Electrophoretic color marker
ઇલેક્ટ્રોફોરેટિક કલર માર્કર એ એક રાસાયણિક છે જેનો ઉપયોગ એગરોઝ જેલ ઇલેક્ટ્રોફોરેસિસ અને પોલિઆક્રિલામાઇડ જેલ ઇલેક્ટ્રોફોરેસિસ (PAGE) ની પ્રગતિનું નિરીક્ષણ કરવા માટે થાય છે કારણ કે DNA, RNA અને મોટાભાગના પ્રોટીન રંગહીન હોય છે. રંગ ચિહ્નો રંગોના મિશ્રણથી બનેલા હોય છે જે રસના નમૂનાની સાથે જેલ મેટ્રિક્સમાંથી સ્થળાંતર કરે છે. તેઓ સામાન્ય રીતે નમૂનાના ઘટકોથી અલગ ગતિશીલતા રાખવા અને રંગીન પટ્ટાઓ પેદા કરવા માટે રચાયેલ છે જેનો ઉપયોગ નમૂનાના ઘટકોના સ્થળાંતર અને વિભાજનનું મૂલ્યાંકન કરવા માટે થઈ શકે છે. રંગ માર્કર્સનો ઉપયોગ ઘણીવાર પરમાણુ વજનના ધોરણો, લોડિંગ ડાયઝ, ટ્રેકિંગ ડાયઝ અથવા સ્ટેનિંગ સોલ્યુશન્સ તરીકે થાય છે. મોલેક્યુલર વજનની સીડીનો ઉપયોગ ડીએનએ અને પ્રોટીનના ટુકડાઓના કદનો અંદાજ કાઢવા માટે તેમના સ્થળાંતર અંતરની સરખામણી રંગીન પટ્ટાઓ સાથે કરવામાં આવે છે. ડીએનએ અને પ્રોટીન ધોરણો વ્યાપારી રીતે કદની વિશાળ શ્રેણીમાં ઉપલબ્ધ છે, અને ઘણીવાર સરળ ઓળખ માટે પૂર્વ-રંગીન અથવા રંગ-કોડેડ બેન્ડ પ્રદાન કરવામાં આવે છે. લોડિંગ ડાયઝ સામાન્ય રીતે નમૂનાને જેલ પર લોડ કરતા પહેલા નમૂનાના બફરમાં ઉમેરવામાં આવે છે, અને તેઓ ઇલેક્ટ્રોફોરેસિસ દરમિયાન તેની પ્રગતિને ટ્રેક કરવામાં મદદ કરવા માટે નમૂના સાથે જેલમાંથી સ્થળાંતર કરે છે. બફર ફ્રન્ટનું વિઝ્યુઅલ માર્કર પ્રદાન કરવાને બદલે ઇલેક્ટ્રોફોરેસિસ બફરમાં ટ્રેકિંગ ડાયઝ ઉમેરવામાં આવે છે. નમૂનાના બેન્ડની કલ્પના કરવા માટે ઇલેક્ટ્રોફોરેસિસ પછી સ્ટેનિંગ સોલ્યુશન્સ લાગુ કરવામાં આવે છે, અને તે રંગોની શ્રેણીમાં ઉપલબ્ધ છે. મિશ્રણમાં ઉપયોગમાં લેવાતા રંગો અથવા રંગદ્રવ્યોની વિવિધ સંખ્યાઓ અને પ્રકારો સાથે વિવિધ પ્રકારના ઇલેક્ટ્રોફોરેટિક રંગ માર્કર્સ વ્યાવસાયિક રીતે ઉપલબ્ધ છે. કેટલાક માર્કર્સ જાણીતા ગતિશીલતા સાથે રંગીન બેન્ડની શ્રેણી ઉત્પન્ન કરે છે, જ્યારે અન્ય ચોક્કસ રંગનો એક જ બેન્ડ ઉત્પન્ન કરે છે જેનો સંદર્ભ બિંદુ તરીકે ઉપયોગ કરી શકાય છે. તેઓ સંશોધન, ક્લિનિકલ ડાયગ્નોસ્ટિક્સ અને ફોરેન્સિક વિજ્ઞાનમાં વ્યાપકપણે ઉપયોગમાં લેવાય છે. પ્રગતિ માર્કર્સ લોડિંગ બફર્સમાં ઘણીવાર આયનીય રંગો હોય છે જે દૃશ્યમાન પ્રકાશ વર્ણપટ હેઠળ દેખાય છે, અને ન્યુક્લિક એસિડ પહેલાં જેલમાં ઉમેરવામાં આવે છે. ટ્રેકિંગ ડાયઝ પ્રતિક્રિયાશીલ ન હોવા જોઈએ જેથી નમૂનામાં ફેરફાર ન થાય અને ડીએનએ અથવા આરએનએ નમૂના