DEPDC5
DEPDC5 (અથવા DEP ડોમેન ધરાવતું 5) એ નબળી રીતે સમજી શકાય તેવું કાર્ય કરતું માનવ પ્રોટીન છે પરંતુ કેટલાક અભ્યાસોમાં તે કેન્સર સાથે સંકળાયેલું છે. તે સમાન નામના જનીન દ્વારા એન્કોડ કરવામાં આવે છે, જે રંગસૂત્ર 22 પર સ્થિત છે. કાર્ય DEPDC5 નું કાર્ય હજુ સુધી જાણીતું નથી, પરંતુ તે DEPDC5 અને ડિસહેવેલ્ડ-1 (DVL1) ના DEP ડોમેન્સ વચ્ચેના સમરૂપતાના આધારે ઇન્ટ્રાસેલ્યુલર સિગ્નલ ટ્રાન્સડક્શનમાં સામેલ કરવામાં આવ્યું છે. આ જનીનમાં પરિવર્તન ફોકલ વાઈના કિસ્સાઓ સાથે સંકળાયેલા છે (ડોઈઃ 10.1038/ng.2601). હોમો સેપિયન્સમાં, DEPDC5 જનીનને PRRL14 અને YWHAH જનીનો વચ્ચેના રંગસૂત્ર 22,22q12.2-q12.3 ના લાંબા હાથમાં સ્થાનાંતરિત કરવામાં આવ્યું છે. આ જનીનની તબીબી સુસંગતતામાં ઇન્ટ્રોનિક એસ. એન. પી. (આર. એસ. 1012068) નો સમાવેશ થાય છે જે હેપેટોસેલ્યુલર કાર્સિનોમા-જોખમમાં 2 ગણો વધારો સાથે સંકળાયેલું છે. માળખું ક્ષેત્ર DEP DEP ક્ષેત્ર તેનું નામ પ્રોટીન ડિસહેવેલ્ડ, Egl-10 અને પ્લેકસ્ટ્રિન પરથી ઉતરી આવ્યું છે, જેમાંના દરેકમાં આ ક્ષેત્રનો એક પ્રકાર હોય છે. તે 82 અવશેષોમાં ફેલાયેલું છે અને સી-ટર્મિનસથી 343 એમિનો એસિડ છે. સ્વિસ-મોડલ ડોમેનમાં સમાવિષ્ટ બે બીટા શીટ્સ અને ત્રણ આલ્ફા હેલિસીસની આગાહી કરે છે. જ્યારે તેનું ચોક્કસ કાર્ય જાણીતું નથી, ત્યારે DEPDC5 DEP ડોમેન NCBI ખાતે CBLAST કરતી વખતે DVL1 ના DEP ડોમેન સાથે સૌથી વધુ માળખાકીય સમાનતા ધરાવે છે. સંરેખણ 1.00e-08 નું મૂલ્યાંકન કરે છે અને બે પ્રોટીનના DEP ડોમેન્સ વચ્ચે 30 ટકા ઓળખ સૂચવે છે. ડી. વી. એલ. 1 માં, ડી. ઈ. પી. ક્ષેત્ર ડબ્લ્યુ. એન. ટી. સંકેત માર્ગના ભાગ રૂપે પ્લાઝ્મા પટલમાં પ્રોટીનના સ્થાનિકીકરણમાં સામેલ છે. DUF 3608 DUF 3608 ડોમેન N-ટર્મિનસથી 99 એમિનો એસિડ ધરાવે છે અને પોતે 280 એમિનો એસિડમાં ફેલાયેલું છે. PELE આ ડોમેનમાં ઓછામાં ઓછી એક બીટા શીટ અને બે આલ્ફા હેલિસીસની આગાહી કરે છે. તેમાં 26 અત્યંત સંરક્ષિત અવશેષો અને અનુવાદ પછીના કેટલાક ફેરફારો પણ છે. આ બંને ઘટનાઓને આ લેખમાં પાછળથી સંબોધવામાં આવી છે. DUF 3608 ના કાર્ય માટેના પુરાવા યીસ્ટ હોમોલોગ IMl1p માં મળી આવ્યા છે. ઇ. એમ. એલ. પી. 1 નું ડીયુ. એફ. 3608 બે પ્રોટીન ભાગીદારો, એન. પી. આર. 2 અને એન. પી. આર. 3 સાથે જોડાણ કરવામાં મદદ કરે છે. એકસાથે, આ ત્રણ પ્રોટીન આઈ. એમ. એલ. 1-એન. પી. આર. 2-એન. પી. આર. 3 સંકુલ બનાવે છે અને "બિન-નાઇટ્રોજન ભૂખમરો" ઓટોફેગી નિયમનમાં સામેલ છે. જે સંશોધકોએ આનો ખુલાસો કર્યો છે તેઓ DUF 3608 નું નામ બદલીને RANS (બિન-નાઇટ્રોજન ભૂખમરાની પરિસ્થિતિઓમાં પ્રેરિત ઓટોફેગી માટે જરૂરી) કરવાનો પ્રસ્તાવ મૂકે છે. ગૌણ માળખું ગૌણ માળખું આગાહી સાધન PELE દ્વારા સર્વસંમત સર્વસંમતિના