BamHI
বামহি (উচ্চারিত হয় "বাম এইচ ওয়ান") (ব্যাসিলাস অ্যামাইলোলিকুইফ্যাসিয়েন্স থেকে) একটি টাইপ II সীমাবদ্ধতা এন্ডোনিউক্লিজ, যার ডিএনএর সংক্ষিপ্ত ক্রম (6 বিপি) সনাক্ত করার ক্ষমতা রয়েছে এবং নির্দিষ্টভাবে একটি লক্ষ্যস্থলে সেগুলি বিভক্ত করার ক্ষমতা রয়েছে। এই প্রদর্শনীটি নিউম্যান এবং অন্যান্যদের দ্বারা বর্ণিত বামহি-এর কাঠামো-কার্যকারিতার সম্পর্কের উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করে। (1995)। বামহি স্বীকৃতি ক্রম 5 '-জিজিএটিসিসি-3'-এ আবদ্ধ হয় এবং প্রতিটি স্ট্র্যান্ডে 5 '-গুয়ানাইনের ঠিক পরে এই ক্রমগুলি বিভক্ত করে। এই ফাটলের ফলে 4 বিপি লম্বা আঠালো প্রান্ত তৈরি হয়। তার সীমাহীন আকারে, বামহি একটি কেন্দ্রীয় বি শীট প্রদর্শন করে, যা α-হেলিসের মধ্যে থাকে। ডি. এন. এ স্বীকৃতির উপর বামহি ধারাবাহিকভাবে অপ্রচলিত গঠনগত পরিবর্তনের মধ্য দিয়ে যায়। এটি ডি. এন. এ-কে উৎসেচক বন্ধনকে সহজতর করার জন্য বিকৃত না করে তার স্বাভাবিক বি-ডি. এন. এ গঠন বজায় রাখতে সহায়তা করে। বামহি একটি প্রতিসম ডাইমার। ডিএনএ একটি বড় ফাটলে আবদ্ধ থাকে যা ডাইমারের মধ্যে গঠিত হয়; এনজাইমটি একটি "ক্রসওভার" পদ্ধতিতে আবদ্ধ হয়। প্রতিটি বামহি সাবইউনিট তার মেরুদণ্ডের বেশিরভাগ অংশ ডিএনএ হাফ সাইটের ফসফেটের সাথে যোগাযোগ করে তবে বিপরীত ডিএনএ হাফ সাইটের প্রধান খাঁজতে প্রতিটি বামহি সাবইউনিট এবং নাইট্রোজেন বেসের মধ্যে বেস পেয়ার যোগাযোগ তৈরি করা হয়। প্রোটিন সরাসরি হাইড্রোজেন বন্ড বা জল-মধ্যস্থ এইচ-বন্ডের মাধ্যমে প্রধান খাঁজতে প্রোটিন এবং প্রতিটি এইচ-বন্ড দাতা/গ্রহণকারী গোষ্ঠীর মধ্যে ঘাঁটিগুলিকে আবদ্ধ করে। প্রধান খাঁজ যোগাযোগগুলি একটি সমান্তরাল 4 হেলিক্স বান্ডেলের অ্যামিনো-টার্মিনাসের উপর বসবাসকারী পরমাণু দ্বারা গঠিত হয়। এই বান্ডিলটি বামহি ডাইমার ইন্টারফেসকে চিহ্নিত করে এবং মনে করা হয় যে এই বান্ডিলের উপর এনএইচ2-টার্মিনাল পরমাণুর দ্বিমেরু মুহুর্তগুলি তড়িৎস্থায়ী স্থিতিশীলতায় অবদান রাখতে পারে। বামহি এবং ডি. এন. এ-র মধ্যে শনাক্তকরণের স্থান বামহি এনজাইম ডি. এন. এ-র সঙ্গে বিপুল সংখ্যক যোগাযোগ তৈরি করতে সক্ষম। জল-মধ্যস্থ হাইড্রোজেন বন্ধন, পাশাপাশি প্রধান-চেইন এবং পার্শ্ব-চেইন মিথস্ক্রিয়া উভয়ই বামহি স্বীকৃতি ক্রমের বন্ধনে সহায়তা করে। প্রধান