સાથે જેલને નીચે ખસેડી શકાય. સામાન્ય રીતે ઉપયોગમાં લેવાતા રંગ ચિહ્નોમાં બ્રોમોફેનોલ વાદળી, ક્રેસોલ લાલ, નારંગી જી અને ઝાયલીન સ્યાનોલનો સમાવેશ થાય છે. ઝાયલીન અને બ્રોમોફેનોલ વાદળી સૌથી વધુ ઉપયોગમાં લેવાતા રંગો છે. સામાન્ય રીતે કહીએ તો, નારંગી જી બ્રોમોફેનોલ વાદળી કરતાં વધુ ઝડપથી સ્થળાંતર કરે છે, જે ઝાયલીન સાયનોલ કરતાં વધુ ઝડપથી સ્થળાંતર કરે છે, પરંતુ આ રંગોના સ્પષ્ટ "કદ" (ડીએનએ અણુઓની તુલનામાં) એગરોઝની સાંદ્રતા અને ઉપયોગમાં લેવાતી બફર સિસ્ટમ સાથે બદલાય છે. દાખલા તરીકે, ટી. એ. ઈ. બફર (ટ્રિસ-એસિટેટ-ઈડીટીએ) માં બનેલી 1 ટકા એગરોઝ જેલમાં ઝાયલીન સાયનોલ ડીએનએના 3000 બેઝ જોડી (બી. પી.) પરમાણુની ઝડપે સ્થળાંતર કરે છે અને બ્રોમોફેનોલ વાદળી 400 બી. પી. પર સ્થળાંતર કરે છે. જો કે, TBE બફર (ટ્રિસ-બોરેટ-EDTA) માં બનેલી 1 ટકા જેલમાં, તેઓ અનુક્રમે 2000 bp અને 250 bp પર સ્થળાંતર કરે છે. ડીએનએ અને આરએનએ સ્ટેનિંગ એગરોઝ જેલ ઇલેક્ટ્રોફોરેસિસ એ ન્યુક્લીક એસિડના ટુકડાઓના કદનો અંદાજ કાઢવા અને જેલમાં તેમની વિભેદક ગતિશીલતાના આધારે તેમને ઓળખવા માટે વ્યાપકપણે ઉપયોગમાં લેવાતી તકનીક છે. ન્યુક્લિક એસિડ સામાન્ય રીતે રંગીન હોય છે અને ઇથિડિયમ બ્રોમાઇડ અથવા એસવાયબીઆર ગ્રીન ડાયઝનો ઉપયોગ કરીને શોધી કાઢવામાં આવે છે. એગરોઝ જેલમાં સૌથી સામાન્ય ઇલેક્ટ્રોફોરેટિક ડાઘ એથિડિયમ બ્રોમાઇડ છે, જો કે, એસવાયબીઆર ગ્રીન સિંગલ-સ્ટ્રેન્ડેડ ન્યુક્લિક એસિડની શોધ માટે વધુ રીઝોલ્યુશન અને ઉપજ રજૂ કરે છે. આ રંગો 300 એનએમ યુવી પ્રકાશ હેઠળ ડીએનએ અને આરએનએને ફ્લોરોસન્સ આપે છે. આ તેમની આંતરક્રિયાશીલ પ્રકૃતિને કારણે થાય છે. ડબલ હેલિકલ ન્યુક્લિક એસિડમાં, રંગો બે સેર વચ્ચે જોડાય છે, અને સિંગલ-સ્ટ્રેન્ડેડ ન્યુક્લિક એસિડમાં, રંગ એક સેરની અંદર રચાયેલા ટૂંકા, ડુપ્લેક્સ સેગમેન્ટ્સને જોડે છે. ડીએનએ અને આરએનએના એગરોઝ જેલ ઇલેક્ટ્રોફોરેસિસમાં સૌથી વધુ ઉપયોગમાં લેવાતો રંગ, જે 1970ના દાયકા સુધીનો છે, તે ઇથિડિયમ બ્રોમાઇડ (2,7-ડાયમિનો-10-ઇથાઇલ-9-ફેનિલફેનેન્થ્રિડિનિમ્બ્રોમાઇડ) છે. ઈથિડિયમ બ્રોમાઇડ (ઈ. ટી. બી. આર.) એક નારંગી રંગનો ફ્લોરોસન્ટ ઇન્ટરકલેટિંગ રંગ છે. આ રંગ ન્યુક્લિક એસિડના બેવડા હેલિકલ માળખા વચ્ચે દાખલ થાય છે, જે યુવી પ્રકાશ હેઠળ અણુઓની કલ્પના માટે પરવાનગી આપે છે. ETBr પાસે 300-360 nm પર શોષણ મહત્તમ અને 500-590 nm પર ફ્લોરોસન્ટ ઉત્સર્જન મહત્તમ છે, જેમાં 0.5-5.0 