InterPro
ઇન્ટરપ્રો એ પ્રોટીન પરિવારો, પ્રોટીન ડોમેન્સ અને કાર્યાત્મક સાઇટ્સનો ડેટાબેઝ છે જેમાં જાણીતા પ્રોટીનમાં જોવા મળતી ઓળખી શકાય તેવી સુવિધાઓ તેમને કાર્યાત્મક રીતે લાક્ષણિકતા આપવા માટે નવા પ્રોટીન સિક્વન્સ પર લાગુ કરી શકાય છે. ઇન્ટરપ્રોની સામગ્રીમાં નિદાનના સંકેતો અને પ્રોટીનનો સમાવેશ થાય છે જે તેઓ નોંધપાત્ર રીતે મેળ ખાય છે. સહીઓમાં મોડેલ્સ (સરળ પ્રકારો, જેમ કે નિયમિત અભિવ્યક્તિઓ અથવા વધુ જટિલ, જેમ કે હિડન માર્કોવ મોડેલ્સ) નો સમાવેશ થાય છે જે પ્રોટીન પરિવારો, ડોમેન્સ અથવા સાઇટ્સનું વર્ણન કરે છે. નમૂનાઓ જાણીતા પરિવારો અથવા ડોમેન્સના એમિનો એસિડ સિક્વન્સમાંથી બનાવવામાં આવે છે અને ત્યારબાદ તેનો ઉપયોગ તેમને વર્ગીકૃત કરવા માટે અજ્ઞાત સિક્વન્સ (જેમ કે નવલકથા જીનોમ સિક્વન્સિંગમાંથી ઉદ્ભવતા) શોધવા માટે થાય છે. ઇન્ટરપ્રોના દરેક સભ્ય ડેટાબેઝ ખૂબ જ ઉચ્ચ-સ્તરના, માળખા-આધારિત વર્ગીકરણ (સુપરફેમિલી અને કેથ-જીન 3ડી) થી લઈને એકદમ ચોક્કસ પેટા-કુટુંબ વર્ગીકરણ (પ્રિન્ટ અને પેન્થર) સુધી અલગ વિશિષ્ટતા તરફ યોગદાન આપે છે. ઇન્ટરપ્રોનો ઈરાદો પ્રોટીન વર્ગીકરણ માટે વન-સ્ટોપ-શોપ પ્રદાન કરવાનો છે, જ્યાં વિવિધ સભ્ય ડેટાબેઝ દ્વારા ઉત્પાદિત તમામ સહીઓને ઇન્ટરપ્રો ડેટાબેઝમાં એન્ટ્રીઓમાં મૂકવામાં આવે છે. સમકક્ષ ડોમેન્સ, સાઇટ્સ અથવા પરિવારોનું પ્રતિનિધિત્વ કરતી સહીઓ એક જ એન્ટ્રીમાં મૂકવામાં આવે છે અને એન્ટ્રીઓ પણ એકબીજા સાથે સંબંધિત હોઈ શકે છે. જ્યાં શક્ય હોય ત્યાં દરેક એન્ટ્રી સાથે વર્ણન, સુસંગત નામો અને જીન ઓન્ટોલોજી (જીઓ) શરતો જેવી વધારાની માહિતી સંકળાયેલી હોય છે. ઇન્ટરપ્રો ઇન્ટરપ્રોમાં સમાવિષ્ટ ડેટામાં ત્રણ મુખ્ય ઘટકો છેઃ પ્રોટીન, સહીઓ (જેને "પદ્ધતિઓ" અથવા "મોડેલ્સ" તરીકે પણ ઓળખવામાં આવે છે) અને એન્ટ્રીઓ. યુનિપ્રોટકેબીમાં રહેલા પ્રોટીન પણ ઇન્ટરપ્રોમાં કેન્દ્રિય પ્રોટીન ઘટકો છે. કયા સંકેતો આ પ્રોટીન સાથે નોંધપાત્ર રીતે મેળ ખાય છે તે અંગેની માહિતીની ગણતરી યુનિપ્રોટકેબી દ્વારા કરવામાં આવે છે અને આ પરિણામો જાહેર જનતા માટે ઉપલબ્ધ કરાવવામાં આવે છે (નીચે જુઓ). પ્રોટીન સાથે સહીઓની મેળ એ નક્કી કરે છે કે ઇન્ટરપ્રો એન્ટ્રીઓમાં સહીઓ કેવી રીતે એકીકૃત થાય છેઃ મેળ ખાતા પ્રોટીન સમૂહોના તુલનાત્મક ઓવરલેપ અને અનુક્રમ પર સહીઓના મેળનું