BEAST 2
બીઇએએસટી 2 એ મોલેક્યુલર સિક્વન્સના બાયેસિયન વિશ્લેષણ માટેનો ક્રોસ-પ્લેટફોર્મ પ્રોગ્રામ છે. તે અવેજી અને ઘડિયાળના નમૂનાઓની શ્રેણી અને વૃક્ષોના વિવિધ પ્રકારોનો ઉપયોગ કરીને મૂળ, સમયબદ્ધ જાતિવિજ્ઞાનનો અંદાજ કાઢે છે. પ્રમાણભૂત વિશ્લેષણ (જે એક્સ. એમ. એલ. નો ઉપયોગ કરીને નિર્દિષ્ટ કરવામાં આવે છે) સ્થાપિત કરવા માટે બી. ઇ. એ. યુ. ટી. આઈ. નામનું એક સંકળાયેલ સાધન છે. બી. ઈ. એ. એસ. ટી. 2 એ અગાઉના (હજુ પણ સક્રિય રીતે વિકસિત) બી. ઈ. એ. એસ. ટી. કાર્યક્રમનું સંપૂર્ણ પુનર્લેખન છે અને તે કાર્યના મોટા ભાગ પર ધ્યાન દોરે છે. બીઇએએસટી 2 ની એક નોંધપાત્ર વિશેષતા એ પેકેજિંગ સિસ્ટમ છે જેણે નવીન મોડેલોના અમલીકરણની પ્રક્રિયાને સરળ બનાવી છે. બી. ઈ. એ. એસ. ટી. ને કાબૂમાં રાખવું એ સમુદાય સંચાલિત સંસાધન છે જે બી. ઈ. એ. એસ. ટી. 2 અને સંબંધિત ફિલોજેનેટિક સોફ્ટવેરનો ઉપયોગ શીખવે છે. બ્યુટી બ્યુટી એટલે "બાયેસિયન ઇવોલ્યુશનરી એનાલિસિસ યુટિલિટી". તે ગ્રાફિકલ યુઝર ઇન્ટરફેસ (GUI) છે જેનો ઉપયોગ બીઇએસટી 2 માટે ઇનપુટ ફાઇલો બનાવવા માટે થાય છે. તે વપરાશકર્તાઓને તેમના ફિલોજેનેટિક વિશ્લેષણ માટે વિવિધ વિકલ્પો અને સેટિંગ્સને સરળતાથી સ્પષ્ટ કરવાની મંજૂરી આપે છે, જેમ કે ડેટા ફાઇલ, મોલેક્યુલર ઇવોલ્યુશનનું મોડેલ અને મોડેલ પરિમાણોનું પૂર્વ વિતરણ. બીઇએયુટી વપરાશકર્તાઓને એમસીએમસી વિશ્લેષણ માટેના પરિમાણોને સ્પષ્ટ કરવાની પણ મંજૂરી આપે છે, જેમ કે સાંકળની લંબાઈ અને નમૂનાની આવર્તન. આ તેને બીઇએએસટી 2 ચલાવવાની વપરાશકર્તા-મૈત્રીપૂર્ણ રીત બનાવે છે, કારણ કે તે વપરાશકર્તાઓને એક્સએમએલ ઇનપુટ ફાઇલોને જાતે સંપાદિત કરવાની જરૂરિયાતને દૂર કરે છે. બી. ઇ. એ. યુ. ટી. વપરાશકર્તાઓને વિવિધ પેકેજો સરળતાથી સ્થાપિત કરવા અને સંચાલિત કરવાની મંજૂરી આપે છે, જેમ કે મોલેક્યુલર ઇવોલ્યુશન અથવા કોલેસન્ટ મોડેલ્સના મોડેલ્સ. આ પેકેજો સીધા બી. ઇ. એ. યુ. ટી. ની અંદરથી સ્થાપિત કરી શકાય છે. આ પેકેજોને જાતે ડાઉનલોડ અને સ્થાપિત કરવાની જરૂર વગર વિશ્લેષણમાં નવી કાર્યક્ષમતા ઉમેરવાનું સરળ બનાવે છે. સી. બી. એ. એન. કોમ્પ્રિહેન્સિવ બીસ્ટ આર્કાઇવ નેટવર્ક (સી. બી. એ. એન.) એ બીસ્ટ 2 પેકેજો માટેનો સત્તાવાર ભંડાર છે. સી. બી. એ. એન. માં પેકેજો બી. એ. યુ. ટી. આઈ. આઉટ ઓફ ધ બોક્સ દ્વારા સ્થાપિત કરી શકાય છે. લિંગુઆફાયલો A સંબંધિત પ્રોજેક્ટ લિંગુઆફાયલો (LPhy) છે. LPhy એ ઓપનબીયુજીએસ જેવી વાક્યરચના સાથે ફિલોજેનેટિક વિશ્લેષણને વ્યાખ્યાયિત કરવા માટેની સંભવિત પ્રોગ્રામિંગ ભાષા છે. તે હાથથી XML લખવાની જરૂર વગર બીઇએએસટી 2 XML ફાઇલો (અને અન્ય ફિલોજેનેટિક્સ પેકેજો માટે સમાન મોડેલ સ્પષ્ટીકરણો) બનાવવાની રીત પ્રદાન કરે છે. સંદર્ભો બાહ્ય કડીઓ ફિલોજેનેટિક્સ સોફ્ટવેર