Rfam
આર. એફ. એ. એમ. એ બિન-કોડિંગ આર. એન. એ. (એન. સી. આર. એન. એ.) પરિવારો અને અન્ય સંરચિત આર. એન. એ. ઘટકો વિશેની માહિતી ધરાવતો ડેટાબેઝ છે. તે એક એનોટેટેડ, ઓપન એક્સેસ ડેટાબેઝ છે જે મૂળરૂપે જેનેલિયા ફાર્મના સહયોગથી વેલકમ ટ્રસ્ટ સેંગર ઇન્સ્ટિટ્યૂટમાં વિકસાવવામાં આવ્યું છે, અને હાલમાં યુરોપિયન બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ ઇન્સ્ટિટ્યૂટમાં હોસ્ટ કરવામાં આવ્યું છે. આર. એફ. એ. એમ. ની રચના પ્રોટીન પરિવારોની ટિપ્પણી કરવા માટે પી. એફ. એ. એમ. ડેટાબેઝ જેવી જ કરવામાં આવી છે. પ્રોટીનથી વિપરીત, એન. સી. આર. એન. એ. ઘણીવાર પ્રાથમિક અનુક્રમમાં વધુ સમાનતા શેર કર્યા વિના સમાન ગૌણ માળખું ધરાવે છે. આર. એફ. એ. એમ. એન. સી. આર. એન. એ. ને સામાન્ય પૂર્વજમાંથી ઉત્ક્રાંતિના આધારે પરિવારોમાં વિભાજિત કરે છે. આ પરિવારોના બહુવિધ અનુક્રમ સંરેખણ (એમ. એસ. એ.) નું ઉત્પાદન પ્રોટીન પરિવારોની જેમ જ તેમની રચના અને કાર્યની સમજ આપી શકે છે. આ એમ. એસ. એ. ગૌણ માળખાની માહિતીના ઉમેરા સાથે વધુ ઉપયોગી બને છે. આર. એફ. એ. એમ. ના સંશોધકો વિકિપીડિયાના આર. એન. એ. વિકીપ્રોજેક્ટમાં પણ યોગદાન આપે છે. ઉપયોગ આર. એફ. એ. એમ. ડેટાબેઝનો ઉપયોગ વિવિધ કાર્યો માટે થઈ શકે છે. દરેક એન. સી. આર. એન. એ. પરિવાર માટે, ઈન્ટરફેસ વપરાશકર્તાઓને બહુવિધ અનુક્રમ ગોઠવણીઓ જોવા અને ડાઉનલોડ કરવાની મંજૂરી આપે છે; એનોટેશન વાંચો; અને પરિવારના સભ્યોની પ્રજાતિઓના વિતરણની તપાસ કરો. સાહિત્ય સંદર્ભો અને અન્ય આર. એન. એ. ડેટાબેઝ માટે પણ લિંક્સ આપવામાં આવી છે. આર. એફ. એ. એમ. વિકિપીડિયાની કડીઓ પણ પ્રદાન કરે છે જેથી વપરાશકર્તાઓ દ્વારા એન્ટ્રીઓ બનાવી અથવા સંપાદિત કરી શકાય. આર. એફ. એ. એમ. વેબસાઇટ પરનું ઇન્ટરફેસ વપરાશકર્તાઓને મુખ્ય શબ્દ, પારિવારિક નામ અથવા જીનોમ દ્વારા એન. સી. આર. એન. એ. શોધવાની તેમજ એન. સી. આર. એન. એ. ક્રમ અથવા ઇ. એમ. બી. એલ. જોડાણ સંખ્યા દ્વારા શોધવાની મંજૂરી આપે છે. ડેટાબેઝની માહિતી INFERNAL સોફ્ટવેર પેકેજનો ઉપયોગ કરીને ડાઉનલોડ કરવા, સ્થાપિત કરવા અને ઉપયોગ કરવા માટે પણ ઉપલબ્ધ છે. ઇન્ફર્નલ પેકેજનો ઉપયોગ આર. એફ. એ. એમ. સાથે જાણીતા એન. સી. આર. એન. એ. માટે હોમોલોગ્સ માટે સિક્વન્સ (સંપૂર્ણ જીનોમ સહિત) નો ઉલ્લેખ કરવા માટે પણ થઈ શકે છે. પદ્ધતિઓ ડેટાબેઝમાં, ગૌણ માળખા અને પ્રાથમિક ક્રમની માહિતી, જે એમ. એસ. એ. દ્વારા રજૂ થાય છે, તેને પ્રોફાઇલ સ્ટોકેસ્ટિક સંદર્ભ-મુક્ત વ્યાકરણ (એસ. સી. એફ. જી.) તરીકે ઓળખાતા આંકડાકીય નમૂનાઓમાં જોડવામાં આવે છે, જેને સહપરિવર્તન નમૂના તરીકે પણ ઓળખવામાં આવે છે. આ પી. એફ. એ. એમ. ડેટાબેઝમાં પ્રોટીન ફેમિલી એનોટેશન માટે ઉપયોગમાં લેવાતા છુપાયેલા માર્કોવ મોડેલ્સના સમાન છે. ડેટાબેઝમાં દરેક કુટુંબ સ્ટોકહોમ ફોર્મેટમાં બે બહુવિધ અનુક્રમ ગોઠવણી અને એસસીએફજી દ્વારા રજૂ થાય છે. પ્રથમ એમ. એસ. એ. એ "બીજ" ગોઠવણી છે. તે હાથથી ક્યુરેટેડ સંરેખણ છે