Genotyping by sequencing
આનુવંશિક અનુક્રમણિકાના ક્ષેત્રમાં, અનુક્રમણિકા દ્વારા જીનોટાઇપિંગ, જેને જીબીએસ પણ કહેવાય છે, તે જીનોમ-વાઇડ એસોસિએશન સ્ટડીઝ (જીડબલ્યુએએસ) જેવા જીનોટાઇપિંગ અભ્યાસો કરવા માટે સિંગલ ન્યુક્લિયોટાઇડ પોલીમોર્ફિઝમ્સ (એસએનપી) શોધવાની એક પદ્ધતિ છે. જી. બી. એસ. જીનોમ જટિલતા અને જીનોટાઇપ બહુવિધ ડીએનએ નમૂનાઓને ઘટાડવા માટે પ્રતિબંધ ઉત્સેચકોનો ઉપયોગ કરે છે. પાચન પછી, પી. સી. આર. ટુકડાઓના સંગ્રહને વધારવા માટે કરવામાં આવે છે અને પછી જી. બી. એસ. પુસ્તકાલયોને આગામી પેઢીની અનુક્રમણિકા તકનીકોનો ઉપયોગ કરીને અનુક્રમિત કરવામાં આવે છે, જે સામાન્ય રીતે લગભગ 100 બી. પી. સિંગલ-એન્ડ રીડ્સમાં પરિણમે છે. તે પ્રમાણમાં સસ્તું છે અને છોડના સંવર્ધનમાં તેનો ઉપયોગ કરવામાં આવે છે. જો કે જીબીએસ પ્રતિબંધ-સ્થળ-સંકળાયેલ ડીએનએ સિક્વન્સિંગ (આરએડી-સેક) પદ્ધતિ જેવો જ અભિગમ રજૂ કરે છે, તેઓ કેટલીક નોંધપાત્ર રીતે અલગ પડે છે. પદ્ધતિઓ જી. બી. એસ. એ એસ. એન. પી. શોધ અને મેપિંગ માટે એક મજબૂત, સરળ અને પરવડે તેવી પ્રક્રિયા છે. એકંદરે, આ અભિગમ ઉચ્ચ-વિવિધતામાં પ્રતિબંધ ઉત્સેચકો (આરઇએસ) સાથે જિનોમની જટિલતાને ઘટાડે છે, કાર્યક્ષમ ઉચ્ચ-થ્રુપુટ, ઉચ્ચ મલ્ટિપ્લેક્સ્ડ સિક્વન્સિંગ માટે મોટી જિનોમની પ્રજાતિઓ. યોગ્ય આરઈનો ઉપયોગ કરીને, જીનોમના પુનરાવર્તિત પ્રદેશોને ટાળી શકાય છે અને ઓછી નકલવાળા પ્રદેશોને લક્ષિત કરી શકાય છે, જે આનુવંશિક રીતે અત્યંત વૈવિધ્યસભર પ્રજાતિઓમાં સંરેખણની સમસ્યાઓને ઘટાડે છે. આ પદ્ધતિનું વર્ણન સૌપ્રથમ એલ્શાયર એટ અલ દ્વારા કરવામાં આવ્યું હતું. (2011). સારાંશમાં, ઉચ્ચ પરમાણુ વજનના ડીએનએને જિનોમના મુખ્ય પુનરાવર્તિત અપૂર્ણાંકમાં વારંવાર કાપવા દ્વારા અગાઉ વ્યાખ્યાયિત ચોક્કસ આરઈનો ઉપયોગ કરીને કાઢવામાં આવે છે અને પચાવવામાં આવે છે. એપેકી એ સૌથી વધુ ઉપયોગમાં લેવાતો આરઈ છે. બારકોડ એડેપ્ટરોને પછી ચીકણા છેડા સાથે જોડવામાં આવે છે અને પી. સી. આર. વિસ્તરણ કરવામાં આવે છે. નેક્સ્ટ-જનરેશન સિક્વન્સિંગ ટેકનોલોજી કરવામાં આવે છે જેના પરિણામે લગભગ 100 બી. પી. સિંગલ-એન્ડ રીડ્સ થાય છે. કાચા ક્રમની માહિતીને ફિલ્ટર