Phylo (video game)
ফাইলো একাধিক ক্রম বিন্যাস অপ্টিমাইজেশন সম্পর্কে একটি পরীক্ষামূলক ভিডিও গেম। ম্যাকগিল সেন্টার ফর বায়োইনফরম্যাটিক্স দ্বারা বিকশিত, এটি মূলত 2010 সালের নভেম্বরে একটি বিনামূল্যে ফ্ল্যাশ গেম হিসাবে প্রকাশিত হয়েছিল। একটি উদ্দেশ্য সহ একটি খেলা হিসাবে ডিজাইন করা, খেলোয়াড়রা প্যাটার্ন-ম্যাচিং পাজলগুলি সমাধান করে যা একটি কম্পিউটার অ্যালগরিদমের উপর সারিবদ্ধকরণকে অনুকূল করতে বিভিন্ন ফাইলোজেনেটিক ট্যাক্সার নিউক্লিওটাইড ক্রমের প্রতিনিধিত্ব করে। বিভিন্ন রঙের ব্লক হিসাবে উপস্থাপিত প্রতিটি নিউক্লিওটাইড ক্রমকে একত্রে সারিবদ্ধ করে, খেলোয়াড়রা যতটা সম্ভব রঙের মিল রেখে এবং ফাঁকগুলি হ্রাস করে প্রতিটি অনুক্রমের জন্য সর্বোচ্চ পয়েন্ট মান স্কোর তৈরি করার চেষ্টা করে। ফাইলো দ্বারা উত্পন্ন নিউক্লিওটাইড ক্রমগুলি ইউ. সি. এস. সি জিনোম ব্রাউজার থেকে প্রকৃত ক্রম তথ্য থেকে প্রাপ্ত হয়। উচ্চ-স্কোরিং খেলোয়াড়ের সারিবদ্ধকরণগুলি তথ্য হিসাবে সংগ্রহ করা হয় এবং একটি শক্তিশালী স্কোরিং অ্যালগরিদমের সাথে আরও মূল্যায়ন করার জন্য ম্যাকগিল সেন্টার ফর বায়োইনফরম্যাটিক্সে ফেরত পাঠানো হয়। বর্তমান কম্পিউটার-জেনারেটেড স্কোরের চেয়ে বেশি স্কোর করা খেলোয়াড়দের সারিবদ্ধকরণগুলি একটি অপ্টিমাইজেশন হিসাবে বিশ্বব্যাপী সারিবদ্ধকরণে পুনরায় চালু করা হবে। পটভূমি ফাইলোজেনেটিক্সে একাধিক ক্রম বিন্যাসের লক্ষ্য হল সাম্প্রতিকতম সাধারণ পূর্বপুরুষের সাথে শিশু প্রজাতির ক্রমের তুলনা করে প্রতিটি প্রজাতির সম্ভাব্য নিউক্লিওটাইড ক্রম নির্ধারণ করা। এই ধরনের সর্বোত্তম একাধিক ক্রম বিন্যাস তৈরি করা সাধারণত একটি গতিশীল প্রোগ্রামিং অ্যালগরিদমের মাধ্যমে নির্ধারিত হয় যা প্রয়োজনীয় মিউটেশনের সংখ্যা কমিয়ে সবচেয়ে সম্ভাব্য বিবর্তনীয় ফলাফল খুঁজে পায়। এই অ্যালগরিদমগুলি প্রতিটি প্রজাতির জন্য একটি ক্রমে প্রতিটি নিউক্লিওটাইডের জন্য ফাইলোজেনেটিক গাছ তৈরি করে এবং শিশু প্রজাতির গাছের তুলনা করে একটি সাধারণ পূর্বপুরুষের জন্য জিনগত ক্রম নির্ধারণ করে। অ্যালগরিদমগুলি তখন সম্পূর্ণ ফাইলোজেনেটিক ট্রি স্কোর করে এবং বাছাই করে, এবং সর্বাধিক পার্সিমনি স্কোরের সাথে সারিবদ্ধকরণটি সর্বোত্তম হিসাবে নির্ধারিত হয়, এবং এইভাবে বিবর্তনীয়ভাবে সম্ভবত, একাধিক ক্রম সারিবদ্ধকরণ। যাইহোক, বিপুল সংখ্যক ক্রমের জন্য এই ধরনের সর্বোত্তম সারিবদ্ধকরণ খুঁজে পাওয়া একটি এনপি-সম্পূর্ণ সমস্যা হিসাবে নির্ধারিত হয়েছে। ফাইলো পরিবর্তে একাধিক ক্রম সারিবদ্ধকরণ সমস্যা সমাধানের জন্য একটি ইন্টারেক্টিভ জেনেটিক অ্যালগরিদম তৈরি করতে মানব-ভিত্তিক গণনা ব্যবহার করে। পূর্বপুরুষের ক্রম এবং পার্সিমনি স্কোরিং এখনও ফিচ-মার্গোলিয়াশ পদ্ধতির একটি বৈচিত্র্য ব্যবহার করে গণনা করা হয়, তবে ফাইলো ইউসিএসসি জিনোম ব্রাউজার থেকে প্রাপ্ত জেনেটিক ক্রমকে একটি প্যাটার্ন-ম্যাচিং গেমে বিমূর্ত করে, যা মানব খেলোয়াড়দের সমস্ত সম্ভাব্য গাছকে অ্যালগরিদমিকভাবে বিবেচনা করার পরিবর্তে সর্বাধিক সম্ভাব্য সারিবদ্ধকরণের পরামর্শ দেওয়ার অনুমতি দেয়। গেমপ্লে