Accessible surface area
સુલભ સપાટી વિસ્તાર (એએસએ) અથવા દ્રાવક-સુલભ સપાટી વિસ્તાર (એસએએસએ) એ જૈવ અણુનો સપાટી વિસ્તાર છે જે દ્રાવક માટે સુલભ છે. એએસએનું માપન સામાન્ય રીતે ચોરસ એંગસ્ટ્રોમ (મોલેક્યુલર બાયોલોજીમાં માપનનું પ્રમાણભૂત એકમ) ના એકમોમાં વર્ણવવામાં આવે છે. એએસએનું પ્રથમ વર્ણન લી એન્ડ રિચાર્ડ્સ દ્વારા 1971માં કરવામાં આવ્યું હતું અને તેને કેટલીકવાર લી-રિચાર્ડ્સ મોલેક્યુલર સપાટી કહેવામાં આવે છે. એએસએની ગણતરી સામાન્ય રીતે 1973માં શ્રેક એન્ડ રુપલી દ્વારા વિકસાવવામાં આવેલા 'રોલિંગ બોલ' અલ્ગોરિધમનો ઉપયોગ કરીને કરવામાં આવે છે. આ અલ્ગોરિધમ અણુની સપાટીની 'તપાસ' કરવા માટે ચોક્કસ ત્રિજ્યાના ગોળાનો (દ્રાવકનો) ઉપયોગ કરે છે. એ. એસ. એ. શ્રેક-રૂપલી અલ્ગોરિધમની ગણતરી કરવાની પદ્ધતિઓ શ્રેક-રૂપલી અલ્ગોરિધમ એ એક આંકડાકીય પદ્ધતિ છે જે પરમાણુના દરેક અણુથી સમાન અંતરે આવેલા બિંદુઓની જાળી ખેંચે છે અને આ બિંદુઓની સંખ્યાનો ઉપયોગ કરે છે જે સપાટી વિસ્તાર નક્કી કરવા માટે સુલભ દ્રાવક છે. બિંદુઓ વેન ડેર વાલ્સ ત્રિજ્યાની બહાર પાણીના અણુના અંદાજિત ત્રિજ્યા પર દોરવામાં આવે છે, જે અસરકારક રીતે સપાટી પર 'દડો ફેરવવા' જેવું જ છે. બધા બિંદુઓને પડોશી અણુઓની સપાટી સામે તપાસવામાં આવે છે કે કેમ તે નક્કી કરવા માટે કે તેઓ દફનાવવામાં આવ્યા છે કે સુલભ છે. સુલભ બિંદુઓની સંખ્યાને સપાટીના વિસ્તારના ભાગ દ્વારા ગુણાકાર કરવામાં આવે છે, દરેક બિંદુ એએસએની ગણતરી કરવા માટે રજૂ કરે છે. 'પ્રોબ ત્રિજ્યા' ની પસંદગી અવલોકન કરેલ સપાટીના વિસ્તાર પર અસર કરે છે, કારણ કે નાના પ્રોબ ત્રિજ્યાનો ઉપયોગ કરીને વધુ સપાટીની વિગતો શોધી કાઢે છે અને તેથી મોટી સપાટીની જાણ કરે છે. એક લાક્ષણિક મૂલ્ય 1.4 Å છે, જે પાણીના અણુની ત્રિજ્યાને અંદાજિત કરે છે. પરિણામોને અસર કરતું બીજું પરિબળ એ અભ્યાસ હેઠળના અણુમાં અણુઓની VDW ત્રિજ્યાની વ્યાખ્યા છે. ઉદાહરણ તરીકે, અણુમાં ઘણીવાર હાઇડ્રોજન અણુનો અભાવ હોઈ શકે છે, જે માળખામાં ગર્ભિત હોય છે. હાઇડ્રોજન પરમાણુઓને 'ભારે' અણુઓની અણુ ત્રિજ્યામાં 'જૂથ ત્રિજ્યા' તરીકે ઓળખાતા માપ સાથે સમાવિષ્ટ કરી શકાય છે. વધુમાં, દરેક અણુની વેન ડેર વાલ્સની સપાટી પર બનાવેલા બિંદુઓની સંખ્યા પૃથક્કરણનું બીજું પાસું નક્કી કરે છે, જ્યાં વધુ બિંદુઓ વિગતવાર સ્તર પ્રદાન કરે છે. એલ. સી. પી. ઓ. પદ્ધતિ એ. એસ. એ. ની ઝડપી વિશ્લેષણાત્મક ગણતરી માટે એલ. સી. પી. ઓ. પદ્ધતિ બે-શરીરની સમસ્યાના રેખીય અંદાજનો ઉપયોગ કરે છે. એલ. સી. પી. ઓ. માં ઉપયોગમાં લેવાતા અંદાજો 1-3 Å2 ની શ્રેણીમાં ભૂલમાં પરિણમે છે. પાવર ડાયાગ્રામ પદ્ધતિ તાજેતરમાં, એક પદ્ધતિ રજૂ કરવામાં