ORF8
ઓ. આર. એફ. 8 એ એક જનીન છે જે સબજેનસ સારબેકોવાયરસના કોરોનાવાયરસમાં વાયરલ એક્સેસરી પ્રોટીન, બેટાકોરોનાવાયરસ એન. એસ. 8 પ્રોટીનને એન્કોડ કરે છે. તે જીનોમના સૌથી ઓછા સારી રીતે સંરક્ષિત અને સૌથી વધુ પરિવર્તનશીલ ભાગોમાંનો એક છે. કેટલાક વાયરસમાં, કાઢી નાખવાથી આ પ્રદેશને બે નાના ખુલ્લા વાંચન માળખામાં વિભાજિત કરવામાં આવે છે, જેને ORF8a અને ORF8b કહેવાય છે-જે SARS રોગચાળામાં પછીથી ઘણા SARS-CoV વાયરલ આઇસોલેટ્સમાં હાજર લક્ષણ છે, તેમજ કેટલાક ચામાચીડિયા કોરોનાવાયરસમાં પણ હાજર છે. આ કારણોસર સંપૂર્ણ લંબાઈના જનીન અને તેના પ્રોટીનને કેટલીકવાર ORF8ab કહેવામાં આવે છે. SARS-CoV-2 માં ઉદાહરણરૂપ સંપૂર્ણ લંબાઈનું જનીન, અજ્ઞાત કાર્યના ઇમ્યુનોગ્લોબ્યુલિન ડોમેન સાથે પ્રોટીનને એન્કોડ કરે છે, જે સંભવતઃ યજમાન રોગપ્રતિકારક શક્તિ સાથેની ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓને સામેલ કરે છે. તે માળખામાં ORF7a પ્રોટીન જેવું જ છે, જે સૂચવે છે કે તે જનીન ડુપ્લિકેશન દ્વારા ઉદ્ભવ્યું હોઈ શકે છે. SARS-CoV-2 માં માળખું ORF8 121 એમિનો એસિડ અવશેષોના પ્રોટીનને N-ટર્મિનલ સિગ્નલ ક્રમ સાથે એન્કોડ કરે છે. ORF8 એક ડાયમર બનાવે છે જે ડાયસલ્ફાઇડ બોન્ડ્સ દ્વારા સહસંયોજક રીતે જોડાયેલું હોય છે. તેમાં ઇમ્યુનોગ્લોબ્યુલિન જેવું ડોમેન છે જે ORF7a પ્રોટીન સાથે દૂરની સમાનતા ધરાવે છે. સમાન એકંદર ગડી હોવા છતાં, ORF8 માં નિવેશ સંભવતઃ વિવિધ પ્રોટીન-પ્રોટીન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ માટે જવાબદાર છે અને વધારાના ડાયમેરાઇઝેશન ઇન્ટરફેસ બનાવે છે. ORF7aથી વિપરીત, ORF8માં ટ્રાન્સમેમ્બ્રેન હેલિક્સનો અભાવ છે અને તેથી તે ટ્રાન્સમેમ્બ્રેન પ્રોટીન નથી, જોકે એવું સૂચવવામાં આવ્યું છે કે તેમાં પટલ-લંગર સ્વરૂપ હોઈ શકે છે. SARS-CoV અને SARS-CoV-2 માં ORF8 ખૂબ જ અલગ છે, જેમાં 20 ટકાથી ઓછી અનુક્રમ ઓળખ છે. SARS-CoVમાં સંપૂર્ણ લંબાઈના ORF8 122 અવશેષોના પ્રોટીનને એન્કોડ કરે છે. ઘણા SARS-CoV આઇસોલેટ્સમાં તે ORF8a અને ORF8b માં વિભાજિત થાય છે, જે અલગથી 39-અવશેષ ORF8a અને 84-અવશેષ ORF8b પ્રોટીનને વ્યક્ત કરે છે. એવું સૂચવવામાં આવ્યું છે કે ORF8a અને ORF8b પ્રોટીન પ્રોટીન સંકુલ બનાવી શકે છે. SARS-CoV-2 પ્રોટીનના ડાયમેરાઇઝેશન માટે જવાબદાર સિસ્ટીન અવશેષો SARS-CoV અનુક્રમમાં સંરક્ષિત નથી. ORF8ab પ્રોટીન ડાયસલ્ફાઇડ-લિંક્ડ મલ્ટીમર્સ બનાવે છે તેવું પણ નોંધવામાં આવ્યું છે. અનુવાદ પછીના ફેરફારો સંપૂર્ણ લંબાઈના SARS-CoV ORF8ab પ્રોટીનને એન-ગ્લાયકોસિલેશન દ્વારા અનુવાદ પછી સુધારવામાં આવે છે, જે SARS-CoV-2 પ્રોટીનમાં સંરક્ષિત થવાની આગાહી કરવામાં આવે છે. પ્રાયોગિક પરિસ્થિતિઓમાં, 8b અને 8ab બંને સર્વવ્યાપક છે. અભિવ્યક્તિ અને સ્થાનિકીકરણ અન્ય સહાયક પ્રોટીન માટેના જનીનોની સાથે, ઓ. આર. એફ. 8 જનીન કોરોનાવાયરસ આર. એન. એ. જિનોમના 5 'છેડે માળખાકીય પ્રોટીનને એન્કોડિંગ કરતા જનીનોની નજીક સ્થિત છે. ORF6, ORF7a અને ORF7b સાથે, ORF8 પટલ (M) અને ન્યુક્લિયોકેપ્સિડ (N) જનીનો વચ્ચે સ્થિત છે. SARS-CoV-2 ORF8 પ્રોટીન એન્ડોપ્લાઝ્મિક રેટિક્યુલમ (ER) માં હેરફેર માટે સંકેત ક્રમ ધરાવે છે અને તેને પ્રાયોગિક રીતે ERમાં સ્થાનબદ્ધ કરવામાં આવ્યું છે. તે કદાચ એક સ્ત્રાવિત પ્રોટીન છે. SARS-CoV ORF8a, ORF8b, અથવા ORF8ab પ્રોટીનના સ્થાનિકીકરણને લગતા સાહિત્યમાં પરિવર્તનશીલ અહેવાલો છે. તે અસ્પષ્ટ છે કે ORF8b કુદરતી પરિસ્થિતિઓમાં નોંધપાત્ર સ્તરે વ્યક્ત થાય છે કે નહીં. સંપૂર્ણ લંબાઈ ધરાવતું ORF8ab ERમાં સ્થાનિક હોવાનું જણાય છે. ORF8 પ્રોટીનનું કાર્ય અજ્ઞાત છે. તે SARS-CoV અથવા SARS-CoV-2માં વાયરલ પ્રતિકૃતિ માટે જરૂરી નથી, જો કે ORF8નું નુકસાન વાયરલ પ્રતિકૃતિની કાર્યક્ષમતાને અસર કરે છે કે કેમ તે અંગે વિરોધાભાસી પુરાવા છે. ઓ. આર. એફ. 8 પ્રોટીન માટે વારંવાર સૂચવવામાં આવતું કાર્ય યજમાન રોગપ્રતિકારક શક્તિ સાથે ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરે છે. એવું માનવામાં આવે છે કે SARS-CoV-2 પ્રોટીન રોગપ્રતિકારક શક્તિને ટાળીને અથવા યજમાન રોગપ્રતિકારક પ્રતિક્રિયાઓને દબાવીને ઇમ્યુનોમોડ્યુલેશનમાં ભૂમિકા ભજવે છે. તે પ્રકાર I ઇન્ટરફેરોન વિરોધી હોવાનું અને વર્ગ I એમ. એચ. સી. ને ડાઉનરેગ્યુલેટ કરવાનું હોવાનું નોંધવામાં આવ્યું છે. SARS-CoV-2 ORF8 પ્રોટીન અત્યંત રોગપ્રતિકારક છે અને કોવિડ-19 ધરાવતા અથવા તેમાંથી સાજા થયેલા દર્દીઓમાં પ્રોટીન માટે ઉચ્ચ સ્તરના એન્ટિબોડીઝ મળી આવ્યા છે. એક અભ્યાસ સૂચવે છે કે ORF8 એ ટ્રાન્સક્રિપ્શન અવરોધક છે. એવું સૂચવવામાં આવ્યું છે કે SARS-CoV ORF8a પ્રોટીન મલ્ટીમર્સમાં ભેગા થાય છે અને વાઇરોપોરિન બનાવે છે. ઉત્ક્રાંતિ ORF8 નો ઉત્ક્રાંતિ ઇતિહાસ જટિલ છે. તે સરબેકોવાયરસ જિનોમના સૌથી ઓછા સંરક્ષિત પ્રદેશોમાંનો એક છે. તે વારંવાર