খাঁজটিতে, বেশিরভাগ এনজাইম/ডিএনএ যোগাযোগ সমান্তরাল-4-হেলিক্স বান্ডেলের অ্যামিনো টার্মিনাস-এ ঘটে, যা প্রতিটি সাবইউনিট থেকে এ4 এবং এ6 দ্বারা গঠিত। যদিও প্রতিটি সাবইউনিট থেকে এ6 ডিএনএ মেজর গ্রুভে প্রবেশ করে না, তবে এর পূর্ববর্তী লুপগুলি স্বীকৃতি স্থানের বাইরের প্রান্তের সাথে মিথস্ক্রিয়া করে। বিপরীতভাবে, প্রতিটি সাবইউনিট থেকে a4 স্বীকৃতি অনুক্রমের কেন্দ্রে প্রধান খাঁজটিতে প্রবেশ করে। 6টি বেস পেয়ার রিকগনিশন সিকোয়েন্স (12টি ডাইরেক্ট এবং 6টি ওয়াটার মিডিয়েটেড বন্ড) জুড়ে এনজাইম এবং ডি. এন. এ-র মধ্যে মোট 18টি বন্ধন তৈরি হয়। এ6-এর আগে একটি সর্পিল বলয়ে অবস্থিত আর্গ155 এবং অ্যাস্প154 বাইরের জিঃসি বেস জোড়ার সাথে সংযুক্ত থাকে এবং মধ্য জিঃসি জোড়া অ্যাস্প154, আর্গ122 এবং অ্যাসন116 (সরাসরি বাঁধাই)-এর সাথে সংযুক্ত থাকে। জল এবং এ. এস. এন116-এর মধ্যে হাইড্রোজেন বন্ধনের ফলে ভিতরে এ. টি বেস জোড়ায় বন্ধন তৈরি হয় (জল-মধ্যস্থ বন্ধন)। উপরে যেমন আলোচনা করা হয়েছে, এল এবং আর সাবইউনিটগুলি একটি ক্রস ওভার পদ্ধতিতে আবদ্ধ হয়, যার মাধ্যমে বামএইচ আই-এর আর-সাবইউনিট স্বীকৃতি অনুক্রমের বাম ডিএনএ অর্ধ-সাইটের সাথে যোগাযোগ করে। প্রতিটি বামএইচ-1 উপ-ইউনিটের বন্ধন তার প্রতিসম অংশীদারের মতোই। বামএইচ-1-এর স্বীকৃতি সাইটে একটি প্যালিনড্রোমিক ক্রম রয়েছে যা বন্ধন দেখানোর জন্য সহজেই অর্ধেক কাটা যেতে পারে। স্বীকৃতি সাইট জি জি এ টি সি সি সি টি এ জি জি 2010 সালের শেষের দিকে, প্রোটিন ডেটা ব্যাঙ্ক টু-মেটাল মেকানিজম বাম এইচ আই-তে বাম এইচ আই-এর 5টি স্ফটিক কাঠামো ছিল, অন্যান্য টাইপ II সীমাবদ্ধতা এন্ডোনিউক্লিয়াসগুলির মতো, প্রায়শই ডিএনএ বিভাজনকে অনুঘটক করার জন্য কোফ্যাক্টর হিসাবে ডাইভ্যালেন্ট ধাতুগুলির প্রয়োজন হয়। দ্বি-ধাতব আয়ন প্রক্রিয়া বামএইচআই-এর সম্ভাব্য অনুঘটক প্রক্রিয়াগুলির মধ্যে একটি কারণ বামএইচআই স্ফটিক কাঠামোর সক্রিয় স্থানে দুটি ধাতব আয়নকে আবদ্ধ করার ক্ষমতা রয়েছে, যা ধ্রুপদী দ্বি-ধাতব আয়ন প্রক্রিয়াটি এগিয়ে যাওয়ার জন্য উপযুক্ত। দ্বি-ধাতব আয়ন প্রক্রিয়া হল দুটি ধাতব আয়ন ব্যবহার করে সীমাবদ্ধতা উৎসেচকের বিভাজন প্রতিক্রিয়া অনুঘটক করা। বাম্হি-তে তিনটি গুরুত্বপূর্ণ সক্রিয় সাইট অবশিষ্টাংশ রয়েছে যা ধাতব অনুঘটকের জন্য গুরুত্বপূর্ণ। এগুলি