SABIO-Reaction Kinetics Database
SABIO-RK (સિસ્ટમ ફોર ધ એનાલિસિસ ઓફ બાયોકેમિકલ પાથવેઝ-રિએક્શન કાઇનેટિક્સ) એ વેબ-ઍક્સેસિબલ ડેટાબેઝ છે જે બાયોકેમિકલ પ્રતિક્રિયાઓ અને તેમના ગતિશીલ ગુણધર્મો વિશે માહિતી સંગ્રહિત કરે છે. SABIO-RK માં આપેલ પસંદ કરેલા પ્રકાશનના આધારે પ્રતિક્રિયા ગતિશીલતા પર માત્રાત્મક માહિતીની પ્રતિક્રિયા-લક્ષી રજૂઆતનો સમાવેશ થાય છે. આમાં તેમના અનુરૂપ દર સમીકરણો સાથે તમામ ઉપલબ્ધ ગતિવિષયક પરિમાણો, તેમજ ગતિવિષયક નિયમ અને પરિમાણોના પ્રકારો અને પ્રાયોગિક અને પર્યાવરણીય પરિસ્થિતિઓ કે જેના હેઠળ ગતિવિષયક માહિતી નક્કી કરવામાં આવી હતી તેનો સમાવેશ થાય છે. વધુમાં, SABIO-RK અંતર્ગત બાયોકેમિકલ પ્રતિક્રિયાઓ અને તેમના પ્રતિક્રિયા સહભાગીઓ, સેલ્યુલર સ્થાન અને પ્રતિક્રિયાઓને ઉત્પ્રેરિત કરતા ઉત્સેચકો વિશે વિગતવાર માહિતી સહિત માર્ગો વિશેની માહિતી ધરાવે છે. SABIO-RK ડેટાબેઝ સામગ્રી વ્યાપક રીતે SABIO-RK માં સંગ્રહિત માહિતી મુખ્યત્વે સાહિત્યમાંથી જાતે જ કાઢવામાં આવે છે. આમાં પ્રતિક્રિયાઓ, તેમના સહભાગીઓ (સબસ્ટ્રેટ્સ, ઉત્પાદનો), સંશોધકો (અવરોધકો, સક્રિયકો, સહ-પરિબળો), ઉત્પ્રેરક વિગતો (દા. ત.) નો સમાવેશ થાય છે. ઇસી એન્ઝાઇમ વર્ગીકરણ, પ્રોટીન જટિલ રચના, જંગલી પ્રકાર/મ્યુટન્ટ માહિતી), અનુરૂપ દર સમીકરણ સાથે ગતિશીલ પરિમાણો, જૈવિક સ્રોતો (જીવતંત્ર, પેશીઓ, સેલ્યુલર સ્થાન), પર્યાવરણીય પરિસ્થિતિઓ (પીએચ, તાપમાન, બફર) અને સંદર્ભ વિગતો. કે. ઇ. જી. જી., યુનિપ્રોટ, ચેબી, પબચેમ, એન. સી. બી. આઈ., રિએક્ટોમ, બ્રેન્ડા, મેટાસાઇક, બાયોમોડેલ્સ અને પબમેડ સહિત નિયંત્રિત શબ્દભંડોળ, ઓન્ટોલોજી અને બાહ્ય ડેટા સ્રોતો માટે ડેટાને સ્વીકારવામાં આવે છે, સામાન્ય કરવામાં આવે છે અને એનોટેટ કરવામાં આવે છે. ઓક્ટોબર 2021 સુધીમાં SABIO-RK માં 7.300 થી વધુ પ્રકાશનોમાંથી કાઢવામાં આવેલી લગભગ 71.000 ક્યુરેટેડ સિંગલ એન્ટ્રીઓ છે. સિસ્ટમ બાયોલોજીમાં કેટલાક સાધનો, ડેટાબેઝ અને વર્કફ્લો તેમના માળખામાં એકીકરણ દ્વારા SABIO-RK બાયોકેમિકલ પ્રતિક્રિયા ડેટાનો ઉપયોગ કરે છે જેમાં સિકામોર, મેમો-RK, સેલડિઝાઇનર, પેરોક્સિસોમડીબી, ટેવર્ના વર્કફ્લો અથવા ડેટા કેપ્ચર અને વિશ્લેષણ માટે કાઇનેટિક્સવિઝાર્ડ સોફ્ટવેર જેવા સાધનો સામેલ છે. વધુમાં, SABIO-RK એ મિરિયમ રજિસ્ટ્રીનો એક ભાગ છે, જે કોમ્પ્યુટેશનલ મોડેલો SABIO-RK ડેટાબેઝ એક્સેસની એનોટેશન અને ક્યુરેશન માટેની માર્ગદર્શિકાઓનો સમૂહ છે. વાણિજ્યિક વપરાશકર્તાઓને લાયસન્સની જરૂર છે. SABIO-RK ડેટા એક્સેસ માટે ઘણી રીતો પ્રદાન કરે છેઃ પ્રોગ્રામેટિક એક્સેસ માટે બ્રાઉઝર-આધારિત ઈન્ટરફેસ RESTફુલ-આધારિત વેબ સેવાઓ પરિણામ ડેટા સેટને SBML, BioPAX/SBPAX અને ટેબલ ફોર્મેટ સહિત વિવિધ ફોર્મેટમાં નિકાસ કરી શકાય છે. સંદર્ભો બાહ્ય સંદર્ભો SABIO-RK હોમપેજ સિસ્ટમ્સ બાયોલોજી બાયોકેમિસ્ટ્રી મોલેક્યુલર બાયોલોજી પ્રોટીન બાયોલોજિકલ ડેટાબેસેસ