Biomolecular Object Network Databank
બાયોમોલેક્યુલર ઓબ્જેક્ટ નેટવર્ક ડેટાબેન્ક એ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ ડેટાબેન્ક છે જે નાના પરમાણુ માળખા અને ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ પર માહિતી ધરાવે છે. ડેટાબેન્ક આપેલ પરમાણુ માટે હાલમાં ઉપલબ્ધ માહિતીની વ્યાપક ઝાંખી પ્રદાન કરવા માટે સંખ્યાબંધ પ્રવર્તમાન ડેટાબેઝને એકીકૃત કરે છે. પૃષ્ઠભૂમિ બ્લુપ્રિન્ટ પહેલની શરૂઆત ટોરોન્ટોમાં માઉન્ટ સિનાઈ હોસ્પિટલ ખાતે સેમ્યુઅલ લુનેનફેલ્ડ રિસર્ચ ઇન્સ્ટિટ્યૂટ ખાતે ડૉ. ક્રિસ્ટોફર હોગની પ્રયોગશાળામાં એક સંશોધન કાર્યક્રમ તરીકે થઈ હતી. 14 ડિસેમ્બર, 2005ના રોજ, અનલીશ્ડ ઇન્ફોર્મેટિક્સ લિમિટેડે ધ બ્લુપ્રિન્ટ ઇનિશિયેટિવ ઇન્ટેલેક્ચ્યુઅલ પ્રોપર્ટીના વ્યાવસાયિક અધિકારો હસ્તગત કર્યા હતા. આમાં પ્રોટીન ક્રિયાપ્રતિક્રિયા ડેટાબેઝ બીઆઇએનડી, નાના પરમાણુ ક્રિયાપ્રતિક્રિયા ડેટાબેઝ એસએમઆઇડી, તેમજ ડેટા વેરહાઉસ સેકહાઉન્ડના અધિકારોનો સમાવેશ થાય છે. અનલીશ્ડ ઇન્ફોર્મેટિક્સ એ ડેટા મેનેજમેન્ટ સર્વિસ પ્રોવાઇડર છે અને ડૉ. હોગના માર્ગદર્શન હેઠળ ધ બ્લુપ્રિન્ટ ઇનિશિયેટિવના મેનેજમેન્ટ અને ક્યુરેશનની દેખરેખ રાખે છે. કન્સ્ટ્રક્શન બોન્ડ મૂળ બ્લુપ્રિન્ટ ઇનિશિયેટિવ ડેટાબેઝ તેમજ અન્ય ડેટાબેઝને એકીકૃત કરે છે, જેમ કે જેનબેંક, આ ડેટાનું વિશ્લેષણ કરવા માટે જરૂરી ઘણા સાધનો સાથે જોડાય છે. ટેક્સોન ઓળખકર્તાઓ, બિનજરૂરી સિક્વન્સ, જીન ઓન્ટોલોજી વર્ણન, મેન ઓળખકર્તાઓમાં ઓનલાઇન મેન્ડેલિયન વારસો, સંરક્ષિત ડોમેન્સ, ડેટા બેઝ ક્રોસ-રેફરન્સ, લોકસલિંક ઓળખકર્તાઓ અને સંપૂર્ણ જીનોમ સહિત સિક્વન્સ માટે એનોટેશન લિંક્સ પણ ઉપલબ્ધ છે. BOND ક્રોસ-ડેટાબેઝ ક્વેરીઝને સરળ બનાવે છે અને એક ઓપન એક્સેસ સંસાધન છે જે ક્રિયાપ્રતિક્રિયા અને અનુક્રમ ડેટાને એકીકૃત કરે છે. સ્મોલ મોલેક્યુલ ઇન્ટરેક્શન ડેટાબેઝ (એસએમઆઇડી) સ્મોલ મોલેક્યુલ ઇન્ટરેક્શન ડેટાબેઝ એ પ્રોટીન ડોમેન-સ્મોલ મોલેક્યુલ ઇન્ટરેક્શન ધરાવતો ડેટાબેઝ છે. તે સંરક્ષિત ડોમેન ડેટાબેઝ (સી. ડી. ડી.) માં જોવા મળતા ડોમેન પરિવારોને ઓળખવા માટે ડોમેન-આધારિત અભિગમનો ઉપયોગ કરે છે, જે ક્વેરી નાના પરમાણુ સાથે ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરે છે. એન. સી. બી. આઈ. ની સી. ડી. ડી. વિવિધ સ્રોતોમાંથી ડેટાને એકીકૃત કરે છે; પ્રોટીન ફેમિલીઝ (પી. એફ. એ. એમ.), સિમ્પલ મોડ્યુલર આર્કિટેક્ચર રિસર્ચ ટૂલ (એસ. એમ. એ. આર. ટી.), ક્લસ્ટર ઓફ ઓર્થોલોગસ જીન્સ (સી. ઓ. જી.), અને એન. સી. બી. આઈ. ના પોતાના ક્યુરેટેડ સિક્વન્સ. એસ. એમ. આઈ. ડી. માં માહિતી પ્રોટીન ડેટા બેંક (પી. ડી. બી.) માંથી મેળવવામાં આવી છે, જે જાણીતી પ્રોટીન સ્ફટિક રચનાઓનો ડેટાબેઝ છે. પ્રોટીન જીઆઇ, ડોમેન ઓળખકર્તા, પી. ડી. બી. આઇ. ડી. અથવા એસ. એમ. આઇ. ડી. આઇ. ડી. દાખલ કરીને એસ. એમ. આઇ. ડી. ની પૂછપરછ કરી શકાય છે. શોધના પરિણામો ડેટાબેઝમાં ઓળખાયેલ દરેક ક્રિયાપ્રતિક્રિયા માટે નાના અણુ, પ્રોટીન અને ક્ષેત્રની માહિતી પ્રદાન કરે છે. બિન-જૈવિક સંપર્કો સાથેની ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ સામાન્ય રીતે મૂળભૂત રીતે તપાસવામાં આવે છે. એસ. એમ. આઈ. ડી.-બ્લાસ્ટ એ જાણીતા નાના-પરમાણુ બંધનકર્તા સ્થળોની ટિપ્પણી કરવા તેમજ પ્રોટીનમાં બંધનકર્તા સ્થળોની આગાહી કરવા માટે વિકસાવવામાં આવેલું એક સાધન છે, જેની સ્ફટિક રચનાઓ હજુ સુધી નક્કી કરવામાં આવી નથી. આગાહી PDB માં જોવા મળતી જાણીતી ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓના એક્સ્ટ્રાપોલેશન પર આધારિત છે, જે રસના નાના પરમાણુ સાથે અનક્રિસ્ટલાઇઝ્ડ પ્રોટીન વચ્ચેની ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ પર આધારિત છે. પી. ડી. બી. માંથી જાણીતા નાના પરમાણુ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓના પરીક્ષણ સમૂહ સામે એસ. એમ. આઈ. ડી.-બ્લાસ્ટને માન્ય કરવામાં આવ્યું હતું. તે પ્રોટીન-નાના પરમાણુ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓનું સચોટ આગાહીકાર હોવાનું દર્શાવવામાં આવ્યું હતું; અનુમાનિત ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓમાંથી 60 ટકા PDB એનોટેટેડ બંધનકર્તા સ્થળ સાથે સમાન રીતે મેળ ખાય છે, અને આમાંથી 73 ટકા પ્રોટીનના બંધનકર્તા અવશેષોમાંથી 80 ટકાથી વધુને યોગ્ય રીતે ઓળખવામાં આવ્યા હતા. હોગ, સી એટ અલ. અંદાજિત છે કે પી. ડી. બી. ડેટામાં ન જોવાયેલી 45 ટકા આગાહીઓ હકીકતમાં સાચા હકારાત્મક રજૂ કરે છે. બાયોમોલેક્યુલર ઇન્ટરેક્શન નેટવર્ક ડેટાબેઝ (બીઆઇએનડી) પરિચય તમામ જાણીતી મોલેક્યુલર ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓનું દસ્તાવેજીકરણ કરવા માટે ડેટાબેઝનો વિચાર મૂળરૂપે 1990ના દાયકામાં ટોની પૉસન દ્વારા રજૂ કરવામાં આવ્યો હતો અને બાદમાં યુનિવર્સિટી ઓફ ટોરોન્ટોના