Phylogenetic reconciliation
ফাইলোজেনেটিক্সে, পুনর্মিলন হল দুই বা ততোধিক সহ-বিবর্তিত জৈবিক সত্তার ইতিহাসকে সংযুক্ত করার একটি পদ্ধতি। পুনর্মিলনের সাধারণ ধারণাটি হল একটি ফাইলোজেনেটিক গাছ যা একটি সত্তার বিবর্তনের প্রতিনিধিত্ব করে (যেমন। সমজাতীয় জিন বা প্রতীক) অন্য একটি ফাইলোজেনেটিক গাছের মধ্যে আঁকা যেতে পারে যা একটি পরিবেষ্টিত সত্তার (যথাক্রমে, প্রজাতি, পোষক) প্রতিনিধিত্ব করে যাতে তাদের আন্তঃনির্ভরতা এবং বিবর্তনীয় ঘটনাগুলি প্রকাশ করা যায় যা তাদের ভাগ করা ইতিহাসকে চিহ্নিত করেছে। পুনর্মিলনের পদ্ধতির বিকাশ 1980-এর দশকে শুরু হয়েছিল, মূলত একটি জিন এবং একটি জিনোমের সহবিবর্তন চিত্রিত করার জন্য, এবং একটি পোষক এবং একটি প্রতীক, যা পারস্পরিক, সামঞ্জস্যবাদী বা পরজীবী হতে পারে। এটি উদাহরণস্বরূপ অনুভূমিক জিন স্থানান্তর সনাক্ত করতে বা জিনোম বিবর্তনের গতিশীলতা বোঝার জন্যও ব্যবহৃত হয়েছে। ফাইলোজেনেটিক পুনর্মিলন বিবর্তনীয় গতিপথের বৈচিত্র্যের জন্য দায়ী যা জীবনের ইতিহাসকে তৈরি করে, অণু থেকে জনসংখ্যা বা সংস্কৃতি পর্যন্ত বিবেচনা করা যেতে পারে এমন সমস্ত মাত্রায় একে অপরের সাথে জড়িত। সংগঠনের স্তরগুলির মধ্যে মিথস্ক্রিয়ার গুরুত্বের একটি সাম্প্রতিক অবতার হল হলোবিওন্ট ধারণা, যেখানে একটি ম্যাক্রো-জীবকে বিভিন্ন প্রজাতির একটি জটিল অংশীদারিত্ব হিসাবে দেখা হয়। এই ধরনের জটিল সত্তার বিবর্তনের মডেল তৈরি করা পুনর্মিলনের উপর বর্তমান গবেষণার অন্যতম চ্যালেঞ্জিং এবং উত্তেজনাপূর্ণ দিক। নেস্টেড কাঠামো হিসাবে ফাইলোজেনেটিক গাছগুলি সংগঠনের সমস্ত স্তরে একে অপরের সাথে জড়িত, স্তরগুলির মধ্যে এবং মধ্যে দ্বন্দ্ব এবং নির্ভরশীলতাগুলিকে সংহত করে। ম্যাক্রো-জীবের জনসংখ্যা মহাদেশগুলির মধ্যে স্থানান্তরিত হয়, তাদের মাইক্রোব সিম্বিয়ন্টগুলি জনসংখ্যার মধ্যে পরিবর্তিত হয়, তাদের সিম্বিয়ন্টের জিনগুলি মাইক্রোব প্রজাতির মধ্যে স্থানান্তরিত হয় এবং জিনের মধ্যে ডোমেনগুলি বিনিময় হয়। সংগঠনের স্তরগুলির এই তালিকাটি প্রতিনিধিত্বমূলক বা সম্পূর্ণ নয়, তবে পুনর্মিলন পদ্ধতিগুলি ব্যবহার করা হয়েছে এমন স্তরগুলির একটি দৃষ্টিভঙ্গি দেয়। একটি সাধারণ পদ্ধতি হিসাবে, পুনর্মিলন অন্যান্য অনেক স্তরকে বিবেচনায় নিতে পারে। উদাহরণস্বরূপ, এটি জিনের সংশ্লেষিত সংগঠন, স্থানান্তরযোগ্য