SET domain
SET ડોમેન એ પ્રોટીન ડોમેન છે જે સામાન્ય રીતે મિથાઈલટ્રાન્સફેરેઝ પ્રવૃત્તિ ધરાવે છે. તેને મૂળરૂપે ડ્રોસોફિલા ટ્રિથોરાક્સ પ્રોટીનમાં હાજર મોટા સંરક્ષિત પ્રદેશના ભાગ તરીકે ઓળખવામાં આવ્યું હતું અને ત્યારબાદ તેને ડ્રોસોફિલા સુ (વાર) 3-9 અને 'એન્હેન્સર ઓફ ઝેસ્ટે' પ્રોટીનમાં ઓળખવામાં આવ્યું હતું, જેમાંથી ટૂંકાક્ષર સેટ [સુ (વાર) 3-9, એન્હેન્સર-ઓફ-ઝેસ્ટે અને ટ્રિથોરાક્સ] મેળવવામાં આવ્યું છે. માળખું SET ડોમેન સામાન્ય રીતે મોટા મલ્ટીડોમેન પ્રોટીનના એક ભાગ તરીકે દેખાય છે, અને તાજેતરમાં અલગ ડોમેન રચનાઓ સાથે ખૂબ જ અલગ પ્રોટીનની ત્રણ રચનાઓનું વર્ણન કરવામાં આવ્યું હતુંઃ હિસ્ટોન લાઇસિન મિથાઈલટ્રાન્સફેરેસ (HKMTs) ના સુ (વાર) પરિવારના સભ્ય ન્યુરોસ્પોરા ક્રાસા DIM-5, જે લાઇસિન 9 પર હિસ્ટોન H3 ને મિથાઇલેટ કરે છે, માનવ SETD7 (જેને SET7 અથવા SET9 પણ કહેવાય છે), જે લાઇસિન 4 બગીચો વટાણા રુબિસ્કો LSMT પર H3 ને મિથાઇલેટ કરે છે, એક એન્ઝાઇમ જે હિસ્ટોન્સમાં ફેરફાર કરતું નથી, પરંતુ તેના બદલે એન્ઝાઇમ રુબિસ્કોની મોટી પેટા એકમની લવચીક પૂંછડીમાં લાઇસિન 14 ને મિથાઇલેટ કરે છે. SET ડોમેન પોતે એક અસામાન્ય માળખું હોવાનું બહાર આવ્યું છે. ત્રણેય અભ્યાસોમાં, ઇલેક્ટ્રોન ઘનતા નકશામાં એડોમેટ અથવા એડોએચસી કોફેક્ટરનું સ્થાન જાહેર થયું હોવા છતાં, સેટ ડોમેન કેનોનિકલ/એડોમેટ-આધારિત મિથાઈલટ્રાન્સફેરેઝ ફોલ્ડ સાથે કોઈ સમાનતા ધરાવતું નથી. સેટ ડોમેનના સી-ટર્મિનલ મોટિફમાં સખત રીતે સંરક્ષિત ટાયરોસિન સબસ્ટ્રેટ લાઇસિનના પ્રોટોનેટેડ એમિનો જૂથમાંથી પ્રોટોનને બહાર કાઢવામાં સામેલ હોઈ શકે છે, જે એડોમેટ કોફેક્ટરના સલ્ફોનિયમ મિથાઈલ જૂથ પર તેના ન્યુક્લિયોફિલિક હુમલાને પ્રોત્સાહન આપે છે. ક્લાસિકલ પ્રકારના એડોમેટ-આધારિત પ્રોટીન મિથાઈલટ્રાનફેરેઝિસથી વિપરીત, જે તેમના પોલિપેપ્ટાઇડ સબસ્ટ્રેટ્સને કોફેક્ટરની ટોચ પર બાંધવાનું વલણ ધરાવે છે, રુબિસ્કો એલ. એસ. એમ. ટી. માળખા પરથી નોંધવામાં આવ્યું છે કે એડોમેટ એક અલગ ફાટમાં બંધાયેલું લાગે છે, જે સૂચવે છે કે કેવી રીતે પોલિપેપ્ટાઇડ સબસ્ટ્રેટને એન્ઝાઇમમાંથી મુક્ત કર્યા વિના મિથાઇલેશનના બહુવિધ રાઉન્ડને આધિન કરી શકાય છે. તેનાથી વિપરીત, SET7/9 તેના સબસ્ટ્રેટમાં માત્ર એક જ મિથાઈલ જૂથ ઉમેરવા માટે સક્ષમ છે. કાર્ય એવું દર્શાવવામાં આવ્યું છે કે SET ડોમેન અને માયોટુબ્યુલરિન-સંબંધિત પ્રોટીનનું જોડાણ વૃદ્ધિ નિયંત્રણમાં ફેરફાર કરે છે. SET ડોમેન ધરાવતું ડ્રોસોફિલા મેલાનોગાસ્ટર (ફ્રૂટ ફ્લાય) પ્રોટીન, જે ઝેસ્ટેને વધારે છે, તે સેગમેન્ટ નિર્ધારણમાં કાર્ય કરે છે અને સસ્તન પ્રાણીઓનું હોમોલોગ જનીન અનુલેખન અને ક્રોમેટિન માળખાના નિયમનમાં સામેલ હોઈ શકે છે. હિસ્ટોન લાઇસિન મિથાઇલેશન એ હિસ્ટોન કોડનો એક ભાગ છે જે ક્રોમેટિન કાર્ય અને જનીન કાર્યના એપિજેનેટિક નિયંત્રણનું નિયમન કરે છે. હિસ્ટોન લાઇસિન મિથાઈલટ્રાન્સફેરેઝ (એચ. એમ. ટી. એ. એસ.) વિવિધ સ્વીકારનાર લાઇસિન માટે તેમની સબસ્ટ્રેટ વિશિષ્ટતા તેમજ તેઓ સ્થાનાંતરિત કરેલા મિથાઈલ જૂથો (એક, બે અથવા ત્રણ) ની સંખ્યા માટે તેમની ઉત્પાદન વિશિષ્ટતા બંનેમાં અલગ પડે છે. માત્ર એક અપવાદ સાથે, HMTases એ SET પરિવાર સાથે સંબંધિત છે જેને SET ડોમેનની આસપાસના ક્રમ અનુસાર વર્ગીકૃત કરી શકાય છે. માનવ SET7/9, એક મોનો-મિથાઇલેઝ પરના માળખાકીય અભ્યાસોએ હિસ્ટોન-લક્ષ્ય માટે ઉત્સેચકની વિશિષ્ટતા માટે પરમાણુ આધાર અને મિથાઇલેશનની વિશિષ્ટતાઓ નક્કી કરવામાં SET ક્ષેત્રમાં અપરિવર્તનશીલ અવશેષોની ભૂમિકાઓ જાહેર કરી છે. એસ. યુ. વી. 39 એસ. ઇ. ટી. પરિવારમાં જોવા મળતા એન-ટર્મિનલ પ્રી-એસ. ઇ. ટી. ડોમેન () માં નવ અપરિવર્તનશીલ સિસ્ટીન અવશેષો છે જે ચલ લંબાઈના પ્રદેશ દ્વારા અલગ કરાયેલા બે વિભાગોમાં જૂથબદ્ધ છે. આ 9 સિસ્ટીન 3 ઝિંક આયનોનું સંકલન કરીને ત્રિકોણાકાર સમૂહ બનાવે છે, જ્યાં દરેક ઝિંક આયન 4 ચાર સિસ્ટીન દ્વારા સંકલન કરીને ટેટ્રાહેડ્રલ રૂપરેખાંકન આપે છે. આ ડોમેનનું કાર્ય માળખાકીય છે, જે રેન્ડમ કોઇલના 2 લાંબા સેગમેન્ટ્સને એકસાથે ધરાવે છે. પોસ્ટ-સેટ ડોમેન () સહિત સી-ટર્મિનલ વિસ્તાર હિસ્ટોન પૂંછડી સાથે ક્રિયાપ્રતિક્રિયા ન કરતી વખતે અને ઝિંકની ગેરહાજરીમાં અવ્યવસ્થિત હોય છે. પોસ્ટ-સેટ ડોમેનમાં ત્રણ સંરક્ષિત સિસ્ટીન ઝિંક-બંધનકર્તા સાઇટ બનાવે છે જ્યારે સેટ ડોમેન સક્રિય સાઇટની નજીક ગાંઠ જેવી રચનામાં ચોથા સંરક્ષિત સિસ્ટીન સાથે જોડાય છે. સંરચિત પોસ્ટ-સેટ પ્રદેશ સી-ટર્મિનલ અવશેષો લાવે છે જે એસ-એડેનોસિલ-એલ-મેથિઓનાઇન-બંધન અને હિસ્ટોન પૂંછડી ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓમાં ભાગ લે છે. ત્રણ સંરક્ષિત સિસ્ટીન અવશેષો એચએમટેઝ પ્રવૃત્તિ માટે જરૂરી છે, કારણ કે સેરીન સાથે બદલી એચએમટેઝ પ્રવૃત્તિને નાબૂદ કરે છે. આ ડોમેન ધરાવતા માનવ જનીનોના એન્કોડિંગ પ્રોટીનના ઉદાહરણોમાં નીચેનાનો સમાવેશ થાય છેઃ ASH1L, જે SET ડોમેન (AWS) EHMT1 (FP13812), EHMT2 (BAT8), EZH1, EZH2MLL, MLL2, MLL3, MLL5NSD1 PRDM1, PRDM2, PRDM5SETD1A, SETD2, SETD3, SETD4, SETD5, SETD6, SETD7, SETD8, SETDB1, SETDB2, SETMAR, SMYD1, SMYD3 સાથે પણ સંકળાયેલ છે.