Cambridge Structural Database
કેમ્બ્રિજ સ્ટ્રક્ચરલ ડેટાબેઝ (સી. એસ. ડી.) એ સામાન્ય રીતે ઓછામાં ઓછા કાર્બન અને હાઇડ્રોજન ધરાવતા અણુઓના ત્રિ-પરિમાણીય માળખાકીય ડેટા માટે એક ભંડાર અને માન્ય અને ક્યુરેટેડ સંસાધન છે, જેમાં કાર્બનિક, ધાતુ-કાર્બનિક અને ઓર્ગેનોમેટેલિક અણુઓની વિશાળ શ્રેણીનો સમાવેશ થાય છે. ચોક્કસ એન્ટ્રીઓ પ્રોટીન ડેટા બેંક (પી. ડી. બી.), અકાર્બનિક ક્રિસ્ટલ સ્ટ્રક્ચર ડેટાબેઝ અને ઇન્ટરનેશનલ સેન્ટર ફોર ડિફ્રેક્શન ડેટા જેવા અન્ય સ્ફટિકીય ડેટાબેઝના પૂરક છે. ડેટા, સામાન્ય રીતે એક્સ-રે ક્રિસ્ટલોગ્રાફી દ્વારા મેળવવામાં આવે છે અને ઇલેક્ટ્રોન વિવર્તન અથવા ન્યુટ્રોન વિવર્તન દ્વારા ઓછી વાર મેળવવામાં આવે છે, અને વિશ્વભરના ક્રિસ્ટલોગ્રાફર્સ અને રસાયણશાસ્ત્રીઓ દ્વારા રજૂ કરવામાં આવે છે, જે CSD ની મૂળ સંસ્થાની વેબસાઇટ (CCDC, રીપોઝીટરી) દ્વારા ઇન્ટરનેટ પર મુક્તપણે સુલભ (લેખકો દ્વારા જમા કરાયેલ) છે. સી. એસ. ડી. ની દેખરેખ કેમ્બ્રિજ ક્રિસ્ટલોગ્રાફિક ડેટા સેન્ટર, સી. સી. ડી. સી. નામની બિન-નફાકારક નિગમિત કંપની દ્વારા કરવામાં આવે છે. CSD એ વૈજ્ઞાનિકો માટે નાના-પરમાણુ કાર્બનિક અને ધાતુ-કાર્બનિક સ્ફટિક માળખાઓ માટે વ્યાપકપણે ઉપયોગમાં લેવાતો ભંડાર છે. કેમ્બ્રિજ ક્રિસ્ટલોગ્રાફિક ડેટા સેન્ટર (સી. સી. ડી. સી.) પાસે જમા કરાયેલી રચનાઓ પ્રકાશનના સમયે અથવા થાપણદારની સંમતિથી ડાઉનલોડ કરવા માટે જાહેરમાં ઉપલબ્ધ છે. તેઓ વૈજ્ઞાનિક રીતે પણ સમૃદ્ધ છે અને કેન્દ્ર દ્વારા પ્રસ્તુત સોફ્ટવેર દ્વારા ઉપયોગમાં લેવાતા ડેટાબેઝમાં સામેલ છે. શિક્ષણ અને અન્ય પ્રવૃત્તિઓને ટેકો આપવા માટે સી. એસ. ડી. ના લક્ષિત ઉપગણ પણ મુક્તપણે ઉપલબ્ધ છે. કેમ્બ્રિજ યુનિવર્સિટીના ઓર્ગેનિક, અકાર્બનિક અને સૈદ્ધાંતિક રસાયણશાસ્ત્ર વિભાગમાં ઓલ્ગા કેનાર્ડ ઓબીઇ એફઆરએસની આગેવાની હેઠળના સ્ફટિકશાસ્ત્ર જૂથની પ્રવૃત્તિઓમાંથી સીસીડીસીનો વિકાસ થયો. 1965 થી, જૂથે એક્સ-રે અથવા ન્યુટ્રોન વિવર્તન દ્વારા અભ્યાસ કરાયેલા તમામ નાના અણુઓ માટે પ્રકાશિત ગ્રંથસૂચિ, રાસાયણિક અને સ્ફટિક માળખાની માહિતી એકત્રિત કરવાનું શરૂ કર્યું. આ સમયે થઈ રહેલા કમ્પ્યુટિંગમાં ઝડપી વિકાસ સાથે, આ સંગ્રહને ઇલેક્ટ્રોનિક સ્વરૂપમાં એન્કોડ કરવામાં આવ્યો હતો અને તે કેમ્બ્રિજ સ્ટ્રક્ચરલ ડેટાબેઝ (CSD) તરીકે જાણીતો બન્યો હતો. સી. એસ. ડી. એ વિશ્વમાં ક્યાંય