De novo transcriptome assembly
ડી નોવો ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ એસેમ્બલી એ સંદર્ભ જીનોમની સહાય વિના ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ બનાવવાની ડી નોવો સિક્વન્સ એસેમ્બલી પદ્ધતિ છે. પરિચય નવીન અનુક્રમણિકા તકનીકોના વિકાસના પરિણામે, 2008 અને 2012 વચ્ચેના વર્ષોમાં અનુક્રમણિકાના ખર્ચમાં મોટો ઘટાડો જોવા મળ્યો હતો. મેગાબેઝ અને જીનોમ દીઠ, કિંમત ઘટીને અનુક્રમે 1/100,000 th અને 1/10,000 th થઈ ગઈ. આ પહેલા, વૈજ્ઞાનિક સંશોધન માટે વ્યાપક રસ અને ઉપયોગીતા ધરાવતા સજીવોના ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ્સને જ અનુક્રમિત કરવામાં આવ્યા હતા; જો કે, 2010ના દાયકામાં વિકસિત ઉચ્ચ-થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગ (જેને આગામી પેઢીના સિક્વન્સિંગ તરીકે પણ ઓળખવામાં આવે છે) તકનીકો ખર્ચ-અને શ્રમ-અસરકારક બંને છે, અને આ પદ્ધતિઓ દ્વારા અભ્યાસ કરાયેલા સજીવોની શ્રેણી વિસ્તરી રહી છે. ત્યારબાદ ચણા, પ્લાનેરિયનો, પારહેલે હાવાયન્સિસ, તેમજ નાઇલ મગર, મકાઈનો સાપ, દાઢીવાળો ડ્રેગન અને લાલ કાનવાળા સ્લાઇડરના મગજ માટે ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ્સ બનાવવામાં આવ્યા છે. બિન-આધુનિક સજીવોની તપાસ "રસપ્રદ મોર્ફોલોજિકલ નવીનતાઓની વિવિધતા" અંતર્ગતની પદ્ધતિઓમાં નવીન આંતરદૃષ્ટિ પ્રદાન કરી શકે છે જેણે પૃથ્વી ગ્રહ પર જીવનની વિપુલતાને સક્ષમ કરી છે. પ્રાણીઓ અને છોડમાં, "નવીનતાઓ" કે જેની સામાન્ય નમૂના સજીવોમાં તપાસ કરી શકાતી નથી તેમાં નકલ, પરસ્પરવાદ, પરોપજીવીવાદ અને અલૈંગિક પ્રજનનનો સમાવેશ થાય છે. ડી નોવો ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ એસેમ્બલી ઘણીવાર બિન-મોડલ સજીવોના અભ્યાસ માટે પસંદગીની પદ્ધતિ છે, કારણ કે તે જીનોમ બનાવવા કરતાં સસ્તી અને સરળ છે, અને સંદર્ભ-આધારિત પદ્ધતિઓ હાલના જીનોમ વિના શક્ય નથી. આ સજીવોના ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ્સ આમ નવીન પ્રોટીન અને તેમના આઇસોફોર્મ્સને જાહેર કરી શકે છે જે આવી અનન્ય જૈવિક ઘટનાઓમાં સામેલ છે. ડી નોવો વિ. સંદર્ભ-આધારિત એસેમ્બલી એસેમ્બલ લખાણોનો સમૂહ પ્રારંભિક જનીન અભિવ્યક્તિ અભ્યાસ માટે પરવાનગી આપે છે. ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ એસેમ્બલી કમ્પ્યુટર પ્રોગ્રામ્સના વિકાસ પહેલા, ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ ડેટાનું વિશ્લેષણ મુખ્યત્વે સંદર્ભ જીનોમ પર મેપિંગ કરીને કરવામાં આવતું હતું. જોકે જીનોમ સંરેખણ એ ટ્રાન્સક્રિપ્ટ સિક્વન્સને લાક્ષણિકતા આપવાની એક મજબૂત રીત છે, આ પદ્ધતિ વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ જેવા એમઆરએનએ ટ્રાન્સક્રિપ્ટના માળખાકીય ફેરફારોની ઘટનાઓને ધ્યાનમાં લેવાની અસમર્થતા દ્વારા વંચિત છે. જિનોમમાં તમામ ઇન્ટ્રોન અને એક્સોનનો સરવાળો હોય છે જે ટ્રાન્સક્રિપ્ટમાં હાજર હોઈ શકે છે, સ્પ્લાઇસ કરેલ પ્રકારો કે જે જિનોમ સાથે સતત સંરેખિત થતા નથી તેને વાસ્તવિક પ્રોટીન આઇસોફોર્મ્સ તરીકે ડિસ્કાઉન્ટ કરી શકાય છે. જો સંદર્ભ જીનોમ ઉપલબ્ધ હોય તો પણ, ડી નોવો એસેમ્બલી થવી જોઈએ, કારણ કે તે સંદર્ભ જીનોમ એસેમ્બલીમાંથી ગુમ થયેલા જીનોમના ભાગોમાંથી લખાયેલા લખાણોને પુનઃપ્રાપ્ત કરી શકે છે. ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ વિ. જીનોમ એસેમ્બલી જીનોમ સિક્વન્સ કવરેજ સ્તરોથી વિપરીત-જે ડીએનએના બિન-કોડિંગ ઇન્ટ્રોન પ્રદેશોમાં પુનરાવર્તિત સામગ્રીના પરિણામે અવ્યવસ્થિત રીતે બદલાઈ શકે છે-ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ સિક્વન્સ કવરેજ સ્તરો જનીન અભિવ્યક્તિ સ્તરોનું સીધું સૂચક હોઈ શકે છે. આ પુનરાવર્તિત સિક્વન્સ જીનોમ એસેમ્બલીમાં કોન્ટિગ્સની રચનામાં પણ અસ્પષ્ટતા પેદા કરે છે, જ્યારે ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ એસેમ્બલી કોન્ટિગ્સમાં અસ્પષ્ટતા સામાન્ય રીતે સ્પ્લિસ્ડ આઇસોફોર્મ્સ અથવા જનીન પરિવારના સભ્યોમાં નાના ફેરફારોને અનુરૂપ હોય છે. ઘણા કારણોસર ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ એસેમ્બલીમાં જીનોમ એસેમ્બલરનો સીધો ઉપયોગ કરી શકાતો નથી. પ્રથમ, જીનોમ અનુક્રમણિકાની ઊંડાઈ સામાન્ય રીતે જીનોમમાં સમાન હોય છે, પરંતુ લખાણની ઊંડાઈ બદલાઈ શકે છે. બીજું, બંને સ્ટ્રેન્ડ્સ હંમેશા જીનોમ સિક્વન્સિંગમાં અનુક્રમિત હોય છે, પરંતુ આરએનએ-સેક સ્ટ્રાન્ડ-વિશિષ્ટ હોઈ શકે છે. ત્રીજું, ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ એસેમ્બલી વધુ પડકારજનક છે કારણ કે સમાન જનીનમાંથી ટ્રાન્સક્રિપ્ટ ચલો એક્સોન શેર કરી શકે છે અને સ્પષ્ટ રીતે ઉકેલવા મુશ્કેલ છે. પદ્ધતિ આર. એન. એ.