Swiss-model
સ્વિસ-મોડલ એ માળખાકીય બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ વેબ-સર્વર છે જે 3D પ્રોટીન માળખાના હોમોલોજી મોડેલિંગને સમર્પિત છે. હોમોલોજી મોડેલિંગ હાલમાં વિશ્વસનીય ત્રિ-પરિમાણીય પ્રોટીન માળખાના નમૂનાઓ બનાવવા માટેની સૌથી સચોટ પદ્ધતિ છે અને તેનો નિયમિતપણે ઘણા વ્યવહારુ કાર્યક્રમોમાં ઉપયોગ થાય છે. હોમોલોજી (અથવા તુલનાત્મક) મોડેલિંગ પદ્ધતિઓ ઉત્ક્રાંતિ સંબંધિત પ્રોટીન ("લક્ષ્યો") માટે નમૂનાઓ બનાવવા માટે પ્રાયોગિક પ્રોટીન માળખાઓ ("નમૂનાઓ") નો ઉપયોગ કરે છે. આજે, સ્વીસ-મોડલમાં ત્રણ ચુસ્ત સંકલિત ઘટકોનો સમાવેશ થાય છેઃ (1) સ્વીસ-મોડલ પાઇપલાઇન-સ્વચાલિત પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર મોડેલિંગ માટે સોફ્ટવેર ટૂલ્સ અને ડેટાબેઝનો એક સમૂહ, (2) સ્વીસ-મોડલ વર્કસ્પેસ-એક વેબ-આધારિત ગ્રાફિકલ યુઝર વર્કબેન્ચ, (3) સ્વીસ-મોડલ રીપોઝીટરી-ઉચ્ચ બાયોમેડિકલ રસ ધરાવતા મોડેલ ઓર્ગેનિઝમ પ્રોટિઓમ્સના સમૂહ માટે હોમોલોજી મોડેલ્સનો સતત અદ્યતન ડેટાબેઝ. પાઇપલાઇન સ્વિસ-મોડલ પાઇપલાઇનમાં ચાર મુખ્ય પગલાઓનો સમાવેશ થાય છે જે આપેલ પ્રોટીન માળખાના સમરૂપતા મોડેલના નિર્માણમાં સામેલ છેઃ માળખાકીય નમૂના (ઓ) ની ઓળખ. નમૂનાઓને ઓળખવા માટે બ્લાસ્ટ અને એચએચબ્લિટ્સનો ઉપયોગ થાય છે. નમૂનાઓ સ્વિસ-મોડલ નમૂના પુસ્તકાલય (એસ. એમ. ટી. એલ.) માં સંગ્રહિત કરવામાં આવે છે, જે પી. ડી. બી. માંથી લેવામાં આવે છે. લક્ષ્ય ક્રમ અને નમૂના માળખા (ઓ) નું સંરેખણ. મોડેલ નિર્માણ અને ઊર્જા લઘુતમ. સ્વીસ-મોડલ મોડેલિંગ માટે સખત ફ્રેગમેન્ટ એસેમ્બલી અભિગમ લાગુ કરે છે. સરેરાશ બળની આંકડાકીય ક્ષમતા, ક્યુ. એમ. ઇ. એ. એન. નો ઉપયોગ કરીને મોડેલની ગુણવત્તાનું મૂલ્યાંકન. કાર્યસ્થળ સ્વિસ-મોડલ કાર્યસ્થળ વેબ-આધારિત કાર્યસ્થળમાં પ્રોટીન માળખાના મોડેલિંગ માટે જરૂરી કાર્યક્રમો અને ડેટાબેઝને એકીકૃત કરે છે. મોડેલિંગ કાર્યની જટિલતાને આધારે, ઉપયોગની વિવિધ રીતો લાગુ કરી શકાય છે, જેમાં વપરાશકર્તા વ્યક્તિગત મોડેલિંગ પગલાંઓ પર નિયંત્રણના વિવિધ સ્તરો ધરાવે છેઃ સ્વચાલિત સ્થિતિ, સંરેખણ સ્થિતિ અને પ્રોજેક્ટ સ્થિતિ. સંપૂર્ણ સ્વચાલિત પદ્ધતિનો ઉપયોગ ત્યારે થાય છે જ્યારે લક્ષ્ય અને નમૂના (> 50 ટકા) વચ્ચે પૂરતા પ્રમાણમાં ઉચ્ચ અનુક્રમ ઓળખ કોઈ પણ માનવીય હસ્તક્ષેપ માટે પરવાનગી આપતું નથી. આ કિસ્સામાં ઇનપુટ તરીકે માત્ર પ્રોટીનનો ક્રમ અથવા યુનિપ્રોટ જોડાણ કોડ જરૂરી છે. સંરેખણ સ્થિતિ વપરાશકર્તાને તેમના પોતાના લક્ષ્ય-નમૂના સંરેખણ દાખલ કરવા માટે સક્ષમ બનાવે છે જેમાંથી મોડેલિંગ પ્રક્રિયા શરૂ થાય છે (એટલે કે. નમૂનાઓ માટે શોધ પગલું છોડવામાં આવે છે અને ભાગ્યે જ પૂરી પાડવામાં આવેલ ગોઠવણીમાં માત્ર નાના ફેરફારો કરવામાં આવે છે). પ્રોજેક્ટ મોડનો ઉપયોગ વધુ મુશ્કેલ કિસ્સાઓમાં થાય છે, જ્યારે પરિણામી મોડેલની ગુણવત્તામાં સુધારો કરવા માટે લક્ષ્ય-નમૂના ગોઠવણીના જાતે સુધારા જરૂરી હોય