IMOD (software)
IMOD એ મોડેલિંગ, ડિસ્પ્લે અને ઇમેજ પ્રોસેસિંગ પ્રોગ્રામનો એક ઓપન-સોર્સ, ક્રોસ-પ્લેટફોર્મ સ્યુટ છે જેનો ઉપયોગ ઇલેક્ટ્રોન માઇક્રોસ્કોપી ડેટા પર વિશેષ ભાર મૂકવાની સાથે 3D પુનર્નિર્માણ અને માઇક્રોસ્કોપી છબીઓના મોડેલિંગ માટે થાય છે. આઈ. એમ. ઓ. ડી. નો ઉપયોગ મેક્રોમોલેક્યુલ સ્ટ્રક્ચર્સથી માંડીને ઓર્ગેનેલ્સથી માંડીને આખા કોષો સુધીના સ્કેલની શ્રેણીમાં થાય છે અને તેનો ઉપયોગ ઓપ્ટિકલ વિભાગો માટે પણ થઈ શકે છે. આઈ. એમ. ઓ. ડી. માં છબી પુનર્નિર્માણ, છબી વિભાજન, 3ડી મેશ મોડેલિંગ અને 2ડી અને 3ડી ડેટાના વિશ્લેષણ માટેના સાધનોનો સમાવેશ થાય છે. કોષોની 3-ડી ઇલેક્ટ્રોન માઇક્રોસ્કોપી માટે બોલ્ડર લેબોરેટરીમાં આઈ. એમ. ઓ. ડી. વિકસાવવામાં આવી હતી. IMOD સૌપ્રથમ 1995 માં રજૂ કરવામાં આવ્યું હતું, તે કોઈપણ હેતુ માટે ડાઉનલોડ કરવા અને ઉપયોગ કરવા માટે મફત છે. મુખ્ય કાર્યક્રમો IMOD માં અહીં સૂચિબદ્ધ 180 થી વધુ કમાન્ડ લાઇન પ્રોગ્રામ્સ અને ત્રણ મુખ્ય GUI પ્રોગ્રામ્સ શામેલ છેઃ 3dmod-IMOD નો મુખ્ય GUI છબીઓ અને 3D વેક્ટર મોડેલો જોવા અને સેગમેન્ટ કરવા માટે વપરાય છે. મિડાસ-એક પ્રોગ્રામ જેનો ઉપયોગ એકબીજાની ટોચ પર છબીઓને સંરેખિત કરવા માટે થાય છે, સામાન્ય રીતે સ્વચાલિત ક્રોસ-સહસંબંધ પછી દંડ ગોઠવણો લાગુ કરવા માટે. ઇટોમો-એક પ્રોગ્રામ જેનો ઉપયોગ નાના વોલ્યુમોને જોડીને અને/અથવા સિંગલ અને ડ્યુઅલ એક્સિસ ઝુકાવ શ્રેણીના ટોમોગ્રાફિક પુનર્નિર્માણની પ્રક્રિયા દ્વારા વપરાશકર્તાને માર્ગદર્શન આપીને 3D વોલ્યુમોનું પુનઃનિર્માણ કરવા માટે થાય છે. આ પ્રક્રિયા દરમિયાન ઇટોમો ઘણા પ્રોગ્રામ કૉલ્સ કરે છે અને વપરાશકર્તાઓને સારી ગોઠવણો કરવાની મંજૂરી આપવા માટે ઘણીવાર 3ડીમોડ અને મિડાસ લોન્ચ કરે છે. સપોર્ટેડ ફાઇલ ફોર્મેટ ઇમેજ ફોર્મેટઃ IMOD દ્વારા સપોર્ટેડ મુખ્ય ઇમેજ ફોર્મેટ એ MRC ફાઇલ ફોર્મેટ છે, જે સામાન્ય રીતે ". st", ". mrc" અથવા ". rec" એક્સ્ટેન્શન્સ ધરાવે છે અને વિવિધ પ્રકારના "ઇમેજ સ્ટેક્સ" નું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે જે એકસાથે ઝુકાવ શ્રેણી અથવા 3D વોલ્યુમનું પ્રતિનિધિત્વ કરી શકે છે. આઈ. એમ. ઓ. ડી. ટી. આઈ. એફ. ફાઇલો પણ ખોલશે અને તેમાં ". ro" અને ". dm4" જેવા સામાન્ય માઇક્રોસ્કોપી બંધારણો સહિત છબી બંધારણો વચ્ચે રૂપાંતરિત કરવા માટે કાર્યક્રમોનો સમૂહ સામેલ છે. વેક્ટર ફોર્મેટઃ IMOD વેક્ટર ડેટાને સમોચ્ચ (બહુકોણ) ના સ્વરૂપમાં સાચવે છે અને ખોલે છે અને IMOD દ્વિસંગી ફાઇલ ફોર્મેટમાં મેશ કરે છે, સામાન્ય રીતે ". મોડ" અથવા ". ફિડ" એક્સ્ટેંશન સાથે. આ આઈ. એમ. ઓ. ડી. મોડેલ ફાઇલો સામાન્ય રીતે છબી ફાઇલની ટોચ પર વધુ પડતી મૂકવામાં આવે છે અને તેનો ઉપયોગ રસના વિસ્તારોની ટિપ્પણી કરવા અને વિભાગ કરવા માટે થઈ શકે છે. નમૂનાઓમાં એક અથવા વધુ પદાર્થો હોઈ શકે છે, જ્યાં દરેક પદાર્થમાં બંધ, ખુલ્લા અથવા વેરવિખેર બિંદુ "રૂપરેખાઓ" હોઈ શકે છે જેનો ઉપયોગ 3D જાળી બનાવવા માટે થાય છે. મુખ્ય વિશેષતાઓ પુનર્નિર્માણઃ ટોમોગ્રાફિક પુનર્નિર્માણ તકનીકોનો ઉપયોગ કરીને સિંગલ અને સંયુક્ત ડ્યુઅલ એક્સિસ ટિલ્ટ-સિરીઝનું પુનર્નિર્માણ. ઝુકાવ-શ્રેણી સંરેખણમાં સુધારો કરવા માટે વિશ્વસનીય કણોની સ્વચાલિત ટ્રેકિંગ અને નોંધણી. બહુવિધ મશીનોમાં ખર્ચાળ ઝુકાવ-શ્રેણી પુનર્નિર્માણની સમાંતર પ્રક્રિયાની ક્ષમતા. મોન્ટેજ્ડ ડેટાસેટ્સનું સંયોજન. ક્રોસ-સહસંબંધ અને મેન્યુઅલ સંરેખણ માટે મિડાસ GUI નો ઉપયોગ કરીને છબીઓને સંરેખિત કરવાની અને પછી વણાટ કરવાની ક્ષમતા. શ્રેણીબદ્ધ વિભાગો જેવા બહુવિધ ગ્રંથોને સંરેખિત કરવાની અને જોડવાની ક્ષમતા. ઝુકાવ શ્રેણીનું સ્વચાલિત પુનર્નિર્માણ અને બેચ પ્રક્રિયા. છબી જોવી અને ફિલ્મ બનાવવીઃ 3ડીમોડ ઈન્ટરફેસમાં મોટી 3ડી છબીઓને ટુકડા-ટુકડા કરીને જોવી. 3ડીમોડની સ્લાઈસર વિંડોનો ઉપયોગ કરીને મનસ્વી દિશાઓ પર 3ડી છબીઓ અને મોડેલો જોવાની ક્ષમતા. 2D છબી સ્લાઇસેસ અને/અથવા 3D જાળીદાર મોડેલોની ઉચ્ચ ફિલ્મો બનાવવાની ક્ષમતા. ઇમેજ પ્રોસેસિંગઃ આઈ. એમ. ઓ. ડી. સ્યુટમાં કેટલાક સ્વચાલિત વિભાજન કાર્યક્રમો સામેલ છે. 