પણ કામગીરી શરૂ કરનાર પ્રથમ આંકડાકીય વૈજ્ઞાનિક ડેટાબેઝમાંનું એક હતું, અને યુકે ઓફિસ ફોર સાયન્ટિફિક એન્ડ ટેકનિકલ ઇન્ફર્મેશન અને પછી યુકે સાયન્સ એન્ડ એન્જિનિયરિંગ રિસર્ચ કાઉન્સિલ પાસેથી શૈક્ષણિક અનુદાન મેળવ્યું હતું. આ ભંડોળ, રાષ્ટ્રીય સંલગ્ન કેન્દ્રોની સહાય સાથે મળીને, 1970 અને 1980ના દાયકા દરમિયાન CSD અને તેની સાથે સંકળાયેલા સોફ્ટવેરના વિકાસને સક્ષમ બનાવ્યું હતું. યુનાઇટેડ સ્ટેટ્સ, ઇટાલી અને જાપાનમાં સી. એસ. ડી. પ્રણાલીનું પ્રથમ પ્રકાશન 1970ના દાયકાની શરૂઆતમાં થયું હતું. 1980ના દાયકાની શરૂઆત સુધીમાં સી. એસ. ડી. પ્રણાલીનું 30થી વધુ દેશોમાં વિતરણ થઈ રહ્યું હતું. 2014 સુધીમાં, CSD પ્રણાલી 70 દેશોમાં શિક્ષણવિદોને વહેંચવામાં આવી હતી. 1980ના દાયકા દરમિયાન, ફાર્માસ્યુટિકલ અને એગ્રોકેમિકલ્સ કંપનીઓ તરફથી CSD સિસ્ટમમાં રસ નોંધપાત્ર રીતે વધ્યો હતો. આનાથી 1987માં એક સ્વતંત્ર કંપની તરીકે કેમ્બ્રિજ ક્રિસ્ટલોગ્રાફિક ડેટા સેન્ટર (સી. સી. ડી. સી.) ની સ્થાપના થઈ, જેને બિન-નફાકારક સખાવતી સંસ્થાનો કાનૂની દરજ્જો મળ્યો અને તેની કામગીરીની દેખરેખ આંતરરાષ્ટ્રીય બોર્ડ ઓફ ગવર્નર્સ દ્વારા કરવામાં આવી હતી. સી. સી. ડી. સી. 1992માં યુનિવર્સિટીના રસાયણશાસ્ત્ર વિભાગના સ્થળ પર હેતુપૂર્વક બાંધવામાં આવેલા પરિસરમાં ખસેડવામાં આવી હતી. કેનાર્ડ 1997માં નિર્દેશક તરીકે નિવૃત્ત થયા હતા અને તેમના પછી ડેવિડ હાર્ટલી (1997-2002) અને ફ્રેન્ક એલન (2002-2008) આવ્યા હતા. કોલિન ગ્રૂમને 1 ઓક્ટોબર 2008 થી સપ્ટેમ્બર 2017 સુધી એક્ઝિક્યુટિવ ડિરેક્ટર તરીકે નિયુક્ત કરવામાં આવ્યા હતા. અને તાજેતરમાં, જુર્ગન હાર્ટરને જૂન 2018 માં સી. ઈ. ઓ. તરીકે નિયુક્ત કરવામાં આવ્યા હતા. સી. સી. ડી. સી. સોફ્ટવેર ઉત્પાદનો જીવન વિજ્ઞાન અને સ્ફટિકશાસ્ત્રમાં એપ્લિકેશન્સમાં સ્ફટિકીય માહિતીના ઉપયોગ માટે વૈવિધ્યસભર છે. આ સોફ્ટવેર વિકાસ અને માર્કેટિંગનો મોટાભાગનો હિસ્સો સી. સી. ડી. સી. સોફ્ટવેર લિમિટેડ (1998માં સ્થપાયેલી) દ્વારા હાથ ધરવામાં આવે છે, જે સંપૂર્ણ માલિકીની પેટાકંપની છે, જે તેનો તમામ નફો સી. સી. ડી. સી. ને પરત કરે છે. સી. સી. ડી. સી. એક સ્વ-વહીવટ સંસ્થા હોવા છતાં, તે કેમ્બ્રિજ યુનિવર્સિટી સાથે ગાઢ સંબંધો જાળવી રાખે છે, અને યુનિવર્સિટી ભાગીદાર સંસ્થા છે જે અનુસ્નાતક વિદ્યાર્થીઓને ઉચ્ચ ડિગ્રી (પીએચડી, એમફિલ) માટે તાલીમ આપવા માટે લાયક છે. સી. સી. ડી. સી. એ ઓક્ટોબર 2013 માં યુ. એસ. માં યુ. એસ. એપ્લિકેશન્સ અને સપોર્ટ ઓપરેશન્સની સ્થાપના કરી હતી, શરૂઆતમાં રુટજર્સ, સ્ટેટ યુનિવર્સિટી ઓફ ન્યૂ જર્સી ખાતે, જ્યાં તે આર. સી. એસ. બી. પ્રોટીન ડેટા બેંક સામગ્રી સાથે સહ-સ્થિત છે. સી. એસ. ડી. દર વર્ષે આશરે 50,000 નવા માળખાઓ સાથે અપડેટ થાય છે, અને હાલની એન્ટ્રીઓમાં સુધારા સાથે. રીપોઝીટરીમાં એન્ટ્રીઓ (માળખાઓ) પીઅર-રીવ્યૂ વૈજ્ઞાનિક સાહિત્યમાં અનુરૂપ એન્ટ્રી દેખાતા જ જાહેર પ્રવેશ માટે બહાર પાડવામાં આવે છે. દરમિયાન, માહિતી પણ જમા કરી શકાય છે અને સી. એસ. ડી. સંચાર તરીકે ઓળખાતા વૈજ્ઞાનિક લેખ વિના સી. એસ. ડી. દ્વારા સીધી પ્રકાશિત કરી શકાય છે. સમયાંતરે, CSD હોલ્ડિંગ્સની પહોળાઈ વિશેના સામાન્ય આંકડાઓ નોંધવામાં આવે છે, ઉદાહરણ તરીકે જાન્યુઆરી 2014નો અહેવાલ. સારાંશ આંકડાઓ નીચે મુજબ છેઃ જાન્યુઆરી 2019 સુધીમાં, CSD ભંડારમાં માળખાઓના પ્રકાશનની દ્રષ્ટિએ ટોચના 25 વૈજ્ઞાનિક સામયિકો હતાઃ 1. માળખાઓનો અહેવાલ Inorg માં આપવામાં આવ્યો હતો. કેમ. 2. ડાલ્ટન અને જે. કેમમાં માળખાઓની જાણ કરવામાં આવી હતી. સો., ડાલ્ટન ટ્રાન્સ. 3. ઓર્ગેનોમેટાલિક્સ 4 માં માળખાઓની જાણ કરવામાં આવી હતી. જે. માં માળખાઓની જાણ કરવામાં આવી હતી. એમ. કેમ. સો. 5. એક્ટા ક્રિસ્ટલોગરમાં માળખાઓની જાણ કરવામાં આવી હતી. સંપ્રદાય. ઇ. 6. ચેમમાં માળખાઓની જાણ કરવામાં આવી હતી. યુઆર. જે. 7. જે. ઓર્ગેનોમેટમાં માળખાઓની જાણ કરવામાં આવી હતી. કેમ. 8. એન્જેવમાં માળખાઓની જાણ કરવામાં આવી હતી. કેમ. ઇન્ટ. એડ. 9. ઇનોરગમાં માળખાઓની જાણ કરવામાં આવી હતી. ચીમ. એક્ટા 10. ચેમમાં માળખાઓની જાણ કરવામાં આવી હતી. કોમ્યુનિકેશન. & જે. ચેમ. સો. 11. CSD કોમ્યુનિકેશન્સમાં માળખાઓની જાણ કરવામાં આવી હતી 12. એક્ટા ક્રિસ્ટલોગરમાં માળખાઓની જાણ કરવામાં આવી હતી. સંપ્રદાય. સી 13. પોલિહેડ્રોન 14 માં માળખાઓની જાણ કરવામાં આવી હતી. યુરમાં માળખાઓની જાણ કરવામાં આવી હતી. જે. ઇનોરગ. કેમ. 15. જે. ઓર્ગમાં માળખાઓની જાણ કરવામાં આવી હતી. કેમ. 16. સ્ફટિકમાં માળખાઓની જાણ કરવામાં આવી હતી. વૃદ્ધિ ડેસ. 17. CrystEngComm 18 માં માળખાઓની જાણ કરવામાં આવી હતી. ઓર્ગેનિક લેટર્સ 19 માં માળખાઓની જાણ કરવામાં આવી હતી. Z. અનોર્ગમાં માળખાઓની જાણ કરવામાં આવી હતી. ઓલગ. કેમ. 20. એક્ટા ક્રિસ્ટલોગરમાં માળખાઓની જાણ કરવામાં આવી હતી. સંપ્રદાય. બી 21. ટેટ્રાહેડ્રોન માળખામાં માળખાઓની જાણ કરવામાં આવી હતી જે સીએસડી 22 સાથે ખાનગી સંચાર તરીકે નોંધવામાં આવી હતી. જે. મોલમાં માળખાઓની જાણ કરવામાં આવી હતી. માળખું. 