Death Domain database
ડેથ ડોમેન ડેટાબેઝ એ ડેથ ડોમેન સુપરફેમિલીના પ્રોટીન-પ્રોટીન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ (PPI) નો ગૌણ ડેટાબેઝ છે. આ સુપરફેમિલીના સભ્યો એપોપ્ટોસિસ, બળતરા, નેક્રોસિસ અને રોગપ્રતિકારક કોષ સંકેત માર્ગોમાં મુખ્ય ખેલાડીઓ છે. નકારાત્મક મૃત્યુ ડોમેન સુપરફેમિલી-મધ્યસ્થી સિગ્નલિંગ ઇવેન્ટ્સ વિવિધ માનવ રોગોમાં પરિણમે છે જેમાં કેન્સર, ન્યુરોડિજનરેટિવ રોગો અને રોગપ્રતિકારક વિકૃતિઓનો સમાવેશ થાય છે. ડેથ ડોમેન ડેટાબેઝ બનાવવું એ બાયોમેડિકલ ક્ષેત્રના સંશોધકો માટે ખાસ રસ ધરાવે છે કારણ કે તે ડેથ ડોમેન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓમાં સામેલ મોલેક્યુલર મિકેનિઝમ્સની વધુ સમજણને સક્ષમ કરે છે જ્યારે પ્રોટીન-પ્રોટીન ક્રિયાપ્રતિક્રિયા નેટવર્ક અને માહિતીને સમજાવતા ક્રિયાપ્રતિક્રિયા નકશા જેવા સાધનોની સરળ પહોંચ પણ પ્રદાન કરે છે. હાલમાં માત્ર એક જ ડેટાબેઝ છે જે ફક્ત ડેથ ડોમેન્સને જુએ છે પરંતુ અન્ય ડેટાબેઝ અને સંસાધનો છે જે આ સુપરફેમિલી વિશે માહિતી ધરાવે છે. પબમેડ અનુસાર, મૃત્યુના ક્ષેત્રો અને તેમના પી. પી. આઈ. સારાંશો પરની તેની વ્યાપક અને ચોક્કસ માહિતીને કારણે આ ડેટાબેઝને અત્યાર સુધીમાં સાત પીઅર-સમીક્ષા કરેલા લેખો દ્વારા ટાંકવામાં આવ્યો છે. ડેથ ડોમેન સુપરફેમિલી ઉત્ક્રાંતિવાદી રીતે સંરક્ષિત ડેથ ડોમેન સુપરફેમિલીને ડેથ ફોલ્ડ મોટિફ દ્વારા વ્યાખ્યાયિત કરવામાં આવે છે જે ઘણા પ્રોટીન-ક્રિયાપ્રતિક્રિયા ડોમેન્સ દ્વારા રચાય છે. ડોમેન્સમાં "ગ્રીક-કી ફોલ્ડ" માં ગોઠવાયેલા છ-સાત ચુસ્ત કોઇલવાળા આલ્ફા-હેલિસીસનો સમાવેશ થાય છે. આ સુપરફેમિલીને સૌથી મોટા અને સૌથી વધુ અભ્યાસ કરાયેલ પ્રોટીન-પ્રોટીન ક્રિયાપ્રતિક્રિયા (PPI) નેટવર્કમાંનું એક માનવામાં આવે છે. ડેથ ડોમેન પેટા પરિવારો ચાર પ્રકારના હોય છેઃ ડેથ ઇફેક્ટર ડોમેન (DED), કેસ્પેઝ રિક્રુટમેન્ટ ડોમેન (CARD), પાયરિન ડોમેન (PYD) અને ડેથ ડોમેન (DD). આ સબફૅમિલી ડોમેન્સ તેમના ક્રમ અને માળખામાં સમાનતાને કારણે એકસાથે જૂથબદ્ધ કરવામાં આવે છે. જો કે, સમાન હોવા છતાં, દરેક ડોમેનની પોતાની