Human Metabolome Database
હ્યુમન મેટાબોલોમ ડેટાબેઝ (એચ. એમ. ડી. બી.) એ માનવ શરીરમાં જોવા મળતા નાના મોલેક્યુલ મેટાબોલાઇટ્સનો વ્યાપક, ઉચ્ચ ગુણવત્તાવાળો, મુક્તપણે સુલભ, ઓનલાઇન ડેટાબેઝ છે. તે જીનોમ કેનેડા દ્વારા ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવેલ હ્યુમન મેટાબોલોમ પ્રોજેક્ટ દ્વારા બનાવવામાં આવ્યું છે અને તે પ્રથમ સમર્પિત મેટાબોલોમિક્સ ડેટાબેઝમાંનું એક છે. એચએમડીબી માનવ ચયાપચય સંશોધનની સુવિધા આપે છે, જેમાં એન. એમ. આર. સ્પેક્ટ્રોસ્કોપી, જીસી-એમએસ સ્પેક્ટ્રોમેટ્રી અને એલસી/એમએસ સ્પેક્ટ્રોમેટ્રીનો ઉપયોગ કરીને માનવ ચયાપચયની ઓળખ અને લાક્ષણિકતાઓનો સમાવેશ થાય છે. આ શોધ પ્રક્રિયામાં મદદ કરવા માટે, એચએમડીબીમાં ત્રણ પ્રકારની માહિતી હોય છેઃ 1) રાસાયણિક માહિતી, 2) તબીબી માહિતી, અને 3) મોલેક્યુલર બાયોલોજી/બાયોકેમિસ્ટ્રી માહિતી (આકૃતિ. 1-3). રાસાયણિક ડેટામાં લગભગ 10,000 એન. એમ. આર., જી. સી.-એમ. એસ. અને એલ. સી./એમ. એસ. સ્પેક્ટ્રા સાથે વિગતવાર વર્ણન સાથે 41,514 મેટાબોલાઇટ માળખાઓનો સમાવેશ થાય છે. ક્લિનિકલ ડેટામાં> 10,000 મેટાબોલાઇટ-બાયોફ્લુઇડ સાંદ્રતા અને 600 થી વધુ વિવિધ માનવ રોગો પર મેટાબોલાઇટ સાંદ્રતા માહિતીનો સમાવેશ થાય છે. બાયોકેમિકલ ડેટામાં 5,688 પ્રોટીન (અને ડીએનએ) સિક્વન્સ અને 5,000 થી વધુ બાયોકેમિકલ પ્રતિક્રિયાઓનો સમાવેશ થાય છે જે આ મેટાબોલાઇટ એન્ટ્રીઓ સાથે જોડાયેલી છે. એચ. એમ. ડી. બી. માં દરેક મેટાબોલાઇટ એન્ટ્રીમાં 110 થી વધુ ડેટા ક્ષેત્રો છે, જેમાં બે તૃતીયાંશ માહિતી રાસાયણિક/ક્લિનિકલ ડેટા માટે સમર્પિત છે અને અન્ય એક તૃતીયાંશ એન્ઝાઇમેટિક અથવા બાયોકેમિકલ ડેટા માટે સમર્પિત છે. ઘણા ડેટા ક્ષેત્રો અન્ય ડેટાબેઝ (KEGG, MetaCyc, પબકેમ, પ્રોટીન ડેટા બેંક, ChEBI, સ્વિસ-પ્રોટ અને જેનબેંક) અને વિવિધ માળખા અને પાથવે વ્યૂઇંગ એપ્લેટ્સ સાથે હાઇપરલિંક થયેલ છે. એચએમડીબી ડેટાબેઝ વ્યાપક લખાણ, ક્રમ, વર્ણપટ, રાસાયણિક માળખું અને સંબંધિત ક્વેરી શોધોને ટેકો આપે છે. તેનો મેટાબોલોમિક્સ, ક્લિનિકલ રસાયણશાસ્ત્ર, બાયોમાર્કર શોધ અને સામાન્ય બાયોકેમિસ્ટ્રી શિક્ષણમાં વ્યાપકપણે ઉપયોગ કરવામાં આવે છે. ચાર વધારાના ડેટાબેઝ, ડ્રગબેંક, T3DB, SMPDB અને FoODB પણ ડેટાબેઝના HMDB સ્યુટનો ભાગ છે. ડ્રગબેંકમાં ~ 1,600 ડ્રગ અને ડ્રગ મેટાબોલાઇટ્સ પર સમકક્ષ માહિતી હોય છે, T3DBમાં 3,100 સામાન્ય ઝેર અને પર્યાવરણીય પ્રદૂષકો પર માહિતી હોય છે, SMPDBમાં 700 માનવ ચયાપચય અને રોગના માર્ગો માટે માર્ગ આકૃતિઓ હોય છે, જ્યારે FooDBમાં ~ 28,000 ખાદ્ય ઘટકો અને ખાદ્ય ઉમેરણો પર સમકક્ષ માહિતી હોય છે. એચએમડીબીનું પ્રથમ સંસ્કરણ 1 જાન્યુઆરી, 2007ના રોજ બહાર પાડવામાં આવ્યું હતું, ત્યારબાદ બે અનુગામી સંસ્કરણો 1 જાન્યુઆરી, 2009 (સંસ્કરણ 2), 1 ઓગસ્ટ, 2009 (સંસ્કરણ 2), 18 સપ્ટેમ્બર, 2012 (સંસ્કરણ 3) અને 1 જાન્યુઆરી, 2013 (સંસ્કરણ 3), 2017 (સંસ્કરણ 4)., 2022 (સંસ્કરણ 5). દરેક મુખ્ય એચ. એમ. ડી. બી. આવૃત્તિઓ (આવૃત્તિ 5 સુધી) માટેની વિગતો કોષ્ટક 1 માં આપવામાં આવી છે. અવકાશ અને પહોંચ એચએમડીબીમાં તમામ માહિતી બિન-માલિકીની છે અથવા બિન-માલિકીના સ્રોતમાંથી મેળવવામાં આવી છે. તે મુક્તપણે સુલભ છે અને કોઈપણ માટે ઉપલબ્ધ છે. વધુમાં, લગભગ દરેક ડેટા આઇટમ સંપૂર્ણપણે શોધી શકાય છે અને સ્પષ્ટ રીતે મૂળ સ્રોતનો સંદર્ભ આપે છે. એચએમડીબી ડેટા જાહેર વેબ ઈન્ટરફેસ અને ડાઉનલોડ દ્વારા ઉપલબ્ધ છે. KEGG ડ્રગબેંક SMPDB મેટાસાયક બોવાઇન મેટાબોલોમ ડેટાબેઝ મેટાબોલોમ મેટાબોલોમિક્સ લિસ્ટ ઓફ બાયોલોજિકલ ડેટાબેઝ સંદર્ભો મેટાબોલોમિક ડેટાબેઝ મેડિકલ ડેટાબેઝ બાયોલોજિકલ ડેટાબેઝ ફૂડ ડેટાબેઝ હ્યુમન મેટાબોલાઇટ્સ