ChIA-PET
જોડી-અંત ટેગ સિક્વન્સિંગ દ્વારા ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયા વિશ્લેષણ (ચીઆ-પીઈટી અથવા ચીઆ-પીઈટીએસ) એ એક એવી તકનીક છે જે ક્રોમેટિન ઇમ્યુનોપ્રેસિપિટેશન (ચીપ) આધારિત સંવર્ધન, ક્રોમેટિન નિકટતા બંધન, જોડી-અંત ટેગ્સ અને જીનોમ-વાઇડ લાંબા અંતરની ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ નક્કી કરવા માટે ઉચ્ચ-થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગનો સમાવેશ કરે છે. નિયમનકારી ઘટકો, અવાહક અને સીમા ઘટકો અને અનુલેખન-પરિબળ બંધનકર્તા સ્થળો (ટી. એફ. બી. એસ.) જેવા પ્રવર્તકોથી દૂરના પ્રદેશો દ્વારા જનીનોનું નિયમન કરી શકાય છે. આરોગ્ય અને રોગમાં જનીન નિયમનને સંચાલિત કરતી પદ્ધતિઓને સમજવા માટે નિયમનકારી પ્રદેશો અને જનીન કોડિંગ પ્રદેશો વચ્ચેની આંતરક્રિયાને ઉજાગર કરવી જરૂરી છે (મેસ્ટન એટ અલ., 2006). ચીઆ-પીઈટીનો ઉપયોગ ડિસ્ટલ અને પ્રોક્સિમલ રેગ્યુલેટરી ટ્રાન્સક્રિપ્શન-ફેક્ટર બાઇન્ડિંગ સાઇટ્સ અને તેઓ જે જનીનો સાથે ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરે છે તેના પ્રવર્તકો વચ્ચેની અનન્ય, કાર્યાત્મક ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓને ઓળખવા માટે થઈ શકે છે. ચિઆ-પીઈટીનો ઉપયોગ કોષના તફાવત, પ્રસાર અને વિકાસ જેવી પ્રક્રિયાઓ દરમિયાન જીનોમ નિયંત્રણની પદ્ધતિઓને ગૂંચ કાઢવા માટે પણ થઈ શકે છે. ડીએનએ-બંધનકર્તા નિયમનકારી પ્રોટીન અને પ્રમોટર પ્રદેશો માટે ચિયા-પીઈટી ઇન્ટરેક્ટોમ નકશા બનાવીને, આપણે ઉપચારાત્મક હસ્તક્ષેપ માટે અનન્ય લક્ષ્યોને વધુ સારી રીતે ઓળખી શકીએ છીએ (ફુલવુડ અને યીજુન, 2009). ચિ. આઇ. એ.-પી. ઇ. ટી. પદ્ધતિ બંને અભિગમોની ક્ષમતાઓને વિસ્તારવા માટે ચિ. આઇ. પી. આધારિત પદ્ધતિઓ અને રંગસૂત્ર રચના કેપ્ચર (3સી) આધારિત પદ્ધતિઓને જોડે છે. ચીપ-સિક્વેન્સિંગ (ચીપ-સેક) એ ટી. એફ. બી. એસ. ને ઓળખવા માટે ઉપયોગમાં લેવાતી એક લોકપ્રિય પદ્ધતિ છે જ્યારે 3સી નો ઉપયોગ લાંબા અંતરની ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓને ઓળખવા માટે કરવામાં આવે છે. સ્વતંત્ર રીતે, બંને જીનોમ વાઈડ ડી-નોવો લાંબા અંતરની ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓને ઓળખવામાં મર્યાદાઓથી પીડાય છે. જ્યારે ચીપ-સેક ટી. એફ. બી. એસ. જીનોમ-વાઈડને ઓળખવામાં સક્ષમ છે, તે રંગસૂત્રો સાથે પ્રોટીન બંધનકર્તા