RaptorX
રેપ્ટરએક્સ એ પ્રોટીન માળખા અને કાર્યની આગાહી માટેનું સોફ્ટવેર અને વેબ સર્વર છે જે બિન-વ્યાવસાયિક ઉપયોગ માટે મફત છે. પ્રોટીન માળખાની આગાહી માટે રેપ્ટરએક્સ સૌથી લોકપ્રિય પદ્ધતિઓમાંની એક છે. અન્ય દૂરસ્થ સમરૂપતા ઓળખ/પ્રોટીન થ્રેડિંગ તકનીકોની જેમ, જ્યારે વ્યાપકપણે ઉપયોગમાં લેવાતા પીએસઆઈ-બ્લાસ્ટ ન કરી શકે ત્યારે રેપ્ટરએક્સ નિયમિતપણે વિશ્વસનીય પ્રોટીન મોડેલો પેદા કરવામાં સક્ષમ છે. જો કે, રેપ્ટરએક્સ એ પ્રોફાઇલ-આધારિત પદ્ધતિઓ (દા. ત., એચએચપ્રેડ અને ફાયરે 2) થી પણ નોંધપાત્ર રીતે અલગ છે, જેમાં રેપ્ટરએક્સ માળખાની માહિતીનો ઉપયોગ કરીને મોટી સંખ્યામાં અનુક્રમ સમરૂપતા વિના પ્રોટીન અનુક્રમોના મોડેલિંગમાં શ્રેષ્ઠ છે. રેપ્ટરએક્સ સર્વરની રચના પ્રોટીન માળખાની આગાહી પદ્ધતિઓમાં નિષ્ણાત ન હોય તેવા વપરાશકર્તાઓ માટે વપરાશકર્તા-મૈત્રીપૂર્ણ ઈન્ટરફેસ સુનિશ્ચિત કરવા માટે કરવામાં આવી છે. રેપ્ટરએક્સ પ્રોજેક્ટ 2008માં શરૂ કરવામાં આવ્યો હતો અને રેપ્ટરએક્સ સર્વર 2011માં જાહેર જનતા માટે રજૂ કરવામાં આવ્યું હતું. પ્રમાણભૂત ઉપયોગ રેપ્ટરએક્સ સબમિશન ફોર્મમાં પ્રોટીન ક્રમ ચોંટાડ્યા પછી, વપરાશકર્તા સામાન્ય રીતે આગાહી પૂર્ણ કરવા માટે થોડા કલાકો (ક્રમની લંબાઈના આધારે) રાહ જોશે. પરિણામોના વેબ પૃષ્ઠની લિંક સાથે વપરાશકર્તાને એક ઇમેઇલ મોકલવામાં આવે છે. રેપ્ટરએક્સ સર્વર હાલમાં નીચેના પરિણામો ઉત્પન્ન કરે છેઃ 3-સ્થિતિ અને 8-સ્થિતિ ગૌણ માળખું આગાહી, ક્રમ-નમૂના ગોઠવણી, 3ડી માળખું આગાહી, દ્રાવક સુલભતા આગાહી, અવ્યવસ્થા આગાહી અને બંધનકર્તા સાઇટ આગાહી. અનુમાનિત પરિણામો દ્રશ્ય પરીક્ષાને ટેકો આપવા માટે પ્રદર્શિત કરવામાં આવે છે. પરિણામની ફાઇલો ડાઉનલોડ કરવા માટે પણ ઉપલબ્ધ છે. રેપ્ટરએક્સ સર્વર અનુમાનિત 3ડી મોડેલોની ગુણવત્તા (તેમના અનુરૂપ મૂળ માળખાઓની ગેરહાજરીમાં) સૂચવતા કેટલાક આત્મવિશ્વાસ સ્કોર્સ પણ ઉત્પન્ન કરે છે. ઉદાહરણ તરીકે, તે 3ડી મોડેલની સાપેક્ષ વૈશ્વિક ગુણવત્તા માટે પી-મૂલ્ય, 3ડી મોડેલની સંપૂર્ણ વૈશ્વિક ગુણવત્તા માટે જીડીટી (વૈશ્વિક અંતર પરીક્ષણ) અને યુજીડીટી (અસામાન્ય-જીડીટી) અને 3ડી મોડેલના દરેક અવશેષો પર સંપૂર્ણ સ્થાનિક ગુણવત્તા માટે પ્રતિ-સ્થિતિ આરએમએસડી ઉત્પન્ન કરે છે. રેપ્ટરએક્સની એપ્લિકેશન્સ અને પર્ફોર્મન્સ એપ્લિકેશન્સમાં પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચરની આગાહી, કાર્યની આગાહી, પ્રોટીન સિક્વન્સ-સ્ટ્રક્ચર સંરેખણ, પ્રોટીનનું ઉત્ક્રાંતિ વર્ગીકરણ, સાઇટ-નિર્દેશિત મ્યુટેજેનેસિસનું માર્ગદર્શન અને મોલેક્યુલર રિપ્લેસમેન્ટ દ્વારા પ્રોટીન ક્રિસ્ટલ સ્ટ્રક્ચર્સને ઉકેલવાનો સમાવેશ થાય છે. CASP9 બ્લાઇન્ડ પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર આગાહી પ્રયોગમાં, લગભગ 80 ઓટોમેટિક સ્ટ્રક્ચર આગાહી સર્વરમાંથી રેપ્ટરએક્સને બીજા ક્રમે મૂકવામાં આવ્યું હતું. રેપ્ટરએક્સે 50 સૌથી મુશ્કેલ CASP9 TBM (ટેમ્પલેટ-આધારિત મોડેલિંગ) લક્ષ્યો માટે શ્રેષ્ઠ ગોઠવણી પણ કરી હતી. CASP10 માં, 15 સૌથી મુશ્કેલ CASP10 TBM લક્ષ્યો માટે ટોચના 10 માનવ/સર્વર જૂથોમાં રેપ્ટરએક્સ એકમાત્ર સર્વર જૂથ છે. રેપ્ટરએક્સ એ રેપ્ટર પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર પ્રેડિક્શન સિસ્ટમનો અનુગામી છે. રેપ્ટરની રચના અને વિકાસ વોટરલૂ યુનિવર્સિટી ખાતે ડૉ. જિનબો ઝુ અને ડૉ. મિંગ લી દ્વારા કરવામાં આવ્યો હતો. રેપ્ટરએક્સની રચના અને વિકાસ શિકાગો ખાતે ટોયોટા ટેકનોલોજીકલ ઇન્સ્ટિટ્યૂટ ખાતે પ્રોફેસર જિનબો ઝુની આગેવાની હેઠળના સંશોધન જૂથ દ્વારા કરવામાં આવ્યો હતો. પ્રોટીન માળખું આગાહી CASP પ્રોટીન માળખું આગાહી સોફ્ટવેર સંદર્ભોની સૂચિ બાહ્ય કડીઓ માળખું અને કાર્ય આગાહી CASP વેબસાઇટ અન્ય માળખાકીય બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ સોફ્ટવેર સ્ટ્રક્ચરલ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ સોફ્ટવેર કોમ્પ્યુટેશનલ સાયન્સ માટે રેપ્ટરએક્સ વેબ સર્વર