MicroRNA sequencing
માઇક્રો આર. એન. એ. સિક્વન્સિંગ (એમ. આઈ. આર. એન. એ.-એસ. ઈ. ક્યુ.), આર. એન. એ.-એસ. ઈ. ક્યુ. નો એક પ્રકાર છે, જે આગામી પેઢીના સિક્વન્સિંગ અથવા મોટા પ્રમાણમાં સમાંતર ઉચ્ચ-થ્રુપુટ ડી. એન. એ. સિક્વન્સિંગનો ઉપયોગ માઇક્રો આર. એન. એ. ને સિક્વન્સ કરવા માટે કરે છે, જેને એમ. આઈ. આર. એન. એ. પણ કહેવાય છે. miRNA-SEQ એ RNA-SEQ ના અન્ય સ્વરૂપોથી અલગ છે જેમાં ઇનપુટ સામગ્રી ઘણીવાર નાના RNA માટે સમૃદ્ધ હોય છે. miRNA-SEQ સંશોધકોને પેશી-વિશિષ્ટ અભિવ્યક્તિ પેટર્ન, રોગ સંગઠનો અને miRNA ના આઇસોફોર્મ્સનું પરીક્ષણ કરવાની અને અગાઉ બિન-લાક્ષણિકતા ધરાવતા miRNA શોધવાની મંજૂરી આપે છે. કેન્સર જેવા રોગોમાં અનિયમિત miRNAs ભૂમિકા ભજવે છે તે પુરાવાએ ભવિષ્યમાં નિદાન અને પૂર્વસૂચન માટે સંભવિત રીતે એક મહત્વપૂર્ણ સાધન બનવા માટે miRNA-SEQ ને સ્થાન આપ્યું છે કારણ કે ખર્ચમાં ઘટાડો થતો રહે છે. અન્ય એમઆઇઆરએનએ પ્રોફાઇલિંગ તકનીકોની જેમ, એમઆઇઆરએનએ-સેકના બંને ફાયદા (ક્રમ-સ્વતંત્રતા, કવરેજ) અને ગેરફાયદા (ઊંચી કિંમત, માળખાગત જરૂરિયાતો, રન લંબાઈ અને સંભવિત કલાકૃતિઓ) છે. માઇક્રોઆરએનએ (miRNAs) એ નાના રિબોન્યુક્લિક એસિડનું એક કુટુંબ છે, જે લંબાઈમાં 21-25 ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ છે, જે ટ્રાન્સક્રિપ્ટ ડિગ્રેડેશન, અનુવાદના અવરોધ અથવા ટ્રાન્સક્રિપ્ટને અલગ કરીને પ્રોટીન અભિવ્યક્તિને નિયંત્રિત કરે છે. શોધાયેલ પ્રથમ એમ. આઈ. આર. એન. એ., લિન-4, નેમાટોડ કેનોરહૅબિડાઇટિસ એલિગન્સના ગર્ભ પછીના વિકાસને નિયંત્રિત કરતા પરમાણુ તત્વોને ઓળખવા માટે આનુવંશિક મ્યુટેજેનેસિસ સ્ક્રીનમાં મળી આવ્યું હતું. લિન-4 જનીને લિન-14 એમ. આર. એન. એ. ટ્રાન્સક્રિપ્ટ અને ડાઉનરેગ્યુલેટેડ એલ. આઈ. એન.-14 પ્રોટીન અભિવ્યક્તિના 3 '-અનટ્રાન્સલેટેડ પ્રદેશમાં સંરક્ષિત પૂરક બંધનકર્તા સાઇટ્સ સાથે 22 ન્યુક્લિયોટાઇડ આર. એન. એ. ને એન્કોડ કર્યું. એમ. આઈ. આર. એન. એ. હવે ઘણી વિકાસલક્ષી અને જૈવિક પ્રક્રિયાઓના નિયમનમાં સામેલ હોવાનું માનવામાં આવે છે, જેમાં હેમેટોપોઇઝિસ (મસ્ક્યુલસમાં એમ. આઈ. આર.-181), લિપિડ ચયાપચય (ડ્રોસોફિલા મેલાનોગાસ્ટરમાં એમ. આઈ. આર.