Consensus CDS Project
কনসেনসাস কোডিং সিকোয়েন্স (সিসিডিএস) প্রকল্পটি প্রোটিন-কোডিং অঞ্চলের একটি ডেটাসেট বজায় রাখার একটি সহযোগিতামূলক প্রচেষ্টা যা মানব এবং মাউস রেফারেন্স জিনোম সমাবেশগুলিতে একইভাবে উল্লেখ করা হয়। সিসিডিএস প্রকল্পটি একটি স্থিতিশীল শনাক্তকারী (সিসিডিএস আইডি) সহ রেফারেন্স মাউস এবং মানব জিনোমের উপর অভিন্ন প্রোটিন টীকা অনুসরণ করে এবং নিশ্চিত করে যে সেগুলি ধারাবাহিকভাবে ন্যাশনাল সেন্টার ফর বায়োটেকনোলজি ইনফরমেশন (এনসিবিআই), এনসেম্বল এবং ইউসিএসসি জিনোম ব্রাউজার দ্বারা প্রতিনিধিত্ব করা হয়। কঠোর মান নিশ্চিতকরণ পরীক্ষা এবং চলমান ম্যানুয়াল কিউরেশন-এর মাধ্যমে সিসিডিএস ডেটাসেটের অখণ্ডতা বজায় রাখা হয়। অনুপ্রেরণা এবং পটভূমি জৈবিক এবং বায়োমেডিকাল গবেষণা জিনোম সমাবেশের উপর জিন এবং তাদের পণ্যগুলির সঠিক এবং সামঞ্জস্যপূর্ণ টীকা উপর নির্ভর করতে এসেছে। জিনোমের রেফারেন্স টীকা বিভিন্ন উৎস থেকে পাওয়া যায়, যার প্রত্যেকটির নিজস্ব স্বাধীন লক্ষ্য এবং নীতি রয়েছে, যার ফলে কিছু টীকা বৈচিত্র্য দেখা যায়। সিসিডিএস প্রকল্পটি প্রোটিন-কোডিং জিন টীকাগুলির একটি স্বর্ণমান সেট সনাক্ত করার জন্য প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল যা অংশগ্রহণকারী টীকা গোষ্ঠী দ্বারা মানব এবং মাউস রেফারেন্স জিনোম সমাবেশে একইভাবে টীকা দেওয়া হয়। বিভিন্ন অংশীদারদের ঐকমত্যের মাধ্যমে সিসিডিএস জিন সেটগুলি এখন 18,000 এরও বেশি মানুষ এবং 20,000 এরও বেশি মাউস জিন নিয়ে গঠিত (সিসিডিএস প্রকাশের ইতিহাস দেখুন)। সিসিডিএস ডেটাসেট ক্রমবর্ধমানভাবে প্রতিটি নতুন রিলিজের সাথে আরও বিকল্প স্প্লাইসিং ইভেন্টের প্রতিনিধিত্ব করছে। অংশগ্রহণকারী গোষ্ঠীগুলির মধ্যে রয়েছেঃ ন্যাশনাল সেন্টার ফর বায়োটেকনোলজি ইনফরমেশন (এনসিবিআই) ইউরোপীয় বায়োইনফরম্যাটিক্স ইনস্টিটিউট (ইবিআই) ওয়েলকাম ট্রাস্ট স্যাঙ্গার ইনস্টিটিউট (ডাব্লুটিএসআই) হুগো জিন নামকরণ কমিটি (এইচজিএনসি) মাউস জিনোম ইনফরম্যাটিক্স (এমজিআই) ম্যানুয়াল টীকা প্রদান করেঃ ডাব্লুটিএসআই-তে এনসিবিআই হিউম্যান অ্যান্ড ভার্টেব্রেট অ্যানালাইসিস অ্যান্ড অ্যানোটেশন (হাভানা)-এ রেফারেন্স সিকোয়েন্স (রেফসেক) সিসিডিএস