Lumi (software)
લુમી એ ઇલુમિના એક્સપ્રેશન અને મિથાઇલેશન માઇક્રોએરે ડેટાના વિશ્લેષણ અને સમજણ માટે એક મુક્ત, ઓપન સોર્સ અને ઓપન ડેવલપમેન્ટ સોફ્ટવેર પ્રોજેક્ટ છે. આ પ્રોજેક્ટ 2006ના ઉનાળામાં શરૂ કરવામાં આવ્યો હતો અને બાયોકોન્ડક્ટરના માળખામાં ઈલુમિનાના અલ્ગોરિધમ્સ અને ડેટા મેનેજમેન્ટ ટૂલ્સ પ્રદાન કરવા માટે તૈયાર કરવામાં આવ્યો હતો. તે આંકડાકીય આર પ્રોગ્રામિંગ ભાષા પર આધારિત છે. લક્ષણો લુમી પેકેજ પ્રોબ-લેવલ ઇલ્યુમિના એક્સપ્રેશન અને મિથાઇલેશન માઇક્રોએરે ડેટા માટે વિશ્લેષણ પાઇપલાઇન પ્રદાન કરે છે, જેમાં પ્રોબ-આઇડેન્ટિફાયર મેનેજમેન્ટ (એનયુઆઇડી), અપડેટેડ પ્રોબ-ટુ-જીન મેપિંગ અને રિફસેક (એનયુઆઇડીબ્લાસ્ટ) ના નવીનતમ પ્રકાશનનો ઉપયોગ કરીને એનોટેશન, પ્રોબ-ઇન્ટેન્સિટી ટ્રાન્સફોર્મેશન (વીએસટી) અને નોર્મલાઇઝેશન (આરએસએન), ગુણવત્તા નિયંત્રણ (ક્યુએ/ક્યુસી) અને ઇલ્યુમિના મિથાઇલેશન ડેટા માટે વિશિષ્ટ પ્રીપ્રોસેસિંગ પદ્ધતિઓનો સમાવેશ થાય છે. ઇલ્યુમિના-વિશિષ્ટ સુવિધાઓ સાથે એક્સપ્રસેટ ઓબ્જેક્ટને વિસ્તૃત કરીને, લુમીને વિભેદક જનીનો શોધવા અને જીન ઓન્ટોલોજી વિશ્લેષણ કરવા માટે લિમ્મા અને ગોસ્ટેટ્સ જેવા અન્ય બાયોકોન્ડક્ટર પેકેજો સાથે કામ કરવા માટે ડિઝાઇન કરવામાં આવી છે. લુમી પ્રોજેક્ટ 2006ના ઉનાળામાં રોબર્ટ એચ. લુરી કોમ્પ્રિહેન્સિવ કેન્સર સેન્ટર, નોર્થવેસ્ટર્ન યુનિવર્સિટીની બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ કોર ફેસિલિટી ખાતે શરૂ કરવામાં આવ્યો હતો. મૂળરૂપે લુમીની રચના ઈલુમિના એક્સપ્રેશન બીડએરે ડેટાના વિશ્લેષણ માટે કરવામાં આવી હતી. 2010 (આવૃત્તિ> 2) થી શરૂ કરીને, ઇલ્યુમિના મિથાઇલેશન માઇક્રોએરે ડેટાનું વિશ્લેષણ કરવાના કાર્યો ઉમેરવામાં આવ્યા હતા. પ્રોજેક્ટ ટીમમાં ડો. પાન ડુ, સિમોન એમ. લિન અને વોરેન એ. કિબ્બે. કેન્સર પર રેટિનોઇક એસિડની અસરના અભ્યાસ પર તેમની પ્રયોગશાળામાં મેળવેલા નવા ઇલ્યુમિના માઇક્રોએરે ડેટાના સમૂહનું વિશ્લેષણ કરવા માટે ડૉ. સર્દાર ઇ. બુલુનના સહયોગની વિનંતી પર આ પ્રોજેક્ટ શરૂ કરવામાં આવ્યો હતો. ડૉ. પાન ડુએ આ પ્રોજેક્ટના સોફ્ટવેર વિકાસનું નેતૃત્વ કર્યું હતું. લુમી એ પ્રથમ સોફ્ટવેર પેકેજ હતું જેણે ડેટા પરિવર્તન અને સામાન્યીકરણ પ્રક્રિયાઓ માટે બીડ એરેની રીડન્ડન્સીની અનન્ય ડિઝાઇનનો ઉપયોગ કર્યો હતો. લુમીની પ્રથમ રજૂઆત 3 જાન્યુઆરી, 2007ના રોજ બાયોકોન્ડક્ટર વેબસાઇટ દ્વારા કરવામાં આવી હતી. તેના ઔપચારિક પ્રકાશન પહેલાં, તેનું બીટા પરીક્ષણ નોર્વેજીયન રેડિયમ હોસ્પિટલ, લીડેન યુનિવર્સિટી મેડિકલ સેન્ટર, યુનિવર્સિટી વેન એમ્સ્ટરડેમ, યુનિવર્સિટી ડેગલી સ્ટડી ડી બ્રેશિયા, યુસી ડેવિસ, વેઇન સ્ટેટ યુનિવર્સિટી, એનઆઈએચ, એમ. ડી. ખાતે કરવામાં આવ્યું હતું. એન્ડરસન કેન્સર સેન્ટર, કેસ વેસ્ટર્ન રિઝર્વ યુનિવર્સિટી, હાર્વર્ડ યુનિવર્સિટી, વોશિંગ્ટન યુનિવર્સિટી અને વોલ્ટર અને એલિઝા હોલ ઇન્સ્ટિટ્યૂટ ઓફ મેડિકલ રિસર્ચ. મોલેક્યુલર બાયોલોજીમાં વેટ લેબ ડેટાના આંકડાકીય વિશ્લેષણ માટે બાયોકોન્ડક્ટર, સંકલિત સોફ્ટવેર ઇલુમિના ઇન્ક. અને તેની બીડએરે ટેકનોલોજી બાહ્ય લિંક્સ લુમી સોફ્ટવેર પ્રકાશન વેબસાઇટ ઓલ્ડ લુમી વેબસાઇટ સત્તાવાર બાયોકોન્ડક્ટર વેબસાઇટ ફ્રી સાયન્સ સોફ્ટવેર ફ્રી આર (પ્રોગ્રામિંગ લેંગ્વેજ) સોફ્ટવેર માઇક્રોએરેઝ જુઓ.