સ્થળોની માત્ર રેખીય માહિતી પ્રદાન કરે છે (પરંતુ તેમની વચ્ચેની ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ નહીં), અને ઉચ્ચ જીનોમિક પૃષ્ઠભૂમિ અવાજ (ખોટા હકારાત્મક) થી પીડાઈ શકે છે. જ્યારે 3સી બિન-રેખીય, લાંબા અંતરની ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓનું વિશ્લેષણ કરવામાં સક્ષમ છે, ત્યારે તેનો જીનોમ વાઈડનો ઉપયોગ કરી શકાતો નથી અને, ચીપ-સેકની જેમ, તે પણ ઉચ્ચ સ્તરના પૃષ્ઠભૂમિ અવાજથી પીડાય છે. ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરતા પ્રદેશો (મહત્તમ 100kb) વચ્ચેના અંતરના સંબંધમાં ઘોંઘાટ વધે છે, તેથી ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓના સચોટ લાક્ષણિકતા માટે કપરું અને કંટાળાજનક નિયંત્રણો જરૂરી છે. 3C જે લોકસ-વિશિષ્ટ ક્રિયાપ્રતિક્રિયા રૂપરેખાકરણ પદ્ધતિ છે તેનાથી વિપરીત, હાય-સી જેવી વૈકલ્પિક પદ્ધતિઓ જીનોમ વ્યાપક ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓને રૂપરેખા આપવા માટે સ્થાપિત કરવામાં આવી છે. ટી. એફ. બી. એસ. અને લાંબા અંતરની ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ બંને માટે સંપૂર્ણ જીનોમ પ્રોફાઇલિંગ પદ્ધતિઓ હોવા છતાં, ચીઆ-પીઈટી પદ્ધતિ સાથેના અભિગમોનું સંયોજન જીનોમિક વિસ્તારોની ઓળખ માટે પરવાનગી આપે છે જેમાં રસ ધરાવતું પ્રોટીન બંધાયેલું છે તેમજ જીનોમિક પ્રદેશ કે જેની સાથે તે ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરે છે. ચીઆ-પીઈટી પદ્ધતિ ચોક્કસ ક્રિયાપ્રતિક્રિયા સંકુલમાંથી રેન્ડમ જોડાણોને અલગ કરવા માટે ચીપ-સેકમાં જોવા મળતા બિન-વિશિષ્ટ ક્રિયાપ્રતિક્રિયા ઘોંઘાટના મુદ્દાઓને સફળતાપૂર્વક હલ કરે છે. આગળનું પગલું, જેને સંવર્ધન તરીકે ઓળખવામાં આવે છે, તે જીનોમ-વ્યાપી વિશ્લેષણ માટેની જટિલતાને ઘટાડે છે અને પૂર્વ-નિર્ધારિત ટીએફ (ટ્રાન્સક્રિપ્શન પરિબળો) દ્વારા બંધાયેલ ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓમાં વિશિષ્ટતા ઉમેરે છે. લાંબા અંતરની ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓને ઓળખવા માટે 3C અભિગમોની ક્ષમતા નિકટતા બંધનના સિદ્ધાંત પર આધારિત છે. ડીએનએ આંતર-બંધનના સંદર્ભમાં, સામાન્ય પ્રોટીન સંકુલ દ્વારા બંધાયેલા ટુકડાઓ દ્રાવણમાં મુક્તપણે ફેલાતા અથવા વિવિધ સંકુલમાં લંગર કરતા હળવા પરિસ્થિતિઓમાં વધુ ગતિશીલ ફાયદા ધરાવે