છે. આ સ્થિતિમાં ઇનપુટ એ એક પ્રોજેક્ટ ફાઇલ છે જે ડીપવ્યૂ (સ્વિસ પીડીબી વ્યૂઅર) વિઝ્યુલાઇઝેશન અને સ્ટ્રક્ચરલ એનાલિસિસ ટૂલ દ્વારા જનરેટ કરી શકાય છે, જે વપરાશકર્તાને તેના સ્ટ્રક્ચરલ સંદર્ભમાં લક્ષ્ય-ટેમ્પલેટ સંરેખણની તપાસ અને હેરફેર કરવાની મંજૂરી આપે છે. ત્રણેય કિસ્સાઓમાં આઉટપુટ એ મોડેલના અણુ કોઓર્ડિનેટ્સ અથવા ડીપવ્યૂ પ્રોજેક્ટ ફાઇલ સાથેની પીડીબી ફાઇલ છે. જ્યાં સુધી સંતોષકારક મોડેલ પ્રાપ્ત ન થાય ત્યાં સુધી હોમોલોજી મોડેલિંગના ચાર મુખ્ય પગલાંઓનું પુનરાવર્તન કરી શકાય છે. સ્વિસ-મોડલ વર્કસ્પેસ એક્સપાસી વેબ સર્વર દ્વારા સુલભ છે, અથવા તેનો ઉપયોગ ડીપવ્યૂ (સ્વિસ પીડીબી-વ્યૂઅર) પ્રોગ્રામના ભાગ રૂપે થઈ શકે છે. સપ્ટેમ્બર 2015 સુધીમાં તેને વૈજ્ઞાનિક સાહિત્યમાં 20000 વખત ટાંકવામાં આવ્યું છે, જે તેને પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર મોડેલિંગ માટે સૌથી વધુ ઉપયોગમાં લેવાતા સાધનોમાંનું એક બનાવે છે. આ સાધન શૈક્ષણિક ઉપયોગ માટે મફત છે. રીપોઝીટરી સ્વિસ-મોડલ રીપોઝીટરી ઉચ્ચ સામાન્ય રસના મોડલ સજીવોના સમૂહ માટે એનોટેટેડ ત્રિ-પરિમાણીય પ્રોટીન મોડેલોના અદ્યતન સંગ્રહની ઍક્સેસ પ્રદાન કરે છે. નમૂના સજીવોમાં માનવ, ઉંદર, C.elegans, E.coli, અને ગંભીર તીવ્ર શ્વસન સિન્ડ્રોમ કોરોનાવાયરસ 2 (SARS-CoV-2) સહિત વિવિધ પેથોજેન્સનો સમાવેશ થાય છે. સ્વિસ-મોડલ રીપોઝીટરી કેટલાક બાહ્ય સંસાધનો સાથે સંકલિત છે, જેમ કે યુનિપ્રોટ, ઇન્ટરપ્રો, સ્ટ્રીંગ અને નેચર પીએસઆઈ એસબીકેબી. સ્વિસ-મોડલ નિષ્ણાત પ્રણાલીના નવા વિકાસમાં (1) હોમો-ઓલિગોમેરિક એસેમ્બલીઓનું સ્વચાલિત મોડેલિંગ; (2) પ્રોટીન માળખામાં આવશ્યક ધાતુના આયનો અને જૈવિક રીતે સંબંધિત લિગાન્ડનું મોડેલિંગ; (3) ક્યુએમઇએન સ્થાનિક સ્કોર કાર્ય પર આધારિત સ્થાનિક (પ્રતિ-અવશેષ) મોડેલ વિશ્વસનીયતાના અંદાજો; (4) મોડેલોમાં યુનિપ્રોટ સુવિધાઓનું મેપિંગ સામેલ છે. (1) અને (2) સ્વીસ-મોડલ વર્કસ્પેસના સ્વચાલિત મોડનો ઉપયોગ કરતી વખતે ઉપલબ્ધ છે; (3) સ્વીસ-મોડલ વર્કસ્પેસનો ઉપયોગ કરીને હોમોલોજી મોડલની ગણતરી કરતી વખતે હંમેશા પ્રદાન કરવામાં આવે છે, અને (4) સ્વીસ-મોડલ રીપોઝીટરીમાં ઉપલબ્ધ છે. પદ્ધતિની ચોકસાઈ અને વિશ્વસનીયતા ભૂતકાળમાં, સ્વિસ-મોડલ સર્વર પાઇપલાઇનની ચોકસાઈ, સ્થિરતા અને વિશ્વસનીયતાને ઇવા-સીએમ બેન્ચમાર્ક પ્રોજેક્ટ દ્વારા માન્ય કરવામાં આવી હતી. હાલમાં, સ્વિસ-મોડલ સર્વર પાઇપલાઇન CAMEO3D (સતત સ્વચાલિત મોડલ મૂલ્યાંકન) પ્રોજેક્ટમાં ભાગ લઈ રહી છે, જે સંપૂર્ણપણે સ્વચાલિત રીતે પ્રોટીન માળખાની આગાહી સેવાઓની ચોકસાઈ અને વિશ્વસનીયતાનું સતત મૂલ્યાંકન કરે છે. સંદર્ભો બાહ્ય કડીઓ સ્વિસ-મોડલ પણ જુઓ હોમોલોજી મોડેલિંગ પ્રોટીન માળખું આગાહી પ્રોટીન માળખું આગાહી સોફ્ટવેર CASP (પ્રોટીન માળખું આગાહી માટે તકનીકોનું નિર્ણાયક મૂલ્યાંકન) બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ મોલેક્યુલર મોડેલિંગ સોફ્ટવેર