উপাদান এবং প্রজাতির মিথস্ক্রিয়া ইতিহাস, প্রজাতি জুড়ে একটি প্রোটিন কমপ্লেক্সের বিবর্তন বিবেচনা করতে পারে। বিবেচনা করা বিবর্তনীয় ঘটনাগুলির মাত্রা জনসংখ্যার ঘটনা যেমন ভৌগলিক বৈচিত্র্য থেকে জিনের অভ্যন্তরে নিউক্লিওটিড স্তর পর্যন্ত যেতে পারে, উদাহরণস্বরূপ পুরো জিনোম প্রতিলিপির মতো জিনোমের অভ্যন্তরে ক্রোমোজোম স্তরের ঘটনাগুলি সহ। সংগঠনের বিভিন্ন স্তরে জীবনের বৈচিত্র্যের প্রতিনিধিত্ব করার জন্য ফাইলোজেনি ব্যবহার করা হয়েছেঃ ম্যাক্রো-জীব, বিকাশের সময় তাদের কোষ, মার্কার জিন, ক্রোমোজোম, প্রোটিন, প্রোটিন ডোমেনের মাধ্যমে মাইক্রো-জীব এবং ভাষা বা রূপকথার মতো মানব সংস্কৃতির উপাদানগুলির বিবর্তন বুঝতেও সহায়ক হতে পারে। এই স্তরগুলির প্রত্যেকটিতে, ফাইলোজেনেটিক গাছগুলি নির্দিষ্ট বৈচিত্র্যময় ঘটনাগুলির তৈরি বিভিন্ন গল্প বর্ণনা করে, যা স্তরগুলির মধ্যে ভাগ করা যেতে পারে বা নাও হতে পারে। তবুও যেহেতু এগুলি কাঠামোগতভাবে বাসা বাঁধে (মাত্রিওশকা পুতুলের মতো) বা কার্যকরীভাবে নির্ভরশীল, তাই একটি নির্দিষ্ট স্তরের বিবর্তন অন্যান্য স্তরের সাথে আবদ্ধ। ফাইলোজেনেটিক পুনর্মিলন হল কমপক্ষে দুটি সম্পর্কিত গাছের তুলনার মাধ্যমে স্তরগুলির মধ্যে সংযোগের সনাক্তকরণ। মূলত দুটি গাছের জন্য উন্নত, সম্প্রতি দুটিরও বেশি স্তরের জন্য পুনর্মিলন তৈরি করা হয়েছে (তিন বা ততোধিক স্তরের এক্সপ্লিসিট মডেলিং বিভাগ দেখুন)। এইভাবে, পুনর্মিলন বিবর্তনীয় পরিস্থিতি প্রদান করে যা বিবর্তিত সত্তাগুলির মধ্যে দ্বন্দ্ব এবং সহযোগিতা প্রকাশ করে। এই সংযোগগুলি স্বজ্ঞাত নাও হতে পারে, উদাহরণস্বরূপ, একই জিনোমে উপস্থিত জিনগুলি অসম্পর্কিত বিবর্তনীয় ইতিহাস দেখাতে পারে, অন্যদিকে একটি সিম্বিয়ন্টের জিনোমে উপস্থিত কিছু জিন পোষক ফাইলোজেনির সাথে একটি শক্তিশালী সহবিবর্তন সংকেত দেখাতে পারে। অতএব, পুনর্মিলন একটি হোলোবিয়ন্ট গঠনকারী সমাবেশের অন্তর্নিহিত সীমাবদ্ধতা এবং বিবর্তনীয় কৌশলগুলি বোঝার জন্য একটি কার্যকর হাতিয়ার হতে পারে। যেহেতু সমস্ত স্তর মূলত একই বস্তুর সাথে মোকাবিলা করে, একটি ফাইলোজেনেটিক ট্রি, পুনর্মিলনের একই মডেল-বিশেষত ডুপ্লিকেশন-স্থানান্তর-ক্ষতির ঘটনাগুলির উপর ভিত্তি করে, যা এই নিবন্ধের কেন্দ্রবিন্দু-সামান্য পরিবর্তন সহ, যে কোনও জোড়া সংযুক্ত স্তরে স্থানান্তরিত করা যেতে