છે. ચિયા-પીઈટી પ્રોટીન સંકુલ સાથે જોડાયેલા ડીએનએ ટુકડાઓના મુક્ત છેડા પર લિંકર સિક્વન્સનો સમાવેશ કરીને આ ખ્યાલનો લાભ લે છે. નિયમનકારી સંકુલ દ્વારા બંધાયેલા ટુકડાઓની કનેક્ટિવિટી બનાવવા માટે, લિંકર સિક્વન્સ પરમાણુ નિકટતા બંધન દરમિયાન જોડવામાં આવે છે. તેથી, લિંકર-કનેક્ટેડ બંધનના ઉત્પાદનોનું અલ્ટ્રા-હાઇ-થ્રુપુટ PET સિક્વન્સિંગ દ્વારા વિશ્લેષણ કરી શકાય છે અને સંદર્ભ જીનોમમાં મેપ કરી શકાય છે. ચીઆ-પીઈટી 3સી અને 4સી તરીકે ઓળખ માટે ચોક્કસ સ્થળો પર નિર્ભર નથી, તેથી તે ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓની નિષ્પક્ષ, જીનોમ-વાઇડ ડી-નોવો શોધને મંજૂરી આપે છે. હાઈ-સીની સરખામણીમાં, એન્ટિબોડી પુલડાઉનનો ઉપયોગ અનુક્રમિત ટુકડાઓની સંખ્યાને રસના પ્રોટીન દ્વારા બંધાયેલ ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ સુધી મર્યાદિત કરે છે જે ડેટા વિશ્લેષણને પણ સરળ બનાવી શકે છે. વર્કફ્લો વેટ લેબ વર્કફ્લો વેટ લેબ વર્કફ્લો વેટ લેબ વર્કફ્લો વેટ લેબ વર્કફ્લો વેટ લેબ વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો વર્કફ્લો સોનિકેશનનો ઉપયોગ ક્રોમેટિનને તોડવા માટે અને બિન-વિશિષ્ટ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ ઘટાડવા માટે પણ થાય છે. પસંદગીના ચોક્કસ એન્ટિબોડીનો ઉપયોગ પ્રોટીન-ઓફ-ઇન્ટરેસ્ટ-બાઉન્ડ ક્રોમેટિનના ટુકડાઓને સમૃદ્ધ બનાવવા માટે થાય છે. એન્ટિબોડી દ્વારા બંધાયેલ ચીપ સામગ્રીનો ઉપયોગ ચીઆ-પીઈટીના નિર્માણ માટે થાય છે. આકૃતિ 1. ફ્લેન્કિંગ એમ. એમ. ઇ. આઇ. સાઇટ્સ ધરાવતા બાયોટિનિલેટેડ ઓલિગોન્યુક્લિયોટાઇડ અર્ધ-લિંકરનો ઉપયોગ નિકટતા સાથે જોડાયેલા ડીએનએ ટુકડાઓને જોડવા માટે થાય છે. બે લિંકર સિક્વન્સમાંથી દરેક માટે ચોક્કસ ન્યુક્લિયોટાઇડ બારકોડ (CG અથવા AT) સાથે બે અલગ-અલગ લિંકર (A અને B) ડિઝાઇન કરવામાં આવ્યા છે (આ આકૃતિ 5 માં વર્ણવ્યા મુજબ ચિમેરિક બંધન ઉત્પાદનની ઓળખને મંજૂરી આપશે.). આકૃતિ 2. લિંકર્સ બંધાયેલ ડીએનએ ટુકડાઓ સાથે જોડાયેલા હોય છે. આકૃતિ 3. લિંકરના ટુકડાઓ નરમ પરિસ્થિતિઓમાં ચીપ મણકા પર જોડવામાં આવે છે. શુદ્ધ ડીએનએ પછી એમ. એમ. ઈ. આઈ. દ્વારા પચાવવામાં આવે છે, જે ટેગ-લિંકર-ટેગ માળખાને મુક્ત કરવા માટે તેની ઓળખ સાઇટથી અંતર કાપી નાખે છે. આકૃતિ 4. બાયોટિનિલેટેડ પીઇટીને પછી સ્ટ્રેપ્ટાવિડિન-સંયોજિત ચુંબકીય મણકા પર સ્થિર કરવામાં આવે