Small Molecule Pathway Database
સ્મોલ મોલેક્યુલ પાથવે ડેટાબેઝ (SMPDB) એક વ્યાપક, ઉચ્ચ ગુણવત્તાવાળું, મુક્ત રીતે સુલભ, ઓનલાઇન ડેટાબેઝ છે જેમાં 600 થી વધુ નાના મોલેક્યુલ (એટલે કે. મેટાબોલિક) માર્ગો મનુષ્યોમાં જોવા મળે છે. એસ. એમ. પી. ડી. બી. ખાસ કરીને મેટાબોલોમિક્સ, ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક્સ, પ્રોટિઓમિક્સ અને સિસ્ટમ્સ બાયોલોજીમાં માર્ગ સ્પષ્ટતા અને માર્ગ શોધને ટેકો આપવા માટે રચાયેલ છે. તે આંશિક રીતે, પાંચ પ્રકારના નાના પરમાણુ માર્ગોની રંગીન, વિગતવાર, સંપૂર્ણ રીતે શોધી શકાય તેવી, હાઇપરલિંક્ડ આકૃતિઓ પ્રદાન કરીને આમ કરવામાં સક્ષમ છેઃ 1) સામાન્ય માનવ ચયાપચયના માર્ગો; 2) માનવ ચયાપચય રોગના માર્ગો; 3) માનવ ચયાપચય સંકેત માર્ગો; 4) દવા-ક્રિયા માર્ગો અને 5) દવા ચયાપચયના માર્ગો. SMPDB માર્ગોને ગૂગલ મેપ્સ જેવા ઇન્ટરફેસનો ઉપયોગ કરીને ક્રિયાપ્રતિક્રિયાત્મક રીતે નેવિગેટ, જોઈ અને ઝૂમ કરી શકાય છે. તમામ SMPDB માર્ગોમાં સંબંધિત અંગો, ઉપકોષીય વિભાગો, પ્રોટીન સહ-પરિબળો, પ્રોટીન સ્થાનો, ચયાપચય સ્થાનો, રાસાયણિક માળખાઓ અને પ્રોટીન ચતુર્થાંશ માળખાઓ (આકૃતિ. 1). એસ. એમ. પી. ડી. બી. માં દરેક નાના પરમાણુ એચ. એમ. ડી. બી. અથવા ડ્રગબેંકમાં સમાવિષ્ટ વિગતવાર વર્ણનો સાથે હાયપરલિંક થયેલ છે અને દરેક પ્રોટીન અથવા એન્ઝાઇમ સંકુલ યુનિપ્રોટ સાથે હાયપરલિંક થયેલ છે. વધુમાં, તમામ SMPDB માર્ગો વિગતવાર વર્ણન અને સંદર્ભો સાથે છે, જે દરેક આકૃતિમાં દર્શાવેલ માર્ગ, સ્થિતિ અથવા પ્રક્રિયાઓનું વિહંગાવલોકન પ્રદાન કરે છે. વપરાશકર્તાઓ SMPDB બ્રાઉઝ કરી શકે છે (આકૃતિ. 2) અથવા લખાણ શોધ દ્વારા તેની સામગ્રી શોધો (આકૃતિ. 3), અનુક્રમ શોધ, અથવા રાસાયણિક માળખું શોધ. જનીન અથવા પ્રોટીન નામો, દવાના નામો, મેટાબોલાઇટ નામો, જેનબેંક આઇ. ડી., સ્વિસ-પ્રોટ આઇ. ડી., એજિલેન્ટ અથવા એફિમેટ્રિક્સ માઇક્રોએરે આઇ. ડી. ની સૂચિ સાથે શોધ કરવા સહિત વધુ શક્તિશાળી પ્રશ્નો પણ શક્ય છે. આ પ્રશ્નો મેળ ખાતા માર્ગોની સૂચિ બનાવશે અને દરેક માર્ગ આકૃતિ પર મેળ ખાતા અણુઓને પ્રકાશિત કરશે. એસ. એમ. પી. ડી. બી. ના મેપિંગ ઇન્ટરફેસ દ્વારા જનીન, મેટાબોલાઇટ અને પ્રોટીન સાંદ્રતાના ડેટાની પણ કલ્પના કરી શકાય છે. SMPDB એ મેટાબોલોમિક્સ ડેટાબેઝના સ્યુટનો એક ભાગ છે જેમાં હ્યુમન મેટાબોલોમ ડેટાબેઝ, ડ્રગબેંક અને ટોક્સિન અને ટોક્સિન-ટાર્ગેટ ડેટાબેઝ (T3DB) નો પણ સમાવેશ થાય છે. જ્યારે ડ્રગબેંકમાં 7000 દવાઓ અને> 4200 બિન-બિનજરૂરી દવા લક્ષ્યો, ઉત્સેચકો, પરિવહનકારો અને વાહકો વિશેની માહિતી શામેલ છે, ત્યારે એચ. એમ. ડી. બી. માનવ શરીરમાં જોવા મળતા 40,000 થી વધુ નાના પરમાણુ ચયાપચય ધરાવે છે. આ સ્યુટ તેના 3100 થી વધુ સામાન્ય ઝેરી પદાર્થો અને 1300 થી વધુ અનુરૂપ ઝેર લક્ષ્યો સાથે T3DB દ્વારા પૂરક છે. SMPDBનું પ્રથમ સંસ્કરણ 1 જાન્યુઆરી, 2010ના રોજ બહાર પાડવામાં આવ્યું હતું. આ પ્રકાશનમાં નાના પરમાણુ માર્ગો માટે 350 થી વધુ છબી-નકશા કરેલા માર્ગો હતા. વ્યૂઅર ઇન્ટરફેસ 3-સ્ટેપ (નાના, મધ્યમ, મોટા) ઝૂમ સાથે સ્ક્રોલ-બાર ઇમેજ નેવિગેશન સુધી મર્યાદિત હતું. આ પ્રથમ સંસ્કરણમાં માર્ગો 1) માનવ ચયાપચયના માર્ગો; 2) માનવ ચયાપચય રોગના માર્ગો; અને 3) માનવ ચયાપચય સંકેત માર્ગો સુધી મર્યાદિત હતા. SMPDBનું બીજું સંસ્કરણ 2014માં બહાર પાડવામાં આવ્યું હતું. આ સંસ્કરણમાં 620 થી વધુ નાના અણુ માર્ગો હતા. દર્શક ઈન્ટરફેસને ક્લિક-એન-ડ્રેગ ઈમેજ નેવિગેશન અને અમર્યાદિત, ઇન્ટરેક્ટિવ ઝૂમ સાથે ગૂગલ-મેપ જેવા ઈન્ટરફેસનો સમાવેશ કરવા માટે ઉન્નત કરવામાં આવ્યું હતું. આ બીજા સંસ્કરણમાં માર્ગોને વિસ્તૃત કરવામાં આવ્યા હતા જેમાં નીચેનાનો સમાવેશ થાય છેઃ 1) સામાન્ય માનવ ચયાપચય માર્ગો; 2) માનવ ચયાપચય રોગ માર્ગો; 3) માનવ ચયાપચય સંકેત માર્ગો; 4) દવા ક્રિયા માર્ગો અને 5) દવા ચયાપચય માર્ગો. KEGG HMDB ડ્રગબેંક રિએક્ટોમ મેટાસાયક જૈવિક ડેટાબેસેસની સૂચિ સંદર્ભો મેટાબોલોમિક ડેટાબેસેસ તબીબી ડેટાબેસેસ જૈવિક ડેટાબેસેસ પણ જુઓ.