TRAMP complex
ટ્રેમ્પ કોમ્પ્લેક્સ (ટીઆરએફ4/એર2/એમટીઆર4પી પોલિએડેનાઇલેશન કોમ્પ્લેક્સ) એક મલ્ટીપ્રોટીન, હેટેરોટ્રિમેરિક કોમ્પ્લેક્સ છે જે ડિસ્ટ્રિબ્યુટિવ પોલિએડેનાઇલેશન પ્રવૃત્તિ ધરાવે છે અને પોલિમરેઝ દ્વારા ઉત્પાદિત આરએનએની વિશાળ જાતોને ઓળખે છે. તેની શોધ મૂળરૂપે સકેરોમાઇસીસ સેરેવિસિયામાં લાકાવા એટ અલ, વેનાકોવા એટ અલ દ્વારા કરવામાં આવી હતી. અને વાયર્સ વગેરે. 2005 માં. તે યુકેરીયોટિક કોષોના કેન્દ્રમાં એક્સોઝોમ સંકુલ સાથે ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરે છે અને 3 'અંતિમ પ્રક્રિયા અને રિબોસોમલ આરએનએ અને સ્નોઆરએનએના અધઃપતનમાં સામેલ છે. ટ્રેમ્પ કોમ્પ્લેક્સ આર. આર. પી. 6 માટે નિર્ધારિત આર. એન. એ. ની પોલી (એ) પૂંછડીઓને કાપી નાખે છે અને કોર એક્સોઝોમને 4-5 એડેનોસિન સુધી કાપી નાખે છે જે ટ્રાન્સક્રિપ્ટ ઓળખ અને એક્સોઝોમ કોમ્પ્લેક્સ સક્રિયકરણમાં મદદ કરે છે. ટ્રેમ્પ કોમ્પ્લેક્સની હાજરીમાં એક્સોસોમ્સની સબસ્ટ્રેટ વિશિષ્ટતામાં સુધારો થાય છે કારણ કે તે નિર્ણાયક કોફેક્ટર તરીકે કામ કરે છે અને વિવિધ પ્રવૃત્તિઓ જાળવવામાં મદદ કરે છે. આ રીતે, TRAMP વ્યાપક RNA પોલિમરેઝ II ટ્રાન્સક્રિપ્શન દ્વારા પેદા થતા નોનકોડિંગ ટ્રાન્સક્રિપ્ટના કોષને દૂર કરવામાં મહત્વપૂર્ણ ભૂમિકા ભજવે છે, તેમજ કાર્યાત્મક કોડિંગ અને નોનકોડિંગ RNA ના બાયોજેનેસિસ અને ટર્નઓવરમાં કાર્ય કરે છે. ટ્રેમ્પ સંકુલ અન્ય વિવિધ આર. એન. એ. પ્રક્રિયાઓને પણ પ્રત્યક્ષ કે પરોક્ષ રીતે અસર કરે છે. તે આર. એન. એ. નિકાસ, સ્પ્લિસિંગ, હેટેરો-ક્રોમેટિક જનીન સાયલન્સિંગમાં સામેલ છે અને જીનોમની સ્થિરતા જાળવવામાં મદદ કરે છે. ઘટકો નોન-કેનોનિકલ પોલી (એ) પોલીમરેઝીસ પોલ (એ) પોલીમરેઝિસે ડીએનએ ટોપોઇઝોમેરેઝીસ ટોપ 1 પી સાથે વિવિધ આનુવંશિક ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ દર્શાવી હતી અને તેથી તેમને ટોપોઇઝોમેરેઝ-સંબંધિત કાર્ય ટીઆરએફ 4 પી અને ટીઆરએફ 5 પી કહેવામાં આવતું હતું કારણ કે ડીએનએ સાથેની આ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાને કારણે તે જીનોમિક સ્થિરતામાં મહત્વપૂર્ણ ભાગ ધરાવે છે. કોષમાં ટી. આર. એફ. 4. પી. ટી. આર. એફ. 5. પી. ની સરખામણીમાં વધુ સાંદ્રતામાં હોય છે અને ફીનોટાઇપ પર પણ મજબૂત અસર કરે છે. ટીઆરએફ4પી સમગ્ર ન્યુક્લિયસમાં હાજર હોય છે જ્યારે ટીઆરએફ5પી મુખ્યત્વે ન્યુક્લિયોલસમાં જોવા મળે છે. ટીઆરએફ4પી માળખામાં કેન્દ્રિય ડોમેન અને ઉત્પ્રેરક ડોમેનનો સમાવેશ થાય છે જે કેનોનિકલ પોલિમરેઝની રચના જેવું જ છે. TRAMP સંકુલના બિન-કેનોનિકલ પોલીમેરેઝીસ (TRF4p અથવા TRF5p) કે જે CID1 પરિવાર સાથે સંબંધિત છે તેમાં RNA ઓળખ મોટિફ (RRM) નથી તેથી બિન-કેનોનિકલ પોલીમેરેઝીસ દ્વારા પોલિઆડેનાઈલેશન માટે એર1/એર2 જેવા વધારાના પ્રોટીનની જરૂર પડે છે. ઝિંક નકલ પ્રોટીન ઝિંક નકલ પ્રોટીન એર1પી/એર2પી (આર્જિનિન મિથાઈલટ્રાન્સફેરેઝ-ઇન્ટરેક્ટિંગ રિંગ-ફિંગર પ્રોટીન) મુખ્યત્વે આરએનએના બંધનમાં સામેલ છે. પાંચ સી. સી. એચ. સી. (સી એટલે સિસ્ટીન અને એચ એટલે હિસ્ટિડાઇન) ઝિંક નકલ મોટિફ્સ છે જે સી અને એન ટર્મિનલ્સ વચ્ચે હાજર છે. એર2પી પ્રોટીનમાં, ચોથા અને પાંચમા ઝિંક નકલની જુદી જુદી ભૂમિકાઓ હોય છે. ચોથી ઝિંક નકલ આરએનએ બંધનમાં ભૂમિકા ભજવે છે જ્યારે પાંચમી નકલ પ્રોટીન-પ્રોટીન ક્રિયાપ્રતિક્રિયા માટે મહત્વપૂર્ણ છે. એર2પી, ટીઆરએફ4પીના કેન્દ્રીય ક્ષેત્ર સાથે ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરે છે અને ટીઆરએફ4પીની પોલીએડેનાઈલેશન પ્રવૃત્તિ આ ક્રિયાપ્રતિક્રિયા પર આધારિત છે કારણ કે નકલ્સને કાઢી નાખવું અથવા પરિવર્તન પોલીએડેનાઈલેશન પ્રવૃત્તિને અવરોધે છે. એર1પી એન. પી. એલ. 3પી (એક પ્રોટીન જે જવાબદાર એમ. આર. એન. એ. નિકાસ છે) ના મિથાઇલેશનને રોકવા માટે જવાબદાર છે. એર1પી/એર2પી પણ અસામાન્ય એમ. આર. એન. પી. ને ટ્રેમ્પ માર્ગ તરફ દોરી જાય છે અને તેમનું અધઃપતન લાવે છે. સ્કી 2 જેવા હેલિકેઝ એમ. ટી. આર. 4. પી. હેલિકેઝ એમ. ટી. આર. 4. પી. જેવા સ્કી 2 ની શોધ ઉષ્મા પ્રતિરોધક મ્યુટન્ટ્સની તપાસ દરમિયાન કરવામાં આવી હતી જે ન્યુક્લિયસમાં પોલી (એ) આર. એન. એ. એકત્રિત કરે છે અને મુખ્યત્વે અનવાઇન્ડિંગ પ્રવૃત્તિમાં સામેલ છે. એમ. ટી. આર. 4. પી. (જેને ડોબ1પી તરીકે પણ ઓળખવામાં આવે છે) એ એસ. એફ. 2 હેલિકેઝ છે અને તે ડી. ઈ. એક્સ. એચ.