23. ટેટ્રાહેડ્રોન લેટમાં માળખાઓની જાણ કરવામાં આવી હતી. 24. યુરોપમાં માળખાઓની જાણ કરવામાં આવી હતી. જે. ઓર્ગ. કેમ. 25. ન્યૂ જર્નલ ઓફ કેમિસ્ટ્રીમાં માળખાઓની જાણ કરવામાં આવી હતી આ 25 સામયિકો CSDમાં 996,193 અથવા 70.7% માળખાઓમાંથી 704,541 માટે જવાબદાર છે. આ માહિતી દર્શાવે છે કે મોટાભાગની રચનાઓ એક્સ-રે વિવર્તન દ્વારા નક્કી કરવામાં આવે છે, જેમાં 1 ટકાથી ઓછી રચનાઓ ન્યુટ્રોન વિવર્તન અથવા પાવડર વિવર્તન દ્વારા નક્કી કરવામાં આવે છે. ભૂલ-મુક્ત કોઓર્ડિનેટ્સની સંખ્યાને માળખાઓની ટકાવારી તરીકે લેવામાં આવી હતી, જેના માટે CSDમાં 3D કોઓર્ડિનેટ્સ હાજર છે. ઉપર ઉલ્લેખિત માળખા પરિબળ ફાઇલોનું મહત્વ એ છે કે, માળખા ફાઇલ ધરાવતી એક્સ-રે વિવર્તન દ્વારા નિર્ધારિત CSD માળખાઓ માટે, સ્ફટિકલેખક અવલોકન કરેલા માપના અર્થઘટનને ચકાસી શકે છે. વૃદ્ધિનું વલણ ઐતિહાસિક રીતે, CSDમાં માળખાઓની સંખ્યા 1977માં 25,000 માળખાઓનું સીમાચિહ્ન, 1983માં 50,000 માળખાઓનું સીમાચિહ્ન, 1992માં 125,000 માળખાઓનું સીમાચિહ્ન, 2001માં 250,000 માળખાઓનું સીમાચિહ્ન, 2009માં 500,000 માળખાઓનું સીમાચિહ્ન અને 8 જૂન, 2019ના રોજ 1,000,000 માળખાઓનું સીમાચિહ્ન પાર કરીને આશરે ઘાતાંકીય દરે વધી છે. CSDમાં ઉમેરવામાં આવેલું દસ લાખમું માળખું 1-(7,9-ડાયાસિટાઇલ-11-મિથાઈલ-6H-એઝેપિનો [1,2-a] ઇન્ડોલ-6-yl) પ્રોપેન-2-વનનું સ્ફટિક માળખું છે. નોંધઃ 1923-1964 માટેની માહિતી કોષ્ટકની છેલ્લી પંક્તિમાં એકસાથે એકત્રિત કરવામાં આવી છે. ફાઇલ ફોર્મેટ CSD સ્ટ્રક્ચર ડિપોઝિશન માટેનું પ્રાથમિક ફાઇલ ફોર્મેટ, જે 1991ની આસપાસ અપનાવવામાં આવ્યું હતું, તે "ક્રિસ્ટલોગ્રાફિક ઇન્ફર્મેશન ફાઇલ" ફોર્મેટ, CIF છે. જમા કરાયેલી CSD ફાઇલો CIF ફોર્મેટમાં ડાઉનલોડ કરી શકાય છે. માન્ય અને ક્યુરેટેડ CSD ફાઇલોને CSD સિસ્ટમમાં સાધનોનો ઉપયોગ કરીને CIF, MOL, Mol2, PDB, SHELX અને XMol સહિત વિવિધ ફોર્મેટમાં નિકાસ કરી શકાય છે. સી. સી. ડી. સી. જમા કરેલા ડેટાસેટ અને ક્યુરેટેડ સી. એસ. ડી. એન્ટ્રી વચ્ચે તફાવત કરવા માટે બે અલગ અલગ કોડનો ઉપયોગ કરે છે. ઉદાહરણ તરીકે, કાર્બનિક અણુનો એક ચોક્કસ 'સી. એસ. ડી. સંચાર' સી. સી. ડી. સી. માં જમા કરવામાં આવ્યો હતો અને તેને જમા નંબર 'સી. સી. ડી. સી.