BRENDA tissue ontology
ব্রেন্ডা টিস্যু অন্টোলজি (বি. টি. ও) একটি বিস্তৃত কাঠামোগত বিশ্বকোষের প্রতিনিধিত্ব করে। এটি উৎসেচক উৎস হিসাবে সমস্ত শ্রেণীবিন্যাসগত গোষ্ঠী (প্রাণী, উদ্ভিদ, ছত্রাক, প্রোটোজুন) থেকে টিস্যু, অঙ্গ, শারীরবৃত্তীয় কাঠামো, উদ্ভিদের অংশ, কোষ সংস্কৃতি, কোষের প্রকার এবং জীবের কোষের লাইনের শর্তাবলী, শ্রেণিবিন্যাস এবং সংজ্ঞা প্রদান করে। তথ্যটি বি. আর. ই. এন. ডি. এ ("ব্রনশউইগ এনজাইম ডাটাবেজ") উৎসেচক তথ্য ব্যবস্থার কার্যকরী তথ্যের সঙ্গে যুক্ত। বি. টি. ও হল জীবন বিজ্ঞানের প্রথম টিস্যু-নির্দিষ্ট সত্ত্ববিজ্ঞানগুলির মধ্যে একটি, যা কোনও নির্দিষ্ট জীব বা কোনও নির্দিষ্ট জীব গোষ্ঠীর মধ্যে সীমাবদ্ধ নয়, যা টিস্যু এবং কোষ-ধরনের তথ্যের বিস্তৃত পরিসরে ব্যবহারকারী-বান্ধব প্রবেশাধিকার প্রদান করে। অ্যান্টোলজি লুকআপ সার্ভিস বা এস. ই. এস, যেমন এম. আই. আর. আই. এ. এম রেজিস্ট্রি বা ই. বি. আই-ই. এম. বি. এল, টিস্যু ডিস্ট্রিবিউশন ডিবি, হাইডেলবার্গের জার্মান ক্যান্সার রিসার্চ সেন্টারের টিস্যু সিনোম লাইব্রেরি (ডি. কে. এফ. জেড) বা মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের স্ট্যানফোর্ডের ন্যাশনাল সেন্টার ফর বায়োমেডিকাল অ্যান্টোলজির বায়োপোর্টাল প্ল্যাটফর্ম, বি. টি. ও-র উপর নির্ভর করে এবং বিশ্বকোষকে তাদের নিজ নিজ প্ল্যাটফর্মে তথ্যের একটি প্রয়োজনীয় ভাণ্ডার হিসাবে প্রয়োগ করে। বি. টি. ও চিকিৎসা গবেষণা এবং ফার্মাসিউটিক্যাল বিজ্ঞানের ব্যবহারকারীদের টিস্যুতে রোগ-সম্পর্কিত এনজাইমগুলির ঘটনা এবং হিস্টোলজিকাল সনাক্তকরণ অনুসন্ধান করতে সক্ষম করে, যা রোগ নির্ণয়, থেরাপি এবং ওষুধের বিকাশে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে। বায়োকেমিস্ট্রি এবং বায়োটেকনোলজিতে এনজাইম কার্যকরী তথ্যের সাথে যুক্ত জীব-নির্দিষ্ট টিস্যু শব্দগুলি জীবন বিজ্ঞানে বিপাক এবং নিয়ন্ত্রণ বোঝার জন্য একটি গুরুত্বপূর্ণ সম্পদ। অন্টোলজিগুলি শ্রেণীবিভাগ ব্যবস্থার প্রতিনিধিত্ব করে যা নিয়ন্ত্রিত এবং কাঠামোগত শব্দভাণ্ডার সরবরাহ করে। এগুলি বিবর্তনীয় পারস্পরিক সম্পর্ককে ব্যাখ্যা এবং সংযুক্ত করার জন্য গুরুত্বপূর্ণ সরঞ্জাম। বি. টি. ও-র বিকাশ 2003 সালে শুরু হয়েছিল, যার লক্ষ্য ছিল বি. আর. ই. এন. ডি. এ-র জৈব রাসায়নিক এবং আণবিক জৈবিক উৎসেচকের তথ্যকে টিস্যু-নির্দিষ্ট