-14) અને ચેતાકોષીય વિકાસ (સિનોરહૅબિડાઇટિસ એલિગન્સમાં એલ. એસ. આઈ.-6) નો સમાવેશ થાય છે. આ શોધોએ એમ. આઈ. આર. એન. એ.-સેક જેવી એમ. આઈ. આર. એન. એ. ને ઓળખવા અને લાક્ષણિકતા આપવા માટે સક્ષમ તકનીકોના વિકાસની જરૂર હતી. ઇતિહાસ માઇક્રોઆરએનએ સિક્વન્સિંગ (miRNA-SEQ) નો વિકાસ આગામી પેઢીના સિક્વન્સિંગ અથવા મોટા પાયે સમાંતર ઉચ્ચ-થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગ તકનીકોનો લાભ લેવા માટે કરવામાં આવ્યો હતો જેથી આપેલ નમૂનામાં નવીન miRNA અને તેમની અભિવ્યક્તિ રૂપરેખાઓ શોધી શકાય. એમ. આઈ. આર. એન. એ. અનુક્રમણિકા અને પોતે જ એક નવો વિચાર નથી, અનુક્રમણિકાની પ્રારંભિક પદ્ધતિઓમાં સેંગર અનુક્રમણિકા પદ્ધતિઓનો ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો છે. ક્રમની તૈયારીમાં સ્તંભ અને જેલ ઇલેક્ટ્રોફોરેસિસ દ્વારા પસંદ કરેલા 21-25 bp કદના અંતર્જનિત નાના RNA માંથી અનુદિત DNA રિવર્સની ક્લોનિંગ દ્વારા પુસ્તકાલયો બનાવવાનો સમાવેશ થાય છે. જો કે, આ પદ્ધતિ સમય અને સંસાધનોની દ્રષ્ટિએ સંપૂર્ણ છે, કારણ કે દરેક ક્લોનને વ્યક્તિગત રીતે વિસ્તૃત કરવું પડે છે અને ક્રમ માટે તૈયાર કરવું પડે છે. આ પદ્ધતિ અજાણતાં એમ. આઈ. આર. એન. એ. ની તરફેણ કરે છે જે ખૂબ જ વ્યક્ત થાય છે. નેક્સ્ટ-જનરેશન સિક્વન્સિંગ ડીએનએ માઇક્રોએરે વિશ્લેષણમાં જરૂરી સિક્વન્સ સ્પેસિફિક હાઇબ્રિડાઇઝેશન પ્રોબ્સની જરૂરિયાત તેમજ સેંગર સિક્વન્સિંગ પદ્ધતિમાં જરૂરી કપરું ક્લોનિંગ પદ્ધતિઓને દૂર કરે છે. વધુમાં, miRNA-SEQ પદ્ધતિમાં આગામી પેઢીના સિક્વન્સિંગ પ્લેટફોર્મ્સ એક જ સિક્વન્સિંગ રનમાં નાના RNA ના મોટા પૂલના સિક્વન્સિંગની સુવિધા આપે છે. miRNA-SEQ વિવિધ સિક્વન્સિંગ પ્લેટફોર્મનો ઉપયોગ કરીને કરી શકાય છે. એમ. આઈ. આર. એન. એ.-એસ. ઈ. ક્યુ. પદ્ધતિઓનો ઉપયોગ કરીને નાના આર. એન. એ. ના પ્રથમ વિશ્લેષણમાં લિન્ક્સ થેરાપ્યુટિક્સના માસિવલી પેરેલલ સિગ્નેચર સિક્વન્સિંગ (એમ. પી. એસ. એસ.) સિક્વન્સિંગ પ્લેટફોર્મનો ઉપયોગ કરીને મોડેલ પ્લાન્ટ અરેબિડોપ્સિસ થાલિયાનામાંથી આશરે 14 લાખ નાના આર. એન. એ. ની તપાસ કરવામાં આવી હતી. આ અભ્યાસમાં નાના આર. એન. એ. ના અભ્યાસ માટે નવીન, ઉચ્ચ-થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગ તકનીકોની ક્ષમતા દર્શાવવામાં આવી હતી અને તે દર્શાવે છે કે જીનોમ મોટી સંખ્યામાં નાના આર. એન. એ. પેદા કરે છે જેમાં છોડ ખાસ કરીને નાના આર. એન. એ. ના સમૃદ્ધ સ્રોત છે. પછીના અભ્યાસોમાં અન્ય અનુક્રમણિકા તકનીકોનો ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો હતો, જેમ કે સી. એલિગન્સમાં કરવામાં આવેલા અભ્યાસમાં 18 નવીન એમઆઇઆરએનએ જનીનો તેમજ 21યુ-આરએનએ તરીકે ઓળખાતા નેમાટોડ નાના આરએનએના નવા વર્ગની ઓળખ કરવામાં આવી હતી. માનવ સર્વાઇકલ ગાંઠો અને સામાન્ય પેશીઓના નાના આર. એન. એ. રૂપરેખાઓની સરખામણી કરતા અન્ય એક અભ્યાસમાં, 64 નવીન માનવ એમ. આઈ. આર. એન. એ. જનીનો તેમજ 67 અલગ રીતે વ્યક્ત એમ. આઈ. આર. એન. એ. ને ઓળખવા માટે ઈલુમિના (કંપની) જીનોમ એનાલાઇઝરનો ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો હતો. એપ્લાઇડ બાયોસિસ્ટમ્સ સોલીડ સિક્વન્સિંગ પ્લેટફોર્મનો ઉપયોગ માનવ સ્તન કેન્સરની શોધમાં એમ. આઈ. આર. એન. એ. ના પૂર્વસૂચક મૂલ્યની તપાસ કરવા માટે પણ કરવામાં આવ્યો છે. પદ્ધતિઓ નાના આર. એન. એ. તૈયારી ક્રમ પુસ્તકાલયનું બાંધકામ કાર્યરત ઉચ્ચ-થ્રુપુટ અનુક્રમણિકા મંચના આધારે વિવિધ કિટનો ઉપયોગ કરીને કરી શકાય છે. જો કે, નાના આર. એન. એ. સિક્વન્સિંગની તૈયારી માટે ઘણા સામાન્ય પગલાં છે. કુલ આર. એન. એ. અલગતા આપેલ નમૂનામાં તમામ આર. એન. એ. ને આઇસોથિઓસાયનેટ/ફિનોલ/ક્લોરોફોર્મ (જી. આઈ. ટી. સી./ફિનોલ) પદ્ધતિ અથવા ટ્રીઝોલ (ઇન્વિટ્રોજન) રીએજન્ટ જેવા વ્યાપારી ઉત્પાદનનો ઉપયોગ કરીને કાઢવામાં આવે છે અને અલગ કરવામાં આવે છે. 50-100 કુલ આર. એન. એ. ની પ્રારંભિક માત્રા, 1 ગ્રામ પેશી સામાન્ય રીતે કુલ આર. એન. એ. ની 1 મિલિગ્રામ પેદા કરે છે, જે સામાન્ય રીતે જેલ શુદ્ધિકરણ અને કદની પસંદગી માટે જરૂરી છે. આર. એન. એ. નું ગુણવત્તા નિયંત્રણ પણ માપવામાં આવે છે, ઉદાહરણ તરીકે કેલિપર લેબચિપજીએક્સ (કેલિપર લાઇફ સાયન્સિસ) પર આર. એન. એ. ચિપ ચલાવવી. જેલ ઇલેક્ટ્રોફોરેસિસ દ્વારા નાના આર. એન. એ. નું કદ અપૂર્ણાંક આઇસોલેટેડ આર. એન. એ. ડિનેચ્યુરિંગ પોલીએક્રિલામાઇડ જેલ પર ચલાવવામાં આવે છે. ઇમેજિંગ પદ્ધતિ જેમ કે કિરણોત્સર્ગી 5 '-32 પી-લેબલવાળા ઓલિગોન્યુક્લિયોટાઇડ્સનો ઉપયોગ યોગ્ય કદના આર. એન. એ. ધરાવતા જેલના વિભાગને ઓળખવા માટે થાય છે, જે આખરે અનુક્રમિત સામગ્રીની માત્રાને ઘટાડે છે. આ પગલું નીચે દર્શાવેલ બંધન અને રિવર્સ ટ્રાન્સક્રિપ્શન પગલાં પહેલાં જરૂરી નથી. બંધન બંધન પગલું નાના આર. એન. એ. ના બંને છેડા પર ડી. એન. એ. એડેપ્ટર ઉમેરે છે, જે રિવર્સ ટ્રાન્સક્રિપ્શન અને પી. સી. આર. એમ્પ્લીફિકેશન દરમિયાન પ્રાઇમર બંધનકર્તા સ્થળો તરીકે કામ કરે છે. એડેનાઈલેટેડ સિંગલ સ્ટ્રાન્ડ ડીએનએ 3 'એડેપ્ટર પછી 5' એડેપ્ટરને ટી 4 આરએનએ લિગેઝ 2 જેવા લિગેટિંગ એન્ઝાઇમનો ઉપયોગ કરીને નાના આરએનએ સાથે જોડવામાં આવે છે. 5 'હાઇડ્રોક્સિલ જૂથ સાથેના આર. એન. એ. અધોગતિના ઉત્પાદનોને બદલે, 5' ફોસ્ફેટ જૂથ, લાક્ષણિક માઇક્રો આર. એન. એ. સાથે નાના આર. એન. એ. ને પકડવા માટે પણ અનુકૂલનકર્તાઓની રચના કરવામાં આવી છે. રિવર્સ ટ્રાન્સક્રિપ્શન અને પી. સી. આર. એમ્પ્લીફિકેશન આ પગલું નાના એડેપ્ટર લિગેટેડ આર. એન. એ. ને અનુક્રમણિકા પ્રતિક્રિયામાં ઉપયોગમાં લેવાતા સી. ડી. એન. એ. ક્લોનમાં રૂપાંતરિત કરે છે. ત્યાં ઘણી વ્યાપારી કિટ્સ ઉપલબ્ધ છે જે રિવર્સ ટ્રાન્સક્રિપ્ટના અમુક સ્વરૂપનો ઉપયોગ કરીને આ પગલું હાથ ધરશે. ત્યારબાદ સી. ડી. એન. એ. ક્રમના સમૂહને વધારવા માટે પી. સી. આર. હાથ ધરવામાં આવે છે. અનન્ય ન્યુક્લિયોટાઇડ ટેગ સાથે રચાયેલ પ્રાઇમરનો ઉપયોગ આ પગલામાં પૂલ્ડ લાઇબ્રેરી મલ્ટિપ્લેક્સ સિક્વન્સિંગમાં ID ટેગ બનાવવા માટે પણ થઈ શકે છે. અનુક્રમણિકા વાસ્તવિક આર. એન. એ. અનુક્રમણિકા ઉપયોગમાં લેવાતા પ્લેટફોર્મના આધારે નોંધપાત્ર રીતે બદલાય છે. ત્રણ સામાન્ય નેક્સ્ટ-જનરેશન સિક્વન્સિંગ પ્લેટફોર્મ્સ 454 લાઇફ સાયન્સ પ્લેટફોર્મ પર પાયરોસિક્વન્સિંગ, ઇલુમિના (કંપની) પ્લેટફોર્મ પર પોલિમરેઝ-આધારિત સિક્વન્સ-બાય-સિન્થેસિસ અથવા એબીઆઈ સોલિડ સિક્વન્સિંગ પ્લેટફોર્મ પર બંધન દ્વારા સિક્વન્સિંગ છે. ડેટા વિશ્લેષણ કેન્દ્રિયથી miRNA-SEQ ડેટા વિશ્લેષણ એ 1) અનુક્રમ વાંચનમાંથી miRNA વિપુલતાના સ્તરો