વ્યાખ્યાયિત માળખાકીય સુવિધા હોય છેઃ DEDમાં RxDL-મોટિફ, CARDમાં વિક્ષેપિત, પ્રથમ હેલિક્સ, PYDમાં નાનું (અથવા ક્યારેક અસ્પષ્ટ) ત્રીજું હેલિક્સ અને DDમાં વધુ ખુલ્લી, લવચીક ત્રીજી હેલિક્સ. આ સબફૅમિલીના સભ્યો માત્ર સમાન પ્રકારના સબફૅમિલી ડોમેન સાથે હોમોટાઇપિક બોન્ડ્સ બનાવે છે. ઉદાહરણ તરીકે, DED ફક્ત DED, CARD-CARD, PYD-PYD અને DD-DD સાથે જ બંધાઈ જશે. આ સમરૂપ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ એક જ ક્ષેત્રના માત્ર બે સભ્યો સાથે હોય છે (અથવા દુર્લભ પ્રસંગોએ વધુ સાથે) અને એવું સૂચવવા માટે કોઈ પુરાવા નથી કે આ ક્ષેત્રો એકબીજા સાથે વિજાતીય ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ ધરાવે છે. ડેથ ડોમેન પેટા પરિવારો ડેથ ઇફેક્ટર ડોમેન (DED) DED ડોમેન્સ કોર્ડટા વંશમાં ખૂબ જ સંરક્ષિત છે અને ઇચિનોડર્માટા વંશ અને વાયરસમાં નાની ટકાવારીમાં પણ મળી શકે છે. ડી. ઈ. ડી. ધરાવતા પ્રોટીન કેસ્પેઝ પ્રોટીનની ક્રિયાપ્રતિક્રિયા સાથે એપોપ્ટોસિસ નિયમન સાથે સંકળાયેલા છે અને સસ્તન પ્રાણીઓમાં નોંધપાત્ર રીતે દસ્તાવેજીકરણ કરવામાં આવ્યા છે. DED ડોમેન્સ અન્ય ડોમેન્સ સાથે ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરવા માટે જાણીતા છે અને તેમાં નીચેનાનો સમાવેશ થાય છેઃ પરમાણુ સ્થાનિકીકરણ ક્રમ (DEDD માં), ટ્રાન્સમેમ્બ્રેન ડોમેન્સ (Bap31 અને બારમાં), ન્યુક્લિયોટાઇડ-બંધનકર્તા ડોમેન્સ (Dap3 માં), SAM ડોમેન્સ (બારમાં), કોઇલ્ડ-કોઇલ ડોમેન્સ (હિપ અને હિપ્પીમાં), અને E2-બંધનકર્તા રિંગ ડોમેન્સ (બારમાં). કેસ્પેઝ રિક્રુટમેન્ટ ડોમેન (કાર્ડ) કાર્ડ ડોમેન્સ મુખ્યત્વે કોર્ડેટ્સમાં જોવા મળે છે, જેમાં ઘણા પ્રાણી સામ્રાજ્યના છે, અને નેમાટોડા અને ઇચિનોડર્માટા ફાયલામાં નાના ટકાવારીમાં જોવા મળે છે. કાર્ડ ડોમેન ધરાવતા પ્રોટીન મોડ્યુલો એપોપ્ટોસિસ સાથે સંકળાયેલા છે, કેસ્પેઝના નિયમન દ્વારા કે જેની સાથે તેઓ ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરે છે, તેમજ એન. એફ.