DREAM Challenges
ડ્રીમ ચેલેન્જીસ (ડાયલોગ ફોર રિવર્સ એન્જિનિયરિંગ એસેસમેન્ટ એન્ડ મેથડ્સ) એ ભીડ-સ્ત્રોત સ્પર્ધાઓ દ્વારા બાયોમેડિકલ અને સિસ્ટમ્સ બાયોલોજી સંશોધનને આગળ વધારવા માટેની બિન-નફાકારક પહેલ છે. 2006 માં શરૂ થયેલ, ડ્રીમ ચેલેન્જ, સિનેપ્સ પ્લેટફોર્મ પર ચાલતી સ્પર્ધાઓ માટે એક મંચ પ્રદાન કરવા માટે સેજ બાયોનેટવર્ક્સ સાથે સહયોગ કરે છે. 15 વર્ષથી વધુ સમયગાળામાં 60થી વધુ સ્વપ્ન પડકારો હાથ ધરવામાં આવ્યા છે. ડ્રીમ ચેલેન્જીસની સ્થાપના 2006માં આઇબીએમ રિસર્ચના ગુસ્તાવો સ્ટોલોવિઝકી અને કોલંબિયા યુનિવર્સિટીના એન્ડ્રીયા કેલિફાનો દ્વારા કરવામાં આવી હતી. ડ્રીમ સંસ્થાના વર્તમાન અધ્યક્ષ યુનિવર્સિટી ઓફ કેલિફોર્નિયાના પોલ બુટ્રોસ છે. વધુ સંસ્થા એમેરિટસ ચેર જસ્ટિન ગિન્ની અને ગુસ્તાવો સ્ટોલોવિઝકી અને બહુવિધ ડ્રીમ ડિરેક્ટર્સમાં ફેલાયેલી છે. વ્યક્તિગત પડકારો ચોક્કસ બાયોમેડિકલ સંશોધન પ્રશ્નનો સામનો કરવા પર ધ્યાન કેન્દ્રિત કરે છે, જે સામાન્ય રીતે ચોક્કસ રોગ સુધી મર્યાદિત હોય છે. સ્તન કેન્સર, તીવ્ર માયલોઇડ લ્યુકેમિયા અને પ્રોસ્ટેટ કેન્સર અથવા સમાન રોગો પર કેન્દ્રિત ભૂતકાળની બહુવિધ પડકારો સાથે રોગનું મુખ્ય ધ્યાન ઓન્કોલોજી પર રહ્યું છે. વ્યક્તિગત પડકારમાં સામેલ ડેટા રોગના સંદર્ભને પ્રતિબિંબિત કરે છે; જ્યારે કેન્સરમાં સામાન્ય રીતે માનવ જિનોમમાં પરિવર્તન, જનીન અભિવ્યક્તિ અને ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક્સમાં જનીન નેટવર્ક અને મોટા પાયે પ્રોટિઓમિક્સ જેવા ડેટા સામેલ હોય છે, ત્યારે નવા પડકારો સિંગલ સેલ સિક્વન્સિંગ તકનીકો તેમજ ઉભરતા આંતરડાના માઇક્રોબાયોમ સંબંધિત સંશોધન પ્રશ્નો તરફ વળ્યા છે, આમ વ્યાપક સંશોધન સમુદાયમાં વલણોને પ્રતિબિંબિત કરે છે. ડ્રીમ ચેલેન્જીસ માટે પ્રેરણા એ છે કે સ્પર્ધાઓ દ્વારા મોટા પ્રેક્ષકો સુધી ક્રાઉડ-સોર્સિંગ ડેટા દ્વારા, વિશ્લેષણ એક એકમ દ્વારા હાથ ધરવામાં આવ્યું હોય તેના કરતાં વધુ સારા નમૂનાઓ અને આંતરદૃષ્ટિ પ્રાપ્ત થાય છે. ભૂતકાળની સ્પર્ધાઓ નેચર પોર્ટફોલિયો અને