HITS-CLIP
ક્રોસ-લિંકિંગ ઇમ્યુનોપ્રેસિપિટેશન (એચઆઇટીએસ-સીએલઆઇપી) દ્વારા અલગ કરાયેલ આરએનએનું હાઇ-થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગ એ જીનોમ-વાઇડ મેપિંગ પ્રોટીન-આરએનએ બાઇન્ડિંગ સાઇટ્સ અથવા વિવોમાં આરએનએ મોડિફિકેશન સાઇટ્સ માટે સીએલઆઇપીનો એક પ્રકાર છે. HITS-CLIP નો ઉપયોગ મૂળ ન્યુરોન-વિશિષ્ટ RNA-બંધનકર્તા પ્રોટીન અને સ્પ્લિસિંગ પરિબળ NOVA1 અને NOVA2 માટે જીનોમ-વાઇડ પ્રોટીન-RNA ક્રિયાપ્રતિક્રિયા નકશા બનાવવા માટે કરવામાં આવ્યો હતો; ત્યારથી અન્ય સંખ્યાબંધ સ્પ્લિસિંગ પરિબળ નકશા તૈયાર કરવામાં આવ્યા છે, જેમાં PTB, RbFox2, SFRS1, hnRNP C, અને N6-Methyladenosine (m6A) mRNA ફેરફારો પણ સામેલ છે. આરએનએ-બંધનકર્તા પ્રોટીન આર્ગોનાઉટની એચઆઇટીએસ-સીએલઆઇપી માઉસ મગજમાં માઇક્રોઆરએનએ-એમઆરએનએ અને પ્રોટીન-આરએનએ ક્રિયાપ્રતિક્રિયા નકશાને ડીકોડ કરીને માઇક્રોઆરએનએ લક્ષ્યોની ઓળખ માટે કરવામાં આવી છે, અને ત્યારબાદ કેનોરહૅબિડાઇટિસ એલિગન્સ, ગર્ભ સ્ટેમ કોશિકાઓ અને પેશી સંવર્ધન કોષોમાં કરવામાં આવી છે. એચઆઇટીએસ-સીએલઆઇપીના નવીન ફેરફાર તરીકે, એમ6એ-સીએલઆઇપી લક્ષ્ય આરએનએ સાથે યુવી-ક્રોસલિંગ એમ6એ એન્ટિબોડી દ્વારા એમઆરએનએમાં એન6-મિથાઈલેડેનોસિન (એમ6એ) સ્થાનોને ચોક્કસપણે મેપ કરવા માટે વિકસાવવામાં આવી હતી. તાજેતરમાં, આર્ગોનાઉટ HITS-CLIP પર લાગુ કરાયેલ સુધારેલ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ સિંગલ ન્યુક્લિયોટાઇડ રિઝોલ્યુશન સાથે બંધનકર્તા સાઇટ્સની ઓળખને સક્ષમ કરે છે. પેશી સંવર્ધન કોષોમાં સેલ્યુલર આર. એન. એ.-બંધનકર્તા પ્રોટીન (આર. બી. પી.) અને માઇક્રો આર. એન. એ. ધરાવતા રિબોન્યુક્લિયોપ્રોટીન સંકુલ (એમ. આઈ. આર. એન. પી.) ના બંધનકર્તા સ્થળોને ઓળખવા માટે સમાન પદ્ધતિઓ પી. એ. આર.-સી. એલ. આઈ. પી. આઇ. સી. એલ. આઇ. પી., સી. ડી. એન. એ. લાઈબ્રેરીના સંપૂર્ણ વિસ્તરણ માટે, જેમાં કાપેલા સી. ડી. એન. એ. નો સમાવેશ થાય છે, આમ ક્રોસ લિંક સાઇટ્સને ઓળખવા માટે વધારાના માધ્યમોને પણ સક્ષમ કરે છે. સંદર્ભો બાહ્ય કડીઓ CLIPSim -MC: CLIPSim -MC એ એક એવું સાધન છે જે મોન્ટે-કાર્લો-આધારિત અભિગમનો ઉપયોગ કરીને miRNA/MRE જોડી શોધવા માટે CLIP-SEQ ડેટાનો ઉપયોગ કરે છે. સ્ટારબેઝ ડેટાબેઝઃ એમઆઇઆરએનએ-એમઆરએનએ, એમઆઇઆરએનએ-એલએનસીઆરએનએ, એમઆઇઆરએનએ-એસએનસીઆરએનએ, એમઆઇઆરએનએ-સર્કઆરએનએ, એમઆઇઆરએનએ-સ્યુડોજેન, પ્રોટીન-એલએનસીઆરએનએ, પ્રોટીન-આરએનએ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ અને એચઆઇટીએસ-સીએલઆઇપી (સીએલઆઇપી-સેક, પી. એ. આર.-સીએલઆઇપી, આઇસીએલઆઇપી, ક્લેશ) ડેટા, અને ટાર્ગેટસ્કેન, પિકટાર, આરએનએ22, એમઆઇઆરન્ડા અને પિટા માઇક્રોઆરએનએ લક્ષ્ય સાઇટ્સમાંથી સીઇઆરએનએ નેટવર્કનું અન્વેષણ કરવા માટેનો ડેટાબેઝ. ક્લિપઝઃ ટૂંકા આર. એન. એ. નું વિશ્લેષણ કરવા માટેની પાઇપલાઇન એચ. આઈ. ટી. એસ.-સી. એલ. આઈ. પી. પ્રયોગોમાંથી વાંચે છે. ડી. સી. એલ. આઈ. પી.: ડી. સી. એલ. આઈ. પી. એ બે તુલનાત્મક સી. એલ. આઈ. પી.-સેક (એચ. આઈ. ટી. એસ.-સી. એલ. આઈ. પી., પી. એ. આર.-સી. એલ. આઈ. પી. અથવા આઈ. સી. એલ. આઈ. પી.) પ્રયોગોમાં વિભેદક બંધનકર્તા પ્રદેશોની શોધ કરવા માટેનો એક પર્લ કાર્યક્રમ છે. આરએનએ મોલેક્યુલર જિનેટિક્સ માઇક્રોઆરએનએ