સ્થાન સંબંધિતતાના સૂચકાંકો તરીકે ઉપયોગમાં લેવાય છે. માત્ર પૂરતી ગુણવત્તાની માનવામાં આવતી સહીઓ જ ઇન્ટરપ્રોમાં સંકલિત કરવામાં આવે છે. આવૃત્તિ 81 મુજબ (21 ઓગસ્ટ 2020ના રોજ બહાર પાડવામાં આવેલ) ઇન્ટરપ્રો એન્ટ્રીઓએ યુનિપ્રોટકેબીમાં મળેલા અવશેષોની 73.9% નોંધ કરી છે, જ્યારે અન્ય 9.2 ટકા સહીઓ દ્વારા નોંધવામાં આવી છે જે સંકલન બાકી છે. ઇન્ટરપ્રોમાં સ્પ્લાઇસ પ્રકારો અને યુનિપાર્ક અને યુનિમેસ ડેટાબેઝમાં સમાવિષ્ટ પ્રોટીન માટેની માહિતી પણ સામેલ છે. ઇન્ટરપ્રો કન્સોર્ટિયમ સભ્ય ડેટાબેઝ ઇન્ટરપ્રોની સહીઓ 13 "સભ્ય ડેટાબેઝ" માંથી આવે છે, જે નીચે સૂચિબદ્ધ છે. કે. એ. ટી. એચ.-જીન3ડી સંપૂર્ણ જીનોમમાં પ્રોટીન પરિવારો અને ડોમેન આર્કિટેક્ચરનું વર્ણન કરે છે. પ્રોટીન પરિવારો માર્કોવ ક્લસ્ટરિંગ અલ્ગોરિધમનો ઉપયોગ કરીને રચાય છે, ત્યારબાદ અનુક્રમ ઓળખ અનુસાર બહુ-જોડાણ ક્લસ્ટરિંગ થાય છે. અનુમાનિત માળખું અને અનુક્રમ ડોમેન્સનું મેપિંગ કે. એ. ટી. એચ. અને પી. એફ. એ. એમ. ડોમેન્સનું પ્રતિનિધિત્વ કરતા છુપાયેલા માર્કોવ મોડેલ લાઇબ્રેરીઓનો ઉપયોગ કરીને હાથ ધરવામાં આવે છે. બહુવિધ સંસાધનોમાંથી પ્રોટીનને કાર્યાત્મક ટિપ્પણી પ્રદાન કરવામાં આવે છે. કાર્યાત્મક આગાહી અને ડોમેન આર્કિટેક્ચરનું વિશ્લેષણ જીન3ડી વેબસાઇટ પરથી ઉપલબ્ધ છે. સીડીડી સંરક્ષિત ડોમેન ડેટાબેઝ એ પ્રોટીન એનોટેશન સંસાધન છે જેમાં પ્રાચીન ડોમેન્સ અને સંપૂર્ણ લંબાઈના પ્રોટીન માટે એનોટેટેડ બહુવિધ અનુક્રમ સંરેખણ મોડેલોનો સંગ્રહ છે. આર. પી. એસ.-બ્લાસ્ટ દ્વારા પ્રોટીન ક્રમમાં સંરક્ષિત ક્ષેત્રોની ઝડપી ઓળખ માટે આ સ્થિતિ-વિશિષ્ટ સ્કોર મેટ્રિક્સ (પી. એસ. એસ. એમ.) તરીકે ઉપલબ્ધ છે. એચએએમએપી એટલે માઇક્રોબાયલ પ્રોટીઓમ્સની ઉચ્ચ ગુણવત્તાની સ્વચાલિત અને મેન્યુઅલ એનોટેશન. એચએએમએપી રૂપરેખાઓ નિષ્ણાત ક્યુરેટર્સ દ્વારા જાતે બનાવવામાં આવે છે તેઓ પ્રોટીનને ઓળખે છે જે સારી રીતે સંરક્ષિત બેક્ટેરિયલ, આર્કિયલ અને પ્લાસ્ટિડ-એન્કોડેડ (એટલે કે. ક્લોરોપ્લાસ્ટ્સ, સ્યાનેલ્સ, એપિકોપ્લાસ્ટ્સ, નોન-ફોટોસિન્થેટિક પ્લાસ્ટિડ્સ) પ્રોટીન પરિવારો અથવા પેટા પરિવારો. મોબીડીબી એ ડેટાબેઝ એનોટેટિંગ ઇન્ટ્રિન્સિક ડિસઓર્ડર ઇન પ્રોટીન છે. પેન્થર પેન્થર એ પ્રોટીન પરિવારોનો મોટો સંગ્રહ છે જે માનવ કુશળતાનો ઉપયોગ કરીને કાર્યાત્મક રીતે