3dmod ઈન્ટરફેસ સામાન્ય ફિલ્ટરિંગ અને ધાર શોધ અલ્ગોરિધમ્સ પ્રદાન કરે છે. વોલ્યુમને ટુકડાઓમાં તોડવાની ક્ષમતા પછી સમાંતર પ્રક્રિયાના સમૂહ માટે ફરીથી જોડાવાની ક્ષમતા. થ્રેશોલ્ડ સિસ્ટમનો ઉપયોગ કરીને ઓટોમેટિક આઇસો-સર્ફિંગ. છબીઓને રૂપરેખા (વેક્ટર સ્વરૂપ) માં રૂપાંતરિત કરી રહ્યા છીએ અને તેનાથી ઊલટું. વિભાજનઃ બંધ રૂપરેખાઓ, ખુલ્લી રૂપરેખાઓ (નળીઓ માટે) અને વેરવિખેર પિન્ટ્સ (ગોળાઓ માટે) નો ઉપયોગ કરીને રસના પ્રદેશોને જાતે શોધવાની મંજૂરી આપે છે. ઓર્ગેનેલ સીમાઓના ઝડપી ટ્રેસિંગ અને રિફાઇનમેન્ટ માટે મેન્યુઅલ અને અર્ધ-સ્વચાલિત રેખાંકન સાધનોનો સમૂહ પ્રદાન કરે છે. વિશેષ અંતર્વેશન ઈન્ટરફેસ દ્વારા બહુવિધ સ્લાઇસીસમાં રૂપરેખાઓના સ્માર્ટ અંતર્વેશનને મંજૂરી આપે છે. સ્ટીરિયોલોજી માટે એક પ્લગઇન સમાવે છે. મેશિંગ ઝડપથી અંતિમ ચલચિત્રો અને વિશ્લેષણ માટે મેશમાં રૂપરેખાઓ ઉત્પન્ન કરે છે ટ્યુબ અને મનસ્વી મેશ માટે વિવિધ મેશિંગ વિકલ્પોને મંજૂરી આપે છે સપાટીને સ્મૂથિંગ અને ઝડપી રેન્ડરિંગ માટે લો રીસ મેશ બનાવવાની મંજૂરી આપે છે મૂળભૂત માત્રાત્મક માહિતી માટે મોડેલ ફાઇલોનું વિશ્લેષણ વિશ્લેષણ જેમ કેઃ કદ, સપાટીઓની સંખ્યા, કદ, સપાટી વિસ્તાર વત્તા ગોળાઓનો વ્યાસ અને ખુલ્લી રૂપરેખાઓની લંબાઈ. છબીની ઘનતા અને હિસ્ટોગ્રામની પેઢીનું વિશ્લેષણ. ખાસ કરીને માઇક્રોટ્યુબ્યુલ વિશ્લેષણ માટે કાર્યક્રમોની શ્રેણી. વિવિધ સપાટીઓનું વિતરણ અને નિકટતા નક્કી કરવા માટે અવકાશી વિશ્લેષણ. ટ્રાન્સમિશન ઇલેક્ટ્રોન માઇક્રોસ્કોપી ઇમેજ પ્રોસેસિંગ ફ્રી અને ઓપન-સોર્સ સોફ્ટવેર પેકેજોની સૂચિ સંદર્ભો માઇક્રોસ્કોપી વિઝ્યુલાઇઝેશન સિસ્ટમ્સની સૂચિ બાહ્ય લિંક્સ IMOD હોમ પેજ કમ્પ્યુટર વિઝ્યુલાઇઝેશન ઓફ થ્રી-ડાયમેન્શનલ ઇમેજ ડેટા યુઝિંગ IMOD-ઓરિજિનલ IMOD પેપર યુનિવર્સિટી ઓફ કોલોરાડો, બોલ્ડર બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ સોફ્ટવેર સાયન્સ સોફ્ટવેર ફ્રીવેર