BioSamples
બાયોસેમ્પલ્સ (બાયોએસડી) એ અનુક્રમણિકામાં ઉપયોગમાં લેવાતા જૈવિક નમૂનાઓ વિશેની માહિતી માટે યુરોપિયન બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ ઇન્સ્ટિટ્યૂટમાં એક ડેટાબેઝ છે. તે જૈવિક સામગ્રી વિશે પ્રસ્તુતકર્તા દ્વારા પૂરા પાડવામાં આવેલ મેટાડેટા સંગ્રહિત કરે છે જેમાંથી નેશનલ સેન્ટર ફોર બાયોટેકનોલોજી ઇન્ફર્મેશન (NCBI) પ્રાથમિક ડેટા આર્કાઇવ્સમાં સંગ્રહિત ડેટા મેળવવામાં આવે છે. એન. સી. બી. આઈ. ના આર્કાઇવ્સ ઘણી પ્રજાતિઓના વિવિધ પ્રકારના નમૂનાઓને લગતા ડેટાને હોસ્ટ કરે છે, અને તે જ રીતે બાયોસામ્પલ ડેટાબેઝ સમાન રીતે વૈવિધ્યસભર છે. બાયોસેમ્પલના ઉદાહરણોમાં પ્રાથમિક પેશી બાયોપ્સી, વ્યક્તિગત જીવતંત્ર અથવા પર્યાવરણીય આઇસોલેટનો સમાવેશ થાય છે. બાયોસેમ્પલ્સ ડેટાબેઝ નિયંત્રિત નમૂના વિશેષતા ક્ષેત્ર નામ શબ્દભંડોળના ઉપયોગને પ્રોત્સાહિત કરીને સંરચિત રીતે નમૂના મેટાડેટા મેળવે છે. આ મેટાડેટા નમૂના માહિતી સંદર્ભ આપવા માટે ચાવીરૂપ છે, જે તેને વધુ સંપૂર્ણ રીતે સમજવા, ફરીથી ઉપયોગમાં લેવાની મંજૂરી આપે છે અને વિવિધ ડેટા સમૂહોના એકત્રીકરણને સક્ષમ કરે છે. નમૂનાનું મેટાડેટા ઘણા આર્કાઇવલ ડેટાબેઝમાં સંબંધિત પ્રાયોગિક ડેટા સાથે જોડાયેલું છે, જે નમૂનાનું વર્ણન એક વખત રજૂ કરવાને સક્ષમ કરીને રજૂકર્તાના બોજને દૂર કરે છે. જ્યારે જરૂર પડે ત્યારે તેઓ અન્ય આર્કાઇવ્સમાં ડેટા ડિપોઝિટ કરતી વખતે તે નમૂનાનો સંદર્ભ લઈ શકે છે. બાયોસામ્પલ રેકોર્ડ્સ અનુક્રમિત અને શોધી શકાય તેવા છે, જે નમૂનાના વર્ણન દ્વારા ક્રોસ-ડેટાબેઝ ક્વેરીઝને ટેકો આપે છે. બાયોસેમ્પલ્સ ડેટાબેઝ 2011 માં નમૂના મેટાડેટા એકત્રિત કરવા અને પ્રમાણિત કરવામાં મદદ કરવા માટે શરૂ કરવામાં આવ્યો હતો. ઐતિહાસિક રીતે, દરેક આર્કાઇવએ નમૂના મેટાડેટા સંગ્રહ માટે પોતાનું સંમેલન બનાવ્યું હતું. આ સામાન્ય રીતે તેમના માનકીકરણમાં મર્યાદિત હતા અને બહુવિધ ડેટા સમૂહોમાં નમૂનાનો ઉપયોગ ક્યારે કરવામાં આવ્યો તે દર્શાવવાની કોઈ પદ્ધતિ નહોતી. આ ઉપરાંત, સંશોધન સમુદાયમાં જાગૃતિ વધી રહી છે કે અંતર્ગત ડેટાને સમજવા માટે નમૂના મેટાડેટા મહત્વપૂર્ણ છે. વધુમાં, સુધારેલા મેટાડેટા સાથે ડેટાના પુનઃઉપયોગ, એકત્રીકરણ અને એકીકરણની શક્યતાઓ વધે છે. આ ડેટાબેઝ શરૂઆતમાં એસ. આર. એ., ઇ. એસ. ટી., જી. એસ. એસ. અને ડી. બી. જી. એ. પી. માંથી કાઢવામાં આવેલા વર્તમાન વર્ણનોથી સજ્જ હતો. મે 2013 સુધીમાં, ડેટાબેઝ 18,000 પ્રજાતિઓને આવરી લેતા લગભગ 20 લાખ બાયોસેમ્પલ રેકોર્ડ્સને હોસ્ટ કરે છે. સામગ્રી બાયોસેમ્પલ્સ ડેટાબેઝ જાન્યુઆરી 2012થી કદમાં બમણું થઈ ગયું છે જ્યારે બાયોસેમ્પલ્સ ડેટાબેઝમાં 10 લાખ નમૂનાઓનું વર્ણન કરવામાં આવ્યું હતું, ઓક્ટોબર 2013 સુધીમાં 2,846,137 નમૂનાઓ 80,232 જૂથો તરીકે ઉપલબ્ધ છે. ઝડપી વૃદ્ધિ મુખ્યત્વે નવા ડેટા સ્ત્રોતો અને હાલના સ્રોતોમાંથી ડેટાના જથ્થામાં વધારો થવાને કારણે છે. નવા ડેટા સ્રોતોમાં કેન્સર જીનોમ એટલાસના 22,288 નમૂનાઓ અને કેન્સરમાં સોમેટિક મ્યુટેશન (COSMIC) ના કેટલોગના 920,441 નમૂનાઓનો સમાવેશ થાય છે. વિશેષતાઓ માળખાગત નામનો ઉપયોગ કરીને તપાસ હેઠળની સામગ્રીને વ્યાખ્યાયિત કરે છેઃ મૂલ્ય જોડી, ઉદાહરણ તરીકેઃ પેશીઃ યકૃત સંગ્રહ તારીખઃ 31-જાન્યુઆરી-2013 નમૂનાના પ્રકારને સ્પષ્ટ કર્યા પછી, વપરાશકર્તાને ભરવા માટે જરૂરી અને વૈકલ્પિક વિશેષતા ક્ષેત્રોની સૂચિ રજૂ કરવામાં આવે છે, તેમજ કોઈપણ સંખ્યામાં વૈવિધ્યપૂર્ણ વર્ણનાત્મક વિશેષતાઓ પૂરી પાડવાની તક. બાયોસામ્પલ ડેટાબેઝ વિસ્તારી શકાય તેવું છે જેમાં નવા ધોરણો વિકસિત થાય તેમ નવા પ્રકારો અને વિશેષતાઓ ઉમેરી શકાય છે. બાયોસામ્પલના પ્રકાર અને વિશેષતાઓ ઉપરાંત, દરેક બાયોસામ્પલના રેકોર્ડમાં નીચેનાનો પણ સમાવેશ થાય છેઃ બાયોસામ્પલના પ્રકારો અને વિશેષતાઓની સંપૂર્ણ સૂચિ અને વ્યાખ્યાઓ પૂર્વાવલોકન અને ડાઉનલોડ કરવા માટે ઉપલબ્ધ છે. ડેટાની પહોંચ ઘણી રીતો છે જેમાં ડેટાબેઝને ઍક્સેસ કરી શકાય છે. જાહેર જનતા માટે બાયોએસડીના પ્રારંભિક પ્રકાશનમાં માત્ર વેબ ઇન્ટરફેસ દ્વારા ડેટાબેઝની ઍક્સેસ પ્રદાન કરવામાં આવી હતી. આ વેબ ઇન્ટરફેસને ત્યારબાદ નવેમ્બર 2012માં અને પછી ફરીથી માર્ચ 2013માં ઇ. બી. આઇ. સાઇટ-વ્યાપી પુનઃપ્રારંભ પછી અપડેટ કરવામાં આવ્યું હતું. ફેબ્રુઆરી 2013માં, રિપ્રેઝન્ટેશનલ સ્ટેટ ટ્રાન્સફર (REST) સિસ્ટમનો ઉપયોગ કરીને પબ્લિક એપ્લિકેશન પ્રોગ્રામિંગ ઇન્ટરફેસ (API) રજૂ કરવામાં આવ્યું હતું. ઓક્ટોબર 