છે. આકૃતિ 5. એ. એ. (સી. જી./સી. જી.) અને બી. બી. (એ. ટી./એ. ટી.) લિંકર બારકોડ કમ્પોઝિશન સાથેના પી. ઈ. ટી. સિક્વન્સને સંભવિત ઇન્ટ્રા-કોમ્પ્લેક્સ બંધન ઉત્પાદનો ગણવામાં આવે છે, જ્યારે એ. બી. (સી. જી./એ. ટી.) લિંકર કમ્પોઝિશન સાથેના પી. ઈ. ટી. સિક્વન્સને વિવિધ ક્રોમેટિન કોમ્પ્લેક્સમાં બંધાયેલા ડીએનએ ટુકડાઓ વચ્ચેના ચીમેરિક બંધન ઉત્પાદનોમાંથી મેળવવામાં આવે છે. કાર્યપ્રવાહનો ડ્રાય-લેબ ભાગઃ પી. ઈ. ટી. નિષ્કર્ષણ, મેપિંગ અને આંકડાકીય વિશ્લેષણ પી. ઈ. ટી. ટૅગ્સ કાઢવામાં આવે છે અને સિલિકોમાં માનવ જીનોમના સંદર્ભમાં મેપ કરવામાં આવે છે. ચીપ સમૃદ્ધ શિખરોની ઓળખ (બંધનકર્તા સ્થળો) સ્વ-મર્યાદિત પીઇટીનો ઉપયોગ ચીપ સમૃદ્ધ સ્થળોને ઓળખવા માટે થાય છે કારણ કે તેઓ સંદર્ભ જીનોમને સૌથી વિશ્વસનીય મેપિંગ (20 + 20 બીટ/સે) પ્રદાન કરે છે. જો બહુવિધ ઓવરલેપિંગ સ્વ-મર્યાદિત PET હોય તો CHIP સંવર્ધન શિખર-શોધ અલ્ગોરિધમ A જેને શિખર કહેવાય છે તેને બંધનકર્તા સ્થળ માનવામાં આવે છે. ખોટી શોધ દર (એફ. ડી. આર.) આંકડાકીય સિમ્યુલેશનનો ઉપયોગ કરીને નક્કી કરવામાં આવે છે જે પી. ઈ. ટી.-વ્યુત્પન્ન વર્ચ્યુઅલ ડી. એન. એ. ઓવરલેપ્સની રેન્ડમ પૃષ્ઠભૂમિ અને અંદાજિત પૃષ્ઠભૂમિ ઘોંઘાટનો અંદાજ કાઢે છે. પુનરાવર્તિત ડીએનએ (બિન-વિશિષ્ટ બંધનને અસર કરે છે) નું ગાળણ ઉપગ્રહ પ્રદેશો અને ગંભીર માળખાકીય ભિન્નતા ધરાવતા પ્રદેશોમાં હાજર બંધનકર્તા સ્થળો દૂર કરવામાં આવે છે. ચીપ સંવર્ધન ગણતરી સ્વ-બંધન અને આંતર-બંધન પી. ઈ. ટી. ની સંખ્યા (+ 250 બી. પી. વિંડોમાં) દરેક સ્થળ પર નોંધવામાં આવે છે. ચોક્કસ સ્થળ પર સ્વ-મર્યાદિત અને આંતર-મર્યાદિત પીઇટીની કુલ સંખ્યાને ચીપ સંવર્ધન ગણતરી કહેવામાં આવે છે. આકૃતિ 6. પી. ઈ. ટી. વર્ગીકરણઃ વિશિષ્ટ રીતે સંરેખિત પી. ઈ. ટી. સિક્વન્સને તે એક ડી. એન. એ. ટુકડા અથવા બે ડી. એન. એ. ટુકડાઓમાંથી મેળવવામાં આવે છે કે કેમ તેના આધારે વર્ગીકૃત કરી શકાય છે. સ્વ-બંધન પી. ઈ. ટી. જો પી. ઈ. ટી. ના બે ટેગ સમાન રંગસૂત્ર પર સી. આઈ. પી. ડી. એન. એ. ટુકડાઓની શ્રેણી (3 કે. બી. કરતા ઓછા) માં જીનોમિક ગાળા સાથે, અપેક્ષિત સ્વ-બંધન અભિગમ સાથે અને સમાન સ્ટ્રાન્ડ પર મેપ કરવામાં આવે, તો તેઓ એક જ સી. આઈ. પી. ડી. એન. એ. ટુકડાના સ્વ-બંધનમાંથી મેળવેલા હોવાનું માનવામાં આવે છે, અને સ્વ-બંધન પી. ઈ. ટી. ગણવામાં આવે છે. આંતર-બંધન