PDBREPORT
PDBREPORT ડેટાબેઝ એ પ્રોટીન ડેટા બેંકમાં જૈવિક અણુઓના માળખામાં જોવા મળતી વિસંગતતાઓ અને ભૂલોનો ડેટાબેઝ છે. પી. ડી. બી. આર. ઈ. પી. ઓ. ટી. એસ. ડેટાબેઝ સિલિકો પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ પ્રોજેક્ટમાં પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચરની ગુણવત્તાને નક્કી કરવા માટે ઉપયોગી સુવિધા છે, અને સી. એ. એસ. પી. હોમોલોજી મોડેલિંગ 'કોમ્પિટિશન' ના સહભાગીઓ દ્વારા તેનો વારંવાર ઉપયોગ કરવામાં આવે છે. પી. ડી. બી. આર. ઈ. પી. ઓ. ટી. એસ. વોટ _ ચેક સોફ્ટવેરનો ઉપયોગ કરીને બનાવવામાં આવે છે. વોટ _ ચેક એ વોટ આઇએફ સોફ્ટવેરનો વિકલ્પ છે જે મેક્રોમોલેક્યુલ્સ (ખાસ કરીને પ્રોટીન) ને માન્ય કરે છે. ઘણા WHAT _ CHECK વિકલ્પો સામાન્ય મૂલ્યો નક્કી કરે છે; એટલે કે, પ્રમાણભૂત વિચલનોની સંખ્યા કે જે કોઈપણ અવલોકન તેના સરેરાશથી વિચલિત થાય છે. અને મોટાભાગના કિસ્સાઓમાં આવી ઘટનાઓ સૂચિબદ્ધ કરવામાં આવે છે જો વિચલન 4 સિગ્મા કરતાં વધુ હોય, જે સૂચવે છે કે સૂચિબદ્ધ વિસંગતતાઓમાંથી દસ હજારમાંથી એક વાસ્તવિક છે અને ભૂલ નથી. What _ CHECK પૃષ્ઠોનું 'માન્યતા' વિભાગ આને વધુ વિગતવાર સમજાવે છે. મુદ્દાઓ PDBREPORT એન્ટ્રીઓને PDBમાં જમા થયેલા મેક્રોમોલેક્યુલર સ્ટ્રક્ચર્સ માટેના ભૂલ અહેવાલો તરીકે જોઈ શકાય છે. ભૂલ અહેવાલ શબ્દનો ઉપયોગ સાવધાની સાથે થવો જોઈએ કારણ કે વોટ _ ચેક સોફ્ટવેર જે PDBREPORT પેદા કરે છે તે ભૂલ તરીકે ચાર પ્રમાણભૂત વિચલનો અથવા વધુની દરેક વિસંગતતાને ચિહ્નિત કરે છે. આમાંની કેટલીક નોંધાયેલી વિસંગતતાઓ ભૂલોને બદલે સરેરાશથી વાસ્તવિક વિચલનો હોઈ શકે છે. સંદર્ભો માળખાકીય બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ પ્રોટીન માળખું જૈવિક ડેટાબેઝ