TimeLogic
ટાઇમલોજિક એ એક્ટિવ મોટિફ, ઇન્કનો બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ વિભાગ છે. કંપનીનું મુખ્ય મથક કાર્લ્સબાડ, કેલિફોર્નિયામાં છે. ટાઇમલોજિક ઉચ્ચ પ્રદર્શન બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ અને બાયોકોમ્પ્યુટિંગના ક્ષેત્રમાં જૈવિક ક્રમની સરખામણી માટે એફ. પી. જી. એ.-પ્રવેગક સાધનો વિકસાવે છે. ટાઇમલોજિકની સ્થાપના 1981માં જેમ્સ ડબલ્યુ. (જિમ) લિન્ડેલીન દ્વારા કરવામાં આવી હતી અને તેણે બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ માટે પ્રથમ વ્યાવસાયિક હાર્ડવેર-પ્રવેગક સાધનોમાંથી એક વિકસાવ્યું હતું, જે સ્મિથ-વોટરમેન અલ્ગોરિધમનું એફ. પી. જી. એ.-પ્રવેગક સંસ્કરણ છે. ટાઇમલોજિકની ડીસાઇફર પ્રણાલીઓએ ફિલ્ડ પ્રોગ્રામેબલ ગેટ એરે (એફ. પી. જી. એ.) તકનીકનો ઉપયોગ કરીને સર્વવ્યાપક બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ અલ્ગોરિધમ્સ બ્લાસ્ટ, સ્મિથ-વોટરમેન અને એચ. એમ. એમ. ઈ. આર. ના ઝડપી અમલીકરણ પ્રદાન કરવા માટે વિસ્તરણ કર્યું છે. 2003માં, ઇન્વિટ્રોજનના સહ-સ્થાપક જોસેફ ફર્નાન્ડીઝ દ્વારા શરૂ કરવામાં આવેલી બાયોટેકનોલોજી રીએજન્ટ કંપની એક્ટિવ મોટિફ દ્વારા ટાઇમલોજિક હસ્તગત કરવામાં આવી હતી. 2008માં, ટાઇમલોજિકે જીનિયસ પ્રોને ડીસાઇફર સિસ્ટમો પર ત્વરિત અલ્ગોરિધમ્સ સાથે સંકલિત કરવા માટે બાયોમેટર્સ સાથે ભાગીદારી કરી હતી. 2011 માં, ટાઇમલોજિકે સંયુક્ત રીતે એક્સિલરેટેડ કોમ્પ્યુટેશનલ ટૂલ્સ વિકસાવવા માટે બીલેફેલ્ડ યુનિવર્સિટીના સેન્ટર ફોર બાયોટેકનોલોજી (સી. ઈ. બી. આઈ. ટી. સી.) સાથે ભાગીદારી કરી હતી. પસંદ કરેલ વૈજ્ઞાનિક યોગદાન એક્સિલરેટેડ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ અલ્ગોરિધમ્સે ઉચ્ચ થ્રુપુટ જીનોમિક્સમાં મહત્વપૂર્ણ ભૂમિકા ભજવી છે, અને નીચે પસંદ કરેલા સીમાચિહ્નો સહિત 180 થી વધુ પીઅર-સમીક્ષા વૈજ્ઞાનિક સંશોધન લેખોમાં જીનોમિક શોધ માટે સક્ષમ તકનીક તરીકે ડીસાઇફર સિસ્ટમોને વ્યાપકપણે પ્રકાશિત કરવામાં આવી છેઃ 1997 માં, ઇ. કોલી કે 12 જીનોમના પ્રથમ સંપૂર્ણ ક્રમની ટિપ્પણીએ નવા અનુવાદિત સિક્વન્સના કાર્યને નિર્ધારિત કરવા માટે ડીસાઇફર સ્મિથ-વોટરમેનનો ઉપયોગ કર્યો હતો. 2002 માં, ચોખાના જિનોમ, પ્રથમ સંપૂર્ણપણે અનુક્રમિત પાક, ડીસાયફર ફ્રેમ સર્ચનો ઉપયોગ કરીને "ઇન્ડેલ્સ દ્વારા થતા ફ્રેમશિફ્ટના સુધારાને શોધવા અને માર્ગદર્શન આપવા માટે" એનોટેટેડ કરવામાં આવ્યો હતો. 2004 માં, પ્લાન્ટ-પરોપજીવી નેમાટોડ્સમાં આડી જનીન સ્થાનાંતરણના અભ્યાસ માટે ઉચ્ચ થ્રુપુટ જીનોમિક અભિગમ ડીસાઇફર તેરા-બ્લાસ્ટનો ઉપયોગ કરીને હાથ ધરવામાં આવ્યો હતો, જે ટાઇમલોજિક દ્વારા બ્લાસ્ટ અલ્ગોરિધમનો અમલ છે. 