પી. ઈ. ટી. જો પી. ઈ. ટી. આ માપદંડમાં બંધબેસતું નથી, તો પી. ઈ. ટી. મોટે ભાગે બે ડી. એન. એ. ટુકડાઓ વચ્ચેના બંધન ઉત્પાદનમાંથી પરિણમે છે અને તેને આંતર-બંધન પી. ઈ. ટી. તરીકે ઓળખવામાં આવે છે. આંતર-બંધન પી. ઈ. ટી. ના બે ટૅગ્સમાં નિશ્ચિત ટેગ દિશાઓ હોતી નથી, તે સમાન સ્ટ્રેન્ડ્સ પર મળી શકતી નથી, તેમાં કોઈ જીનોમિક ગાળો હોઈ શકે છે, અને તે સમાન રંગસૂત્રમાં નકશો ન પણ હોઈ શકે. ઇન્ટ્રાક્રોમોસોમલ ઇન્ટર-લાઇગેશન PETs જો ઇન્ટર-લાઇગેશન PET ના બે ટેગ એક જ રંગસૂત્રમાં મેપ કરવામાં આવે છે પરંતુ કોઈપણ દિશામાં 3 Kb થી વધુ અંતર સાથે, તો આ PETs ને ઇન્ટ્રાક્રોમોસોમલ ઇન્ટર-લાઇગેશન PETs કહેવામાં આવે છે. ઇન્ટરક્રોમોસોમલ ઇન્ટર-લાઇગેશન PETs PETs કે જે વિવિધ રંગસૂત્રોમાં મેપ કરવામાં આવે છે તેને ઇન્ટરક્રોમોસોમલ ઇન્ટર-લાઇગેશન PETs કહેવામાં આવે છે. આકૃતિ 7. પ્રસ્તાવિત પદ્ધતિ દર્શાવે છે કે કેવી રીતે દૂરના નિયમનકારી તત્વો લક્ષ્ય જનીનોના પ્રમોટર પ્રદેશોને સંડોવતા લાંબા અંતરની ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ શરૂ કરી શકે છે. ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ એન્કરિંગ કેન્દ્રમાં બહુવિધ ટી. એફ. બી. એસ. સાથે ડીએનએ લૂપ માળખા બનાવે છે. નાના લૂપ્સ ચુસ્ત પેટા-વિભાગમાં એન્કરિંગ કેન્દ્રની નજીક જનીનોને પેકેજ કરી શકે છે, જે ઉન્નત ટ્રાન્સક્રિપ્શનલ સક્રિયકરણ માટે નિયમનકારી પ્રોટીનની સ્થાનિક સાંદ્રતામાં વધારો કરી શકે છે. આ પદ્ધતિ ટ્રાન્સક્રિપ્શન કાર્યક્ષમતામાં પણ વધારો કરી શકે છે, જે આર. એન. એ. પોલ II ને ચુસ્ત ગોળાકાર જનીન નમૂનાઓને ચક્રિત કરવાની મંજૂરી આપે છે. મોટી ક્રિયાપ્રતિક્રિયા લૂપ્સ સંકલિત નિયમન માટે એન્કર સાઇટ્સની નજીક રહેતા લૂપના બંને છેડે દૂરના જનીનોને એક સાથે જોડવાની સંભાવના ધરાવે છે, અથવા તેમના સક્રિયકરણને રોકવા માટે લાંબા લૂપ્સમાં જનીનોને અલગ કરી શકે છે. ફુલવુડ એટ અલમાંથી અનુકૂલિત. (2009). શક્તિ અને નબળાઈઓ ચિયા-પીઈટી પદ્ધતિના ફાયદા ચિયા-પીઈટી લાંબા અંતરની ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયા વિશ્લેષણ (ફુલવુડ અને યીજુન, 2009) માટે નિષ્પક્ષ, સંપૂર્ણ-જીનોમ અને ડી-નોવો અભિગમ બનવાની સંભાવના ધરાવે છે. ચીઆ-પીઈટી પ્રયોગ બે વૈશ્વિક ડેટાસેટ્સ પ્રદાન કરવામાં સક્ષમ છેઃ પ્રોટીન પરિબળ બંધનકર્તા સાઇટ્સ (સ્વ-મર્યાદિત પીઈટી); અને બંધનકર્તા