આવી હતી જે પાવર ડાયાગ્રામનો ઉપયોગ કરીને એએસએની ઝડપી અને વિશ્લેષણાત્મક રીતે ગણતરી કરે છે. બાયોમોલેક્યુલને જલીય દ્રાવકમાંથી બિન-ધ્રુવીય દ્રાવકમાં ખસેડવા માટે જરૂરી ટ્રાન્સફર મુક્ત ઊર્જાની ગણતરી કરતી વખતે સુલભ સપાટી વિસ્તારનો ઉપયોગ થાય છે, જેમ કે લિપિડ વાતાવરણ. મોલેક્યુલર ડાયનામિક્સ સોફ્ટવેર પેકેજ એ. એમ. બી. ઈ. આર. માં ગર્ભિત દ્રાવક અસરોની ગણતરી કરતી વખતે પણ એલ. સી. પી. ઓ. પદ્ધતિનો ઉપયોગ થાય છે. તાજેતરમાં એવું સૂચવવામાં આવ્યું છે કે (અનુમાનિત) સુલભ સપાટી વિસ્તારનો ઉપયોગ પ્રોટીન ગૌણ માળખાની આગાહીમાં સુધારો કરવા માટે થઈ શકે છે. દ્રાવક-બાકાત સપાટી સાથેનો સંબંધ એએસએ દ્રાવક-બાકાત સપાટી (જેને કોનોલીના પરમાણુ સપાટી વિસ્તાર અથવા ફક્ત કોનોલી સપાટી તરીકે પણ ઓળખવામાં આવે છે) ની વિભાવના સાથે નજીકથી સંબંધિત છે, જેને જથ્થાબંધ દ્રાવકમાં પોલાણ તરીકે કલ્પના કરવામાં આવે છે. ફ્રેડરિક રિચાર્ડ્સ દ્વારા વિકસાવવામાં આવેલા રોલિંગ-બોલ અલ્ગોરિધમ દ્વારા પણ વ્યવહારમાં તેની ગણતરી કરવામાં આવે છે અને 1983માં માઈકલ કોનોલી અને 1984માં ટિમ રિચમંડ દ્વારા ત્રિ-પરિમાણીય રીતે તેનો અમલ કરવામાં આવ્યો હતો. કોનોલીએ આ પદ્ધતિને પૂર્ણ કરવામાં ઘણા વધુ વર્ષો ગાળ્યા. પેપ્ટાઇડ અને પ્રોટીન માળખાઓનું વિશ્લેષણ કરવા માટે ઇમ્પ્લિસિટ સોલવેશન વેન ડેર વાલ્સ સરફેસ VADAR ટૂલ જુઓ સંબંધિત સુલભ સપાટી વિસ્તાર નોંધો સંદર્ભો બાહ્ય કડીઓ નેટવર્ક સાયન્સ, ભાગ 5: દ્રાવક-સુલભ સપાટીઓ AREAIMOL એ ASA ની ગણતરી કરવા માટે CCP4 પ્રોગ્રામ સ્યુટમાં એક કમાન્ડ લાઇન ટૂલ છે. એન. એ. સી. સી. ઇ. એસ. એસ. દ્રાવક સુલભ વિસ્તાર ગણતરીઓ. ફ્રીએસએએસએ ઓપન સોર્સ કમાન્ડ લાઇન ટૂલ, સી લાઇબ્રેરી અને એએસએની ગણતરી માટે પાયથોન મોડ્યુલ. સરફેસ રેસર ઓલેગ સોડીકોવનો સરફેસ રેસર પ્રોગ્રામ. દ્રાવક સુલભ અને પરમાણુ સપાટી વિસ્તાર અને સરેરાશ વળાંક ગણતરી. શૈક્ષણિક ઉપયોગ માટે મફત. ASA.py-શ્રેક-રૂપલી અલ્ગોરિધમનો પાયથોન આધારિત અમલ. મિશેલ સેનરની મોલેક્યુલર સરફેસ-બાકાત સપાટીની ગણતરી કરવા માટેનો સૌથી ઝડપી પ્રોગ્રામ. pov4grasp મોલેક્યુલર સપાટીઓ રેન્ડર કરે છે. મોલેક્યુલર સરફેસ પેકેજ-માઈકલ કોનોલીનો કાર્યક્રમ. વોલ્યુમ વોક્સલેટર-બાકાત સપાટીઓ પેદા કરવા માટેનું એક વેબ-આધારિત સાધન. એએસવી ફ્રીવેર એન ગોળાઓના જોડાણના કદ અને સપાટીની વિશ્લેષણાત્મક ગણતરી (મોન્ટે-કાર્લો ગણતરી પણ પૂરી પાડવામાં આવી છે). વોર્લુમ કમ્પ્યુટિંગ સરફેસ એરિયા અને 3D બોલ્સના પરિવારનું કદ. GetArea પ્રોટીનના દ્રાવક સુલભ સપાટી વિસ્તારની ઓનલાઇન ગણતરી કરો. મોલેક્યુલર મોડેલિંગ કોમ્પ્યુટેશનલ રસાયણશાસ્ત્ર મોલેક્યુલર ડાયનામિક્સ પ્રોટીન માળખું