2013માં, ઇ. બી. આઈ. ના નવા આર. ડી. એફ. પ્લેટફોર્મના ભાગરૂપે એક એસ. પી. એ. આર. ક્યુ. એલ. અંતિમ બિંદુ બહાર પાડવામાં આવ્યું હતું, જે આર. ડી. એફ. સ્વરૂપમાં ડેટાની પહોંચ પૂરી પાડે છે. વધુમાં, ડેટાબેઝને ઇ. બી. આઈ. ની એફ. ટી. પી. સેવા દ્વારા ડાઉનલોડ કરી શકાય છે. વેબ ઈન્ટરફેસ વેબ ઈન્ટરફેસ વપરાશકર્તાઓને વેબ બ્રાઉઝર દ્વારા બાયોએસડી ડેટાબેઝને ઍક્સેસ કરવાની મંજૂરી આપે છે. તે નમૂના જૂથો દ્વારા અને નમૂનાઓ દ્વારા જાતે શોધ બંને માટે કાર્યક્ષમતા પ્રદાન કરે છે. વપરાશકર્તાઓ જેમ ટાઇપ કરે છે તેમ તેમને સંભવિત શોધ શબ્દો પ્રદાન કરીને તેમને મદદ કરવા માટે શોધમાં વૃદ્ધિશીલ શોધની સુવિધા છે. અદ્યતન શોધ પૂરી પાડવામાં આવે છે અને વપરાશકર્તાઓને તેમના શોધ શબ્દોમાં દ્વિસંગી શબ્દો, AND, OR અને NOT લાગુ કરીને શોધ કરવાની મંજૂરી આપે છે. વધુમાં, વાઇલ્ડકાર્ડ અક્ષરનો ઉપયોગ અક્ષરોના કોઈપણ સંયોજન સાથે મેળ કરવા માટે થઈ શકે છે, જેમાં કોઈ અક્ષરો નથી. કોઈપણ એક અક્ષર સાથે મેળ કરવા માટે પ્રશ્ન ચિહ્ન અક્ષરનો પણ ઉપયોગ કરી શકાય છે. આના ઉદાહરણો નીચેના કોષ્ટકમાં જોઈ શકાય છેઃ વેબ ઇન્ટરફેસ વપરાશકર્તાઓને શોધ પરિણામો પસંદ કરવા અને તે શોધ પરિણામની વધુ વિગતો જોવાની પણ મંજૂરી આપે છે. વિગતવાર દૃશ્ય વધુ માહિતી પ્રદાન કરે છે અને પરીક્ષણ ડેટાબેઝ (ઓ) ની લિંક ઉપલબ્ધ કરાવે છે જેમાંથી ડેટા મેળવવામાં આવ્યો હતો. કૉલમ દ્વારા ઓર્ડર પણ આપવામાં આવે છે. એપ્લિકેશન પ્રોગ્રામિંગ ઇન્ટરફેસ API પ્રોગ્રામેટિક રીતે ડેટા પુનઃપ્રાપ્ત કરવા માટે યોગ્ય પદ્ધતિ પ્રદાન કરે છે. તે RESTful સિસ્ટમનો ઉપયોગ કરે છે જે વપરાશકર્તાઓને URI અંતિમ બિંદુઓને ક્વેરી કરવા અને પરિણામો તરીકે XML પ્રાપ્ત કરવાની મંજૂરી આપે છે. API સંખ્યાબંધ વિવિધ પ્રકારની વિનંતીઓ માટે URI અંતિમ બિંદુઓ ધરાવે છે. આ વિનંતીઓનો ઉપયોગ ચોક્કસ નમૂનાઓ શોધવા, ચોક્કસ જૂથો શોધવા, જૂથો શોધવા, નમૂનાઓ શોધવા અને જૂથમાં નમૂનાઓ શોધવા માટે થઈ શકે છે. SPARQL એન્ડપોઇન્ટ SPARQL એન્ડપોઇન્ટ વપરાશકર્તાઓને પ્રમાણભૂત વેબ ઇન્ટરફેસ કરતાં વધુ વ્યાપક રીતે ડેટાબેઝને શોધવાની મંજૂરી આપે છે જ્યારે તે હજુ પણ વેબ બ્રાઉઝરથી ઉપયોગી છે. આ ઈન્ટરફેસ દ્વારા, વપરાશકર્તાઓને તેમની