Downstream-peptide motif
ડાઉનસ્ટ્રીમ-પેપ્ટાઇડ મોટિફ એ સાયનોબેક્ટેરિયલ જાતિ સિનેકોકોકસ અને પ્રોક્લોરોકોકસમાં બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ દ્વારા ઓળખાયેલ સંરક્ષિત આરએનએ માળખાને સંદર્ભિત કરે છે અને એક ફેજ જે આવા બેક્ટેરિયાને ચેપ લગાડે છે. તે બિનઉત્પાદિત બેક્ટેરિયાના ડીએનએના દરિયાઈ નમૂનાઓમાં પણ મળી આવ્યું હતું, જે સંભવતઃ સાયનોબેક્ટેરિયાની અન્ય પ્રજાતિઓ છે. ડાઉનસ્ટ્રીમ-પેપ્ટાઇડ આરએનએ ટૂંકા ઓપન રીડિંગ ફ્રેમ્સ (ઓઆરએફ) ના ઉપરના ભાગમાં જોવા મળે છે જે ટૂંકા પેપ્ટાઇડ્સ (સામાન્ય રીતે 17 અને 100 એમિનો એસિડ વચ્ચે) ને એન્કોડ કરવાની આગાહી કરવામાં આવે છે. જ્યારે કોષો નાઇટ્રોજન સ્રોતોના અપૂરતા પુરવઠા સાથે ઉગાડવામાં આવે છે ત્યારે ORFsમાંથી એક દેખીતી રીતે ડાઉન-રેગ્યુલેટેડ હોય છે. ડાઉનસ્ટ્રીમ-પેપ્ટાઇડ મોટિફ એક અલગ ઉમેદવાર આર. એન. એ. માળખા સાથે માળખાકીય સામ્યતા ધરાવે છે જેને જી. એલ. એન. એ. આર. એન. એ. મોટિફ કહેવાય છે જે સાયનોબેક્ટેરિયામાં કાર્યાત્મક ગ્લુટામાઇન બંધનકર્તા રિબોસ્વિચ હોવાનું દર્શાવવામાં આવ્યું હતું. સૌથી નોંધપાત્ર સમાનતા એ છે કે બંને પ્રધાનતત્ત્વોના પી 1 સ્ટેમની અંદર ન્યુક્લિયોટાઇડ સંરક્ષણ છે, અને આ અને અન્ય સમાનતાઓની અગાઉ ચર્ચા કરવામાં આવી હતી. એવી ધારણા કરવામાં આવી હતી કે ડાઉનસ્ટ્રીમ-પેપ્ટાઇડ આરએનએ પુરાવાઓની બહુવિધ રેખાઓના આધારે રિબોસ્વિચને અનુરૂપ છે. પ્રથમ, જી. એલ. એન. એ. આર. એન. એ. ઘણીવાર નાઇટ્રોજન ચયાપચયમાં સામેલ જનીનોના બહુવિધ વર્ગોના અનુમાનિત 5 'અનુવાદિત વિસ્તારોમાં સ્થિત હોય છે. આ અને અન્ય પુરાવા સૂચવે છે કે જી. એલ. એન. એ. આર. એન. એ. રાઇબોસ્વિચ છે, અને ડાઉનસ્ટ્રીમ-પેપ્ટાઇડ આર. એન. એ. સાથે તેમની માળખાકીય સમાનતા સૂચવે છે કે ડાઉનસ્ટ્રીમ-પેપ્ટાઇડ આર. એન. એ. પણ રાઇબોસ્વિચ છે. બીજું, ડાઉનસ્ટ્રીમ-પેપ્ટાઇડ્સ સતત એવી જગ્યાએ સ્થિત હોય છે જે ડાઉનસ્ટ્રીમ ઓઆરએફના નિયમનમાં સીઆઈએસ-નિયમનકારી ભૂમિકા સાથે સુસંગત હોય, જો કે ઓઆરએફની જૈવિક ભૂમિકા અજ્ઞાત છે. ત્રીજું, સ્યુડોકનોટ માળખામાં મધ્યમ જટિલતા હોય છે જે રિબોસ્વિચની લાક્ષણિકતા છે. છેવટે, નાઇટ્રોજનની ઉપલબ્ધતા દ્વારા ડાઉનસ્ટ્રીમ ORFના નિયમનનું નિરીક્ષણ પણ તત્વની સીઆઈએસ-નિયમનકારી ભૂમિકા સૂચવે છે. આ પૂર્વધારણાને બાયોકેમિકલ અને આનુવંશિક માહિતી દ્વારા સમર્થન મળે છે. પ્રથમ, ડાઉનસ્ટ્રીમ-પેપ્ટાઇડ આર. એન. એ. અને જી. એલ. એન. એ. આર. એન. એ. બંને પસંદગીયુક્ત રીતે ગ્લુટામાઇનને જોડે છે. બીજું, ડાઉનસ્ટ્રીમ-પેપ્ટાઇડ મોટિફના રિપોર્ટર જનીન વિશ્લેષણમાં જાણવા મળ્યું છે કે આ આરએનએ ગ્લુટામાઇનના બંધન પર રિપોર્ટર જનીન અભિવ્યક્તિને પ્રોત્સાહન આપે છે અને તેથી તેને સક્રિય રાઇબોસ્વિચ ગણી શકાય. ડાઉનસ્ટ્રીમ-પેપ્ટાઇડ મોટિફ દ્વારા નિયંત્રિત થનારા સંભવિત ઉમેદવાર એવા જનીનો છે જે વારંવાર તેમના 5 'યુ. ટી. આર. માં ડાઉનસ્ટ્રીમ-પેપ્ટાઇડ મોટિફ ધરાવે છે અને નાના, અજ્ઞાત પ્રોટીનને એન્કોડ કરે છે જેમાં DUF4278 હોય છે અને તે ગ્લુટામાઇન સિન્થેટેઝના અનુમાનિત નિયમનકારો છે. આ પૂર્વધારણાને એ તારણ દ્વારા સમર્થન આપવામાં આવ્યું છે કે DUF4278 ધરાવતા ગ્લુટામાઇન સિન્થેટેઝ અવરોધક પરિબળ IF17 એન્કોડિંગ જનીન GIFB ની અભિવ્યક્તિ માળખાકીય રીતે સંબંધિત GlnA RNA મોટિફ દ્વારા નિયંત્રિત હોવાનું દર્શાવવામાં આવ્યું હતું. ડાઉનસ્ટ્રીમ-પેપ્ટાઇડ આર. એન. એ. વાય. એફ. આર. 6 તરીકે ઓળખાતા અનુમાનિત બિન-કોડિંગ આર. એન. એ. ને ઓવરલેપ કરે છે જે લંબાઈમાં 200 થી વધુ ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ ધરાવે છે, પરંતુ એવી દરખાસ્ત કરવામાં આવી હતી કે માત્ર અપસ્ટ્રીમ પ્રદેશ (ડાઉનસ્ટ્રીમ-પેપ્ટાઇડ મોટિફને અનુરૂપ) આર. એન. એ. માળખા તરીકે કાર્ય કરે છે. એક અલગ અનુમાનિત બિન-કોડિંગ આર. એન. એ. જેને વાય. એફ. આર. 14 કહેવાય છે તે વાય. એફ. આર. 6 અને ડાઉનસ્ટ્રીમ-પેપ્ટાઇડ આર. એન. એ. બંનેને ઓવરલેપ કરે છે. જો કે, તે અસ્પષ્ટ છે કે શું yfr6 અથવા yfr14 ડાઉનસ્ટ્રીમ-પેપ્ટાઇડ રિબોસ્વિચની હવે સ્થાપિત ભૂમિકા સિવાય કોઈ કાર્ય કરે છે. સંદર્ભો બાહ્ય કડીઓ સિસ-નિયમનકારી આર. એન. એ. તત્વો રિબોસ્વિચ