Sirius visualization software
સિરિયસ એ સાન ડિએગો સુપરકોમ્પ્યુટર સેન્ટર ખાતે વિકસાવવામાં આવેલી મોલેક્યુલર મોડેલિંગ અને વિશ્લેષણ પ્રણાલી છે. સિરિયસ એ અદ્યતન વપરાશકર્તા જરૂરિયાતોને ટેકો આપવા માટે રચાયેલ છે જે નાના અણુઓ અને પ્રોટીનના સરળ પ્રદર્શનથી આગળ વધે છે. સિરિયસ ઉચ્ચ ગુણવત્તાની ઇન્ટરેક્ટિવ 3D ગ્રાફિક્સ, સ્ટ્રક્ચર બિલ્ડિંગ, પ્રોટીન અથવા ડીએનએ પ્રાથમિક સિક્વન્સ પ્રદર્શિત કરવા, દૂરસ્થ ડેટા સ્રોતોની પહોંચ અને મોલેક્યુલર ડાયનેમિક્સ ટ્રેજેક્ટરીઝની વિઝ્યુલાઇઝિંગને સપોર્ટ કરે છે. તેનો ઉપયોગ વૈજ્ઞાનિક દ્રશ્ય અને વિશ્લેષણ, અને રસાયણશાસ્ત્ર અને જીવવિજ્ઞાન સૂચના માટે થઈ શકે છે. આ સોફ્ટવેર હવે 2011 સુધી સપોર્ટેડ નથી. મુખ્ય લાક્ષણિકતાઓ સિરિયસ લાક્ષણિકતાઓના સમૂહ સાથે વિવિધ એપ્લિકેશનોને ટેકો આપે છે, જેમાં નીચેનાનો સમાવેશ થાય છેઃ ફ્રેગમેન્ટ્સની લાઇબ્રેરીનો ઉપયોગ કરીને રાસાયણિક માળખાઓનું નિર્માણ અને સંપાદન પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર અને સિક્વન્સ સંરેખણ કમાન્ડ લાઇન ઇન્ટરપ્રિટર અને સ્ક્રિપ્ટીંગ સપોર્ટ હાલની રાસમોલ સ્ક્રિપ્ટ્સ સાથે સંપૂર્ણપણે સુસંગત છે પ્રોટીન ડેટા બેંક અને યુનિપ્રોટ ડેટાબેઝમાં સીધા બ્લાસ્ટ શોધની કલ્પના કરતી મોલેક્યુલર ડાયનેમિક્સ ટ્રેજેક્ટરી માટે સંપૂર્ણ સપોર્ટ બાકીની હાઇડ્રોજન બોન્ડિંગ, સ્ટેરિક અથડામણોની ઇન્ટરેક્ટિવ ગણતરીને સ્થિર કરતી વખતે લોડ કરેલા ડેટાના ભાગોને ખસેડવાની ક્ષમતા, રામચંદ્રન પ્લોટ્સ તમામ મુખ્ય માળખા અને સિક્વન્સ ફોર્મેટ માટે સપોર્ટ ફોટોરિયલિસ્ટિક છબીઓ બનાવવા માટે બંડલ પી. ઓ. વી.-રે સંકલિત પસંદગી અને વ્યક્તિગત વિઝ્યુલાઇઝિંગ ઘટકોમાં રંગ સિરિયસ મોલેક્યુલર ગ્રાફિક્સ કોડ અને ડેટા સ્ટ્રક્ચર પર આધારિત છે જે મોલે રાસમોલ-સુસંગત સ્ક્રિપ્ટીંગ સિરિયસમાં કમાન્ડ લાઇન દુભાષિયો છે જેનો ઉપયોગ માળખાના દેખાવ અને દિશાને ઝડપથી હેરફેર કરવા માટે થઈ શકે છે. આદેશોનો સમૂહ રાસમોલ પછી રચવામાં આવ્યો છે, તેથી તે હાલની સ્ક્રિપ્ટો સાથે સંપૂર્ણપણે સુસંગત છે. સિરિયસમાં રજૂ કરાયેલા ઉમેરાયેલા આદેશો એક જ સમયે લોડ થયેલ બહુવિધ માળખાઓને હેરફેર કરવા માટે ટેકો પૂરો પાડે છે, અને વધુ લવચીક પસંદગીને સક્ષમ કરે છે. એન્કોડેડ મોલેક્યુલર દ્રશ્યોની ઉચ્ચ ગુણવત્તાની રજૂઆત કરવા માટે હાલની રાસમોલ લિપિઓ આયાત કરી શકાય છે અને સિરિયસમાં ચલાવી શકાય છે. રાસમોલ એક