Nest (protein structural motif)
માળો એ પ્રોટીન માળખાકીય રચનાનો એક પ્રકાર છે. તે પ્રોટીન અને પેપ્ટાઇડ્સ બંનેનું એક નાનું પુનરાવર્તિત આયન-બંધનકર્તા લક્ષણ છે. દરેકમાં સતત ત્રણ એમિનો એસિડ અવશેષોના મુખ્ય સાંકળ પરમાણુઓનો સમાવેશ થાય છે. મુખ્ય સાંકળ NH જૂથો એનાયનોને બાંધે છે જ્યારે બાજુની સાંકળના અણુઓ ઘણીવાર સામેલ થતા નથી. પ્રોલાઇન અવશેષોમાં એન. એચ. જૂથોનો અભાવ હોય છે તેથી માળાઓમાં દુર્લભ હોય છે. પ્રોટીનમાં રહેલા એમિનો એસિડ અવશેષોમાંથી સરેરાશ 12માંથી એક માળામાં હોય છે. માળાની રચના માળાની રચના એવી હોય છે કે પ્રથમ અને ત્રીજા એમિનો એસિડ અવશેષોના NH જૂથો નકારાત્મક રીતે ચાર્જ થયેલ, અથવા આંશિક રીતે નકારાત્મક રીતે ચાર્જ થયેલ, અણુ, ઘણીવાર ઓક્સિજન અણુ સાથે બંધાયેલ હાઇડ્રોજન બનવા માટે જવાબદાર હોય છે. બીજા અવશેષનો NH એ જ અણુ સાથે બંધાયેલ હાઇડ્રોજન પણ હોઈ શકે છે પરંતુ સામાન્ય રીતે તે કંઈક અંશે દૂર નિર્દેશ કરે છે. આ મુખ્ય સાંકળ પરમાણુઓ માળો તરીકે ઓળખાતી અવતલ રચના કરે છે જેમાં આયનીય અણુ બંધબેસે છે. આવા આયનીય અણુઓને કેટલીકવાર ઇંડા કહેવામાં આવે છે અને એક કરતાં વધુ ઇંડા માળામાં બંધાયેલા હોઈ શકે છે. આંતરડાના સેરીન પ્રોટીએઝનું ઓક્સીયાનિયન છિદ્ર એ માળાનું કાર્યાત્મક ઉદાહરણ છે. બીજું એન્ટિબાયોટિક પેપ્ટાઇડ વેન્કોમાઇસિનમાં ઊંડા પોલાણના તળિયે થાય છે જે બેક્ટેરિયલ કોષ દિવાલ સંશ્લેષણના અંતિમ તબક્કા દરમિયાન ઉપયોગમાં લેવાતા મુખ્ય કાર્બોક્સિલેટ જૂથને જોડે છે, જેનાથી બેક્ટેરિયાના કોષોને ગુણાકાર કરતા અટકાવે છે. માળાઓને મુખ્ય સાંકળ પરમાણુઓની રચના દ્વારા વ્યાખ્યાયિત કરવામાં આવે છે, એટલે કે માળામાં પ્રથમ બે એમિનો એસિડના ફાઈ, સાઈ ડાયહેડ્રલ ખૂણા. લાક્ષણિક (આર. એલ.) માળામાં ફાઈ =-90°; સાઈ = 0°; ફાઈ + 1 = 80°; સાઈ + 1 = 20°. માળાઓ તેમના અંતર્મુખતાના પ્રમાણમાં બદલાય છે. કેટલાકમાં એટલું ઓછું હોય છે કે કોન્કેવિટી ખોવાઈ જાય છે; આ પેપ્ટાઇડ્સ ઘણીવાર તેમના NH જૂથો દ્વારા આયનને બદલે તેમના મુખ્ય સાંકળ CO જૂથો દ્વારા કેટાયનને જોડે છે. પોટેશિયમ ચેનલનું વિશિષ્ટતા ફિલ્ટર અને એક્વાપોરિનની પાણીની ચેનલ આ વધુ રેખીય રચના દર્શાવે છે જેમાં પ્રોટીન દ્વારા કાર્બોનિલ જૂથોને પટલમાં અણુઓના પરિવહન માટે કાર્યરત કરવામાં આવે છે. આ નજીકની રેખીય રચના એ પણ છે કે જે આલ્ફા શીટ સંયોજન માળાઓના સ્ટ્રાન્ડમાં જોવા મળે છે જો બે માળાઓ એવી રીતે ઓવરલેપ થાય કે