-સેક એકવાર કોષોમાંથી આર. એન. એ. કાઢવામાં આવે અને શુદ્ધ કરવામાં આવે, પછી તેને ઉચ્ચ-થ્રુપુટ અનુક્રમણિકા સુવિધામાં મોકલવામાં આવે છે, જ્યાં તેને સી. ડી. એન. એ. પુસ્તકાલય બનાવવા માટે પ્રથમ રિવર્સ ટ્રાન્સક્રાઇબ કરવામાં આવે છે. આ સી. ડી. એન. એ. પછી સિક્વન્સિંગ માટે ઉપયોગમાં લેવાતા પ્લેટફોર્મના આધારે વિવિધ લંબાઈમાં વિભાજિત થઈ શકે છે. નીચેના દરેક પ્લેટફોર્મ લાખો ટૂંકી રીડ્સને ક્રમબદ્ધ કરવા માટે એક અલગ પ્રકારની તકનીકનો ઉપયોગ કરે છેઃ 454 સિક્વન્સિંગ, ઈલુમિના અને સોલીડ. એસેમ્બલી અલ્ગોરિધમ્સ સીડીએનએ ક્રમ વાંચન ટૂંકા રીડ ટ્રાન્સક્રિપ્ટ એસેમ્બલી પ્રોગ્રામ દ્વારા ટ્રાન્સક્રિપ્ટમાં એસેમ્બલ કરવામાં આવે છે. મોટે ભાગે, ટ્રાન્સક્રિપ્ટ્સમાં કેટલીક એમિનો એસિડ ભિન્નતાઓ જે અન્યથા સમાન હોય છે તે વિવિધ પ્રોટીન આઇસોફોર્મ્સને પ્રતિબિંબિત કરે છે. તે પણ શક્ય છે કે તેઓ એક જ જનીન કુટુંબમાં વિવિધ જનીનોનું પ્રતિનિધિત્વ કરે, અથવા તે પણ જનીનો કે જે માત્ર એક સંરક્ષિત ક્ષેત્રને શેર કરે છે, તે વિવિધતાના પ્રમાણ પર આધાર રાખે છે. સંખ્યાબંધ એસેમ્બલી કાર્યક્રમો ઉપલબ્ધ છે (એસેમ્બલર જુઓ). આ કાર્યક્રમો સામાન્ય રીતે જીનોમ ભેગા કરવામાં સફળ રહ્યા હોવા છતાં, ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ એસેમ્બલી કેટલાક અનન્ય પડકારો રજૂ કરે છે. જ્યારે જીનોમ માટે ઉચ્ચ અનુક્રમ કવરેજ પુનરાવર્તિત અનુક્રમોની હાજરી સૂચવી શકે છે (અને આમ ઢાંકેલું હોઈ શકે છે), ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ માટે, તેઓ વિપુલતા સૂચવી શકે છે. વધુમાં, જીનોમ સિક્વન્સિંગથી વિપરીત, ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ સિક્વન્સિંગ સ્ટ્રેન્ડ-વિશિષ્ટ હોઈ શકે છે, જે સેન્સ અને એન્ટિસેન્સ ટ્રાન્સક્રિપ્ટ બંનેની શક્યતાને કારણે છે. છેવટે, તમામ સ્પ્લિસિંગ આઇસોફોર્મ્સનું પુનઃનિર્માણ કરવું અને તેને અલગ પાડવું મુશ્કેલ બની શકે છે. ટૂંકા વાંચન એસેમ્બલર્સ સામાન્ય રીતે બે મૂળભૂત અલ્ગોરિધમ્સમાંથી એકનો ઉપયોગ કરે છેઃ ઓવરલેપ આલેખ અને ડી બ્રુઇજન આલેખ. ઓવરલેપ ગ્રાફનો ઉપયોગ સેંગર અનુક્રમિત વાંચન માટે રચાયેલ મોટાભાગના એસેમ્બલર્સ માટે થાય છે. વાંચનની દરેક જોડી વચ્ચેના ઓવરલેપની ગણતરી કરવામાં આવે છે અને તેને આલેખમાં સંકલિત કરવામાં આવે છે, જેમાં દરેક નોડ એક જ અનુક્રમ વાંચનનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે. આ અલ્ગોરિધમ ડી બ્રુઇજન આલેખ કરતાં વધુ કોમ્પ્યુટેશનલ રીતે સઘન છે, અને ઉચ્ચ ડિગ્રી ઓવરલેપ સાથે ઓછા રીડ્સને એસેમ્બલ કરવામાં સૌથી અસરકારક છે. ડી બ્રુઇજન આલેખ કોન્ટિગ્સ બનાવવા માટે કે-1 અનુક્રમ સંરક્ષણના આધારે કે-મેર્સ (સામાન્ય રીતે 25-50 bp) ને સંરેખિત કરે છે. કે-મેર્સ ઝડપી હેશિંગને મંજૂરી આપતી વાંચન લંબાઈ કરતાં ટૂંકી હોય છે તેથી ડી બ્રુઇજન આલેખમાં કામગીરી સામાન્ય રીતે ઓછી ગણતરીત્મક રીતે સઘન હોય છે. કાર્યાત્મક એનોટેશન એસેમ્બલ લખાણોનું કાર્યાત્મક એનોટેશન ચોક્કસ પરમાણુ કાર્યો, સેલ્યુલર ઘટકો અને જૈવિક પ્રક્રિયાઓની સમજ માટે પરવાનગી આપે છે જેમાં અનુમાનિત પ્રોટીન સામેલ હોય છે. બ્લાસ્ટ2જીઓ (બી2જી) જીન ઓન્ટોલોજી આધારિત ડેટા માઇનિંગને અનુક્રમ ડેટાની ટિપ્પણી કરવા માટે સક્ષમ કરે છે, જેના માટે હજુ સુધી કોઈ જીઓ એનોટેશન ઉપલબ્ધ નથી. તે એક સંશોધન સાધન છે જેનો ઉપયોગ ઘણીવાર બિન-મોડલ પ્રજાતિઓ પર કાર્યાત્મક જીનોમિક્સ સંશોધનમાં થાય છે. તે બિન-બિનજરૂરી પ્રોટીન ડેટાબેઝ (એન. સી. બી. આઈ. ખાતે) સામે એસેમ્બલ કોન્ટિગ્સને વિસ્ફોટ કરીને કામ કરે છે, પછી અનુક્રમ સમાનતાના આધારે તેમની ટિપ્પણી કરે છે. ગોઆના એ પશુ અને કૃષિ છોડના જનીન ઉત્પાદનો માટે વિશિષ્ટ અન્ય ગો એનોટેશન પ્રોગ્રામ છે જે સમાન રીતે કામ કરે છે. તે જીઓ એનોટેશન અને વિશ્લેષણ માટે ક્યુરેટેડ, સાર્વજનિક રીતે સુલભ કોમ્પ્યુટેશનલ ટૂલ્સના એગબેઝ ડેટાબેઝનો એક ભાગ છે. એનોટેશન પછી, KEGG (ક્યોટો એન્સાયક્લોપેડિયા ઓફ જીન્સ એન્ડ જિનોમ્સ) ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમમાં કબજે કરેલા મેટાબોલિક માર્ગો અને મોલેક્યુલર ઇન્ટરેક્શન નેટવર્કના વિઝ્યુલાઇઝેશનને સક્ષમ કરે છે. જીઓ શરતો માટે ટિપ્પણી કરવા ઉપરાંત, આ લખાણમાંથી મેળવેલા પ્રોટીનના એમિનો એસિડ ક્રમની આગાહી કરવા માટે ઓપન રીડિંગ ફ્રેમ્સ (ઓઆરએફ) માટે પણ કોન્ટિગ્સની તપાસ કરી શકાય છે. બીજો અભિગમ પ્રોટીન ડોમેન્સની ટિપ્પણી કરવાનો અને ચોક્કસ જનીનોને બદલે જનીન પરિવારોની હાજરી નક્કી કરવાનો છે. ચકાસણી અને ગુણવત્તા નિયંત્રણ સારી રીતે ઉકેલાયેલ સંદર્ભ જીનોમ ભાગ્યે જ ઉપલબ્ધ હોવાથી, કોમ્પ્યુટર-એસેમ્બલ કોન્ટિગ્સની ગુણવત્તાની ચકાસણી ક્યાં તો એસેમ્બલ સિક્વન્સની તુલના તેમને બનાવવા માટે ઉપયોગમાં લેવાતા રીડ્સ (સંદર્ભ-મુક્ત) સાથે કરીને અથવા એમઆરએનએ ટ્રાન્સક્રિપ્ટમાં જોવા મળતા સંરક્ષિત જનીન ડોમેન્સના સિક્વન્સને નજીકથી સંબંધિત પ્રજાતિઓ (સંદર્ભ-આધારિત) ના ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ્સ અથવા જીનોમ સાથે સંરેખિત કરીને કરી શકાય છે. ટ્રાન્ઝ્રેટ અને ડીટોનેટ જેવા સાધનો આ પદ્ધતિઓ દ્વારા એસેમ્બલી ગુણવત્તાના આંકડાકીય વિશ્લેષણને મંજૂરી આપે છે. બીજી પદ્ધતિ એ છે કે