পারেঃ একটি "অভ্যন্তরীণ", "নিম্ন", বা "সহযোগী" সত্তা (যেমন। জিন, প্রতীকী প্রজাতি, জনসংখ্যা) একটি "উপরের" বা "পোষক" (যথাক্রমে প্রজাতি, পোষক বা ভৌগলিক এলাকা)-এর মধ্যে বিবর্তিত হয়। উপরের এবং নীচের সত্তাগুলি আংশিকভাবে একই ইতিহাসের সাথে আবদ্ধ, যার ফলে তাদের ফাইলোজেনেটিক গাছগুলির মধ্যে মিল রয়েছে, তবে সময়ের সাথে সাথে সমিতিগুলি পরিবর্তিত হতে পারে, কমবেশি কঠোর হতে পারে বা অন্যান্য অংশীদারদের কাছে যেতে পারে। ইতিহাস জিন এবং প্রজাতি-স্তরের ফাইলোজেনির মধ্যে পার্থক্যের জন্য 1979 সালে ফাইলোজেনেটিক পুনর্মিলনের নীতি চালু করা হয়েছিল। একটি অস্পষ্ট পরিবেশে, দুটি বিবর্তনীয় ঘটনা, জিন ডুপ্লিকেশন এবং জিন হ্রাস একটি জিন গাছ এবং একটি প্রজাতি গাছের মধ্যে অসামঞ্জস্য ব্যাখ্যা করার জন্য আহ্বান করা হয়েছিল। এটি জিন গাছগুলির উপর একটি স্কোর বর্ণনা করে যা প্রজাতির গাছ এবং একটি সারিবদ্ধ ক্রমের বিবর্তনের জন্য জিন ডুপ্লিকেশন, ক্ষতি এবং নিউক্লিওটাইড প্রতিস্থাপনের সংখ্যা ব্যবহার করে একটি সারিবদ্ধ ক্রমকে জানে, যা আজও পুনর্মিলন এবং ফাইলোজেনি অনুমানের নতুন মডেলগুলির সাথে কেন্দ্রীয় পদ্ধতি। 1997 সালে ওয়েন ম্যাডিসন জিন স্তরের বিবর্তনীয় ঘটনার ফলে সৃষ্ট "ফাইলোজেনেটিক ডিসকর্ড"-এর বিপরীত ধারণা হিসাবে পুনর্মিলন শব্দটি ব্যবহার করেছেন। এরপরে পোষক এবং প্রতীকগুলির সহবিবর্তন এবং প্রজাতির ভৌগলিক বৈচিত্র্যের জন্য যৌথভাবে পুনর্মিলন তৈরি করা হয়েছিল। উভয় ক্ষেত্রেই, একটি অনুভূমিক ঘটনার মডেল তৈরি করা গুরুত্বপূর্ণ ছিল যা পোষক গাছের সমান্তরাল শাখাগুলিকে বোঝায়ঃ পোষক এবং প্রতীকগুলির জন্য পোষক পরিবর্তন এবং জীবভূগোলের ক্ষেত্রে এক অঞ্চল থেকে অন্য অঞ্চলে প্রজাতির বিস্তার। জিন এবং জিনোমের বিপরীতে, পোষক এবং প্রতীকগুলির সহবিবর্তন এবং ভূগোল দ্বারা প্রজাতির বৈচিত্র্যের ব্যাখ্যা সবসময় শূন্য অনুমান নয়। একটি ট্যাঙ্গলেগ্রামে দুটি ফাইলোজেনির একটি দৃশ্যমান চিত্র এই ধরনের সহবিবর্তন মূল্যায়ন করতে সহায়তা করতে পারে, যদিও এর কোনও পরিসংখ্যানগত সুস্পষ্ট ব্যাখ্যা নেই। সহ-বিবর্তন পরীক্ষা এবং সহ-বিবর্তনের পরিস্থিতি পুনর্গঠনের জন্য ব্রুকস পার্সিমনি অ্যানালাইসিসের মতো চরিত্র পদ্ধতিগুলি প্রস্তাব করা হয়েছিল। এই পদ্ধতিতে, একটি গাছকে তার পাতা ছাড়া ভুলে যাওয়া হয়, যা পরে