AMRFinderPlus
નેશનલ સેન્ટર ફોર બાયોટેકનોલોજી ઇન્ફર્મેશન (NCBI) નું AMRFinderPlus ટૂલ એક બાયોઇન્ફોર્મેટિક ટૂલ છે જે વપરાશકર્તાઓને બેક્ટેરિયલ જીનોમમાં એન્ટિમાઇક્રોબાયલ પ્રતિકાર નિર્ધારકો, તણાવ પ્રતિસાદ અને વાયરલેન્સ જનીનોને ઓળખવાની મંજૂરી આપે છે. આ ટૂલનો વિકાસ 2018માં (AMRFinder તરીકે) શરૂ થયો હતો અને હજુ પણ ચાલી રહ્યો છે. નેશનલ ઇન્સ્ટિટ્યૂટ ઓફ હેલ્થ સોફ્ટવેર અને તેનો ઉપયોગ કરતા ડેટાબેઝના વિકાસ માટે ભંડોળ પૂરું પાડે છે. યુસેજ AMRFinderPlus નો ઉપયોગ NCBIના પેથોજેન ડિટેક્શન પ્રોજેક્ટ દ્વારા થાય છે, જે ખોરાક, પર્યાવરણીય સ્રોતો અને દર્દીઓ પાસેથી સમાન પેથોજેન જીનોમિક સિક્વન્સને એકત્રિત કરે છે અને શોધે છે. એએમઆરએફાઈન્ડરપ્લસ પેથોજેન ડિટેક્શન પ્રોજેક્ટમાં દરેક બેક્ટેરિયલ આઇસોલેટ માટે ચલાવવામાં આવે છે, અને તારણો જાહેર ઉપયોગ માટે પ્રદાન કરવામાં આવે છે. 2021 માં તેના વૈજ્ઞાનિક પ્રકાશન પછી, તેણે અન્ય વપરાશકર્તાઓ પાસેથી પણ ટાંકણો એકત્રિત કર્યા છે. ડેટાબેઝ ડિઝાઇન અને ક્યુરેશન AMRFinderPlus હસ્તગત એન્ટિબાયોટિક પ્રતિકાર, તણાવ પ્રતિસાદ અને વાઈરુલેન્સ જનીનો અને આનુવંશિક પરિવર્તનને શોધી શકે છે જે એન્ટિબાયોટિક પ્રતિકાર પ્રદાન કરવા માટે જાણીતા છે. જ્યારે AMRFinderPlus શરૂઆતમાં વિકસાવવામાં આવ્યું હતું અને વિતરિત કરવામાં આવ્યું હતું, ત્યારે એન્ટિબાયોટિક પ્રતિકાર નિર્ધારકો ધરાવતા બહુવિધ ડેટાબેઝ પહેલેથી જ હતા. ટીમે ડેટાબેઝ ડેવલપર્સ, નિષ્ણાત પેનલ્સ અને અન્ય લોકો સાથે આ સ્રોતોને એકીકૃત કરવા અને ઉચ્ચ ગુણવત્તાવાળા સંસાધન બનાવવા માટે સહયોગ કર્યો હતો જેણે આ વિવિધ ડેટા સ્રોતોની મર્યાદાઓને સંબોધિત કરી હતી જે સમુદાયે તે સમયે પ્રકાશિત કરી હતી. એન. સી. બી. આઈ. ની ટીમ નિયમિત ધોરણે ડેટાબેઝ અને તેની ટિપ્પણી વિકસાવવા માટે નિષ્ણાત જૂથો સાથે પણ સહયોગ કરે છે. સમીક્ષા પત્રોનું સતત મૂલ્યાંકન અને પ્રતિકાર પ્રોટીનના નવા અહેવાલો આ સ્રોતોમાં વધારો કરે છે. જ્યારે કેટલાક એએમઆર જનીન ઓળખ સાધનો બ્લાસ્ટ-આધારિત પધ્ધતિઓ પર આધાર રાખે છે, અન્ય છુપાયેલા માર્કોવ મોડેલ (એચ. એમ. એમ.) અભિગમોનો ઉપયોગ કરે છે. બ્લાસ્ટ-આધારિત પદ્ધતિઓ ચોક્કસ એલીલ્સ અને જનીનોને ઓળખી શકે છે જે નજીકથી સંબંધિત છે, પરંતુ તેઓ ઘણીવાર મનસ્વી કટઓફ્સ લાગુ કરે છે જે એએમઆર જનીનોને ખોટી રીતે ઓળખી શકે છે અથવા બિન-એએમઆર જનીનોને પ્રતિકાર સોંપી શકે છે. AMRFinderPlus માં, દરેક જનીન માટે ઓળખની સંવેદનશીલતા અને