Αr15 RNA
αr15 એ બેક્ટેરિયાના નાના બિન-કોડિંગ આર. એન. એ. નું કુટુંબ છે, જે રાઇઝોબિયલ્સ ક્રમમાંથી α-પ્રોટીઓબેક્ટેરિયાના વ્યાપક જૂથમાં પ્રતિનિધિઓ ધરાવે છે. આ પરિવારના પ્રથમ સભ્યો (એસ. એમ. આર. 15સી1 અને એસ. એમ. આર. સી. 15સી2) સિનોરિઝોબિયમ મેલિલોટી 1021 રંગસૂત્ર (સી) ના સમાન ઇન્ટરજેનિક પ્રદેશ (આઇ. જી. આર.) માં એકસાથે ગોઠવાયેલા જોવા મળ્યા હતા. વધુ સમરૂપતા અને માળખા સંરક્ષણ વિશ્લેષણમાં કેટલાક નાઇટ્રોજન-ફિક્સિંગ સહજીવી રાઇઝોબિયા (એટલે કે નાઇટ્રોજન-ફિક્સિંગ સિમ્બાયોટિક રાઇઝોબિયા) માં સંપૂર્ણ લંબાઈના એસ. એમ. આર. 15સી1 અને એસ. એમ. આર. 15સી2 સમરૂપતાઓને ઓળખવામાં આવી છે. આર. લેગુમિનોસેરમ બીવી. વિસિયા, આર. લેગુમિનોસેરમ બીવી. ટ્રાઇફોલી, આર. એટલી અને કેટલીક મેસોર્હિઝોબિયમ પ્રજાતિઓ), એગ્રોબેક્ટેરિયમ પ્રજાતિઓ (એટલે કે એગ્રોબેક્ટેરિયમ પ્રજાતિઓ) સાથે જોડાયેલા છોડના પેથોજેન્સમાં. એ. ટ્યૂમેફેસિયન્સ, એ. વિટિસ, એ. રેડિયોબેક્ટર, અને એગ્રોબેક્ટેરિયમ એચ13) તેમજ બ્રુસેલાની પ્રજાતિઓ (બી. ઓવિસ, બી. કેનિસ, બી. એબોર્ટસ અને બી. માઇક્રોટિસ, અને બી. મેલિટેંસિસના કેટલાક બાયોવર્સ) ના વ્યાપક વર્ણપટમાં. એસ. એમ. આર. 15સી1 (115એન. ટી.) અને એસ. એમ. આર. 15સી2 (121એન. ટી.) હોમોલોગ્સ પણ રાઇઝોબિયમ અને એગ્રોબેક્ટેરિયમ પ્રજાતિઓના સમાન આઇ. જી. આર. પ્રદેશમાં એન્કોડ કરવામાં આવે છે, જ્યારે બ્રુસેલા પ્રજાતિઓમાં αr15સી લોકી રંગસૂત્ર Iના આઇ. જી. આર. માં ફેલાયેલ છે. વધુમાં, આ વિશ્લેષણમાં ઉલ્લેખિત નાઇટ્રોજન-ફિક્સિંગ α-પ્રોટીઓબેક્ટેરિયાના એક્સ્ટ્રાક્રોમોસોમલ પ્રતિકૃતિઓમાં અને બ્રુસેલા પ્રજાતિના ક્રોમોસોમ II માં ત્રીજા αr15 સ્થાનની પણ ઓળખ કરવામાં આવી હતી. αr15 RNA પ્રજાતિઓ 99-121 nt લાંબી છે (કોષ્ટક 1) અને ત્રણ સ્ટેમ લૂપ્સ (આકૃતિ 1) ધરાવતી સારી રીતે વ્યાખ્યાયિત સામાન્ય ગૌણ રચના ધરાવે છે. αr15 પરિવારના લખાણોને α-પ્રોટિઓબેક્ટેરિયલ જીનોમ (આકૃતિ 5) ના ઇન્ટરજેનિક પ્રદેશો (આઇજીઆર) ની અંદર ઓળખી શકાય તેવા પ્રમોટર અને ટ્રાન્સક્રિપ્શન સમાપ્તિ સહીઓ સાથે સ્વતંત્ર ટ્રાન્સક્રિપ્શન એકમો દ્વારા એન્કોડેડ ટ્રાન્સ-એક્ટિંગ એસઆરએનએ તરીકે સૂચિબદ્ધ કરી શકાય છે. શોધ અને માળખું એસ. એમ. આર. 15સી1 વાય એસ. એમ. આર. 15સી2 એસ. આર. એન. એ. નું વર્ણન ડેલ વેલ એટ અલ દ્વારા કરવામાં આવ્યું હતું, જે સંદર્ભ એસ. મેલિલોટી 1021 તાણ (<આઇ. ડી. 1>) ના ઇન્ટરજેનિક પ્રદેશો (આઇ. જી. આર.) માં કોમ્પ્યુટેશનલ તુલનાત્મક જીનોમિક અભિગમના પરિણામે છે. જો કે એસ. એમ. આર. 15. સી. 1 વાય. એસ. એમ. આર. 15. સી. 2 ના પ્રાથમિક ન્યુક્લિયોટાઇડ ક્રમમાં ઉચ્ચ સમાનતા (84 ટકા ઓળખ) જોવા મળી હતી, તેમ છતાં દરેક એસ. આર. એન. એ. માટે ચોક્કસ તપાસ તૈયાર કરી શકાય છે જે વિવિધ કદ અને અભિવ્યક્તિ રૂપરેખાઓના લખાણોને શોધી કાઢે છે. ટી. એ. પી. આધારિત 5 '-RACE પ્રયોગોએ એસ. મેલિલોટી 1021 જીનોમ (http://iant.toulouse.inra.fr/bacteria/annotation/cgi/rhime.cgi) માં એસ. એમ. આર. 15C1 અને એસ. એમ. આર. 15C2 ટ્રાન્સક્રિપ્શન સ્ટાર્ટ સાઇટ્સ (TSS) ને મેપ કર્યા. એસ. એમ. આર. 15સી1 ટી. એસ. એસ. ને રંગસૂત્રની સ્થિતિ 1698731 એન. ટી. અને એસ. એમ. આર. 15સી2ના ટી. એસ. એસ. ને એન. ટી. 1698937 સાથે મેપ કરવામાં આવ્યું હતું. 3 '-એન્ડ અનુક્રમે 1698617 nt અને 1698817 nt પર સ્થિત હોવાનું માનવામાં આવતું હતું, જે એક પ્રામાણિક રો-સ્વતંત્ર ટર્મિનેટર (આકૃતિ 5) ના સતત યુ. એસ. સ્ટ્રેચના છેલ્લા અવશેષ સાથે મેળ ખાય છે. સમાંતર અને પછીના અભ્યાસો, જેમાં એસ. એમ. આર. 15સી1 અને એસ. એમ. આર. 15સી2 લખાણોને એસ. આર. એ. 41 અથવા એસ. એમ. 3/એસ. એમ. 3 'ની બે નકલો તરીકે ઓળખવામાં આવે છે, સ્વતંત્ર રીતે એસ. મેલિલોટી અને તેના નજીકથી સંબંધિત તાણ 2011માં આ એસ. આર. એન. એ. ની અભિવ્યક્તિની પુષ્ટિ કરે છે. એસ. મેલિલોટી 2011 ના નાના આરએનએ અપૂર્ણાંક (50-350 nt) ના તાજેતરના ઊંડા અનુક્રમણિકા-આધારિત લાક્ષણિકતાઓએ પણ એસ. એમ. આર. 15સી1 અને એસ. એમ. આર. 15સી2 ની અભિવ્યક્તિ જાહેર કરી, જેને અહીં અનુક્રમે એસ. એમ. એલ. સી. 411 અને એસ. એમ. એલ. સી. 