দ্বিতীয় গাছের উপর বিবর্তিত চরিত্র হিসাবে ব্যবহৃত হয়। পুনর্মিলনের জন্য প্রথম মডেল, স্পষ্টভাবে দুটি টপোলজি বিবেচনা করে এবং একটি যান্ত্রিক ঘটনা-ভিত্তিক পদ্ধতির ব্যবহার করে, হোস্ট এবং সিম্বিয়ন্ট এবং জৈব ভূগোলের জন্য প্রস্তাব করা হয়েছিল। বিতর্কগুলি অনুসরণ করা হয়েছিল, কারণ পদ্ধতিগুলি এখনও সম্পূর্ণরূপে সঠিক ছিল না তবে একটি নতুন কাঠামোর মধ্যে দরকারী তথ্যকে সংহত করেছিল। প্রতিটি ইভেন্টের জন্য খরচ এবং সমস্ত জোড়া হোস্ট এবং সিম্বিয়ন্ট নোড বিবেচনা করে একটি গতিশীল প্রোগ্রামিং কৌশল তারপর একটি হোস্ট এবং সিম্বিয়ন্ট পদ্ধতির মধ্যে চালু করা হয়েছিল, যা উভয়ই এখনও হোস্ট এবং সিম্বিয়ন্টের পাশাপাশি প্রজাতি এবং জিনের জন্য বর্তমান পুনর্মিলন পদ্ধতির বেশিরভাগ ভিত্তি করে। পুনর্মিলন জিন এবং প্রজাতির মধ্যে প্রবর্তিত কাঠামোতে ফিরে আসে। অনুভূমিক জিন স্থানান্তরের জন্য চরিত্রের মডেলগুলি বিবেচনা করার পরে, একটি নতুন পুনর্মিলন মডেল, হোস্ট এবং সিম্বিয়ন্টের জন্য উপস্থাপিত গতিশীল প্রোগ্রামিং পদ্ধতির অনুসরণ এবং উন্নতি, কার্যকরভাবে জিন এবং প্রজাতির পুনর্মিলনে অনুভূমিক জিন স্থানান্তর চালু করে প্রতিলিপি এবং ক্ষতি মডেলের উপরে। এইভাবে হোস্ট এবং সিম্বিয়ন্ট, জিন এবং প্রজাতি বা জৈব-ভূগোল স্তরে ফাইলোজেনি অধ্যয়নরত একাধিক গবেষণা সম্প্রদায়ের মধ্যে বিনিময়ের মাধ্যমে ফাইলোজেনেটিক পুনর্মিলনের প্রগতিশীল বিকাশ সম্ভব হয়েছিল। এই গল্প এবং এর আধুনিক উন্নয়নগুলি বেশ কয়েকবার পর্যালোচনা করা হয়েছে, সাধারণত কয়েকটি ব্যতিক্রম ছাড়া নির্দিষ্ট জোড়া স্তরের উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করে। নতুন উন্নয়নগুলি নতুন সমন্বিত মডেলের সাথে বিভিন্ন কাঠামোকে একত্রিত করতে শুরু করে। পকেট গোফার এবং তাদের চিবানো উকুনঃ একটি ধ্রুপদী উদাহরণ পকেট গোফার (জিওমাইডি) এবং তাদের চিবানো উকুন (ট্রাইকোডেক্টিডি) হোস্ট এবং সিম্বিয়ন্ট কোভোলিউশনের একটি ভাল অধ্যয়ন ব্যবস্থা গঠন করে। হোস্ট এবং সিম্বিয়ন্টের ফাইলোজেনি এবং তাদের গাছের পাতার মিল বাম দিকে চিত্রিত করা হয়েছে। হোস্টের জন্য, ও অর্থ অর্থোজিওমিস, জি অর্থোজিওমিস এবং টি অর্থোমিস; সিম্বিয়ন্টের জন্য, জি মানে জিওমাইডোকাস এবং টি মানে থময়েডোকাস। দুটি গাছের পুনর্মিলনের অর্থ হল বিবর্তনীয় ঘটনাগুলির সাথে একটি দৃশ্যকল্প