અંદર આ પુનઃરચનાઓ મળી આવી છે. આ પુનર્રચનાઓ TP53 ઇન્ટ્રોન 1 ના સંપૂર્ણ અનુક્રમમાં સ્થિત છે, પરંતુ તેમાંના મોટાભાગના Hp53int1 ટ્રાન્સક્રિપ્ટના ડોમેનમાં ક્લસ્ટર થશે, જે સૂચવે છે કે આ પુનર્રચનાઓને આ લોકસમાં ક્રોમેટિનની રચના દ્વારા સરળ બનાવી શકાય છે.