জিন সেট "কনসেনসাস"-কে প্রোটিন-কোডিং অঞ্চল হিসাবে সংজ্ঞায়িত করা হয়েছে যা স্টার্ট কোডন, স্টপ কোডন এবং স্প্লাইস জংশনে সম্মত হয় এবং যার জন্য ভবিষ্যদ্বাণী গুণমান পূরণ করে। (এনসিবিআই) এবং এনসেম্বল (যা ম্যানুয়াল হাভানা টীকাগুলি অন্তর্ভুক্ত করে) দ্বারা প্রদত্ত ম্যানুয়াল এবং স্বয়ংক্রিয় জিনোম টীকাগুলির সংমিশ্রণকে মিলযুক্ত জিনোমিক স্থানাঙ্কের সাথে টীকা সনাক্ত করার সাথে তুলনা করা হয়। গুণগত নিশ্চয়তা পরীক্ষা সি. ডি. এস-গুলির গুণগত মান নিশ্চিত করার জন্য একাধিক গুণগত নিশ্চয়তা (কিউ. এ) পরীক্ষা করা হয় (সারণি 1)। সমস্ত পরীক্ষা প্রতিটি সিসিডিএস নির্মাণের টীকা তুলনা ধাপ অনুসরণ করে সঞ্চালিত হয় এবং টীকা তুলনার আগে সঞ্চালিত পৃথক টীকা গোষ্ঠী কিউএ পরীক্ষা থেকে স্বাধীন। কিউএ পরীক্ষায় ব্যর্থ হওয়া টীকাগুলি ম্যানুয়াল চেকিংয়ের একটি রাউন্ডের মধ্য দিয়ে যায় যা ফলাফলের উন্নতি করতে পারে বা কিউএ ব্যর্থতার উপর ভিত্তি করে টীকাগুলি প্রত্যাখ্যান করার সিদ্ধান্তে পৌঁছতে পারে। পর্যালোচনা প্রক্রিয়া সিসিডিএস ডাটাবেস অনন্য যে পর্যালোচনা প্রক্রিয়াটি অবশ্যই একাধিক সহযোগীর দ্বারা পরিচালিত হতে হবে এবং কোনও পরিবর্তন করার আগে অবশ্যই চুক্তিতে পৌঁছাতে হবে। এটি একটি সহযোগী সমন্বয় ব্যবস্থার মাধ্যমে সম্ভব হয়েছে যার মধ্যে একটি কর্ম প্রক্রিয়া প্রবাহ এবং বিশ্লেষণ ও আলোচনার জন্য ফোরাম রয়েছে। সিসিডিএস ডাটাবেস একটি অভ্যন্তরীণ ওয়েবসাইট পরিচালনা করে যা কিউরেটর যোগাযোগ, সহযোগী ভোটদান, বিশেষ প্রতিবেদন প্রদান এবং সিসিডিএস প্রতিনিধিত্বের অবস্থা ট্র্যাকিং সহ একাধিক উদ্দেশ্যে কাজ করে। যখন কোনও সহযোগী সিসিডিএস গ্রুপের সদস্য একটি সিসিডিএস আইডি সনাক্ত করেন যার পর্যালোচনার প্রয়োজন হতে পারে, তখন চূড়ান্ত ফলাফল নির্ধারণের জন্য একটি ভোটদান প্রক্রিয়া নিযুক্ত করা হয়। ম্যানুয়াল কিউরেশন সমন্বিত ম্যানুয়াল কিউরেশন একটি সীমাবদ্ধ-অ্যাক্সেস ওয়েবসাইট এবং একটি আলোচনার ই-মেইল তালিকা দ্বারা সমর্থিত। উচ্চ ফ্রিকোয়েন্সিতে পর্যবেক্ষণ করা নির্দিষ্ট দ্বন্দ্বগুলি সমাধানের জন্য সিসিডিএস কিউরেশন নির্দেশিকা প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল। সিসিডিএস