দেওয়া এবং দুটি গাছের সহবিবর্তনকে চিত্রিত করে পূর্বপুরুষের নোডের সাথে মিল করা। এই ব্যবস্থায় বিবেচনা করা ঘটনাগুলি হল ডিটিএল মডেলের ঘটনাঃ প্রতিলিপি, স্থানান্তর (বা হোস্ট সুইচ), ক্ষতি, এবং কোস্পেসিএশন, কোভোলিউশনের নাল ইভেন্ট। দুটি ভিন্ন কাঠামো ব্যবহার করে দুটি গবেষণায় দুটি পরিস্থিতি প্রস্তাব করা হয়েছিল, যা প্রাক-গতিশীল প্রোগ্রামিং ডিটিএল পুনর্মিলন হিসাবে বিবেচিত হতে পারে। আধুনিক ডিটিএল পুনর্মিলন কাঠামোতে, ঘটনাগুলির জন্য খরচ বরাদ্দ করা হয়। দুটি পরিস্থিতি তখন বিভিন্ন ব্যয়ের বরাদ্দগুলির সাথে সর্বাধিক পার্সিমোনিয়াস পুনর্মিলনের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ বলে দেখানো হয়েছিল। দৃশ্যকল্প এ দুটি গাছের পুনর্মিলন করতে 6টি সংযোজন, 2টি অনুলিপি, 3টি ক্ষতি এবং 2টি হোস্ট সুইচ ব্যবহার করে, যেখানে দৃশ্যকল্প বি 5টি সংযোজন, 3টি অনুলিপি, 3টি ক্ষতি এবং 2টি হোস্ট সুইচ ব্যবহার করে। একটি দৃশ্যকল্পের খরচ হল তার ঘটনাগুলির খরচের সমষ্টি। উদাহরণস্বরূপ, নির্দিষ্টকরণের জন্য 0, প্রতিলিপিকরণের জন্য 2, ক্ষতির জন্য 1 এবং হোস্ট সুইচ-এর জন্য 3 খরচ সহ, দৃশ্যকল্প এ-এর একটি ব্যয় এবং দৃশ্যকল্প বি রয়েছে এবং তাই একটি পার্সিমোনিয়াস নীতি অনুসারে, দৃশ্যকল্প এ-কে আরও বেশি সম্ভাব্য বলে মনে করা হবে (দৃশ্যকল্প এ ততক্ষণ পর্যন্ত থাকে যতক্ষণ না নির্দিষ্টকরণের খরচ প্রতিলিপিকরণের ব্যয়ের চেয়ে কম হয়)। ফাইলোজেনেটিক রিকনসিলিয়েটন মডেলের বিকাশ ফাইলোজেনি-তে বর্তমানে ব্যবহৃত মডেল ও পদ্ধতিগুলি কয়েক দশকের গবেষণার ফলাফল, যা ক্রমবর্ধমানভাবে জটিল হয়ে উঠেছে, তথ্যের প্রকৃতি এবং একদিকে জৈবিক বাস্তবতার অনুসন্ধান এবং অন্যদিকে গাণিতিক ও অ্যালগরিদমিক পদ্ধতির সীমা ও অগ্রগতি দ্বারা চালিত। প্রাক-পুনর্মিলন মডেলঃ গাছের উপর অক্ষর চরিত্র পদ্ধতি ব্যবহার করা যেতে পারে যখন একটি স্তরের জন্য কোনও গাছ উপলব্ধ থাকে না, তবে অন্য স্তরের জন্য একটি ফাইলোজেনেটিক গাছের পাতায় একটি চরিত্রের জন্য শুধুমাত্র মান থাকে। একটি মডেল চরিত্রের মূল্য পরিবর্তনের ঘটনা, তাদের হার, সম্ভাবনা বা খরচকে সংজ্ঞায়িত করে। উদাহরণস্বরূপ, চরিত্রটি একটি প্রতীকী গাছের উপর একটি পোষকের উপস্থিতি, একটি প্রজাতির গাছের উপর ভৌগলিক অঞ্চল, একটি জিনোম গাছের উপর জিনের সংখ্যা বা একটি ক্রমে