કરવામાં આવે છે અને સામાન્ય રીતે બુરોઝ-વ્હીલર સંરેખણ સાધન (બીડબલ્યુએ) અથવા બોટી 2 નો ઉપયોગ કરીને સંદર્ભ જીનોમ સાથે ગોઠવવામાં આવે છે. આગળનું પગલું સંરેખિત ટૅગ્સમાંથી SNP ને ઓળખવાનું અને વિવિધ કવરેજ, ઊંડાઈ અને જીનોટાઇપિક આંકડાઓ માટે શોધાયેલ તમામ SNP ને સ્કોર કરવાનું છે. એકવાર મોટા પાયે, પ્રજાતિ-વ્યાપી એસ. એન. પી. નું ઉત્પાદન થઈ જાય, પછી નવા અનુક્રમિત નમૂનાઓમાં જાણીતા એસ. એન. પી. ને ઝડપથી કૉલ કરવો શક્ય છે. જ્યારે શરૂઆતમાં વિકસાવવામાં આવ્યો હતો, ત્યારે જી. બી. એસ. અભિગમને ઉચ્ચ-રીઝોલ્યુશન મકાઈ મેપિંગ વસ્તી (આઇ. બી. એમ.) અને ઓરેગોન વોલ્ફ જવ (ઓ. ડબલ્યુ. બી.) મેપિંગ વસ્તીમાંથી ડબલ હેપ્લોઇડ (ડી. એચ.) જવ રેખાઓમાંથી રિકોમ્બિનન્ટ ઇનબ્રેડ રેખાઓ (આર. આઈ. એલ.) માં પરીક્ષણ અને માન્ય કરવામાં આવ્યો હતો. જી. બી. એસ. લાઈબ્રેરીના નિર્માણ દરમિયાન 96 આર. ઈ. (એપેકી)-પચેલા ડીએનએ નમૂનાઓ એકત્ર કરવામાં આવ્યા હતા અને તેની પ્રક્રિયા એક સાથે કરવામાં આવી હતી, જેની જીનોમ એનાલાઇઝર II (ઈલુમિના, ઇન્ક.) પર તપાસ કરવામાં આવી હતી. એકંદરે, 25,185 બાયેલેલિક ટેગ મકાઈમાં મેપ કરવામાં આવ્યા હતા, જ્યારે 24,186 અનુક્રમ ટેગ જવમાં મેપ કરવામાં આવ્યા હતા. એક જ DH રેખા (OWB003) નો ઉપયોગ કરીને જવ GBS માર્કર માન્યતાએ સંદર્ભ માર્કર્સ અને મેપ કરેલા GBS રીડ્સ વચ્ચે 99 ટકા સમજૂતી દર્શાવી હતી. જવમાં સંપૂર્ણ જીનોમ ક્રમનો અભાવ હોવા છતાં, જી. બી. એસ. ને અનુક્રમ ટેગ મેપિંગ માટે સંદર્ભ જીનોમની જરૂર નથી, સંદર્ભ નમૂનાના જીનોટાઇપિંગની પ્રક્રિયા દરમિયાન વિકસાવવામાં આવે છે. સંદર્ભ જીનોમની ગેરહાજરીમાં વૈકલ્પિક આનુવંશિક વિશ્લેષણ માટે ટેગને પ્રબળ માર્કર્સ તરીકે પણ ગણી શકાય. મલ્ટિપ્લેક્સ જી. બી. એસ. સ્કિમિંગ ઉપરાંત, ગુમ થયેલ એસ. એન. પી. ના આરોપમાં જી. બી. એસ. ખર્ચમાં વધુ ઘટાડો કરવાની સંભાવના છે. જી. બી. એસ. એક બહુમુખી અને ખર્ચ-અસરકારક પ્રક્રિયા છે જે કોઈપણ પ્રજાતિના જીનોમ માળખાને તેના જીનોમ માળખાના પૂર્વ જ્ઞાન વિના ખાણકામ કરવાની મંજૂરી આપશે. પ્રતિબંધ સાઇટ સંકળાયેલ ડીએનએ માર્કર્સ સંદર્ભો જિનેટિક્સ બાયોટેકનોલોજી ડીએનએ સિક્વન્સિંગ પણ જુઓ.