কিউরেশন নির্দেশিকা প্রতিষ্ঠা পরস্পরবিরোধী ভোটের সংখ্যা এবং একটি ঐকমত্যের চুক্তিতে পৌঁছানোর জন্য আলোচনায় ব্যয় করা সময় হ্রাস করে সিসিডিএস কিউরেশন প্রক্রিয়াটিকে আরও দক্ষ করে তুলতে সহায়তা করেছে। সিসিডিএস কিউরেশন নির্দেশিকাগুলির একটি লিঙ্ক এখানে পাওয়া যাবে। সিসিডিএস ডেটা সেটের জন্য প্রতিষ্ঠিত কিউরেশন নীতিগুলি রেফসেক এবং হাভানা টীকা নির্দেশিকাগুলির সাথে একীভূত করা হয়েছে এবং এইভাবে, উভয় গোষ্ঠীর দ্বারা প্রদত্ত নতুন টীকা সামঞ্জস্যপূর্ণ হওয়ার সম্ভাবনা বেশি এবং ফলস্বরূপ একটি সিসিডিএস আইডি যুক্ত হতে পারে। এই মানগুলি নির্দিষ্ট সমস্যার ক্ষেত্রগুলিকে সম্বোধন করে, টীকা নির্দেশিকাগুলির একটি বিস্তৃত সেট নয় এবং কোনও সহযোগী গোষ্ঠীর টীকা নীতিগুলিকে সীমাবদ্ধ করে না। উদাহরণগুলির মধ্যে রয়েছে, ইনিশিয়েশন কোডন নির্বাচনের জন্য প্রমিত কিউরেশন নির্দেশিকা এবং আপস্ট্রিম ওআরএফ এবং প্রতিলিপিগুলির ব্যাখ্যা যা অর্থহীন-মধ্যস্থ ক্ষয়ের প্রার্থী বলে পূর্বাভাস দেওয়া হয়। কিউরেশন ক্রমাগত ঘটে এবং যে কোনও সহযোগী কেন্দ্র একটি সিসিডিএস আইডিকে সম্ভাব্য আপডেট বা প্রত্যাহার হিসাবে চিহ্নিত করতে পারে। বৈজ্ঞানিক বিশেষজ্ঞ বা হুগো জিন নামকরণ কমিটি (এইচ. জি. এন. সি) এবং মাউস জিনোম ইনফরম্যাটিক্স (এম. জি. আই)-এর মতো অন্যান্য টীকা প্রস্তুতকারী গোষ্ঠীর সাথে পরামর্শ করে দ্বন্দ্বমূলক মতামতের সমাধান করা হয়। যদি কোনও দ্বন্দ্ব সমাধান করা না যায়, তবে সহযোগীরা আরও তথ্য উপলব্ধ না হওয়া পর্যন্ত সিসিডিএস আইডি প্রত্যাহার করতে সম্মত হন। কিউরেশন চ্যালেঞ্জ এবং টীকা নির্দেশিকা ননসেন্স-মিডিয়েটেড ডিকে (এন. এম. ডি): এন. এম. ডি হল সবচেয়ে শক্তিশালী এম. আর. এন. এ নজরদারি প্রক্রিয়া। এন. এম. ডি প্রোটিনে রূপান্তরিত হওয়ার আগে ত্রুটিযুক্ত এম. আর. এন. এ নির্মূল করে। এটি গুরুত্বপূর্ণ কারণ ত্রুটিপূর্ণ এমআরএনএ অনুবাদ করা হলে, কাটা প্রোটিন রোগের কারণ হতে পারে। এন. এম. ডি-কে ব্যাখ্যা করার জন্য বিভিন্ন পদ্ধতির প্রস্তাব দেওয়া হয়েছে; যার মধ্যে একটি হল এক্সন জংশন কমপ্লেক্স (ই. জে. সি) মডেল। এই মডেলে, যদি স্টপ কোডনটি শেষ এক্সন-এক্সন জংশনের উপরের দিকে> 50 nt হয়, তবে