મેળવવાની ક્ષમતા છે, 2) નવીન miRNA શોધો અને પછી 3) અલગ રીતે વ્યક્ત કરેલા miRNA અને તેમના 4) સંકળાયેલ mRNA જનીન લક્ષ્યો નક્કી કરવામાં સક્ષમ બનો. એમ. આઈ. આર. એન. એ. સંરેખણ અને વિપુલતા પરિમાણ એમ. આઈ. આર. એન. એ. ને અમુક કોષ પ્રકારો, પેશીઓ, વિકાસના તબક્કાઓ અથવા કેન્સર જેવી ચોક્કસ રોગની સ્થિતિમાં પ્રાધાન્યપૂર્વક વ્યક્ત કરી શકાય છે. ડીપ સિક્વન્સિંગ (miRNA-SEQ) આપેલ નમૂનામાંથી લાખો રીડ્સ ઉત્પન્ન કરે છે, તેથી તે આપણને miRNAs પ્રોફાઇલ કરવાની મંજૂરી આપે છે; પછી ભલે તે તેમની સંપૂર્ણ વિપુલતાને માપવા દ્વારા હોય, તેમના પ્રકારો શોધવા માટે (આઇસોમીર્સ તરીકે ઓળખાય છે) નોંધ લો કે ક્રમની સરેરાશ લંબાઈ સરેરાશ miRNA (17-25 nt) કરતા લાંબી હોય છે, તેથી miRNA ના 3 'અને 5' છેડા તે જ રીડ પર જોવા જોઈએ. ઘણા miRNA વિપુલતા ક્વોન્ટિફિકેશન અલ્ગોરિધમ્સ છે. તેમના સામાન્ય પગલાં નીચે મુજબ છેઃ અનુક્રમણિકા પછી, કાચા અનુક્રમ વાંચનને ગુણવત્તાના આધારે ફિલ્ટર કરવામાં આવે છે. એડેપ્ટર સિક્વન્સને કાચા સિક્વન્સ રીડ્સથી પણ કાપવામાં આવે છે. પરિણામી વાંચન પછી ફાસ્ટા ફાઇલમાં ફોર્મેટ કરવામાં આવે છે જ્યાં દરેક અનન્ય ટેગ માટે નકલ નંબર અને ક્રમ રેકોર્ડ કરવામાં આવે છે. ઇ. કોલીના દૂષણનું પ્રતિનિધિત્વ કરી શકે તેવા ક્રમને ઇ. કોલીના ડેટાબેઝની સામે બ્લાસ્ટ શોધ દ્વારા ઓળખવામાં આવે છે અને વિશ્લેષણમાંથી દૂર કરવામાં આવે છે. અપૂર્ણ ડી. આઈ. સી. ઈ. આર. પ્રક્રિયાને ધ્યાનમાં રાખવા માટે, 3 'છેડે 6' nt ઓવરહેંગ અને 5 'છેડે 3' nt ને મંજૂરી આપવામાં આવે છે, બાકીના દરેક ક્રમને miRNA અનુક્રમ ડેટાબેઝ (જેમ કે miRBase) સામે ગોઠવવામાં આવે છે. જે રીડ્સ એમઆઇઆરએનએ ડેટાબેઝ સાથે સંરેખિત થતા નથી તે પછી એમઆઇઆરએનએ પૂર્વગામીઓ સાથે ઢીલી રીતે સંરેખિત થાય છે જેથી એમઆઇઆરએનએ શોધી શકાય કે જે પરિવર્તન કરી શકે છે અથવા જે આરએનએ સંપાદનમાંથી પસાર થયા છે. દરેક એમ. આઈ. આર. એન. એ. માટે વાંચન ગણતરીઓ પછી દરેક એમ. આઈ. આર. એન. એ. ની વિપુલતાની જાણ કરવા માટે મેપ કરેલા એમ. આઈ. આર. એન. એ. ની કુલ સંખ્યામાં સામાન્ય કરવામાં આવે છે. નોવેલ એમ. આઈ. આર. એન. એ. ડિસ્કવરી એમ. આઈ. આર. એન. એ.-સેકનો બીજો ફાયદો એ છે કે તે નોવેલ એમ. આઈ. આર. એન. એ. ની શોધને મંજૂરી આપે છે જે પરંપરાગત સ્ક્રિનિંગ અને પ્રોફાઇલિંગ પદ્ધતિઓથી દૂર રહી શકે છે. ઘણા નવીન miRNA શોધ અલ્ગોરિધમ્સ છે. તેમના સામાન્ય પગલાં નીચે મુજબ છેઃ એવા વાંચન મેળવો કે જે જાણીતા miRNA ક્રમ સાથે સંરેખિત ન હોય, અને તેમને જીનોમ સાથે મેપ કરો. આર. એન. એ. ફોલ્ડિંગ પદ્ધતિ એમ. આઈ. આર. એન. એ. સિક્વન્સ માટે ચોક્કસ મેળ મળે છે, બંને બાજુ ~ 100 બી. પી. ફ્લેન્કિંગ સિક્વન્સ સહિત જીનોમિક સિક્વન્સ મેળવો અને વિયેના પેકેજ જેવા આર. એન. એ. ફોલ્ડિંગ સોફ્ટવેર દ્વારા આર. એન. એ. ચલાવો. એમ. આઈ. આર. એન. એ. વાળના પિનના એક હાથ પર આવેલા અને ~ 25 કે. સી. એલ./મોલ કરતાં ઓછી ઓછામાં ઓછી મુક્ત ઊર્જા ધરાવતા ફોલ્ડેડ સિક્વન્સને અનુમાનિત એમ. આઈ. આર. એન. એ. તરીકે શોર્ટલિસ્ટ કરવામાં આવે છે. શોર્ટલિસ્ટ કરેલા સિક્વન્સને માત્ર સંભવિત પૂર્વવર્તી સિક્વન્સનો સમાવેશ કરવા માટે કાપવામાં આવે છે અને પછી પડોશી સિક્વન્સ દ્વારા પૂર્વવર્તીને કૃત્રિમ રીતે સ્થિર કરવામાં ન આવે તેની ખાતરી કરવા માટે ફરીથી ફોલ્ડ કરવામાં આવે છે. પરિણામી ફોલ્ડેડ સિક્વન્સને નવીન miRNA ગણવામાં આવે છે જો miRNA સિક્વન્સ હેરપિનના એક હાથની અંદર આવે છે, અને પ્રજાતિઓ વચ્ચે ખૂબ જ સંરક્ષિત હોય છે. સ્ટાર સ્ટ્રાન્ડ એક્સપ્રેશન મેથડ (એમઆઇઆરડીઇપી) નોવેલ એમઆઇઆરએનએ સિક્વન્સની ઓળખ લાક્ષણિક અભિવ્યક્તિ પેટર્નના આધારે કરવામાં આવે છે જે તેઓ ડીઆઇસીઇઆર પ્રક્રિયાને કારણે પ્રદર્શિત કરે છેઃ સ્ટાર સ્ટ્રાન્ડ અને લૂપ સિક્વન્સ પર પરિપક્વ એમઆઇઆરએનએની ઉચ્ચ અભિવ્યક્તિ. વિભેદક અભિવ્યક્તિ વિશ્લેષણ દરેક નમૂના માટે એમ. આઈ. આર. એન. એ. ની વિપુલતાનું પ્રમાણ નક્કી કર્યા પછી, તેમના અભિવ્યક્તિ સ્તરની સરખામણી નમૂનાઓ વચ્ચે કરી શકાય છે. પછી કોઈ વ્યક્તિ એમ. આઈ. આર. એન. એ. ને ઓળખી શકશે જે પ્રાધાન્યમાં તે ચોક્કસ સમય બિંદુઓ અથવા ચોક્કસ પેશીઓ અથવા રોગની સ્થિતિમાં વ્યક્ત કરવામાં આવે છે. નમૂનાઓ વચ્ચે મેપ કરેલા વાંચનની સંખ્યાને સામાન્ય કર્યા પછી, વિભેદક અભિવ્યક્તિ નક્કી કરવા માટે સંખ્યાબંધ આંકડાકીય પરીક્ષણોનો ઉપયોગ કરી શકાય છે (જેમ કે