List of systems biology modeling software
પ્રણાલી જીવવિજ્ઞાન જૈવિક પ્રક્રિયાઓને સમજવા અને આગાહી કરવામાં મદદ કરવા માટે ગાણિતિક નમૂનાઓ બનાવવા પર ભારે આધાર રાખે છે. પ્રથમ ડિજિટલ કમ્પ્યુટર્સના આગમનથી મોડેલ્સના નિર્માણમાં મદદ કરવા માટે વિશિષ્ટ સોફ્ટવેર વિકસાવવામાં આવ્યું છે. નીચેની સૂચિ સંશોધકો માટે ઉપલબ્ધ હાલમાં સમર્થિત સોફ્ટવેર એપ્લિકેશનો આપે છે. મોટાભાગની આધુનિક પ્રણાલીઓ જીવવિજ્ઞાન મોડેલિંગ સોફ્ટવેર એસ. બી. એમ. એલ. ને ટેકો આપે છે, જે જૈવિક સેલ્યુલર પ્રક્રિયાઓના નમૂનાઓનું આદાનપ્રદાન કરવા માટેનું વાસ્તવિક ધોરણ છે. કેટલાક સાધનો સેલએમએલને પણ ટેકો આપે છે, જે શારીરિક પ્રક્રિયાઓનું પ્રતિનિધિત્વ કરવા માટે વપરાતું ધોરણ છે. પ્રમાણભૂત સ્વરૂપોનો ઉપયોગ કરવાનો ફાયદો એ છે કે કોઈ ચોક્કસ સોફ્ટવેર એપ્લિકેશન આખરે અસમર્થિત અને બિનઉપયોગી પણ બની શકે છે, તેમ છતાં તે એપ્લિકેશન દ્વારા વિકસાવવામાં આવેલા મોડેલોને સરળતાથી વધુ આધુનિક સમકક્ષોમાં સ્થાનાંતરિત કરી શકાય છે. આ કાર્યના મૂળ પ્રકાશન પછી લાંબા સમય સુધી વૈજ્ઞાનિક સંશોધનને પુનઃઉત્પાદિત કરવાની મંજૂરી આપે છે. કોઈ ચોક્કસ સાધન વિશે વધુ માહિતી મેળવવા માટે, સાધનના નામ પર ક્લિક કરો. આ તમને પીઅર-રીવ્યૂ કરેલા પ્રકાશન તરફ અથવા કેટલાક દુર્લભ કિસ્સાઓમાં સમર્પિત વિકિપીડિયા પૃષ્ઠ તરફ દોરી જશે. સક્રિય રીતે સપોર્ટેડ ઓપન-સોર્સ સોફ્ટવેર એપ્લિકેશન્સ સામાન્ય માહિતી જ્યારે SBML કોલમમાં એન્ટ્રી જણાવે છે કે "હા, પરંતુ માત્ર પ્રતિક્રિયાઓ માટે. ", તેનો અર્થ એ છે કે સાધન ફક્ત એસ. બી. એમ. એલ. ના પ્રતિક્રિયા ઘટકને જ ટેકો આપે છે. ઉદાહરણ તરીકે, નિયમો, ઘટનાઓ વગેરે. સમર્થન નથી. નિષ્ણાત સાધનો નીચેનું કોષ્ટક નિષ્ણાત સાધનોની યાદી આપે છે જેને મોડેલિંગ સાધનો સાથે જૂથબદ્ધ કરી શકાતા નથી. લાક્ષણિકતા કોષ્ટકો આધારભૂત મોડેલિંગ દાખલાઓ વિભેદક સમીકરણની વિશિષ્ટ લાક્ષણિકતાઓ ફાઇલ ફોર્મેટ સપોર્ટ અને ઇન્ટરફેસ પ્રકાર અદ્યતન સુવિધાઓ (જ્યાં લાગુ પડે ત્યાં) અન્ય લાક્ષણિકતાઓ કણ-આધારિત સિમ્યુલેટર કણ આધારિત સિમ્યુલેટર રસના દરેક પરમાણુને સતત અવકાશમાં વ્યક્તિગત કણ તરીકે વર્તે છે, પરમાણુ પ્રસરણ, અણુ-પટલ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ અને રાસાયણિક પ્રતિક્રિયાઓનું અનુકરણ કરે છે. કણ-આધારિત સિમ્યુલેટરની સરખામણી નીચેની સૂચિ કેટલાક કણ-આધારિત સિમ્યુલેટરની વિશેષતાઓની સરખામણી કરે છે. આ કોષ્ટક એ સંસ્કરણમાંથી સંપાદિત કરવામાં આવ્યું છે જે મૂળરૂપે કોમ્પ્યુટેશનલ ન્યુરોસાયન્સના જ્ઞાનકોશમાં પ્રકાશિત થયું હતું. સિસ્ટમ સીમાઓ સંકેતોઃ R = પ્રતિબિંબિત, A = શોષી લેનાર, T = પ્રસારણ, P = સામયિક, અને I = ક્રિયાપ્રતિક્રિયા. અલ્ગોરિધમ ચોક્કસ છે પરંતુ સોફ્ટવેર મૂળ કોષ્ટક સંકલન સમયે ખોટા પરિણામો ઉત્પન્ન કરે છે. † વિગતવાર વિવિધ સ્તરોને કારણે આ બેન્ચમાર્ક રન ટાઇમ અન્ય સાથે તુલનાત્મક નથી. સિસ્ટમ બાયોલોજી મોડેલો વિકસાવતી વખતે મોડેલ કેલિબ્રેશન એ મુખ્ય પ્રવૃત્તિ છે. આ કોષ્ટક સિસ્ટમ બાયોલોજી મોડેલર્સ માટે ઉપલબ્ધ કેટલાક વર્તમાન મોડેલ કેલિબ્રેશન ટૂલ્સને પ્રકાશિત કરે છે. પ્રથમ કોષ્ટક સૂચિ સાધનો કે જે SBML સુસંગત છે. પી. ઈ. ટી. એ. બી. એ મોડેલ કેલિબ્રેશન રનને સ્પષ્ટ કરવા માટેનું સામુદાયિક ધોરણ છે. લેગસી ઓપન-સોર્સ સોફ્ટવેર એપ્લિકેશન્સ બાયોકેમિકલ સિસ્ટમોના મોડેલિંગ માટેના કેટલાક ખૂબ જ પ્રારંભિક સોફ્ટવેરની નીચેની સૂચિ છે જે 1980ના દાયકા પહેલા વિકસાવવામાં આવ્યા હતા. નીચેની સૂચિ 1980 અને 1990 ના દાયકામાં વિકસાવવામાં આવેલી કેટલીક સોફ્ટવેર મોડેલિંગ એપ્લિકેશનો દર્શાવે છે. ઐતિહાસિક રસ માટે સૂચિબદ્ધ છે. સંદર્ભ પ્રણાલીઓ જીવવિજ્ઞાન બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ વિજ્ઞાન સોફ્ટવેર પ્રણાલીઓ