প্রতিলিপিটি একটি NMD প্রার্থী বলে ধরে নেওয়া হয়। সি. সি. ডি. এস-এর সহযোগীরা ই. জে. সি মডেলের উপর ভিত্তি করে এম. আর. এন. এ প্রতিলিপিগুলি পরীক্ষা করার জন্য একটি রক্ষণশীল পদ্ধতি ব্যবহার করে। এন. এম. ডি প্রার্থী হিসাবে নির্ধারিত যে কোনও প্রতিলিপি নিম্নলিখিত পরিস্থিতি ব্যতীত সি. সি. ডি. এস ডেটা সেট থেকে বাদ দেওয়া হয়ঃ একটি নির্দিষ্ট স্থানে সমস্ত প্রতিলিপি এন. এম. ডি প্রার্থী হিসাবে মূল্যায়ন করা হয় তবে লোকাসটি আগে প্রোটিন কোডিং অঞ্চল হিসাবে পরিচিত ছিল; পরীক্ষামূলক প্রমাণ রয়েছে যে এন. এম. ডি প্রার্থী প্রতিলিপি থেকে একটি কার্যকরী প্রোটিন তৈরি করা হয়। পূর্বে, এন. এম. ডি প্রার্থী প্রতিলিপিগুলি রেফসেক এবং হাভানা উভয়ের দ্বারা প্রোটিন কোডিং প্রতিলিপি হিসাবে বিবেচিত হত এবং এর ফলে, এই এন. এম. ডি প্রার্থী প্রতিলিপিগুলি সিসিডিএস ডেটা সেটে প্রতিনিধিত্ব করা হত। রেফসেক গ্রুপ এবং হাভানা প্রকল্প পরবর্তীকালে তাদের টীকা নীতি সংশোধন করেছে। একাধিক ইন-ফ্রেম অনুবাদ শুরু সাইটঃ একাধিক কারণ অনুবাদের সূচনায় অবদান রাখে, যেমন আপস্ট্রিম ওপেন রিডিং ফ্রেম (ইউওআরএফ), গৌণ কাঠামো এবং অনুবাদ সূচনা সাইটের চারপাশে ক্রম প্রসঙ্গ। কোজাক সর্বসম্মত ক্রমের মধ্যে একটি সাধারণ সূচনা স্থান সংজ্ঞায়িত করা হয়েছেঃ (জিসিসি) মেরুদণ্ডী প্রাণীদের মধ্যে জিসিসিএসিসিএইউজিজি। বন্ধনীগুলির ক্রম (জিসিসি) হল অজানা জৈবিক প্রভাব সহ মোটিফ। কোজাক সর্বসম্মত ক্রমের মধ্যে বৈচিত্র্য রয়েছে, যেমন জি বা এ এ. ইউ. জি-র উজানে (অবস্থান-3) তিনটি নিউক্লিওটাইড পর্যবেক্ষণ করা হয়। কোজাক অনুক্রমের অবস্থান-3 এবং + 4 এর মধ্যে ভিত্তিগুলি অনুবাদমূলক দক্ষতার উপর সবচেয়ে উল্লেখযোগ্য প্রভাব ফেলে। অতএব, একটি ক্রম (এ/জি) এন. এন. এ. ইউ. জি. জি-কে সিসিডিএস প্রকল্পে একটি শক্তিশালী কোজাক সংকেত হিসাবে সংজ্ঞায়িত করা হয়। স্ক্যানিং প্রক্রিয়া অনুসারে, ছোট রাইবোসোমাল সাবইউনিট প্রথম পৌঁছনো স্টার্ট কোডন থেকে অনুবাদ শুরু করতে পারে। স্ক্যানিং মডেলের ব্যতিক্রম রয়েছেঃ যখন দীক্ষা সাইটটি একটি শক্তিশালী কোজাক সংকেত দ্বারা বেষ্টিত থাকে না, যার ফলে ফুটো স্ক্যানিং হয়। এর ফলে, রাইবোজোম এই এ. ইউ. জি এড়িয়ে