પરિવર્તન અને કાઢી નાખવાને આધીન છે, અને તેને "હાયપરવેરિયેબલ" અને પુનઃસંયોજન હોટસ્પોટ તરીકે વર્ણવવામાં આવ્યું છે. એવું સૂચવવામાં આવ્યું છે કે આ પ્રદેશમાં આર. એન. એ. ગૌણ માળખાં જીનોમિક અસ્થિરતા સાથે સંકળાયેલા છે. SARS-CoV માં, ORF8 પ્રદેશ પૂર્વજોના ચામાચીડિયા કોરોનાવાયરસ વચ્ચેના પુનઃસંયોજન દ્વારા ઉદ્ભવ્યો હોવાનું માનવામાં આવે છે. સાર્સ-કોવીમાં આ પ્રદેશની સૌથી વિશિષ્ટ લાક્ષણિકતાઓમાં 29-ન્યુક્લિયોટાઇડ કાઢી નાખવાનો ઉદભવ છે જે સંપૂર્ણ લંબાઈની ખુલ્લી વાંચન ફ્રેમને બે નાના ઓઆરએફ, ઓઆરએફ8એ અને ઓઆરએફ8બીમાં વિભાજિત કરે છે. સાર્સ રોગચાળાની શરૂઆતથી વાયરલ આઇસોલેટ્સમાં સંપૂર્ણ લંબાઈ, અખંડ ORF8 હોય છે, પરંતુ વિભાજન માળખું રોગચાળામાં પછીથી ઉભરી આવ્યું હતું. ત્યારથી ચામાચીડિયાના કોરોનાવાયરસમાં સમાન વિભાજિત રચનાઓ જોવા મળી છે. SARS-CoV-2 સ્વરૂપોમાં પણ પરિવર્તન અને કાઢી નાખવામાં આવ્યા છે. SARS-CoV માં અવલોકનોના આધારે એવું સૂચન કરવામાં આવ્યું છે કે ORF8 માં ફેરફારો યજમાન અનુકૂલન સાથે સંબંધિત હોઈ શકે છે, પરંતુ શક્ય છે કે ORF8 માનવ યજમાનોમાં તંદુરસ્તીને અસર કરતું નથી. SARS-CoV માં, ORF8 માં ઉચ્ચ dN/dS ગુણોત્તર જોવા મળ્યો છે, જે સકારાત્મક પસંદગી સાથે અથવા હળવા પસંદગી સાથે સુસંગત છે. ORF8 એ પ્રોટીનને એન્કોડ કરે છે જેનું ઇમ્યુનોગ્લોબ્યુલિન ડોમેન (Ig) ORF7a સાથે દૂરથી સમાનતા ધરાવે છે. એવું સૂચવવામાં આવ્યું છે કે ORF8 સંભવતઃ ORF7a થી જનીન ડુપ્લિકેશન દ્વારા વિકસિત થયું છે, જોકે કેટલાક બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ વિશ્લેષણ સૂચવે છે કે સમાનતા ડુપ્લિકેશનને ટેકો આપવા માટે ખૂબ ઓછી હોઈ શકે છે, જે વાયરસમાં પ્રમાણમાં અસામાન્ય છે. કોરોનાવાયરસમાં ઇમ્યુનોગ્લોબ્યુલિન ડોમેન્સ અસામાન્ય છે; ઓ. આર. એફ. 8 અને ઓ. આર. એફ. 7એ સાથે બીટા કોરોનાવાયરસના સબસેટ સિવાય, માત્ર થોડી સંખ્યામાં ચામાચીડિયા આલ્ફાકારોનાવાઈરસને સંભવિત આઇ. જી. ડોમેન્સ ધરાવતા હોવાનું ઓળખવામાં આવ્યું છે, જ્યારે તેઓ ગામાકોરોનાવાઈરસ અને ડેલ્ટાકોરોનાવાઈરસથી ગેરહાજર છે. MERS-CoVમાં ORF8 નોંધપાત્ર રીતે ગેરહાજર છે. બીટા અને આલ્ફા આઇજી ડોમેન્સ સ્વતંત્ર હસ્તાંતરણો હોઈ શકે છે, જ્યાં ORF8 અને ORF7a યજમાન પ્રોટીનમાંથી હસ્તગત કરવામાં આવ્યા હોઈ શકે છે. તે પણ શક્ય છે કે ORF8 ની ગેરહાજરી તે વંશમાં જનીનની ખોટને પ્રતિબિંબિત કરે. સંદર્ભો કોરોનાવાયરસ પ્રોટીન