HIKESHI
હિકેશી એ ફેફસાં અને બહુકોશિક જીવતંત્રના વિકાસમાં મહત્વપૂર્ણ પ્રોટીન છે, જે મનુષ્યમાં હિકેશી જનીન દ્વારા એન્કોડ કરવામાં આવે છે. હિકેશી મનુષ્યમાં રંગસૂત્ર 11 પર અને ઉંદરમાં રંગસૂત્ર 7 પર જોવા મળે છે. મોટાભાગના પ્રાણીઓ અને ફૂગની પ્રજાતિઓમાં સમાન ક્રમ (ઓર્થોલોગ્સ) જોવા મળે છે. માઉસ હોમોલોગ, રંગસૂત્ર 7 રિનચિક 6 પ્રોટીન પર ઘાતક જનીન l7Rn6 જનીન દ્વારા એન્કોડ કરવામાં આવે છે. જીન હિકેશી એ હોમો સેપિયન્સમાં પ્રોટીન-કોડિંગ જનીન છે. જનીન માટે વૈકલ્પિક નામો FLJ43020, HSPC138, HSPC179 અને L7RN6 છે. વિસ્તાર q14.2 પર રંગસૂત્ર 11 ના લાંબા હાથ પર સ્થિત, ઇન્ટ્રોન અને એક્સોન સહિત સમગ્ર જનીન વત્તા સ્ટ્રાન્ડ પર 42,698 બેઝ જોડી છે. હાઈકેશી વેરિઅન્ટ 1ના એમ. આર. એન. એ. માં 1,183 બેઝ જોડીઓના એક્સોન 1,3,4,5 અને 7નો સમાવેશ થાય છે, જેમાં બેઝ જોડીઓ 239 થી 832 કોડિંગ પ્રદેશોનું પ્રતિનિધિત્વ કરે છે. વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ વેરિઅન્ટ 1 એ સૌથી લાંબો અને સૌથી સામાન્ય પ્રોટીન કોડિંગ પ્રકાર છે. અન્ય ત્રણ મુખ્ય પ્રકારો વૈકલ્પિક એક્સોન ક્રમનો ઉપયોગ કરે છે જે વાંચન ફ્રેમને ફેંકી દે છે, જે એમઆરએનએ ક્રમને વહેલી તકે સમાપ્ત કરે છે અને પ્રોટીન ક્ષયમાંથી પસાર થાય છે. નીચેનું કોષ્ટક વિવિધ પ્રકારો અને એક્સોનનો ઉપયોગ દર્શાવે છે. ઉપરના કોષ્ટકમાં દર્શાવેલ ચાર પ્રકારો માનવ કોષોમાં જોવા મળતા સૌથી સામાન્ય આઇસોફોર્મ્સ છે. કુલ 13 વૈકલ્પિક સ્પ્લાઇસડ સિક્વન્સ અને ત્રણ અનસ્પ્લાઇસડ સ્વરૂપો છે જે બે વૈકલ્પિક પ્રમોટર્સનો ઉપયોગ કરે છે. એમ. આર. એન. એ. પ્રકારો 8 જુદા જુદા એક્સોન, વૈકલ્પિક, ઓવરલેપિંગ એક્સોન અને ઇન્ટ્રોનની જાળવણીના સંયોજન પર અલગ પડે છે. વૈકલ્પિક વિભાજન ઉપરાંત, એમ. આર. એન. એ. 3 'છેડા પર કાપણી દ્વારા અલગ પડે છે. વેરિઅન્ટ 1 એ દસ એમ. આર. એન. એ. માંથી એક છે જે પ્રોટીન માટે કોડ દર્શાવવામાં આવ્યું છે, જ્યારે બાકીના નોનસેન્સ મધ્યસ્થ એમ. આર. એન. એ. ક્ષય માટે બંધાયેલા લાગે છે. C11orf73 આઇસોફોર્મ્સ પ્રમોટરનું એસવ્યૂ પ્રતિનિધિત્વ પ્રમોટર ક્ષેત્ર, GXP 47146, જેનોમેટિક્સના એલડોરાડો ટૂલનો ઉપયોગ કરીને મળી આવ્યું હતું. 