જેમાં એન. સી. આર. એન. એ. પરિવારના પ્રતિનિધિ સભ્યો હોય છે અને માળખાકીય માહિતી સાથે એનોટેટેડ હોય છે. આ બીજ સંરેખણનો ઉપયોગ SCFG બનાવવા માટે થાય છે, જેનો ઉપયોગ Rfam સોફ્ટવેર INFERNAL સાથે પરિવારના વધારાના સભ્યોને ઓળખવા અને તેમને સંરેખણમાં ઉમેરવા માટે થાય છે. ખોટા હકારાત્મકને ટાળવા માટે કુટુંબ-વિશિષ્ટ થ્રેશોલ્ડ મૂલ્ય પસંદ કરવામાં આવે છે. પ્રકાશન 12 સુધી, આરફેમે પ્રારંભિક બ્લાસ્ટ ફિલ્ટરિંગ પગલાનો ઉપયોગ કર્યો હતો કારણ કે પ્રોફાઇલ એસસીએફજી ખૂબ કોમ્પ્યુટેશનલ રીતે ખર્ચાળ હતા. જો કે, INFERNAL ની નવીનતમ આવૃત્તિઓ પૂરતી ઝડપી છે જેથી બ્લાસ્ટ પગલાની હવે જરૂર નથી. બીજો એમ. એસ. એ. "પૂર્ણ" સંરેખણ છે, અને તે અનુક્રમ ડેટાબેઝની સામે સહપરિવર્તન મોડેલનો ઉપયોગ કરીને શોધના પરિણામે બનાવવામાં આવે છે. બધા શોધાયેલ હોમોલોગ્સ મોડેલ સાથે સંરેખિત થાય છે, જે આપમેળે ઉત્પાદિત સંપૂર્ણ સંરેખણ આપે છે. આર. એફ. એ. એમ. નું ઇતિહાસ સંસ્કરણ 1 2003 માં શરૂ કરવામાં આવ્યું હતું અને તેમાં 25 એન. સી. આર. એન. એ. પરિવારો હતા અને લગભગ 50,000 એન. સી. આર. એન. એ. જનીનોની નોંધ હતી. 2005 માં, આવૃત્તિ 6.1 રજૂ કરવામાં આવી હતી અને તેમાં 379 પરિવારો હતા જે 280,000 થી વધુ જનીનોની નોંધ લે છે. ઓગસ્ટ 2012માં, આવૃત્તિ 11માં 2208 આર. એન. એ. પરિવારો હતા, જ્યારે વર્તમાન આવૃત્તિ (14.9, નવેમ્બર 2022માં પ્રકાશિત) 4108 પરિવારોની નોંધ કરે છે. મુખ્ય પ્રકાશનો અને પ્રકાશનો 2003-આર. એફ. એ. એમ.: એક આર. એન. એ. કૌટુંબિક ડેટાબેઝ. 2005-આર. એફ. એ. એમ.: સંપૂર્ણ જીનોમમાં બિન-કોડિંગ આર. એન. એ. ની ટિપ્પણી. 2008-આર. એન. એ. વિકીપ્રોજેક્ટઃ આર. એન. એ. પરિવારોની સામુદાયિક ટિપ્પણી. 2008-આર. એફ. એ. એમ.: આર. એન. એ. પરિવારોના ડેટાબેઝના સુધારા. 2011-આરએફએમઃ વિકિપીડિયા, કુળો અને "દશાંશ" પ્રકાશન. 2012-આર. એફ. એ. એમ. 11.0:10 વર્ષના આર. એન. એ. પરિવારો. 2014-આર. એફ. એ. એમ. 12.0: આર. એન. એ. પરિવારોના ડેટાબેઝના સુધારા. 2017-આર. એફ. એ. એમ. 13.0: બિન-કોડિંગ આર. એન. એ. પરિવારો માટે જીનોમ-કેન્દ્રિત સંસાધન તરફ સ્થળાંતર. 2020-આર. એફ. એ. એમ. 14: મેટાજેનોમિક, વાયરલ અને માઇક્રોઆરએનએ પરિવારોનું વિસ્તૃત કવરેજ. સમસ્યાઓ ઉચ્ચ યુકેરીયોટ્સના જીનોમમાં ઘણા એન. સી. આર. એન. એ.-વ્યુત્પન્ન સ્યુડોજીન્સ હોય છે અને પુનરાવર્તન થાય છે. આ બિન-કાર્યાત્મક નકલોને કાર્યાત્મક એન. સી. આર. એન. એ. થી અલગ પાડવી એ એક પ્રચંડ પડકાર છે. ઇન્ટ્રોન સહપરિવર્તન મોડેલો દ્વારા તૈયાર કરવામાં આવતા નથી. સંદર્ભો બાહ્ય લિંક્સ કેમ્બ્રિજશાયર સાઉથ કેમ્બ્રિજશાયર ડિસ્ટ્રિક્ટ વેલકમ ટ્રસ્ટમાં સ્ત્રોત કોડ આર. એન. એ. વિજ્ઞાન અને ટેકનોલોજી સાથે યુરોપિયન બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ ઇન્સ્ટિટ્યૂટ ઇન્ફેરનલ સોફ્ટવેર પેકેજ miRBase આનુવંશિક ઇજનેરી યુનાઇટેડ કિંગડમ આનુવંશિક ડેટાબેસેસ મોલેક્યુલર બાયોલોજી પબ્લિક-ડોમેન સોફ્ટવેર ખાતે Rfam વેબસાઇટ