Morphobank
મોર્ફોબેંક એ સહયોગી ઉત્ક્રાંતિ સંશોધન માટે એક વેબ એપ્લિકેશન છે, ખાસ કરીને ફીનોટાઇપ પર ફિલોજેનેટિક સિસ્ટેમેટિક્સ અથવા ક્લેડિસ્ટિક્સ. ઐતિહાસિક રીતે, ફિલોજેનેટિક સિસ્ટેમેટિક્સ પર સંશોધન કરતા વૈજ્ઞાનિકોએ વ્યક્તિગત રીતે અથવા નાના જૂથોમાં કામ કર્યું છે, જેમાં મેકક્લેડ, મેસ્કાઇટ અને નેક્સસ ડેટા એડિટર જેવા પરંપરાગત સિંગલ-યુઝર સોફ્ટવેર એપ્લિકેશન્સનો ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો છે. જેમ જેમ અભ્યાસ હેઠળની પૂર્વધારણાઓ વધુ જટિલ બની છે, મોટી સંશોધન ટીમો અંદાજિત <ID1 મિલિયન જીવંત પ્રજાતિઓ અને અવશેષોમાંથી જાણીતી હજારો વધુ લુપ્ત પ્રજાતિઓ માટે ટ્રી ઓફ લાઇફની શોધની સમસ્યાનો સામનો કરવા માટે એકઠી થઈ છે. કારણ કે ફીનોટાઇપ મૂળભૂત રીતે દ્રશ્ય છે, અને ફીનોટાઇપ-આધારિત ફિલોજેનેટિક અભ્યાસોએ કદમાં વધારો કરવાનું ચાલુ રાખ્યું છે, તે મહત્વપૂર્ણ બને છે કે નિરીક્ષણોને લેબલ કરેલી છબીઓ દ્વારા સમર્થન આપવામાં આવે. હાલમાં વ્યાપક ઉપયોગમાં લેવાતી પરંપરાગત ડેસ્કટોપ સોફ્ટવેર એપ્લિકેશન્સ ટીમ-આધારિત સંશોધન માટે અથવા છબી હેરફેર અને સંગ્રહ માટે મજબૂત સમર્થન પૂરું પાડતી નથી. ફેનોમિક્સના વધતા વૈજ્ઞાનિક ક્ષેત્ર માટે મોર્ફોબેંક ખાસ કરીને મહત્વપૂર્ણ સાધન છે. મોર્ફોબેંકનો વિકાસ, જે 2001માં શરૂ થયો હતો, તેને નેશનલ સાયન્સ ફાઉન્ડેશનના ડિરેક્ટોરેટ ફોર જીઓસાયન્સિસ, બાયોલોજિકલ સાયન્સિસ અને કમ્પ્યુટર એન્ડ ઇન્ફર્મેશન સાયન્સ એન્ડ એન્જિનિયરિંગ દ્વારા ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવ્યું છે. મોર્ફોબેંક પરના વૈજ્ઞાનિક કાર્યનું મહત્વ અન્ય પ્રકાશનોમાં ન્યૂયોર્ક ટાઈમ્સ (અહીં અને અહીં) માં દર્શાવવામાં આવ્યું છે. ફાયદા જીવનનું વૃક્ષ બનાવવા માટે ફિલોજેનેટિક્સનો અભ્યાસ કરતા વૈજ્ઞાનિકોની ટીમો પ્રજાતિઓ વિશેના અવલોકનોની વિશાળ સ્પ્રેડશીટ્સ ભેગા કરે છે (જેને "મેટ્રિક્સ" તરીકે ઓળખવામાં આવે છે). આ ટીમોને વૈજ્ઞાનિક સંશોધન પ્રોજેક્ટ દરમિયાન ટીમના ડેટાની એક અને સુરક્ષિત નકલ માટે દરેક ટીમના સભ્ય દ્વારા એક સાથે પ્રવેશની જરૂર પડે છે. માહિતીની આ એક નકલ પણ માહિતી સંગ્રહના તબક્કા દરમિયાન ખૂબ જ આવર્તન સાથે બદલાય છે. સમરૂપતા નિવેદનોના દસ્તાવેજીકરણ માટે ખૂબ જ મદદરૂપ થઈ શકે તેવી છબીઓ સમરૂપતા નિવેદનોના વિકાસ સાથે પ્રદર્શિત, લેબલ થયેલ અને શેર થવી આવશ્યક છે. આ એકલા ડેસ્કટોપ સોફ્ટવેર પેકેજ સાથે સુંદર રીતે પૂર્ણ કરી શકાતું નથી કારણ કે ડેસ્કટોપ વાતાવરણમાં દરેક સહયોગી પ્રોજેક્ટ ડેટાની પોતાની ખાનગી નકલ પર કામ કરી રહ્યો છે. એક સહભાગી દ્વારા કરવામાં આવેલા ફેરફારો આપમેળે અન્યને પ્રચાર કરી શકતા નથી, સહયોગીઓને એકબીજાના ડેટા સંપાદનોને ત્યાં સુધી જોવાથી અટકાવે છે જ્યાં સુધી તેઓ જાતે (અને તેમાં સામેલ પ્રયત્નોને કારણે, ઘણીવાર માત્ર સમયાંતરે) એક જ "સાચા" ડેટાસેટમાં ભળી ન જાય. સૌથી નાની અને સૌથી વધુ શિસ્તબદ્ધ ટીમો સિવાય, ફાઇલ સંસ્કરણ નિયંત્રણ અને ડેટાની બહુવિધ નકલો પર કરવામાં આવેલા ફેરફારોનું સમાધાન ઉત્પાદકતા પર નોંધપાત્ર ખેંચાણ તરીકે ઝડપથી ઉભરી આવે છે. મોર્ફોબેંક એ વેબની સર્વવ્યાપકતા અને આધુનિક વેબ-આધારિત એપ્લિકેશન તકનીકોનો લાભ ઉઠાવીને આ મુદ્દાઓને ઉકેલવાનો પ્રયાસ છે, જેમાં એજેક્સ, વેબ સેવા સ્તરો અને સમૃદ્ધ વેબ એપ્લિકેશન્સનો સમાવેશ થાય છે, જે ફિલોજેનેટિક સંશોધન માટે સંપૂર્ણ સુવિધાયુક્ત, નેટ-સુલભ સહયોગી કાર્યસ્થળ પ્રદાન કરે છે. ખાસ કરીને, મોર્ફોબેંક આને સરળ બનાવે છેઃ ભૌગોલિક રીતે અલગ થયેલા ટીમના સભ્યો સાથે તમામ પ્રકારના ડેટા શેર કરો, જેમાં વર્ગીકરણ, પાત્ર અને નમૂનાના ડેટા, મીડિયા (છબીઓ, વિડિયો અને ઓડિયો સહિત), ફિલોજેનેટિક મેટ્રિક્સ (વ્યાપકપણે ઉપયોગમાં લેવાતા નેક્સસ અને ટી. એન. ટી. ફોર્મેટમાં ડેટા સહિત) અને દસ્તાવેજો અને આનુવંશિક ક્રમ જેવા અન્ય ડેટા સામેલ છે. વેબ-આધારિત છબી એનોટેશન એપ્લિકેશનનો ઉપયોગ કરીને ઉચ્ચ-રીઝોલ્યુશન છબીઓને લેબલ કરો. બિલ્ટ-ઇન વેબ-આધારિત મેટ્રિક્સ એડિટરનો ઉપયોગ કરીને ફિલોજેનેટિક મેટ્રિક્સ જેવા પ્રોજેક્ટ ડેટાને સહયોગી રીતે સંપાદિત કરો. સંપાદક લેબલ કરેલી છબીઓને મેટ્રિક્સના વ્યક્તિગત કોષો સાથે જોડવાની મંજૂરી આપે છે. પ્રોજેક્ટ ડેટાની પહોંચને સંચાલિત કરો. સંભવિત સમીક્ષકો માટે ટીમના સભ્યો માટે સંપૂર્ણ ઍક્સેસથી માંડીને અનામી વાંચી શકાય તેવી ઍક્સેસ સુધીની ઍક્સેસ શ્રેણી. સતત યુઆરએલ સાથે પ્રકાશિત કાગળના સમર્થનમાં વેબ પર પૂર્ણ થયેલ પ્રોજેક્ટ ડેટા પ્રકાશિત કરો. ટેક્સોન ઉદાહરણ છબીઓ માટે જીવનના જ્ઞાનકોશમાં શોધો. ઉચ્ચ રીઝોલ્યુશન સીટી ડેટા સંગ્રહિત કરો મેટ્રિક્સ કોષોને અપડેટ કરવા અને વસવાટ કરવા માટે ઓન્ટોલોજી બનાવો. મોટાભાગની હાલની સોફ્ટવેર એપ્લિકેશનોમાં આ કાર્યો મુશ્કેલ અથવા અશક્ય છે. 