-991327' સોંપવામાં આવ્યો હતો. આ જમા કરેલા ડેટાની મફત જાહેર ઍક્સેસને મંજૂરી આપે છે. જમા કરેલા ડેટામાંથી, માન્ય અને ક્યુરેટેડ CSD એન્ટ્રી તૈયાર કરવા માટે પસંદ કરેલી માહિતી કાઢવામાં આવે છે જેને રિફકોડ 'MITGUT' સોંપવામાં આવ્યો હતો. ક્યુરેશન પ્રક્રિયાના ભાગરૂપે, CCDC એક અલ્ગોરિધમ, DeCIFer પણ લાગુ કરે છે, જે સંપાદકોને રચનાઓને રસાયણશાસ્ત્ર સોંપવામાં મદદ કરે છે જ્યારે તે રજૂઆતો (દા. ત. બોન્ડના પ્રકારો અને ચાર્જ સોંપણીઓ વગેરે) સબમિટ કરેલી મૂળ સી. આઈ. એફ. ફાઇલોમાં ગુમ થયેલ છે. માન્ય અને ક્યુરેટેડ એન્ટ્રી સી. એસ. ડી. સિસ્ટમ અને વેબસી. એસ. ડી. વિતરણમાં સામેલ છે, જેની ઉપલબ્ધતા યોગ્ય યોગદાન આપનારાઓ સુધી મર્યાદિત છે. માહિતી જોવી CSD માં સેટ કરેલ દરેક માહિતીને મફત ઍક્સેસ સ્ટ્રક્ચર સેવાનો ઉપયોગ કરીને ખુલ્લેઆમ જોઈ અને પુનઃપ્રાપ્ત કરી શકાય છે. આ વેબ-બ્રાઉઝર આધારિત સેવા દ્વારા, વપરાશકર્તાઓ 2D અને 3D માં ડેટા સેટ જોઈ શકે છે, માળખા વિશે કેટલીક મૂળભૂત માહિતી મેળવી શકે છે અને જમા કરેલા ડેટા સેટને ડાઉનલોડ કરી શકે છે. વધુ અદ્યતન શોધ કાર્યો અને ક્યુરેટેડ માહિતી સબ્સ્ક્રિપ્શન આધારિત CSD સિસ્ટમ દ્વારા ઉપલબ્ધ છે. CSD સિસ્ટમનો ઉપયોગ કરવા ઉપરાંત, સ્ટ્રક્ચર ફાઇલોને Jmol જેવા કેટલાક ઓપન સોર્સ કમ્પ્યુટર પ્રોગ્રામ્સમાંથી એકનો ઉપયોગ કરીને જોઈ શકાય છે. કેટલાક અન્ય મફત, પરંતુ ઓપન સોર્સ ન હોય તેવા કાર્યક્રમોમાં એમ. ડી. એલ. ચાઇમ, પીમોલ, યુ. સી. એસ. એફ. ચિમેરા, રાસમોલ, ડબ્લ્યુ. આઇ. એન. જી. એક્સ. નો સમાવેશ થાય છે, સી. સી. ડી. સી. તેના વિઝ્યુલાઇઝેશન પ્રોગ્રામ મર્ક્યુરીનું મફત સંસ્કરણ પ્રદાન કરે છે. 2015થી શરૂ કરીને, સી. સી. ડી. સી. માંથી મર્ક્યુરી સી. એસ. ડી. માં માળખાઓમાંથી 3ડી પ્રિન્ટ તૈયાર ફાઇલ બનાવવાની કાર્યક્ષમતા પણ પ્રદાન કરે છે. ક્રિસ્ટલોગ્રાફિક ડેટાબેઝ મર્ક્યુરી પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર સંદર્ભો બાહ્ય કડીઓ કેમ્બ્રિજ ક્રિસ્ટલોગ્રાફિક ડેટા સેન્ટર (CCDC)-CSD બાયોલોજિકલ ડેટાબેઝની મૂળ સાઇટ યુનાઇટેડ કિંગડમ ક્રિસ્ટલોગ્રાફિક ડેટાબેઝમાં કેમિકલ ઉદ્યોગ ડેટાબેઝ કેમ્બ્રિજશાયરમાં યુનાઇટેડ કિંગડમ વિજ્ઞાન અને તકનીકી ડેટાબેઝ