Hi-C (genomic analysis technique)
હાય-સી (અથવા પ્રમાણભૂત હાય-સી) એક ઉચ્ચ-થ્રુપુટ જીનોમિક અને એપિજેનોમિક તકનીક છે જેનું વર્ણન સૌપ્રથમ 2009 માં લિબરમેન-એડન એટ અલ દ્વારા કરવામાં આવ્યું હતું. ક્રોમેટિનની રચના મેળવવા માટે. સામાન્ય રીતે, હાઈ-સીને રંગસૂત્ર રચના કેપ્ચર તકનીકોની શ્રેણીના વ્યુત્પન્ન તરીકે ગણવામાં આવે છે, જેમાં 3સી (રંગસૂત્ર રચના કેપ્ચર), 4સી (રંગસૂત્ર રચના કેપ્ચર-ઓન-ચિપ/ગોળાકાર રંગસૂત્ર રચના કેપ્ચર) અને 5સી (રંગસૂત્ર રચના કેપ્ચર કાર્બન કોપી) નો સમાવેશ થાય છે પરંતુ તે મર્યાદિત નથી. હાય-સી 3સી અને નેક્સ્ટ-જનરેશન સિક્વન્સિંગ (એન. જી. એસ.) અભિગમોને જોડીને સેલ ન્યુક્લિયસમાં જીનોમ-વાઇડ ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓને વ્યાપકપણે શોધી કાઢે છે અને તેને સી-ટેકનોલોજી (રંગસૂત્ર રચના કેપ્ચર-આધારિત તકનીકો) વિકાસ અને 3ડી જીનોમિક્સની શરૂઆતમાં ગુણાત્મક કૂદકો તરીકે ગણવામાં આવે છે. ક્લાસિક 3સી તકનીકની જેમ, હાઈ-સી આવર્તનને માપે છે (કોષની વસ્તીની સરેરાશ તરીકે) જેના પર બે ડીએનએ ટુકડાઓ 3ડી જગ્યામાં શારીરિક રીતે જોડાય છે, જે રંગસૂત્ર માળખાને સીધા જ જીનોમિક ક્રમ સાથે જોડે છે. હાય-સીની સામાન્ય પ્રક્રિયામાં ફોર્મેલ્ડિહાઇડનો ઉપયોગ કરીને પ્રથમ ક્રોમેટિન સામગ્રીને ક્રોસ-લિંકિંગનો સમાવેશ થાય છે. પછી, ક્રોમેટિનને દ્રાવ્ય અને ખંડિત કરવામાં આવે છે, અને ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરતી લોકીને ફરીથી જોડવામાં આવે છે જેથી ચાઇમેરિક ડીએનએ અણુઓની જીનોમિક લાઇબ્રેરી બનાવવામાં આવે. આ ચિમેરા અથવા બંધન ઉત્પાદનોની સાપેક્ષ વિપુલતા એ સંભાવના સાથે સંકળાયેલી છે કે સંબંધિત ક્રોમેટિનના ટુકડાઓ કોષની વસ્તીમાં 3D જગ્યામાં ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરે છે. જ્યારે 3સી પૂર્વનિર્ધારિત જીનોમિક સ્થાનના સમૂહના વિશ્લેષણ પર ધ્યાન કેન્દ્રિત કરે છે, જે રસના રંગસૂત્ર ક્ષેત્રોની રચનાની "એક-વિરુદ્ધ-કેટલીક" તપાસ પ્રદાન કરે છે, ત્યારે હાઈ-સી બંધન પહેલાં બાયોટિનિલેટેડ ન્યુક્લિયોટાઇડ સાથે તમામ ખંડિત ક્રોમેટિનને લેબલ કરીને "બધા-વિરુદ્ધ-બધા" ક્રિયાપ્રતિક્રિયા રૂપરેખાને સક્ષમ કરે છે. પરિણામે, બાયોટિન-ચિહ્નિત બંધન જંકશનને સ્ટ્રેપ્ટાવિડિન-કોટેડ ચુંબકીય મણકા દ્વારા વધુ અસરકારક રીતે શુદ્ધ કરી શકાય છે, અને ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાની માહિતી હાય-સી લાઇબ્રેરીના સીધા ક્રમ દ્વારા મેળવી શકાય છે. હાઈ-સી ડેટાનું વિશ્લેષણ માત્ર સસ્તન પ્રાણીઓના રંગસૂત્રોની એકંદર જીનોમિક રચના જ જાહેર કરતું નથી, પરંતુ ક્રોમેટિનના બાયોફિઝિકલ ગુણધર્મો તેમજ દૂરના જીનોમિક ઘટકો (દા. ત.) વચ્ચેના વધુ ચોક્કસ, લાંબા અંતરના સંપર્કોની સમજ પણ આપે છે. જનીનો અને નિયમનકારી ઘટકો વચ્ચે). તાજેતરના વર્ષોમાં, હાઈ-સીને વિવિધ જૈવિક ક્ષેત્રોમાં તેનો ઉપયોગ જોવા મળ્યો છે, જેમાં કોષની વૃદ્ધિ અને વિભાજન, અનુલેખન નિયમન, ભાગ્ય નિર્ધારણ, વિકાસ, રોગ અને જીનોમ ઉત્ક્રાંતિ સામેલ છે. ક્રોમેટિન ફેરફારોના જીનોમ-વાઇડ નકશા અને જનીન અભિવ્યક્તિ રૂપરેખાઓ જેવા અન્ય ડેટાસેટ્સ સાથે હાય-સી ડેટાને જોડીને, જીનોમ નિયમન અને સ્થિરતામાં ક્રોમેટિન રચનાની કાર્યાત્મક ભૂમિકાઓ પણ વર્ણવી શકાય છે. તેની શરૂઆતના સમયે, હાઈ-સી એ ઓછી-રીઝોલ્યુશન, ઉચ્ચ-ઘોંઘાટ તકનીક હતી જે ફક્ત 1 મિલિયન બેઝ જોડી (એમબી) ના બિન કદની અંદર ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયા ક્ષેત્રોનું વર્ણન કરવામાં સક્ષમ હતી. હાઈ-સી લાઈબ્રેરીનું નિર્માણ કરવા માટે પણ ઘણા દિવસોની જરૂર હતી, અને ડેટાસેટ્સ પોતે આઉટપુટ અને પ્રજનનક્ષમતા બંનેમાં ઓછા હતા. તેમ છતાં, હાઈ-સી ડેટાએ ક્રોમેટિન રચના તેમજ પરમાણુ અને જીનોમિક આર્કિટેક્ચર માટે નવી આંતરદૃષ્ટિ પ્રદાન કરી, અને આ સંભાવનાઓએ વૈજ્ઞાનિકોને છેલ્લા દાયકામાં તકનીકમાં ફેરફાર કરવાના પ્રયાસો કરવા માટે પ્રેરિત કર્યા. 2012 અને 2015 ની વચ્ચે, હાઈ-સી પ્રોટોકોલમાં ઘણા ફેરફારો થયા છે, જેમાં 4-કટર પાચન અથવા ઉચ્ચ રીઝોલ્યુશન મેળવવા માટે ઊંડા અનુક્રમણિકાની ઊંડાઈને અનુકૂલિત કરવામાં આવી છે. પ્રતિબંધ એન્ડોન્યુક્લીઝીસ કે જે વધુ વારંવાર કાપવામાં આવે છે, અથવા ડી. એન. એ. એસ. આઈ. અને માઇક્રોકોકલ ન્યુક્લીઝીસનો ઉપયોગ પણ પદ્ધતિની રીઝોલ્યુશનમાં નોંધપાત્ર વધારો કરે છે. તાજેતરમાં (2017), બેલાગઝાલ એટ અલ. હાઈ-સી 2 પ્રોટોકોલનું વર્ણન કર્યું જે કિલોબેઝ (કે. બી.) રિઝોલ્યુશન પ્રાપ્ત કરવામાં સક્ષમ હતું. બેઝ પ્રોટોકોલનું મુખ્ય અનુકૂલન એ હતું કે પરમાણુ માળખાને જાળવી રાખવા અને અખંડ કેન્દ્રકની અંદર બંધન દ્વારા ખંડિત ક્રોમેટિન વચ્ચે રેન્ડમ બંધનને રોકવા માટે પાચન પછી એસ. ડી. એસ. દ્રાવ્યકરણ પગલાને દૂર કરવું, જે મૂળ સ્થાને હાય-સી નો આધાર બનાવે છે. 2021 માં, હાય-સી 3 નું વર્ણન લાફોંટેન એટ અલ દ્વારા કરવામાં આવ્યું હતું, જેમાં ફોર્મેલ્ડિહાઇડ સાથે ક્રોસ-લિંકિંગને વધારીને ઉચ્ચ રીઝોલ્યુશન પ્રાપ્ત કરવામાં આવ્યું હતું, ત્યારબાદ ડિસ્યુસિનિમિડાઇલ ગ્લુટેરેટ (ડી. એસ. જી.) હતું. જ્યારે ફોર્મેલ્ડિહાઇડ પ્રોટીન અને ડીએનએ બંનેના એમિનો અને ઇમિનો જૂથોને મેળવે છે, ત્યારે ડીએસજીમાં એનએચએસ-એસ્ટર પ્રોટીન પર પ્રાથમિક એમાઇન સાથે પ્રતિક્રિયા આપે છે અને એમાઇન-એમાઇન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓને પકડી શકે છે. બેઝ પ્રોટોકોલના આ સુધારાઓએ વૈજ્ઞાનિકોને ક્રોમોસોમલ કમ્પાર્ટમેન્ટ અને ટોપોલોજીકલી એસોસિએટિંગ ડોમેન્સ (ટીએડી) જેવી વધુ વિગતવાર રચનાત્મક રચનાઓ તેમજ ડીએનએ લૂપ્સ જેવી ઉચ્ચ-રીઝોલ્યુશન રચનાત્મક સુવિધાઓ જોવાની મંજૂરી આપી. આજની તારીખે, પ્રમાણભૂત હાઈ-સીના વિવિધ પાસાઓ સાથે સંબંધિત વિશિષ્ટ સુવિધાઓ સાથે, હાઈ-સીના વિવિધ વ્યુત્પન્ન પહેલેથી જ ઉભરી આવ્યા છે, જેમાં ઇન સિટુ હાઈ-સી, લો હાઈ-સી, સેફ હાઈ-સી અને માઇક્રો-સીનો સમાવેશ થાય છે, પરંતુ મૂળભૂત સિદ્ધાંત એ જ રહ્યો છે. ટ્રેડિશનલ હાઈ-સી ફર્સ્ટ લિબરમેન-એડન, એટ અલ દ્વારા પ્રકાશિત. 2009માં, ક્લાસિકલ હાઈ-સી વર્કફ્લોની રૂપરેખા નીચે મુજબ છેઃ કોષો ફોર્મેલ્ડિહાઇડ સાથે ક્રોસ-લિંક્ડ હોય છે; ક્રોમેટિનને પ્રતિબંધ એન્ઝાઇમ સાથે પચાવવામાં આવે છે જે 5 'ઓવરહેંગ પેદા કરે છે; 5' ઓવરહેંગ બાયોટિનિલેટેડ પાયાથી ભરેલું હોય છે અને પરિણામી બ્લન્ટ-એન્ડેડ ડીએનએ બંધાયેલ હોય છે. જંક્શન પર બાયોટિન સાથેના બંધન ઉત્પાદનોને સ્ટ્રેપ્ટાવિડિનનો ઉપયોગ કરવા માટે પસંદ કરવામાં આવે છે અને અનુગામી અનુક્રમણિકા પ્રયાસો માટે તૈયાર પુસ્તકાલય તૈયાર કરવા માટે વધુ પ્રક્રિયા કરવામાં આવે છે. જોડી મુજબની ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ કે જે હાય-સી સમગ્ર જિનોમમાં મેળવી શકે છે તે પુષ્કળ છે અને તેથી વિશિષ્ટ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ મેળવવા માટે યોગ્ય રીતે મોટા નમૂનાના કદનું વિશ્લેષણ કરવું મહત્વપૂર્ણ છે, જે સામાન્ય વસ્તીના લઘુમતીમાં જ જોઇ શકાય છે. ઉચ્ચ રીઝોલ્યુશન અને ડેટાની ઊંડાઈ સુનિશ્ચિત કરવા માટે બંધન ઉત્પાદનોની ઉચ્ચ જટિલતા લાઇબ્રેરી મેળવવા માટે, એચ. આઈ. સી. માટે ઇનપુટ તરીકે <આઇ. ડી. 1> મિલિયન કોષોનો નમૂનો જરૂરી છે. પ્રાથમિક માનવ નમૂનાઓ, જે ફક્ત ઓછા કોષોની સંખ્યામાં ઉપલબ્ધ હોઈ શકે છે, તેનો ઉપયોગ 1 થી 5 મિલિયન કોષો સાથે પ્રમાણભૂત એચ. આઈ. સી. પુસ્તકાલયની તૈયારી માટે થઈ શકે છે. જો કે, કોષોના આટલા ઓછા ઇનપુટનો ઉપયોગ પુસ્તકાલયની ઓછી જટિલતા સાથે સંકળાયેલ હોઈ શકે છે, જે પુસ્તકાલયની તૈયારી દરમિયાન ડુપ્લિકેટ વાંચનની ઊંચી ટકાવારીમાં પરિણમે છે. પ્રમાણભૂત હાઈ-સી 1 થી 10 એમબીના રિઝોલ્યુશન પર જોડી મુજબની ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ પર માહિતી આપે છે, ઉચ્ચ અનુક્રમણિકાની ઊંડાઈની જરૂર પડે છે અને પ્રોટોકોલ પૂર્ણ થવામાં લગભગ 7 દિવસ લાગે છે. ફોર્મેલ્ડિહાઇડ ક્રોસ-લિંકિંગ સેલ અને ન્યુક્લિયર મેમ્બ્રેન ફોર્મેલ્ડિહાઇડ માટે અત્યંત પારગમ્ય છે. ફોર્મેલ્ડિહાઇડ ક્રોસ-લિંકિંગનો ઉપયોગ ડીએનએ-પ્રોટીન અને પ્રોટીન-પ્રોટીન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓની શોધ અને પ્રમાણ માટે વારંવાર કરવામાં આવે છે. હાય-સી અને તમામ 3સી-આધારિત પદ્ધતિઓના સંદર્ભમાં રસપ્રદ બાબત એ છે કે ક્રોમેટિનના દૂરના ભાગો વચ્ચે સિસ રંગસૂત્રોની ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓને પકડવાની ફોર્મેલ્ડિહાઇડની ક્ષમતા છે. તે અવકાશી રીતે અડીને આવેલા ક્રોમેટિન વિભાગો વચ્ચે સહસંયોજક કડીઓ બનાવીને આમ કરે છે. ફોર્મેલ્ડિહાઇડ બે તબક્કામાં મેક્રોમોલેક્યુલ્સ સાથે પ્રતિક્રિયા કરી શકે છેઃ ઉદાહરણ તરીકે, પ્રથમ તે ડીએનએ બેઝ પર ન્યુક્લિયોફિલિક જૂથ સાથે પ્રતિક્રિયા આપે છે, અને મિથાઈલોલ એડક્ટ બનાવે છે, જે પછી શિફ બેઝમાં રૂપાંતરિત થાય છે. બીજા તબક્કામાં, શિફ બેઝ, જે ઝડપથી વિઘટિત થઈ શકે છે, તે અન્ય પરમાણુ પર અન્ય કાર્યાત્મક જૂથ સાથે મિથાઈલીન બ્રિજ બનાવે છે. તે ગ્લાયસીન જેવા દ્રાવણમાં નાના પરમાણુ સાથે આ મિથાઈલીન પુલ પણ બનાવી શકે છે, જેનો ઉપયોગ હાય-સીમાં ફોર્મેલ્ડિહાઇડને શાંત કરવા માટે વધુ થાય છે. ક્વેંચર્સ સામાન્ય રીતે કોષની બહારથી ફોર્મેલ્ડિહાઇડ પર અસર કરી શકે છે. આ બે-તબક્કાની ફોર્મેલ્ડિહાઇડ ક્રોસ-લિંકિંગ પ્રતિક્રિયાનું મુખ્ય લક્ષણ એ છે કે તમામ પ્રતિક્રિયાઓ ઉલટાવી શકાય તેવી હોય છે, જે ક્રોમેટિન કેપ્ચર માટે મહત્વપૂર્ણ છે. ક્રોમલિંકિંગ એ ક્રોમેટિન કેપ્ચર વર્કફ્લોનું એક મુખ્ય પગલું છે કારણ કે તકનીકનું કાર્યાત્મક વાંચન એ આવર્તન છે કે જેના પર બે જીનોમિક પ્રદેશો એકબીજા સાથે જોડાયેલા હોય છે. આમ, આ પગલાનું માનકીકરણ મહત્વપૂર્ણ છે અને તે માટે, વ્યક્તિએ વિવિધતાના સંભવિત સ્રોતોને ધ્યાનમાં લેવા જોઈએ. સંવર્ધન માધ્યમોમાં પ્રોટીનની ઊંચી સાંદ્રતા ધરાવતા સીરમની હાજરી, સંવર્ધન માધ્યમોમાં તેને અલગ કરીને, ક્રોમેટિન ક્રોસલિંકિંગ માટે ઉપલબ્ધ ફોર્મેલ્ડિહાઇડની અસરકારક સાંદ્રતામાં ઘટાડો કરી શકે છે. તેથી, એવા કિસ્સાઓમાં કે જ્યાં સંવર્ધનમાં સીરમનો ઉપયોગ થાય છે, તેને ક્રોસ-લિંકિંગ પગલા માટે દૂર કરવું જોઈએ. કોષોની પ્રકૃતિ, એટલે કે, પછી ભલે તે સસ્પેન્શન હોય કે પાલનશીલ હોય, તે પણ ક્રોસ-લિંકિંગ પગલા માટે યોગ્ય વિચારણા છે. સુસંગત કોષો સાયટોસ્કેલેટનની મોલેક્યુલર મિકેનિઝમ્સની મદદથી સપાટીઓ સાથે જોડાય છે. એવું દર્શાવવામાં આવ્યું છે કે સાયટોસ્કેલેટન-જાળવણી પરમાણુ અને સેલ્યુલર મોર્ફોલોજી વચ્ચે એક કડી છે, જે જો બદલવામાં આવે તો વૈશ્વિક પરમાણુ સંગઠન પર નકારાત્મક અસર કરી શકે છે. તેથી, અનુયાયી કોષો તેમની સંવર્ધન સપાટી સાથે જોડાયેલા હોવા છતાં ક્રોસ-લિંક્ડ હોવા જોઈએ. સોડિયમ ક્લોરાઇડ ધરાવતા ઠંડા હાયપોટોનિક બફર, પી. એચ. 8 પર ટ્રીસ-એચ. સી. એલ. અને બિન-આયનીય ડિટર્જન્ટ આઇ. જી. ઇ. પી. એ. એલ. સી. એ.-630, જે પ્રોટીઝ અવરોધકો સાથે પૂરક છે, સાથે લિસિસ, પ્રતિબંધ પાચન અને બાયોટિનિલેશન કોષોને બરફ પર ગોઠવવામાં આવે છે. પ્રોટીઝ ઇન્હિબિટર્સ અને બરફ પરનું સેવન આંતરજનિત પ્રોટીઝમાંથી ક્રોસ-લિંક્ડ ક્રોમેટિન સંકુલની અખંડિતતાને જાળવવામાં મદદ કરે છે. લિસિસ પગલું કોષોમાંથી ન્યુક્લિક સામગ્રીને મુક્ત કરવામાં મદદ કરે છે. કોષ લિસિસ પછી, ક્રોમેટિનને પાતળા એસ. ડી. એસ. સાથે દ્રાવ્ય કરવામાં આવે છે જેથી ક્રોસ-લિંક્ડ ન હોય તેવા પ્રોટીનને દૂર કરી શકાય અને ક્રોમેટિનને ખોલી શકાય અને તેને અનુગામી પ્રતિબંધ એન્ડોન્યુક્લીઝ-મધ્યસ્થ પાચન માટે વધુ સુલભ બનાવી શકાય. જો એસ. ડી. એસ. સાથે સેવન ભલામણ કરેલ 10 મિનિટ કરતાં વધી જાય, તો ફોર્મેલ્ડિહાઇડ ક્રોસલિન્કને ઉલટાવી શકાય છે અને તેથી એસ. ડી. એસ. સાથે સેવન તરત જ બરફ પર સેવન દ્વારા અનુસરવું આવશ્યક છે. ટ્રાઇટન એક્સ-100 નામના બિન-આયનીય ડિટર્જન્ટનો ઉપયોગ એસ. ડી. એસ. ને શાંત કરવા માટે થાય છે જેથી આગળના તબક્કામાં એન્ઝાઇમના વિકૃતિકરણને અટકાવી શકાય. કોઈપણ પ્રતિબંધ ઉત્સેચક કે જે 5 'ઓવરહેંગ ઉત્પન્ન કરે છે, જેમ કે હિન્દ III નો ઉપયોગ હવે સુલભ ક્રોમેટિનને રાતોરાત પચાવવા માટે કરી શકાય છે. આ 5 'ઓવરહેંગ ક્રોમેટિનના પચેલા છેડા પર બાયોટિનિલેટેડ સી. ટી. પી. અથવા એ. ટી. પી. ઉમેરવા માટે ડી. એન. એ. પોલિમરેઝ I ના ક્લેનો ટુકડા દ્વારા જરૂરી ટેમ્પલેટ પ્રદાન કરે છે. આ પગલું પુસ્તકાલયની તૈયારી માટે હાઈ-સી બંધન ઉત્પાદનોની પસંદગી માટે પરવાનગી આપે છે. નિકટતા બંધન ડીએનએ ટુકડાઓ પર મંદન બંધન કરવામાં આવે છે જે હજુ પણ એકબીજા સાથે ક્રોસ-લિંક્ડ હોય છે જેથી વિવિધ સંકુલમાં ટુકડાઓ વચ્ચે બંધનની ઘટનાઓને બદલે સમાન ક્રોમેટિન સંકુલમાં ટુકડાઓના ઇન્ટ્રામોલેક્યુલર બંધનની તરફેણ કરી શકાય. આ બંધન પગલું બ્લન્ટ-એન્ડેડ ડીએનએ ટુકડાઓ વચ્ચે થાય છે (કારણ કે ચીકણા છેડા બાયોટિન-લેબલવાળા પાયાથી ભરેલા હોય છે), તેથી પ્રતિક્રિયાને તેની અંતર્ગત બિનકાર્યક્ષમતાની ભરપાઈ કરવા માટે 4 કલાક સુધી ચાલુ રાખવાની મંજૂરી આપવામાં આવે છે. નિકટતા બંધનના પરિણામે, ટર્મિનલ હિન્દ III સાઇટ્સ ખોવાઈ જાય છે અને એક એન. એચ. ઇ. આઇ. સાઇટ પેદા થાય છે. બાયોટિન દૂર કરવું, ડીએનએ કાપવું, કદની પસંદગી અને અંતિમ સમારકામ બાયોટિન-લેબલવાળા બંધન ઉત્પાદનોને ફિનોલ-ક્લોરોફોર્મ ડીએનએ નિષ્કર્ષણનો ઉપયોગ કરીને શુદ્ધ કરી શકાય છે. બાયોટિન-લેબલવાળા છેડાઓ સાથેના કોઈપણ ટુકડાઓ કે જેને જોડવામાં આવ્યા નથી તેને દૂર કરવા માટે, આવા ટુકડાઓના છેડાઓમાંથી ન્યુક્લિયોટાઇડ્સને દૂર કરવા માટે 3 'થી 5' એક્સોન્યુક્લીઝ પ્રવૃત્તિ સાથે T4 DNA પોલિમરેઝનો ઉપયોગ કરવામાં આવે છે. આ પગલું એ સુનિશ્ચિત કરે છે કે આમાંથી કોઈ પણ અનિયમિત ટુકડાઓ પુસ્તકાલયની તૈયારી માટે પસંદ કરવામાં ન આવે. ઇ. ડી. ટી. એ. સાથે પ્રતિક્રિયા બંધ કરવામાં આવે છે અને ફિનોલ-ક્લોરોફોર્મ ડીએનએ નિષ્કર્ષણનો ઉપયોગ કરીને ડીએનએને ફરી એકવાર શુદ્ધ કરવામાં આવે છે. અનુક્રમણિકા પુસ્તકાલય માટે ડીએનએ ટુકડાઓનું આદર્શ કદ અનુક્રમણિકા મંચ પર આધારિત છે જેનો ઉપયોગ કરવામાં આવશે. ડીએનએને સૌપ્રથમ સોનિકેશનનો ઉપયોગ કરીને 300-500 બી. પી. ની આસપાસના ટુકડાઓમાં કાપી શકાય છે. આ કદના ટુકડાઓ ઉચ્ચ-થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગ માટે યોગ્ય છે. સોનિકેશન પછી, 150 અને 300 બી. પી. વચ્ચેના કદના વિતરણ સાથે બંધન ઉત્પાદનો મેળવવા માટે બેકમેન કોલ્ટરના એએમપીયુઆર એક્સપી મણકાનો ઉપયોગ કરીને ટુકડાઓનું કદ પસંદ કરી શકાય છે. હાઈસેક ક્લસ્ટરની રચના માટે આ શ્રેષ્ઠ ટુકડાના કદની