સંબંધિત પેટા પરિવારોમાં વિભાજિત કરવામાં આવ્યા છે. આ પેટા પરિવારો પ્રોટીન પરિવારોમાં ચોક્કસ કાર્યોના વિચલનનું મોડેલ બનાવે છે, જે કાર્ય (માનવ-ક્યુરેટેડ મોલેક્યુલર કાર્ય અને જૈવિક પ્રક્રિયા વર્ગીકરણ અને માર્ગ આકૃતિઓ) સાથે વધુ સચોટ જોડાણની મંજૂરી આપે છે, તેમજ કાર્યાત્મક વિશિષ્ટતા માટે મહત્વપૂર્ણ એમિનો એસિડનું અનુમાન કરે છે. હિડન માર્કોવ મોડેલ્સ (એચ. એમ. એમ.) દરેક પરિવાર અને સબફૅમિલી માટે વધારાના પ્રોટીન સિક્વન્સને વર્ગીકૃત કરવા માટે બનાવવામાં આવે છે. પી. એફ. એ. એમ. એ બહુવિધ અનુક્રમ ગોઠવણી અને છુપાયેલા માર્કોવ મોડેલોનો મોટો સંગ્રહ છે જે ઘણા સામાન્ય પ્રોટીન ક્ષેત્રો અને પરિવારોને આવરી લે છે. પી. આઈ. આર. એસ. એફ. પ્રોટીન વર્ગીકરણ પ્રણાલી એ સુપરફેમિલીઝથી લઈને પેટા પરિવારો સુધીની શ્રેણી વિવિધતાના બહુવિધ સ્તરો સાથેનું એક નેટવર્ક છે જે સંપૂર્ણ લંબાઈના પ્રોટીન અને ક્ષેત્રોના ઉત્ક્રાંતિ સંબંધને પ્રતિબિંબિત કરે છે. પ્રાથમિક પી. આઈ. આર. એસ. એફ. વર્ગીકરણ એકમ હોમોમોર્ફિક પરિવાર છે, જેના સભ્યો બંને સમાનધર્મી (સામાન્ય પૂર્વજમાંથી વિકસિત) અને હોમોમોર્ફિક (સંપૂર્ણ લંબાઈની અનુક્રમ સમાનતા અને સામાન્ય ડોમેન આર્કિટેક્ચરને વહેંચતા) છે. પ્રિન્ટ પ્રિન્ટ એ પ્રોટીન ફિંગરપ્રિન્ટનો સંગ્રહ છે. ફિંગરપ્રિન્ટ એ પ્રોટીન પરિવારની લાક્ષણિકતા દર્શાવવા માટે ઉપયોગમાં લેવાતા સંરક્ષિત રૂપાંકનો સમૂહ છે; તેની નિદાન શક્તિ યુનિપ્રોટના પુનરાવર્તિત સ્કેનીંગ દ્વારા શુદ્ધ થાય છે. સામાન્ય રીતે મોટિફ્સ ઓવરલેપ થતા નથી, પરંતુ એક ક્રમ સાથે અલગ પડે છે, જો કે તેઓ 3D-સ્પેસમાં સંલગ્ન હોઈ શકે છે. ફિંગરપ્રિન્ટ્સ પ્રોટીન ફોલ્ડ્સ અને વિધેયોને સિંગલ મોટિફ્સ કરતાં વધુ લવચીક અને શક્તિશાળી રીતે એન્કોડ કરી શકે છે, તેમની સંપૂર્ણ નિદાન શક્તિ મોટિફ પડોશીઓ દ્વારા પૂરા પાડવામાં આવેલા પરસ્પર સંદર્ભમાંથી મેળવવામાં આવે છે. પ્રોસાઈટ પ્રોસાઈટ એ પ્રોટીન પરિવારો અને ડોમેન્સનો ડેટાબેઝ છે. તેમાં જૈવિક રીતે નોંધપાત્ર સ્થળો, પેટર્ન અને રૂપરેખાઓનો સમાવેશ થાય છે જે વિશ્વસનીય રીતે ઓળખવામાં મદદ કરે છે કે નવો ક્રમ કયા જાણીતા પ્રોટીન પરિવાર (જો કોઈ હોય તો) સાથે સંબંધિત છે. સ્માર્ટ સિમ્પલ મોડ્યુલર આર્કિટેક્ચર રિસર્ચ ટૂલ આનુવંશિક રીતે મોબાઇલ ડોમેન્સની ઓળખ અને એનોટેશન અને ડોમેન