যায় এবং একটি ডাউনস্ট্রিম স্টার্ট সাইট থেকে অনুবাদ শুরু করে; যখন একটি ছোট ও. আর. এফ রাইবোজোমকে একটি ডাউনস্ট্রিম ও. আর. এফ-এ অনুবাদ পুনরায় শুরু করার অনুমতি দিতে পারে। সিসিডিএস টীকা নির্দেশিকা অনুসারে, অনুবাদ শুরু করার জন্য একটি অভ্যন্তরীণ সূচনা সাইট ব্যবহার করা হয় এমন পরীক্ষামূলক প্রমাণ ব্যতীত দীর্ঘতম ওআরএফ অবশ্যই টীকা করা উচিত। উপরন্তু, অন্যান্য ধরনের নতুন তথ্য, যেমন রাইবোজোম প্রোফাইলিং ডেটা, স্টার্ট কোডনগুলি সনাক্ত করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। সিসিডিএস ডেটা সেট সিসিডিএস আইডি প্রতি একটি অনুবাদ সূচনা সাইট রেকর্ড করে। যে কোনও বিকল্প সূচনা সাইট অনুবাদের জন্য ব্যবহার করা যেতে পারে এবং একটি সিসিডিএস পাবলিক নোটে উল্লেখ করা হবে। আপস্ট্রিম ওপেন রিডিং ফ্রেমঃ ট্রান্সক্রিপ্ট লিডারের মধ্যে অবস্থিত এ. ইউ. জি ইনিশিয়েশন কোডনগুলি আপস্ট্রিম এ. ইউ. জি (ইউ. এ. ইউ. জি) নামে পরিচিত। কখনও কখনও, ইউ. এ. ইউ. জিগুলি ইউ. ও. আর. এফ-এর সঙ্গে যুক্ত থাকে। ইউওআরএফগুলি প্রায় 50 শতাংশ মানব এবং মাউস প্রতিলিপিতে পাওয়া যায়। ইউওআরএফ-এর অস্তিত্ব সিসিডিএস ডেটা সেটের জন্য আরেকটি চ্যালেঞ্জ। অনুবাদের সূচনার জন্য স্ক্যানিং প্রক্রিয়াটি পরামর্শ দেয় যে ছোট রাইবোসোমাল সাবইউনিটগুলি (40এস) একটি নবজাতক এমআরএনএ প্রতিলিপির 5 'প্রান্তে আবদ্ধ হয় এবং প্রথম এইউজি স্টার্ট কোডনের জন্য স্ক্যান করে। এটা সম্ভব যে একটি ইউ. এ. ইউ. জি প্রথমে স্বীকৃত হয়, এবং সংশ্লিষ্ট ইউ. ও. আর. এফ তারপর অনুবাদ করা হয়। অনুবাদিত ইউওআরএফ একটি এন. এম. ডি প্রার্থী হতে পারে, যদিও গবেষণায় দেখা গেছে যে কিছু ইউওআরএফ এন. এম. ডি এড়াতে পারে। ইউ. ও. আর. এফ-এর গড় আকারের সীমা যা এন. এম. ডি থেকে রক্ষা পাবে তা হল প্রায় 35টি অ্যামিনো অ্যাসিড। এটিও পরামর্শ দেওয়া হয়েছে যে ইউওআরএফগুলি একটি রাইবোজোম দীক্ষা জটিলকে আটকে রেখে এবং প্রোটিন-কোডিং অঞ্চলে পৌঁছানোর আগে রাইবোজোমকে এমআরএনএ প্রতিলিপি থেকে বিচ্ছিন্ন করে ডাউনস্ট্রিম জিনের অনুবাদকে বাধা দেয়। বর্তমানে, কোনও গবেষণায় অনুবাদমূলক নিয়ন্ত্রণের উপর ইউ. ও. আর. এফ-এর বিশ্বব্যাপী প্রভাবের খবর পাওয়া যায়নি। বর্তমান