840 બી. પી. ક્રમ હિકેશી જનીન પહેલાં 86012753 થી 86013592 સુધીના ડીએનએ બિંદુઓ પર સ્થિત છે. પ્રમોટર 12 માંથી 12 ઓર્થોલોગ્સ અને 6 સંબંધિત લખાણ માટેના કોડમાં સંરક્ષિત છે. જેનોમેટિક્સ એલડોરાડો ટૂલમાંથી સંરક્ષિત ટ્રાન્સક્રિપ્શન પરિબળ બંધનકર્તા સાઇટ્સઃ એમ. આર. એન. એ. ઉત્પાદનની સમાપ્તિ જનીનના સી. ડી. એન. એ. માં એન્કોડ કરવામાં આવે છે. એમ. આર. એન. એ. ઉત્પાદનની અંતિમ સમાપ્તિમાં સામાન્ય રીતે ત્રણ મુખ્ય લાક્ષણિકતાઓ હોય છેઃ પોલી એ સંકેત, પોલી એ પૂંછડી અને ક્રમનો વિસ્તાર જે સ્ટેમ લૂપ માળખું બનાવી શકે છે. પોલી એ સિગ્નલ એ અત્યંત સંરક્ષિત સ્થળ છે, જે છ ન્યુક્લિયોટાઇડ લાંબો ક્રમ છે. યુકેરીયોટ્સમાં ક્રમ એ. એ. ટી. એ. એ. છે અને તે પોલી એ સાઇટથી લગભગ 10-30 ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ પર સ્થિત છે. એ. એ. ટી. એ. એ. ક્રમ એ અત્યંત સંરક્ષિત, યુકેરીયોટિક પોલીએ સંકેત છે જે સંકેત ક્રમ પછી એમ. આર. એન. એ. ઉત્પાદન <આઇ. ડી. 1> આધાર જોડીઓના પોલીએડેનાઈલેશન માટે સંકેત આપે છે. C11orf73 માટેની પોલીએ સાઇટ જીટીએ છે. જનીન અભિવ્યક્તિ હિકેશીને સરેરાશ કરતાં 2.3 ગણા ઊંચા સ્તરે સર્વવ્યાપક રીતે વ્યક્ત કરવામાં આવે તેવું નક્કી કરવામાં આવ્યું હતું. C11orf73 મોટી સંખ્યામાં માનવ પેશીઓમાં વ્યક્ત થાય છે. યુનિજીન પર એક્સપ્રેશન પ્રોફાઇલ્સ અને EST પ્રોફાઇલ વચ્ચે, માત્ર 11 પેશીઓ C11orf73 ને વ્યક્ત કરતી નથી તેવું દર્શાવવામાં આવ્યું હતું, જે સંભવતઃ પેશીઓમાં નાના નમૂનાના કદને કારણે છે. પ્રોટીન માનવ હિકેશી જનીન બિન-લાક્ષણિક પ્રોટીન C11orf73 નામના પ્રોટીન માટે સંકેતલિપી કરે છે. સમાનધર્મી માઉસ L7rn6 જનીન રંગસૂત્ર 7 રિનચિક 6 પર ઘાતક જનીન નામના પ્રોટીનને એન્કોડ કરે છે. 1 mfgclvagrl vqtaaqqva dkfvfdlpdy Esinhvvvfm lgtipfpegm ggsvyfsypd 61 sngmpvqll gfvtngkpsa iffkisglksg egsqhpfgam nivrtpsvaq igisvellds 121 mqtpvgna avssvdsftq ftqkmldnfy nfassfavsq aqmtpspsem fipanvlkw 181 yenfqrrlaq nPLfwkt કોડેડ માનવ પ્રોટીન 197 એમિનો એસિડ લાંબુ છે. માઉસ પ્રોટીન સાથે સામ્યતા દ્વારા, માનવ હિકેશ પ્રોટીનનું કાલ્પનિક કાર્ય ફેફસાના કોષોમાં સ્ત્રાવી ઉપકરણનું સંગઠન અને કાર્ય છે. DUF775 (ડોમેન ઓફ અનનોન ફંક્શન 775) તરીકે ઓળખાતું પ્રોટીન ડોમેન માનવ HIKESHI અને માઉસ L7rn6 પ્રોટીન બંનેમાં સ્થિત છે. DUF775 ડોમેન 197 એમિનો એસિડ લાંબુ છે, જે પ્રોટીન જેટલી જ લંબાઈ ધરાવે છે. વ્યાખ્યા દ્વારા DUF 775 સુપર ફેમિલી બનાવતા અન્ય પ્રોટીનમાં C11orf73 ના તમામ ઓર્થોલોગ્સનો સમાવેશ થાય છે. જળચિકિત્સા વિશ્લેષણ દર્શાવે છે કે પ્રોટીનમાં કોઈ વ્યાપક હાઇડ્રોફોબિક પ્રદેશો નથી અને તેથી, તે તારણ કાઢવામાં આવે છે કે હાઇકેશી એક કોષરસ પ્રોટીન છે. C11orf73 માટેનું આઇસોઇલેક્ટ્રિક બિંદુ 5.108 સૂચવે છે કે તે વધુ એસિડિક વાતાવરણમાં શ્રેષ્ઠ રીતે કાર્ય કરે છે. C11orf73 ક્રમ માટે એકમાત્ર SNP, અથવા સિંગલ-ન્યુક્લિયોટાઇડ પોલીમોર્ફિઝમ, પ્રોટીનની અંદર એમિનો એસિડમાં ફેરફારમાં પરિણમે છે. અન્ય એસ. એન. પી. નો અભાવ સંભવતઃ હાઈકેશીના ઉચ્ચ સ્તરના સંરક્ષણ અને જીવ પર પ્રોટીનમાં પરિવર્તનની ઘાતક અસરને કારણે છે. એસ. એન. પી. માટે ફીનોટાઇપ અજ્ઞાત છે. જનીન પડોશી હિકેશિની આસપાસના જનીનો CCDC81, ME3 અને EED છે. આસપાસના જનીનોના કાર્યને જોઈને જનીનના સંભવિત કાર્યની વધુ સારી સમજણ મેળવવા માટે આનુવંશિક પડોશીને જોવામાં આવે છે. સી. સી. ડી. સી. 81 જનીન બિનપરંપરાગત પ્રોટીન ઉત્પાદન માટે કોડ કરે છે અને પ્લસ સ્ટ્રાન્ડ પર આધારિત છે. CCDC81 એ 81 આઇસોફોર્મ 1 ધરાવતા કોઇલ-કોઇલ ડોમેન માટે વપરાય છે. એમ. ઇ. 3 જનીન મિટોકોન્ડ્રીયલ મેલિક એન્ઝાઇમ 3 અગ્રદૂત માટે વપરાય છે. મેલિક એન્ઝાઇમ કોફેક્ટર તરીકે NAD + અથવા NADP + નો ઉપયોગ કરીને માલેટના ઓક્સિડેટીવ ડીકાર્બોક્સિલેશનને પાયરુવેટમાં ઉત્પ્રેરિત કરે છે. સસ્તન પ્રાણીઓની પેશીઓમાં મેલિક એન્ઝાઇમના 3 અલગ આઇસોફોર્મ્સ હોય છેઃ સાયટોસોલિક એન. એ. ડી. પી. (+)-આધારિત આઇસોફોર્મ, મિટોકોન્ડ્રીયલ એન. એ. ડી. પી. (+)-આધારિત આઇસોફોર્મ અને મિટોકોન્ડ્રીયલ એન. એ. ડી. (+)-આધારિત આઇસોફોર્મ. આ જનીન મિટોકોન્ડ્રીયલ એન. એ. ડી. પી. (+)-આધારિત આઇસોફોર્મને એન્કોડ કરે છે. આ જનીન માટે બહુવિધ વૈકલ્પિક સ્પ્લાઇસડ ટ્રાન્સક્રિપ્ટ પ્રકારો મળી આવ્યા છે, પરંતુ કેટલાક પ્રકારોની જૈવિક માન્યતા નક્કી કરવામાં આવી નથી. EED જનીન ગર્ભના એક્ટોડર્મ વિકાસ આઇસોફોર્મ b માટે વપરાય છે અને તે પોલિકોમ્બ-જૂથ (PcG) પરિવારનો સભ્ય છે. પી. સી. જી. પરિવારના સભ્યો મલ્ટીમેરિક પ્રોટીન સંકુલ બનાવે છે, જે ક્રમિક કોષ પેઢીઓ પર જનીનોની ટ્રાન્સક્રિપ્શનલ દમનકારી સ્થિતિ જાળવવામાં સામેલ છે. આ પ્રોટીન ઝેસ્ટે 2, ઇન્ટિગ્રિન બીટા 7 ની સાયટોપ્લાઝમિક પૂંછડી, ઇમ્યુનોડેફિસિયન્સી વાયરસ પ્રકાર 1 (એચ. આય. વી-1) એમ. એ. પ્રોટીન અને હિસ્ટોન ડેસિટિલેઝ પ્રોટીનના વધારનાર સાથે સંપર્ક કરે છે. આ પ્રોટીન હિસ્ટોન ડિસેટીલેશન દ્વારા જનીન પ્રવૃત્તિના દમનમાં મધ્યસ્થી કરે છે, અને ઇન્ટિગ્રિન કાર્યના ચોક્કસ નિયમનકાર તરીકે કાર્ય કરી શકે છે. આ જનીન માટે અલગ આઇસોફોર્મ્સને એન્કોડિંગ કરતા બે ટ્રાન્સક્રિપ્ટ પ્રકારો ઓળખવામાં આવ્યા છે. ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ સ્ટ્રીંગ અને સિગ્મા-એલ્ડ્રિચના પ્રિય જનીન કાર્યક્રમોએ C11orf73 સાથે સંભવિત પ્રોટીન ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ સૂચવી હતી. એ. આર. જી. યુ. એલ. 1, સી. આર. એચ. બી. પી. અને ઇ. ઇ. ડી. ટેક્સ્ટ માઇનિંગમાંથી લેવામાં આવ્યા હતા અને એચ. એન. એફ. 4એ સિગ્મા-એલ્ડ્રિચમાંથી આવ્યા હતા. એઆરજીયુએલ1 એ અજ્ઞાત કાર્ય સાથેનું અજ્ઞાત પ્રોટીન છે. સી. આર. એચ. બી. પી. એ કોર્ટીકોટ્રોફિન મુક્ત કરતું હોર્મોન બંધનકર્તા પ્રોટીન છે જે સંભવતઃ સંકેત કાસ્કેડમાં ભૂમિકા ભજવી શકે છે જેમાં હિકેશિનો સમાવેશ થાય છે અથવા તેને સક્રિય કરે છે. EED, C11orf73નું પડોશી પ્રોટીન, એક ગર્ભસ્થ એક્ટોડર્મ વિકાસ પ્રોટીન છે અને તે પોલિકોમ્બ-ગ્રૂપ (PcG) પરિવારનો સભ્ય છે. પી. સી. જી. પરિવારના સભ્યો મલ્ટીમેરિક પ્રોટીન સંકુલ બનાવે છે, જે ક્રમિક કોષ પેઢીઓ પર જનીનોની ટ્રાન્સક્રિપ્શનલ દમનકારી સ્થિતિ જાળવવામાં સામેલ છે. એચ. એન. એફ. 4એ એ ટ્રાન્સક્રિપ્શન રેગ્યુલેટર છે અને તે અજ્ઞાત છે કે શું એચ. એન. એફ. 4એ સી11ઓઆરએફ73ની અભિવ્યક્તિને નિયંત્રિત કરે છે અથવા ફક્ત તેની સાથે ક્રિયાપ્રતિક્રિયા કરે છે. [12 ઉત્ક્રાંતિ ઇતિહાસ સજીવોના ઉત્ક્રાંતિ ઇતિહાસને જાતિજન્ય વૃક્ષ બનાવવા માટે સમયના સંદર્ભો તરીકે ઓર્થોલોગ્સના ક્રમનો ઉપયોગ કરીને નક્કી કરી શકાય છે. CLUSTALW બહુવિધ સિક્વન્સની સરખામણી કરે છે, પ્રોગ્રામનો ઉપયોગ C11orf73 ના ઓર્થોલોગ્સ પર આધારિત આવા ફિલોજેનેટિક ટ્રી બનાવવા માટે પણ થઈ શકે છે. જમણી બાજુનું વૃક્ષ વિચલનના સમયના આધારે સમયરેખા સાથે ઉત્પન્ન થયેલ ફિલોજેનેટિક વૃક્ષને દર્શાવે છે. હિકેશ ઓર્થોલોગ્સમાંથી બનેલું વૃક્ષ સાહિત્ય ફિલોજેનેટિક વૃક્ષ જેવું જ છે, જે માછલી, પક્ષીઓ અને ફૂગ જેવા સમાન સજીવોને એકસાથે જૂથબદ્ધ કરે છે. ઓર્થોલોગ્સ હોમોલોગસ સિક્વન્સ ઓર્થોલોગસ છે જો તેઓ એક વિશિષ્ટ ઘટના દ્વારા અલગ કરવામાં આવ્યા હોયઃ જ્યારે કોઈ પ્રજાતિ બે અલગ પ્રજાતિઓમાં વિભાજીત થાય છે, ત્યારે પરિણામી પ્રજાતિઓમાં એક જ જનીનની અલગ નકલો ઓર્થોલોગસ હોવાનું કહેવાય છે. ઓર્થોલોગ્સ, અથવા ઓર્થોલોગસ જનીનો, વિવિધ પ્રજાતિઓમાં જનીનો છે જે એકબીજા