આર્કિટેક્ચરનું વિશ્લેષણ કરવાની મંજૂરી આપે છે. સિગ્નલિંગ, એક્સ્ટ્રાસેલ્યુલર અને ક્રોમેટિન-સંકળાયેલ પ્રોટીનમાં જોવા મળતા 800 થી વધુ ડોમેન પરિવારો શોધી શકાય છે. આ ક્ષેત્રો ફાયલેટિક વિતરણ, કાર્યાત્મક વર્ગ, તૃતીય માળખા અને કાર્યાત્મક રીતે મહત્વપૂર્ણ અવશેષોના સંદર્ભમાં વ્યાપકપણે વર્ણવવામાં આવે છે. સુપરફેમિલી સુપરફેમિલી એ પ્રોફાઇલ છુપાયેલા માર્કોવ મોડેલ્સની લાઇબ્રેરી છે જે જાણીતા માળખાના તમામ પ્રોટીનનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે. લાઇબ્રેરી પ્રોટીનના એસસીઓપી વર્ગીકરણ પર આધારિત છેઃ દરેક મોડેલ એસસીઓપી ડોમેનને અનુરૂપ છે અને તેનો હેતુ સમગ્ર એસસીઓપી સુપરફેમિલીનું પ્રતિનિધિત્વ કરવાનો છે જે ડોમેન સાથે સંબંધિત છે. સુપરફેમિલીનો ઉપયોગ તમામ સંપૂર્ણપણે અનુક્રમિત જીનોમ માટે માળખાકીય સોંપણીઓ કરવા માટે કરવામાં આવે છે. એસ. એફ. એલ. ડી. એ ઉત્સેચકોનું અધિક્રમિક વર્ગીકરણ છે જે ચોક્કસ અનુક્રમ-માળખાના લક્ષણોને ચોક્કસ રાસાયણિક ક્ષમતાઓ સાથે સંબંધિત કરે છે. ટી. આઈ. જી. આર. એફ. એ. એમ. નું ટી. આઈ. જી. આર. એફ. એ. એમ. એ પ્રોટીન પરિવારોનો સંગ્રહ છે, જેમાં ક્યુરેટેડ મલ્ટિપલ સિક્વન્સ સંરેખણ, હિડન માર્કોવ મોડેલ્સ (એચ. એમ. એમ.) અને એનોટેશન છે, જે સિક્વન્સ હોમોલોજીના આધારે કાર્યાત્મક રીતે સંબંધિત પ્રોટીનને ઓળખવા માટે એક સાધન પૂરું પાડે છે. તે એન્ટ્રીઓ કે જે "સમકક્ષ" જૂથ હોમોલોગસ પ્રોટીન છે જે કાર્યના સંદર્ભમાં સંરક્ષિત છે. ડેટા પ્રકારો ઇન્ટરપ્રોમાં કન્સોર્ટિયમના વિવિધ સભ્યો દ્વારા પ્રદાન કરવામાં આવેલા સાત પ્રકારનાં ડેટાનો સમાવેશ થાય છેઃ ઇન્ટરપ્રો એન્ટ્રી પ્રકારો ઇન્ટરપ્રો એન્ટ્રીઓને વધુ પાંચ પ્રકારોમાં વિભાજિત કરી શકાય છેઃ હોમોલોગસ સુપરફેમિલીઃ પ્રોટીનનું એક જૂથ જે તેમની માળખાકીય સમાનતાઓમાં જોવા મળે છે તેમ સામાન્ય ઉત્ક્રાંતિ મૂળ ધરાવે છે, ભલે તેમની શ્રેણી ખૂબ સમાન ન હોય. આ એન્ટ્રીઓ ખાસ કરીને બે સભ્ય ડેટાબેઝ દ્વારા પૂરી પાડવામાં આવે છેઃ કેથ-જીન3ડી અને સુપરફેમિલી. કુટુંબઃ માળખાકીય સમાનતાઓ, સંબંધિત કાર્યો અથવા અનુક્રમ સમરૂપતા દ્વારા નિર્ધારિત સામાન્ય ઉત્ક્રાંતિ મૂળ ધરાવતા પ્રોટીનનું જૂથ. ડોમેનઃ પ્રોટીનમાં ચોક્કસ કાર્ય, માળખું અથવા ક્રમ સાથેનો એક અલગ એકમ. પુનરાવર્તનઃ એમિનો એસિડનો ક્રમ, જે સામાન્ય રીતે 50 એમિનો