Linguistic sequence complexity
ભાષાકીય અનુક્રમ જટિલતા (એલ. સી.) એ જનીન અનુક્રમમાં આનુવંશિક લખાણની 'શબ્દભંડોળની સમૃદ્ધિ' નું માપ છે. જ્યારે ન્યુક્લિયોટાઇડ ક્રમને ચાર-અક્ષરના મૂળાક્ષરનો ઉપયોગ કરીને લખાણ તરીકે લખવામાં આવે છે, ત્યારે લખાણની પુનરાવર્તન, એટલે કે તેના એન-ગ્રામ (શબ્દો) નું પુનરાવર્તન, ગણતરી કરી શકાય છે અને ક્રમ જટિલતાના માપ તરીકે કામ કરે છે. આમ, ડીએનએ ક્રમ જેટલો વધુ જટિલ હોય છે, તેટલો જ તેનો ઓલિગોન્યુક્લિયોટાઇડ શબ્દભંડોળ સમૃદ્ધ હોય છે, જ્યારે પુનરાવર્તિત ક્રમમાં પ્રમાણમાં ઓછી જટિલતાઓ હોય છે. ત્યારપછીના કાર્યોએ ભાષાકીય જટિલતા અભિગમના સારને બદલ્યા વિના, ટ્રિફોનોવ (1990) માં વર્ણવેલ મૂળ અલ્ગોરિધમમાં સુધારો કર્યો. એલસીનો અર્થ આપેલ ક્રમના તમામ અનુગામીઓના વૃક્ષ તરીકે ક્રમની રજૂઆતના સંદર્ભમાં વધુ સારી રીતે સમજી શકાય છે. સૌથી જટિલ ક્રમમાં વૃક્ષો મહત્તમ સંતુલિત હોય છે, જ્યારે અસંતુલન અથવા વૃક્ષની અસમપ્રમાણતાનું માપ જટિલતાના માપ તરીકે કામ કરે છે. વૃક્ષ સ્તર પર ગાંઠોની સંખ્યા આપેલ ક્રમમાં લંબાઈ સાથે શબ્દોના વાસ્તવિક શબ્દભંડોળના કદ જેટલી હોય છે; સૌથી સંતુલિત વૃક્ષમાં ગાંઠોની સંખ્યા, જે વૃક્ષ સ્તર પર લંબાઈ N ના સૌથી જટિલ ક્રમને અનુરૂપ હોય છે, તે કાં તો 4i અથવા N-i + 1 હોય છે, જે પણ નાનું હોય. ક્રમના ટુકડાની જટિલતા () (લંબાઈ આરડબલ્યુ સાથે) ની ગણતરી સીધા શબ્દભંડોળ-ઉપયોગના પગલાં (યુઆઇ) ના ઉત્પાદન તરીકે કરી શકાય છેઃ આપેલ કદના ઓલિગોમર્સ માટે શબ્દભંડોળના ઉપયોગને આપેલ ક્રમના વાસ્તવિક શબ્દભંડોળના કદ અને તે લંબાઈના ક્રમ માટે મહત્તમ શક્ય શબ્દભંડોળના કદના ગુણોત્તર તરીકે વ્યાખ્યાયિત કરી શકાય છે. ઉદાહરણ તરીકે, એ. સી. જી. જી. એ. જી. સી. ટી. જી. એ. ટી. સી. સી. સી. એ. = 14/16 ક્રમ માટે U2, કારણ કે તેમાં 16 સંભવિત વિવિધ ડાઇન્યુક્લિયોટાઇડ્સમાંથી 14 છે; સમાન ક્રમ માટે U3 = 15/15, અને U4 = 14/14. ACACACACACACA ક્રમ માટે, U1 = 1/2; U2 = 2/16 = 0.125, કારણ કે તેમાં માત્ર બે ડિન્યુક્લિયોટાઇડ્સનો સરળ શબ્દભંડોળ છે; આ ક્રમ માટે U3 = 2/15. બેથી ડબલ્યુ સુધીના કે સાથેના કે-ટુપલ્સને ધ્યાનમાં લેવામાં આવે છે, જ્યારે ડબલ્યુ આરડબલ્યુ પર આધાર રાખે છે. 18 કરતા ઓછા RW મૂલ્યો માટે, W બરાબર 3 છે; 67 કરતા ઓછા RW માટે, W બરાબર 4 છે; RW <260 માટે, W = 5; RW <1029 માટે, W = 6, અને તેથી વધુ. તેનું મૂલ્ય આપેલ લંબાઈના વિવિધ ડીએનએ અનુક્રમ ટુકડાઓ માટે 0 <C <1 શ્રેણીમાં અનુક્રમ જટિલતાનું માપ પ્રદાન કરે છે. આ સૂત્ર મૂળ એલ. સી. માપથી બે બાબતોમાં અલગ છેઃ જે રીતે શબ્દભંડોળ વપરાશ યુઆઈની ગણતરી કરવામાં આવે છે, અને કારણ કે તે 2 થી એન-1 ની શ્રેણીમાં નથી પરંતુ માત્ર ડબલ્યુ સુધી છે. યુઆઈની શ્રેણી પરની આ મર્યાદા અલ્ગોરિધમને શક્તિ ગુમાવ્યા વિના નોંધપાત્ર રીતે વધુ કાર્યક્ષમ બનાવે છે. અન્ય સુધારેલા સંસ્કરણનો ઉપયોગ કરવામાં આવ્યો હતો, જેમાં ભાષાકીય જટિલતા (એલ. સી.) ને સ્ટ્રિંગમાં હાજર કોઈપણ લંબાઈના સબસ્ટ્રિંગ્સની સંખ્યાના ગુણોત્તર અને સબસ્ટ્રિંગ્સની મહત્તમ શક્ય સંખ્યાના ગુણોત્તર તરીકે વ્યાખ્યાયિત કરવામાં આવે છે. શબ્દ કદ 1 થી મીટર પર મહત્તમ શબ્દભંડોળની ગણતરી સરળ સૂત્ર અનુસાર કરી શકાય છે. આ અનુક્રમ વિશ્લેષણ જટિલતા ગણતરીનો ઉપયોગ સરળ અનુક્રમ પુનરાવર્તનો, અપૂર્ણ સીધા અથવા ઊંધી પુનરાવર્તનો, પોલીપ્યુરિન અને પોલીપાયરિમિડીન ટ્રિપલ-સ્ટ્રેન્ડેડ ડીએનએ સ્ટ્રક્ચર્સ અને ચાર-સ્ટ્રેન્ડેડ સ્ટ્રક્ચર્સ (જેમ કે જી-ક્વાડ્રપ્લેક્સ) સહિત ઓછી જટિલતાના પ્રદેશોની શોધ માટે તુલનાત્મક અનુક્રમ વચ્ચે સંરક્ષિત પ્રદેશો શોધવા માટે થઈ શકે છે. સંદર્ભો ન્યુક્લિક એસિડ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