নিউক্লিওটাইড হতে পারে। এই ধরনের পদ্ধতির লক্ষ্য হল গাছের অভ্যন্তরীণ নোডগুলিতে পূর্বপুরুষের চরিত্রগুলি পুনর্গঠন করা। যদিও এই পদ্ধতিগুলি জিনোম বিবর্তনের উপর ফলাফল তৈরি করেছে, তবে দ্বিতীয় গাছের উপযোগিতা খুব সহজ উদাহরণের সাথে প্রদর্শিত হয়। যদি কোনও প্রতীক সম্প্রতি প্রজাতির একটি গোষ্ঠীতে ছড়িয়ে পড়ার ক্ষমতা অর্জন করে থাকে এবং এইভাবে এটি তাদের বেশিরভাগের মধ্যে উপস্থিত থাকে, তবে চরিত্র পদ্ধতিগুলি ভুলভাবে নির্দেশ করবে যে পোষকের সাধারণ পূর্বপুরুষের ইতিমধ্যে প্রতীক ছিল। বিপরীতে, প্রতীক এবং পোষক গাছের তুলনা অনুভূমিক স্থানান্তর প্রকাশ করে অসঙ্গতি দেখায়। পুনর্মিলনের উৎপত্তিঃ জিনোমে জিনের একাধিক অনুলিপির উপস্থিতি বা নির্দিষ্ট প্রজাতিতে এর অনুপস্থিতি ব্যাখ্যা করার জন্য প্রথমে ডুপ্লিকেশন লস মডেল এবং সর্বনিম্ন সাধারণ পূর্বপুরুষের ম্যাপিং ডুপ্লিকেশন এবং লস আহ্বান করা হয়েছিল। এই দুটি ঘটনার সাথে যে কোনও দুটি গাছের পুনর্মিলন সম্ভব, অর্থাৎ। নীচের এবং উপরের গাছের নোড এবং শাখাগুলির মানচিত্র তৈরি করা, অথবা সমতুল্যভাবে উপরের গাছ এবং নীচের গাছের মধ্যে অসামঞ্জস্য ব্যাখ্যা করে বিবর্তনীয় ঘটনাগুলির একটি তালিকা দেওয়া। সবচেয়ে পার্সিমোনিয়াস ডুপ্লিকেশন অ্যান্ড লস (ডিএল) পুনর্মিলন সর্বনিম্ন সাধারণ পূর্বপুরুষ (এলসিএ) ম্যাপিংয়ের মাধ্যমে গণনা করা হয়ঃ পাতা থেকে মূল পর্যন্ত অগ্রসর হয়ে, প্রতিটি অভ্যন্তরীণ নোডকে তার দুটি সন্তানের ম্যাপিংয়ের সর্বনিম্ন সাধারণ পূর্বপুরুষের সাথে ম্যাপ করা হয়। পুনর্মিলনের জন্য একটি মার্কোভিয়ান মডেল ডিএল মডেলে এলসিএ ম্যাপিং একটি পার্সিমনি নীতি অনুসরণ করেঃ প্রয়োজন না হলে কোনও ইভেন্ট আহ্বান করা উচিত নয়। তবে এই নীতির ব্যবহার নিয়ে বিতর্ক রয়েছে এবং এটি সাধারণত স্বীকার করা হয় যে আণবিক বিবর্তনে একটি সম্ভাব্য মডেলকে এলোমেলো হাঁটা হিসাবে ফিট করা আরও সঠিক, যা অগত্যা পার্সিমোনিয়াস পরিস্থিতি তৈরি করে না। একটি জন্ম ও মৃত্যু মার্কোভিয়ান মডেল এমন একটি মডেল যা মূল থেকে পাতা পর্যন্ত একটি নির্দিষ্ট উপরের গাছ "ভিতরে" তৈরি করতে পারে। পরিসংখ্যানগত অনুমান সর্বাধিক সম্ভাব্য পরিস্থিতি খুঁজে বের করার জন্য একটি কাঠামো সরবরাহ করে এবং সেই ক্ষেত্রে, দুটি গাছের সর্বাধিক সম্ভাব্যতা পুনর্মিলনও একটি অস্পষ্ট। উপরন্তু, এই ধরনের