વિંડો છે. ડીએનએ શીઅરિંગ અસમપ્રમાણતાવાળા ડીએનએ ભંગાણનું કારણ બને છે અને બાયોટિન પુલડાઉન અને સિક્વન્સિંગ એડેપ્ટર બંધન પહેલાં તેનું સમારકામ કરવું આવશ્યક છે. આ ઉત્સેચકોના સંયોજનનો ઉપયોગ કરીને પ્રાપ્ત થાય છે જે 5 'ઓવરહેંગ્સમાં ભરે છે, અને 5' ફોસ્ફેટ જૂથો અને એડેનાઇલેટને ટુકડાઓના 3 'છેડા પર ઉમેરે છે જેથી અનુક્રમણિકા એડેપ્ટરના બંધનને મંજૂરી મળે. ડાયનેબેડ્સમાંથી માય-વન સી1 સ્ટ્રેપ્ટાવિડિન મણકાના દ્રાવણ જેવા સ્ટ્રેપ્ટાવ્ડિન મણકાના વધારાનો ઉપયોગ કરીને, બાયોટિનિલેટેડ હાઈ-સી બંધન ઉત્પાદનોને નીચે ખેંચીને સમૃદ્ધ કરી શકાય છે. જ્યારે ડીએનએના ટુકડા સ્ટ્રેપ્ટાવિડિન મણકા સાથે બંધાયેલા હોય ત્યારે ઈલુમિના જોડીદાર-અંત એડેપ્ટર્સનું બંધન કરવામાં આવે છે. મણકામાં શોષણ એ આ બ્લન્ટ-એન્ડેડ ડીએનએ ટુકડાઓને એડેપ્ટર સાથે જોડવાની કાર્યક્ષમતામાં વધારો કરે છે, કારણ કે તે તેમની ગતિશીલતામાં ઘટાડો કરે છે. પુસ્તકાલયની તૈયારી અને અનુક્રમણિકા એડેપ્ટરનું બંધન પૂર્ણ થયા પછી, પુસ્તકાલયનું પી. સી. આર. વિસ્તરણ કરવામાં આવે છે. પી. સી. આર. પગલું વધુ પડતા વિસ્તરણના પરિણામે ઓછી જટિલતાવાળા હાઇ-સી બંધન ઉત્પાદનના નમૂનામાં મોટી સંખ્યામાં પ્રતિકૃતિઓ રજૂ કરી શકે છે. આના પરિણામે ખૂબ જ ઓછી ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ પકડવામાં આવે છે અને ઘણીવાર, આનું કારણ એ છે કે ઇનપુટ નમૂનાના કદમાં કોષોની માત્રા ઓછી હતી. અનુક્રમણિકા માટે ઓછામાં ઓછા 50 એનજી હાઈ-સી લાઈબ્રેરી ડીએનએ મેળવવા માટે જરૂરી ચક્રોની સંખ્યાને ટાઇટ્રેટ કરવી મહત્વપૂર્ણ છે. ચક્રની સંખ્યા જેટલી ઓછી હોય તેટલી વધુ સારી છે જેથી ત્યાં કોઈ પી. સી. આર. કલાકૃતિઓ (જેમ કે લક્ષ્યથી બહારના એમ્પ્લિકોન, બિન-વિશિષ્ટતા, વગેરે) ન હોય. પી. સી. આર. ચક્રની આદર્શ શ્રેણી <આઇ. ડી. 1> છે અને એક પી. સી. આર. પ્રતિક્રિયા માટે ચક્રની સંખ્યામાં વધારો કરવા કરતાં, અનુક્રમણિકા માટે પૂરતા પ્રમાણમાં ડી. એન. એ. મેળવવા માટે બહુવિધ પી. સી. આર. પ્રતિક્રિયાઓ એકત્રિત કરવી વધુ આદર્શ છે. પીસીઆર ઉત્પાદનોને પ્રાઇમર ડાયમર દૂર કરવા માટે એએમપીયુઆર મણકાનો ઉપયોગ કરીને ફરીથી શુદ્ધ કરવામાં આવે છે અને પછી અનુક્રમિત થતાં પહેલાં તેનું પ્રમાણ નક્કી કરવામાં આવે છે. ક્રોમેટિનના પ્રદેશો કે જે એકબીજા સાથે ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરે છે તે પછી બાયોટિનિલેટેડ, લિગેટેડ ઉત્પાદનોના જોડીદાર-અંત ક્રમ દ્વારા ઓળખવામાં આવે છે. કોઈપણ પ્લેટફોર્મ કે જે બંધાયેલા ટુકડાઓને એન. એચ. ઇ. આઇ. જંક્શન (રોશ 454) પર અથવા જોડીદાર-અંત અથવા સાથી-જોડીદાર રીડ્સ (ઇલુમિના જી. એ. અને હાઈસેક પ્લેટફોર્મ) દ્વારા અનુક્રમિત કરવાની મંજૂરી આપી શકે છે તે હાઈ-સી માટે યોગ્ય રહેશે. ઉચ્ચ-થ્રુપુટ અનુક્રમણિકા પહેલાં, લાઇબ્રેરીની ગુણવત્તાને સેંગર અનુક્રમણિકાનો ઉપયોગ કરીને ચકાસવી જોઈએ, જેમાં લાંબી અનુક્રમણિકા વાંચન બાયોટિન જંક્શન દ્વારા વાંચવામાં આવશે. ઇલ્યુમિના જોડી-અંત અનુક્રમણિકાનો ઉપયોગ કરીને મોટાભાગના ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરતી જોડીઓ ઓળખવા માટે છત્રીસ અથવા 50 બી. પી. રીડ્સ પૂરતા છે. લાઈબ્રેરીમાં ટુકડાઓનું સરેરાશ કદ 250 બી. પી. હોવાથી, 50 બી. પી. જોડીદાર-અંત રીડ્સ હાઈ-સી લાઈબ્રેરી સિક્વન્સિંગ માટે શ્રેષ્ઠ હોવાનું જાણવા મળ્યું છે. હાઈ-સી લાઈબ્રેરીઓનું ગુણવત્તા નિયંત્રણ હાઈ-સી નમૂનાની તૈયારીના કાર્યપ્રવાહમાં ઘણા દબાણ બિંદુઓ છે જે સારી રીતે દસ્તાવેજીકૃત અને અહેવાલિત છે. ટુકડાઓના કદના વિતરણનું મૂલ્યાંકન કરવા માટે વિવિધ તબક્કે ડીએનએ 0.8 ટકા એગરોઝ જેલ પર ચલાવી શકાય છે. કદ પસંદગીના પગલાંને કાપ્યા પછી આ ખાસ કરીને મહત્વપૂર્ણ છે. ડી. એન. એ. ના અધઃપતનનું નિરીક્ષણ પણ કરી શકાય છે કારણ કે જેલ પર ઓછા પરમાણુ વજનના ઉત્પાદનો હેઠળ સ્મીયર્સ દેખાય છે. લિસિસ દરમિયાન પૂરતા પ્રમાણમાં પ્રોટીઝ ઇન્હિબિટર્સ ન ઉમેરવા, એન્ડોજેનસ ન્યુક્લીઝ પ્રવૃત્તિ અથવા ખોટી હિમસ્તરને કારણે થર્મલ ડિગ્રેડેશનને કારણે અધોગતિ થઈ શકે છે. નિકટતા બંધન ઉત્પાદનોની રચના માટે પરીક્ષણ કરવા માટે 3C પી. સી. આર. પ્રતિક્રિયાઓ કરી શકાય છે. સ્ટાન્ડર્ડ હાય-સી વેરિઅન્ટ્સમાં ઇનપુટ સેલ નંબરની કિંમત વધારે હોય છે, તેને ઊંડા ક્રમની જરૂર હોય છે, ઓછી રીઝોલ્યુશન માહિતી પેદા કરે છે, અને બિનજરૂરી અણુઓની રચનાથી પીડાય છે જે કોષની સંખ્યા ઓછી હોય ત્યારે ઓછી જટિલતા પુસ્તકાલયોમાં ફાળો આપે છે. આ મુદ્દાઓનો સામનો કરવા માટે આ તકનીકને એવા સંદર્ભોમાં લાગુ કરવા માટે સક્ષમ થવા માટે કે જ્યાં કોષની સંખ્યા એક મર્યાદિત પરિબળ છે, ઉદાહરણ તરીકે, પ્રાથમિક માનવ કોષ કાર્ય સાથે, હાય-સીની પ્રથમ વિભાવનાથી ઘણા હાય-સી પ્રકારો વિકસાવવામાં આવ્યા છે. ચાર મુખ્ય વર્ગો કે જેના હેઠળ હાઈ-સી પ્રકારો આવે છે તે છેઃ મંદન બંધન, મૂળ સ્થાને બંધન, સિંગલ સેલ અને ઓછી અવાજ સુધારણા પ્રણાલીઓ. પ્રમાણભૂત હાઈ-સી એ મંદન બંધનનો એક પ્રકાર છે અને અન્ય મંદન બંધનમાં ડીએનએઝ હાઈ-સી અને કેપ્ચર હાઈ-સીનો સમાવેશ થાય છે. પ્રમાણભૂત અને કેપ્ચર હાઈ-સીથી વિપરીત, ડીએનએઝ હાઈ-સીને ઇનપુટ તરીકે માત્ર 2 થી 5 મિલિયન કોષોની જરૂર પડે છે, ક્રોમેટિનના વિભાજન માટે ડીએનએઝઆઈનો ઉપયોગ કરે છે અને ઇન-જેલ ડાયલ્યુશન નિકટતા બંધનનો ઉપયોગ કરે છે. ડી. એન. એ. એસ. આઈ. નો ઉપયોગ એચ. આઈ.-સી. ની કાર્યક્ષમતા અને રિઝોલ્યુશનમાં ઘણો સુધારો દર્શાવે છે. કેપ્ચર હાઈ-સી એ લક્ષિત જીનોમિક પ્રદેશોના સંકરણ-આધારિત કેપ્ચરનો ઉપયોગ કરીને ચોક્કસ સ્થાનની ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓને જોવા માટે જીનોમ-વ્યાપી પરીક્ષણ તકનીક છે. તે સૌપ્રથમ મિફસુદ એટ અલ દ્વારા વિકસાવવામાં આવ્યું હતું. 21, 841 પ્રમોટર પ્રદેશોને લક્ષ્યાંકિત કરતી બાયોટિનિલેટેડ આરએનએ બાઈટ લાઇબ્રેરી ઉત્પન્ન કરીને માનવ કોષોમાં લાંબા અંતરના પ્રમોટર સંપર્કોનો નકશો બનાવવો. આ પ્રકારો, અન્ય (નીચે વર્ણવેલ) ઉપરાંત, પ્રમાણભૂત હાઈ-સી અને સરનામાની પાયાની તકનીકમાં ફેરફારોનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે અને મૂળ પદ્ધતિની એક અથવા વધુ મર્યાદાઓને દૂર કરે છે. મૂળ સ્થાને હાય-સી પ્રથમ રાવ અને અન્ય લોકો દ્વારા વર્ણવવામાં આવ્યું છે, મૂળ સ્થાને હાય-સી પ્રમાણભૂત હાઈ-સીને પરમાણુ બંધન પરીક્ષણ સાથે જોડે છે, એટલે કે, અખંડ કેન્દ્રકમાં કરવામાં આવતી નિકટતા બંધન. પ્રોટોકોલ મૂળભૂત વર્કફ્લો રૂપરેખાના સંદર્ભમાં પ્રમાણભૂત હાય-સી જેવું જ છે પરંતુ અન્ય રીતે અલગ છે. પ્રમાણભૂત હાઈ-સી માટે જરૂરી આદર્શ 20 થી 25 મિલિયનની સરખામણીમાં સ્થાને હાઈ-સીને 2 થી 5 મિલિયન કોષોની જરૂર પડે છે અને પ્રમાણભૂત હાઈ-સી માટે 7 દિવસની સરખામણીમાં પ્રોટોકોલ પૂર્ણ કરવા માટે માત્ર 3 દિવસની જરૂર પડે છે. વધુમાં, પ્રમાણભૂત હાઈ-સીની જેમ દ્રાવણમાં નિકટતા બંધન થતું નથી, જે કબજે કરેલા બાયોટિનિલેટેડ ડીએનએમાં મિટોકોન્ડ્રીયલ અને ન્યુક્લિયર ડીએનએ સંપર્કોની નીચી આવર્તન દ્વારા સૂચવ્યા મુજબ, અવ્યવસ્થિત, જૈવિક રીતે અપ્રસ્તુત સંપર્કો અને જોડાણોની આવર્તનમાં ઘટાડો કરે છે. આ બંધન પગલા માટે કેન્દ્રકને અકબંધ રાખીને પ્રાપ્ત થાય છે. કોષોને હજુ પણ પી. એચ. 8 પર ટ્રીસ-એચ. સી. એલ. ધરાવતા બફર, બંધન પહેલાં સોડિયમ ક્લોરાઇડ અને ડિટર્જન્ટ આઇ. જી. ઇ. પી. એ. એલ. સી. એ. 630 સાથે જોડવામાં આવે છે, પરંતુ કોષના લાઇસેટના એકરૂપકરણને બદલે, કોષના કેન્દ્રકને કોષ પટલને અધોગતિ કરવા માટે પ્રારંભિક લિસિસ પછી જોડવામાં આવે છે. નિકટતા બંધન પૂર્ણ થયા પછી, પરમાણુ પટલને પારગમ્ય બનાવવા અને તેની પરમાણુ સામગ્રીને મુક્ત કરવા માટે કોષના કેન્દ્રકને 68 ડિગ્રી સેલ્સિયસ પર ઓછામાં ઓછા દોઢ કલાક માટે સેવન કરવામાં આવે છે. પ્રમાણભૂત હાઈ-સીના 1 થી 10 એમબી રિઝોલ્યુશન અને ડીએનએઝ હાઈ -સીના 100 કેબી રિઝોલ્યુશનની સરખામણીમાં ઇન સિટુ હાઈ-સી સાથે પ્રાપ્ત કરી શકાય તેવું રિઝોલ્યુશન 950 થી 1000 બી. પી. સુધી હોઈ શકે છે. જ્યારે પ્રમાણભૂત હાઈ-સી પ્રતિબંધ પાચન પગલા માટે હિન્દ III જેવા 6-બી. પી. કટરનો ઉપયોગ કરે છે, ત્યારે સ્થાને હાઈ-સી કાર્યક્ષમતા અને રીઝોલ્યુશન વધારવા માટે એમ. બી. ઓ. આઈ. અથવા તેના આઇસોસ્કિઝોમર ડી. પી. એન. આઈ. આઈ. (જે સી. પી. જી. મિથાઇલેશન પ્રત્યે સંવેદનશીલ નથી) જેવા 4-બી. પી. કટરનો ઉપયોગ કરે છે (કારણ કે એમ. બી. ઓ. આઈ. અને ડી. પી. એન. આઈ. આઈ. ના પ્રતિબંધ સ્થળો જિનોમમાં વધુ વારંવાર જોવા મળે છે). ઇન સીટૂ હાય-સી માટે પ્રતિકૃતિઓ વચ્ચેનો ડેટા સુસંગત અને અત્યંત પુનઃઉત્પાદિત છે, જેમાં ખૂબ જ ઓછો પૃષ્ઠભૂમિ અવાજ અને સ્પષ્ટ ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ દર્શાવે છે. જો કે તે શક્ય છે કે કેટલીક કેપ્ચર કરેલી ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ સચોટ આંતરઆણ્વિક ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ ન પણ હોઈ શકે કારણ કે ન્યુક્લિયસ પ્રોટીન અને ડીએનએથી ગાઢ રીતે ભરેલું હોય છે તેથી અખંડ ન્યુક્લિયસમાં નિકટતા બંધન કરવાથી મૂંઝવણભરી ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ થઈ શકે છે જે ફક્ત પરમાણુ પેકેજિંગની પ્રકૃતિને કારણે બની શકે છે અને સેલ્યુલર કાર્યાત્મક અસર સાથે ખૂબ જ અનન્ય રંગસૂત્રોની ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ નહીં. રાવ એટ અલ દ્વારા વર્ણવેલ ડેટાનું રિઝોલ્યુશન હાંસલ કરવા માટે નમૂના દીઠ આશરે 5 અબજ જોડીદાર-અંત વાંચનની અત્યંત ઉચ્ચ અનુક્રમણિકાની ઊંડાઈની પણ જરૂર પડે છે. કેટલીક તકનીકો કે જેમણે મૂળ સ્થાને હાય-સીની વિભાવનાને અનુકૂલિત કરી છે, તેમાં સિસ હાઈ-સી, ઓસીએએન-સી અને મૂળ સ્થાને કેપ્ચર હાઈ-સીનો સમાવેશ થાય છે. નીચે વર્ણવેલ બે સિટુ હાય-સી આધારિત તકનીકો સૌથી અગ્રણી છે. 1. લો-સી લો-સી એ ઓછી કોષ સંખ્યાઓ પર ઉપયોગ માટે અનુકૂળ ઇન સિટુ હાઈ-સી પ્રોટોકોલ છે, જે ખાસ કરીને એવા સંદર્ભોમાં ઉપયોગી છે જ્યાં કોષ સંખ્યા મર્યાદિત કરનાર એજન્ટ છે, ઉદાહરણ તરીકે, પ્રાથમિક માનવ કોષ સંવર્ધનમાં. આ પદ્ધતિ નાના ફેરફારોનો ઉપયોગ કરે છે, જેમાં ઉપયોગમાં લેવાતા જથ્થા અને સાંદ્રતા અને અમુક પ્રાયોગિક પગલાંના સમય અને ક્રમનો સમાવેશ થાય છે, જેથી 1000 કોષો જેટલા ઓછા કોષોમાંથી ઉચ્ચ ગુણવત્તાની હાઇ-સી લાઈબ્રેરીઓ પેદા કરી શકાય. 1000 જેટલા ઓછા કોષો સાથે ઉપયોગી અને ઉચ્ચ રીઝોલ્યુશન ડેટા ઉત્પન્ન કરવાની ક્ષમતા હોવા છતાં, ડિયાઝ એટ અલ. જો શક્ય હોય તો ઓછામાં ઓછા 1 થી 2 મિલિયન કોષોનો ઉપયોગ કરવાની ભલામણ કરવામાં આવે છે, અથવા ઓછામાં ઓછા 500 કે કોષોનો ઉપયોગ કરવાની ભલામણ કરવામાં આવે છે. પુસ્તકાલયની ગુણવત્તાનું મૂલ્યાંકન સૌપ્રથમ ઈલુમિના મિસેક (2x84 એન. પી. જોડીદાર-અંત વાંચન) પ્લેટફોર્મ પર કરવામાં આવ્યું હતું અને એકવાર ગુણવત્તા નિયંત્રણ માપદંડ (ઓછી પી. સી. આર. નકલ સહિત) પસાર થયા પછી, પુસ્તકાલયને ઈલુમિના નેક્સ્ટસેક (2x80 બી. પી. જોડીદાર-અંત) પર અનુક્રમિત કરવામાં આવ્યું હતું. એકંદરે, આ તકનીક હાઈ-સી માટે ઉચ્ચ સેલ નંબર ઇનપુટની જરૂરિયાત અને ઉચ્ચ રીઝોલ્યુશન ડેટા મેળવવા માટે જરૂરી ઉચ્ચ અનુક્રમણિકાની ઊંડાઈના મુદ્દાને અવરોધે છે, પરંતુ માત્ર 5 કે. બી. સુધીના રિઝોલ્યુશન પ્રાપ્ત કરી શકે છે અને ઉપયોગમાં લેવાતા નમૂનાના કદ અને તેમાંથી પેદા થયેલા ડેટાની ચલ પ્રકૃતિને કારણે હંમેશા પુનઃઉત્પાદિત ન પણ થઈ શકે. 2. સેફ હાઈ-સી સલામત હાઈ-સી, અથવા સરળીકૃત, ઝડપી અને આર્થિક રીતે કાર્યક્ષમ હાઈ-સી, ઉચ્ચ-થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગ માટે એમ્પ્લીફિકેશન વિના પૂરતા પ્રમાણમાં લિગેટેડ ટુકડાઓ ઉત્પન્ન કરે છે. સ્થાને પ્રકાશિત થયેલ હાય-સી ડેટા સૂચવે છે કે એમ્પ્લીફિકેશન (લાઈબ્રેરીની તૈયારી માટે પી. સી. આર. પગલા પર) અંતર-આધારિત એમ્પ્લીફિકેશન પૂર્વગ્રહ રજૂ કરે છે, જે જીનોમિક અંતર સામે અવાજ અને સંકેત ગુણોત્તરમાં પરિણમે છે. સેફ હાઈ-સી નો ઉપયોગ 250 હજાર કે562 કોષો જેટલા નીચા સ્તરથી એમ્પ્લીફિકેશન-ફ્રી, ઇન સિટુ હાઈ-સી લાઇગેશન લાઇબ્રેરી બનાવવા માટે સફળતાપૂર્વક કરવામાં આવ્યો હતો. બંધનના ટુકડાઓ 200 અને 500 બી. પી. ની વચ્ચે હોય છે, જેમાં સરેરાશ આશરે 370 બી. પી. હોય છે. તમામ બંધન ઉત્પાદન પુસ્તકાલયોને ઈલુમિના હાઈસેક પ્લેટફોર્મ (2x150 બી. પી. જોડીદાર-અંત વાંચન) નો ઉપયોગ કરીને અનુક્રમિત કરવામાં આવ્યા હતા. જોકે સેફ હાય-સી નો ઉપયોગ 250 હજાર જેટલા ઓછા સેલ ઇનપુટ માટે થઈ શકે છે, નીયુ એટ અલ. 1 થી 2 મિલિયન કોષોનો ઉપયોગ કરવાની ભલામણ કરવામાં આવે છે. નમૂનાઓ લેનના એક ચતુર્થાંશ ભાગ પર અનુક્રમિત કરવા માટે પૂરતા લિગેટ્સ ઉત્પન્ન કરે છે. પી. સી. આર. ડુપ્લિકેટ્સને દૂર કરવાને કારણે લાઇબ્રેરીની જટિલતામાં વધારો કરવા માટે સેફ હાઈ-સી દર્શાવવામાં આવ્યું છે જે અનન્ય જોડીદાર વાંચનની એકંદર ટકાવારીને ઘટાડે છે. એકંદરે, સેફ હાઈ-સી રંગસૂત્રોની ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓની અખંડિતતાને જાળવી રાખે છે જ્યારે ઉચ્ચ અનુક્રમણિકાની ઊંડાઈની જરૂરિયાતને પણ ઘટાડે છે અને એકંદર ખર્ચ અને શ્રમની બચત કરે છે. માઇક્રો-સી માઇક્રો-સી એ હાઈ-સીનું એક સંસ્કરણ છે જેમાં ન્યુક્લિયોસોમ્સની જોડી વચ્ચેની ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ જોવા માટે માઇક્રોકોકલ ન્યુક્લિયસ (એમએનએઝ) પાચન પગલું શામેલ છે, આમ 1 થી 100 ન્યુક્લિયોસોમ સ્કેલ પર પેટા-જીનોમિક ટીએડી માળખાઓનું રિઝોલ્યુશન સક્ષમ કરે છે. તે સૌપ્રથમ યીસ્ટમાં ઉપયોગ માટે વિકસાવવામાં આવ્યું હતું અને પ્રમાણભૂત હાઈ-સીમાંથી મેળવેલા માળખાકીય ડેટાને સંરક્ષિત કરવા માટે દર્શાવવામાં આવ્યું હતું પરંતુ વધુ સિગ્નલ-ટુ-અવાજ ગુણોત્તર સાથે. જ્યારે માનવ ગર્ભ સ્ટેમ કોશિકાઓ અને ફાઇબ્રોબ્લાસ્ટ્સ સાથે ઉપયોગ કરવામાં આવે છે, ત્યારે નમૂના દીઠ 2.6 થી 4.5 અબજ અનન્ય રીતે મેપ કરેલા રીડ્સ મેળવવામાં આવ્યા હતા. સીહ એટ અલ. ઉંદરના ગર્ભ સ્ટેમ કોશિકાઓમાંથી 2.64 અબજ રીડ્સનું વિશ્લેષણ કરવામાં આવ્યું હતું અને દર્શાવ્યું હતું કે ટૂંકા અંતરની ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ શોધવા માટે શક્તિમાં વધારો થયો હતો. સિંગલ સેલ હાઈ-સી હાઈ-સીને પણ સિંગલ સેલ સાથે ઉપયોગ કરવા માટે સ્વીકારવામાં આવ્યું છે પરંતુ આ તકનીકોને પ્રદર્શન કરવા માટે ઉચ્ચ સ્તરની કુશળતાની જરૂર પડે છે અને તે ઓછી માહિતીની ગુણવત્તા, કવરેજ અને રિઝોલ્યુશન જેવા મુદ્દાઓથી ગ્રસ્ત છે. માહિતી વિશ્લેષણ હાઈ-સી દ્વારા પેદા થયેલ ચિમેરિક