સાઇટ્સ (આંતર-મર્યાદિત પીઈટી) વચ્ચેની ક્રિયાપ્રતિક્રિયા. ચીઆ-પીઈટીમાં જીનોમ-વ્યાપી વિશ્લેષણ માટેની જટિલતાને ઘટાડવા માટે ચીપનો સમાવેશ થાય છે અને રસના ચોક્કસ પરિબળો દ્વારા બંધાયેલ ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓમાં વિશિષ્ટતા ઉમેરે છે. ચિયા-પીઈટી રોશ 454 પાયરોસીક્વેન્સિંગ, ઈલુમિના જીએ, એબીઆઈ સોલીડ અને હેલિકોસ જેવા ટેગ-આધારિત આગામી પેઢીના સિક્વન્સિંગ અભિગમો સાથે સુસંગત છે. ચીઆ-પીઈટી ટ્રાન્સક્રિપ્શનલ રેગ્યુલેશન અથવા ક્રોમેટિન સ્ટ્રક્ચરલ કન્ફોર્મેશનમાં સામેલ ઘણા જુદા જુદા પ્રોટીન પરિબળોને લાગુ પડે છે. ચીઆ-પીઈટી વિશ્લેષણ ચોક્કસ પરમાણુ પ્રક્રિયામાં સામેલ ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ પર લાગુ કરી શકાય છે. આરએનએ પોલિમરેઝ II જેવા સામાન્ય ટીએફનો ઉપયોગ કરીને, ટ્રાન્સક્રિપ્શન નિયમનમાં સામેલ તમામ ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓને ઓળખવી શક્ય બની શકે છે. વધુમાં, ડીએનએ પ્રતિકૃતિ અથવા ક્રોમેટિન માળખામાં સામેલ પ્રોટીન પરિબળોનો ઉપયોગ ડીએનએ પ્રતિકૃતિ અને ક્રોમેટિન માળખાકીય ફેરફાર (ફુલવુડ એટ અલ., 2009) ને કારણે તમામ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓની ઓળખની મંજૂરી આપશે. નબળાઈઓ તે સારી રીતે સ્થાપિત છે કે સીઆઈએસ અને ટ્રાન્સ-રેગ્યુલેટરી કોમ્પ્લેક્સમાં કોષ અને પેશીઓની ચોક્કસ પરિસ્થિતિઓના આધારે પ્રોટીનનું અનન્ય સંયોજન હોય છે (ડેક્કર એટ અલ., 2006). જ્યારે એકલ, કાર્યાત્મક ટી. એફ. બી. એસ. ની ઓળખ એક નોંધપાત્ર પ્રગતિ છે, ત્યારે સંકુલમાં વ્યક્તિગત પ્રોટીનને ઓળખવા માટે ચીઆ-પીઈટીના ઉપયોગ માટે દરેક ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરતા પ્રોટીનને ઓળખવા માટે અનુમાન કાર્ય અને બહુવિધ પ્રયોગોની જરૂર પડશે. આ એક ખર્ચાળ અને સમય માંગી લે તેવો પ્રયાસ હશે. ચિયા-પીઈટી ઉપયોગમાં લેવાતી એન્ટિબોડીઝની ગુણવત્તા, શુદ્ધતા અને વિશિષ્ટતા દ્વારા મર્યાદિત છે (ફુલવુડ એટ અલ., 2009). ચિયા-પીઈટી એ સિક્વન્સની ઓળખ પર આધારિત છે જેને સંદર્ભ સિક્વન્સ (રેફ) સાથે મેપ કરી શકાય છે. ચિયા-પીઈટીને સંદર્ભ જીનોમમાં પીઈટી રીડ્સને ગોઠવવા અને મેપ કરવા માટે પીક-કોલિંગ કમ્પ્યુટર અલ્ગોરિધમ્સનો ઉપયોગ કરવાની જરૂર છે. સોફ્ટવેર પ્લેટફોર્મ વચ્ચેના તફાવતોને કારણે, કયા પ્રોગ્રામનો ઉપયોગ કરવામાં આવે છે તેના આધારે પરિણામો