અનુમાનિત લખાણ માટે પી. સી. આર. પ્રાઇમરની રચના કરવી, પછી તેમને સી. ડી. એન. એ. લાઈબ્રેરીમાંથી વિસ્તૃત કરવાનો પ્રયાસ કરવો. ઘણીવાર, અપવાદરૂપે ટૂંકા વાંચનને ફિલ્ટર કરવામાં આવે છે. ટૂંકા ક્રમ (<40 એમિનો એસિડ) કાર્યાત્મક પ્રોટીનનું પ્રતિનિધિત્વ કરે તેવી શક્યતા નથી, કારણ કે તેઓ સ્વતંત્ર રીતે ફોલ્ડ કરવામાં અને હાઇડ્રોફોબિક કોર બનાવવામાં અસમર્થ હોય છે. આ મેટ્રિક્સના પૂરક, જનીન સામગ્રીનું માત્રાત્મક મૂલ્યાંકન એસેમ્બલીની ગુણવત્તામાં વધારાની આંતરદૃષ્ટિ પ્રદાન કરી શકે છે. આ પગલું કરવા માટે, એવા સાધનોનો ઉપયોગ કરી શકાય છે જે સંરક્ષિત જનીનોના આધારે અપેક્ષિત જનીન જગ્યાનું નમૂના બનાવે છે, જેમ કે બુસ્કો. યુકેરીયોટ્સ માટે, સી. ઈ. જી. એમ. એ. નો ઉપયોગ પણ થઈ શકે છે, જો કે તે 2015 થી સત્તાવાર રીતે સમર્થિત નથી. એસેમ્બલર નીચેનું એસેમ્બલી સોફ્ટવેરનું આંશિક સંકલન છે જેનો ઉપયોગ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ્સ બનાવવા માટે કરવામાં આવ્યો છે, અને વૈજ્ઞાનિક સાહિત્યમાં પણ તેનો ઉલ્લેખ કરવામાં આવ્યો છે. સેક્મેન એન. જી. એન. એસ. ઓ. એ. પી. ડીનોવો-ટ્રાન્સ એસ. ઓ. એ. પી. ડીનોવો-ટ્રાન્સ એ એસ. ઓ. એ. પી. ડીનોવો 2 માળખામાંથી વારસામાં મળેલું ડી નોવો ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ એસેમ્બલર છે, જે વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ અને વિવિધ અભિવ્યક્તિ સ્તર સાથે ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમને એસેમ્બલ કરવા માટે રચાયેલ છે. એસ. ઓ. એ. પી. ડીનોવો 2 ની સરખામણીમાં એસેમ્બલર સંપૂર્ણ લંબાઈના ટ્રાન્સક્રિપ્ટ સમૂહો બનાવવાની વધુ વ્યાપક રીત પ્રદાન કરે છે. વેલ્વેટ/ઓસિસ વેલ્વેટ અલ્ગોરિધમ લખાણોને ભેગા કરવા માટે ડી બ્રુઇજન ગ્રાફનો ઉપયોગ કરે છે. સિમ્યુલેશનમાં, વેલ્વેટ પ્રોકેરીયોટિક ડેટાનો ઉપયોગ કરીને 50-કે. બી. એન. 50 લંબાઈ અને સસ્તન બેક્ટેરિયલ કૃત્રિમ રંગસૂત્રો (બી. એ. સી.) માં 3-કે. બી. એન. 50 સુધી કોન્ટિગ્સ ઉત્પન્ન કરી શકે છે. આ પ્રારંભિક લખાણોને ઓસિસમાં સ્થાનાંતરિત કરવામાં આવે છે, જે લખાણના સમરૂપ સ્વરૂપો બનાવવા માટે જોડીદાર અંત વાંચન અને લાંબા વાંચન માહિતીનો ઉપયોગ કરે છે. ટ્રાન્સ-એબીવાયએસએસ એબીવાયએસએસ એ સમાંતર, જોડીદાર-અંત અનુક્રમ એસેમ્બલર છે. ટ્રાન્સ-એબીવાયએસએસ (એસેમ્બલી બાય શોર્ટ સિક્વન્સ) એ એબીવાયએસએસ-એસેમ્બલ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ કોન્ટિગ્સનું