Random coil index
રેન્ડમ કોઇલ ઇન્ડેક્સ (આર. સી. આઈ.) બેકબોન સેકન્ડરી કેમિકલ શિફ્ટ્સની વ્યસ્ત ભારિત સરેરાશની ગણતરી કરીને અને મોડેલ-ફ્રી ઓર્ડર પરિમાણોના મૂલ્યો તેમજ એન. એમ. આર. ના પ્રતિ-અવશેષ આર. એમ. એસ. ડી. અને આ પરિમાણમાંથી મોલેક્યુલર ડાયનેમિક્સ એન્સેમ્બલની આગાહી કરીને પ્રોટીનની લવચીકતાની આગાહી કરે છે. પ્રોટીનની લવચીકતાનો અભ્યાસ કરવાની હાલની પદ્ધતિઓ પર આ પ્રોટોકોલના મુખ્ય ફાયદા એ છે કે તેને પ્રોટીનની તૃતીય માળખાના પૂર્વ જ્ઞાનની જરૂર નથી, તે પ્રોટીનના એકંદર ટમ્બલિંગ પ્રત્યે સંવેદનશીલ નથી અને તેને બેકબોન સોંપણીઓ માટે પ્રમાણભૂત પ્રયોગો ઉપરાંત વધારાના એન. એમ. આર. માપનની જરૂર નથી. પ્રોટીનની લવચીકતાને લાક્ષણિકતા આપવા માટે ગૌણ રાસાયણિક પરિવર્તનોનો ઉપયોગ એ ધારણા પર આધારિત છે કે રાસાયણિક પરિવર્તનની રેન્ડમ કોઇલ મૂલ્યોની નિકટતા એ પ્રોટીનની ગતિશીલતામાં વધારો દર્શાવે છે, જ્યારે રેન્ડમ કોઇલ મૂલ્યોમાંથી નોંધપાત્ર તફાવતો પ્રમાણમાં કઠોર માળખાના સંકેત છે. તેમ છતાં કઠોર અવશેષોની રાસાયણિક પાળી રક્ષણ અને ડિસહીલ્ડિંગ અસરોના તુલનાત્મક યોગદાનના પરિણામે રેન્ડમ કોઇલ મૂલ્યો અપનાવી શકે છે (દા. ત. વળાંકના ખૂણાઓ, હાઇડ્રોજન બંધ, રિંગ પ્રવાહો વગેરેમાંથી. ), બહુવિધ ન્યુક્લિયસમાંથી એક જ પરિમાણમાં રાસાયણિક પાળીનું સંયોજન આ લવચીકતા ખોટા હકારાત્મકતાના પ્રભાવને ઘટાડવાની મંજૂરી આપે છે. સુધારેલ કામગીરી લવચીક પ્રદેશો વિરુદ્ધ કઠોર પ્રદેશોમાં એમિનો એસિડ અવશેષો વચ્ચે મળી આવતા વિવિધ ન્યુક્લિયસમાંથી રેન્ડમ કોઇલ રાસાયણિક પાળીની વિવિધ સંભાવનાઓમાંથી ઉદ્ભવે છે. લાક્ષણિક રીતે, કઠોર હેલિસીસ અથવા કઠોર બીટા-સ્ટ્રેન્ડ્સમાંના અવશેષોમાં ગતિશીલ પ્રદેશોમાં અવશેષોની સરખામણીમાં તેમની કરોડરજ્જુની પાળીમાં એક કરતાં વધુ રેન્ડમ કોઇલ રાસાયણિક સ્થળાંતર થવાની સંભાવના ઓછી હોય છે. આર. સી. આઈ. ની વાસ્તવિક ગણતરીમાં કેટલાક વધારાના પગલાઓનો સમાવેશ થાય છે જેમાં કેટલાક નજીકના અવશેષો પર ગૌણ પાળીને સરળ બનાવવી, પડોશી અવશેષ સુધારાઓનો ઉપયોગ, રાસાયણિક પાળીને ફરીથી સંદર્ભિત કરવી, અંતર ભરવું, રાસાયણિક પાળી સ્કેલિંગ અને વિભાજન-દ્વારા-શૂન્ય સમસ્યાઓને રોકવા માટે આંકડાકીય ગોઠવણો સામેલ છે. 13C, 15N અને 1H ગૌણ રાસાયણિક ફેરફારો પછી આ કેન્દ્રકની લાક્ષણિક પ્રતિધ્વનિ આવર્તનને ધ્યાનમાં લેવા અને પ્રોટોકોલના વિવિધ ભાગો વચ્ચે આંકડાકીય સુસંગતતા પ્રદાન કરવા માટે માપવામાં આવે છે. એકવાર આ સ્કેલિંગ સુધારાઓ થઈ ગયા પછી, આરસીઆઈની ગણતરી કરવામાં આવે છે. આ તબક્કે "અંતિમ અસર સુધારણા" પણ લાગુ કરી શકાય છે. પ્રોટોકોલના છેલ્લા તબક્કામાં ત્રણ-બિંદુ સરેરાશ દ્વારા આરસીઆઈ મૂલ્યોના પ્રારંભિક સમૂહને સરળ બનાવવાનો સમાવેશ થાય છે. આ પણ જુઓ કેમિકલ શિફ્ટ કેમિકલ શિફ્ટ ઇન્ડેક્સ પ્રોટીન ડાયનેમિક્સ પ્રોટીન એન. એમ. આર. એન. એમ. આર. ન્યુક્લિયર મેગ્નેટિક રેઝોનન્સ સ્પેક્ટ્રોસ્કોપી પ્રોટીન ન્યુક્લિયર મેગ્નેટિક રેઝોનન્સ સ્પેક્ટ્રોસ્કોપી પ્રોટીન <આઇ. ડી. 1> અને પ્રોટીન લવચીકતા પ્રોટીન સંદર્ભો ન્યુક્લિયર મેગ્નેટિક રેઝોનન્સ ન્યુક્લિયર મેગ્નેટિક રેઝોનન્સ સોફ્ટવેર પ્રોટીન પદ્ધતિઓ પ્રોટીન માળખું બાયોફિઝિક્સ વૈજ્ઞાનિક તકનીકો રસાયણશાસ્ત્ર સોફ્ટવેર