આધારે, DEPDC5 ઓછામાં ઓછા દસ આલ્ફા હેલિસીસ અને નવ બીટા શીટ્સ ધરાવે છે. આ ગૌણ માળખાઓનું સ્થાન નીચેની છબીમાં સચિત્ર છેઃ લાલ હાઇલાઇટ્સ આલ્ફા હેલિસીસ છે અને વાદળી હાઇલાઇટ્સ બીટા શીટ્સ છે. હોમોલોજી ઓર્થોલોગ્સ ફૂગ એ માનવ DEPDC5 માટે ઓર્થોલોગસ પ્રોટીન ધરાવતાં સૌથી દૂરના સંબંધિત સજીવો છે, જેમાં સૅકરોમાઇસીસ સેરેવિસિયા અને આલ્બુગો લાઇબાચીનો સમાવેશ થાય છે. ફૂગમાં, પ્રોટીનનું નામ ઇ. એમ. એલ. 1. પી. અથવા વેક્યૂલર મેમ્બ્રેન-સંકળાયેલ પ્રોટીન ઇ. એમ. એલ. 1 છે. અન્ય સજીવોમાં નામના વિચલનોમાં CG12090 (ડ્રોસોફિલા) અને AGAP007010 (મચ્છર) નો સમાવેશ થાય છે. મનુષ્યો અને અન્ય કરોડઅસ્થિધારી પ્રજાતિઓ વચ્ચે સંરક્ષણ ઊંચું છે, જેમાં સિક્લિડ્સમાં 74 ટકા ઓળખ અને ચિમ્પાન્ઝીમાં 99 ટકા ઓળખનો સમાવેશ થાય છે. નીચેનું કોષ્ટક માનવ DEPDC5 માટે ઓર્થોલોગસ 20 પ્રોટીનના વિશ્લેષણનો સારાંશ આપે છે. પ્રાણીઓ અને ફૂગ અલગ થયા ત્યારથી 30 અવશેષોનું સંરક્ષણ કરવામાં આવ્યું છે, જેમાંથી 26 DUF 3608 ડોમેનમાં સ્થિત છે. નીચેની બહુવિધ અનુક્રમ સંરેખણ ડીયુએફ ક્ષેત્રના આ સંરક્ષણને સમજાવે છે; અપૃષ્ઠવંશી અને ફૂગના ક્લેડ્સના પ્રતિનિધિઓ સંપૂર્ણપણે સંરક્ષિત અવશેષો રંગીન લીલા સાથે માનવ ડીયુએફ 3608 સાથે સંરેખિત છે. પેરાલોગ્સ કોઈ જાણીતા માનવ DEPDC5 પેરાલોગ્સ નથી, પરંતુ હોમોલોગસ DEP ડોમેન ધરાવતા 64 માનવ પ્રોટીન છે. યીસ્ટ પ્રોટીન આઈ. એમ. એલ. 1 માટે કોઈ ઓળખાયેલ પેરાલોગ્સ પણ નથી, જે માનવ ડી. ઈ. પી. ડી. સી. 5 નું સૌથી દૂરથી સંબંધિત ઓર્થોલોગ છે. અભિવ્યક્તિ DEPDC5 અભિવ્યક્તિને આર. ટી.-પી. સી. આર. વિશ્લેષણ દ્વારા અને નીચે આપેલા ચાર્ટમાં દર્શાવ્યા મુજબ ડીએનએ માઇક્રોએરે અભ્યાસોમાં માનવ પેશીઓમાં સર્વવ્યાપક તરીકે દર્શાવવામાં આવી છે. હેપેટોસેલ્યુલર કાર્સિનોમા ધરાવતા દર્દીઓ પરના એક અભ્યાસમાં બિન-ગાંઠ પેશીઓ કરતાં ગાંઠ પેશીઓમાં ઉચ્ચ DEPDC5 અભિવ્યક્તિ જોવા મળી હતી. તેનાથી વિપરીત, ત્રણ જનીનોના હોમોઝાયગસ વિલોપન, એક DEPDC5 છે, જે બે ગ્લાયોબ્લાસ્ટોમાના કિસ્સાઓમાં જોવા મળ્યું હતું. અન્ય અભિવ્યક્તિ વિસંગતતાઓમાં એમડીએ-એમબી-221 સ્તન કેન્સર કોષ રેખામાં શૂન્ય અભિવ્યક્તિ અને પી116 (ઝેડએપી70 નકારાત્મક) કોષ રેખામાં ઓછી અભિવ્યક્તિનો સમાવેશ થાય છે. અનુવાદ પછીના ફેરફારો માનવ DEPDC5 પ્રોટીન માટે એક્સપેસી અને ફોસ્ફોસાઇટ પ્લસ ખાતે સંકલિત પ્રોટીઓમિક સાધનો સાથે અનુવાદ પછીના નીચેના ફેરફારોની આગાહી કરવામાં આવી હતી. કો-ઇમ્યુનોપ્રેસિપિટેશન અને ટ્રાન્સક્રિપ્શન ફેક્ટર એમવાયસી દ્વારા પુરાવા તરીકે ડીઇપીડીસી5 સંભવતઃ પ્રોટીઝોમ સબયૂનિટ પીએસએમએ3 સાથે ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરી શકે છે. DEPDC5 એન. પી. આર. એલ. 2 અને એન. પી. આર. એલ. 3 સાથે "GATOR1" સંકુલમાં છે. સંદર્ભો