RefDB (chemistry)
રિ-રેફરેન્સડ પ્રોટીન કેમિકલ શિફ્ટ ડેટાબેઝ (રિફડીબી) એ એન. એમ. આર. સ્પેક્ટ્રોસ્કોપી ડેટાબેઝ છે, જે બાયોમેગ્રેસબેંક (બી. એમ. આર. બી.) (આકૃતિ. 1). બી. એમ. આર. બી. માં નોંધાયેલા અગાઉ સોંપવામાં આવેલા પ્રોટીનના એક્સ-રે અથવા એન. એમ. આર. સંકલન ડેટામાંથી અપેક્ષિત પ્રોટીન (1) એચ, (13) સી અને (15) એન રાસાયણિક પાળીની ગણતરી કરવા માટે માળખા આધારિત રાસાયણિક પાળી ગણતરી કાર્યક્રમ (જેને શિફ્ટએક્સ કહેવાય છે) નો ઉપયોગ કરીને ડેટાબેઝને એસેમ્બલ કરવામાં આવ્યો હતો. સરખામણી આપમેળે SHIFTCOR નામના પ્રોગ્રામ દ્વારા કરવામાં આવે છે. રેફડીબી ડેટાબેઝ હાલમાં 2000 થી વધુ સોંપાયેલ પેપ્ટાઇડ્સ અને પ્રોટીન પર સંદર્ભ-સુધારેલ રાસાયણિક શિફ્ટ ડેટા પ્રદાન કરે છે. ડેટાબેઝમાંથી મળેલી માહિતી સૂચવે છે કે (13) સી પ્રોટીન સોંપણીઓ સાથે લગભગ 25 ટકા બી. એમ. આર. બી. એન્ટ્રીઓ અને (15) એન પ્રોટીન સોંપણીઓ સાથે 27 ટકા બી. એમ. આર. બી. એન્ટ્રીઓને નોંધપાત્ર રાસાયણિક શિફ્ટ સંદર્ભ પુનઃ ગોઠવણની જરૂર પડે છે. વધુમાં, બાયોમેગ્રેસબેંકમાં જમા કરાયેલી લગભગ 40 ટકા પ્રોટીન એન્ટ્રીઓમાં ઓછામાં ઓછી એક અસાઇનમેન્ટ ભૂલ હોય તેવું લાગે છે. વપરાશકર્તાઓ રેફડીબી વેબસાઇટ દ્વારા ઉપલબ્ધ સંખ્યાબંધ પદ્ધતિઓ દ્વારા ડેટાબેઝને ડાઉનલોડ, શોધ અથવા બ્રાઉઝ કરી શકે છે. રિફડીબી બાયોમોલેક્યુલર એન. એમ. આર. સ્પેક્ટ્રોસ્કોપિસ્ટ્સ માટે પ્રમાણભૂત રાસાયણિક શિફ્ટ સંસાધન પ્રદાન કરે છે, જે પેપ્ટાઇડ્સ અને પ્રોટીનમાં રાસાયણિક શિફ્ટ વલણો મેળવવા અથવા ગણતરી કરવા માંગે છે. અવકાશ અને પહોંચ રેફડીબીમાં તમામ માહિતી બિન-માલિકીની છે અથવા બિન-માલિકીના સ્રોતમાંથી મેળવવામાં આવી છે. તે મુક્તપણે સુલભ છે અને કોઈપણ માટે ઉપલબ્ધ છે. વધુમાં, લગભગ દરેક ડેટા આઇટમ સંપૂર્ણપણે શોધી શકાય છે અને સ્પષ્ટ રીતે મૂળ સ્રોતનો સંદર્ભ આપે છે. રેફડીબી ડેટા જાહેર વેબ ઈન્ટરફેસ અને ડાઉનલોડ દ્વારા ઉપલબ્ધ છે. લાક્ષણિકતાઓ રિફડીબીમાં તમામ રાસાયણિક ફેરફારોને ગણતરીત્મક રીતે ડીએસએસ (એક સામાન્ય એન. એમ. આર. રાસાયણિક સ્થાનાંતરણ ધોરણ) માટે ફરીથી સંદર્ભિત કરવામાં આવ્યા છે. રિફડીબી એ સતત અપડેટ થતું સંસાધન છે જે જાહેર ડેટાબેઝ (બી. એમ. આર. બી., જેનબેંક, પ્રોટીન ડેટા બેંક) ની પૂછપરછ કરવા અને સાપ્તાહિક ધોરણે સોંપણી, ક્રમ અને માળખાકીય માહિતી મેળવવા માટે વેબ-બોટનો ઉપયોગ કરે છે. તે પછી ડેટા ચેકિંગ દિનચર્યાઓની શ્રેણી લાગુ કરે છે (પેરામેગ્નેટિક અથવા વિકૃત પ્રોટીનને દૂર કરવા માટે કીવર્ડ્સનો ઉપયોગ કરીને) ત્યારબાદ રાસાયણિક પાળી સંદર્ભ ભૂલોને ઓળખવા અને સુધારવા માટે ગણતરીઓની શ્રેણી લાગુ કરે છે. રિફડીબી સંપૂર્ણપણે વેબ-સક્ષમ ડેટાબેઝ છે, તે ડેટાને બે પ્રમાણભૂત બંધારણો (એન. એમ. આર.