એસિડથી વધુ ન હોય, જે પ્રોટીનમાં ઘણી વખત પુનરાવર્તન કરે છે. સ્થળઃ એમિનો એસિડનો ટૂંકો ક્રમ જ્યાં ઓછામાં ઓછું એક એમિનો એસિડ સંરક્ષિત હોય છે. આમાં અનુવાદ પછીની ફેરફાર સાઇટ્સ, સંરક્ષિત સાઇટ્સ, બંધનકર્તા સાઇટ્સ અને સક્રિય સાઇટ્સનો સમાવેશ થાય છે. ઍક્સેસ ડેટાબેઝ વેબ સર્વર દ્વારા લખાણ-અને ક્રમ-આધારિત શોધ માટે અને અનામી એફટીપી દ્વારા ડાઉનલોડ કરવા માટે ઉપલબ્ધ છે. અન્ય ઇ. બી. આઈ. ડેટાબેસેસની જેમ, તે જાહેર ક્ષેત્રમાં છે, કારણ કે તેની સામગ્રીનો ઉપયોગ "કોઈપણ વ્યક્તિ દ્વારા અને કોઈપણ હેતુ માટે" કરી શકાય છે. ઇન્ટરપ્રોનો ઉદ્દેશ દર 8 અઠવાડિયે સામાન્ય રીતે સમાન પ્રોટીનના યુનિપ્રોટકેબીના પ્રકાશનના એક દિવસની અંદર ડેટા જાહેર કરવાનો છે. ઇન્ટરપ્રો એપ્લિકેશન પ્રોગ્રામિંગ ઇન્ટરફેસ (એપીઆઈ) ઇન્ટરપ્રો તમામ ઇન્ટરપ્રો એન્ટ્રીઓ અને તેમની સંબંધિત એન્ટ્રીઓને જેસન ફોર્મેટમાં પ્રોગ્રામેટિક એક્સેસ માટે એપીઆઈ પ્રદાન કરે છે. વિવિધ ઇન્ટરપ્રો ડેટા પ્રકારોને અનુરૂપ API માટે છ મુખ્ય અંતિમ બિંદુઓ છેઃ એન્ટ્રી, પ્રોટીન, સ્ટ્રક્ચર, ટેક્સોનોમી, પ્રોટીઓમ અને સેટ. ઇન્ટરપ્રોસ્કેન ઇન્ટરપ્રોસ્કેન એ એક સોફ્ટવેર પેકેજ છે જે વપરાશકર્તાઓને સભ્ય ડેટાબેઝ સહીઓ સામે સિક્વન્સ સ્કેન કરવાની મંજૂરી આપે છે. વપરાશકર્તાઓ આ સિગ્નેચર સ્કેનીંગ સોફ્ટવેરનો ઉપયોગ નવીન ન્યુક્લિયોટાઇડ અથવા પ્રોટીન સિક્વન્સને કાર્યાત્મક રીતે લાક્ષણિકતા આપવા માટે કરી શકે છે. ઇન્ટરપ્રોસ્કેનનો ઉપયોગ જિનોમ પ્રોજેક્ટમાં વારંવાર કરવામાં આવે છે જેથી રસના જિનોમની "ફર્સ્ટ-પાસ" લાક્ષણિકતા મેળવી શકાય. ઇન્ટરપ્રોસ્કેન (v5. x) નું જાહેર સંસ્કરણ જાવા-આધારિત સ્થાપત્યનો ઉપયોગ કરે છે. સોફ્ટવેર પેકેજ હાલમાં માત્ર 64-બીટ લિનક્સ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ પર સપોર્ટેડ છે. ઇન્ટરપ્રોસ્કેન, અન્ય ઘણા ઇ. એમ. બી. એલ.-ઇ. બી. આઈ. બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ ટૂલ્સ સાથે, રેસ્ટફુલ અને એસ. ઓ. એ. પી. વેબ સર્વિસીસ એ. પી. આઈ. નો ઉપયોગ કરીને પ્રોગ્રામિક રીતે પણ એક્સેસ કરી શકાય છે. આ પણ જુઓ કેમ્બ્રિજશાયર સાઉથ કેમ્બ્રિજશાયર જિલ્લામાં પ્રોટીન ફેમિલી ડોમેન ઓફ અનનોન ફંક્શન સિક્વન્સ મોટિફ સંદર્ભો બાહ્ય કડીઓ-વેબ સર્વર બાયોલોજિકલ ડેટાબેઝ પ્રોટીન વર્ગીકરણ વિજ્ઞાન અને ટેકનોલોજી