વિશ્લેષણ કરવા માટે પાયથોન અને પર્લમાં લખાયેલ સોફ્ટવેર પાઇપલાઇન છે. આ પાઇપલાઇન k મૂલ્યોની વિશાળ શ્રેણીમાં પેદા થતી એસેમ્બલીઓ પર લાગુ કરી શકાય છે. તે સૌપ્રથમ ડેટાસેટને બિન-બિનજરૂરી કોન્ટિગ્સના નાના સમૂહોમાં ઘટાડે છે, અને એક્સોન-સ્કિપિંગ, નવલકથા એક્સોન, જાળવી રાખેલા ઇન્ટ્રોન, નવલકથા ઇન્ટ્રોન અને વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ સહિત સ્પ્લિસિંગ ઇવેન્ટ્સને ઓળખે છે. ટ્રાન્સ-એબીવાયએસએસ અલ્ગોરિધમ્સ જનીન અભિવ્યક્તિના સ્તરનો અંદાજ કાઢવા, સંભવિત પોલીએડેનાઈલેશન સાઇટ્સ તેમજ ઉમેદવાર જનીન-ફ્યુઝન ઇવેન્ટ્સને ઓળખવામાં પણ સક્ષમ છે. ટ્રિનિટી ટ્રિનિટી પ્રથમ ક્રમની માહિતીને સંખ્યાબંધ ડી બ્રુઇજન આલેખમાં વિભાજિત કરે છે, દરેક એક જ જનીન અથવા લોકસ પર ટ્રાન્સક્રિપ્શનલ વિવિધતાઓનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે. તે પછી સંપૂર્ણ લંબાઈના સ્પ્લિસિંગ આઇસોફોર્મ્સને બહાર કાઢે છે અને દરેક ગ્રાફમાંથી પેરાલોગસ જનીનોમાંથી મેળવેલા લખાણોને અલગ પાડે છે. ટ્રિનિટીમાં ત્રણ સ્વતંત્ર સોફ્ટવેર મોડ્યુલો હોય છે, જેનો ઉપયોગ અનુલેખન બનાવવા માટે ક્રમિક રીતે થાય છેઃ ઇંચવોર્મ આર. એન. એ.-સેક ડેટાને અનુલેખન અનુક્રમમાં ભેગા કરે છે, જે ઘણીવાર પ્રભાવશાળી સમરૂપતા માટે પૂર્ણ-લંબાઈના અનુલેખન ઉત્પન્ન કરે છે, પરંતુ પછી વૈકલ્પિક રીતે જોડેલા અનુલેખનના માત્ર અનન્ય ભાગોનો અહેવાલ આપે છે. ક્રાઇસેલિસ ઇંચવોર્મ કોન્ટિગ્સનું સમૂહ બનાવે છે અને દરેક સમૂહ માટે સંપૂર્ણ ડી બ્રુઇજન આલેખ બનાવે છે. દરેક સમૂહ આપેલ જનીન (અથવા કુટુંબ અથવા જનીનોના સમૂહ કે જે સંરક્ષિત ક્રમને શેર કરે છે) માટે સંપૂર્ણ અનુલેખન જટિલતાને રજૂ કરે છે. ક્રાઇસેલિસ પછી આ અલગ આલેખ વચ્ચે સંપૂર્ણ વાંચન સમૂહને વિભાજિત કરે છે. બટરફ્લાય પછી વ્યક્તિગત ગ્રાફને સમાંતર પ્રક્રિયા કરે છે, ગ્રાફની અંદર વાંચનના માર્ગોને અનુસરે છે, આખરે વૈકલ્પિક રીતે સ્પ્લિસ્ડ આઇસોફોર્મ્સ માટે પૂર્ણ-લંબાઈના લખાણોનો અહેવાલ આપે છે, અને પેરાલોગસ જનીનોને અનુરૂપ લખાણોને અલગ પાડે છે. ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક્સ હ્યુમન-ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ ડેટાબેઝ ફોર અલ્ટરનેટિવ સ્પ્લિસિંગ (એચ-ડી. બી. એ. એસ.) યુનિજીન ફુલ-પેરાસાઇટ્સ એક્ઝોમ સિક્વન્સિંગ રેફરન્સ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ સિસ્ટમ્સ બાયોલોજી કોમ્પ્યુટેશનલ બાયોલોજી ઓમિક્સ પણ જુઓ.