વૈજ્ઞાનિકો દ્વારા યુનિવર્સિટી ઓફ બ્રિટિશ કોલમ્બિયાના સહયોગથી વિકસાવવામાં આવ્યો હતો. બાયોમોલેક્યુલર ઇન્ટરેક્શન નેટવર્ક ડેટાબેઝ (બીઆઇએનડી) ના વિકાસને કેનેડિયન ઇન્સ્ટિટ્યૂટ ઓફ હેલ્થ રિસર્ચ (સીઆઇએચઆર), જીનોમ કેનેડા, કેનેડિયન ફાઉન્ડેશન ફોર ઇનોવેશન અને ઓન્ટારિયો રિસર્ચ એન્ડ ડેવલપમેન્ટ ફંડ તરફથી અનુદાન દ્વારા ટેકો આપવામાં આવ્યો છે. બીઆઇએનડી મૂળરૂપે બાયોમોલેક્યુલર ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ, પરમાણુ સંકુલ અને માર્ગો સંબંધિત માહિતી માટે સતત વિકસતા ભંડાર તરીકે ડિઝાઇન કરવામાં આવ્યું હતું. પ્રોટિઓમિક્સ એ ઝડપથી આગળ વધી રહેલું ક્ષેત્ર હોવાથી, સંશોધકો માટે વૈજ્ઞાનિક સામયિકોમાંથી માહિતી સહેલાઈથી ઉપલબ્ધ હોવી જરૂરી છે. બીઆઇએનડી સેલ્યુલર પ્રક્રિયાઓમાં સામેલ મોલેક્યુલર ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ અને માર્ગોની સમજણને સરળ બનાવે છે અને આખરે વૈજ્ઞાનિકોને વિકાસલક્ષી પ્રક્રિયાઓ અને રોગના પેથોજેનેસિસની વધુ સારી સમજણ આપશે બીઆઇએનડી પ્રોજેક્ટના મુખ્ય ધ્યેયો છેઃ જાહેર પ્રોટિઓમિક્સ સંસાધન બનાવવું જે બધા માટે ઉપલબ્ધ હોય; અન્ય સ્રોતોમાંથી ડેટામિનિંગને સક્ષમ કરવા માટે એક મંચ બનાવવું (પ્રીબિન્ડ); જટિલ મોલેક્યુલર ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓના વિઝ્યુલાઇઝેશન પ્રસ્તુત કરવા માટે સક્ષમ પ્લેટફોર્મ બનાવવું. શરૂઆતથી જ, બાઈન્ડ ઓપન એક્સેસ છે અને સોફ્ટવેરને મુક્તપણે વિતરિત અને સંશોધિત કરી શકાય છે. હાલમાં, બીઆઇએનડીમાં ડેટા સ્પષ્ટીકરણ, ડેટાબેઝ અને સંકળાયેલ ડેટા માઇનિંગ અને વિઝ્યુલાઇઝેશન ટૂલ્સનો સમાવેશ થાય છે. આખરે, એવી આશા રાખવામાં આવે છે કે બી. આઈ. એન. ડી. એ દરેક મુખ્ય નમૂના સજીવોમાં થતી તમામ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓનો સંગ્રહ હશે. ડેટાબેઝ સ્ટ્રક્ચર બીઆઇએનડી ત્રણ પ્રકારની માહિતી ધરાવે છેઃ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ, મોલેક્યુલર કોમ્પ્લેક્સ અને પાથવેઝ. ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ એ બીઆઇએનડીનો મૂળભૂત ઘટક છે અને વર્ણવે છે કે કેવી રીતે 2 અથવા વધુ પદાર્થો (એ અને બી) એકબીજા સાથે ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરે છે. પદાર્થો વિવિધ પ્રકારની વસ્તુઓ હોઈ શકે છેઃ ડીએનએ, આરએનએ, જનીનો, પ્રોટીન, લિગાન્ડ્સ અથવા ફોટોન. ક્રિયાપ્રતિક્રિયા પ્રવેશમાં