কাঠামোর সাহায্যে বিভিন্ন অনুমান পরীক্ষা করার জন্য বিভিন্ন সম্ভাব্য পরিস্থিতির নমুনা নেওয়া বা সংহত করা সম্ভব, উদাহরণস্বরূপ নিম্ন গাছের স্থান অন্বেষণ করা। উপরন্তু, সম্ভাবনাময় মডেলগুলিকে বৃহত্তর মডেলগুলিতে একীভূত করা যেতে পারে, কারণ স্বাধীনতা ধরে নেওয়ার সময় সম্ভাব্যতা কেবল বহুগুণে বৃদ্ধি পায়, উদাহরণস্বরূপ ক্রম বিবর্তন এবং ডিএল পুনর্মিলনের সংমিশ্রণ। অনুভূমিক স্থানান্তর হোস্ট সুইচ চালু করা হচ্ছে, অর্থাৎ। একটি আত্মীয় বংশ থেকে একটি সিম্বিয়ন্টের উত্তরাধিকার, প্রজাতির মধ্যে পরজীবী বা সিম্বায়োটিক সম্পর্কের বিবর্তনে একটি গুরুত্বপূর্ণ ঘটনা। এই অনুভূমিক স্থানান্তর জীবভূগোলের অভিবাসনের ঘটনাগুলিকেও মডেল করে এবং জিন এবং প্রজাতি গাছের পুনর্মিলনের জন্য আগ্রহের বিষয় হয়ে ওঠে যখন এটি প্রদর্শিত হয় যে অনেক অসঙ্গতি কেবল প্রতিলিপি এবং ক্ষতির দ্বারা ব্যাখ্যা করা যায় না এবং অনুভূমিক জিন স্থানান্তর (এইচজিটি) একটি প্রধান বিবর্তনীয় প্রক্রিয়া ছিল অণুজীবের বিবর্তনে। এই পরিবর্তন, বা অনুভূমিক স্থানান্তর, প্যাটার্নটি মিশ্রণ বা ইন্ট্রোগ্রেশনকেও মডেল করতে পারে। এটি চরিত্র পদ্ধতিতে বিবেচনা করা হয়, সিম্বিয়ন্ট ফাইলোজেনি থেকে তথ্য ছাড়াই। ডিএল মডেলের শীর্ষে, অনুভূমিক স্থানান্তর নতুন এবং খুব ভিন্ন পুনর্মিলনের পরিস্থিতি সক্ষম করে। সহজ অথচ শক্তিশালী গতিশীল প্রোগ্রামিং পদ্ধতি এল. সি. এ পুনর্মিলন পদ্ধতি একটি অনন্য সমাধান প্রদান করে, যা ঘটনার ওজন সংখ্যা হ্রাস করার সমস্যার জন্য সর্বোত্তম বলে প্রমাণিত হয়েছে, প্রতিলিপি এবং ক্ষতির আপেক্ষিক ওজন যাই হোক না কেন। এর বিপরীতে, ডুপ্লিকেশন, হরাইজন্টাল ট্রান্সফার অ্যান্ড লস (ডিটিএল)-এর ক্ষেত্রে বেশ কয়েকটি সমান পার্সিমোনিয়াস পুনর্মিলন হতে পারে। উদাহরণস্বরূপ, ধারাবাহিকভাবে নকল এবং লোকসান একটি একক স্থানান্তর দ্বারা প্রতিস্থাপিত হতে পারে। একটি গণনামূলক সমস্যা সংজ্ঞায়িত করার এবং একটি সমাধানের দিকে এগিয়ে যাওয়ার প্রথম ধারণাগুলির মধ্যে একটি ছিল, একটি হোস্ট/সিম্বিয়ন্ট কাঠামোতে, একটি হিউরিস্টিক অ্যালগরিদমের সাথে সহ-প্রজাতির সংখ্যা সর্বাধিক করা। আরেকটি সমাধান হল ইভেন্টগুলির আপেক্ষিক খরচ দেওয়া এবং এমন একটি দৃশ্যকল্প খুঁজে বের করা যা এর ইভেন্টগুলির খরচের সমষ্টি হ্রাস করে। সম্ভাবনাময় মডেল