In silico PCR
સિલિકો પી. સી. આર. માં અનુક્રમિત જીનોમ અથવા ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમમાંથી ડીએનએ સિક્વન્સને વધારવા માટે આપેલ પ્રાઈમર્સ (પ્રોબ્સ) નો ઉપયોગ કરીને સૈદ્ધાંતિક પોલિમરેઝ ચેઇન રિએક્શન (પી. સી. આર.) પરિણામોની ગણતરી કરવા માટે ઉપયોગમાં લેવાતા કોમ્પ્યુટેશનલ સાધનોનો ઉલ્લેખ થાય છે. આ સાધનોનો ઉપયોગ લક્ષ્ય ડીએનએ અથવા સીડીએનએ સિક્વન્સ માટે પ્રાઇમરની ડિઝાઇનને શ્રેષ્ઠ બનાવવા માટે થાય છે. પ્રાઇમર ઓપ્ટિમાઇઝેશનના બે ધ્યેયો છેઃ કાર્યક્ષમતા અને પસંદગી. કાર્યક્ષમતામાં GC-સામગ્રી, બંધનની કાર્યક્ષમતા, પૂરકતા, ગૌણ માળખું અને એનીલિંગ અને ગલનબિંદુ (Tm) જેવા પરિબળોને ધ્યાનમાં લેવાનો સમાવેશ થાય છે. પ્રાથમિક પસંદગી માટે જરૂરી છે કે પ્રાથમિક જોડી આકસ્મિક રીતે રસના લક્ષ્ય સિવાય અન્ય રેન્ડમ સાઇટ્સ સાથે જોડાય નહીં, ન તો પ્રાથમિક જોડી જનીન પરિવારના સંરક્ષિત પ્રદેશો સાથે જોડાય. જો પસંદગી નબળી હોય, તો પ્રાઈમરનો સમૂહ વ્યાજના લક્ષ્ય ઉપરાંત બહુવિધ ઉત્પાદનોને વિસ્તૃત કરશે. યોગ્ય ટૂંકા અથવા લાંબા પ્રાઇમર જોડીઓની રચના એ પી. સી. આર. ઉત્પાદનની આગાહીનું માત્ર એક લક્ષ્ય છે. સિલિકો પી. સી. આર. સાધનો દ્વારા પૂરી પાડવામાં આવેલી અન્ય માહિતીમાં પ્રાઇમર સ્થાન, દિશા, દરેક એમ્પ્લિકનની લંબાઈ, ઇલેક્ટ્રોફોરેટિક ગતિશીલતાનું અનુકરણ, ખુલ્લી વાંચન ફ્રેમની ઓળખ અને અન્ય વેબ સંસાધનોની લિંક્સનો સમાવેશ થઈ શકે છે. ઘણા સોફ્ટવેર પેકેજો સુવિધા સમૂહ, ઉપયોગમાં સરળતા, કાર્યક્ષમતા અને ખર્ચનું અલગ સંતુલન પ્રદાન કરવા માટે ઉપલબ્ધ છે. પ્રાઇમર-બ્લાસ્ટનો વ્યાપક ઉપયોગ થાય છે, અને નેશનલ સેન્ટર ફોર બાયોટેકનોલોજી ઇન્ફર્મેશન (NCBI) વેબસાઇટ પરથી મુક્તપણે ઉપલબ્ધ છે. બીજી બાજુ, ફાસ્ટપીસીઆર, એક વ્યાવસાયિક એપ્લિકેશન, મલ્ટિપ્લેક્સ ટાર્ગેટ સિક્વન્સ માટે રચાયેલ સિંગલ પ્રાઇમર અથવા પ્રાઇમરના સમૂહના એક સાથે પરીક્ષણની મંજૂરી આપે છે. તે લક્ષ્ય ક્રમમાં પ્રાઇમરની પૂરકતા ચકાસવા માટે ઝડપી, ગેપલેસ સંરેખણ કરે છે. સંભવિત પી. સી. આર. ઉત્પાદનો પ્રમાણભૂત અથવા વ્યસ્ત પી. સી. આર. તેમજ મલ્ટિપ્લેક્સ પી. સી. આર. નો ઉપયોગ કરીને રેખીય અને ગોળાકાર નમૂનાઓ માટે મળી શકે છે. વી. પી. સી. આર. મલ્ટિપ્લેક્સ પી. સી. આર. નું ગતિશીલ અનુકરણ ચલાવે છે, જે એક પ્રતિક્રિયામાં બહુવિધ એમ્પ્લિકોન વચ્ચે માત્રાત્મક સ્પર્ધાની અસરોનો અંદાજ કાઢવાની મંજૂરી આપે છે. યુ. સી. એસ. સી. જીનોમ બ્રાઉઝર આઇ. એસ. પી. સી. આર. પ્રદાન કરે છે, જે 100 થી વધુ અનુક્રમિત જીનોમ પર પી. સી. આર. ઉત્પાદનો જોવા માટે ગ્રાફિકલ તેમજ ટેક્સ્ટ-ફાઇલ આઉટપુટ પ્રદાન કરે છે. પ્રાઇમર ઘણા અનુમાનિત સિક્વન્સ સાથે જોડાઈ શકે છે, પરંતુ પોલિમરેઝ એક્સ્ટેંશન માટે પ્રાઇમરના 3 'છેડે કોઈ અથવા થોડા મેળ ન ખાતા (1 અથવા 2, સ્થાન અને ન્યુક્લિયોટાઇડના આધારે) સિક્વન્સનો જ ઉપયોગ કરી શકાય છે. પ્રાઇમરના 3 'છેડા પરના છેલ્લા 10-12 પાયા પોલિમરેઝ એક્સ્ટેંશનની શરૂઆત અને ટેમ્પલેટ બંધનકર્તા સાઇટ પર સામાન્ય પ્રાઇમર સ્થિરતા માટે સંવેદનશીલ હોય છે. પ્રાઇમરના 3 'છેડે આ છેલ્લા 10 પાયા પર એક જ મેળ ખાતી વસ્તુની અસર તેની સ્થિતિ અને સ્થાનિક માળખા પર આધાર રાખે છે, જે પ્રાઇમર બંધનકર્તા, પસંદગી અને પી. સી. આર. કાર્યક્ષમતામાં ઘટાડો કરે છે. સંદર્ભો બાહ્ય કડીઓ સિલિકો પી. સી. આર. અને ઓલિગોન્યુક્લિયોટાઇડ્સમાં પી. સી. આર., ક્યુ. પી. સી. આર. માટે વેબટૂલ મોલેક્યુલર બાયોલોજી પ્રયોગોના સિલિકો સિમ્યુલેશનમાં ન્યુક્લિક એસિડ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