AutoDock
ઓટોડૉક એ મોલેક્યુલર મોડેલિંગ સિમ્યુલેશન સોફ્ટવેર છે. તે ખાસ કરીને પ્રોટીન-લિગાન્ડ ડોકીંગ માટે અસરકારક છે. ઓટોડૉક 4 જીએનયુ જનરલ પબ્લિક લાઇસન્સ હેઠળ ઉપલબ્ધ છે. ઓટોડૉક એ સંશોધન સમુદાયમાં સૌથી વધુ ટાંકવામાં આવેલી ડોકીંગ સોફ્ટવેર એપ્લિકેશનોમાંની એક છે. તેનો ઉપયોગ વર્લ્ડ કોમ્યુનિટી ગ્રીડ ખાતે એચ. આય. વી/એડ્સ અને કોવિડ-19 સામે એન્ટિવાયરલ શોધવા માટે ચલાવવામાં આવતા FightAIDS@Home અને ઓપનપેન્ડેમિક્સ-કોવિડ-19 પ્રોજેક્ટ દ્વારા કરવામાં આવે છે. ફેબ્રુઆરી 2007માં, ISI સાઇટેશન ઇન્ડેક્સની શોધમાં દર્શાવવામાં આવ્યું હતું કે પ્રાથમિક ઓટોડૉક પદ્ધતિના કાગળોનો ઉપયોગ કરીને 1,100થી વધુ પ્રકાશનો ટાંકવામાં આવ્યા હતા. 2009 સુધીમાં, આ સંખ્યા 1,200ને વટાવી ગઈ હતી. ઓટોડોક વીના એ ઓટોડોકનું અનુગામી છે, જે ચોકસાઈ અને પ્રદર્શનની દ્રષ્ટિએ નોંધપાત્ર રીતે સુધારેલ છે. તે અપાચે લાઇસન્સ હેઠળ ઉપલબ્ધ છે. ઓટોડોક અને વીના બંને હાલમાં સ્ક્રિપ્સ રિસર્ચ દ્વારા જાળવવામાં આવે છે, ખાસ કરીને ડૉ. આર્થર જે. ઓલ્સન ઓટોડોકની આગેવાની હેઠળના સેન્ટર ફોર કોમ્પ્યુટેશનલ સ્ટ્રક્ચરલ બાયોલોજી (સી. સી. એસ. બી.) નો વ્યાપક ઉપયોગ થાય છે અને મર્ક એન્ડ કંપની દ્વારા પ્રથમ તબીબી રીતે માન્ય એચ. આય. વી-1 ઇન્ટિગ્રેઝ ઇન્હિબિટરના વિકાસમાં ભૂમિકા ભજવે છે. પ્રોગ્રામ્સ ઓટોડોકમાં બે મુખ્ય પ્રોગ્રામોનો સમાવેશ થાય છેઃ લક્ષ્ય પ્રોટીનનું વર્ણન કરતા ગ્રીડના સમૂહમાં લિગાન્ડને ડોક કરવા માટે ઓટોડૉક; આ ગ્રીડની પૂર્વ ગણતરી કરવા માટે ઓટોગ્રિડ. ઓટોડોકના ઉપયોગથી એચ. આય. વી. 1 ઇન્ટિગ્રેઝ ઇન્હિબિટર્સ સહિત અનેક દવાઓની શોધમાં ફાળો આપ્યો છે. પ્લેટફોર્મ સપોર્ટ ઓટોડૉક લિનક્સ, મેક ઓએસ એક્સ, એસજીઆઈ આઈઆરઆઈએક્સ અને માઈક્રોસોફ્ટ વિન્ડોઝ પર ચાલે છે. તે ડેબિયન, ફેડોરા અને આર્ક લિનક્સ સહિત અનેક લિનક્સ વિતરણોમાં પેકેજ તરીકે ઉપલબ્ધ છે. માઇક્રોસોફ્ટ વિન્ડોઝ પર મૂળ 64-બીટ મોડમાં એપ્લિકેશનનું સંકલન સોફ્ટવેરની ઝડપી ફ્લોટિંગ-પોઇન્ટ કામગીરીને સક્ષમ કરે છે. જીપીયુ માટે સુધારેલ આવૃત્તિઓ ઓટોડોક ઓપનસીએલ અને સીયુડીએનો ઉપયોગ કરીને સુધારેલ ગણતરી દિનચર્યાઓ ઓટોડોક સ્ક્રિપ્સ સંશોધન ટીમ દ્વારા વિકસાવવામાં આવી છે. તે સીપીયુ પર મૂળ સીરીયલ ઓટોડૉક 4.2 (સોલિસ-વેટ્સ) પર 4x (ક્વાડ-કોર સીપીયુ) અને 56x (જી. પી. યુ.) સુધીની સ્પીડઅપ્સમાં પરિણમે છે. સીયુડીએ સંસ્કરણ સ્ક્રિપ્સ સંશોધન ટીમ અને એનવીડિયા વચ્ચેના સહયોગથી વિકસાવવામાં આવ્યું હતું જ્યારે ઓપનસીએલ સંસ્કરણને આઇબીએમ વર્લ્ડ કોમ્યુનિટી ગ્રીડ ટીમના સમર્થન સાથે વધુ અનુકૂળ બનાવવામાં આવ્યું હતું. ઓટોડોક વીના ઓટોડોકનો અનુગામી ઓટોડોક વીના છે, જે સુધારેલ સ્થાનિક શોધ દિનચર્યા ધરાવે છે અને મલ્ટીકોર/મલ્ટી-સીપીયુ કમ્પ્યુટર સેટઅપનો ઉપયોગ કરે છે. ઓટોડૉક વીના સોફ્ટવેરનો ઉપયોગ કરતા કેટલાક વર્લ્ડ કોમ્યુનિટી ગ્રીડ પ્રોજેક્ટ્સમાં 64-બીટ લિનક્સ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ્સ હેઠળ નોંધપાત્ર રીતે ઝડપથી ચલાવવા માટે જાણીતું છે. ઓટોડૉક વીના હાલમાં આવૃત્તિ 1.2 પર છે, જે જુલાઈ 2021માં રજૂ કરવામાં આવી હતી. તૃતીય-પક્ષ સુધારાઓ અને સાધનો ઓપન સોર્સ પ્રોજેક્ટ તરીકે, ઓટોડૉકને કેટલીક તૃતીય-પક્ષ સુધારેલી આવૃત્તિઓ મળી છે જેમ કેઃ ઓટોડૉક વીના (સ્મિના) સાથે સ્કોરિંગ અને મિનિમાઇઝેશન એ ઓટોડૉક વીનાનો કાંટો છે જે સ્કોરિંગ ફંક્શન ડેવલપમેન્ટ અને એનર્જી મિનિમાઇઝેશન માટે સુધારેલ સપોર્ટ ધરાવે છે. ઓફ-ટાર્ગેટ પાઇપલાઇન મોટા પ્રોજેક્ટ્સમાં ઓટોડૉકના એકીકરણને મંજૂરી આપે છે. સર્વસંમતિ સ્કોરિંગ ટૂલકિટ બહુવિધ સ્કોરિંગ કાર્યો અને સર્વસંમતિ સ્કોરિંગ સમીકરણોના કેલિબ્રેશન સાથે ઓટોડૉક વીના પોઝનું બચાવ પ્રદાન કરે છે. વી. એસ. એલ. એ. બી. એ વી. એમ. ડી. પ્લગ-ઇન છે જે વી. એમ. ડી. થી સીધા ઓટોડૉકનો ઉપયોગ કરવાની મંજૂરી આપે છે. પાયઆરએક્સ ઓટોડૉક સાથે વર્ચ્યુઅલ સ્ક્રિનિંગ ચલાવવા માટે સરસ જીયુઆઈ પ્રદાન કરે છે. પાયઆરએક્સમાં ડોકીંગ વિઝાર્ડનો સમાવેશ થાય છે અને તમે તેનો ઉપયોગ ક્લાઉડ અથવા એચપીસી ક્લસ્ટરમાં ઓટોડૉક વીના ચલાવવા માટે કરી શકો છો. પી. ઓ. એ. પી. એ શેલ-સ્ક્રિપ્ટ-આધારિત સાધન છે જે લિગાન્ડની તૈયારીથી લઈને પોસ્ટ ડોકીંગ વિશ્લેષણ સુધી વર્ચ્યુઅલ સ્ક્રિનિંગ માટે ઓટોડૉકને સ્વચાલિત કરે છે. વર્ચ્યુઅલફ્લો ઓટોડૉક વીના-આધારિત ડોકીંગ કાર્યક્રમોનો ઉપયોગ કરીને કમ્પ્યુટર ક્લસ્ટરો અને ક્લાઉડ પર અલ્ટ્રા-લાર્જ વર્ચ્યુઅલ સ્ક્રિનિંગ હાથ ધરવાની મંજૂરી આપે છે, જે નિયમિતપણે અબજો સંયોજનોને સ્ક્રીન કરવાની મંજૂરી આપે છે. એફ. પી. જી. એ. પ્રવેગક સહ-પ્રોસેસરો તરીકે સામાન્ય પ્રોગ્રામેબલ ચિપ્સનો ઉપયોગ કરીને, ખાસ કરીને ઓમીક્સન પ્રાયોગિક ઉત્પાદન, સ્પીડઅપ પ્રમાણભૂત ઇન્ટેલ ડ્યુઅલ કોર 2 ગીગાહર્ટ્ઝ સીપીયુની ઝડપ 10x-100x ની રેન્જમાં હતું. આ પણ જુઓ ડોકીંગ (મોલેક્યુલર) પ્રોટીન-લિગાન્ડ ડોકીંગ સોફ્ટવેરની વર્ચ્યુઅલ સ્ક્રીનીંગ સૂચિ સંદર્ભો બાહ્ય કડીઓ ઓટોડૉક હોમપેજ ઓટોડૉક વીના હોમપેજ મોલેક્યુલર મોડેલિંગ સોફ્ટવેર મોલેક્યુલર મોડેલિંગ ફ્રી અને ઓપન સોર્સ સોફ્ટવેર