શોધમાં વધુ સક્ષમ બનાવવા માટે વધુ જટિલ પ્રશ્નો કરી શકાય છે. જો કે, માહિતી મેળવવાની આ પદ્ધતિ સાથે શીખવાની કર્વમાં વધારો થયો છે. એસ. પી. એ. આર. ક્યુ. એલ. અંતિમ બિંદુ આર. ડી. એફ. બંધારણમાં પરિણામો આપે છે જે શરૂઆતમાં મેટાડેટાને ધ્યાનમાં રાખીને તૈયાર કરવામાં આવ્યું હતું અને આમ તે બાયોએસડીની જરૂરિયાતોને અનુરૂપ છે. વિકાસ ટીમ ઇ. એમ. બી. એલ.-ઇ. બી. આઈ. ખાતે હેલેન પાર્કિન્સનની ટીમનો એક ભાગ બનાવે છે અને તેમાં સોફ્ટવેર ઇજનેરો અને વેબ ડેવલપર્સનો સમાવેશ થાય છે જેમને ઑન્ટોલોજિસ્ટ્સ અને બાયોઇન્ફોર્મેટીશિયનો દ્વારા ડોમેન વિશિષ્ટ જ્ઞાન સાથે સહાય કરવામાં આવે છે. આ પ્રોજેક્ટમાં ઉપયોગમાં લેવાતી પ્રાથમિક પ્રોગ્રામિંગ ભાષા જાવા પ્રોગ્રામિંગ ભાષા છે. પ્રોજેક્ટના વિકાસમાં મદદ કરવા માટે, વિકાસ ટીમો જેટબ્રેઇન્સ દ્વારા પ્રદાન કરવામાં આવેલ સંકલિત વિકાસ વાતાવરણ, ઇન્ટેલીજે આઇડીઇએનો ઉપયોગ કરે છે. પ્રોજેક્ટમાં ઉપયોગમાં લેવાતા અન્ય સાધનોમાં સતત એકીકરણ અને સોફ્ટવેર રિલીઝના સંચાલન માટે વાંસનો સમાવેશ થાય છે. વધુમાં, યોરકિટ એ જાવા પ્રોફાઇલર છે જે બાયોએસડી પ્રોજેક્ટમાં ભૂલોને શ્રેષ્ઠ બનાવવા અને દૂર કરવામાં મદદ કરે છે. આ પ્રોજેક્ટ એક ઓપન સોર્સ પ્રોજેક્ટ તરીકે વિકસાવવામાં આવ્યો છે, જેમાં તમામ સોર્સ કોડ ગિટહબ પર મુક્તપણે ઉપલબ્ધ છે. ભંડોળ હાલમાં બાયોએસડી ડેટાબેઝના વિકાસ અને જાળવણી માટેનું પ્રાથમિક ભંડોળ યુરોપિયન મોલેક્યુલર બાયોલોજી લેબોરેટરી (ઇ. એમ. બી. એલ.) ના મુખ્ય બજેટ દ્વારા પૂરું પાડવામાં આવે છે, જે તેના 20 સભ્ય દેશો દ્વારા ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે. સંખ્યાબંધ અનુદાનના રૂપમાં યુરોપિયન કમિશન તરફથી પણ વધારાનું યોગદાન આપવામાં આવ્યું છે. વેલકમ ટ્રસ્ટ અને મેડિકલ રિસર્ચ કાઉન્સિલ દ્વારા અને EBiSC ઇનોવેટિવ મેડિસિન્સ ઇનિશિયેટિવ દ્વારા પ્રદાન કરાયેલ હ્યુમન ઇન્ડ્યુસ્ડ પ્લુરિપોટન્ટ સ્ટેમ સેલ્સ ઇનિશિયેટિવમાંથી વધુ ભંડોળ મળ્યું છે. યુરોપિયન બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ ઇન્સ્ટિટ્યૂટ સંદર્ભો બાહ્ય કડીઓ બાયોસેમ્પલ્સ જિનેટિક્સ ડેટાબેઝ કેમ્બ્રિજશાયર સાઉથ કેમ્બ્રિજશાયર જિલ્લામાં વિજ્ઞાન અને ટેકનોલોજી પણ જુઓ.