2001માં નેશનલ સાયન્સ ફાઉન્ડેશન (એન. એસ. એફ.) એ મોર્ફોલોજિકલ ફિલોજેનેટિક્સ માટે સહયોગી, મીડિયા-સમૃદ્ધ સંશોધન સાધન માટે વેબ-આધારિત પ્રણાલીની રૂપરેખા વિકસાવવા માટે ન્યૂયોર્કમાં અમેરિકન મ્યુઝિયમ ઓફ નેચરલ હિસ્ટ્રી ખાતે એક વર્કશોપને પ્રાયોજિત કર્યું હતું. વર્કશોપમાં રજૂ કરાયેલ એપ્લિકેશન પ્રોટોટાઇપ પછીથી વર્કશોપના પ્રતિસાદ સાથે શુદ્ધ કરવામાં આવ્યું હતું અને મોર્ફોબેંક વર્ઝન 1 બની ગયું હતું. યુ. એસ. નેશનલ ઓશનિક એન્ડ એટમોસ્ફેરિક એડમિનિસ્ટ્રેશન તરફથી અનુદાનથી વધુ સુધારાઓ માટે ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવ્યું હતું, જેના પરિણામે 2005માં આવૃત્તિ 2 રજૂ કરવામાં આવી હતી. એન. એસ. એફ. તરફથી વર્તમાન સમર્થન મોર્ફોબેંકને વર્તમાન સુવિધા ઉન્નતીકરણો માટે ભંડોળ પૂરું પાડી રહ્યું છે. મોર્ફોબેંકને ઓક્ટોબર 2021 ના અંત સુધી સ્ટોની બ્રુક યુનિવર્સિટી દ્વારા હોસ્ટ કરવામાં આવ્યું હતું અને અમેરિકન મ્યુઝિયમ ઓફ નેચરલ હિસ્ટ્રી તરફથી બેક અપ સપોર્ટ મળ્યો હતો. વર્તમાન આવૃત્તિ 3.0 છે. ક્લૅડિસ્ટિક્સ જર્નલમાં સોફ્ટવેર માટેના તર્કનું વર્ણન કરવામાં આવ્યું હતું. મોર્ફોબેંકને NESCENT અને સાન ડિએગો સુપરકોમ્પ્યુટર સેન્ટર તરફથી પણ ટેકો મળ્યો છે. 2018 થી, મોર્ફોબેંકને ફોનિક્સ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ દ્વારા આંશિક રીતે ટેકો આપવામાં આવ્યો છે, જે મૂળભૂત વિજ્ઞાન માટે ડેટાબેઝને ટકાવી રાખવા માટે સ્થાપિત બિન-નફાકારક કંપની છે. મોર્ફોબેંકનું સ્ટોની બ્રુક યુનિવર્સિટીમાંથી ફોનિક્સ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સમાં કાયમી સ્થળાંતર ઓક્ટોબર 2021ના અંતમાં પૂર્ણ થયું હતું. સાન ડિએગો સુપરકોમ્પ્યુટર સેન્ટરે અગાઉ મોર્ફોબેંક પ્રોજેક્ટને તકનીકી અને હોસ્ટિંગ સંસાધનો પૂરા પાડ્યા છે. મોર્ફોબેંક ફેનોટાઇપ્સ પર પીઅર-રીવ્યૂ વૈજ્ઞાનિક સંશોધનના ઉત્પાદનોને હોસ્ટ કરે છે. પ્રણાલીગત માહિતીનું વધતું પ્રમાણ "બોર્ન ડિજિટલ" છે અને મોર્ફોબેંક આ પ્રકારની સામગ્રીને સંભાળવા માટે સારી રીતે અનુકૂળ છે. 24 ઓગસ્ટ, 2007ના રોજ, મોર્ફોબેંક દ્વારા 62 સક્રિય સંશોધન પ્રોજેક્ટ્સનું આયોજન કરવામાં આવ્યું હતું, તેમજ 6 પૂર્ણ (અને પ્રકાશિત) પ્રોજેક્ટ્સનું આયોજન કરવામાં આવ્યું હતું. 2017 સુધીમાં 2000 થી વધુ વૈજ્ઞાનિકો અને તેમના વિદ્યાર્થીઓ નોંધાયેલા સામગ્રી નિર્માતાઓ હતા (વપરાશકર્તાઓને નોંધણી કરાવવાની જરૂર નથી અને તેનાથી પણ વધુ સંખ્યામાં છે) અને આશરે 80,000 છબીઓ સાથે 500 થી વધુ સાર્વજનિક રીતે ઉપલબ્ધ પ્રોજેક્ટ્સ છે જે વૈજ્ઞાનિક સંશોધનના ઉત્પાદનો છે. મોર્ફોબેંક દ્વારા 1,500 થી વધુ સક્રિય સંશોધન પ્રોજેક્ટ્સનું આયોજન કરવામાં