-કપ્પા બી સિગ્નલિંગ માર્ગોમાં તેની ભાગીદારી દ્વારા બળતરા પ્રક્રિયાઓમાં. પાયરીન ડોમેન (પીવાયડી) પીવાયડી ડોમેન, જેને એપોપ્ટોસિસ અને ઇન્ટરફેરોન રિસ્પોન્સ (ડીએપીઆઈએન) ડોમેનમાં ડોમેન તરીકે પણ ઓળખવામાં આવે છે, તે સામાન્ય રીતે કરોડઅસ્થિધારી પ્રાણીઓ અને વાયરલ પ્રોટીનમાં જોવા મળે છે અને એપોપ્ટોસિસ, કેન્સર અને બળતરામાં સામેલ હોય છે. ડેથ ડોમેન સુપરફેમિલીના 4 સભ્યોમાં આ જૂથના કાર્યો સૌથી ઓછા સમજાય છે. ડેથ ડોમેન (ડીડી) આ ડોમેન મુખ્યત્વે પ્રાણી સામ્રાજ્યમાં જોવા મળે છે, ખાસ કરીને સસ્તન પ્રાણીઓમાં, જેમની પાસે ઘણા વિવિધ પ્રકારના પી. પી. આઈ. હોય છે જેમાં ડેથ ડોમેન હોય છે. સ્માર્ટના બિન-અપૂરતા ડેટાબેઝ અનુસાર, સસ્તન પ્રાણીઓ પાસે લગભગ 61 ટકા જાણીતા ડીડી-ડોમેન્સ છે. ડીડી ધરાવતા પ્રોટીન એપોપ્ટોસિસ અને બળતરા સાથે સંકળાયેલા છે, જે કાર્ડ ડોમેનની જેમ જ છે. તેને જન્મજાત રોગપ્રતિકારક શક્તિ સાથે પણ જોડવામાં આવ્યું છે. ડીડી અન્ય પ્રકારના ડોમેન્સ સાથે પણ મળી શકે છે જેમાં એન્કિરિન રિપીટ્સ, કેસ્પેઝ જેવા ફોલ્ડ્સ, કિનેઝ ડોમેન્સ, લ્યુસીન ઝિપર્સ, લ્યુસીન-રિચ રિપીટ્સ (એલઆરઆર), ટીઆઈઆર ડોમેન્સ અને ઝેડયુ5 ડોમેન્સનો સમાવેશ થાય છે. ઝાંખી Deathdomain.org શરૂઆતમાં ક્વોન એટ અલ દ્વારા બનાવવામાં આવી હતી. (2012) ડેથ ડોમેન સુપરફેમિલી મેડિએટેડ સિગ્નલિંગ પાથવેમાં વધુ સંશોધનને ઉત્તેજીત કરવા માટે. તેમનો ડેટાબેઝ જાતે તૈયાર કરવામાં આવે છે અને ડેથ ડોમેન સુપરફેમિલી અને તેની પ્રોટીન-પ્રોટીન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ પર વિગતવાર માહિતી પ્રદાન કરવા પર ધ્યાન કેન્દ્રિત કરે છે. ક્વોન અને તેમની ટીમે પી. પી. આઈ. મોડ્યુલો અને તેમના સંબંધિત મૃત્યુ ક્ષેત્રો પર ધ્યાન કેન્દ્રિત કરતા 295 પ્રકાશિત પીઅર-રીવ્યૂ અભ્યાસોનું સંશોધન, સંકલન અને ક્યુરેટ કરીને શરૂઆત કરી હતી. ડેટાબેઝ હવે વપરાશકર્તાઓને 311 પીઅર-સમીક્ષા અભ્યાસોમાંથી માહિતી પ્રદાન કરે છે, જે મૂળ પ્રકાશનથી થોડો વધારો છે. આ ડેટાબેઝ પ્રદાન કરે છેઃ ડેથ ડોમેન સુપરફેમિલી પ્રોટીન અને સંકળાયેલ PPI ડેટાનો વ્યાપક સારાંશ સાહિત્ય, ડોમેન માળખું અને પ્રાયોગિક સંસાધનોમાંથી સંબંધિત વિશ્લેષણાત્મક પદ્ધતિઓ પરની માહિતી ડેથ ડોમેન સુપરફેમિલી (સર્ચ એન્જિન, ક્રિયાપ્રતિક્રિયા નકશો અને અન્ય ડેટાબેસેસ સાથે માહિતીની તુલના કરવા માટેની લિંક્સ) દ્વારા મધ્યસ્થી કરાયેલા સિગ્નલિંગ નેટવર્ક પર શીખવાની અને સંશોધનની સુવિધા માટે સુવિધાઓ અને સાધનો ડેટાબેઝ પબમેડ ડેટાબેઝનું નિર્માણ એ DeathDomain.org ડેટાબેઝમાં ડેટા સંગ્રહ માટે ઉપયોગમાં લેવાતો પ્રાથમિક સ્રોત હતો. સાઇટના લેખકોએ યુનિપ્રોટકેબી અને એન્ટ્રેઝ જીનમાંથી 99 ડેથ ડોમેન સુપરફેમિલી પ્રોટીન માટે સમાનાર્થી શબ્દો શોધીને શરૂઆત કરી હતી. પ્રોટીનના નામની સાથે, સમાનાર્થી શબ્દોનો ઉપયોગ પુડમેડ ડેટાબેઝમાં ડેથ ડોમેન પ્રોટીન માટેના લેખો શોધવા માટે કરવામાં આવ્યો હતો જે અન્ય પ્રોટીન સાથે શારીરિક બંધનમાં સામેલ હતા. અભ્યાસમાં તમામ સંબંધિત લેખોનો સમાવેશ કરવામાં આવ્યો છે તેની ખાતરી કરવા માટે ડી. આઈ. પી., ઇન્ટએક્ટ, એમ. આઈ. એન. ટી. અને સ્ટ્રીંગ ડેટાબેઝ પર વધુ શોધ કરવામાં આવી હતી. લેખકો 295 પીઅર-સમીક્ષા કરેલા લેખો શોધવા અને જાતે જ ક્યુરેટ કરવામાં સક્ષમ હતા જેમાં 99 ડીડી સુપરફેમિલી પ્રોટીન વચ્ચે 175 પીપીઆઈ જોડીઓની ચર્ચા કરવામાં આવી હતી. આ સંખ્યાઓ મૂળ પ્રકાશનથી વધીને 311 પીઅર-સમીક્ષા કરેલા કાગળો સુધી પહોંચી ગઈ છે, જેમાં 99 ડીડી સુપરફેમિલી પ્રોટીન વચ્ચે 181 પીપીઆઈ જોડીની ચર્ચા કરવામાં આવી છે. સાહિત્યમાં માહિતી તૈયાર કરવા માટે, લેખકોએ વિશ્લેષણાત્મક પદ્ધતિઓ, પ્રાયોગિક પરિણામો, સંસાધનો અને નામકરણ પર ધ્યાન કેન્દ્રિત કરવાનું પસંદ કર્યું. જો કાગળોમાં અપૂરતી માહિતી હોય, તો વપરાશકર્તાઓ આ વિભાગોમાં "ઉલ્લેખિત નથી" જોશે. ડી. ડી. સુપરફેમિલી અને પી. પી. આઈ. સારાંશ આ સુવિધાને રસ ધરાવતું ડેથ ડોમેન પસંદ કરીને અને આ ડોમેન ધરાવતું પ્રોટીન પસંદ કરવા માટે સબટેબનો ઉપયોગ કરીને ઍક્સેસ કરી શકાય છે. તે વપરાશકર્તાને માહિતીની સંપત્તિ તરફ લઈ જશે જે ટોચ પર ખૂબ વિગતવાર ("વિગતવાર" ટેબ) અથવા ઓછી વિગતવાર ("એક નજરમાં" ટેબ) જોઈ શકાય છે. અનુક્રમે 1D અને 1C). ડેટાને વધુ ત્રણ વર્ગોમાં વિભાજિત કરવામાં આવે છેઃ ક્રિયાપ્રતિક્રિયા, લાક્ષણિકતા અને કાર્યાત્મક ભૂમિકા. આ શ્રેણીઓ પસંદ કરવામાં આવી હતી કારણ કે તેનો ઉપયોગ સમાન અભ્યાસોમાં કરવામાં આવ્યો હતો. મોટાભાગના કિસ્સાઓમાં, દરેક PPI માટે, વપરાશકર્તાઓ પબમેડ ID પર ક્લિક કરીને, શીર્ષક, અમૂર્ત, લેખકો, લેખમાં ઉલ્લેખિત ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ અને પ્રકાશનની લિંક સહિતની વિગતો આપીને તેમના વિશે વધુ જાણી શકે છે. અન્ય ઉપશીર્ષક ટૅબ્સ પ્રોટીનની સંપૂર્ણ નામ, વૈકલ્પિક નામો, કાર્ય અને ડેથ ડોમેન સબફૅમિલી અને સીમા ક્ષેત્ર સહિત પ્રોટીનની માહિતીની ઍક્સેસ આપે છે. બાદમાં વપરાશકર્તાઓને યુનિપ્રોટકેબી/સ્વિસ-પ્રોટ અને યુનિપ્રોટકેબી/ટ્રીએમબીએલ ડેટાબેઝમાંથી એમિનો એસિડ સિક્વન્સ અને ડોમેન સીમાઓ ક્યાં તો એમ્બલ, જેનબેંક અથવા ફાસ્ટા ફોર્મેટમાં મેળવવાની મંજૂરી આપે છે. બાહ્ય ડેટાબેઝ લિંક પર ક્લિક કરીને, વપરાશકર્તાઓ અન્ય પ્રજાતિઓમાં જોવા મળતા ડોમેન ધરાવતા પ્રોટીન માટે આ માહિતી મેળવી શકે છે. તેઓ યોગ્ય ઓળખકર્તા નંબર પર ક્લિક કરીને સમાન ડેટાબેઝ (યુનિપ્રોટ, ડીઆઇપી, સ્ટ્રીંગ, કેઈજીજી, ઇન્ટએક્ટ અને એમઆઇએનટી) પર વધુ માહિતી મેળવી શકે છે. છેલ્લી બે ટેબ વપરાશકર્તાઓને "3-ડી સ્ટ્રક્ચર" ટેબ હેઠળ ડાઉનલોડ કરી શકાય તેવી 3-ડી સ્ટ્રક્ચર છબીઓ અને "ડિસીઝ" ટેબ હેઠળ સામેલ કુદરતી પરિવર્તન અને સંબંધિત રોગો પ્રદાન કરશે. 1 ઇ). આંકડાશાસ્ત્ર આંકડાશાસ્ત્ર પૃષ્ઠમાં ડેટાબેઝમાં ઉપયોગમાં લેવાતા પ્રકાશનોની સૂચિ (પ્રકાશનના વર્ષ દ્વારા અલગ) હોય છે અને તેને હાયપરલિંક દ્વારા એક્સેસ કરી શકાય છે. આ પૃષ્ઠ ડોમેન દીઠ પી. પી. આઈ. ની સંખ્યાનો ટેબ્યુલેટેડ સારાંશ પણ રજૂ કરે છે અને તેમના પી. પી. આઈ. સારાંશ પૃષ્ઠ સાથે પણ હાયપરલિંક થયેલ છે. અન્ય ટેબ્યુલેટેડ સુવિધા એ ડેથ ડોમેન ડેટાબેઝ પર જોવા મળતી ડીડી સુપરફેમિલી મધ્યસ્થી પીપીઆઈ જોડીઓની સરખામણી અન્ય પીપીઆઈ ડેટાબેઝ સાથે છે. આ પૃષ્ઠ વપરાશકર્તાઓને સમજાવે છે કે તેમના ડેટાબેઝમાં Deathbase.org કરતાં વધુ PPI જોડીઓ છે અને ઇન્ટએક્ટ અને મિન્ટ જેવી જ સંખ્યા છે. અન્ય સંસાધનો સંદર્ભો બાહ્ય કડીઓ http://www.deathdomain.org http://arquivo.pt/wayback/20160515224643/http:// www. deathbase. org/Biology ડેટાબેસેસ પ્રોટીન ડોમેન્સ