અણુ વિશે સૌથી વધુ માહિતી હોય છે; તે તેના નામ અને સમાનાર્થી શબ્દો વિશે માહિતી પૂરી પાડે છે, જ્યાં તે જોવા મળે છે (દા. ત. અણુ વિશેની સૌથી વધુ માહિતી). કોષમાં ક્યાં, કઈ પ્રજાતિઓ, ક્યારે સક્રિય છે, વગેરે. ), અને તેનો ક્રમ અથવા જ્યાં તેનો ક્રમ મળી શકે છે. ક્રિયાપ્રતિક્રિયા એન્ટ્રી ઈન વિટ્રો, રાસાયણિક ગતિશીલતા (થર્મોડાયનેમિક્સ અને કાઇનેટિક્સ સહિત) માં બંધનનું નિરીક્ષણ કરવા માટે જરૂરી પ્રાયોગિક પરિસ્થિતિઓની રૂપરેખા પણ આપે છે. બીઆઇએનડી એન્ટ્રીઓનો બીજો પ્રકાર મોલેક્યુલર કોમ્પ્લેક્સ છે. મોલેક્યુલર કોમ્પ્લેક્સને એવા અણુઓના સમૂહ તરીકે વ્યાખ્યાયિત કરવામાં આવે છે જે સ્થિર હોય છે અને જ્યારે એકબીજા સાથે બંધાયેલા હોય ત્યારે કાર્ય કરે છે. રેકોર્ડમાં વિવિધ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓમાં સંકુલની ભૂમિકા વિશેની કેટલીક માહિતી પણ હોઈ શકે છે અને મોલેક્યુલર કોમ્પ્લેક્સ એન્ટ્રી 2 અથવા વધુ ક્રિયાપ્રતિક્રિયા રેકોર્ડ્સમાંથી ડેટાને જોડે છે. બીઆઇએનડીનો ત્રીજો ઘટક પાથવે રેકોર્ડ વિભાગ છે. માર્ગમાં ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓનું નેટવર્ક હોય છે જે સેલ્યુલર પ્રક્રિયાઓના નિયમનમાં સામેલ હોય છે. આ વિભાગમાં ફીનોટાઇપ અને માર્ગ સંબંધિત રોગો વિશેની માહિતી પણ હોઈ શકે છે. બીઆઇએનડીમાં એન્ટ્રી બનાવવા માટે જરૂરી ઓછામાં ઓછી માહિતી પબમેડ પ્રકાશન સંદર્ભ અને અન્ય ડેટાબેઝમાં એન્ટ્રી છે (દા. ત. જેનબેંક). ડેટાબેઝમાં દરેક એન્ટ્રી ડેટા માટે સંદર્ભો/લેખકો પ્રદાન કરે છે. બીઆઇએનડી એ સતત વિકસતા ડેટાબેઝ હોવાથી, બીઆઇએનડીના તમામ ઘટકો સુધારાઓ અને ફેરફારોને ટ્રેક કરે છે. બીઆઇએનડી એબ્સ્ટ્રેક્ટ સિન્ટેક્સ નોટેશન 1 (ASN.1) ભાષાનો ઉપયોગ કરીને લખાયેલા ડેટા સ્પષ્ટીકરણ પર આધારિત છે. ASN.1 નો ઉપયોગ NCBI દ્વારા તેમની એન્ટ્રેઝ સિસ્ટમ માટે ડેટા સંગ્રહિત કરતી વખતે પણ થાય છે અને આ કારણે BIND ડેટા પ્રતિનિધિત્વ માટે NCBI જેવા જ ધોરણોનો ઉપયોગ કરે છે. ASN.1 ભાષાને પસંદ કરવામાં આવે છે કારણ કે તેનો અન્ય ડેટા સ્પષ્ટીકરણ ભાષાઓમાં સરળતાથી અનુવાદ કરી શકાય છે (દા. ત. એક્સ. એમ. એલ.), જટિલ માહિતીને સરળતાથી સંભાળી શકે છે અને તમામ જૈવિક ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ પર લાગુ કરી શકાય છે-માત્ર પ્રોટીન નહીં. બેડર અને હોગ (2000) એ BIND દ્વારા ઉપયોગમાં લેવાતા ASN.1 ડેટા સ્પષ્ટીકરણ પર વિગતવાર હસ્તપ્રત તૈયાર કરી છે. ડેટાબેઝમાં ડેટા સબમિશન અને ક્યુરેશન વપરાશકર્તા સબમિશનને પ્રોત્સાહિત કરવામાં આવે છે. ડેટાબેઝમાં યોગદાન આપવા માટે, વ્યક્તિએ સબમિટ કરવું આવશ્યક છેઃ સંપર્ક માહિતી, પબમેડ ઓળખકર્તા અને ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરતા બે અણુઓ. જે વ્યક્તિ રેકોર્ડ રજૂ કરે છે તે તેનો માલિક છે. તમામ રેકોર્ડ જાહેર કરવામાં આવે તે પહેલાં માન્ય કરવામાં આવે છે અને ગુણવત્તાની ખાતરી માટે બીઆઇએનડી તૈયાર કરવામાં આવે છે. બીઆઇએનડી ક્યુરેશનમાં બે ટ્રેક છેઃ હાઇ-થ્રુપુટ (એચટીપી) અને લો-થ્રુપુટ (એલટીપી). એચ. ટી. પી. રેકોર્ડ એવા કાગળોમાંથી છે જેમણે એક પ્રાયોગિક પદ્ધતિમાંથી 40 થી વધુ ક્રિયાપ્રતિક્રિયા પરિણામોની જાણ કરી છે. એચટીપી ક્યુરેટર્સ સામાન્ય રીતે બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ બેકગ્રાઉન્ડ ધરાવે છે. એચ. ટી. પી. ક્યુરેટર્સ પ્રાયોગિક માહિતીના સંગ્રહ માટે જવાબદાર છે અને તેઓ નવા પ્રકાશનોના આધારે બી. આઈ. એન. ડી. ને અપડેટ કરવા માટે સ્ક્રિપ્ટ્સ પણ બનાવે છે. એલ. ટી. પી. રેકોર્ડ્સ એમ. એસ. સી. અથવા પી. એચ. ડી. અને ક્રિયાપ્રતિક્રિયા સંશોધનમાં પ્રયોગશાળાનો અનુભવ ધરાવતી વ્યક્તિઓ દ્વારા તૈયાર કરવામાં આવે છે. એલ. ટી. પી. ક્યુરેટર્સને કેનેડિયન બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ વર્કશોપ દ્વારા વધુ તાલીમ આપવામાં આવે છે. ક્યુરેટર આ વિષય વિશે જાણકાર છે તેની ખાતરી કરવા માટે રસાયણશાસ્ત્રીઓ દ્વારા નાના પરમાણુ રસાયણશાસ્ત્ર પરની માહિતી અલગથી તૈયાર કરવામાં આવે છે. બીઆઇએનડી ક્યુરેશન માટેની પ્રાથમિકતા એલ. ટી. પી. પર ધ્યાન કેન્દ્રિત કરવાની છે જેથી તે પ્રકાશિત થાય તે રીતે માહિતી એકત્રિત કરી શકાય. જો કે, એચ. ટી. પી. અભ્યાસો એક જ સમયે વધુ માહિતી પ્રદાન કરે છે, ત્યાં વધુ એલ. ટી. પી. અભ્યાસોની જાણ કરવામાં આવી રહી છે અને બંને ટ્રેક દ્વારા સમાન સંખ્યામાં ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓની જાણ કરવામાં આવી રહી છે. 2004માં, બીઆઇએનડીએ 110 સામયિકોમાંથી માહિતી એકત્રિત કરી હતી. ડેટાબેઝ વૃદ્ધિ બીઆઇએનડી તેની કલ્પના પછીથી નોંધપાત્ર રીતે વધ્યું છે; હકીકતમાં, ડેટાબેઝમાં 2003 અને 2004 ની વચ્ચે એન્ટ્રીઓમાં 10 ગણો વધારો જોવા મળ્યો હતો. સપ્ટેમ્બર 2004 સુધીમાં, 100,000 થી વધુ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાના રેકોર્ડ હતા (જેમાં 58,266 પ્રોટીન-પ્રોટીન, 4,225 આનુવંશિક, 874 પ્રોટીન-નાના પરમાણુ, 25,857 પ્રોટીન-ડીએનએ અને 19,348 બાયોપોલિમર ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓનો સમાવેશ થાય છે). ડેટાબેઝમાં 31,972 પ્રોટીન, 4560 ડીએનએ નમૂનાઓ અને 759 આરએનએ નમૂનાઓ માટે અનુક્રમ માહિતી પણ છે. આ એન્ટ્રીઓ 11,649 પ્રકાશનોમાંથી એકત્રિત કરવામાં આવી છે; તેથી, ડેટાબેઝ ડેટાના મહત્વપૂર્ણ એકીકરણનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે. ડેટાબેઝમાં નોંધાયેલા સજીવોમાં નીચેનાનો સમાવેશ થાય છેઃ સેક્રોમાયસીસ સેરેવિસિયા, ડ્રોસોફિલા મેલાનોગાસ્ટર, હોમો સેપિયન્સ, મસ્ક્યુલસ, કેનોરહૅબિડાઇટિસ એલિગન્સ, હેલિકોબેક્ટર પાયલોરી, બોસ વૃષભ, એચ. આય. વી-1, ગેલસ ગેલસ, અરેબિડોપ્સિસ થાલિયાના, તેમજ અન્ય. સપ્ટેમ્બર 2004 સુધીમાં કુલ 901 ટેક્સાનો સમાવેશ કરવામાં આવ્યો હતો અને બીઆઇએનડીને બીઆઇએનડી-મેટાઝોઆ, બીઆઇએનડી-ફૂગ અને બીઆઇએનડી-ટેક્સરૂટમાં વિભાજિત કરવામાં આવી છે. માત્ર ડેટાબેઝમાં રહેલી માહિતી જ સતત અપડેટ થતી નથી, સોફ્ટવેર પોતે પણ ઘણા સુધારાઓમાંથી પસાર થયું છે. બી. આઈ. એન. ડી. નું સંસ્કરણ 1 1999 માં બહાર પાડવામાં આવ્યું હતું અને વપરાશકર્તા પ્રતિસાદના આધારે તેને બંધન માટે જરૂરી પ્રાયોગિક શરતો પર વધારાની વિગતો અને ક્રિયાપ્રતિક્રિયાના સેલ્યુલર સ્થાનનું અધિક્રમિક વર્ણન સમાવવા માટે સુધારવામાં આવ્યું હતું. આવૃત્તિ 2 2001માં રજૂ કરવામાં આવી હતી અને તેમાં અન્ય ડેટાબેઝમાં ઉપલબ્ધ માહિતીને જોડવાની ક્ષમતા સામેલ હતી. આવૃત્તિ 3 (2002) એ આનુવંશિક ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓનો સમાવેશ કરવા માટે ભૌતિક/બાયોકેમિકલ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓમાંથી ડેટાબેઝનું વિસ્તરણ કર્યું. આવૃત્તિ 3.5 (2004) માં શુદ્ધ વપરાશકર્તા-ઈન્ટરફેસનો સમાવેશ કરવામાં આવ્યો હતો જેનો હેતુ માહિતી પુનઃપ્રાપ્તિને સરળ બનાવવાનો હતો. 2006માં, બાયન્ડને બાયોમોલેક્યુલર ઓબ્જેક્ટ નેટવર્ક ડેટાબેઝ (બીઓએનડી) માં સામેલ કરવામાં આવ્યું હતું, જ્યાં તેને સુધારવાનું અને સુધારવાનું ચાલુ રાખવામાં આવ્યું છે. ખાસ વિશેષતાઓ બી. આઈ. એન. ડી. એ તેના પ્રકારનો પ્રથમ ડેટાબેઝ હતો જેમાં એક યોજનામાં બાયોમોલેક્યુલર ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ, પ્રતિક્રિયાઓ અને માર્ગો વિશેની માહિતી હતી. તે