સાથે સમાન છે કારણ કે તેઓ એક સામાન્ય પૂર્વજમાંથી ઉદ્ભવ્યા છે. ઓર્થોલોગસ સિક્વન્સ વર્ગીકરણ વર્ગીકરણ અને સજીવોના ફિલોજેનેટિક અભ્યાસમાં ઉપયોગી માહિતી પૂરી પાડે છે. આનુવંશિક વિચલનની પેટર્નનો ઉપયોગ સજીવોના સંબંધને શોધવા માટે કરી શકાય છે. બે સજીવો કે જે ખૂબ નજીકથી સંબંધિત છે તે બે ઓર્થોલોગ્સ વચ્ચે ખૂબ સમાન ડીએનએ સિક્વન્સ પ્રદર્શિત કરે તેવી શક્યતા છે. તેનાથી વિપરીત, જે જીવતંત્રને અન્ય જીવતંત્રમાંથી ઉત્ક્રાંતિપૂર્વક દૂર કરવામાં આવે છે તે અભ્યાસ કરવામાં આવતા ઓર્થોલોગ્સના ક્રમમાં વધુ વિચલન પ્રદર્શિત કરે તેવી શક્યતા છે. રંગસૂત્રનું કોષ્ટક 11 ખુલ્લી વાંચન ફ્રેમ 73 ઓર્થોલોગ્સ કોષ્ટક પ્રોટીન નામ, જોડાણ સંખ્યાઓ, ન્યુક્લિયોટાઇડ ઓળખ, પ્રોટીન ઓળખ અને ઇ-મૂલ્યો સાથે 13 ક્રમ (12 ઓર્થોલોગ્સ, 1 મૂળ ક્રમ) દર્શાવે છે. જોડાણ સંખ્યાઓ એ NCBI પ્રોટીન ડેટાબેઝમાંથી ઓળખ સંખ્યાઓ છે. ન્યુક્લિઓટાઇડ ક્રમને ડી. બી. એસ. ઓ. યુ. આર. સી. ઇ. માંથી પ્રોટીનના અનુક્રમ પૃષ્ઠ પરથી મેળવી શકાય છે, જે જોડાણ સંખ્યા આપે છે અને ન્યુક્લિઓટાઇડના અનુક્રમ પૃષ્ઠની કડી છે. દરેક ઓર્થોલોગ અને તેના સંબંધિત જીવતંત્ર માટે ન્યુક્લિયોટાઇડ અને પ્રોટીન ક્રમ બંનેની લંબાઈ પણ કોષ્ટકમાં સૂચિબદ્ધ છે. ક્રમની લંબાઈની બાજુમાં મૂળ હિકેશી જનીનની ઓર્થોલોગની ઓળખ છે. ઓળખ અને ઇ-મૂલ્યો એસ. ડી. એસ. સી. બાયોલોજી વર્કબેન્ચમાંથી વૈશ્વિક સંરેખણ કાર્યક્રમ, એ. એલ. આઈ. જી. એન. અને એન. સી. બી. આઈ. માંથી બ્લાસ્ટનો ઉપયોગ કરીને હસ્તગત કરવામાં આવ્યા હતા. ગ્રાફ મોટે ભાગે રેખીય વળાંક ઉત્પન્ન કરવા માટે જીવતંત્રના વિચલન સમય સામે ઓર્થોલોગની ટકા ઓળખ દર્શાવે છે. વળાંકની અંદરના બે મુખ્ય સાંધા અનુક્રમે આશરે 450 મિલિયન વર્ષ અને 1150 મિલિયન વર્ષ પહેલાં જનીનની નકલનો સમય સૂચવે છે. જનીન ડુપ્લિકેશનના પેરાલોગ્સ કદાચ હાઈકેશીના અત્યંત સંરક્ષિત ઓર્થોલોગ્સથી એટલા અલગ છે કે તે બ્લિંક અથવા બ્લાસ્ટ ટૂલ્સનો ઉપયોગ કરીને મળી આવ્યા ન હતા. મૂલ્ય m (100 એમિનો એસિડ સેગમેન્ટમાં થયેલા એમિનો એસિડ ફેરફારોની કુલ સંખ્યા), જે n નું સુધારેલું મૂલ્ય છે (નમૂના ક્રમથી એમિનો એસિડ તફાવતોની સંખ્યા), તેનો ઉપયોગ λ ની ગણતરી કરવા માટે પણ થાય છે (સરેરાશ એમિનો એસિડ દર વર્ષે બદલાય છે, જે સામાન્ય રીતે λE9 ના મૂલ્યોમાં રજૂ થાય છે). m/100 =-ln (1-n/100) λ = (m/100)/(2 * T) સંદર્ભો બાહ્ય કડીઓ માનવ પ્રોટીન