সিসিডিএস টীকা নির্দেশিকাগুলি ইউওআরএফ ধারণকারী এমআরএনএ প্রতিলিপিগুলিকে অন্তর্ভুক্ত করার অনুমতি দেয় যদি তারা নিম্নলিখিত দুটি জৈবিক প্রয়োজনীয়তা পূরণ করেঃ এমআরএনএ প্রতিলিপিটির একটি শক্তিশালী কোজাক সংকেত থাকে; এমআরএনএ প্রতিলিপি হয় 35 অ্যামিনো অ্যাসিড বা প্রাথমিক উন্মুক্ত পঠন কাঠামোর সাথে ওভারল্যাপ করে। পাঠ-মাধ্যমে প্রতিলিপিঃ পাঠ-মাধ্যমে প্রতিলিপিগুলি সংযুক্ত জিন বা সহ-প্রতিলিপি জিন হিসাবেও পরিচিত। রিড-থ্রু ট্রান্সক্রিপ্টগুলি দুটি বা ততোধিক স্বতন্ত্র পরিচিত (অংশীদার) জিনের প্রতিটি থেকে কমপক্ষে একটি এক্সনের অংশের সংমিশ্রণ হিসাবে সংজ্ঞায়িত করা হয় যা একই দিকে একই ক্রোমোসোমে থাকে। রিড-থ্রু প্রতিলিপি এবং তাদের সংশ্লিষ্ট প্রোটিন অণুগুলির জৈবিক কার্যকারিতা অজানা রয়ে গেছে। যাইহোক, সিসিডিএস ডেটা সেটে একটি রিড-থ্রু জিনের সংজ্ঞা হল যে পৃথক অংশীদার জিনগুলি অবশ্যই স্বতন্ত্র হতে হবে, এবং রিড-থ্রু প্রতিলিপিগুলি অবশ্যই প্রতিটি স্বতন্ত্র সংক্ষিপ্ত লোকির সাথে 1 এক্সোন (বা একটি ভাগ করা টার্মিনাল এক্সনের ক্ষেত্রে ব্যতীত 2 স্প্লাইস সাইট) ভাগ করতে হবে। নিম্নলিখিত পরিস্থিতিতে প্রতিলিপিগুলি পাঠ-মাধ্যমে প্রতিলিপি হিসাবে বিবেচিত হয় নাঃ যখন প্রতিলিপিগুলি ওভারল্যাপিং জিন থেকে উত্পাদিত হয় তবে একই স্প্লাইস সাইটগুলি ভাগ করে না; যখন প্রতিলিপিগুলি এমন জিন থেকে অনুবাদ করা হয় যার একে অপরের আপেক্ষিক নেস্টেড কাঠামো রয়েছে। এই ক্ষেত্রে, সি. সি. ডি. এস-এর সহযোগীরা এবং এইচ. জি. এন. সি একমত হয়েছেন যে পাঠ-মাধ্যমে প্রতিলিপিটি একটি পৃথক লোকাস হিসাবে উপস্থাপন করা হবে। রেফারেন্স জিনোম সিকোয়েন্সের গুণগত মানঃ যেহেতু সিসিডিএস ডেটা সেটটি মানুষ এবং ইঁদুরের জিনোমিক টীকাগুলির প্রতিনিধিত্ব করার জন্য তৈরি করা হয়েছে, তাই মানুষ এবং ইঁদুরের রেফারেন্স জিনোম সিকোয়েন্সের গুণগত সমস্যাগুলি আরেকটি চ্যালেঞ্জ হয়ে ওঠে। রেফারেন্স জিনোমটি ভুলভাবে একত্রিত করা হলে গুণগত সমস্যা দেখা দেয়। এর ফলে ভুলভাবে একত্রিত জিনোমে অকাল স্টপ কোডন, ফ্রেম-শিফট ইনডেল বা সম্ভবত পলিমরফিক সিউডোজেন থাকতে পারে। একবার এই গুণগত সমস্যাগুলি চিহ্নিত হয়ে গেলে, সিসিডিএস সহযোগীরা জিনোম রেফারেন্স