રસાયણશાસ્ત્ર પર તેની ઑન્ટોલોજીને આધાર આપનાર પ્રથમ પણ છે જે પરમાણુ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓની 3D રજૂઆતને મંજૂરી આપે છે. અંતર્ગત રસાયણશાસ્ત્ર પરમાણુ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓને રિઝોલ્યુશનના અણુ સ્તર સુધી વર્ણવવાની મંજૂરી આપે છે. વૈજ્ઞાનિક સાહિત્યમાં બાયોમોલેક્યુલર ક્રિયાપ્રતિક્રિયાની માહિતી શોધવા માટે ડેટા માઇનિંગ માટે સંકળાયેલ સિસ્ટમ પ્રીબિન્ડ કરો. પ્રોટીનનું નામ અથવા પ્રવેશ નંબર દાખલ કરી શકાય છે અને પ્રીબિન્ડ સાહિત્યને સ્કેન કરશે અને સંભવિત ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરતા પ્રોટીનની સૂચિ પરત કરશે. બાયન્ડ બ્લાસ્ટ પ્રોટીન સાથેની ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ શોધવા માટે પણ ઉપલબ્ધ છે જે ક્વેરીમાં ઉલ્લેખિત પ્રોટીન જેવી જ હોય છે. બીઆઇએનડી ઘણી "સુવિધાઓ" પ્રદાન કરે છે જે અન્ય ઘણા પ્રોટિઓમિક્સ ડેટાબેઝમાં શામેલ નથી. આ કાર્યક્રમના લેખકોએ એમિનો એસિડમાં થતા અનુવાદ પછીના ફેરફારોને વર્ણવવામાં મદદ કરવા માટે પરંપરાગત IUPAC નામકરણનું વિસ્તરણ બનાવ્યું છે. આ ફેરફારોમાં એસિટિલેશન, ફોર્મિલેશન, મિથાઇલેશન, પાલ્મિટોયલેશન વગેરેનો સમાવેશ થાય છે. પરંપરાગત IUPAC કોડનું વિસ્તરણ આ એમિનો એસિડ્સને અનુક્રમ સ્વરૂપમાં પણ રજૂ કરવાની મંજૂરી આપે છે. બીઆઇએનડી ઓન્ટોગ્લિફ્સ તરીકે ઓળખાતા અનન્ય વિઝ્યુલાઇઝેશન ટૂલનો પણ ઉપયોગ કરે છે. ઓન્ટોગ્લિફ્સ જીન ઓન્ટોલોજી (જી. ઓ.) ના આધારે વિકસાવવામાં આવ્યા હતા અને મૂળ જી. ઓ. માહિતીની લિંક પ્રદાન કરે છે. સંખ્યાબંધ જીઓ શબ્દોને શ્રેણીઓમાં જૂથબદ્ધ કરવામાં આવ્યા છે, દરેક એક ચોક્કસ કાર્ય, બંધનકર્તા વિશિષ્ટતા અથવા કોષમાં સ્થાનિકીકરણનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે. કુલ 83 ઓન્ટોગ્લિફ અક્ષરો છે. ત્યાં 34 કાર્યાત્મક ઓન્ટોગ્લિફ્સ છે જેમાં અણુની ભૂમિકા વિશેની માહિતી હોય છે (દા. ત. સેલ ફિઝિયોલોજી, આયન પરિવહન, સિગ્નલિંગ). ત્યાં 25 બંધનકર્તા ઓન્ટોગ્લિફ્સ છે જે વર્ણવે છે કે પરમાણુ શું બાંધે છે (દા. ત. લિગાન્ડ્સ, ડીએનએ, આયન). અન્ય 24 ઓન્ટોગ્લિફ્સ કોષની અંદર અણુના સ્થાન વિશે માહિતી પૂરી પાડે છે (દા. ત. ન્યુક્લિયસ, સાયટોસ્કેલેટન). શોધ પરિણામોમાંથી અમુક લાક્ષણિકતાઓને સમાવવા અથવા બાકાત રાખવા માટે ઓન્ટોગ્લિફ્સ પસંદ કરી શકાય છે અને તેમાં હેરફેર કરી શકાય