સંકલન પ્રણાલીનો ઉપયોગ કરે છે જે તે સિરિયસથી અલગ હોય છે, જ્યારે રાસમોલ સ્ક્રિપ્ટ્સ આયાત કરવામાં આવે છે ત્યારે આંતરિક રૂપાંતર કરવામાં આવે છે, જેથી કોઈપણ દિશા પરિવર્તન યોગ્ય રીતે દર્શાવવામાં આવે. કોઈપણ જાતે દાખલ કરેલા આદેશો, જોકે, સિરિયસ કોઓર્ડિનેટ સિસ્ટમ અનુસાર ચલાવવામાં આવે છે. સિરિયસ કેટલાક પૂર્વવ્યાખ્યાયિત અણુ-અવશેષ સમૂહો અને રંગ યોજનાઓને ટેકો આપે છે, કમાન્ડ પેનલ ઇન્ટરફેસનો ઉપયોગ કરીને સ્ક્રિપ્ટ્સના સંપાદનને મંજૂરી આપે છે, અને લોજિકલ ઓપરેટરો અને કૌંસનો ઉપયોગ જટિલ પસંદગી આદેશો બનાવવા માટે કરી શકાય છે. મોલેક્યુલર ડાયનેમિક્સના માર્ગને વિઝ્યુલાઇઝ કરતા સિરિયસમાં સંપૂર્ણ લાક્ષણિકતા ધરાવતી મોલેક્યુલર ડાયનેમિક્સ વિઝ્યુલાઇઝિંગ ઘટક છે. તે AMBER અને CHARMM સિમ્યુલેશનમાંથી આઉટપુટ ફાઇલોને વાંચી શકે છે, જેમાં કોમ્પ્રેસ્ડ અને AMBER આઉટ ફાઇલો સામેલ છે. પ્રક્ષેપવક્ર સાથે આર. એમ. એસ. ડી. ના ફેરફારોની ગણતરી વપરાશકર્તા-નિર્ધારિત અણુ ઉપગણોનો ઉપયોગ કરીને કરી શકાય છે અને આંતરક્રિયાત્મક રીતે અદ્યતન આલેખમાં પ્રદર્શિત કરી શકાય છે. મેમરીની જરૂરિયાતોને ઘટાડવા માટે, મોટા મલ્ટીફાઇલ સિમ્યુલેશનને બફર મોડમાં લોડ કરી શકાય છે. જો સિમ્યુલેશનમાં પ્રોટીન ફોલ્ડમાં ફેરફારનો સમાવેશ થાય છે, તો સિરિયસને વાસ્તવિક સમયમાં પ્રદર્શિત ગૌણ માળખાની સુવિધાઓને ટ્રેક કરવા અને ફરીથી ગણતરી કરવા માટે સેટ કરી શકાય છે, જે માળખાના પરિવર્તનોનું નિરીક્ષણ કરવાની અનુકૂળ રીત પ્રદાન કરે છે. સંપૂર્ણ ગતિ અથવા પસંદ કરેલી ફ્રેમને ક્વિક ટાઈમ વિડિયો અથવા પી. ઓ. વી.-રે દ્રશ્ય સ્નેપશોટના સમૂહ તરીકે નિકાસ કરી શકાય છે જેને પછીથી ઉચ્ચ ગુણવત્તાની મૂવીમાં રૂપાંતરિત કરી શકાય છે. ઍક્સેસ અને ડાઉનલોડ સિરિયસ પ્રોજેક્ટ વેબસાઇટ પરથી શૈક્ષણિક અને બિન-નફાકારક સંસ્થાઓ સાથે જોડાયેલા વ્યક્તિઓને મુક્તપણે વિતરિત કરવામાં આવે છે. નેટિવ ડેસ્કટોપ એપ્લિકેશન ઇન્સ્ટોલર્સ વિન્ડોઝ, લિનક્સ અને મેકઓએસ માટે ઉપલબ્ધ છે. મોલેક્યુલર મિકેનિક્સ મોડેલિંગ માટે સોફ્ટવેરની સરખામણી મોલેક્યુલર ગ્રાફિક્સ સિસ્ટમ્સની સૂચિ મોલેક્યુલર એડિટર મોલેક્યુલર મોડેલિંગ મોલેક્યુલર ગ્રાફિક્સ મોલેક્યુલર ડાયનેમિક્સ સંદર્ભો બાહ્ય લિંક્સ સત્તાવાર વેબસાઇટ મોલેક્યુલર બાયોલોજી ટૂલકિટ સાન ડિએગો સુપરકોમ્પ્યુટર સેન્ટર યુનિવર્સિટી ઓફ કેલિફોર્નિયા સાન ડિએગો મોલેક્યુલર મોડેલિંગ સોફ્ટવેર