જનીન અભિવ્યક્તિ રૂપરેખામાં વપરાય છે) લક્ષ્ય આગાહી એમ. આર. એન. એ. ના એમ. આર. એન. એ. લક્ષ્યોને ઓળખવાથી જનીનો અથવા જનીનોના નેટવર્કની સમજ મળશે જેમની અભિવ્યક્તિ તેઓ નિયંત્રિત કરે છે. જાહેર ડેટાબેઝ miRNA લક્ષ્યોની આગાહીઓ પૂરી પાડે છે. પરંતુ સાચી હકારાત્મક આગાહીઓને ખોટી હકારાત્મક આગાહીઓથી વધુ સારી રીતે અલગ પાડવા માટે, miRNA-SEQ ડેટાને mRNA-SEQ ડેટામાં સંકલિત કરી શકાય છે જેથી miRNA: mRNA કાર્યાત્મક જોડીઓ માટે અવલોકન કરી શકાય. આર. એન. એ. 22, ટાર્ગેટસ્કેન, મિરાન્ડા અને પિકટાર આ હેતુ માટે રચાયેલ સોફ્ટવેર છે. આગાહી સોફ્ટવેરની યાદી અહીં આપવામાં આવી છે. સામાન્ય પગલાંઓ છેઃ એમ. આર. એન. એ.: એમ. આર. એન. એ. બંધનકર્તા જોડીઓ નક્કી કરો, એમ. આર. એન. એ. ક્રમના 3 '-યુ. ટી. આર. પર એમ. આર. એન. એ. ક્રમ વચ્ચે પૂરકતા ઓળખવામાં આવે છે. પ્રજાતિઓમાં એમ. આર. એન. એ. બંધનકર્તા જોડીઓઃ એમ. આર. એન. એ. ના સંરક્ષણની માત્રા નક્કી કરો. સામાન્ય રીતે, વધુ ઉચ્ચ બંધનકર્તા જોડીઓ આગાહીના ખોટા હકારાત્મક હોવાની શક્યતા ઓછી હોય છે. એમ. આર. એન. એ.-એસ. ઈ. ક્યુ. અથવા પ્રોટીન અભિવ્યક્તિ ડેટામાં એમ. આઈ. આર. એન. એ. લક્ષ્યાંકિત હોવાના પુરાવા માટે અવલોકન કરો જ્યાં એમ. આઈ. આર. એન. એ. અભિવ્યક્તિ વધારે હોય, ત્યાં તેના લક્ષ્ય જનીનની જનીન અને પ્રોટીન અભિવ્યક્તિ ઓછી હોવી જોઈએ. ઘણા એમ. આઈ. આર. એન. એ. તેમના એમ. આર. એન. એ. લક્ષ્યોના સીધા વિભાજન માટે કાર્ય કરે છે; આ ખાસ કરીને છોડમાં સાચું છે, અને આમ એમ. આઈ. આર. એન. એ. ના આ ગુણધર્મનો લાભ લેવા માટે ઉચ્ચ-થ્રુપુટ અનુક્રમણિકા પદ્ધતિઓ વિકસાવવામાં આવી છે, જેમાં ક્લેવડ અથવા ડિગ્રેડેડ એમ. આર. એન. એ. ના અનકેપ્ડ 3 'છેડાઓને અનુક્રમિત કરવામાં આવે છે. આ પદ્ધતિઓને ડિગ્રેડોમ સિક્વન્સિંગ અથવા PARE તરીકે ઓળખવામાં આવે છે. ચોક્કસ એમ. આર. એન. એ. માં લક્ષ્ય ફાટની માન્યતા સામાન્ય રીતે જનીન-વિશિષ્ટ પ્રાઇમર સાથે સી. ડી. એન. એ. ના 5 'રેપિડ એમ્પ્લીફિકેશન એન્ડના સુધારેલા સંસ્કરણનો ઉપયોગ કરીને કરવામાં આવે છે. એપ્લિકેશન્સ નોવેલ miRNA ની ઓળખ miRNA-SEQ એ નવીન miRNA જાહેર કર્યા છે જે અગાઉ પરંપરાગત miRNA પ્રોફાઇલિંગ પદ્ધતિઓમાં બાકાત હતા. આવા તારણોના ઉદાહરણો ગર્ભ સ્ટેમ કોશિકાઓ, ચિકન એમ્બ્રોયો, તીવ્ર લિમ્ફોબ્લાસ્ટિક લ્યુકેમિયા, ફેલાયેલા મોટા બી-સેલ લિમ્ફોમા અને બી-કોશિકાઓ, તીવ્ર માયલોઇડ લ્યુકેમિયા અને ફેફસાના કેન્સરમાં છે. રોગ બાયોમાર્કર્સ માઇક્રો આર. એન. એ. અસ્તિત્વ, પ્રસાર અને ભિન્નતા જેવી લગભગ તમામ સેલ્યુલર પ્રક્રિયાઓના મહત્વપૂર્ણ નિયમનકારો છે. પરિણામે, તે અનપેક્ષિત નથી કે એમ. આઈ. આર. એન. એ. ઓન્કો-અને ટ્યુમર સપ્રેસર જનીન અભિવ્યક્તિના નિયમન દ્વારા કેન્સરના વિવિધ પાસાઓમાં સામેલ છે. ઉચ્ચ-થ્રુપુટ પ્રોફાઇલિંગ પદ્ધતિઓના વિકાસ સાથે, એમ. આઈ. આર. એન. એ. ને કેન્સર વર્ગીકરણ, ઉપચારની પ્રતિક્રિયા અને પૂર્વસૂચન માટે બાયોમાર્કર તરીકે ઓળખવામાં આવ્યા છે. વધુમાં, કારણ કે એમ. આઈ. આર. એન. એ. જનીન અભિવ્યક્તિને નિયંત્રિત કરે છે, તેઓ મહત્વપૂર્ણ નિયમનકારી નેટવર્કમાં વિક્ષેપ પણ જાહેર કરી શકે છે જે કોઈ ચોક્કસ વિકારને ચલાવી શકે છે. બાયોમાર્કર અને રોગની આગાહી કરનારા તરીકે એમ. આઈ. આર. એન. એ. ની કેટલીક ઉપયોગિતાઓ નીચે આપવામાં આવી છે. α આ દુર્ભાવનાઓ સાથે સંકળાયેલા miRNA ની વ્યાપક સૂચિ નથી. એમ. આઈ. આર. એન. એ. રૂપરેખા બનાવવાની અન્ય પદ્ધતિઓ સાથે સરખામણી એમ. આઈ. આર. એન. એ. રૂપરેખા બનાવવાની અન્ય પદ્ધતિઓ પર એમ. આઈ. આર. એન. એ.-સેકનો ઉપયોગ કરવાના ગેરફાયદા એ છે કે તે વધુ ખર્ચાળ છે, સામાન્ય રીતે કુલ આર. એન. એ. ની મોટી માત્રાની જરૂર પડે છે, તેમાં વ્યાપક વિસ્તરણનો સમાવેશ થાય છે, અને તે માઇક્રોએરે અને ક્યુ. પી. સી. આર. પદ્ધતિઓ કરતાં વધુ સમય લે છે. તેમજ, miRNA-SEQ લાઈબ્રેરી તૈયાર કરવાની પદ્ધતિઓમાં miRNA પૂરકની વ્યવસ્થિત પ્રેફરન્શિયલ રજૂઆત હોય તેવું લાગે છે, અને આ miRNA વિપુલતાના સચોટ નિર્ધારણને અટકાવે છે. તે જ સમયે, અભિગમ સંકરણ સ્વતંત્ર છે અને તેથી તેને પ્રાથમિક અનુક્રમ માહિતીની જરૂર નથી. આને કારણે, કોઈ વ્યક્તિ નવલકથા miRNAs અને miRNA આઇસોફોર્મ્સ (isoMirs) ની શ્રેણી મેળવી શકે છે, ક્રમિક રીતે સમાન miRNAs ને અલગ કરી શકે છે અને બિંદુ પરિવર્તનને ઓળખી શકે છે. એમ. આઈ. આર. એન. એ. રૂપરેખા સંદર્ભો ડી. એન. એ. ક્રમની મંચ સરખામણી