પી. એલ. ઓ. એસ. પ્રકાશન જૂથોના મુખ્ય સામયિકો જેવા વૈજ્ઞાનિક સ્થળોએ પ્રકાશિત કરવામાં આવી છે. ડ્રીમ પડકારોના પરિણામો વેબ પ્લેટફોર્મ્સ દ્વારા જાહેર કરવામાં આવે છે, અને ટોચનું પ્રદર્શન કરનારા સહભાગીઓને ISCB દ્વારા આયોજિત વાર્ષિક RECOMB/ISCB આરએસજી/ડ્રીમ સાથેની પરિષદમાં તેમના પરિણામો રજૂ કરવા માટે આમંત્રિત કરવામાં આવે છે. જ્યારે ડ્રીમ ચેલેન્જેસે ખુલ્લા વિજ્ઞાન અને ડેટા પર ભાર મૂક્યો છે, ત્યારે દર્દી સમૂહમાં જીનોમિક્સ જેવા અત્યંત સંવેદનશીલ ડેટાથી ઉદ્ભવતા મુદ્દાઓને ઘટાડવા માટે, "મોડેલ ટુ ડેટા" અભિગમો અપનાવવામાં આવ્યા છે. આવા પડકારોમાં સહભાગીઓ ડોકર અથવા સિંગ્યુલારિટી જેવા કન્ટેનર દ્વારા તેમના નમૂનાઓ રજૂ કરે છે. આ મૂળ માહિતીની ગુપ્તતા જાળવી રાખવાની મંજૂરી આપે છે કારણ કે આ કન્ટેનર પછી આયોજકો દ્વારા ગુપ્ત માહિતી પર ચલાવવામાં આવે છે. આ વધુ પરંપરાગત ઓપન ડેટા મોડેલથી અલગ છે, જ્યાં સહભાગીઓ પ્રદાન કરેલા ઓપન ડેટાના આધારે સીધી આગાહીઓ રજૂ કરે છે. ચેલેન્જ ઓર્ગેનાઈઝેશન ડ્રીમ ચેલેન્જમાં મુખ્ય ડ્રીમ/સેજ બાયોનેટવર્ક્સ ઓર્ગેનાઈઝેશન જૂથ તેમજ વિસ્તૃત વૈજ્ઞાનિક નિષ્ણાત જૂથનો સમાવેશ થાય છે, જેમણે પડકારની રચના અને વિભાવનામાં અથવા મુખ્ય માહિતી પ્રદાન કરીને યોગદાન આપ્યું હોઈ શકે છે. વધુમાં, વ્યાપક સંશોધન સમુદાય દ્વારા નવા ડ્રીમ પડકારો પ્રસ્તાવિત થઈ શકે છે. ફાર્માસ્યુટિકલ કંપનીઓ અથવા અન્ય ખાનગી સંસ્થાઓ પણ ડ્રીમ પડકારોમાં સામેલ હોઈ શકે છે, ઉદાહરણ તરીકે ડેટા પ્રદાન કરવામાં. પડકાર માળખું મુખ્ય તબક્કાઓ માટે સમયરેખા (જેમ કે પરિચય વેબિનાર, મોડેલ સબમિશનની સમયમર્યાદા અને ભાગીદારી માટેની અંતિમ સમયમર્યાદા) અગાઉથી પૂરી પાડવામાં આવે છે. વિજેતાઓની જાહેરાત થયા પછી, આયોજકો સ્પર્ધાના મુખ્ય તારણોનું વર્ણન કરતા પ્રકાશન માટે પોસ્ટ હૉક વિશ્લેષણ કરવા માટે ટોચનું પ્રદર્શન કરનારા સહભાગીઓ સાથે સહયોગ કરવાનું શરૂ કરે છે. પડકારોને પેટા-પડકારોમાં વિભાજિત કરી શકાય છે, દરેક સંશોધન પ્રશ્નની અંદર એક અલગ પેટા વિષયને સંબોધિત કરે છે. ઉદાહરણ તરીકે, કેન્સરની સારવારની અસરકારકતા આગાહીઓ અંગે, આ પ્રગતિ-મુક્ત અસ્તિત્વ, એકંદર અસ્તિત્વ, RECIST અનુસાર શ્રેષ્ઠ એકંદર પ્રતિસાદ અથવા ઘટના (પ્રગતિ અથવા મૃત્યુ) સુધી ચોક્કસ સમય માટે અલગ આગાહીઓ હોઈ શકે છે. સ્વપ્ન પડકારો દરમિયાન, સહભાગીઓ સામાન્ય રીતે પ્રદાન કરેલા ડેટા પર મોડેલ્સ બનાવે છે, અને આગાહીઓ અથવા મોડેલ્સ સબમિટ કરે છે જે પછી આયોજકો દ્વારા હોલ્ડ-આઉટ ડેટા પર માન્ય કરવામાં આવે છે. જ્યારે ડ્રીમ પડકારો સહભાગીઓને માન્યતા માહિતી લીક કરવાનું ટાળે છે, ત્યારે સામાન્ય રીતે સહભાગીઓને પેટા-નમૂના અથવા મૂંઝાયેલ ડેટાસેટ પર તેમના પ્રદર્શનનું મૂલ્યાંકન કરવામાં મદદ કરવા માટે મધ્ય-પડકાર સબમિશન લીડરબોર્ડ ઉપલબ્ધ હોય છે. સ્વપ્ન પડકારો સહભાગીઓ માટે મફત છે. ખુલ્લા તબક્કા દરમિયાન કોઈપણ વ્યક્તિ વ્યક્તિગત રીતે અથવા ટીમ તરીકે ભાગ લેવા માટે સિનેપ્સ દ્વારા નોંધણી કરાવી શકે છે. વ્યક્તિ માત્ર એક જ વાર નોંધણી કરાવી શકે છે અને કોઈ પણ ઉપનામનો ઉપયોગ કરી શકશે નહીં. કેટલાક અપવાદો છે, જે વ્યક્તિને ભાગ લેવા માટે ગેરલાયક ઠેરવે છે, ઉદાહરણ તરીકેઃ વ્યક્તિને ચોક્કસ પડકાર માટે ડેટાની વિશેષાધિકૃત ઍક્સેસ છે, આમ તેમને અયોગ્ય લાભ પૂરો પાડે છે. વ્યક્તિ પકડાઈ ગઈ છે અથવા છેતરપિંડી કરવા અથવા અગાઉના ડ્રીમ ચેલેન્જનો દુરુપયોગ કરવાની શંકા હેઠળ છે. વ્યક્તિ સગીર છે (18 વર્ષથી ઓછી ઉંમર અથવા રહેઠાણના અધિકારક્ષેત્રમાં બહુમતીની ઉંમર). માતાપિતાની સંમતિ દ્વારા આને હળવું કરી શકાય છે. આ પણ જુઓ ક્રાઉડસોર્સિંગ પ્રોજેક્ટની યાદી ક્રિટિકલ એસેસમેન્ટ ઓફ ફંક્શન એનોટેશન (CAFA) ક્રિટિકલ એસેસમેન્ટ ઓફ જીનોમ ઇન્ટરપ્રિટેશન (CAGI) ક્રિટિકલ એસેસમેન્ટ ઓફ પ્રેડિક્શન ઓફ ઇન્ટરેક્શન (CAPRI) ક્રિટિકલ એસેસમેન્ટ ઓફ પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર પ્રેડિક્શન (CASP) કેગલ રેફરન્સ એપ્લાઇડ મશીન લર્નિંગ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ કોમ્પ્યુટર સાયન્સ સ્પર્ધાઓ ક્રાઉડસોર્સિંગ ફોરકાસ્ટિંગ સ્પર્ધાઓ મોલેક્યુલર મોડેલિંગ પ્રોગ્રામિંગ સ્પર્ધાઓ