બદલાઈ શકે છે. પુનરાવર્તિત ડીએનએ પ્રદેશો જનીન નિયમન (પોલક એન્ડ ડોમેની, 2006) સાથે સંકળાયેલા હોઈ શકે છે, તેમ છતાં તેમને દૂર કરવાની જરૂર છે કારણ કે તેઓ ડેટાને અસર કરી શકે છે (ફુલવુડ એટ અલ., 2009). બે સ્થળોમાંથી સંવર્ધન એક સાથે આસપાસના પ્રદેશો સામે પૂર્વગ્રહ રજૂ કરે છે. ઇતિહાસ ફુલવુડ એટ અલ. (2009), માનવ કેન્સરના કોષોમાં એસ્ટ્રોજન રીસેપ્ટર આલ્ફા (ER-આલ્ફા) દ્વારા મધ્યસ્થી કરાયેલા ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયા નેટવર્કને શોધવા અને નકશા બનાવવા માટે Chia-PET નો ઉપયોગ કર્યો હતો. પરિણામી વૈશ્વિક ક્રોમેટિન ઇન્ટરેક્ટોમ નકશા દર્શાવે છે કે દૂરસ્થ ER-આલ્ફા-બંધનકર્તા સાઇટ્સ પણ લાંબા અંતરની ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ દ્વારા જનીન પ્રમોટરો માટે લંગર કરવામાં આવી હતી જે સૂચવે છે કે સંકલિત ટ્રાન્સક્રિપ્શનલ નિયમન માટે જનીનોને એકસાથે લાવવા માટે વ્યાપક ક્રોમેટિન લૂપિંગ દ્વારા ER-આલ્ફા કાર્ય કરે છે. વિશ્લેષણ અને સોફ્ટવેર વૈકલ્પિક ક્રોમેટિન ઇમ્યુનોપ્રેસિપિટેશન (ચીપ): મૂળ ચીપ પદ્ધતિ એ એન્ટિબોડી-આધારિત તકનીક છે જે ક્રોમેટિનની સ્થિતિ અને જનીન અનુલેખન સંબંધિત માહિતી પ્રદાન કરવા માટે પ્રોટીનને પસંદગીયુક્ત રીતે ઓળખે છે અને જોડે છે. જીનોમ આર્કિટેક્ચર મેપિંગ (જી. એ. એમ.): આ તકનીક કોઈપણ સંખ્યામાં જીનોમિક સ્થાનો વચ્ચે ત્રિ-પરિમાણીય નિકટતા એકત્રિત કરીને 3સી-આધારિત તકનીકો સાથે સંકળાયેલી સંખ્યાબંધ ખામીઓને દૂર કરે છે. સ્પ્લિટ-પૂલ રેકગ્નિશન ઓફ ઇન્ટરેક્શન બાય ટેગ એક્સ્ટેંશન (સ્પ્રાઇટ) સ્પ્રાઇટ એ જીનોમમાં ન્યુક્લિયસમાં ઉચ્ચ-ક્રમની ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓનું મેપિંગ કરવાની એક તકનીક છે. આ અભિગમ વધુ અવકાશી અંતર પર થતી ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓને શોધી કાઢે છે અને તે એક જ સમયે થતી અસંખ્ય આર. એન. એ. અને ડી. એન. એ. ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓની જીનોમ-વ્યાપી શોધ માટે પરવાનગી આપે છે. ચીઆ-ડ્રોપ ચીઆ-ડ્રોપ એ સિંગલ-મોલેક્યુલ ચોકસાઈ પર ટીપાં-આધારિત અને બારકોડ-લિંક્ડ સિક્વન્સિંગનો ઉપયોગ કરીને મલ્ટિપ્લેક્સ ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓનું વિશ્લેષણ કરવા માટેની એક સીધી પદ્ધતિ છે. અગાઉના જોડી મુજબ વસ્તી-સ્તરના અભિગમો જેમ કે હાઈ-સી અને