412 તરીકે ઓળખવામાં આવે છે, જે સંપૂર્ણ લંબાઈના લખાણોના 5 '-અને 3'-અંતને આવશ્યકપણે ડેલ વેલ એટ અલ જેવી જ સ્થિતિમાં મેપિંગ કરે છે. એસ. મેલિલોટી 1021 રંગસૂત્રમાં. જો કે, આ અભ્યાસમાં 1698948ની સ્થિતિમાં એસ. એમ. આર. 15સી2 માટે વધારાના ટી. એસ. એસ. ની ઓળખ કરવામાં આવી હતી. એસ. એમ. આર. 15સી1 અને એસ. એમ. આર. 15સી2 ના ન્યુક્લિયોટાઇડ ક્રમનો ઉપયોગ શરૂઆતમાં આર. એફ. એ. એમ. ડેટાબેઝ (આવૃત્તિ 10; <આઇ. ડી. 1>) સામે શોધ કરવા માટે ક્વેરી તરીકે કરવામાં આવ્યો હતો. આ શોધમાં સુહબી (http://rfam.xfam.org/family/RF00519) તરીકે ઓળખાતા આર. એન. એ. ના આર. એફ. 00519 પરિવાર માટે, બીજા વાળના પિન અને રો-સ્વતંત્ર ટર્મિનેટર સુધી મર્યાદિત બંને લખાણોની આંશિક સમરૂપતા બહાર આવી. જો કે, આ ડેટાબેઝમાં સંપૂર્ણ લંબાઈના એસ. આર. એન. એ. ના કોઈ માળખાકીય સમરૂપતા મળી આવી ન હતી. બંને S.melilloti αr15 sRNAs પણ હાલમાં ઉપલબ્ધ તમામ બેક્ટેરિયલ જીનોમ (20 એપ્રિલ 2011 ના રોજ 1,615 સિક્વન્સ; https://www.ncbi.nlm.nih.gov) સામે મૂળભૂત પરિમાણો સાથે બ્લાસ્ટ કરવામાં આવ્યા હતા. ક્વેરી ક્રમ (78-89% સમાનતા) માં નોંધપાત્ર સમરૂપતા દર્શાવતા પ્રદેશોને ઇન્ફર્નલ (version1.0) (આકૃતિ 2) નો ઉપયોગ કરીને બીજ સંરેખણમાંથી કોવેરિયન્સ મોડેલ (CM) બનાવવા માટે કાઢવામાં આવ્યા હતા. આ CM નો ઉપયોગ હાલના બેક્ટેરિયલ જીનોમિક ડેટાબેઝમાં αr15 પરિવારના નવા સભ્યોની વધુ શોધમાં કરવામાં આવ્યો હતો. પરિવાર માટે સર્વસંમતિ ગૌણ માળખું નક્કી કરવા માટે પરિણામોની જાતે તપાસ કરવામાં આવી હતી (આકૃતિ 1 અને આકૃતિ 2). સર્વસંમતિનું માળખું પણ સ્વતંત્ર રીતે પ્રોગ્રામ લોકર્નેટ સાથે મેળવેલી આગાહીઓની સરખામણીમાં આગાહી કરવામાં આવ્યું હતું. ઇન્ફર્નલનો ઉપયોગ કરીને સીએમ સાથે મળેલા સિક્વન્સના જાતે નિરીક્ષણથી ફિલોજેનેટિકલી સંબંધિત α-પ્રોટીઓબેક્ટેરિયલ જીનોમમાં 38 સાચા હોમોલોગ્સ શોધવાની મંજૂરી મળી. એસ. મેલિલોટી ઉપરાંત નીચેની પ્રજાતિઓ માટે સમાન રંગસૂત્ર આઇજીઆરમાં 26 નજીકના αr15 પરિવારના સભ્યો મળી આવ્યા હતાઃ સિનોરિઝોબિયમ પ્રજાતિઓઃ એસ. મેડિકે અને એસ. ફ્રેડી રાઇઝોબિયમ પ્રજાતિઓઃ બે આર. લેગુમિનોસેરમ ટ્રાઇફોલી જાતિઓ (ડબલ્યુએસએમ304 અને ડબલ્યુએસએમ35), બે આર. એટલી જાતિઓ સીએફએન 42 અને સીઆઇએટી 652, સંદર્ભ આર. લેગુમિનોસેરમ બીવી. વિસિયા 3841 જાત એગ્રોબેક્ટેરિયમ પ્રજાતિઓઃ એ. વિટિસ, એ. ટ્યૂમેફેસિયન્સ, એ. રેડિયોબેક્ટર અને એ. એચ. 13 આ તમામ ક્રમમાં નોંધપાત્ર બીટ સ્કોર્સ અને ઇન્ફર્નલ ઇ-મૂલ્યો (1.71e-28-2.03e-20) દર્શાવવામાં આવ્યા હતા. જો કે, તમામ ઉલ્લેખિત α-પ્રોટિઓબેક્ટેરિયલ જીનોમ અને તે αr15 સભ્યોની પ્લાઝમિડિક નકલો જે બ્રુસેલા પ્રજાતિઓ (બી. ઓવિસ, બી. કેનિસ, બી. એબોર્ટસ, બી. માઇક્રોટિસ, અને બી. મેલિટેંસિસના કેટલાક બાયોવર્સ), બ્રુસેલા એન્થ્રોપી અને મેસોર્હિઝોબિયમ દ્વારા એન્કોડ કરવામાં આવી હતી, તેમાં (1e-19 અને 8e-03) વચ્ચે ઉચ્ચ ઇ-મૂલ્યો દર્શાવવામાં આવ્યા હતા પરંતુ બિટ-સ્કોર ખૂબ ઓછા હતા. અભિવ્યક્તિ અને કાર્યાત્મક માહિતી વિવિધ અભ્યાસોએ વિવિધ જૈવિક પરિસ્થિતિઓ હેઠળ એસ. મેલિલોટી 1021માં એસ. એમ. આર. 15સી1 અને એસ. એમ. આર. 15સી2 અભિવ્યક્તિનું મૂલ્યાંકન કર્યું છે; એટલે કે. ટીવાયમાં બેક્ટેરિયાની વૃદ્ધિ, ન્યૂનતમ માધ્યમ (એમએમ) અને લ્યુટોલિન-એમએમ સૂપ અને એન્ડોસિમ્બાયોટિક બેક્ટેરિયા (એટલે કે. પરિપક્વ સહજીવી આલ્ફાલ્ફા નોડ્યુલ્સ), ઉચ્ચ મીઠાનું દબાણ, ઓક્સિડેટીવ તણાવ અને ઠંડા અને ગરમ આંચકા તણાવ. પરિણામો બંને એસ. આર. એન. એ. માટે વિવિધ અભિવ્યક્તિ રૂપરેખાઓ દર્શાવે છે, જે સમાન આઇ. જી. આર. (આકૃતિ 4 અને આકૃતિ 5) ની અંદર સ્વતંત્ર અને અલગ રીતે નિયંત્રિત અનુલેખન એકમોમાં તેમની સંસ્થા સાથે સુસંગત છે. મુક્ત-જીવંત બેક્ટેરિયામાં એસ. એમ. આર. 15. સી. 1 અને એસ. એમ. આર. 15. સી. 2 ની અભિવ્યક્તિ વૃદ્ધિ-આધારિત પરંતુ વિપરીત રીતે જોવા મળી હતી. જ્યારે એસ. એમ. આર. 15. સી. 1 સ્થિર તબક્કામાં એકઠા થાય છે ત્યારે એસ. એમ. આર. 15. સી. 2 એ મુક્ત-જીવંત બેક્ટેરિયામાં એસ. એમ. આર. 15. સી. 1 અને એસ. એમ. આર. 15. સી. 2 ની અભિવ્યક્તિ વૃદ્ધિ-આધારિત પરંતુ વિપરીત રીતે જોવા મળી હતી. જ્યારે એસ. એમ. આર. 15. સી. 