છે. ઓનટોગ્લાયફ્સની દ્રશ્ય પ્રકૃતિ પણ શોધ પરિણામોને જોતા પેટર્ન ઓળખવાની સુવિધા આપે છે. પ્રોટીઓગ્લિફ્સ એ સંરક્ષિત ક્ષેત્રોના સ્તરે પ્રોટીનના માળખાકીય અને બંધનકર્તા ગુણધર્મોની ગ્રાફિકલ રજૂઆત છે. પ્રોટીનને સીધી આડી રેખા તરીકે આકૃતિ આપવામાં આવે છે અને સંરક્ષિત ક્ષેત્રોને રજૂ કરવા માટે ગ્લિફ્સ દાખલ કરવામાં આવે છે. દરેક ગ્લિફ પ્રોટીન ક્રમમાં તેની સંબંધિત સ્થિતિ અને સંરેખણની લંબાઈને રજૂ કરવા માટે પ્રદર્શિત થાય છે. ડેટાબેઝને ઍક્સેસ કરવું ડેટાબેઝ યુઝર ઇન્ટરફેસ વેબ-આધારિત છે અને ટેક્સ્ટ અથવા ઍક્સેશન નંબરો/ઓળખકર્તાઓનો ઉપયોગ કરીને તેની પૂછપરછ કરી શકાય છે. બોન્ડના અન્ય ઘટકો સાથે તેનું એકીકરણ થયું ત્યારથી, પરિણામોમાં ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ, પરમાણુ સંકુલ અને માર્ગોમાં અનુક્રમ ઉમેરવામાં આવ્યા છે. રેકોર્ડ્સમાં નીચેની માહિતીનો સમાવેશ થાય છેઃ BIND ID, ક્રિયાપ્રતિક્રિયા/જટિલ/માર્ગનું વર્ણન, પ્રકાશનો, અપડેટ રેકોર્ડ્સ, ઓર્ગેનિઝમ, ઓન્ટોગ્લિફ્સ, પ્રોટીઓગ્લિફ્સ અને અન્ય ડેટાબેસેસની લિંક્સ જ્યાં વધારાની માહિતી મળી શકે છે. બાઈન્ડ રેકોર્ડમાં વિવિધ જોવાના સ્વરૂપોનો સમાવેશ થાય છે (દા. ત. એચટીએમએલ, ASN.1, એક્સએમએલ, એફએએસટીએ), નિકાસ પરિણામો માટે વિવિધ બંધારણો (દા. ત. ASN.1, XML, GI સૂચિ, PDF), અને વિઝ્યુલાઇઝેશન (દા. ત. સાયટોસ્કેપ). કયા પ્રકારનો ડેટા પુનઃપ્રાપ્ત કરવામાં આવ્યો છે તેના આધારે ચોક્કસ જોવા અને નિકાસ કરવાના વિકલ્પો બદલાય છે. વપરાશકર્તા આંકડા BIND ના એકીકરણ પછી અનલીશ્ડ નોંધણીકર્તાઓની સંખ્યામાં 10 ગણો વધારો થયો છે. ડિસેમ્બર 2006 સુધીમાં નોંધણી માત્ર 10,000થી ઓછી થઈ ગઈ હતી. બોન્ડના વ્યાવસાયિક સંસ્કરણોના ગ્રાહકો છ સામાન્ય વર્ગોમાં આવે છે; કૃષિ અને ખાદ્ય, બાયોટેકનોલોજી, ફાર્માસ્યુટિકલ્સ, ઇન્ફોર્મેટિક્સ, મટિરિયલ્સ અને અન્ય. બાયોટેકનોલોજી ક્ષેત્ર આ જૂથોમાં સૌથી મોટું છે, જે 28 ટકા સબ્સ્ક્રિપ્શન્સ ધરાવે છે. ફાર્માસ્યુટિકલ્સ અને ઇન્ફોર્મેટિક્સ અનુક્રમે 22 ટકા અને 18 ટકા સાથે અનુસરે છે. યુનાઇટેડ સ્ટેટ્સ આમાંના 69 ટકા સબ્સ્ક્રિપ્શન્સ ધરાવે છે. બોન્ડના વ્યાપારી સંસ્કરણોની પહોંચ ધરાવતા અન્ય દેશોમાં કેનેડા, યુનાઇટેડ કિંગડમ, જાપાન, ચીન, કોરિયા, જર્મની, ફ્રાન્સ, ભારત અને ઓસ્ટ્રેલિયાનો સમાવેશ થાય છે. આ તમામ દેશો વપરાશકર્તા હિસ્સામાં 6 ટકાથી નીચે આવે છે. સંદર્ભો જૈવિક ડેટાબેઝ