ng/બેન્ડની શોધ મર્યાદા છે. જો કે, રંગમાં સિંગલ-સ્ટ્રેન્ડેડ ન્યુક્લિક એસિડના નમૂનાઓની શોધમાં સંવેદનશીલતા ઘટી છે ETBr ને કાળજી સાથે નિયંત્રિત કરવું જોઈએ, કારણ કે તે એક શક્તિશાળી મ્યુટેજન છે. જેલ ઇલેક્ટ્રોફોરેસિસમાં ન્યુક્લિક એસિડ સ્ટેનિંગ માટે વધુ સંવેદનશીલ વિકલ્પ SYBR TM ગ્રીન I છે. આ રંગ ડી. એસ. ડી. એન. એ. ના સ્ટેનિંગમાં ઈ. ટી. બી. આર. કરતા 25 ગણો વધુ સંવેદનશીલ હોય છે, અને ખાસ કરીને સિંગલ-સ્ટ્રેન્ડેડ ન્યુક્લિક એસિડ ધરાવતા સ્ટેનિંગ એસેઝમાં ઉપયોગી છે. જોકે, ETBrની સરખામણીમાં SYBR ગ્રીન વધુ મોંઘુ છે. પ્રોટીન સ્ટેનિંગ કોમાસી બ્લુ એ પ્રોટીનના જથ્થા માટે એસ. ડી. એસ. પોલિઆક્રિલામાઇડ જેલ ઇલેક્ટ્રોફોરેસિસમાં સૌથી વધુ ઉપયોગમાં લેવાતો બિન-સહસંયોજક ડાઘ છે. સ્ટેનિંગ ડાય પ્રોટીન બેન્ડ્સ સાથે જોડાય છે અને વાદળી રંગ બનાવે છે જે દૃષ્ટિની રીતે શોધી શકાય છે. કૂમેસી બ્રિલિયન્ટ બ્લુ આર-250 (લાલ) નો ઉપયોગ સામાન્ય રીતે ઇલેક્ટ્રોફોરેસિસ માટે થાય છે, જ્યારે કૂમેસી બ્રિલિયન્ટ બ્લુ જી-250 (લીલો) નો ઉપયોગ બ્રેડફોર્ડ એસે માટે થાય છે. આ રંગની મર્યાદા એ છે કે તે બિન-વિશિષ્ટ છે, અને દ્રાવણમાં લગભગ કોઈપણ પ્રોટીન સાથે જોડાય છે, અને તે ઓછું સંવેદનશીલ હોય છે. જેલમાં પ્રોટીનની વિઝ્યુલાઇઝેશનની અન્ય એક સામાન્ય પદ્ધતિ સિલ્વર સ્ટેનિંગ છે, જ્યાં દ્રાવ્ય સિલ્વર આયનો પ્રોટીનને કાયમી ધોરણે ચિહ્નિત કરે છે અને ફોર્મેલ્ડિહાઇડ દ્વારા ઘટાડીને બ્રાઉન અવક્ષેપ બનાવે છે. કોમાસી બ્લૂની સરખામણીમાં સિલ્વર સ્ટેનિંગ એ વધુ સંવેદનશીલ સ્ટેનિંગ પદ્ધતિ છે, જો કે, પરિણામો દૂષિત થવા માટે વધુ સંવેદનશીલ હોય છે. એપ્લિકેશન્સ રંગ માર્કર્સને કેટલીકવાર ડીએનએ ટુકડાઓના વિભાજનમાં જેલ ઇલેક્ટ્રોફોરેસિસ માટે રંગોને લોડ કરવા માટે ઉમેરવામાં આવે છે. રંગોને લોડ કરવાથી ડી. એન. એ. ના નમૂનાઓ એગરોઝ જેલની સપાટીની નીચે રહે છે, અને અંદરના રંગ માર્કર્સ ડી. એન. એ. ના સ્થળાંતર આગળના ભાગ પર નજર રાખવામાં મદદ કરે છે કારણ કે તે જેલની સાથે આગળ વધે છે. પેજ માટે, કેટલાક વ્યાવસાયિક રીતે ઉપલબ્ધ મોલેક્યુલર વેઇટ માર્કર્સ (જેને "સીડી" પણ કહેવાય છે કારણ કે તેઓ અલગ થયા પછી સીડીના પગથિયાં જેવા દેખાય છે) માં વિવિધ રંગોના પૂર્વ-રંગીન પ્રોટીન હોય છે, તેથી નમૂનાઓમાં રસ ધરાવતા પ્રોટીન ક્યાં હોઈ શકે તે વધુ સચોટ રીતે નક્કી કરવું શક્ય છે. સંદર્ભો જૈવિક તકનીકો અને સાધનો ઇલેક્ટ્રોફોરેસિસ આનુવંશિક તકનીકો