1 સ્થિર તબક્કામાં સંચિત થાય છે, ત્યારે એસ. એમ. આર. 15. સી. 2 પ્રાધાન્યમાં લોગ બેક્ટેરિયલ સંવર્ધનમાં વ્યક્ત થાય છે. વધુમાં, શ્લુટર એટ અલ. તાજેતરમાં કોલ્ડ શોક સ્ટ્રેસ હેઠળ એસ. એમ. આર. 15સી2ના અપ-રેગ્યુલેશનનું વર્ણન કરવામાં આવ્યું છે, જ્યારે એસ. એમ. આર. 15સી1ની અભિવ્યક્તિમાં તાપમાનમાં ઘટાડાની કોઈ અસરો જોવા મળી નથી. એસ. એમ. આર. 15સી1 અને એસ. એમ. આર. 15સી2ની વૃદ્ધિ-આધારિત વિરુદ્ધ અભિવ્યક્તિ રૂપરેખાઓ, વિલ્મ્સ એટ અલ દ્વારા અનુક્રમે એ. બી. સી. આર. 1 અને એ. બી. સી. આર. 2 તરીકે ઓળખાતા તેમના એગ્રોબેક્ટેરિયમ ટ્યૂમેફેસિયન્સ સમકક્ષોમાં જોવા મળી નથી. (આ કાર્યમાં એ. ટી. આર. 15સી1 અને એ. ટી. આર. 15સી2). એ. બી. સી. આર. 1 અને એ. બી. સી. આર. 2 એકસાથે પ્રેરિત થાય છે અને બંને સ્થિર તબક્કામાં એકઠા થાય છે. આ વર્તન એ હકીકત સાથે સંમત થાય છે કે એ. બી. સી. આર. 1 અને એ. બી. સી. આર. 2 સમાન પ્રમોટર જેવા સિક્વન્સ ધરાવે છે, જે એસ. એમ. આર. 15સી 2 સાથે ખૂબ સમાન છે, પરંતુ એસ. એમ. આર. 15સી 1 ના પ્રમોટર સિક્વન્સ સાથે નહીં (પ્રમોટર એનાલિસિસ જુઓ). વધુમાં, એબીસીઆર જનીનોના કાર્યનો પ્રથમ અભિગમ દર્શાવે છે કે આ એસઆરએનએ એચએફક્યૂ-આધારિત રીતે અનુરૂપ એબીસી ટ્રાન્સપોર્ટર જનીનોના ડાઉન-રેગ્યુલેશન દ્વારા જીએબીએ અપટેક સિસ્ટમને શાંત કરે છે. જીએબીએ એ છોડ-બેક્ટેરિયાની કેટલીક ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓમાં રાઇઝોબેક્ટેરિયા દ્વારા ઓળખાતા છોડના સંકેતોમાંથી એક છે. આમ, આ પરિણામો એ. ટુમેફેસિઅન્સ દ્વારા છોડની સંરક્ષણ પદ્ધતિને ઉથલાવવા માટે ઉપયોગમાં લેવાતી રીત તરીકે જીએબીએ અપટેક સિસ્ટમના સંશ્લેષણને બંધ કરવા તરફ નિર્દેશ કરે છે. તાજેતરના સહ-ઇમ્યુનોપ્રેસિપિટેશન પ્રયોગમાં દર્શાવવામાં આવ્યું છે કે બંને, એસ. એમ. આર. 15સી1 અને એસ. એમ. આર. 15સી2, એસ. મેલિલોટી આર. એન. એ. ચેપરોન એચ. એફ. ક્યુ. ને બાંધે છે, જે આ બેક્ટેરિયમમાં ટ્રાન્સ-એક્ટિંગ એન્ટિસેન્સ <આઇ. ડી. 