Sticky and blunt ends
ડીએનએના છેડા રેખીય ડીએનએ અણુઓના છેડાના ગુણધર્મોનો સંદર્ભ આપે છે, જેને મોલેક્યુલર બાયોલોજીમાં ટર્મિનસ પર પૂરક સેરના આકારના આધારે "સ્ટીકી" અથવા "બ્લન્ટ" તરીકે વર્ણવવામાં આવે છે. ચીકણા છેડાઓમાં, એક સ્ટ્રાન્ડ બીજા કરતા લાંબો હોય છે (સામાન્ય રીતે ઓછામાં ઓછા થોડા ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ દ્વારા), જેમ કે લાંબા સ્ટ્રાન્ડમાં પાયા હોય છે જે જોડી વગર છોડી દેવામાં આવે છે. ભોળા છેડાઓમાં, બંને દોરીઓ સમાન લંબાઈની હોય છે-એટલે કે. તેઓ એક જ પાયાની સ્થિતિ પર સમાપ્ત થાય છે, બંને સ્ટ્રાન્ડ પર કોઈ અનપેયર્ડ બેઝ છોડતા નથી. આ ખ્યાલનો ઉપયોગ મોલેક્યુલર બાયોલોજીમાં, ક્લોનિંગમાં અથવા જ્યારે સબક્લોનિંગ કરવામાં આવે ત્યારે વેક્ટર ડીએનએમાં ડીએનએ દાખલ કરવામાં આવે છે. આવા છેડા પ્રતિબંધ ઉત્સેચકો દ્વારા પેદા થઈ શકે છે જે ચોક્કસ સ્થળોએ અણુના ફોસ્ફોડીસ્ટરની કરોડરજ્જુને તોડી નાખે છે, જે પોતે એક્સોન્યુક્લીઝ અને એન્ડોન્યુક્લીઝ નામના ઉત્સેચકોના મોટા વર્ગના છે. એક પ્રતિબંધ ઉત્સેચક કે જે બિન-અડીને સ્થાનો પર બંને સેરના કરોડરજ્જુને કાપી નાખે છે, તે બે ઓવરલેપિંગ સ્ટીકી છેડા ઉત્પન્ન કરે છે, જ્યારે એક ઉત્સેચક કે જે સીધો કટ બનાવે છે (બંને સેર પર એકબીજાથી સીધા જ સ્થાનો પર) બે ભોળા છેડા ઉત્પન્ન કરે છે. સિંગલ-સ્ટ્રેન્ડેડ ડીએનએ પરમાણુ એક સિંગલ-સ્ટ્રેન્ડેડ બિન-ગોળાકાર ડીએનએ અણુમાં બે બિન-સમાન અંત હોય છે, 3 'અંત અને 5' અંત (સામાન્ય રીતે "ત્રણ મુખ્ય અંત" અને "પાંચ મુખ્ય અંત" ઉચ્ચારવામાં આવે છે). આ સંખ્યાઓ ડીઓક્સીરીબોઝમાં કાર્બન અણુઓની સંખ્યાનો સંદર્ભ આપે છે, જે ડીએનએ પરમાણુના કરોડરજ્જુનો એક મહત્વપૂર્ણ ભાગ બનાવતી ખાંડ છે. ડીએનએની કરોડરજ્જુમાં એક ડીઓક્સીરીબોઝનું 5 'કાર્બન ફોસ્ફોડીસ્ટર બોન્ડ જોડાણ દ્વારા બીજાના 3' કાર્બન સાથે જોડાયેલું છે. આ ડિઓક્સિરાઇબોઝનું 5 'કાર્બન ફરીથી પછીના 3' કાર્બન સાથે જોડાયેલું છે, અને તેથી આગળ. ડબલ-સ્ટ્રેન્ડેડ અણુઓમાં ભિન્નતા જ્યારે ડીએનએનો અણુ ડબલ સ્ટ્રેન્ડેડ હોય છે, જેમ કે ડીએનએ સામાન્ય રીતે હોય છે, ત્યારે બે સ્ટ્રેન્ડ વિરુદ્ધ દિશામાં ચાલે છે. તેથી, પરમાણુના એક છેડે સ્ટ્રાન્ડ 1નો 3 'અંત અને સ્ટ્રાન્ડ 2નો 5' અંત હશે, અને બીજા છેડે તેનાથી ઊલટું હશે. જો કે, અણુ બે ફસાયેલા છે તે હકીકત અસંખ્ય વિવિધ ફેરફારોને મંજૂરી આપે છે. ડબલ સ્ટ્રેન્ડેડ પરમાણુના સૌથી સરળ ડીએનએ અંતને બ્લન્ટ એન્ડ કહેવામાં આવે છે. બ્લન્ટ છેડાઓને બિન-સંયોજક છેડા તરીકે પણ ઓળખવામાં આવે છે. બ્લન્ટ-એન્ડેડ મોલેક્યુલમાં, બંને સ્ટ્રેન્ડ બેઝ જોડીમાં સમાપ્ત થાય છે. બાયોટેકનોલોજીમાં બ્લન્ટ એન્ડ હંમેશા ઇચ્છનીય નથી કારણ કે જ્યારે ડીએનએ લિગેઝનો ઉપયોગ બે અણુઓને એકમાં જોડવા માટે કરવામાં આવે છે, ત્યારે બ્લન્ટ એન્ડ સાથે ઉપજ નોંધપાત્ર રીતે ઓછી હોય છે. સબક્લોનિંગ કરતી વખતે, તેમાં ઇચ્છિત વિરુદ્ધ દિશામાં સંભવિત રીતે ઇન્સર્ટ ડીએનએ દાખલ કરવાનો ગેરલાભ પણ છે. બીજી બાજુ, ભોળા છેડા હંમેશા એકબીજા સાથે સુસંગત હોય છે. અહીં બ્લન્ટ-એન્ડેડ ડીએનએના નાના ટુકડાનું ઉદાહરણ છેઃ 5 '-GATCTGACTGGGT-3'-CTAGACTGACT-5 'ઓવરહેંગ્સ અને સ્ટીકી એન્ડ નોન-બ્લન્ટ એન્ડ વિવિધ ઓવરહેંગ્સ દ્વારા બનાવવામાં આવે છે. ઓવરહેંગ એ ડીએનએ પરમાણુના અંતમાં જોડી વગરના ન્યુક્લિયોટાઇડ્સનો વિસ્તાર છે. આ અનપેયર્ડ ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ ક્યાં તો સ્ટ્રાન્ડમાં હોઈ શકે છે, જે 3 'અથવા 5' ઓવરહેંગ્સ બનાવે છે. આ ઓવરહેંગ્સ મોટા ભાગના કિસ્સાઓમાં પેલિનડ્રોમિક હોય છે. ઓવરહેંગનો સૌથી સરળ કેસ એક જ ન્યુક્લિયોટાઇડ છે. આ મોટેભાગે એડેનિન હોય છે અને કેટલાક ડીએનએ પોલિમરેઝ દ્વારા 3 'ઓવરહેંગ તરીકે બનાવવામાં આવે છે. સામાન્ય રીતે આનો ઉપયોગ આવા એન્ઝાઇમ દ્વારા બનાવવામાં આવેલા પી. સી. આર. ઉત્પાદનોના ક્લોનિંગમાં થાય છે. ઉત્પાદન 3 'થાઇમીન ઓવરહેંગ સાથે રેખીય ડીએનએ પરમાણુ સાથે જોડાયેલું છે. એડેનિન અને થાઇમિન એક આધાર જોડી બનાવે છે, તેથી તે લિગેઝ દ્વારા બે અણુઓને જોડવાની સુવિધા આપે છે, જેનાથી ગોળાકાર અણુ મળે છે. અહીં એ-ઓવરહેંગનું ઉદાહરણ છેઃ 5 '-એ. ટી. સી. ટી. જી. એ. સી. ટી.-3'-ટી. એ. જી. એ. સી. ટી. જી. એ-5 'લાંબા ઓવરહેંગને કોહેસિવ એન્ડ અથવા સ્ટીકી એન્ડ કહેવામાં આવે છે. જ્યારે તેઓ ડીએનએને કાપી નાખે છે ત્યારે તેઓ મોટે ભાગે પ્રતિબંધ એન્ડોન્યુક્લીઝ દ્વારા બનાવવામાં આવે છે. ઘણી વાર તેઓ બે ડીએનએ સ્ટ્રેન્ડ્સને એકબીજાથી ચાર બેઝ જોડીને કાપી નાખે છે, એક અણુમાં ચાર-બેઝ 3 'ઓવરહેંગ અને બીજામાં પૂરક 3' ઓવરહેંગ બનાવે છે. આ છેડાઓને સુસંગત કહેવામાં આવે છે કારણ કે તેઓ સરળતાથી લિગેઝ દ્વારા એક સાથે જોડાય છે. ઉદાહરણ તરીકે, આ બે "ચીકણા" છેડા સુસંગત છેઃ 5 '-એ. ટી. સી. ટી. જી. એ. ટી. જી. સી. ટી.-3'-એ. ટી. જી. એ. સી. ટી. જી. ટી. જી. સી. ટી.