পদগুলির একটি শ্রেণিবদ্ধ এবং মানসম্মত সংগ্রহের সাথে সংযুক্ত করা। বি. আর. ই. এন. ডি. এ-তে কার্যকরী উৎসেচকের তথ্য এবং তথ্য জৈবরসায়ন, জীববিজ্ঞান এবং রসায়নের বিশেষজ্ঞদের দ্বারা ম্যানুয়ালি টীকা এবং গঠন করা হয়েছে। অক্টোবর 2022 পর্যন্ত, বি. টি. ও-তে 6,527টিরও বেশি শব্দ ছিল, যা 6,065টি প্রতিশব্দ এবং 5,474টি সংজ্ঞার সঙ্গে যুক্ত ছিল। এই পদগুলি জিন অন্টোলজি কনসোর্টিয়াম (জিও,)-এর সাধারণ বিভাগ, নিয়ম এবং বিন্যাসের অধীনে শ্রেণীবদ্ধ করা হয়েছে, যা ওপেন-সোর্স ওবিও-সম্পাদনা ব্যবহার করে তৈরি একটি নির্দেশিত অ্যাসাইক্লিক গ্রাফ (ডিএজি) হিসাবে সংগঠিত। প্রতিটি স্তরের সমস্ত পদগুলি সরাসরি ব্রেন্ডায় এনজাইমের তথ্যের সাথে সংযুক্ত। একটি টিস্যু-নির্দিষ্ট পদ্ধতিতে প্রকাশিত বিভিন্ন এনজাইমের মধ্যে পার্থক্য করার জন্য বি. টি. ও একটি উপযুক্ত সরঞ্জাম। বিষয়বস্তু এবং বৈশিষ্ট্যগুলি বি. টি. ও ব্রেন্ডা এনজাইম তথ্য ব্যবস্থার বিস্তৃত এনজাইম নির্দিষ্ট তথ্যের উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করে। বর্তমানে (অক্টোবর 2019) 11,000-এরও বেশি প্রোটিন থেকে 1,12,200 এনজাইম-জীব-টিস্যু নির্দিষ্ট তথ্য ব্রেন্ডায় সংরক্ষণ করা হয়েছে। এই এন্ট্রিগুলি 150,000-এরও বেশি বিভিন্ন সাহিত্যের রেফারেন্স থেকে ম্যানুয়ালি টীকা করা হয়েছিল। বি. টি. ও-র সমস্ত পদগুলি ও. বি. ও-বিন্যাস অনুযায়ী মূল্যায়ন ও শ্রেণীবদ্ধ করা হয় এবং নির্দিষ্ট সম্পর্ক দ্বারা সংযুক্ত থাকে। প্রতিটি শব্দ সত্ত্ববিজ্ঞানের মধ্যে একটি স্বতন্ত্র প্রবেশ এবং স্বয়ংক্রিয়ভাবে একটি অনন্য বি. টি. ও-শনাক্তকারীকে (বি. টি. ও-আই. ডি) বরাদ্দ করা হয়। আরও বাহ্যিক জৈব রাসায়নিক ডেটাবেসে ক্রস-রেফারেন্স তৈরি করার জন্য বি. টি. ও-আই. ডিগুলি স্থিতিশীল সংযোজন সংখ্যা হিসাবে কাজ করে। আরও টিস্যু এবং বাহ্যিক ডাটাবেস থেকে সেল-টাইপ নির্দিষ্ট পদ (অর্থাৎ। ইউনিপ্রোট) বি. টি. ও-তে একীভূত করা হয়েছে। শব্দগুলি 4 টি প্রধান বিভাগে (উপগ্রাফ) শ্রেণীবদ্ধ করা হয়েছেঃ প্রাণী উদ্ভিদ ছত্রাক অন্যান্য উৎস আরও স্তরগুলি প্রধান বিভাগগুলির (= নোড) নীচে সংজ্ঞায়িত করা হয়েছে, "প্যারেন্ট", "চাইল্ড" এবং "নাতিকে" শ্রেণীবদ্ধ করে যা নির্দিষ্ট সম্পর্কের (= প্রান্ত) মাধ্যমে সংযুক্ত রয়েছে। কঙ্কালের পেশী তন্তু হল একটি পেশী তন্তু) এর অংশ (যেমন। পেশীর পেশী তন্তু অংশ) বিকশিত/উদ্ভূত হয় (e.g.myoma কোষ পেশী তন্তু থেকে বিকশিত/উদ্ভূত হয়) সম্পর্কিত (অন্যান্য পদগুলির দ্বারা আচ্ছাদিত নয় এমন পদগুলির মধ্যে আরও সাধারণ সম্পর্কের বিবরণ) বেশিরভাগ শব্দগুলি স্পষ্টভাবে নির্দিষ্ট জীব, অঙ্গ, টিস্যু বা কোষের ধরণের সাথে যুক্ত। উদ্ভিদ এবং প্রাণী উভয়ের মধ্যে টিস্যুগুলির জন্য বেশ কয়েকটি অভিন্ন পদবি রয়েছে, যেমন। "এপিডার্মিস"। এই টিস্যু পদগুলির মধ্যে পার্থক্য করতে এবং উদ্ভিদ টিস্যুগুলির জন্য তাদের সঠিকভাবে বি. টি. ও-তে শ্রেণীবদ্ধ করার জন্য উপসর্গ "উদ্ভিদ" শব্দটির আগে স্থাপন করা হয়, যেমন। "উদ্ভিদ এপিডার্মিস"। 80 শতাংশেরও বেশি টিস্যু শব্দের সংজ্ঞা রয়েছে যা অর্থ এবং প্রসঙ্গ বর্ণনা করে। এই সংজ্ঞাগুলি থেকে পাওয়া যায়। মেডিকেল অভিধান এবং সেল লাইন ডেটাবেস (ওয়েবস্টারের অভিধান, ডিএসএমজেড)। বি. টি. ও-তে এন্ট্রিগুলি বি. আর. ই. এন. ডি. এ-র প্রধান আপডেটের অংশ হিসাবে দ্বি-বার্ষিক আপডেট করা হয়। এটি ব্রেন্ডা ওয়েবসাইটের মাধ্যমে "অন্টোলজি এক্সপ্লোরার" বিভাগে পাওয়া যায়। উৎসেচকের উৎস পদগুলি বি. টি. ও অনুসন্ধান ফর্মের মাধ্যমে অনুসন্ধান করা যেতে পারে। ফলস্বরূপ, ব্যবহারকারী ইসি নম্বরগুলির একটি তালিকা পান যা সরাসরি ব্রেন্ডার এনজাইম তথ্যের সাথে সংযুক্ত থাকে। ব্রেন্ডা "সোর্স টিস্যু" অনুসন্ধান ফর্মের ("ক্লাসিক ভিউ") মাধ্যমেও অনুসন্ধান করা সম্ভব। ফলাফল পৃষ্ঠায় সমস্ত এনজাইম প্রদর্শিত হয় যা বি. টি. ও-র সাথে সরাসরি যুক্ত অনুসন্ধানকৃত টিস্যু পরিভাষায় বিচ্ছিন্ন বা সনাক্ত করা হয়। বি. টি. ও এবং ব্রেন্ডা একাডেমিক ব্যবহারকারীদের জন্য অবাধে অ্যাক্সেসযোগ্য। এটি বি. আর. ই. এন. ডি. এ ওয়েবসাইটের "অন্টোলজি এক্সপ্লোরার"-এর মাধ্যমে অথবা "ওবোফাউন্ড্রি" থেকে ও. বি. ও ফরম্যাটে বিনামূল্যে ডাউনলোড করা যেতে পারে। তথ্যসূত্র লিঙ্ক বি. টি. ও (বি. আর. ই. এন. ডি. এ টিস্যু অন্টোলজি) বি. আর. ই. এন. ডি. এ অন্টোলজি এক্সপ্লোরার বি. আর. ই. এন. ডি. এ-ওয়েবসাইট এক্সপ্লোরএনজ-এনজাইম নামকরণ ওবোফাউন্ড্রি জিন অন্টোলজি কনসোর্টিয়াম ই. বি. আই-ই. এম. বি. এল বায়োপোর্টাল ডেস ন্যাশনাল সেন্টার ফর বায়োমেডিকাল অন্টোলজি, স্ট্যানফোর্ড, ইউ. এস. এ বায়োলজিকাল ডেটাবেস অন্টোলজি (তথ্য বিজ্ঞান) সেল কালচার ডেভেলপমেন্টাল বায়োলজি বায়োকেমিস্ট্রি এনজাইম