2007 માં, જાદુગર II ગ્લોબલ ઓશન સેમ્પલિંગ એક્સપિડિશન (જી. ઓ. એસ.) દ્વારા પેદા થયેલ મેટાજેનૉમિક્સ સિક્વન્સની એચ. એમ. એમ. પ્રોફાઇલિંગ 1700 નવા પ્રોટીન પરિવારો શોધવા માટે ડીસાયફર એચ. એમ. એમ. નો ઉપયોગ કરીને કરવામાં આવી હતી અને અગાઉ વૈજ્ઞાનિક સાહિત્યમાં ઓ. આર. એફ. એન. તરીકે વર્ગીકૃત 6000 સિક્વન્સ સાથે મેળ ખાય છે. ડૉ. ક્રેગ વેન્ટર તેમના જીવનચરિત્રમાં ટાઇમલોજિકને શ્રેય આપે છે, અને નોંધે છે કે ડીસાઇફર પ્રણાલીએ "અગાઉ હાંસલ કરવામાં આવેલી તીવ્રતા કરતાં એક અથવા બે વધુ ક્રમમાં કામગીરી કરી હતી. અંતિમ ગણતરીમાં બે અઠવાડિયા લાગ્યા પરંતુ પ્રમાણભૂત કમ્પ્યુટર પર એક સદીથી વધુ સમય સુધી ચાલ્યું હોત. 2007માં પણ, ડીસાયફર જીન ડિટેક્ટીવ સાથે ઓળખાયેલા બાહ્ય ટુકડાઓનો ઉપયોગ કરીને સોયાબીન રોગકારક ફ્યુઝેરિયમ વર્લીફોર્મનો ભૌતિક નકશો વિકસાવવામાં આવ્યો હતો. 2011 માં, એસ. એન. પી. સાઇટ્સની રંગસૂત્રોની સ્થિતિને સચોટ રીતે શોધવા માટે ડીસાયફર તેરા-બ્લાસ્ટનો ઉપયોગ કરીને પશુઓમાં જીનોમિક વિવિધતાનું વૈશ્વિક મૂલ્યાંકન હાથ ધરવામાં આવ્યું હતું. પ્રોડક્ટ્સ ડેસીફર સર્વર એ ડેસીફર સિમિલેરિટી સર્ચ એન્જિન એફ. પી. જી. એ. આધારિત પ્રવેગક સાથેનું ઉચ્ચ પ્રદર્શન ધરાવતું સર્વર છે જેને ટાઇમલોજિકના તમામ ત્વરિત શોધ અલ્ગોરિધમ્સને ચલાવવા માટે ફ્લાય પર ફરીથી પ્રોગ્રામ કરી શકાય છે. તેરા-બ્લાસ્ટ એ એક ત્વરિત બ્લાસ્ટ અલ્ગોરિધમ અમલીકરણ છે, જેમાં તેરા-બ્લાસ્ટ, તેરા-બ્લાસ્ટ, તેરા-બ્લાસ્ટ, તેરા-બ્લાસ્ટ અને તેરા-બ્લાસ્ટનો સમાવેશ થાય છે. તેરા-બ્લાસ્ટમાં તેરા-પ્રોબનો પણ સમાવેશ થાય છે, જે પ્રોબ ડિઝાઇન માટે માલિકીનું અલ્ગોરિધમ છે. ડેસિફર સ્મિથ-વોટરમેન એ ત્વરિત સ્મિથ-વોટરમેન અલ્ગોરિધમ અમલીકરણ છે, જેમાં ફ્રેમ સર્ચ પણ સામેલ છે. ડેસીફર એચ. એમ. એમ. એ એક ત્વરિત એચ. એમ. એમ. ઈ. આર. અલ્ગોરિધમ અમલીકરણ છે, જેમાં એચ. એફ. એસ. ટી., એક ફ્રેમશિફ્ટ સહિષ્ણુ એચ. એમ. એમ. શોધનો પણ સમાવેશ થાય છે. જીન ડિટેક્ટિવ એ યુકેરીયોટિક જીનોમમાં જનીનો, ઇન્ટ્રોન, એક્સોન અને સ્પ્લાઇસ સાઇટ્સની શોધ માટે ઇવાન બર્નીના જીનવાઇઝ જેવું જ ઝડપી અમલીકરણ છે. પાઇપવર્ક્સ એ એક્સિલરેટેડ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ પાઇપલાઇનની ડિઝાઇન માટે ડ્રેગ-એન્ડ-ડ્રોપ ગ્રાફિકલ ઇન્ટરફેસ છે. બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ કંપનીઓની યાદી પણ જુઓ સંદર્ભો બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ કંપનીઓ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ સોફ્ટવેર કોમ્પ્યુટેશનલ સાયન્સ કંપનીઓ કાર્લ્સબાડ, કેલિફોર્નિયામાં સ્થિત છે.