Patrocladogram
પેટ્રોક્લેડોગ્રામ એ ક્લેડિસ્ટિક શાખાઓની પેટર્ન છે જે પેટ્રીસ્ટિક અંતર (એટલે કે, વંશાવલિ વચ્ચેના વિચલન) નો ઉપયોગ કરીને ચોક્કસપણે સુધારવામાં આવી છે; એક પ્રકારનો ફિલોગ્રામ. પેટ્રીસ્ટિક અંતરને "ક્લેડોગ્રામ પર બે ટેક્સાને અલગ કરતા એપોમોર્ફિક પગલાની સંખ્યા" તરીકે વ્યાખ્યાયિત કરવામાં આવે છે, અને તેનો ઉપયોગ સામાન્ય પૂર્વજથી લાક્ષણિકતાના વિચલનની માત્રા નક્કી કરવા માટે થાય છે. આનો અર્થ એ છે કે વિવિધ ફેનેટિક અલ્ગોરિધમ્સનો ઉપયોગ કરીને નવા વૃક્ષનું નિર્માણ કરવા માટે ક્લેડીસ્ટિક અને પેટ્રીસ્ટિક અંતરને જોડવામાં આવે છે. જૈવિક વર્ગીકરણમાં પેટ્રોક્લેડોગ્રામનો હેતુ વર્ગીકરણ સંબંધી નિર્ણય લેતા પહેલા કઈ ઉત્ક્રાંતિ પ્રક્રિયાઓ ખરેખર સામેલ છે તેની પૂર્વધારણા બનાવવાનો છે. પેટ્રોક્લેડોગ્રામ બાયોસ્ટેટિસ્ટિક્સ પર આધારિત છે જેમાં સમાવેશ થાય છે પરંતુ તે મર્યાદિત નથીઃ પારસીમોની, અંતર મેટ્રિક્સ, સંભાવના પદ્ધતિઓ અને બાયેસિયન સંભાવના. જીનોમિક રીતે સંબંધિત ડેટાના કેટલાક ઉદાહરણો કે જેનો આ પદ્ધતિઓ માટે ઇનપુટ્સ તરીકે ઉપયોગ કરી શકાય છેઃ મોલેક્યુલર સિક્વન્સ, સંપૂર્ણ જીનોમ સિક્વન્સ, જીન ફ્રીક્વન્સીઝ, પ્રતિબંધ સાઇટ્સ, અંતર મેટ્રિક્સ, અનન્ય અક્ષરો, SNPs જેવા પરિવર્તન અને મિટોકોન્ડ્રીયલ જીનોમ ડેટા. પેટ્રોક્લેડોગ્રામના ઉપયોગ સાથેની સાવચેતીઓ એવા આલેખ છે જે સમાનતાની પૂર્વધારણાઓ પર ભાર મૂકે છે જ્યારે ફિલોજેનેટિક વૃક્ષો એવા આલેખ છે જે સામાન્ય વંશની પૂર્વધારણાઓ પર ભાર મૂકે છે. જ્યારે પેટ્રોક્લેડોગ્રામ તાર્કિક રીતે તુલનાત્મક ફિલોજેનેટિક વૃક્ષ પૂર્વધારણા સાથે મેળ ખાતો નથી ત્યારે તેનો ઉપયોગ મોનોફિલેટિક જૂથોને વ્યાખ્યાયિત કરવા માટે થવો જોઈએ નહીં. પેટ્રોક્લેડોગ્રામનો ઉપયોગ નવીન ઉત્ક્રાંતિના અર્થઘટનને તિરાડ કરી શકે છે અથવા સમરૂપ લાક્ષણિકતાઓને હોમોપ્લાસ્ટિક તરીકે દર્શાવી શકે છે. પેટ્રોક્લેડોગ્રામ વિશ્લેષણ માટેના કાર્યક્રમો મોટાભાગના ફિલોગ્રામ નેવિક સ્વરૂપના કેટલાક પ્રકારોમાં સાચવવામાં આવે છે જેમ કેઃ પી. એ. યુ. પી. *, એમ. ઇ. જી. એ., મોલેક્યુલર ઇવોલ્યુશનરી જિનેટિક્સ એનાલિસિસ, ક્લસ્ટલ, ફીલીપ અથવા નેક્સસ ફાઇલ. ન્યૂક ફોર્મેટની આ વિવિધ આવૃત્તિઓનો ઉપયોગ પેટ્રોક્લેડોગ્રામની રચનામાં પેટ્રીસ્ટિક અંતર માટે ઇનપુટ તરીકે થઈ શકે છે. સોફ્ટવેરના બે વ્યાપક રીતે ઉપયોગમાં લેવાતા ટુકડાઓ છે; એકનો ઉપયોગ પેટ્રીસ્ટિક અંતરનું વિશ્લેષણ કરવા માટે થાય છે, અને બીજાનો ઉપયોગ જોઈ શકાય તેવા પેટ્રોક્લેડોગ્રામ બનાવવા માટે થાય છે. નીચે બંને કાર્યક્રમો જુઓઃ પેટ્રીસ્ટિક પેટ્રીસ્ટિક એ એક જાવા કાર્યક્રમ છે જે ઇનપુટ તરીકે વિવિધ વૃક્ષ ફાઇલોનો ઉપયોગ કરે છે અને તેમના પેટ્રીસ્ટિક અંતરની ગણતરી કરે છે. પેટ્રિસ્ટિક તે અંતરને બચાવવા અને સંપાદિત કરવાની મંજૂરી આપે છે. પેટ્રિસ્ટિક પરિણામોના વિવિધ ગ્રાફિક દૃશ્યો તેમજ એક્સેલનો ઉપયોગ કરીને ગ્રાફિક્સ બનાવવા માટે તેમને CSV ફોર્મેટમાં સાચવવાની સંભાવના પ્રદાન કરે છે. આરએએમઆઈ આરએએમઆઈ ક્લસ્ટરો બનાવવા માટે શાખા લંબાઈનો ઉપયોગ કરે છે જેને પછી પેટ્રોક્લેડોગ્રામ તરીકે જોઈ શકાય છે. સંદર્ભો વધુ વાંચન બાહ્ય કડીઓ PATRISTIC સોફ્ટવેર RAMI સૉર્ફવેર બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ વર્ગીકરણ (જીવવિજ્ઞાન)