-સ્ટાર અને શિફ્ટી) માં સંગ્રહિત કરે છે, તે સ્વચાલિત ડેટા અપડેટ, ચકાસણી અને માન્યતા કરે છે અને તે સંપૂર્ણપણે ડાઉનલોડ કરી શકાય તેવા ફ્લેટ ફાઇલ ફોર્મેટમાં તેમજ હાઇપરલિંક્ડ બ્રાઉઝેબલ ટેબલમાં આઉટપુટ ડેટાની ખુલ્લી ઍક્સેસ પ્રદાન કરે છે (આકૃતિ જુઓ. 2). રીફડીબી કીવર્ડ્સ ક્વેરીઝ અને સિક્વન્સ સર્ચ (સ્થાનિક બ્લાસ્ટનો ઉપયોગ કરીને) ને પણ સપોર્ટ કરે છે. રેફડીબી સામાન્ય રીતે સાપ્તાહિક ધોરણે અપડેટ કરવામાં આવે છે. રેફડીબી ડેટાબેઝ, તેના સંકળાયેલ સોફ્ટવેર સાથે, http://refdb.wishartlab.com પર અને બીએમઆરબી વેબસાઇટ પર મુક્તપણે ઉપલબ્ધ છે. પ્રોટોકોલ રેફડીબી ત્રણ અલગ અલગ કમ્પ્યુટર પ્રોગ્રામના સંયોજનનો ઉપયોગ કરીને તૈયાર કરવામાં આવ્યા છે. પ્રથમ પ્રોગ્રામ (SHIFTX) પ્રોટીન 3D સંકલન ડેટામાંથી બેકબોન 1H, 13C અને 15N રાસાયણિક પાળીની ગણતરી કરે છે. બીજો કાર્યક્રમ (SHIFTCOR) ગણતરી કરેલ પાળીની અવલોકન કરેલ પાળી સાથે સરખામણી કરે છે, કોઈપણ આંકડાકીય રીતે નોંધપાત્ર તફાવતોનું મૂલ્યાંકન કરે છે અને જરૂરી રાસાયણિક પાળી સુધારા કરે છે. ત્રીજો પ્રોગ્રામ (અપડેટ) આપમેળે કોઈપણ અનુરૂપ પી. ડી. બી. ડેટા સાથે નવા જમા થયેલ બી. એમ. આર. બી. ડેટા મેળવે છે. અપડેટ ડેટાને શિફ્ટકોરને પણ નિર્દેશિત કરે છે અને 'સુધારેલી' રાસાયણિક શિફ્ટ ફાઇલને રેફડીબી ડેટાબેઝમાં જોડે છે. રેફડીબી શું પ્રદાન કરે છે 2162 પુનઃ-સંદર્ભિત પ્રોટીન કેમિકલ શિફ્ટ ફાઇલોનો ડાઉનલોડ કરી શકાય તેવો ડેટાબેઝ બી. એમ. આર. બી. ની વ્યાપક સૂચિ અને અનુરૂપ પી. ડી. બી. એન્ટ્રીઓ સાથે પુનઃ-સંદર્ભિત બી. એમ. આર. બી. એન્ટ્રીઓ (આકૃતિ જુઓ. 2) તમામ રિફડીબી એન્ટ્રીઓનો ટેબ-સીમાંકિત સારાંશ દરેક પ્રોટીન ક્રમ માટે શિફ્ટી ફોર્મેટમાં સેકન્ડરી સ્ટ્રક્ચર માહિતી બેકબોન અણુઓ માટે આંકડાકીય માહિતી સંદર્ભ ભૂલો (પીપીએમમાં) સેકન્ડરી સ્ટ્રક્ચર સોંપણીઓ (આલ્ફા-હેલિક્સ, બીટા અને કોઇલ) માટે સરેરાશ બેકબોન રાસાયણિક શિફ્ટ મૂલ્યો પણ જુઓ કેમિકલ શિફ્ટ શિફ્ટ SHIFTCOR પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર ડેટાબેઝ પ્રોટીન કેમિકલ શિફ્ટ પ્રોટીન સેકન્ડરી સ્ટ્રક્ચર પ્રોટીન કેમિકલ શિફ્ટ આગાહી કેમિકલ શિફ્ટ ઇન્ડેક્સ પ્રોટીન એનએમઆર સોફ્ટવેર પ્રોટીન સોફ્ટવેર સામાન્ય સંદર્ભો રસાયણશાસ્ત્ર ડેટાબેઝ ન્યુક્લિયર મેગ્નેટિક રેઝોનન્સ સોફ્ટવેર પ્રોટીન પદ્ધતિઓ જૈવિક ડેટાબેઝ