ડીએનએ બંધન ઉત્પાદનો કેન્દ્રકની અંદર જોડી મુજબની ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ અથવા ભૌતિક 3D સંપર્કોને રજૂ કરે છે, અને વિવિધ ડાઉનસ્ટ્રીમ અભિગમો દ્વારા તેનું વિશ્લેષણ કરી શકાય છે. ટૂંકમાં, ઊંડા અનુક્રમ ડેટાનો ઉપયોગ નિષ્પક્ષ જીનોમ-વાઇડ ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયા નકશા બનાવવા માટે થાય છે. પછી રંગસૂત્રોની માળખાકીય પેટર્ન અને તેમના જૈવિક અર્થઘટનોને ઓળખવા માટે આ નકશાનું વિશ્લેષણ કરવા માટે વિવિધ પદ્ધતિઓનો ઉપયોગ કરી શકાય છે. આમાંના ઘણા ડેટા વિશ્લેષણ અભિગમો 3સી-સિક્વન્સિંગ અથવા અન્ય સમકક્ષ ડેટાને પણ લાગુ પડે છે. ડીપ સિક્વન્સિંગ દ્વારા ઉત્પાદિત હાઈ-સી ડેટાનું રીડ મેપિંગ પરંપરાગત એફ. એ. એસ. ટી. ક્યુ. ફાઇલના સ્વરૂપમાં છે, અને રીડ્સને સિક્વન્સ એલાઇનમેન્ટ સોફ્ટવેરનો ઉપયોગ કરીને રસના જીનોમ સાથે ગોઠવી શકાય છે. બૌટી, બી. ડબલ્યુ. એ., વગેરે). કારણ કે હાઈ-સી બંધન ઉત્પાદનો સેંકડો મેગાબેઝમાં ફેલાઈ શકે છે અને વિવિધ રંગસૂત્રો પર સ્થાનને પુલ કરી શકે છે, હાઈ-સી વાંચન સંરેખણ ઘણીવાર એ અર્થમાં ચીમેરિક હોય છે કે વાંચનના વિવિધ ભાગો દૂરના સ્થાન સાથે સંરેખિત થઈ શકે છે, સંભવતઃ વિવિધ દિશાઓમાં. લાંબા-વાંચન સંરેખણ (દા. ત.) મિનિમેપ 2) ઘણીવાર ચિમેરિક સંરેખણને ટેકો આપે છે અને લાંબા સમય સુધી વાંચેલા હાય-સી ડેટા પર સીધા જ લાગુ કરી શકાય છે. ટૂંકા-વાંચન હાય-સી સંરેખણ વધુ પડકારજનક છે. નોંધપાત્ર રીતે, હાઈ-સી વિવિધ કદના બંધન જંકશન પેદા કરે છે, પરંતુ બંધન સ્થળની ચોક્કસ સ્થિતિ માપવામાં આવતી નથી. આ સમસ્યાને અવગણવા માટે, પુનરાવર્તિત મેપિંગનો ઉપયોગ વાંચનને બે ભાગમાં વિભાજિત કરવામાં અને ક્રિયાપ્રતિક્રિયા જોડીઓ ઓળખવા માટે તેમને અલગથી મેપિંગ કરવામાં સક્ષમ થતાં પહેલાં જંકશન સાઇટની શોધને ટાળવા માટે થાય છે. પુનરાવર્તિત મેપિંગ પાછળનો વિચાર જંકશન સાઇટ પર પહોંચતા પહેલા ક્રિયાપ્રતિક્રિયા જોડીઓની અનન્ય ઓળખ સુનિશ્ચિત કરવા માટે શક્ય તેટલા ટૂંકા ક્રમનો નકશો બનાવવાનો છે. પરિણામે, 5 'અંતથી શરૂ થતા 25-બી. પી. લાંબા રીડ્સને શરૂઆતમાં જિનોમમાં મેપ કરવામાં આવે છે, અને તે વાંચે છે કે જે એક જ સ્થાનમાં વિશિષ્ટ રીતે મેપ નથી કરતા તે વધારાના 5 બી. પી. દ્વારા વિસ્તૃત કરવામાં આવે છે અને પછી ફરીથી મેપ કરવામાં આવે છે. આ પ્રક્રિયા ત્યાં સુધી પુનરાવર્તિત થાય છે જ્યાં સુધી બધા અનન્ય રીતે નકશા વાંચે નહીં, અથવા જ્યાં સુધી વાંચન તેમની સંપૂર્ણતા સુધી વિસ્તૃત ન થાય. એક જ જીનોમિક લોકી સાથે અનન્ય રીતે મેપ કરેલી દરેક બાજુ સાથે ફક્ત જોડીદાર અંત વાંચન રાખવામાં આવે છે. અન્ય તમામ જોડીદાર અંત વાંચન કાઢી નાખવામાં આવે છે. ICE, HiC-પ્રો, HIPPIE, HiCUP અને TADbit જેવી ઘણી બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ પાઇપલાઇનમાં રીડ મેપિંગ તકનીકોની ઘણી વિવિધતાઓ લાગુ કરવામાં આવે છે, જેથી જોડીદાર અંતના બે ભાગોને અલગથી વાંચવામાં આવે, જો બે ભાગો અલગ જીનોમિક સ્થિતિ સાથે મેળ ખાય છે, આમ પડકારને સંબોધિત કરે છે જ્યાં વાંચન બંધન જંકશનમાં ફેલાય છે. વધેલી વાંચન લંબાઈ સાથે, વધુ તાજેતરની પાઈપલાઈન (દા. ત. જુઈસર અને 4ડી-ન્યુક્લિયોસોમ ડેટા પોર્ટલ) ઘણીવાર ટૂંકા હાય-સી રીડ્સને બી. ડબલ્યુ. એ.-મેમ, ક્રોમેપ અને ડ્રેગમેપ જેવા ચીમેરિક સંરેખણ માટે સક્ષમ સંરેખણ અલ્ગોરિધમ સાથે સંરેખિત કરે છે. આ પ્રક્રિયા સંરેખણને એકવાર કૉલ કરે છે અને પુનરાવર્તિત મેપિંગ કરતાં સરળ છે. ફ્રેગમેન્ટ અસાઇનમેન્ટ અને ફિલ્ટરિંગ મેપ કરેલા રીડ્સ પછી દરેકને જિનોમમાં તેની 5 'મેપ કરેલી સ્થિતિ અનુસાર એક જ જીનોમિક સંરેખણ સ્થાન સોંપવામાં આવે છે. દરેક વાંચી શકાય તેવી જોડી માટે, પ્રતિબંધના ટુકડાઓમાંથી માત્ર એકને સ્થાન સોંપવામાં આવે છે, આમ તે પ્રતિબંધ સ્થળની નજીક આવવું જોઈએ અને અણુની મહત્તમ લંબાઈથી ઓછું દૂર હોવું જોઈએ. નજીકના પ્રતિબંધ સ્થળોથી દૂર મહત્તમ પરમાણુ લંબાઈ કરતાં વધુ મેપ કરેલ રીડ્સ એ ક્રોમેટિન અથવા બિન-કેનોનિકલ ન્યુક્લીઝ પ્રવૃત્તિઓના ભૌતિક ભંગાણનું પરિણામ છે. કારણ કે આ વાંચન ક્રોમેટિનની ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ પરની માહિતીને પણ સૂચના આપે છે, તેઓ કાઢી નાખવામાં આવતા નથી, પરંતુ ડેટાસેટમાં તકનીકી ઘોંઘાટને દૂર કરવા માટે જીનોમિક સ્થાનો સોંપ્યા પછી યોગ્ય ગાળણ કરવું આવશ્યક છે. વાંચન જોડી સમાન અથવા વિવિધ પ્રતિબંધ ટુકડાઓમાં આવે છે કે કેમ તેના આધારે, વિવિધ ગાળણ માપદંડ લાગુ કરવામાં આવે છે. જો જોડી સમાન પ્રતિબંધના ટુકડા માટે નકશાને વાંચે છે, તો તે સંભવતઃ બિન-લટકતા અંત અથવા ગોળાકાર ટુકડાઓનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે જે બિન-માહિતીપ્રદ હોય છે, અને તેથી ડેટાસેટમાંથી દૂર કરવામાં આવે છે. આ વાંચન પી. સી. આર. શિલ્પકૃતિઓ, અપચિત ક્રોમેટિનના ટુકડાઓનું પ્રતિનિધિત્વ પણ કરી શકે છે, અથવા સરળ રીતે, ઓછી સંરેખણ ગુણવત્તા સાથે વાંચી શકે છે. તેમનું મૂળ ગમે તે હોય, તે જ ટુકડા સાથે મેપ કરેલા વાંચનને "બનાવટી સંકેતો" ગણવામાં આવે છે અને સામાન્ય રીતે ડાઉનસ્ટ્રીમ પ્રક્રિયા પહેલાં તેને કાઢી નાખવામાં આવે છે. અલગ પ્રતિબંધ ટુકડાઓ પર મેપ કરેલા બાકીના જોડીદાર રીડ્સને સમાન/બિનજરૂરી પી. સી. આર. ઉત્પાદનોને કાઢી નાખવા માટે પણ ફિલ્ટર કરવામાં આવે છે, અને આ ચોક્કસ સમાન ક્રમ અથવા 5 'સંરેખણ સ્થિતિને શેર કરતા રીડ્સને દૂર કરીને પ્રાપ્ત થાય છે. પ્રાયોગિક હેતુને અનુરૂપ ગાળણના વધારાના સ્તરો પણ લાગુ કરી શકાય છે. ઉદાહરણ તરીકે, વચ્ચે નાના અંતર (વપરાશકર્તા-નિર્ધારિત, અનુભવ-આધારિત) સાથે સમાન રંગસૂત્ર સ્ટ્રાન્ડ પર મેપ કરેલા રીડ્સને દૂર કરીને, સંભવિત અપચવાયેલી પ્રતિબંધ સાઇટ્સને નિષ્ક્રિય રીતે ઓળખવાને બદલે, ખાસ કરીને ફિલ્ટર કરી શકાય છે. બાઈનિંગ અને બિન-લેવલ ફિલ્ટરિંગ તેમના મધ્યબિંદુ કોઓર્ડિનેટ્સના આધારે, હાઈ-સી પ્રતિબંધના ટુકડાઓને નિશ્ચિત જીનોમિક અંતરાલોમાં બાંધવામાં આવે છે, જેમાં 40 કે. બી. થી 1 એમબી સુધીના બિન કદ હોય છે. આ અભિગમ પાછળનો તર્ક એ છે કે ડેટાની જટિલતાને ઘટાડીને અને બિન દીઠ ઉમેદવાર જીનોમ-વાઇડ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓની સંખ્યાને ઘટાડીને, જીનોમિક ડબ્બા વધુ મજબૂત અને ઓછા ઘોંઘાટીયા સંકેતોના નિર્માણ માટે પરવાનગી આપે છે, સંપર્ક આવર્તનના સ્વરૂપમાં, રીઝોલ્યુશનના ખર્ચે (જોકે પ્રતિબંધ ટુકડાની લંબાઈ હજુ પણ હાઈ-સી રિઝોલ્યુશનની અંતિમ ભૌતિક મર્યાદા છે). બિનથી બિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ માત્ર રકમ લઈને એકત્રિત કરવામાં આવે છે, જો કે સિગ્નલને વધુ વધારવા માટે વર્ષોથી વધુ કેન્દ્રિત અને માહિતીપ્રદ પદ્ધતિઓ પણ વિકસાવવામાં આવી છે. આવી જ એક પદ્ધતિ રાવ એટ અલ દ્વારા વર્ણવવામાં આવી છે. તેનો ઉદ્દેશ ડબ્બાઓના કદની મર્યાદાને નાના અને નાના ડબ્બાઓ સુધી પહોંચાડવાનો છે, આખરે 80 ટકાથી વધુ ડબ્બાઓ 1000 રીડ્સ દ્વારા આવરી લેવામાં આવે છે, જેણે અંતિમ વિશ્લેષણ પરિણામોના રિઝોલ્યુશનમાં નોંધપાત્ર વધારો કર્યો છે. બિન-લેવલ ફિલ્ટરિંગ, ફ્રેગમેન્ટ-લેવલ ફિલ્ટરિંગની જેમ, મેળવેલા ડેટામાંથી પ્રાયોગિક કલાકૃતિઓ છોડવા માટે પણ થાય છે. ઊંચા ઘોંઘાટ અને ઓછા સંકેતોવાળા