অ্যাস্প94, গ্লু111 এবং গ্লু113 নামে পরিচিত। এই অবশিষ্টাংশগুলি সাধারণত অম্লীয় হয়। একটি ধাতব আয়ন উপস্থিতিতে, অবশিষ্টাংশগুলি ধাতব আয়নটির দিকে নির্দেশিত হয়। ধাতব আয়নগুলির অনুপস্থিতিতে অবশিষ্টাংশগুলি বাইরের দিকে নির্দেশিত হয়। দুটি ধাতব আয়ন (এ এবং বি) সক্রিয় স্থানে একে অপরের থেকে 4.1 দূরে এবং এই অবশিষ্টাংশগুলির সাথে সঙ্গতিপূর্ণ। সাধারণভাবে, যখন দুটি ধাতব আয়ন (এ এবং বি) সক্রিয় স্থানে আবদ্ধ হয়, তখন তারা রূপান্তর অবস্থার সময় একটি অক্সিজেন পরমাণু ছেড়ে যাওয়ার দ্বারা তৈরি সক্রিয় স্থানে স্থানীয় নেতিবাচক চার্জের একটি গুচ্ছ বিতরণকে স্থিতিশীল করতে সহায়তা করে। প্রথমত, একটি জলের অণু সক্রিয় স্থানে ধাতব আয়ন এ দ্বারা সক্রিয় হবে। এই জলের অণু বামহি-ডিএনএ জটিলকে আক্রমণকারী অণু হিসাবে কাজ করবে এবং এইভাবে জটিলটিকে নেতিবাচক করে তুলবে। পরে, আরেকটি জল ধাতব আয়ন বি-এর সাথে আবদ্ধ হবে এবং অবশিষ্ট অক্সিজেন পরমাণুর উপর ঋণাত্মক আধানের গঠনকে স্থিতিশীল করে জটিলের বাম গ্রুপে একটি প্রোটন দান করবে। বামহি-র সক্রিয় স্থানে Ca2 +-এর কার্যকারিতা জানা যায়। এটি ডিএনএ ক্লিভেজের একটি প্রতিরোধক, যা বাম্হি-কে প্রাক-প্রতিক্রিয়াশীল অবস্থায় রূপান্তরিত করে। এটি প্রকাশ করে যে জলের আণবিক হল আক্রমণকারী অণু। এটি বাম গ্রুপে একটি প্রোটন দান করে যা Ca2 + এর সাথে আবদ্ধ একটি 90° O-P-O বন্ধন কোণ গঠন করে। যদি গ্লু 113 লাইসিন দ্বারা প্রতিস্থাপিত হয়, তবে বিভাজনটি হারিয়ে যায় কারণ গ্লু 113 আক্রমণকারী জলের অণু থেকে প্রোটন গ্রহণ করে। জৈবিক তাৎপর্য নির্দিষ্ট ডিএনএ সিকোয়েন্স শনাক্ত করার এবং নিউক্লিজ দ্বারা বিভক্ত হওয়ার ক্ষমতার কারণে, বামএইচআই টাইপ II সীমাবদ্ধতা এন্ডোনিউক্লিজ বোঝার ক্ষেত্রে, ডিএনএ ক্লোনিং এবং সম্ভবত জেনেটিক থেরাপির মাধ্যমে নির্দিষ্ট ডিএনএ মিউটেশন-উদ্ভূত রোগের চিকিত্সার ক্ষেত্রে বিভিন্ন গুরুত্ব বহন করে। উদাহরণস্বরূপ, এনএআরপি এবং এমআইএলএস সিন্ড্রোম হল মাইটোকন্ড্রিয়াল রোগ যা মাইটোকন্ড্রিয়াল ডিএনএতে মিউটেশনের কারণে হতে পারে। মাইটোকন্ড্রিয়া সীমাবদ্ধতা এন্ডোনিউক্লিজের মাধ্যমে মিউট্যান্ট ক্রমের ছেদের পরে তার কার্যকারিতা পুনরুদ্ধার করতে পারে। রেফারেন্স আরও পড়া বাহ্যিক লিঙ্ক 5 স্ফটিক কাঠামো আণবিক জীববিজ্ঞান জৈবপ্রযুক্তি সীমাবদ্ধতা উৎসেচক