ચીઆ-પીઈટી આ ટેકનોલોજીથી અલગ છે. સંદર્ભો બાર્સ્કી એટ અલ., (2007). માનવ જિનોમમાં હિસ્ટોન મિથાઇલેશનની ઉચ્ચ-રીઝોલ્યુશન રૂપરેખા. સેલ. (129); 823-37. ડેકર, (2002). રંગસૂત્રની રચના મેળવવી. વિજ્ઞાન. (295); 1306-1311. ડેકર, (2006). રંગસૂત્રની રચનાના ત્રણ 'સી' કેપ્ચર કરે છેઃ નિયંત્રણ, નિયંત્રણ, નિયંત્રણ. નેટ. પદ્ધતિઓ. (3); 17-21. ફુલવુડ એટ અલ., (2009). એસ્ટ્રોજન-રિસેપ્ટર-α બંધાયેલ માનવ ક્રોમેટિન ઇન્ટરેક્ટોમ. પ્રકૃતિ. (462); 58-64. ફુલવુડ એન્ડ યીજુન, (2009). લાંબા અંતરની ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓની ઓળખ માટે ચીપ-આધારિત પદ્ધતિઓ. જે સેલ બાયોકેમ. 107 (1); 30-39. જ્હોનસન એટ અલ., (2007). ઇન વિવો પ્રોટીન-ડીએનએ ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓનું જીનોમ-વાઇડ મેપિંગ. વિજ્ઞાન. (316); 1497-502. કુઓ એન્ડ એલિસ, (1999). ગતિશીલ પ્રોટીનનો અભ્યાસ કરવા માટે ઇન-વિવો ક્રોસ-લિંકિંગ અને ઇમ્યુનોપ્રેસિપિટેશનઃ ક્રોમેટિન વાતાવરણમાં ડીએનએ એસોસિએશન્સ. પદ્ધતિઓ. (19); 425-33. લી, જી., ફુલવુડ, એમ. જે., ઝુ, એચ., મુલાવાડી, એફ. એચ., વેલ્કોવ, એસ., વેગા, વી., અરિયારત્ને, પી. એન., મોહમ્મદ, વાય. બી., ઉઈ, એચ. એસ., ટેન્નાકોન, સી., વેઇ, સી. એલ., રુઆન, વાય. અને સુંગ, ડબલ્યુ. કે. પેઅર્ડ-એન્ડ ટેગ સિક્વન્સિંગ સાથે વ્યાપક ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયા વિશ્લેષણ માટે ચિયા-પીઈટી ટૂલ. જીનોમ બાયોલ, 11 (2). R22. મેસ્ટન એટ અલ., (2006). માનવ જીનોમમાં અનુલેખન નિયમનકારી તત્વો. અનુ. રેવઃ જીનોમિક્સ. હમ જીનેટ. (7); 29-59. પોલક એન્ડ ડોમની, (2006). આલુ તત્વો અનુલેખન પરિબળો માટે ઘણા બંધનકર્તા સ્થળો ધરાવે છે અને વિકાસલક્ષી પ્રક્રિયાઓના નિયમનમાં ભૂમિકા ભજવી શકે છે. બીએમસી જીનોમિક્સ. (7); 133. વેઈ એટ અલ., (2006). માનવ જિનોમમાં p53 ટ્રાન્સક્રિપ્શન-પરિબળ બંધનકર્તા સ્થળોનો વૈશ્વિક નકશો. સેલ. (124); 207-19. બાહ્ય કડીઓ ચિયા-પીઈટી જીનોમ બ્રાઉઝર-આ બ્રાઉઝર ફુલવુડ એટ અલ પાસેથી ડેટા જોવા માટે છે. (2009), અને તેમાં કસ્ટમ હોલ જીનોમ ઇન્ટરેક્શન વ્યૂઅરનો સમાવેશ થાય છે જે સંપૂર્ણ જીનોમ લેન્ડસ્કેપ સાથે બંધનકર્તા સાઇટ્સ અને ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓનું મેક્રોસ્કોપિક ચિત્ર પ્રદાન કરે છે. મોલેક્યુલર બાયોલોજી તકનીકો પરમાણુ સંગઠન