BioLinux
બાયોલિનક્સ એ એક શબ્દ છે જેનો ઉપયોગ લિનક્સ પ્લેટફોર્મ પર બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ સોફ્ટવેરની પહોંચ સરળ બનાવવા માટે નીચેની એક અથવા વધુ પદ્ધતિઓનો ઉપયોગ કરીને વિવિધ પ્રોજેક્ટ્સમાં થાય છેઃ સંપૂર્ણ સિસ્ટમોની જોગવાઈ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ સોફ્ટવેર રીપોઝીટરીઓની જોગવાઈ પ્રમાણભૂત વિતરણોમાં બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ પેકેજોનો ઉમેરો બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ સોફ્ટવેર સાથે જીવંત ડીવીડી/સીડીમાં સામુદાયિક નિર્માણ અને સપોર્ટ સિસ્ટમ્સ ઉમેરવામાં આવી છે હવે લિનક્સ સિસ્ટમ્સ અને અન્ય યુનિસીસ બંને પર સમાન હેતુઓ સાથે વિવિધ પ્રોજેક્ટ્સ છે, અને તેમાંની પસંદગી નીચે આપવામાં આવી છે. કેનેડિયન બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ હેલ્પડેસ્ક ન્યૂઝલેટરમાં એક ઝાંખી પણ છે જે લિનક્સ આધારિત કેટલાક પ્રોજેક્ટની વિગતો આપે છે. પેકેજ રીપોઝીટરીઓ એપલ/મેક ઘણા લિનક્સ પેકેજો મેક ઓએસ એક્સ સાથે સુસંગત છે અને એવા ઘણા પ્રોજેક્ટ્સ છે જે મેક ઓએસ એક્સ ચલાવતા કમ્પ્યુટર પર પસંદ કરેલા લિનક્સ પેકેજો (બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ સોફ્ટવેર સહિત) ને સ્થાપિત કરવાનું સરળ બનાવવાનો પ્રયાસ કરે છે. (સ્ત્રોત?) બાયોઆર્કલિનક્સ બાયોઆર્કલિનક્સ રીપોઝીટરીમાં આર્ક લિનક્સ અને આર્ક લિનક્સ આધારિત વિતરણ માટે 3,770 થી વધુ પેકેજો છે. ડેબિયન ડેબિયન એ ઘણી શૈક્ષણિક સંસ્થાઓમાં ઉપયોગમાં લેવાતું અન્ય એક ખૂબ જ લોકપ્રિય લિનક્સ વિતરણ છે, અને કેટલાક બાયોઇન્ફોર્મેટીશિયનોએ ડેબ ફોર્મેટમાં આ વિતરણ માટે તેમના પોતાના સોફ્ટવેર પેકેજો ઉપલબ્ધ કરાવ્યા છે. રેડ હેટ પેકેજ રીપોઝીટરીઓ સામાન્ય રીતે લિનક્સના વિતરણ માટે ચોક્કસ હોય છે જેનો ઉપયોગ બાયોઇન્ફોર્મેટીશિયન કરે છે. બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ કાર્યમાં સંખ્યાબંધ લિનક્સ પ્રકારો પ્રચલિત છે. ફેડોરા એ વાણિજ્યિક રેડ હેટ પ્રણાલીનું મુક્ત રીતે વિતરિત સંસ્કરણ છે. કોર્પોરેટ જગતમાં રેડ હેટનો વ્યાપકપણે ઉપયોગ થાય છે કારણ કે તે વ્યાવસાયિક ટેકો અને તાલીમ પેકેજો પ્રદાન કરે છે. ફેડોરા કોર એ રેડ હેટનું સમુદાય સમર્થિત વ્યુત્પન્ન છે અને તે લોકોમાં લોકપ્રિય છે જેમને રેડ હેટની પ્રણાલી ગમે છે પરંતુ તેમને વ્યાવસાયિક સમર્થનની જરૂર નથી. બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ એપ્લિકેશન્સના ઘણા વપરાશકર્તાઓએ ફેડોરા સાથે કામ કરવા માટે રચાયેલ આરપીએમ (રેડ હેટનું પેકેજ ફોર્મેટ) બનાવ્યું છે, જેને તમે સંભવિત રીતે રેડ હેટ એન્ટરપ્રાઇઝ લિનક્સ સિસ્ટમો પર પણ સ્થાપિત કરી શકો છો. અન્ય વિતરણો જેમ કે માંડ્રીવા