-બોક્સ આર. એન. એ. હેલિકેસ પરિવાર સાથે સંબંધિત છે જેમાં બે આર. સી. એ. જેવા ડોમેન્સનો સમાવેશ થાય છે. તેમાં WH ડોમેન (વિંગ્ડ હેલિક્સ ડોમેન), એક આર્ક ડોમેન (જેને સ્ટંક અને KOW ડોમેન [કિપ્રિડ્સ, ઓઝોનિસ, વોઇસ ડોમેન] તરીકે પણ ઓળખવામાં આવે છે) અને હેલિકલ બંડલ ડોમેનનો પણ સમાવેશ થાય છે. હેલિકેઝ કોરની સપાટી પર WH અને હેલિકલ બંડલ ડોમેન્સના પેકિંગથી ssRNA માટે ચેનલની રચના થાય છે. એમ. ટી. આર. 4. પી. ને ક્યૂ-મોટિફ દ્વારા મધ્યસ્થી કરાયેલ આર. એન. એ. ડુપ્લેક્સ અનવાઇન્ડિંગ માટે એ. ટી. પી. અથવા ડી. એ. ટી. પી. હાઇડ્રોલિસિસની જરૂર છે. એમ. ટી. આર. 4. પી. ની અનવાઇન્ડિંગ પ્રવૃત્તિ માટે જોડીવાળા પ્રદેશમાં સિંગલ-સ્ટ્રેન્ડેડ પ્રદેશ 3 'પણ જરૂરી છે. એક્સોઝોમના વિવિધ ઘટકો સાથે સીધા સંપર્ક દ્વારા, એમ. ટી. આર. 4. પી. ટી. આર. એ. એમ. પી. સંકુલના આર. એન. એ. સબસ્ટ્રેટ્સને ન્યુક્લિયર એક્સોઝોમમાં યોગ્ય રીતે ઉમેરવામાં મદદ કરે છે. કેનોનિકલ અને નોન-કેનોનિકલ પોલિમરેઝ વચ્ચેનો તફાવત નોન-કેનોનિકલ અને કેનોનિકલ પોલી (એ) પોલિમરેઝ વચ્ચેનો તફાવત એ છે કે કેનોનિકલ પોલિમરેઝ એમઆરએનએ જાળવવામાં મદદ કરે છે અને તેની પ્રવૃત્તિ એમઆરએનએમાં ચોક્કસ ક્રમ દ્વારા નિયંત્રિત થાય છે જ્યારે નોન-કેનોનિકલ પોલિમરેઝનું પોલિઆડેનાઈલેશન આરએનએમાં અલગ નિયંત્રિત ક્રમનો ઉપયોગ કરે છે અને અધોગતિ અથવા પ્રક્રિયા માટે આરએનએને સ્પષ્ટ કરે છે. કેનોનિકલ પોલિમરેઝ ડીએનએ પોલિમરેઝ β સુપરફેમિલીના છે જ્યારે નોન-કેનોનિકલ પોલિમરેઝ સિડ1 પરિવારના છે, બીજો મુખ્ય તફાવત પોલી (એ) પૂંછડીની લંબાઈ છે; કેનોનિકલ પોલિમરેઝ ઘણા એડેનાઇલેટ્સ ઉમેરી શકે છે આમ ઉત્પાદિત આરએનએ લાંબી પોલી (એ) પૂંછડીઓ ધરાવે છે જ્યારે બીજી તરફ નોન-કેનોનિકલ પોલિમરેઝ પોલી (એ) પૂંછડીઓની ટૂંકી લંબાઈ સાથે આરએનએ ઉત્પન્ન કરી શકે છે કારણ કે તેઓ માત્ર થોડા જ એડેનાઇલેટ્સ ઉમેરી શકે છે. 