ડબ્બાને દૂર કરવામાં આવે છે કારણ કે તે સામાન્ય રીતે ટેલોમેરેસ અને સેન્ટ્રોમેરેસની આસપાસ અત્યંત પુનરાવર્તિત જીનોમિક સામગ્રીનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે. આ વ્યક્તિગત ડબ્બાની રકમની તુલના તમામ ડબ્બાના સરવાળા સાથે કરીને અને તળિયાના 1 ટકા ડબ્બાને દૂર કરીને અથવા ઘોંઘાટના માપ તરીકે તફાવતનો ઉપયોગ કરીને કરવામાં આવે છે. લો-કવરેજ ડબ્બા, અથવા લોગ-નોર્મલ વિતરણના કેન્દ્રની નીચે ત્રણ પ્રમાણભૂત વિચલનો (જે જીનોમિક ડબ્બા દીઠ સંપર્કોની કુલ સંખ્યાને બંધબેસે છે), MAD-મહત્તમ (મહત્તમ માન્ય મધ્યમ નિરપેક્ષ વિચલન) ફિલ્ટરનો ઉપયોગ કરીને દૂર કરવામાં આવે છે. બાઈનિંગ કર્યા પછી, હાય-સી ડેટા સમપ્રમાણતાવાળા મેટ્રિક્સ સ્વરૂપમાં સંગ્રહિત કરવામાં આવશે. તાજેતરમાં, વિવિધ હાય-સી પ્રયોગો માટે શ્રેષ્ઠ બિન કદને પૂર્વનિર્ધારિત કરવા માટે ઘણા અભિગમો પ્રસ્તાવિત કરવામાં આવ્યા છે. લી અને અન્ય. 2018 માં ડીડોકનું વર્ણન કરવામાં આવ્યું હતું, જે એક એવી પદ્ધતિ છે જેમાં બિનનું કદ પસંદ કરવામાં આવે છે જેના પર હાય-સી મેટ્રિક્સની માળખાકીય એન્ટ્રોપી સ્થિર લઘુત્તમ સુધી પહોંચે છે. બીજી બાજુ, ક્વાસર, થોડી વધુ ગુણવત્તાનું મૂલ્યાંકન પ્રદાન કરે છે, અને મહત્તમ ઉપયોગી રીઝોલ્યુશન શોધવા માટે નમૂનાઓના પ્રતિકૃતિ સ્કોર્સની તુલના કરે છે (આપેલ છે કે પ્રતિકૃતિઓ ખરેખર પ્રાયોગિક હેતુ માટે શામેલ છે). કેટલાક પ્રકાશનોએ એક-ટુકડાના સ્તરે ક્રિયાપ્રતિક્રિયા આવર્તનને સ્કોર કરવાનો પણ પ્રયાસ કર્યો, જ્યાં ઓછી સંખ્યામાં વાંચન સાથે પણ ઉચ્ચ કવરેજ પ્રાપ્ત કરી શકાય છે. હાઈસીપ્લસ, ઝાંગ એટ અલ દ્વારા વિકસાવવામાં આવેલું એક સાધન છે. 2018 માં, મૂળ રીડ્સના ફક્ત 1/16 નો ઉપયોગ કરીને મૂળ જેવા જ હાય-સી મેટ્રિક્સને લાગુ કરવામાં સક્ષમ છે. બેલેન્સિંગ/નોર્મલાઇઝેશન બેલેન્સિંગ એ પ્રાપ્ત હાય-સી ડેટાના પૂર્વગ્રહ સુધારણાની પ્રક્રિયાનો સંદર્ભ આપે છે, અને તે સ્પષ્ટ અથવા ગર્ભિત હોઈ શકે છે. સ્પષ્ટ સંતુલન પદ્ધતિઓ માટે હાઈ-સી રીડ્સ (અથવા સામાન્ય રીતે કોઈપણ ઉચ્ચ-થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગ તકનીક) સાથે સંકળાયેલા પૂર્વગ્રહની સ્પષ્ટ વ્યાખ્યાઓની જરૂર પડે છે જેમાં રીડ મેપેબિલિટી, જીસી સામગ્રી, તેમજ વ્યક્તિગત ફ્રેગમેન્ટ લંબાઈનો સમાવેશ થાય છે. માનવામાં આવતા દરેક પૂર્વગ્રહ માટે પહેલા સુધારણા પરિબળની ગણતરી કરવામાં આવે છે, ત્યારબાદ તેમના દરેક સંયોજન દ્વારા અનુસરવામાં આવે છે, અને પછી જીનોમિક બિન દીઠ વાંચન ગણતરીઓ પર લાગુ કરવામાં આવે છે. જો કે, કેટલાક પૂર્વગ્રહ અજ્ઞાત મૂળમાંથી આવી શકે છે, જે કિસ્સામાં તેના બદલે ગર્ભિત સંતુલન અભિગમનો ઉપયોગ કરવામાં આવે છે. ગર્ભિત સંતુલન એ ધારણા પર આધાર રાખે છે કે દરેક જીનોમિક લોકસમાં "સમાન દૃશ્યતા" હોવી જોઈએ, જે સૂચવે છે કે હાય-સી ડેટામાં દરેક જીનોમિક લોકસમાં ક્રિયાપ્રતિક્રિયા સંકેત સમાન કુલ રકમ સુધી ઉમેરવો જોઈએ. પુનરાવર્તિત સુધારણા તરીકે ઓળખાતો એક અભિગમ સિંકહોર્ન-નોપ બેલેન્સિંગ અલ્ગોરિધમનો ઉપયોગ કરે છે અને ઉપરોક્ત ધારણાનો ઉપયોગ કરીને (મેટ્રિક્સમાં દરેક પંક્તિ અને સ્તંભના સરવાળાને સરખી કરીને) સમપ્રમાણતાવાળા મેટ્રિક્સને સંતુલિત કરવાનો પ્રયાસ કરે છે. અલ્ગોરિધમ પુનરાવર્તિત રીતે બે પગલાંઓ વચ્ચે ફેરબદલ કરે છેઃ 1) દરેક હરોળને તેના સરેરાશ દ્વારા વિભાજીત કરવી, અને 2) દરેક સ્તંભને તેના સરેરાશ દ્વારા વિભાજીત કરવું, જે અંતે એકરૂપ થવાની ખાતરી આપે છે અને ક્રિયાપ્રતિક્રિયા મેટ્રિક્સમાં કોઈ દેખીતી રીતે ઉચ્ચ પંક્તિઓ અથવા સ્તંભો છોડતા નથી. અનુક્રમિક ઘટક સામાન્યીકરણ (એસસીએન), નાઈટ-રુઇઝ મેટ્રિક્સ-બેલેન્સિંગ અભિગમ અને આઈગનવેક્ટર વિઘટન (આઈસીઈ) સામાન્યીકરણ સહિત હાઈ-સી ડેટામાં અંતર્ગત પૂર્વગ્રહને સામાન્ય બનાવવા માટે અન્ય ગણતરીની પદ્ધતિઓ પણ અસ્તિત્વમાં છે. અંતે, સ્પષ્ટ અને ગર્ભિત પૂર્વગ્રહ સુધારણા પદ્ધતિઓ બંને તુલનાત્મક પરિણામો આપે છે. વિશ્લેષણ અને માહિતીનું અર્થઘટન ડબ્બાબંધ, જીનોમ-વાઇડ ક્રિયાપ્રતિક્રિયા મેટ્રિક્સ સાથે, સસ્તન પ્રાણીઓના જીનોમમાં જોવા મળતી સામાન્ય ક્રિયાપ્રતિક્રિયા પેટર્નને જૈવિક રીતે ઓળખી અને અર્થઘટન કરી શકાય છે, જ્યારે વધુ દુર્લભ, ગોળાકાર રંગસૂત્રો અને સેન્ટ્રોમેર ક્લસ્ટરિંગ જેવી ઓછી વારંવાર જોવા મળતી પેટર્નને ઓળખવા માટે વધારાની વિશેષ રીતે અનુરૂપ પદ્ધતિઓની જરૂર પડી શકે છે. 1. સિસ/ટ્રાન્સ ક્રિયાપ્રતિક્રિયા ગુણોત્તર સિસ/ટ્રાન્સ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ હાઈ-સી નકશામાં જોવા મળતી બે સૌથી મજબૂત ક્રિયાપ્રતિક્રિયા પેટર્નમાંથી એક છે. તેઓ સ્થાન-વિશિષ્ટ નથી, અને તેથી જિનોમ-સ્તરની પેટર્ન તરીકે ગણવામાં આવે છે. લાક્ષણિક રીતે, વિવિધ રંગસૂત્રો (ટ્રાન્સમાં) પર રહેતા સ્થાનની જોડી કરતાં સમાન રંગસૂત્ર (સી. આઈ. એસ. માં) પર રહેતા સ્થાનની જોડી માટે સરેરાશ વધુ ક્રિયાપ્રતિક્રિયા આવર્તન જોવા મળે છે. હાય-સી ક્રિયાપ્રતિક્રિયા મેટ્રિક્સમાં, સિસ/ટ્રાન્સ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ કર્ણ સાથે કેન્દ્રિત ચોરસ બ્લોક તરીકે દેખાય છે, જે એક જ સમયે વ્યક્તિગત રંગસૂત્રો સાથે મેળ ખાય છે. કારણ કે આ પેટર્ન વિવિધ પ્રજાતિઓ અને કોષના પ્રકારોમાં પ્રમાણમાં સુસંગત છે, તેનો ઉપયોગ ડેટાની ગુણવત્તાનું મૂલ્યાંકન કરવા માટે થઈ શકે છે. એક ઘોંઘાટીયા પ્રયોગ, રેન્ડમ બેકગ્રાઉન્ડ બંધન અથવા કોઈપણ અજ્ઞાત પરિબળને કારણે, નીચા સિસ અને ટ્રાન્સ ક્રિયાપ્રતિક્રિયા ગુણોત્તરમાં પરિણમશે (કારણ કે ઘોંઘાટ સિસ અને ટ્રાન્સ બંને ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓને સમાન હદ સુધી અસર કરે તેવી અપેક્ષા છે), અને ઉચ્ચ ગુણવત્તાવાળા પ્રયોગોમાં સામાન્ય રીતે માનવ જીનોમ માટે 40 અને 60 ની વચ્ચે સિસ/ટ્રાન્સ ક્રિયાપ્રતિક્રિયા ગુણોત્તર હોય છે. 2. અંતર-આધારિત ક્રિયાપ્રતિક્રિયા આવર્તન આ પેટર્ન જીનોમ સ્તર પર ક્રિયાપ્રતિક્રિયા આવર્તનના અંતર-આધારિત ક્ષયને સંદર્ભિત કરે છે, અને બે સૌથી મજબૂત હાય-સી ક્રિયાપ્રતિક્રિયા પેટર્નમાંથી બીજાને રજૂ કરે છે. જેમ જેમ સિસ-ઇન્ટરેક્ટિંગ લોકી વચ્ચેની ક્રિયાપ્રતિક્રિયા આવર્તનમાં ઘટાડો થાય છે (તેમની વચ્ચેના વધુ અંતરના પરિણામે), ક્રિયાપ્રતિક્રિયા આવર્તનમાં ધીમે ધીમે ઘટાડો ક્રિયાપ્રતિક્રિયા મેટ્રિક્સમાં કર્ણથી દૂર જતા જોઇ શકાય છે. આપેલ અંતર દ્વારા અલગ કરાયેલ સ્થાન જોડીઓના ગુણધર્મોને આંકડાકીય રીતે લાક્ષણિકતા આપવા માટે વિવિધ પોલિમર મોડેલો અસ્તિત્વમાં છે, પરંતુ ડેટાપૉઇન્ટ વચ્ચે અંતર-આધારિત ક્રિયાપ્રતિક્રિયા આવર્તનોનું વિશ્લેષણ કરવા માટે અલગ બાઈનિંગ અને ફિટિંગ સતત કાર્યો એ બે સામાન્ય રીતો છે. પ્રથમ, ક્રિયાપ્રતિક્રિયા આવર્તનને તેમના જીનોમિક અંતરના આધારે બિન કરી શકાય છે, પછી દરેક બિનની સરેરાશની માહિતીનો ઉપયોગ કરીને ડેટામાં સતત કાર્ય ફીટ કરવામાં આવે છે. પરિણામી ક્ષય કાર્યને લોગ-લોગ પ્લોટ પર આલેખિત કરવામાં આવે છે જેથી પોલિમર મોડેલો દ્વારા આગાહી કરાયેલ પાવર-લૉ ક્ષયને રજૂ કરવા માટે એક રેખીય રેખાનો ઉપયોગ કરી શકાય. જો કે, ઘણીવાર એક સરળ પોલિમર મોડેલ અંતર-આધારિત ક્રિયાપ્રતિક્રિયા આવર્તનને સંપૂર્ણ રીતે રજૂ કરવા માટે પૂરતું નહીં હોય, જે સમયે વધુ જટિલ ક્ષય કાર્યો પરિણમી શકે છે, જે હાય-સી મેટ્રિક્સમાં જોવા મળતી જીનોમ-વાઇડ પેટર્નને બદલે લોકસ-વિશિષ્ટ હાજરીને કારણે ડેટાની પ્રજનનક્ષમતાને અસર કરી શકે છે (જેને પોલિમર મોડેલો દ્વારા ધ્યાનમાં લેવામાં આવતી નથી). 