પ્રથમ માળાના અવશેષો i + 1 બીજા માળાના અવશેષો i હોય, તો એક સંયોજન માળો રચાય છે. આમાં ત્રણને બદલે ચાર એનએચ જૂથો છે. જો ત્રણ માળાઓ ઓવરલેપ થાય છે જેમ કે પ્રથમ માળાના અવશેષો i + 1 અને i + 2 બીજા અને ત્રીજા માળાના અવશેષો i છે, તો પાંચ NH જૂથો સાથે વિશાળ સંયોજન માળો રચાય છે, અને તેથી વધુ. મુખ્ય સાંકળ પરમાણુઓ અપૂર્ણ વીંટીનો ભાગ બનાવે છે, જેમાં NH જૂથો લગભગ વીંટીના કેન્દ્ર તરફ નિર્દેશ કરે છે. કારણ કે તેમની કોન્કાવીટી ઘણીવાર સરળ માળાઓ કરતાં પહોળી હોય છે, સંયોજન માળાઓ સામાન્ય રીતે પ્રોટીન દ્વારા પી-લૂપ અથવા વૉકર મોટિફ્સ અને આયર્ન-સલ્ફર ક્લસ્ટર્સમાં ફોસ્ફેટ જેવા બહુ-અણુ આયનને બાંધવા માટે ઉપયોગમાં લેવાય છે. ન્યૂનતમ પેપ્ટાઇડ પી-લૂપ તરીકે રચાયેલ સંશ્લેષિત પેપ્ટાઇડ સેર-ગ્લાય-અલા-ગ્લાય-લિસ-થર, તટસ્થ પીએચ પર અકાર્બનિક ફોસ્ફેટને મજબૂત રીતે બાંધતા હોવાનું દર્શાવવામાં આવ્યું હતું. માળાના પ્રકાર સરળ માળાઓ બે પ્રકારના હોય છે જેને આર. એલ. અને એલ. આર. કહેવામાં આવે છે, જે માળાના પ્રથમ બે અવશેષોના ફાઈ ખૂણાઓની નિશાની પર આધારિત હોય છે. આર અવશેષોમાં નકારાત્મક ફાઈ મૂલ્યો હોય છે (જમણા હાથના આલ્ફા-હેલિક્સની જેમ) અને એલ અવશેષોમાં હકારાત્મક ફાઈ મૂલ્યો હોય છે (ડાબા હાથના આલ્ફા હેલિક્સની જેમ). એંસી ટકા માળાઓ આરએલ અને 20 ટકા એલઆર છે. જ્યારે બે માળાઓ ઓવરલેપ થાય છે ત્યારે તે આરએલઆર અથવા એલઆરએલ હોઈ શકે છે. જ્યારે ત્રણ માળાઓ ઓવરલેપ થાય છે ત્યારે તે આર. એલ. આર. એલ. અથવા એલ. આર. એલ. આર. વગેરે હોઈ શકે છે. દરેક શેલમેન લૂપ તેના છ અવશેષોમાંથી છેલ્લા ત્રણમાં આરએલ માળાનો સમાવેશ કરે છે. માળો તેની અગાઉના કાર્બોનિલ ઓક્સિજન પરમાણુને અનુક્રમમાં જોડે છે. સંખ્યાબંધ એન્ટિબોડી પ્રોટીનમાં કાર્બોક્સિલેટ બાજુની સાંકળ સાથે બંધાયેલા તેમના એચ-ચેઇન સીડીઆર (પૂરકતા નક્કી કરતા પ્રદેશો) ની વાળની પિન લૂપ્સની અંદર આરએલઆર માળાઓ હોય છે. ફોસ્ફોરિલેટેડ સેરીન અને થ્રેઓનાઇન સાથે પ્રોટીન માટે વિશિષ્ટ મોનોક્લોનલ માળો ધરાવતા એન્ટિબોડીઝને જન્મ આપવા માટે આ એન્જિનિયરિંગ કરવામાં આવ્યું છે. મોટાભાગના પી. ડી. ઝેડ. ડોમેન્સમાં પ્રથમ બીટા-સ્ટ્રાન્ડની શરૂઆતમાં આર. એલ. માળો હોય છે, જેમાં ડોમેનના પેપ્ટાઇડ અથવા પ્રોટીન લિગાન્ડના સી-ટર્મિનસ પર કાર્બોક્સિલેટ જૂથને ઓળખવાનું કાર્ય હોય છે. સંદર્ભો બાહ્ય કડીઓ પ્રેરિત પ્રોટીનઃ; PDBeMotif:. પ્રોટીન માળખાકીય રચનાઓ ટ્રીપેપ્ટાઇડ્સ