Planarian secretory cell nidovirus
પ્લેનેરિયન સિક્રેટરી સેલ નિડોવાયરસ (પી. એસ. સી. એન. વી.) એ પ્રજાતિ પ્લેનિડોવાયરસ 1 નો વાયરસ છે, જે તેના અત્યંત મોટા જીનોમ માટે નોંધપાત્ર છે. 41. 1 કિલોબેઝ પર, તે આર. એન. એ. વાયરસનો સૌથી મોટો જાણીતો જીનોમ છે. તેની શોધ પ્લેનેરિયન ફ્લેટવોર્મ શ્મિડ્ટિયા મેડિટેરેનીયાના ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમનું નિરીક્ષણ કરીને કરવામાં આવી હતી અને તે પ્લેનેરિયન્સને ચેપ લગાડતો પ્રથમ જાણીતો આરએનએ વાયરસ છે. તે સૌપ્રથમ 2018 માં વર્ણવવામાં આવ્યું હતું. જીનોમ અને અભિવ્યક્તિ PSCNV જીનોમ 41.1 કિલોબેઝ લાંબો છે, જે RNA વાયરસમાં સૌથી મોટો જાણીતો જીનોમ છે. તે કોરોનાવાયરસ કરતા નોંધપાત્ર રીતે મોટો છે, જે મોટા જીનોમ માટે જાણીતા નિડોવાયરસનો બીજો સમૂહ છે, જે સામાન્ય રીતે 27-32 kb શ્રેણીમાં હોય છે. પી. એસ. સી. એન. વી. એક અસામાન્ય જીનોમિક સંગઠન ધરાવે છે જેમાં એક અત્યંત મોટી ખુલ્લી વાંચન ફ્રેમ (ઓ. આર. એફ.) હોય છે જે 13,556 એમિનો એસિડના પોલિપ્રોટીનને એન્કોડ કરે છે-જે આર. એન. એ. વાયરસ દ્વારા એન્કોડ કરવા માટે જાણીતું સૌથી મોટું પ્રોટીન છે. જીનોમનું બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ વિશ્લેષણ સૂચવે છે કે તે કેનોનિકલ નિડોવાયરસ જીનોમની જેમ જ સંગઠિત છે, જેમાં ORF1a અને ORF1b વાયરલ નોનસ્ટ્રક્ચરલ પ્રોટીનને એન્કોડ કરે છે અને જીનોમના 3 'છેડે વધારાના ORFs વાયરલ સ્ટ્રક્ચરલ પ્રોટીનને એન્કોડ કરે છે; જો કે, PSCNV માં, આ ORFs ફ્યુઝ થાય છે અને પરિણામી પોલીપ્રોટીનને પ્રોટીઓલિટિકલી પ્રક્રિયા કરવામાં આવે છે. જ્યાં અન્ય નિડોવાયરસ બે ઓ. આર. એફ. દ્વારા એન્કોડ કરેલા પ્રોટીનની સ્ટોઇકિયોમેટ્રીને નિયંત્રિત કરવા માટે ઓ. આર. એફ. 1એ ને ઓ. આર. એફ. 1બીથી અલગ કરતા પ્રોગ્રામ્ડ રાઇબોસોમલ ફ્રેમશિફ્ટનો ઉપયોગ કરે છે, ત્યાં પી. એસ. સી. એન. વી. જિનોમમાં સંબંધિત પ્રોટીન અભિવ્યક્તિને નિયંત્રિત કરવા માટે વૈકલ્પિક ફ્રેમશિફ્ટ મિકેનિઝમ હોવાની આગાહી કરવામાં આવી છે. અન્ય નિડોવાયરસ જીનોમની તુલનામાં, ORF1b ને અનુરૂપ પ્રદેશ-જે મુખ્ય વાયરલ પ્રતિકૃતિ ઘટકોને એન્કોડ કરે છે-એ PSCNV જીનોમમાં સૌથી વધુ વિસ્તરણ કર્યું છે. પ્રોટીન ઘટકો સંરક્ષિત PSCNV જીનોમ ઓળખી શકાય તેવા પ્રોટીન ડોમેન્સને એન્કોડ કરે છે જે નિડોવાયરસમાં સંરક્ષિત હોય છે-એટલે કે મુખ્ય પ્રોટીઝ (3CL જેવા પ્રોટીઝ) જે બંને છેડે ટ્રાન્સમેમ્બ્રેન ડોમેન્સ દ્વારા ફરતી હોય છે, એક ન્યુક્લિયોટિડિલટ્રાન્સફેરેઝ ડોમેન જે NiRAN તરીકે ઓળખાય છે, RNA-આશ્રિત RNA પોલિમરેઝ (RdRp), એક ઝિંક-બંધનકર્તા ડોમેન અને એક હેલિકેઝ. તેમાં મિથાઈલટ્રાન્સફેરેઝ પણ હોય છે અને-મોટા જીનોમ સાથેના અન્ય નિડોવાયરસની જેમ-એક પ્રૂફરીડિંગ એક્સોરિબોન્યુક્લીઝ (એક્સોએન), જે મોટા જીનોમની પ્રતિકૃતિ બનાવવા માટે પૂરતી પ્રતિકૃતિ વફાદારી માટે જરૂરી છે. જો કે, એક્સોએન માળખું અને સક્રિય સાઇટ અવશેષો અન્ય નિડોવાયરલ ઉદાહરણોથી અલગ છે, અને 3સીએલ જેવા પ્રોટીઝ અન્ય નિડોવાયરસના લાક્ષણિક સિસ્ટીન ન્યુક્લિયોફાઇલથી વિપરીત, સેરીન-હિસ્ટિડીન-એસ્પાર્ટેટ ઉત્પ્રેરક ત્રિપુટીનો ઉપયોગ કરે છે. જાણીતા નિડોવાયરસમાં અનન્ય રીતે, પી. એસ. સી. એન. વી. અન્ય કેટલાક ઓળખી શકાય તેવા પ્રોટીન ડોમેન્સને પણ એન્કોડ કરે છે, જે સંભવતઃ યજમાન પાસેથી મેળવવામાં આવે છે. PSCNV રિબોન્યુક્લીઝ T2, બે ફાઇબ્રોનેક્ટિન પ્રકાર II ડોમેન્સ અને ત્રણ એન્કિરિન પુનરાવર્તનને એન્કોડ કરે છે. યજમાન પી. એસ. સી. એન. વી. ને પ્રાયોગિક રીતે શ્મિડ્ટિયા મેડિટેરેનિયા પ્રજાતિના પ્લાનેરિયનોના સ્ત્રાવ કોષોને ચેપ લગાડવાનું દર્શાવવામાં આવ્યું છે, જેમાં અલૈંગિક રીતે પ્રજનન અને જાતીય તાણ બંનેનો સમાવેશ થાય છે. કોરોનાવાયરસ જીનોમ જેવી જ શ્રેણી માટે આ સજીવોના ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ્સની શોધ કરીને તેની શોધ કરવામાં આવી હતી. તે આવા બહુવિધ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ ડેટાસેટ્સમાં હાજર હોવાનું જણાય છે, જે સૂચવે છે કે પ્રયોગશાળા એસ. મેડિટેરેનિયાનો ચેપ સામાન્ય છે, ખાસ કરીને જાતીય તાણમાં. વર્ગીકરણ પી. એસ. સી. એન. વી. જીનોમ તમામ નિડોવાયરસમાં સંરક્ષિત પાંચ વિશિષ્ટ પ્રોટીન ક્ષેત્રો ધરાવે છે. તેના જીનોમના ફિલોજેનેટિક વિશ્લેષણના આધારે, તે અન્ય નિડોવાયરસ સાથે ક્લસ્ટર કરે છે જે અપૃષ્ઠવંશી યજમાનોને ચેપ લગાડવા માટે જાણીતા છે. પી. એસ. સી. એન. વી. એ સબજેનસ ડુમેડીવાયરસનો એકમાત્ર સભ્ય છે, જે બદલામાં જીનસ આલ્ફામોનોનિવાયરસનો એકમાત્ર સભ્ય છે. તેમના આર. એન. એ.-આધારિત આર. એન. એ. પોલિમરેઝ (આર. ડી. આર. પી.) ક્રમના આધારે આર. એન. એ. વાયરસના જીનોમના મોટા જૂથોનું વધુ વિશ્લેષણ નિડોવાયરસને કહેવાતા "પિકોર્નાવાયરસ સુપરગ્રુપ" માં મૂકે છે, જે જીનોમના કદની વિશાળ શ્રેણીમાં ફેલાયેલા વાયરસનો એક ખૂબ જ વૈવિધ્યસભર સમૂહ છે-પી. એસ. સી. એન. વી., સૌથી મોટો આર. એન. એ. વાયરસ, સોબેમોવાયરસ, સૌથી નાના આર. એન. એ. વાયરસમાંથી-અને આર. ડી. આર. પી. સિવાય અન્ય કોઈ સામાન્ય જનીનો વહેંચતા નથી. સંદર્ભો નિડોવિરેલ્સ ઇન્ફ્રાસ્પેસિફિક વાયરસ ટેક્સ