Rule-based modeling
નિયમ-આધારિત મોડેલિંગ એ એક મોડેલિંગ અભિગમ છે જે નિયમોના સમૂહનો ઉપયોગ કરે છે જે પરોક્ષ રીતે ગાણિતિક મોડેલને સ્પષ્ટ કરે છે. નિયમ-સમૂહને કાં તો માર્કોવ સાંકળો અથવા વિભેદક સમીકરણો જેવા મોડેલમાં અનુવાદિત કરી શકાય છે, અથવા એવા સાધનોનો ઉપયોગ કરીને વ્યવહાર કરી શકાય છે જે અનુવાદિત મોડેલની જગ્યાએ સીધા નિયમ-સમૂહ પર કામ કરે છે, કારણ કે બાદમાં સામાન્ય રીતે ઘણું મોટું હોય છે. નિયમ-આધારિત મોડેલિંગ ખાસ કરીને એવા કિસ્સાઓમાં અસરકારક છે જ્યાં નિયમ-સમૂહ તે સૂચવે છે તે મોડેલ કરતાં નોંધપાત્ર રીતે સરળ હોય છે, જેનો અર્થ છે કે મોડેલ મર્યાદિત સંખ્યામાં પેટર્નનું પુનરાવર્તિત સ્વરૂપ છે. એક મહત્વપૂર્ણ ક્ષેત્ર જ્યાં ઘણીવાર આવું થાય છે તે જીવંત સજીવોના બાયોકેમિકલ નમૂનાઓ છે. પરસ્પર અનુરૂપ પદાર્થોના જૂથો પરસ્પર અનુરૂપ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓને આધિન છે. બાયોનેટજેન એ સોફ્ટવેર સાધનોનો એક સમૂહ છે જેનો ઉપયોગ સમીકરણો સીધા પેદા કર્યા વિના સામાન્ય વિભેદક સમીકરણો ધરાવતા ગાણિતિક નમૂનાઓ બનાવવા માટે થાય છે. ઉદાહરણ તરીકે નીચે બાયોનેટજેન ફોર્મેટમાં એક ઉદાહરણ નિયમ છેઃ જ્યાંઃ A (a, a): બે મુક્ત બંધનકર્તા સાઇટ્સ સાથે મોડેલ પ્રજાતિ A નું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે a B (b): એક મુક્ત બંધનકર્તા સાઇટ A (a! 1) સાથે મોડેલ પ્રજાતિ B નું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે. B (b! 1): મોડેલ પ્રજાતિઓનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે જ્યાં A ની ઓછામાં ઓછી એક બંધનકર્તા સાઇટ B ની બંધનકર્તા સાઇટ સાથે બંધાયેલ હોય. વધુમાં, વધારાની પ્રજાતિઓ બનાવવામાં આવશે કારણ કે ઉપરનો નિયમ સૂચવે છે કે બે B પરમાણુઓ એક જ A અણુ સાથે જોડાઈ શકે છે કારણ કે ત્યાં બે બંધનકર્તા સ્થળો છે. તેથી, નીચેની પ્રજાતિઓ પેદા થશેઃ 4. A (a! 1, a! 2). B (b! 1). B (b! 2): બે અલગ-અલગ B પરમાણુઓ દ્વારા કબજે કરાયેલ બંને બંધનકર્તા સ્થળો સાથેનું અણુ A. બાયોકેમિકલ સિસ્ટમો માટે બાયોકેમિકલ સિસ્ટમોના સિમ્યુલેશનમાં નિયમ-આધારિત મોડેલિંગનો ઉપયોગ કરવાના પ્રારંભિક પ્રયાસોમાં સ્ટોકેસ્ટિક સિમ્યુલેશન સિસ્ટમ્સનો સમાવેશ થાય છે સ્ટોકસિમ બાયોકેમિકલ નેટવર્ક્સના નિયમ-આધારિત મોડેલિંગ માટે વ્યાપકપણે ઉપયોગમાં લેવાતું સાધન બાયોનેટજેન છે તે જીએનયુ જી. પી. એલ., આવૃત્તિ 3 હેઠળ પ્રકાશિત થાય છે. બાયોનેટજેનમાં રાસાયણિક પદાર્થોનું વર્ણન કરવા માટેની ભાષાનો સમાવેશ થાય છે, જેમાં તેઓ જે સ્થિતિ ધારણ કરી શકે છે અને તેઓ જે બંધનમાંથી પસાર થઈ શકે છે તેનો સમાવેશ થાય છે. આ નિયમોનો ઉપયોગ પ્રતિક્રિયા નેટવર્ક મોડેલ બનાવવા અથવા નિયમ સમૂહ પર સીધા કમ્પ્યુટર સિમ્યુલેશન કરવા માટે થઈ શકે છે. બાયોકેમિકલ મોડેલિંગ માળખું વર્ચ્યુઅલ સેલમાં બાયોનેટજેન દુભાષિયો શામેલ છે. એક નજીકનો વિકલ્પ કપ્પા ભાષા છે. બીજો વિકલ્પ બાયોકેમિકલ સ્પેસ લેંગ્વેજ છે. સંદર્ભ પ્રણાલીઓ જીવવિજ્ઞાન મોલેક્યુલર જીવવિજ્ઞાન સ્ટોકેસ્ટિક સિમ્યુલેશન મુક્ત વિજ્ઞાન સોફ્ટવેર