1> તરીકે આ લખાણોની ભૂમિકાને પણ ટેકો આપે છે, જે પોષક તત્ત્વોના સારા ગ્રહણ માટે પણ દર્શાવવામાં આવ્યા હતા. પ્રોત્સાહક વિશ્લેષણ તમામ αr15 સ્થાનોમાં ઓળખી શકાય તેવા σ70-આધારિત પ્રવર્તકો હોય છે જે-35/- 10 સર્વસંમતિની રચના CTTGAC-n17-CTATAT દર્શાવે છે, જે અગાઉ પ્રોટીઓબેક્ટેરિયાના α-પેટાજૂથમાં અન્ય ઘણી જાતિઓમાં વ્યાપકપણે સંરક્ષિત હોવાનું દર્શાવવામાં આવ્યું છે. આ પ્રમોટર પ્રદેશોની બહુવિધ અનુક્રમ ગોઠવણીએ એસ. મેલિલોટી, S.fredii અને એસ. મેડિકે αr15C1 પ્રમોટરના અપવાદો સાથે તમામ αr15 લોકીમાં ટ્રાન્સક્રિપ્શન સ્ટાર્ટ સાઇટના 80 બી. પી. અપસ્ટ્રીમ સુધી વિસ્તરેલો સંરક્ષિત ક્રમ વિસ્તાર દર્શાવ્યો હતો. અન્ય જાણીતા અનુલેખન પરિબળો માટે બંધનકર્તા સાઇટ્સને ઓળખવા માટે અમે રેગપ્રેડિક્શન (http://regpredict.lbl.gov/regpredict/help.html) દ્વારા પૂરા પાડવામાં આવેલ ફાસ્ટા ક્રમનો ઉપયોગ કર્યો અને રેગ્યુલોનડીબી (http://regulondb.ccg.unam.mx) દ્વારા પૂરા પાડવામાં આવેલ તે સ્થિતિ વજન મેટ્રિક્સ (પીએસડબલ્યુએમ) નો ઉપયોગ કર્યો. અમે સર્વસંમતિ/પેટર પ્રોગ્રામનો ઉપયોગ કરીને રેગપ્રેડિક્શન સિક્વન્સમાંથી દરેક ટ્રાન્સક્રિપ્શન પરિબળ માટે પીએસડબલ્યુએમ બનાવ્યું, દરેક મેટ્રિક્સ માટે 14 અને 30 ની વચ્ચેની મુખ્ય લંબાઈ માટે શ્રેષ્ઠ અંતિમ મેટ્રિક્સ પસંદ કરીને થ્રેશોલ્ડ સરેરાશ ઇ-મૂલ્ય <10ઇ-10 સ્થાપિત કરવામાં આવ્યું હતું, (જુઓ http://gps-tools2.its.yale.edu માં "થ્રેશોલ્ડ સર્વસંમતિ"). વધુમાં, અમે એમ. ઇ. એમ. ઇ. (<આઇ. ડી. 1>) નો ઉપયોગ કરીને સંરક્ષિત અજ્ઞાત રૂપાંકનો માટે શોધ કરી અને હળવા નિયમિત અભિવ્યક્તિઓનો ઉપયોગ કર્યો (એટલે કે. બધા αr15 હોમોલોગ્સ પ્રમોટર્સ પર પેટર્ન મેચિંગ). આ અભ્યાસોએ એસ. મેલિલોટી, S.fredii અને એસ. મેડિકે αr15C1 sRNAs અને αr15 પરિવારના બાકીના સભ્યો વચ્ચેના નિયમનમાં તેમના મૂળના જૂથ (રાઇઝોબિયમ અથવા એગ્રોબેક્ટેરિયમ) અને જીનોમિક સ્થાન (αr15C1, αr15C2, αr15પ્લાઝમિડ) (આકૃતિ 4) થી સ્વતંત્ર તફાવત દર્શાવ્યો હતો. પરિવારના બાકીના સભ્યોએ સ્થિતિ-36 અને-75 વચ્ચે ખૂબ જ સારી રીતે સંરક્ષિત 30 બી. પી. લાંબો વિસ્તાર રજૂ કર્યો. આ સંરક્ષિત પ્રદેશનો ઉપયોગ ટોમટૉમ સાથે જાણીતા ટ્રાન્સક્રિપ્શન ફેક્ટર મોટિફ્સના ડેટાબેઝને ક્વેરી કરવા માટે કરવામાં આવ્યો હતો, જેમાં શ્રેષ્ઠ મેળ ખાતી મોટિફ એસએમબી20667 _ રિઝોબિયલ્સ હતી, જે રેગટ્રાન્સબેઝ (http://regtransbase.lbl.gov/cgi-bin/regtransbase?page=main) સાથે સંકળાયેલી મોટિફ હતી. એસ. એમ. બી. 20667 રાઇઝોબિયલ્સમાં ડાયકાર્બોક્સિલેટ મેટાબોલિઝમ રેગ્યુલેટર માટે બંધનકર્તા સ્થળને અનુરૂપ છે જે લેસીઆઈ પરિવાર સાથે સંબંધિત છે. આ મોટિફને ટાર્ટ્રેટ ડિહાઇડ્રોજિનેઝ, સક્સિનેટ સેમિઅલડિહાઇડ ડિહાઇડ્રોજિનેઝ, એસ. મેલિલોટીમાં 3-હાઇડ્રોક્સિઆઇસોબ્યુટાયરેટ ડિહાઇડ્રોજિનેઝ અને હાઇડ્રોક્સિપાઇરુવેટ આઇસોમેરેઝ અને કેટલાક રાઇઝોબિયમના ક્લસ્ટરિંગ જનીનોની ઓળખ કરવામાં આવી હતી અને તે નારંગી બૉક્સ સાથે પ્રમોટર સંરેખણ આકૃતિ (આકૃતિ 5) માં ચિહ્નિત થયેલ છે. વધુમાં, સિનોર્હિઝોબિયમ પ્રજાતિઓ αr15C1 ના પ્રમોટર પ્રદેશમાં MEME નો ઉપયોગ કરીને અન્ય સંરક્ષિત ક્રમ મળી આવ્યો હતો. આ સંરક્ષિત પ્રદેશનો ઉપયોગ ટોમટૉમ સાથે જાણીતા અનુલેખન પરિબળ પ્રધાનતત્ત્વોના ડેટાબેઝને ક્વેરી કરવા માટે કરવામાં આવ્યો હતો, અને શ્રેષ્ઠ મેળ ખાતી રચના હતી એસએમબી20537 _ રાઇઝોબિયલ્સ (લાલ રંગમાં આકૃતિ 5), જે લેસીઆઈ પરિવારમાંથી પણ રાઇઝોબિયલ્સમાં ખાંડના ઉપયોગના નિયમનકાર માટે બંધનકર્તા સ્થળને ઓળખે છે. જીનોમિક સંદર્ભ αr15 પરિવારના મોટાભાગના સભ્યો ટ્રાન્સ-એન્કોડેડ એસ. આર. એન. એ. છે જે ક્રોમોસોમલ આઇ. જી. આર. માં સ્વતંત્ર પ્રમોટરોમાંથી લખાયેલા છે. αr15 સભ્યોમાંથી ઘણા પડોશી જનીનોની ટિપ્પણી કરવામાં આવી ન હતી, અને આમ તેઓ વધુ જાતે જ તૈયાર કરવામાં આવ્યા હતા. પરિણામે, આપણે પરિવારના સભ્યોને તેમના જીનોમિક સંદર્ભ અનુસાર ચાર પેટા જૂથોમાં વર્ગીકૃત કરી શકીએ છીએ. પ્રથમ જૂથમાં રાઇઝોબિયમ, સિનોરિઝોબિયમ અને એગ્રોબેક્ટેરિયમ પ્રજાતિઓના ટેન્ડમ αr15C1 અને αr15C2 સ્થાન છે. તેઓએ ઉપર અને નીચલા જનીનોમાં મોટા પ્રમાણમાં સંરક્ષણનું પ્રદર્શન કર્યું, જે અનુક્રમે એલ. આઈ. એસ. આર. ટ્રાન્સક્રિપ્શનલ રેગ્યુલેટર અને એ. એસ. આર. ટ્રાન્સક્રિપ્શનલ રેગ્યુલેટર પ્રોટીન માટે કોડ કરવાની આગાહી કરવામાં આવી છે (આકૃતિ 5). આ જૂથમાં એકમાત્ર અપવાદ એસ. ફ્રેડી માટે જોવા મળ્યો હતો જેણે ખૂબ જ અલગ જીનોમિક સંદર્ભ રજૂ કર્યો હતો. બીજા જૂથમાં બ્રુસેલા પ્રજાતિઓમાં αr15CI1 સ્થાન (વધારાની ફાઇલ 2) નો સમાવેશ થાય છે, જેણે પ્રથમ જૂથમાં આંશિક સમન્વય સાથે ખૂબ જ સારી રીતે સંરક્ષિત જીનોમિક સંદર્ભ (એસ્પાર્ટેટ એમિનો ટ્રાન્સફર અને LysR/અજ્ઞાત ટ્રાન્સક્રિપ્શનલ રેગ્યુલેટર) રજૂ કર્યો હતો. એક ખૂબ જ અલગ જીનોમિક સંદર્ભ, મોટાભાગના કિસ્સાઓમાં આંશિક રીતે પણ સંરક્ષિત ન હતો, તે તમામ પ્લાઝમિડ-બોર્ન αr15 લોકી (વધારાની ફાઇલ 1) માં હાજર હતો, જે વ્યાખ્યાયિત જૂથ ત્રણને એકીકૃત કરે છે, જ્યાં ફ્લેન્કિંગ જનીનો એબીસી ટ્રાન્સપોર્ટર પ્રોટીન, એક્સિસોનેઝ અથવા ટ્રાન્સપોઝેસને અનુરૂપ હોય છે. બ્રુસેલા પ્રજાતિઓમાં αr15CI2 સ્થાન (વધારાની ફાઇલ 3) જૂથ ચારને અનુરૂપ છે અને યુ. ડી. પી.-3-ઓ-હાઇડ્રોક્સિમાઇરિસ્ટોલ એન-એસિટિલગ્લૂકોસામાઇન ડેસિટાઇલેઝ અને જી. ટી. પી. એ. એસ. સેલ ડિવિઝન પ્રોટીન એફ. ટી. એસ. ઝેડ. માટે તમામ પ્રદેશોને કોડિંગ કરીને ઉપર અને નીચે સંરક્ષિત જીનોમિક સંદર્ભ રજૂ કરે છે. છેલ્લા જૂથ બ્રુસેલા જૂથમાં αr15CII સ્થાનને અનુરૂપ છે (વધારાની ફાઇલ 4) જ્યાં જનીનોમાંથી માત્ર એક જ હંમેશા ગ્લાયસીન ડેસિડ્રોજનેઝ તરીકે વ્યાખ્યાયિત કરી શકાય છે, અન્ય sRNA ફ્લેન્કિંગ સ્થિતિ મોટે ભાગે બ્રુસેલા જૂથમાં સંરક્ષિત કાલ્પનિક પ્રોટીન દ્વારા સામનો કરવામાં આવી હતી જેમાં કોઈ ડોમેન, મોટિફ અથવા ગો કાર્યાત્મક એનોટેશન સોંપવામાં આવી શક્યું ન હતું. વધારાની ફાઇલોઃ αr15 ફેમિલી પ્લાઝમિડ કોપીનો જીનોમિક સંદર્ભ આલેખઃ છબીઃ બ્રુસેલા જૂથમાં αr15CI1 સ્થાનનો જીનોમિક સંદર્ભ આલેખઃ છબીઃ બ્રુસેલા જૂથમાં αr15CI2 સ્થાનનો જીનોમિક સંદર્ભ આલેખઃ છબીઃ બ્રુસેલા જૂથમાં αr15CII સ્થાનનો જીનોમિક સંદર્ભ આલેખઃ છબીઃ smbr15 3.png બ્રુસેલા જૂથમાં αr15CII સ્થાનનો જીનોમિક સંદર્ભ આલેખઃ છબીઃ smbr15 4.png સંદર્ભો RNA