-3 '-એ. ટી. જી. એ. સી. ટી. જી. ટી. જી. સી. ટી.-3'-એ. ટી. જી. એ. સી. ટી. જી. ટી. જી. સી. ટી.-3 '-એ. ટી. જી. એ. સી. ટી. જી. ટી. જી. સી. ટી.-3'-એ. ટી. જી. એ. સી. ટી. જી. ટી. જી. ટી. જી. ટી. જી. ટી. જી. ટી. જી. ટી. જી. ટી. જી. ટી. જી. જી. ટી. જી. ટી. જી લિગેઝ કામ કરે તે માટે ઓવરહેંગ્સ પૂરક હોવા જોઈએ, તેથી બે અણુઓ માત્ર એક જ દિશામાં જોડાઈ શકે છે. મોલેક્યુલર બાયોલોજીમાં આ ઘણીવાર અત્યંત ઇચ્છનીય છે. ડીએનએના દરેક એક સ્ટ્રાન્ડની આજુબાજુ, આપણે સામાન્ય રીતે થાઇમીન સાથે એડેનિન જોડી અને નીચે વર્ણવ્યા મુજબ સમાંતર પૂરક સ્ટ્રાન્ડ બનાવવા માટે ગુઆનિન સાથે સાયટોસિન જોડી જોઈએ છીએ. બે ન્યુક્લિયોટાઇડ સિક્વન્સ કે જે આ રીતે એકબીજાને અનુરૂપ હોય છે તેને પૂરક તરીકે ઓળખવામાં આવે છેઃ 5 '-એ. ટી. સી. ટી. જી. એ. સી. ટી.-3'-ટી. એ. જી. એ. સી. ટી. જી. એ.-5 'એક ભાંગી પડેલો છેડો એ અંતની નજીકના ડબલ સ્ટ્રેન્ડેડ (અથવા અન્ય મલ્ટી-સ્ટ્રેન્ડેડ) ડી. એન. એ. અણુનો વિસ્તાર છે જે બિન-પૂરક સિક્વન્સના નોંધપાત્ર પ્રમાણ સાથે છે; એટલે કે, એક ક્રમ જ્યાં નજીકના સ્ટ્રેન્ડ્સ પરના ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ યોગ્ય રીતે મેળ ખાતા નથીઃ 5'-એ. ટી. સી. ટી. જી. એ. ટી. જી. એ. જી. સી. એ.-3 '-ટી. એ. જી. એ. સી. ટી. જી. એ. સી. ટી. જી.-5' શબ્દ 'ફ્રેડેડ' નો ઉપયોગ થાય છે કારણ કે ખોટી રીતે મેળ જો કે ડબલ સ્ટ્રેન્ડેડ ડીએનએની મધ્યમાં બિન-પૂરક સિક્વન્સ પણ શક્ય છે, તેમ છતાં અંતથી દૂર મેળ ન ખાતા પ્રદેશોને "ફ્રેઇડ" તરીકે ઓળખવામાં આવતા નથી. ડિસ્કવરી રોનાલ્ડ ડબલ્યુ. ડેવિસે સૌપ્રથમ ઇકોઆરઆઈ, પ્રતિબંધ એન્ડોન્યુક્લીઝની ક્રિયાના ઉત્પાદન તરીકે ચીકણા છેડાઓની શોધ કરી હતી. સ્ટ્રેન્થ સ્ટીકી એન્ડ લિંક્સ તેમની સ્થિરતામાં અલગ છે. રચનાની મુક્ત ઊર્જાને સ્થિરતાનો અંદાજ કાઢવા માટે માપી શકાય છે. ઓલિગોન્યુક્લિયોટાઇડ યુવી થર્મલ ડિનેચ્યુરેશન વણાંકો સાથે સંબંધિત ડેટામાંથી વિવિધ સિક્વન્સ માટે મુક્ત ઊર્જા અંદાજો કરી શકાય છે. મોલેક્યુલર ડાયનામિક્સ સિમ્યુલેશનની આગાહીઓ પણ દર્શાવે છે કે કેટલીક સ્ટીકી એન્ડ લિંક્સ અન્ય કરતા વધુ મજબૂત હોય છે. સંદર્ભો સેમ્બ્રુક, જોસેફ; ડેવિડ રસેલ (2001). મોલેક્યુલર ક્લોનિંગઃ એક પ્રયોગશાળા માર્ગદર્શિકા. ન્યૂ યોર્કઃ કોલ્ડ સ્પ્રિંગ હાર્બર લેબોરેટરી પ્રેસ. ડીએનએ આનુવંશિક તકનીકો મોલેક્યુલર બાયોલોજી