3. ક્રોમેટિન કમ્પાર્ટમેન્ટ્સ હાઈ-સી નકશામાં જોવા મળતી સૌથી મજબૂત લોકસ-વિશિષ્ટ પેટર્ન ક્રોમેટિન કમ્પાર્ટમેન્ટ્સ છે, જે ક્રિયાપ્રતિક્રિયા મેટ્રિક્સ પર પ્લેઇડ અથવા "ચેકર-બોર્ડ" જેવી પેટર્નનો આકાર લે છે, જેમાં વૈકલ્પિક બ્લોક્સ હોય છે જે કદમાં 1 થી 10 એમબીની વચ્ચે હોય છે (જે તેમને ખૂબ જ ઓછા નમૂના સાથેના પ્રયોગોમાં પણ કાઢવાનું સરળ બનાવે છે). આ પેટર્ન ઉચ્ચ અને નીચી બંને આવૃત્તિઓ પર મળી શકે છે. કારણ કે રંગસૂત્રોમાં બે પ્રકારના જીનોમિક પ્રદેશો હોય છે જે વ્યક્તિગત રંગસૂત્રોની લંબાઈ સાથે વૈકલ્પિક હોય છે, એક જ પ્રકારના બે પ્રદેશો વચ્ચેની ક્રિયાપ્રતિક્રિયા આવર્તન અને વિવિધ પ્રકારના બે પ્રદેશો વચ્ચેની ક્રિયાપ્રતિક્રિયા આવર્તન તદ્દન અલગ હોઈ શકે છે. સક્રિય (એ) અને નિષ્ક્રિય (બી) ક્રોમેટિન ખંડની વ્યાખ્યા મુખ્ય ઘટક વિશ્લેષણ પર આધારિત છે, જે સૌપ્રથમ લિબરમેન-એડન એટ અલ દ્વારા સ્થાપિત કરવામાં આવી હતી. 2009 માં. તેમનો અભિગમ અવલોકન વિરુદ્ધ અપેક્ષિત સંકેત (અંતર-સામાન્યીકૃત સંપર્ક મેટ્રિક્સમાંથી મેળવેલ) ગુણોત્તરના હાઈ-સી મેટ્રિક્સના સહસંબંધની ગણતરી કરે છે, અને પરિણામી પ્લોટના હકારાત્મક અને નકારાત્મક ભાગોને અનુક્રમે એ અને બી ખંડ તરીકે દર્શાવવા માટે પ્રથમ આઈગનવેક્ટરની નિશાનીનો ઉપયોગ કરે છે. ઘણા જીનોમિક અભ્યાસોએ સૂચવ્યું છે કે ક્રોમેટિન વિભાગો ક્રોમેટિન સ્થિતિઓ સાથે સહસંબંધિત છે, જેમ કે જનીન ઘનતા, ડીએનએ સુલભતા, જીસી સામગ્રી, પ્રતિકૃતિ સમય અને હિસ્ટોન ગુણ. તેથી, પ્રકાર A ખંડને વધુ ચોક્કસપણે યુક્રોમેટિનના જનીન-ગાઢ પ્રદેશોનું પ્રતિનિધિત્વ કરવા માટે વ્યાખ્યાયિત કરવામાં આવે છે, જ્યારે પ્રકાર B ખંડ ઓછી જનીન પ્રવૃત્તિઓ ધરાવતા હેટેરોક્રોમેટિક પ્રદેશોનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે. એકંદરે, ક્રોમેટિન વિભાગો રસના જીનોમના સામાન્ય સંસ્થાના સિદ્ધાંતો પર આંતરદૃષ્ટિ પ્રદાન કરે છે. છેલ્લા દાયકામાં કમ્પાર્ટમેન્ટ કૉલિંગ કરવા માટે સક્ષમ વધુને વધુ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ ટૂલ્સ વિકસાવવામાં આવ્યા છે, જેમાં HOMER, HiTC R અને CscoreTool નો સમાવેશ થાય છે. તેમ છતાં તેઓ દરેકના પોતાના તફાવતો અને 2009 ના મૂળ અભિગમ પર કરવામાં આવેલા ઓપ્ટિમાઇઝેશન છે, તેમ છતાં તેમના બેઝ પ્રોટોકોલ હજુ પણ મુખ્ય ઘટક વિશ્લેષણ પર આધાર રાખે છે. 4. ટોપોલોજીકલી એસોસિએટિંગ ડોમેન્સ (ટી. એ. ડી.) ટી. એ. ડી. એ પેટા-એમબી માળખાં છે જે જનીન-નિયમનકારી સુવિધાઓને આશ્રય આપી શકે છે, જેમ કે સ્થાનિક પ્રમોટર-એન્હાન્સર ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ. વધુ સામાન્ય રીતે, ટી. એ. ડી. ને અંતર્ગત જૈવિક પદ્ધતિઓના ઉભરતા ગુણધર્મ તરીકે ગણવામાં આવે છે, જે ટી. એ. ડી. ને જીનોમના સ્થિર માળખાકીય લક્ષણને બદલે લૂપ એક્સટ્રુઝન, કમ્પાર્ટમેન્ટલાઇઝેશન અથવા કોઈપણ ગતિશીલ જીનોમિક પેટર્ન તરીકે વ્યાખ્યાયિત કરે છે. આમ, ટીએડી નિયમનકારી સૂક્ષ્મ વાતાવરણનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે અને સામાન્ય રીતે હાઈ-સી નકશા પર અત્યંત સ્વ-ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરતા પ્રદેશોના બ્લોક તરીકે દેખાય છે જેમાં પ્રદેશની અંદર ક્રિયાપ્રતિક્રિયા આવર્તન બે નજીકના પ્રદેશો વચ્ચે ક્રિયાપ્રતિક્રિયા આવર્તન કરતા નોંધપાત્ર રીતે વધારે હોય છે. હાય-સી ક્રિયાપ્રતિક્રિયા મેટ્રિક્સમાં, ટી. એ. ડી. એ વિકર્ણ સાથે કેન્દ્રિત ઉન્નત ક્રિયાપ્રતિક્રિયા આવર્તનના ચોરસ બ્લોક છે. જો કે, આ માત્ર એક વધુ સરળ વર્ણન છે, અને વાસ્તવિક પેટર્નને ઓળખવા માટે વધુ આંકડાકીય પ્રક્રિયા અને અંદાજની જરૂર છે. ટી. એ. ડી. ને ઓળખવા માટેનો એક અભિગમ ડિક્સન એટ અલ દ્વારા વર્ણવવામાં આવ્યો હતો, જ્યાં તેઓએ પ્રથમ (અમુક જીનોમિક શ્રેણીની અંદર) મેટ્રિક્સમાં સરેરાશ અપસ્ટ્રીમ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ અને દરેક બિનની સરેરાશ ડાઉનસ્ટ્રીમ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ વચ્ચેના તફાવતની ગણતરી કરી હતી. આ તફાવતને પછી હિડન માર્કોવ મોડેલ પર આધારિત ચી-સ્ક્વેર્ડ આંકડાશાસ્ત્રમાં રૂપાંતરિત કરવામાં આવ્યો હતો, અને આ ચી-સ્ક્વેર્ડ મૂલ્યમાં કોઈપણ તીવ્ર ફેરફાર, જેને દિશા સૂચકાંક કહેવાય છે, તે ટીએડીની સીમાઓને વ્યાખ્યાયિત કરશે. વૈકલ્પિક રીતે, કોઈ પણ વ્યક્તિ ટીએડી સીમાઓને વ્યાખ્યાયિત કરવા માટે સરેરાશ અપસ્ટ્રીમ અને ડાઉનસ્ટ્રીમ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ વચ્ચેનો ગુણોત્તર લઈ શકે છે, જેમ કે નૌમોવા એટ અલ. બીજો અભિગમ એ છે કે અમુક પૂર્વનિર્ધારિત જીનોમિક શ્રેણીની અંદર દરેક બિનને પાર કરતી સરેરાશ ક્રિયાપ્રતિક્રિયા આવર્તનની ગણતરી કરવી. પરિણામી મૂલ્યને ઇન્સ્યુલેશન સ્કોર તરીકે ઓળખવામાં આવે છે અને તેને મેટ્રિક્સના કર્ણ (ક્રેન એટ અલ.) સાથે સરકતા ચોરસની સરેરાશ તરીકે વિચારી શકાય છે. આ મૂલ્ય ટીએડી સીમાઓ પર ઓછું હોવાની અપેક્ષા છે; આમ, કોઈ સ્થાનિક મિનિમા (સીમાઓ) શોધવા માટે પ્રમાણભૂત આંકડાકીય તકનીકોનો ઉપયોગ કરી શકે છે, અને સતત સીમાઓ વચ્ચેના પ્રદેશોને ટીએડી તરીકે વ્યાખ્યાયિત કરી શકે છે. જો કે, જેમ કે આજે વધુને વધુ ઓળખવામાં આવે છે, ટીએડી માળખાઓની અધિક્રમિક શ્રેણીનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે જે અગાઉની પદ્ધતિઓ દ્વારા આપવામાં આવેલા એક-પરિમાણીય સ્કોર્સ દ્વારા સંપૂર્ણપણે વર્ગીકૃત કરી શકાતી નથી. નવા ડેટાસેટ્સમાં ઉપલબ્ધ વધેલા રિઝોલ્યુશન હવે બહુસ્તરીય વિશ્લેષણ અભિગમો સાથે ટીએડીને સ્પષ્ટપણે સંબોધિત કરી શકે છે. આર્મેટસ દ્વારા સૌપ્રથમ રજૂ કરવામાં આવ્યું તેમ, રિઝોલ્યુશન ચોક્કસ ડોમેન્સને ઓળખી શકાય છે અને રિઝોલ્યુશનમાં સંરક્ષિત ડોમેન્સના સર્વસંમતિ સમૂહની ગણતરી કરી શકાય છે, જે TAD કૉલિંગની સમસ્યાને તેમની સ્થાનિક ક્રિયાપ્રતિક્રિયા ઘનતાના આધારે સ્કોરિંગ કાર્યોના ઓપ્ટિમાઇઝેશનમાં પરિવર્તિત કરે છે. લવબર્સ્ટ, મિસ્ટરટીએડીફાઇન્ડર, 3ડીનેટમોડ અને મેટ્રિયોસ્કા જેવા વિવિધ ઉદ્દેશ્ય કાર્યો સાથે આ અભિગમના ફેરફારો પણ ઉચ્ચ રીઝોલ્યુશન ડેટાસેટ્સ પર વધુ સારી કમ્પ્યુટિંગ કામગીરી હાંસલ કરવા માટે વિકસાવવામાં આવ્યા છે. 5. જૈવિક રીતે, નિયમનકારી ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ સામાન્ય રીતે ટી. એ. ડી. કરતા ઘણા નાના પાયે થાય છે, અને બે જીનોમિક ઘટકો 1 કે. બી. જેટલા નાના અંતરની અંદર જનીનની અભિવ્યક્તિને સક્રિય/અવરોધિત કરી શકે છે. તેથી, હાઈ-સી નકશાના અર્થઘટનમાં બિંદુ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ મહત્વપૂર્ણ છે, અને સંપર્કની સંભાવનામાં સ્થાનિક સંવર્ધન તરીકે દેખાય તેવી અપેક્ષા છે. જો કે, બિંદુ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓની ઓળખ માટેની વર્તમાન પધ્ધતિઓ પ્રકૃતિમાં ગર્ભિત છે, જેમાં તેઓ નિર્દેશ આપતા નથી કે બિંદુ ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કેવી દેખાવી જોઈએ. તેના બદલે, બિંદુ પરિવર્તનને હાઈ-સી મેટ્રિક્સમાં અપેક્ષા કરતા વધુ ક્રિયાપ્રતિક્રિયા આવર્તનવાળા બાહ્યરેખાઓ તરીકે ઓળખવામાં આવે છે, કારણ કે પૃષ્ઠભૂમિ મોડેલમાં માત્ર અંતર-ક્ષય કાર્યો જેવા મજબૂત સંકેતો હોય છે. સ્થાનિક સંકેત વિતરણ અને વૈશ્વિક અભિગમો બંનેનો ઉપયોગ કરીને પૃષ્ઠભૂમિ મોડેલનો અંદાજ અને નિર્માણ કરી શકાય છે (એટલે કે. રંગસૂત્ર-વાઈડ/જીનોમ-વાઈડ). ઉપરોક્ત ઘણા બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ પેકેજો બિંદુ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓને ઓળખવા માટે અલ્ગોરિધમ્સનો સમાવેશ કરે છે. ટૂંકમાં, વ્યક્તિગત જોડી મુજબની ક્રિયાપ્રતિક્રિયાના મહત્વની ગણતરી કરવામાં આવે છે, અને નોંધપાત્ર રીતે ઉચ્ચ બાહ્યરેખાઓને સાચા અર્થમાં માહિતીપ્રદ બિંદુ ક્રિયાપ્રતિક્રિયા તરીકે ઓળખવામાં આવે તે પહેલાં બહુવિધ પરીક્ષણ માટે સુધારવામાં આવે છે. આ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ ખરેખર જૈવિક મહત્વની છે તે દર્શાવવા માટે સંવર્ધન સ્કોર્સ અને જૈવિક પ્રતિકૃતિઓના વિશ્લેષણ જેવા વધારાના પુરાવા સાથે ઓળખાયેલ બિંદુ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓને પૂરક બનાવવી મદદરૂપ છે. વિકાસ 1 નો ઉપયોગ કરો. કોષ વિભાજન દરમિયાન હાય-સી ક્રોમેટિનની રચનામાં થતા ફેરફારોને જાહેર કરી શકે છે. ઇન્ટરફેઝમાં, ક્રોમેટીન સામાન્ય રીતે છૂટક અને જીવંત હોય છે જેથી ટ્રાન્સક્રિપ્શન નિયમન અને અન્ય નિયમનકારી પ્રવૃત્તિઓ થઈ શકે. મિટોસિસ અને કોષ વિભાજનમાં પ્રવેશ કરતી વખતે, ક્રોમેટિન ગાઢ નળાકાર રંગસૂત્રોમાં સઘન રીતે જોડાઈ જાય છે. છેલ્લા પાંચ વર્ષમાં, સિંગલ-સેલ હાઈ-સીના વિકાસથી સમગ્ર કોષ ચક્રમાં ક્રોમેટીન/રંગસૂત્રોના સમગ્ર 3D માળખાકીય લેન્ડસ્કેપના ચિત્રણને સક્ષમ બનાવ્યું છે, અને ઘણા અભ્યાસોએ શોધ્યું છે કે આ ઓળખાયેલ જીનોમિક ડોમેન્સ ઇન્ટરફેઝમાં અપરિવર્તિત રહે છે, અને જ્યારે કોષ મિટોસિસમાં પ્રવેશ કરે છે ત્યારે મૌન પદ્ધતિઓ દ્વારા ભૂંસી નાખવામાં આવે છે. જ્યારે માઇટોટિક વિભાજન પૂર્ણ થાય છે અને કોષ ઇન્ટરફેઝમાં ફરીથી પ્રવેશ કરે છે, ત્યારે ક્રોમેટિન 3D માળખાં ફરીથી સ્થાપિત થાય છે, અને ટ્રાન્સક્રિપ્શન નિયમન પુનઃસ્થાપિત થાય છે. 2. ટ્રાન્સક્રિપ્શન નિયમન અને ભાગ્ય નિર્ધારણ એવી શંકા કરવામાં આવી છે કે વિવિધ પુખ્ત કોષ વંશમાં ગર્ભ સ્ટેમ કોશિકાઓ (ઇ. એસ. સી.) અને પ્રેરિત પ્લુરિપોટન્ટ સ્ટેમ કોશિકાઓ (આઇ. પી. એસ. સી.) ના તફાવતની સાથે રંગસૂત્ર માળખામાં વૈશ્વિક ફેરફારો થાય છે અને પરિણામે ટ્રાન્સક્રિપ્શનલ સક્રિયકરણ/મૌનના નિયમનને મંજૂરી આપવા માટે ક્રિયાપ્રતિક્રિયા ગતિશીલતા થાય છે. આ સંશોધન પ્રશ્નની તપાસ કરવા માટે પ્રમાણભૂત હાઈ-સી નો ઉપયોગ કરી શકાય છે. 2015 માં, ડિક્સન એટ અલ. ઉચ્ચ પાંચ કોષોમાં તેમના તફાવત દરમિયાન માનવ ઇ. એસ. સી. માં વૈશ્વિક 3ડી ગતિશીલતાને પકડવા માટે પ્રમાણભૂત હાઈ-સી લાગુ કરવામાં આવ્યું. ભિન્નતા-સંબંધિત ટી. એ. ડી. માં ગતિશીલ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ દર્શાવવાની એચ. આઈ.-સી. ની ક્ષમતાને કારણે, સંશોધકોએ ડી. એચ. એસ. સાઇટ્સની સંખ્યામાં વધારો, સી. ટી. સી. એફ. બંધનકર્તા ક્ષમતા, સક્રિય હિસ્ટોન ફેરફારો અને રસના આ ટી. એ. ડી. માં લક્ષ્ય જનીન અભિવ્યક્તિઓ શોધી કાઢી હતી અને શારીરિક કોષ પુનઃપ્રોગ્રામિંગ દરમિયાન ક્રિયાપ્રતિક્રિયા નેટવર્કમાં ઓ. સી. ટી. 4, એન. એ. એન. ઓ. જી. અને એસ. ઓ. એક્સ. 2 જેવા મુખ્ય પ્લુરિપોટેન્સી પરિબળોની નોંધપાત્ર ભાગીદારી શોધી કાઢી હતી. ત્યારથી, હાય-સીને ટ્રાન્સક્રિપ્શનલ નિયમનકારી પ્રવૃત્તિઓની તપાસ કરવા માટેની પ્રમાણભૂત પદ્ધતિઓમાંની એક તરીકે માન્યતા આપવામાં આવી છે, અને પુષ્ટિ કરી છે કે રંગસૂત્ર માળખું કોષના ભાવિ સાથે નજીકથી સંબંધિત છે. 3. વૃદ્ધિ અને વિકાસ સસ્તન પ્રાણીઓની શારીરિક વૃદ્ધિ અને વિકાસ શુક્રાણુ અને અંડકોશિકાઓના ગર્ભાધાનથી શરૂ થાય છે, ત્યારબાદ ઝાયગોટ તબક્કો, 2-કોષ, 4-કોષ અને 8-કોષ તબક્કો, બ્લાસ્ટોસિસ્ટ તબક્કો અને અંતે ગર્ભ તબક્કો આવે છે. હાઈ-સી એ વૃદ્ધિ અને વિકાસ દરમિયાન વ્યાપક જીનોમિક આર્કિટેક્ચરનું અન્વેષણ કરવાનું શક્ય બનાવ્યું, કારણ કે સિસ-હાઈ-સી અને ઇન સીટૂ હાઈ-સી બંનેએ અહેવાલ આપ્યો છે કે ટી. એ. ડી. અને જીનોમિક એ અને બી વિભાગો દેખીતી રીતે હાજર નથી અને અંડકોશિકા કોષોમાં ઓછા સુવ્યવસ્થિત હોવાનું જણાય છે. જેમ જેમ વિકાસના તબક્કાઓ આગળ વધે છે તેમ તેમ ક્રોમેટિનની આ માળખાકીય લાક્ષણિકતાઓ ગર્ભાધાન પછી ધીમે ધીમે નબળી આવર્તનથી વધુ સ્વચ્છ અને વધુ વારંવાર ડેટાપૉઇન્ટ સુધી સ્થાપિત થાય છે. જેમ જેમ તાજેતરના વર્ષોમાં 3D જીનોમ માળખાઓ પરની માહિતી વધુને વધુ પ્રચલિત થઈ રહી છે, તેમ તેમ ઉત્ક્રાંતિ માળખાકીય સુવિધાઓ/ફેરફારોને ટ્રેક કરવાના સાધન તરીકે હાય-સીનો ઉપયોગ કરવાનું શરૂ થાય છે. જીનોમિક સિંગલ ન્યુક્લિયોટાઇડ પોલીમોર્ફિઝમ્સ (એસ. એન. પી.) અને ટી. એ. ડી. સામાન્ય રીતે ક્રોમેટિન ડોમેન ઉત્ક્રાંતિમાં સી. ટી. સી. એફ. પરિબળ સાથે પ્રજાતિઓમાં સંરક્ષિત છે. જોકે, 3ડી આર્કિટેક્ચરમાં માળખાકીય ઉત્ક્રાંતિનો અનુભવ કરવા માટે હાઈ-સી તકનીકો દ્વારા અન્ય પરિબળો જાહેર કરવામાં આવ્યા છે. તેમાં કોડન વપરાશ આવર્તન સમાનતા (સીયુએફએસ), પેરાલોગ જનીન સહ-નિયમન અને અવકાશી સહ-વિકસિત ઓર્થોલોગસ મોડ્યુલો (એસસીઓએમ) નો સમાવેશ થાય છે. મોટા પાયે ડોમેન ઉત્ક્રાંતિ માટે, રંગસૂત્ર સ્થાનાંતરણ, સિન્ટેનિક પ્રદેશો, તેમજ જીનોમિક પુનઃગોઠવણી પ્રદેશો બધા પ્રમાણમાં સંરક્ષિત હતા. આ તારણો સૂચવે છે કે હાઈ-સી તકનીકો જીવનના યુકેરીયોટિક વૃક્ષમાં વૈકલ્પિક દ્રષ્ટિકોણ પ્રદાન કરવામાં સક્ષમ છે. કેન્સર વિવિધ અભ્યાસોએ વિવિધ કેન્સરમાં ક્રોમેટિન આર્કિટેક્ચર અને રોગના પેથોજેનેસિસ પર તેમની અસરનું વર્ણન કરવા અને અભ્યાસ કરવા માટે હાઈ-સીનો ઉપયોગ કર્યો છે. Kloetgen et al. ટી સેલ તીવ્ર લિમ્ફોબ્લાસ્ટિક લ્યુકેમિયા (ટી-એ. એલ. એલ.) નો અભ્યાસ કરવા માટે સિટુ હાય-સીમાં ઉપયોગમાં લેવાય છે અને એક ટી. એ. ડી. ફ્યુઝન ઇવેન્ટ મળી છે જેણે સી. ટી. સી. એફ. ઇન્સ્યુલેશન સાઇટને દૂર કરી દીધી છે, જે ઓન્કોજીન એમ. વાય. સી. ના પ્રમોટરને ડિસ્ટલ સુપર એન્હાન્સર સાથે સીધી ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરવાની મંજૂરી આપે છે. ફેંગ એટ અલ. તેઓએ એ પણ બતાવ્યું છે કે કેવી રીતે T-ALL ચોક્કસ લાભ અથવા ક્રોમેટિન ઇન્સ્યુલેશનની ખોટ છે, જે જિનોમની TAD આર્કિટેક્ચરની તાકાતને બદલે છે, જેનો ઉપયોગ ઇન સીટૂ હાય-સી. લો-સી. નો ઉપયોગ ફેલાયેલા મોટા બી-સેલ લિમ્ફોમા દર્દીના પ્રાથમિક બી કોષોના ક્રોમેટિન માળખાને મેપ કરવા માટે કરવામાં આવ્યો છે અને તેનો ઉપયોગ દર્દી અને તંદુરસ્ત બી-કોષો વચ્ચે ઉચ્ચ રંગસૂત્ર માળખાકીય ભિન્નતા શોધવા માટે કરવામાં આવ્યો હતો. એકંદરે, કેન્સર સંશોધનમાં હાઈ-સી અને તેના પ્રકારોનો ઉપયોગ કોષની અસામાન્યતાના પ્રેરક પરિબળોના પરમાણુ આધારમાં અનન્ય સમજ પ્રદાન કરે છે. તે જૈવિક ઘટના (ટી-એ. એલ. એલ. માં ઉચ્ચ એમ. વાય. સી. અભિવ્યક્તિ) ને સમજાવવામાં મદદ કરી શકે છે અને કેન્સરગ્રસ્ત કોષો માટે અનન્ય પદ્ધતિઓને લક્ષ્ય બનાવવા માટે દવાના વિકાસમાં મદદ કરી શકે છે. સંદર્ભો જીનોમિક્સ તકનીકો