কনসোর্টিয়ামে সমস্যাগুলি রিপোর্ট করে, যা তদন্ত করে এবং প্রয়োজনীয় সংশোধন করে। সিসিডিএস ডেটা অ্যাক্সেস সিসিডিএস প্রকল্পটি এনসিবিআই সিসিডিএস ডেটা সেট পৃষ্ঠা (এখানে) থেকে পাওয়া যায়, যা সিসিডিএস ক্রম এবং অবস্থান সম্পর্কে তথ্য অর্জনের জন্য এফটিপি ডাউনলোড লিঙ্ক এবং একটি ক্যোয়ারি ইন্টারফেস সরবরাহ করে। সিসিডিএস ডেটা সেট পৃষ্ঠার শীর্ষে অবস্থিত ক্যোয়ারি ইন্টারফেস ব্যবহার করে সিসিডিএস রিপোর্ট পাওয়া যেতে পারে। ব্যবহারকারীরা নির্দিষ্ট সিসিডিএস তথ্য অনুসন্ধানের জন্য সিসিডিএস আইডি, জিন আইডি, জিন প্রতীক, নিউক্লিওটাইড আইডি এবং প্রোটিন আইডির মতো বিভিন্ন ধরনের শনাক্তকারী নির্বাচন করতে পারেন। সিসিডিএস রিপোর্টগুলি (চিত্র 1) একটি টেবিল ফরম্যাটে উপস্থাপন করা হয়, যা নির্দিষ্ট সংস্থানগুলির লিঙ্ক সরবরাহ করে, যেমন একটি ইতিহাস প্রতিবেদন, এন্ট্রেজ জিন বা সিসিডিএস ডেটা সেট পুনরায় জিজ্ঞাসা করা। সিকোয়েন্স আইডেন্টিফায়ার টেবিল ভিইজিএ, এনসেম্বল এবং ব্লিঙ্কে প্রতিলিপি তথ্য উপস্থাপন করে। ক্রোমোজোমের অবস্থান সারণিতে নির্দিষ্ট কোডিং ক্রমের প্রতিটি পৃথক এক্সনের জন্য জিনোমিক স্থানাঙ্ক অন্তর্ভুক্ত থাকে। এই টেবিলটি বিভিন্ন জিনোম ব্রাউজারের লিঙ্কও সরবরাহ করে, যা আপনাকে কোডিং অঞ্চলের কাঠামো কল্পনা করতে দেয়। সুনির্দিষ্ট নিউক্লিওটাইড ক্রম এবং নির্দিষ্ট কোডিং ক্রমের প্রোটিন ক্রমও সিসিডিএস ক্রম তথ্য বিভাগে প্রদর্শিত হয়। বর্তমান প্রয়োগগুলি সিসিডিএস ডেটাসেট জেনকোড জিন অ্যানোটেশন প্রকল্পের একটি অবিচ্ছেদ্য অংশ এবং এটি ক্লিনিকাল স্টাডি, বড় আকারের এপিজেনোমিক স্টাডি, এক্সোম প্রকল্প এবং এক্সন অ্যারে ডিজাইন সহ বিভিন্ন গবেষণা ক্ষেত্রে উচ্চমানের কোডিং এক্সন সংজ্ঞার জন্য একটি মান হিসাবে ব্যবহৃত হয়। স্বাধীন টীকা গোষ্ঠীগুলির দ্বারা সিসিডিএস এক্সনের সর্বসম্মত টীকা দেওয়ার কারণে, বিশেষত এক্সোম প্রকল্পগুলি সিসিডিএস কোডিং এক্সোনগুলিকে ডাউনস্ট্রিম গবেষণার জন্য নির্ভরযোগ্য লক্ষ্য হিসাবে বিবেচনা করেছে (যেমন, একক নিউক্লিওটাইড বৈকল্পিক সনাক্তকরণের জন্য), এবং এই এক্সোনগুলি বাণিজ্যিকভাবে উপলব্ধ এক্সোম কিটগুলিতে কোডিং অঞ্চল লক্ষ্য হিসাবে ব্যবহৃত হয়েছে। সিসিডিএস