આવે છે. આ સોફ્ટવેરનો ઉપયોગ સસ્તન પ્રાણીઓ જેવા કે ચામાચીડિયાથી માંડીને વ્હેલ, બિવાલ્વ મોલસ્ક, એરાક્નિડ્સ, અશ્મિભૂત છોડ અને જીવંત અને લુપ્ત એમ્નિઓટ્સ જેવા જૂથો પર ફિલોજેનેટિક સંશોધનને ભેગા કરવા માટે કરવામાં આવ્યો છે. લેસીવિંગ જંતુઓ ગેકોસ, રાપ્ટર પક્ષીઓ, ડાયનાસોર, દેડકા અને નેમાટોડ્સ પર પ્રકાશિત સંશોધન સાથે સંકળાયેલી ક્યુરેટેડ છબીઓને હોસ્ટ કરવા માટે ઉત્ક્રાંતિવાદી અને પેલિયોન્ટોલોજીકલ સંશોધનમાં તેનો વધુ વ્યાપક ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો છે. મોર્ફોબેંકનો ઉપયોગ પેલિયોબાયોલોજી ડેટાબેઝ સાથે વધુને વધુ થાય છે. ઉદાહરણ પ્રકાશિત પ્રોજેક્ટ્સઃ પ્રોજેક્ટ 1097: બ્લેન્ક સીઇ, 2013 તાજા પાણીના વાતાવરણમાં પ્રકાશસંશ્લેષક યુકેરીયોટ્સની ઉત્પત્તિ અને પ્રારંભિક ઉત્ક્રાંતિ-લક્ષણ ઉત્ક્રાંતિના પ્રકાશમાં પ્રોટેરોઝોઇક પેલિયોબાયોલોજી અને બાયોજિઓકેમિકલ પ્રક્રિયાઓનું પુનઃઅર્થઘટન પ્રોજેક્ટ 2520: કાર્વાલ્હો, ટી. પી., આર. ઇ. રીસ, અને જે. પી. ફ્રિલ, 2017 મારાકાઇબો બેસિન, વેનેઝુએલામાંથી હોપલોમીઝોન (સિલુરીફોર્મસઃ એસ્પ્રેડિનિડે) ની નવી પ્રજાતિઓઃ ઉચ્ચ-રીઝોલ્યુશન પ્રોજેક્ટ 2651 નો ઉપયોગ કરીને અસ્થિશાસ્ત્રીય વર્ણનઃ બેરોન, એમ. જી., નોર્મન, ડી. બી., બેરેટ, પી. એમ., 2017 ડાયનાસોર સંબંધોની નવી પૂર્વધારણા અને પ્રારંભિક ડી. વર્ગીકરણ, પાત્ર અને મેટ્રિક્સ-આધારિત ડેટાને મર્જ કરવા માટેના સાધનો તેમજ તેની સહયોગી સુવિધાઓને કારણે મોર્ફોબેંક આવા પ્રોજેક્ટ્સ માટે સારી રીતે અનુકૂળ છે. આ સંશોધનની હાઇલાઇટ્સમાં સાયન્સમાં પ્રકાશિત સસ્તન ઉત્ક્રાંતિ પર સહયોગી મેટ્રિક્સનો સમાવેશ થાય છે જેમાં 80 થી વધુ પ્રજાતિઓ માટે 4,000 થી વધુ ફેનોમિક અક્ષરો, લગભગ 600 છબીઓ દર્શાવતી હાલની બેલીન વ્હેલ પરનું મેટ્રિક્સ અને વધુ શામેલ છે. સંદર્ભો સંદર્ભો. બાહ્ય કડીઓ મોર્ફોબેંકનું હોમ પેજ મોર્ડનાઇઝિંગ ધ ટ્રી ઓફ લાઇફ, સાયન્સ, 10 જૂન 2003,300:1692-1697. જૈવવિવિધતાના મૂલ્યાંકનને સરળ બનાવવા અને ઝડપી બનાવવા માટે મોર્ફોબેંક સહિતના પ્રોજેક્ટના પ્રયાસોની ચર્ચા કરતો લેખ. "મોર્ફોલોજીઃ ધ શેપ ઓફ થિંગ્સ ટુ કમ", પોલ ડી. થાકર, બાયોસાયન્સ, જૂન 2003, વોલ્યુમ. 53 નં. 6, 544. મોર્ફોબેંક સહિત મોર્ફોલોજિકલ સંશોધનમાં સમકાલીન પહેલ પરનો અહેવાલ. વેબ એપ્લિકેશન્સ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ સોફ્ટવેર પેલિયોન્ટોલોજી ઇવોલ્યુશન મોર્ફોલોજી (જીવવિજ્ઞાન) વર્ગીકરણ પ્રજાતિ અવશેષો