ORF3a
ORF3a (અગાઉ X1 અથવા U274 તરીકે જાણીતું હતું) એ SARS-CoV અને SARS-CoV-2 સહિત સબજેનસ સારબેકોવાયરસના કોરોનાવાયરસમાં જોવા મળતું જનીન છે. તે લગભગ 275 એમિનો એસિડ અવશેષો લાંબા સહાયક પ્રોટીનને એન્કોડ કરે છે, જે વાઇરોપોરિન તરીકે કાર્ય કરે છે. તે સૌથી મોટું સહાયક પ્રોટીન છે અને વર્ણવવામાં આવેલા SARS-CoV સહાયક પ્રોટીનમાંનું પ્રથમ હતું. તુલનાત્મક જીનોમિક્સ ORF3a ઉપજાતિ સારબેકોવાયરસમાં સારી રીતે સંરક્ષિત છે. SARS-CoV (274 અવશેષો) અને SARS-CoV-2 (275 અવશેષો) વચ્ચે પ્રોટીનની 73 ટકા અનુક્રમ ઓળખ છે. ORF3a ઓપન રીડિંગ ફ્રેમની અંદર જિનોમમાં ઘણા ઓવરલેપિંગ જનીનો છેઃ ORF3a, ORF3b, અને (માત્ર SARS-CoV-2 માં) ORF3c. SARS-CoV-2 માં, ORF3a, ORF3c અને ORF3d વચ્ચેનો ઓવરલેપ સંભવિત રીતે સમાન અનુક્રમ ક્ષેત્ર એન્કોડિંગ કાર્યાત્મક પ્રોટીનની ત્રણેય સંભવિત વાંચન ફ્રેમનું એક દુર્લભ ઉદાહરણ રજૂ કરે છે. સરબેકોવાયરસમાં ORF3a હાજર હોવા છતાં, તે અન્ય બેટાકોરોનાવાયરસ પેટાજાતિ, એમ્બેકોવાયરસમાં ગેરહાજર છે, જેમાં માનવ કોરોનાવાયરસ HKU1 અને OC43નો સમાવેશ થાય છે. તે મેરબેકોવાયરસમાં ORF5 સાથે દૂરથી સંબંધિત હોઈ શકે છે, જેમાં MERS-CoV સામેલ છે. આલ્ફાકોરોનાવાઈરસમાં ORF3aના દૂરના સમરૂપોની ઓળખ કરવામાં આવી છે, જેમાં માનવ કોરોનાવાયરસ 229E અને NF63નો સમાવેશ થાય છે, પરંતુ ગામાકોરોનાવાઈરસ અથવા ડેલ્ટાકોરોનાવાઈરસમાં નહીં. માળખું ORF3a પ્રોટીન એક ટ્રાન્સમેમ્બ્રેન પ્રોટીન છે જેમાં ત્રણ ટ્રાન્સમેમ્બ્રેન ડોમેન્સ હોય છે. તેમાં એન-ટર્મિનલ એક્ટોડોમેન અને સી-ટર્મિનલ એન્ડોડોમેન છે, જે સિસ્ટીનથી સમૃદ્ધ પ્રદેશ દ્વારા ટ્રાન્સમેમ્બ્રેન ડોમેનથી અલગ પડે છે. એવું માનવામાં આવે છે કે તે ડાયમર અથવા ટેટ્રામર તરીકે કાર્ય કરે છે, જે પ્લાઝ્મા પટલ પર એસેમ્બલ થાય છે. તે અજ્ઞાત કાર્યાત્મક અસરો સાથે ઉચ્ચ ક્રમના ઓલિગોમર્સની રચના પણ કરી શકે છે. અનુવાદ પછીના ફેરફારો SARS-CoV માં, O-ગ્લાયકોસિલેશન દ્વારા ORF3a નો અનુવાદ પછીનો ફેરફાર જોવા મળ્યો છે. એચ. સી. ઓ. વી.-એન. એલ. 63 માં, તે એન-ગ્લાયકોસિલેટેડ છે. અભિવ્યક્તિ અને સ્થાનિકીકરણ અન્ય સહાયક પ્રોટીન માટેના જનીનોની સાથે, ઓ. આર. એફ. 3એ જનીન કોરોનાવાયરસ આર. એન. એ. જીનોમના 3 'છેડે માળખાકીય પ્રોટીનને એન્કોડિંગ કરતી જનીનોની નજીક સ્થિત છે. ORF3a સ્પાઇક (S) અને એન્વેલોપ (E) જનીનો વચ્ચે સ્થિત છે. ઓ. આર. એફ. 3એ બીજા સૌથી મોટા સબજેનોમિક આર. એન. એ. માંથી વ્યક્ત થાય છે. સાર્સ-કોવીમાં, ઉપકોષીય સ્થાનિકીકરણ વૈવિધ્યસભર છે અને તે કોષરસમાં, પ્લાઝ્મા પટલમાં અને ગોલ્ગી ઉપકરણમાં મળી શકે છે. તેના અનુક્રમમાં પ્રોટીનની હેરફેરના સંકેતો હોય છે જે તેને પ્લાઝ્મા પટલને લક્ષ્ય બનાવે છે. એચ. સી. ઓ. વી.-એન. એલ. 63 માં, તે ઇ. આર. જી. આઈ. સી. ને લક્ષિત છે. કાર્ય વાયરલ પ્રતિકૃતિ માટે ORF3a પ્રોટીન આવશ્યક લાગતું નથી. SARS-CoV સાથેના અભ્યાસોમાંથી, તેના કાઢી નાખવાથી પ્રતિકૃતિ કાર્યક્ષમતામાં ઘટાડો થાય છે કે નહીં તે અંગે વિરોધાભાસી પુરાવા છે. વાઇરોપોરિન ORF3a પ્રોટીન કેટાયન-પારગમ્ય આયન ચેનલ બનાવે છે તેવું માનવામાં આવે છે. એવું માનવામાં આવે છે કે તે વાઇરોપોરિન તરીકે કામ કરે છે. પરબિડીયું પ્રોટીનની સાથે, તે SARS-CoV-2 માં બે સંભવિત વાઇરોપોરિનમાંથી એક છે, અને SARS-CoV માં ત્રણમાંથી એક છે, જે વધારાના સંભવિત વાઇરોપોરિન ORF8a ને એન્કોડ કરે છે. વાયરલ પ્રોટીન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ SARS-CoVમાં ORF3a પ્રોટીન અનેક માળખાકીય પ્રોટીન-સ્પાઇક પ્રોટીન, પટલ પ્રોટીન અને ન્યુક્લિયોકેપ્સિડ પ્રોટીન-તેમજ અન્ય સહાયક પ્રોટીન ORF7a સાથે પ્રોટીન-પ્રોટીન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ રચતું હોવાનું દર્શાવવામાં આવ્યું છે. સિસ્ટીન-સમૃદ્ધ પ્રદેશ દ્વારા, તે સ્પાઇક પ્રોટીન સાથે ડાયસલ્ફાઇડ બોન્ડ બનાવી શકે છે. સાર્સ-કોવી અને એચ. સી. ઓ. વી.-એન. એલ. 63 માટે વિરિયન્સમાં ઓ. આર. એફ. 3બી પ્રોટીનનો સમાવેશ જોવા મળ્યો છે, જે સૂચવે છે કે તે વાયરલ માળખાકીય પ્રોટીન છે. યજમાન કોષની અસરો પ્રાયોગિક પરિસ્થિતિઓમાં યજમાન કોષ પર ORF3a ની સંખ્યાબંધ અસરો વર્ણવવામાં આવી છે. ORF3a સેલ કલ્ચરમાં SARS-CoV અને SARS-CoV-2 બંનેના અભ્યાસમાં એપોપ્ટોસિસના ઇન્ડક્શન સાથે સંકળાયેલું છે. રોગપ્રતિકારક શક્તિ ORF3a પ્રોટીન એન્ટિજેનિક છે અને SARS-CoV (જે SARS રોગનું કારણ બને છે) અથવા SARS-CoV-2 (જે COVID-19 નું કારણ બને છે) ના ચેપમાંથી સાજા થયેલા દર્દીઓમાં એન્ટિબોડીઝ જોવા મળી છે. સંદર્ભો કોરોનાવાયરસ પ્રોટીન