Isotope-coded affinity tag
આઇસોટોપ-કોડેડ એફિનિટી ટેગ (આઇસીએટી) એ ઇન-વિટ્રો આઇસોટોપિક લેબલિંગ પદ્ધતિ છે જેનો ઉપયોગ માસ સ્પેક્ટ્રોમેટ્રી દ્વારા માત્રાત્મક પ્રોટિઓમિક્સ માટે થાય છે જે રાસાયણિક લેબલિંગ રીએજન્ટ્સનો ઉપયોગ કરે છે. આ રાસાયણિક ચકાસણીમાં ત્રણ ઘટકોનો સમાવેશ થાય છેઃ એમિનો એસિડ બાજુની સાંકળને લેબલ કરવા માટેનું પ્રતિક્રિયાશીલ જૂથ (દા. ત., સિસ્ટીન અવશેષોને સંશોધિત કરવા માટે આયોડોએસિટેમાઈડ), એક આઇસોટોપિકલી કોડેડ લિંકર, અને લેબલ થયેલ પ્રોટીન/પેપ્ટાઇડ્સના એફિનિટી આઇસોલેશન માટે ટેગ (દા. ત., બાયોટિન). નમૂનાઓને જોડવામાં આવે છે અને પછી ક્રોમેટોગ્રાફી દ્વારા અલગ કરવામાં આવે છે, પછી પ્રોટીન વચ્ચે માસ-ટુ-ચાર્જ રેશિયો નક્કી કરવા માટે માસ સ્પેક્ટ્રોમીટર દ્વારા મોકલવામાં આવે છે. પેપ્ટાઇડ્સ ધરાવતી સિસ્ટીનનું જ વિશ્લેષણ કરી શકાય છે. માત્ર પેપ્ટાઇડ્સ ધરાવતી સિસ્ટીનનું વિશ્લેષણ કરવામાં આવે છે, તેથી ઘણીવાર અનુવાદ પછીનો ફેરફાર ખોવાઈ જાય છે. મૂળ ટૅગ્સ ડ્યુટેરિયમનો ઉપયોગ કરીને વિકસાવવામાં આવ્યા હતા, પરંતુ પાછળથી તે જ જૂથે સ્તંભના સ્થિર તબક્કા સાથે ડ્યૂટેરિયમની ક્રિયાપ્રતિક્રિયાને કારણે પ્રવાહી ક્રોમેટોગ્રાફી દરમિયાન ટોચના વિભાજનના મુદ્દાઓને ટાળવા માટે 13C નો ઉપયોગ કરીને ટૅગ્સની પુનઃરચના કરી હતી. માત્રાત્મક પ્રોટિઓમિક્સ બે પ્રોટીઓમ્સની માત્રાત્મક સરખામણી માટે, એક નમૂનાને આઇસોટોપિકલ લાઇટ (d0) પ્રોબ સાથે અને બીજાને આઇસોટોપિકલ હેવી (d8) વર્ઝન સાથે લેબલ કરવામાં આવે છે. ભૂલ ઘટાડવા માટે, બંને નમૂનાઓ પછી જોડવામાં આવે છે, પ્રોટીઝ (એટલે કે, ટ્રીપ્સિન) સાથે પચાવવામાં આવે છે, અને આઇસોટોપ-કોડેડ ટેગિંગ રીએજન્ટ્સ સાથે લેબલ થયેલ પેપ્ટાઇડ્સને અલગ કરવા માટે એવિડિન એફિનિટી ક્રોમેટોગ્રાફીને આધિન છે. આ પેપ્ટાઇડ્સનું પછી લિક્વિડ ક્રોમેટોગ્રાફી-માસ સ્પેક્ટ્રોમેટ્રી (એલસી-એમએસ) દ્વારા વિશ્લેષણ કરવામાં આવે છે. બે નમૂનાઓમાં પ્રોટીનનું સંબંધિત સ્તર નક્કી કરવા માટે વિભેદક રીતે માસ-ટેગ કરેલા પેપ્ટાઇડ જોડીઓની સંકેત તીવ્રતાના ગુણોત્તરનું પ્રમાણ નક્કી કરવામાં આવે છે. સંદર્ભો બાયોકેમિસ્ટ્રી શોધ પદ્ધતિઓ પ્રોટિઓમિક્સ