প্রকাশের ইতিহাস সিসিডিএস ডেটা সেটের আকার গণনামূলক জিনোম অ্যানোটেশন আপডেট, যা আন্তর্জাতিক নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্স ডাটাবেস সহযোগিতায় (আইএনএসডিসি) জমা দেওয়া নতুন ডেটা সেটগুলিকে সংহত করে এবং চলমান কিউরেশন ক্রিয়াকলাপ যা সেই অ্যানোটেশনের পরিপূরক বা উন্নতি করে, উভয়ের সাথেই বৃদ্ধি অব্যাহত রয়েছে। টেবিল 2 প্রতিটি সিসিডিএস নির্মাণের মূল পরিসংখ্যানগুলির সংক্ষিপ্তসার দেয় যেখানে পাবলিক সিসিডিএস আইডিগুলি সেই সমস্ত যা পর্যালোচনার অধীনে ছিল না বা বর্তমান প্রকাশের তারিখের সময় একটি আপডেট বা প্রত্যাহারের জন্য মুলতুবি ছিল। প্রকাশের পরিসংখ্যানের সম্পূর্ণ সেটটি তাদের প্রকাশ এবং পরিসংখ্যান পৃষ্ঠায় অফিসিয়াল সিসিডিএস ওয়েবসাইটে পাওয়া যাবে। ভবিষ্যতের সম্ভাবনার দীর্ঘমেয়াদী লক্ষ্যগুলির মধ্যে রয়েছে এমন বৈশিষ্ট্যগুলির সংযোজন যা নির্দেশ করে যে কোথায় প্রতিলিপি টীকাও অভিন্ন (ইউটিআর সহ) এবং একই সিসিডিএস আইডি রয়েছে এমন বিভিন্ন ইউটিআরগুলির সাথে স্প্লাইস রূপগুলি নির্দেশ করে। এটিও অনুমান করা হয় যে অন্যান্য জীবের জন্য আরও সম্পূর্ণ এবং উচ্চমানের জিনোম সিকোয়েন্স ডেটা উপলব্ধ হওয়ার সাথে সাথে এই জীবগুলির টীকা সিসিডিএস উপস্থাপনের সুযোগ হতে পারে। সিসিডিএস সেটটি আরও সম্পূর্ণ হয়ে উঠবে কারণ স্বাধীন কিউরেশন গ্রুপগুলি প্রাথমিকভাবে ভিন্ন ক্ষেত্রে একমত হয়, কারণ দুর্বলভাবে সমর্থিত জিনের অতিরিক্ত পরীক্ষামূলক বৈধতা ঘটে এবং স্বয়ংক্রিয় টীকা পদ্ধতির উন্নতি অব্যাহত থাকে। সি. সি. ডি. এস-এর সহযোগী গোষ্ঠীগুলির মধ্যে যোগাযোগ চলছে এবং এটি পার্থক্যগুলি সমাধান করবে এবং সি. সি. ডি. এস আপডেট চক্রের মধ্যে সংশোধনগুলি চিহ্নিত করবে। মানুষের আপডেটগুলি প্রায় প্রতি 6 মাস অন্তর ঘটবে এবং প্রতি বছর মাউস মুক্তি পাবে বলে আশা করা হচ্ছে। আরও দেখুন জেনকোড হিউম্যান জিনোম মাউস জিনোম ইনফরম্যাটিক্স রেফসেক এনসেম্বল রেফারেন্স এক্সটার্নাল লিঙ্ক সিসিডিএস হোম পেজ বায়োলজিকাল ডেটাবেস জেনেটিক ইঞ্জিনিয়ারিং ইন দ্য ইউনাইটেড কিংডম জেনেটিক্স ডেটাবেস সায়েন্স অ্যান্ড টেকনোলজি ইন কেমব্রিজশায়ার সাউথ কেমব্রিজশায়ার ডিস্ট্রিক্ট ওয়েলকাম ট্রাস্ট