અને એસયુએસઈ આરપીએમનો ઉપયોગ કરે છે, તેથી આ પેકેજો આ વિતરણો પર પણ કામ કરી શકે છે. સ્લેકવેર એ ઓછા ઉપયોગમાં લેવાતા લિનક્સ વિતરણોમાંનું એક છે. તે એવા લોકોમાં લોકપ્રિય છે જેમને લિનક્સ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમનું વધુ સારું જ્ઞાન છે અને જેઓ ઉપલબ્ધ વિવિધ GUI પર કમાન્ડ લાઇનને પસંદ કરે છે. પેકેજો ટીજીઝેડ અથવા ટીજીએક્સ ફોર્મેટમાં હોય છે. સ્લેકવેર પર આધારિત સૌથી વધુ જાણીતું જીવંત વિતરણ સ્લૅક્સ છે અને તેનો ઉપયોગ ઘણા બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ વિતરણ માટે આધાર તરીકે કરવામાં આવે છે. બાયોસ્લેક્સ લાઇવ ડીવીડી/સીડી લાઇવ ડીવીડી અથવા સીડી બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ કમ્પ્યુટિંગ પ્રદાન કરવાની આદર્શ રીત નથી, કારણ કે તે સીડી/ડીવીડી ડ્રાઇવમાંથી ચાલે છે. આનો અર્થ એ છે કે તેઓ પરંપરાગત હાર્ડ ડિસ્ક સ્થાપન કરતાં ધીમા છે અને રૂપરેખાંકિત કરવાની મર્યાદિત ક્ષમતા ધરાવે છે. જો કે, તેઓ કામચલાઉ ઉકેલો પ્રદાન કરવા માટે યોગ્ય હોઈ શકે છે જ્યાં કોઈ અન્ય લિનક્સ ઍક્સેસ ઉપલબ્ધ નથી, અને તેનો ઉપયોગ લિનક્સ ઇન્સ્ટોલેશન માટેના આધાર તરીકે પણ થઈ શકે છે. સારા બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ સપોર્ટ સાથે પ્રમાણભૂત વિતરણો સામાન્ય રીતે, લિનક્સ વિતરણોમાં સત્તાવાર પેકેજોની વિશાળ શ્રેણી ઉપલબ્ધ હોય છે, પરંતુ તેમાં સામાન્ય રીતે વૈજ્ઞાનિક સમર્થનનો સમાવેશ થતો નથી. ત્યાં અપવાદો છે, જેમ કે નીચે વિગતવાર. જેન્ટુ લિનક્સ જેન્ટુ લિનક્સ ઇ-બિલ્ડ્સના સ્વરૂપમાં 156 થી વધુ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ એપ્લિકેશનો (મુખ્ય વૃક્ષમાં જેન્ટુ સાય-બાયોલોજી હર્ડ જુઓ) પ્રદાન કરે છે, જે સ્રોત કોડમાંથી એપ્લિકેશનો બનાવે છે. વધારાના 325 પેકેજો જેન્ટૂ સાયન્સ ઓવરલે (પરીક્ષણ માટે) માં છે. ઉત્તમ સામુદાયિક સમર્થન સાથે ખૂબ જ લવચીક પ્રણાલી હોવા છતાં, સ્રોતમાંથી સ્થાપિત કરવાની જરૂરિયાતનો અર્થ એ છે કે જેન્ટુ પ્રણાલીઓ સ્થાપિત કરવામાં ઘણીવાર ધીમી હોય છે, અને તેમાં નોંધપાત્ર જાળવણીની જરૂર પડે છે. દ્વિસંગી પેકેજો બનાવવા માટે કેન્દ્રીય સર્વરનો ઉપયોગ કરીને સંકલનનો થોડો સમય ઘટાડવો શક્ય છે. બીજી બાજુ, તમે તમારા શ્રેષ્ઠ પ્રોસેસરનો ઉપયોગ કરીને સૌથી વધુ ઝડપે ચલાવવા માટે બધાને સારી રીતે ટ્યુન કરી શકો છો (ઉદાહરણ તરીકે ખરેખર SSE અને AVX અને AVX2 CPU સૂચનાઓનો ઉપયોગ કરવા માટે). દ્વિસંગી-આધારિત ડિસ્ટ્રો સામાન્ય રીતે માત્ર i686 અથવા તો માત્ર i386 સૂચના સમૂહોનો ઉપયોગ કરીને દ્વિસંગી પૂરી પાડે છે. ફ્રીબીએસડી એ લિનક્સ વિતરણ નથી, પરંતુ યુનિક્સનું એક સંસ્કરણ છે જે ખૂબ સમાન છે. તેના બંદરો જેન્ટૂની ઈબિલ્ડ જેવી જ છે. જો