ফাইলোর প্রতিটি ধাঁধা সারিবদ্ধ করার জন্য মোট ক্রমের টুকরোগুলির সংখ্যা এবং মানুষের মধ্যে সেই টুকরোটির সাথে যুক্ত একটি রোগের উপর ভিত্তি করে শ্রেণীবদ্ধ করা হয়। একবার একটি ধাঁধা বেছে নেওয়ার পরে, প্রতিটি প্রজাতির জন্য কয়েকটি জেনেটিক সিকোয়েন্স টুকরো সারিবদ্ধ করা হয়, রঙিন ব্লক হিসাবে প্রতিনিধিত্ব করা হয়, প্রতিটি গ্রিডের একক সারিতে স্থাপন করা হয়। একটি জেনেটিক সিকোয়েন্স খণ্ডের প্রতিটি নিউক্লিওটাইড গ্রিড বরাবর চলাচল করতে পারে। খেলোয়াড়রা তখন তাদের মধ্যে প্রতিটি কলামে সর্বাধিক সংখ্যক রঙিন ম্যাচ তৈরি করার জন্য প্রয়োজনীয় ক্রমগুলি সামঞ্জস্য করতে পারে, যখন উপস্থিত ফাঁকগুলির সংখ্যা হ্রাস করে। প্রতিটি নোডে উত্পন্ন অ্যালগরিদম-নির্ধারিত পূর্বপুরুষের ক্রমের সাথে প্রতিটি খেলোয়াড়-সারিবদ্ধ ক্রমের তুলনা করে ক্রম সারিবদ্ধকরণের স্কোরিং করা হয়। একটি কালার ম্যাচ স্কোরের তুলনায় + 1, একটি অসামঞ্জস্যপূর্ণ ফলন-1, একটি ব্যবধানের সূচনা ফলন-5, এবং যে কোনও বিদ্যমান ব্যবধানের সম্প্রসারণ ফলন-1। সমস্ত তুলনার সমষ্টি তারপর প্রতি কয়েক সেকেন্ডে নির্ধারণ করা হয়, যা সেই খেলোয়াড়ের সারিবদ্ধকরণের জন্য চূড়ান্ত স্কোর প্রদান করে। প্রতিটি ধাঁধার জন্য, খেলার শুরুতে প্রাথমিকভাবে মাত্র কয়েকটি ক্রম পাওয়া যায়। পরবর্তী রাউন্ডে যাওয়ার আগে এবং ম্যাচ করার জন্য আরও ক্রম আনলক করার আগে একটি কম্পিউটার-নির্ধারিত সমমানের স্কোর অবশ্যই খেলোয়াড়ের দ্বারা পরাজিত হতে হবে। একজন খেলোয়াড় জয়ী হয় এবং প্রতিটি ধাঁধার জন্য কম্পিউটার দ্বারা উত্পন্ন চূড়ান্ত সমমানের স্কোরের সাথে মিলে বা অতিক্রম করে ডাটাবেসে তাদের ক্রম বিন্যাস জমা দেওয়ার অনুমতি দেওয়া হয়। স্তর (v 3.1.5), ফাইলো তিনটি গেম মোডে আসেঃ গল্প মোড, একটি নির্দেশিত টিউটোরিয়ালে স্তরগুলি সাজানো মূল ফাইলো মোড, রোগের পছন্দ সহ আরএনএ অণুগুলির জন্য একটি নতুন রাইবো মোড, যেখানে ক্রম এবং আরএনএ গৌণ কাঠামো (স্টেম-লুপ) উভয়ই সারিবদ্ধ। ফলাফল কম্পিউটার আউটপুটের তুলনায়, খেলোয়াড়রা 70 শতাংশ সারিবদ্ধকরণ উন্নত করতে সক্ষম হয়েছিল। 2013 সালে, ফাইলো ডেভেলপাররা ওপেন-ফাইলো (বর্তমানে বিলুপ্ত) নামে একটি ওয়েব সার্ভার তৈরি করে যা গবেষকদের খেলোয়াড়দের সারিবদ্ধ করার জন্য তাদের নিজস্ব ক্রমের সেট আপলোড করার অনুমতি দেয়। কম্পিউটার সারিবদ্ধকরণের তুলনায়, বিশেষজ্ঞ খেলোয়াড়রা ক্রম সারিবদ্ধকরণ অ্যালগরিদমগুলি কী করতে পারে তার উপর বেশিরভাগ ছোট উন্নতি করতে সক্ষম হয়েছিল। মানুষের দ্বারা প্রস্তাবিত উল্লেখযোগ্যভাবে আরও ভাল সারিবদ্ধকরণের কিছু ছোটখাটো ঘটনাও ছিল। পাঁচ বছরের ঐতিহাসিক ফাইলো তথ্যের উপর 2017 সালের একটি প্রতিবেদন একই উপসংহারে পৌঁছেছে। আরও দেখুন নাগরিক বিজ্ঞান ক্রাউডসোর্সিং মানব-ভিত্তিক গণনা গণনামূলক ফাইলোজেনেটিক্স ক্রাউডসোর্সিং প্রকল্পগুলির তালিকা রেফারেন্স বহিরাগত লিঙ্ক অফিসিয়াল ফাইলো হোমপেজ 2010 ভিডিও গেম ব্রাউজার গেম ফ্ল্যাশ গেম ধাঁধা ভিডিও গেম নাগরিক বিজ্ঞান মানব-ভিত্তিক গণনা গেম কানাডায় বিকশিত ক্রাউডসোর্সিং ভিডিও গেম