વિશિષ્ટતાને શ્રેષ્ઠ બનાવવા માટે કસ્ટમ BLAST કટઓફ્સ બનાવવામાં આવે છે. BLAST-આધારિત અભિગમોથી વિપરીત, જે કોઈપણ અનુક્રમમાં અનુક્રમ મેળ ખાતી નથી તેના માટે સમાન દંડ લાગુ કરે છે, HMMs પ્રકૃતિમાં કેટલી પ્રચલિત છે તેના આધારે અનુક્રમ મેળ ખાતી નથી તેનું વજન કરવાની મંજૂરી આપે છે, પરિણામે BLAST-આધારિત અભિગમો કરતાં સાચા સમરૂપતા શોધવામાં વધુ ચોકસાઈ મળે છે, પરંતુ આ મોડેલોને ચોકસાઈ સુનિશ્ચિત કરવા માટે ક્યુરેશન અને માન્યતાની જરૂર પડે છે. ટૂલના બેક્ટેરિયલ એન્ટિમાઇક્રોબાયલ રેઝિસ્ટન્સ રેફરન્સ જીન ડેટાબેઝમાં અપ-ટૂ-ડેટ જનીન નામકરણ, છુપાયેલા માર્કોવ મોડેલ્સ (એચ. એમ. એમ.) નો સમૂહ અને ક્યુરેટેડ પ્રોટીન ફેમિલી પદાનુક્રમનો સમાવેશ થાય છે. ડેટાબેઝમાં 627 થી વધુ એએમઆર એચએમએમ, 6,428 જનીનો અને 682 પરિવર્તનોનો સમાવેશ થાય છે, જે આ ડેટાને જનીન પરિવારો, પ્રતીકો અને નામોના અધિક્રમિક માળખામાં બહુવિધ જૂથોના સહયોગથી મૂકે છે. ડેટાબેઝના જનીનોમાં 5588 એએમઆર જનીનો, 210 સ્ટ્રેસ રિસ્પોન્સ જનીનો અને 630 વાયરલેન્સ જનીનો છે. એએમઆર જનીનો એન્ટિબાયોટિકના 31 જુદા જુદા વર્ગો અને 58 ચોક્કસ દવાઓના પ્રતિકારને આવરી લે છે. સિક્વન્સ રેકોર્ડ્સમાં, જ્યાં શક્ય હોય ત્યાં, પ્રાઇમરની ડિઝાઇનમાં મદદ કરવા માટે કોડિંગ ક્ષેત્રની બંને બાજુએ વધારાના 100 બી. પી. નો સમાવેશ થાય છે. મેન્યુઅલ પ્રક્રિયા દ્વારા દરેક એચ. એમ. એમ. માટે વ્યક્તિગત રીતે કટઓફ્સ સેટ કરવામાં આવ્યા હતા જેમાં સહાયક સાહિત્યની પુષ્ટિ, સંબંધિત પરિવારોના અન્ય એ. એમ. આર. પ્રોટીન સામે બેંચમાર્કિંગ અને એન. સી. બી. આઈ. ના બિન-બિનજરૂરી પ્રોટીન અનુક્રમ ડેટાબેઝમાં સમાવિષ્ટ લાખો વધારાના પ્રોટીનની પૃષ્ઠભૂમિ સામેલ હતી. યુનાઈટેડ સ્ટેટ્સ કૉપિરાઇટ એક્ટના નિયમો હેઠળ, NCBI AMRFinderPlus ને "યુનાઇટેડ સ્ટેટ્સ ગવર્નમેન્ટ વર્ક" તરીકે વર્ગીકૃત કરવામાં આવે છે. તે વિકાસકર્તાઓની "યુ. એસ. સરકાર માટેની સત્તાવાર જવાબદારીઓ" ના ભાગ રૂપે કરવામાં આવેલું કાર્ય માનવામાં આવે છે, અને તેથી તે કૉપિરાઇટ દ્વારા સુરક્ષિત નથી. તેથી સોફ્ટવેર ઉપયોગ માટે લોકો માટે મુક્તપણે સુલભ છે અને તેના વર્તમાન અથવા ભાવિ ઉપયોગ પર કોઈ મર્યાદાઓ નથી. એન્ટિમાઇક્રોબાયલ પ્રતિકાર જીનોમિક્સ બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ સંદર્ભો પણ જુઓ બાહ્ય કડીઓ ગીથુબ પૃષ્ઠ દસ્તાવેજીકરણ મુક્ત બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ સોફ્ટવેર કોમ્પ્યુટેશનલ વિજ્ઞાન