3 '-> 5' એક્સોન્યુક્લીઝ કોમ્પ્લેક્સ એક્સોસોમ સાથે ક્રિયાપ્રતિક્રિયા ટ્રેમ્પ કોમ્પ્લેક્સ એક્સોસોમ તરીકે ઓળખાતા 3 '-> 5' એક્સોન્યુક્લીઝ કોમ્પ્લેક્સની મદદથી વિવિધ આર. એન. એ. નું અધઃપતન અથવા પ્રક્રિયા લાવે છે. આરએનએઝ પીએચ ડોમેન પ્રોટીન, આરઆરપી41પી, આરઆરપી42પી, આરઆરપી43પી, આરઆરપી45પી, આરઆરપી46પી અને એમટીઆર3પીની હેક્સામેરિક રીંગમાં એસ. સેરેવિસિયાના એક્સોઝોમનો સમાવેશ થાય છે. એક્સોસોમ TRAMP કોમ્પ્લેક્સ ઇન્વિટ્રોની મદદથી Rrp6pની હાજરીમાં વધુ અસરકારક રીતે RNAનું અધઃપતન લાવી શકે છે. ઉપરાંત, વિવિધ એક્સોસોમ કોફેક્ટર્સની હાજરીમાં આર. એન. એ. ના અધઃપતનમાં વધારો થાય છે, જે સહ-અનુલેખન દ્વારા ભરતી કરવામાં આવે છે. તમામ એમ. આર. એન. એ. અધોગતિના માર્ગો માટે સાયટોપ્લાઝમિક એક્સોઝોમ દ્વારા સ્કી 2 પી, સ્કી 3 પી, સ્કી 8 પી ધરાવતું સ્કી સંકુલ જરૂરી છે. સ્કી7પી પ્રોટીન સાથે સાયટોપ્લાઝમિક એક્સોઝોમ વિવિધ અસામાન્ય રાઇબોઝોમ અને એમઆરએનએ સાથે જોડાય છે અને તેમનું અધઃપતન લાવે છે. ઘટકો વચ્ચે આંતર-સંબંધ TRAMP સંકુલના તમામ ઘટકો એકબીજા સાથે આંતર-સંબંધિત છે. ટી. આર. એફ. 4. પી./ટી. આર. એફ. 5. પી. જેવા પોલી (એ) પોલિમરેઝની પ્રવૃત્તિ માટે ઝિંક નકલ પ્રોટીન જરૂરી છે. તેવી જ રીતે એક્સોસોમ્સ દ્વારા લાવવામાં આવેલા આર. એન. એ. ના અધઃપતનને હેલિકેસીસ અને એમ. ટી. આર. 4. પી. જેવી સ્કી 2 ની અનવાઇન્ડિંગ પ્રવૃત્તિ દ્વારા ઉત્તેજિત કરવામાં આવે છે જે કોફેક્ટર તરીકે કામ કરે છે. એમ. ટી. આર. 4. પી. ની અનવાઇન્ડિંગ પ્રવૃત્તિમાં ટી. આર. એફ. 4. પી./એર2. પી. દ્વારા ટી. આર. એ. એમ. પી. સંકુલમાં સુધારો કરવામાં આવે છે. પોલી (એ) પૂંછડીઓની લંબાઈ જાળવવા અને નિયંત્રિત કરવામાં પણ એમ. ટી. આર. 4. પી. ની મહત્વપૂર્ણ ભૂમિકા છે. પરંતુ એમ. ટી. આર. 4. પી. નો નાશ અથવા ગેરહાજરી હાયપરએડેનાઇલેશનમાં પરિણમે છે અને પોલી (એ) પૂંછડીઓની લંબાઈને અવરોધે છે. ટીઆરએફ5પી, એર1પી અને એમટીઆર4પી વચ્ચે બનેલા સંકુલને ટીઆરએએમપી5 સંકુલ કહેવામાં આવે છે. એસ. સેરેવિસિયામાં પોલિમરેઝની હાજરીના આધારે બે પ્રકારના TRAMP સંકુલ છે. જો ટીઆરએફ4પી હાજર હોય, તો સંકુલને ટીઆરએએમપી4 કહેવામાં આવે છે અને જો ટીઆરએફ5પી હાજર હોય તો તેને ટીઆરએએમપી5 કહેવામાં આવે છે. ત્રણેય પોલિમરેઝ (પોલ I, II, III) દ્વારા ઉત્પાદિત આર. એન. એ. સબસ્ટ્રેટ્સ આર. એન. એ. ટ્રેમ્પ સંકુલ માટે સબસ્ટ્રેટ્સ તરીકે કાર્ય કરે છે. ટ્રેમ્પ સંકુલ વિવિધ આર. એન. એ. ની પ્રક્રિયા અને દેખરેખમાં સામેલ છે અને અસામાન્ય આર. એન. એ. ને ઘટાડે છે. વિવિધ પ્રકારના આર. એન. એ. સબસ્ટ્રેટ્સમાં રિબોસોમલ આર. એન. એ. (આર. આર. એન. એ.), નાના ન્યુક્લિયોલર આર. એન. એ. (એસ. એન. ઓ. આર. એન. એ.), ટ્રાન્સફર આર. એન. એ. (ટી. આર. એન. એ.), નાના ન્યુક્લિયર આર. એન. એ. (એસ. એન. આર. એન. એ.), આર. એન. એ. પોલિમરેઝ II (પોલ II) વગેરેના લાંબા લખાણોનો સમાવેશ થાય છે. પરંતુ જે પદ્ધતિ દ્વારા TRAMP સંકુલ વિવિધ સબસ્ટ્રેટ્સને ઓળખે છે તે અજ્ઞાત છે. TRAMP સંકુલ એક્સોસોમ જટિલ એક્સોન્યુક્લીઝ RrP6 ને સંલગ્ન કરીને RNA પ્રક્રિયામાં વધુ અસરકારક રીતે કામ કરે છે જેમાં Nab3 (RNA બંધનકર્તા પ્રોટીન) નિર્ણાયક ભૂમિકા ભજવે છે. મિથાઈલટ્રાન્સફેરેઝ એચએમટી1પી (આરએમટી1પી) જેવા વિવિધ ઉત્સેચકોને કારણે ક્રોમેટિન પોસ્ટ-ટ્રાન્સક્રિપ્શનલ ફેરફારો જાળવવામાં ભૂમિકા ક્રોમેટિન જાળવણી પર પરોક્ષ અસર કરી શકે છે. જ્યારે TRAMP સંકુલના RNA સબસ્ટ્રેટ્સને સમગ્ર જિનોમમાં લખવામાં આવે છે ત્યારે ક્રોમેટિન માળખાઓ પ્રભાવિત થાય છે. વિવિધ TRAMP ઘટકો વિવિધ પ્રોટીન સાથે શારીરિક અને આનુવંશિક રીતે ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરે છે અને ક્રોમેટિન અને DNA ચયાપચયમાં ફેરફારો લાવે છે. TRAMP-મધ્યસ્થી પ્રક્રિયાઓનું સંરક્ષણ Saccharomyces cerevisiae માં TRAMP સંકુલના ઘટકો યીસ્ટથી માંડીને સસ્તન પ્રાણીઓ સુધીના અન્ય સજીવોમાં સંરક્ષિત છે. સિડ14પી, એર1પી અને એમ. ટી. આર. 4પી સહિત સ્કિઝોસેકરોમાઇસીસ પોમ્બેના ટી. આર. એ. એમ. પી. જટિલ ઘટકો કાર્યાત્મક રીતે એસ. સેરેવિસિયામાં ટી. આર. એ. એમ. પી. સંકુલના ઘટકો જેવા જ છે. મનુષ્યોમાં TRAMP સંકુલમાં હેલિકેઝ hMTR4p, બિન-કેનોનિકલ પોલી (A) પોલિમરેઝ hPAPD (PAP-સંકળાયેલ ડોમેન ધરાવતું) 5 અથવા hPAPD7, અને ઝિંક નકલ પ્રોટીન hZCCHC7, RNA બંધનકર્તા પ્રોટીન hRbm7p સહિત વિવિધ ઘટકોનો સમાવેશ થાય છે. સંદર્ભો પ્રોટીન સંકુલ