કે, આ પ્રોજેક્ટ સતત x86 અને એઆરએમ જેવા ટિયર-1 પ્લેટફોર્મ માટે પૂર્વ સંકલિત દ્વિસંગી પેકેજો બનાવે છે. બિન-પોર્ટેબલ ઓપ્ટિમાઇઝેશન અથવા અન્ય બિલ્ડ વિકલ્પોને સક્ષમ કરવા માટે વપરાશકર્તાઓ સ્રોતમાંથી કોઈપણ પોર્ટ બનાવવાનું અને સ્થાપિત કરવાનું પણ પસંદ કરી શકે છે. બિલ્ડ-ફ્રોમ-સોર્સ વિકલ્પ પોર્ટ સિસ્ટમને લાઇસન્સ સાથે સોફ્ટવેરના ઇન્સ્ટોલેશનને સ્વચાલિત કરવાની પણ મંજૂરી આપે છે જે પુનઃવિતરણની મંજૂરી આપતું નથી. બંદરોના સંગ્રહમાં 31,000 થી વધુ બંદરો છે, જેમાંથી 2,200 થી વધુ વૈજ્ઞાનિક શ્રેણીઓમાં છે અને 240 થી વધુ જીવવિજ્ઞાન સંબંધિત છે. નવા બંદરો અને સુધારાઓ ફ્રેશ પોર્ટ્સ સાઇટ પર સૂચિબદ્ધ છે. પી. કે. જી. એસ. આર. સી. પેકેજ મેનેજર, જે મૂળરૂપે ફ્રી. બી. એસ. ડી. બંદરોમાંથી બનાવવામાં આવ્યું હતું, તેની જાળવણી નેટ. બી. એસ. ડી. પ્રોજેક્ટ દ્વારા કરવામાં આવે છે, પરંતુ તેનો ઉદ્દેશ તમામ પોસિક્સ-સુસંગત ઓપરેટિંગ સિસ્ટમોને ટેકો આપવાનો છે. તે નેટબીએસડી, ઘણા લિનક્સ વિતરણો, મેકઓએસ અને સનઓએસ ડેરિવેટિવ્ઝ પર સારી રીતે ચકાસાયેલ છે. ફ્રીબીએસડી પોર્ટ્સની જેમ, કેટલાક પ્લેટફોર્મ માટે પૂર્વ સંકલિત દ્વિસંગી પેકેજો જાળવવામાં આવે છે. પેકેજો કોઈપણ પ્લેટફોર્મ પર સ્રોતમાંથી બનાવી શકાય છે, અથવા જો વધારાના ઓપ્ટિમાઇઝેશન અથવા વિકલ્પો ઇચ્છનીય હોય તો. પી. જી. એસ. આર. સી. સંગ્રહમાં 19,000 થી વધુ પેકેજો છે, જેમાંથી લગભગ 800 વૈજ્ઞાનિક શ્રેણીઓમાં છે અને 60 થી વધુ જીવવિજ્ઞાન સંબંધિત છે. પ્રમાણભૂત ડેબિયન સ્થાપનના ભાગ રૂપે પ્રદાન કરવામાં આવેલા સોથી વધુ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ પેકેજો છે. જ્યાં સુધી બાયો-લિનક્સ-બેઝ પેકેજ પણ સ્થાપિત હોય ત્યાં સુધી NEBC બાયો-લિનક્સ પેકેજો પ્રમાણભૂત ડેબિયન સિસ્ટમ પર પણ સ્થાપિત કરી શકાય છે. આ એક/યુએસઆર/લોકલ/બાયોઇન્ફ ડિરેક્ટરી બનાવે છે જ્યાં આપણા અન્ય પેકેજો તેમના સોફ્ટવેરને સ્થાપિત કરે છે. ડેબિયન પેકેજો ઉબુન્ટુ લિનક્સ અથવા અન્ય ડેબિયન-વ્યુત્પન્ન સ્થાપનો પર પણ કામ કરી શકે છે. સામુદાયિક નિર્માણ અને સમર્થન પ્રણાલીઓ સમર્થન અને દસ્તાવેજીકરણ પ્રદાન કરવું એ કોઈપણ બાયોલિનક્સ પ્રોજેક્ટનો એક મહત્વપૂર્ણ ભાગ હોવો જોઈએ, જેથી આઇટી નિષ્ણાતો ન હોય તેવા વૈજ્ઞાનિકો તેમની ચોક્કસ સમસ્યાઓના જવાબો ઝડપથી શોધી શકે. સહાયક મંચો અથવા ટપાલ યાદીઓ પણ સંશોધન સમુદાયમાં જ્ઞાનના પ્રસાર માટે ઉપયોગી છે. આમાંના કેટલાક સંસાધનો અહીં જોડાયેલા છે. આ પણ જુઓ ઓપન-સોર્સ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ સોફ્ટવેરની સૂચિ બાયોમેડિકલ સાયબરનેટિક્સ સોફ્ટવેર સંદર્ભોની સૂચિ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ સોફ્ટવેર લિનક્સ કોમ્પ્યુટેશનલ સાયન્સ