Critical Assessment of Function Annotation
ક્રિટિકલ એસેસમેન્ટ ઓફ ફંક્શનલ એનોટેશન (સી. એ. એફ. એ.) એ એક પ્રયોગ છે જે પ્રોટીન કાર્યની આગાહી કરવા માટે સમર્પિત કોમ્પ્યુટેશનલ પદ્ધતિઓનું મોટા પાયે મૂલ્યાંકન પ્રદાન કરવા માટે રચાયેલ છે. મોલેક્યુલર ફંક્શન, બાયોલોજિકલ પ્રોસેસ અને સેલ્યુલર કોમ્પોનન્ટની શ્રેણીઓમાં જીન ઓન્ટોલોજી (જીઓ) શરતોની આગાહી કરવાની તેમની ક્ષમતા દ્વારા વિવિધ અલ્ગોરિધમ્સનું મૂલ્યાંકન કરવામાં આવે છે. આ પ્રયોગમાં બે ટ્રેકનો સમાવેશ થાય છેઃ (i) યુકેરીયોટિક ટ્રેક, (ii) પ્રોકેરીયોટિક ટ્રેક. દરેક ટ્રેકમાં, આયોજકો દ્વારા લક્ષ્યાંકોનો સમૂહ આપવામાં આવે છે. સહભાગીઓએ રજૂઆતની સમયમર્યાદા સુધીમાં તેમની આગાહીઓ રજૂ કરવાની અપેક્ષા રાખવામાં આવે છે, ત્યારબાદ તેમનું મૂલ્યાંકન ચોક્કસ મેટ્રિક્સના સમૂહ અનુસાર કરવામાં આવે છે. પ્રેરણા જીવતંત્રના જિનોમમાં સેંકડોથી હજારો જનીનો હોઈ શકે છે, જે સેંકડો હજારો વિવિધ પ્રોટીન સિક્વન્સ માટે એન્કોડ કરે છે. જીનોમ સિક્વન્સિંગની પ્રમાણમાં ઓછી કિંમતને કારણે, જનીન અને પ્રોટીન સિક્વન્સ નક્કી કરવું ઝડપી અને સસ્તું છે. અત્યાર સુધીમાં હજારો પ્રજાતિઓ અનુક્રમિત કરવામાં આવી છે, તેમ છતાં ઘણા પ્રોટીનની સારી લાક્ષણિકતા નથી. કોષમાં પ્રોટીનની ભૂમિકા પ્રાયોગિક રીતે નક્કી કરવાની પ્રક્રિયા એક ખર્ચાળ અને સમય માંગી લે તેવું કાર્ય છે. વધુમાં, જ્યારે કાર્યાત્મક પરીક્ષણો કરવામાં આવે છે ત્યારે પણ તેઓ પ્રોટીન કાર્યમાં સંપૂર્ણ સમજ પ્રદાન કરે તેવી શક્યતા નથી. તેથી પ્રોટીનને કાર્યાત્મક રીતે ટિપ્પણી કરવા માટે કોમ્પ્યુટેશનલ સાધનોનો ઉપયોગ કરવો મહત્વપૂર્ણ બની ગયું છે. પ્રોટીન કાર્યની આગાહીની ઘણી કોમ્પ્યુટેશનલ પદ્ધતિઓ છે જે વિવિધ જૈવિક અને ઉત્ક્રાંતિ માહિતીનો ઉપયોગ કરીને પ્રોટીન કાર્યનું અનુમાન કરી શકે છે, પરંતુ સુધારણા માટે નોંધપાત્ર અવકાશ છે. પ્રોટીન કાર્યની સચોટ આગાહી બાયોમેડિકલ અને ફાર્માસ્યુટિકલ સંશોધન પર લાંબા સમયથી અસર કરી શકે છે. સી. એ. એફ. એ. પ્રયોગ કોમ્પ્યુટેશનલ પદ્ધતિઓનું નિષ્પક્ષ મૂલ્યાંકન પ્રદાન કરવા, કોમ્પ્યુટેશનલ કાર્યની આગાહીમાં સંશોધનને ઉત્તેજીત કરવા અને કાર્યની આગાહીમાં એકંદર અત્યાધુનિક આંતરદૃષ્ટિ પ્રદાન કરવા માટે રચાયેલ છે. સંગઠન પ્રયોગમાં ત્રણ તબક્કાઓનો સમાવેશ થાય છેઃ આગાહી તબક્કોઃ ~ 4 મહિના આયોજકો સમુદાયને અજ્ઞાત અથવા અપૂર્ણ કાર્ય સાથે પ્રોટીન સિક્વન્સ પ્રદાન કરે છે અને આગાહીઓ રજૂ કરવાની સમયમર્યાદા નક્કી કરે છે લક્ષ્ય સંચયઃ 6-12 મહિનાઓ પછી તમામ આગાહીઓ સંગ્રહિત થાય છે અને પ્રયોગ રાહ જોવાના સમયગાળામાં પ્રવેશ કરે છે જેમાં પ્રોટીન કાર્યો જાહેર ડેટાબેઝમાં એકઠા થવાની અપેક્ષા રાખવામાં આવે છે વિશ્લેષણ તબક્કોઃ 1 મહિનાના આગાહીકારોને તેમની કામગીરી અનુસાર ક્રમ આપવામાં આવે છે. પરિણામો વૈજ્ઞાનિક બેઠકોમાં જાહેરમાં વહેંચવામાં આવે છે અને સાથીઓની સમીક્ષા પછી પ્રકાશિત કરવામાં આવે છે. સીએએફએ પ્રયોગ ઓટોમેટેડ ફંક્શન પ્રેડિક્શન (એએફપી) સ્પેશિયલ ઇન્ટરેસ્ટ ગ્રુપ (એએફપી/એસઆઇજી) દ્વારા હાથ ધરવામાં આવે છે. સી. એ. એફ. એ. ની કલ્પના ડૉ. ઇનબલ (હેલ્પેરિન) લેન્ડસબર્ગ દ્વારા કરવામાં આવી હતી, અને તેનું આયોજન તેમના દ્વારા પ્રોફેસર રસ ઓલ્ટમેન અને ડૉ. ઇડો ફ્રીડબર્ગ સાથે કરવામાં આવ્યું હતું. 2005, 2006, 2008, 2011 અને 2012માં ઇન્ટેલિજન્ટ સિસ્ટમ્સ ફોર મોલેક્યુલર બાયોલોજી પરિષદની સાથે એ. એફ. પી./એસ. આઈ. જી. ની બેઠક યોજાઈ છે. CAFA 2010-2012 પ્રથમ CAFA પ્રયોગ 2010ના પાનખર અને 2012ની વસંત વચ્ચે આયોજિત કરવામાં આવ્યો હતો. આયોજકોએ આ દરેક ક્રમ માટે જીન ઓન્ટોલોજી એનોટેશન્સની આગાહી કરવાના કાર્ય સાથે સમુદાય માટે 48,000 ક્રમ પૂરા પાડ્યા હતા. તે 48,000 પ્રોટીનમાંથી, લક્ષ્ય સંચય તબક્કા દરમિયાન 866 પ્રાયોગિક રીતે વ્યાખ્યાયિત કરવામાં આવ્યા હતા. પરિણામો દર્શાવે છે કે વર્તમાન કાર્ય આગાહી અલ્ગોરિધમ્સ સરળ ડોમેન સોંપણી અથવા બ્લાસ્ટ પેકેજનો સીધો ઉપયોગ કરતાં નોંધપાત્ર રીતે વધુ સારું પ્રદર્શન કરે છે. જો કે, તેઓએ એ પણ જાહેર કર્યું કે પ્રોટીનના જૈવિક કાર્યની સચોટ આગાહી હજુ પણ એક ખુલ્લી અને પડકારજનક સમસ્યા છે. CAFA 2013-2014 બીજો CAFA પ્રયોગ 2013ના પાનખરમાં શરૂ થયો હતો. ઓગસ્ટથી શરૂ કરીને, રસ ધરાવતા પક્ષો 27 પ્રજાતિઓમાં 100,000 થી વધુ લક્ષ્ય ક્રમ ડાઉનલોડ કરી શકે છે. નોંધાયેલ ટીમોને માનવ ફેનોટાઇપ ઓન્ટોલોજી શબ્દો સાથે માનવ સિક્વન્સની ટિપ્પણી કરવા માટે વધારાના પડકાર સાથે જીન ઓન્ટોલોજી શબ્દો સાથે સિક્વન્સની ટિપ્પણી કરવા માટે પડકારવામાં આવે છે. રજૂઆતની અંતિમ તારીખ 15 જાન્યુઆરી, 2014 હતી. આગાહીઓનું મૂલ્યાંકન જૂન 2014માં કરવામાં આવશે. આ પણ જુઓ CASP: પ્રોટીન માળખાની આગાહીનું નિર્ણાયક મૂલ્યાંકન CAPRI: ક્રિયાપ્રતિક્રિયાની આગાહીનું નિર્ણાયક મૂલ્યાંકન સંદર્ભો બાહ્ય કડીઓ સ્વચાલિત કાર્ય આગાહી વિશેષ રસ જૂથ-CAFA પડકાર ભાગીદારી માહિતી બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