কাঠামোতে, সমতুল্য কাজটি ঘটনাগুলির জন্য হার বা সম্ভাব্যতা নির্ধারণ করে এবং তাদের সম্ভাবনা অনুযায়ী সর্বাধিক সম্ভাব্যতা পরিস্থিতি বা নমুনা পরিস্থিতি অনুসন্ধান করে। এই সমস্ত সমস্যা একটি গতিশীল প্রোগ্রামিং পদ্ধতির মাধ্যমে সমাধান করা হয়। এই গতিশীল প্রোগ্রামিং পদ্ধতিতে একটি পোস্ট অর্ডারে দুটি গাছকে অতিক্রম করা জড়িত। পাতা থেকে অগ্রসর হয়ে এবং তারপর দুটি গাছে উপরে গিয়ে, প্রতিটি দুটি অভ্যন্তরীণ নোডের জন্য (প্রতিটি গাছের জন্য একটি করে), সবচেয়ে পার্সিমোনিয়াস ডিটিএল পুনর্মিলনের খরচ গণনা করা হয়। একটি পার্সিমনি কাঠামোতে, একটি নীচের সাবট্রির সাথে মূলযুক্ত একটি উপরের সাবট্রির পুনর্মিলনের খরচ পাতাগুলির জন্য তাদের মিলনের সাথে সূচনা করা হয়ঃ এবং তারপরে ইন্ডাক্টিভভাবে, শিশুদের সন্তানদের যথাক্রমে প্রজাতি, অনুলিপি, অনুভূমিক স্থানান্তর এবং ক্ষতির সাথে সম্পর্কিত খরচগুলি নির্দেশ করে (প্রায়শই 0-তে স্থির করা হয়), খরচ এবং, কারণ তারা নির্ভর করে না, সবকিছুর জন্য একবার গণনা করা যেতে পারে, তাই এবং সমস্ত দম্পতির জন্য গণনা করার জন্য দ্বিঘাত জটিলতা অর্জন করে। ক্ষতির মূল্য শুধুমাত্র অন্যান্য ঘটনার সাথে যুক্ত থাকে কারণ পার্সিমোনিতে, একটি ক্ষতি সর্বদা গাছের পূর্ববর্তী ঘটনার সাথে যুক্ত হতে পারে। গতিশীল প্রোগ্রামিং ব্যবহারের পিছনে অনুপ্রেরণা সর্বদা গাছের মধ্যে শিকড়ের দিকে অগ্রগতির উপর ভিত্তি করে। তবে ধারাবাহিকভাবে ঘটতে পারে এমন কিছু ঘটনার সংমিশ্রণ এই প্রবর্তনকে অ-সংজ্ঞায়িত করে তুলতে পারে। এই ধরনের একটি সংমিশ্রণে একটি স্থানান্তর থাকে যার পরে অবিলম্বে দাতা বংশের (টিএল) ক্ষতি হয়। এই টিএল ইভেন্টের ব্যবহার সীমাবদ্ধ করা ইন্ডাকশন মেরামত করে। সীমাহীন ব্যবহারের সাথে, নির্দিষ্ট বিন্দু পদ্ধতি বা ডিফারেনশিয়াল সমীকরণের সংখ্যাসূচক সমাধানের মতো সমীকরণের পদ্ধতিগুলি সমাধান করার জন্য অন্যান্য পরিচিত পদ্ধতিগুলি ব্যবহার বা যুক্ত করা প্রয়োজন। 2016 সালে, সর্বাধিক ব্যবহৃত পার্সিমনি পুনর্মিলন কর্মসূচির মধ্যে সাতটির মধ্যে মাত্র দুটি টিএল ইভেন্ট পরিচালনা করেছিল, যদিও তাদের বিবেচনা একটি পুনর্মিলনের ফলাফলকে ব্যাপকভাবে পরিবর্তন করতে পারে। এলসিএ ম্যাপিংয়ের বিপরীতে, ডিটিএল পুনর্মিলন সাধারণত ন্যূনতম ব্যয়ের বিভিন্ন পরিস্থিতি তৈরি করে, কিছু ক্ষেত্রে একটি সূচকীয় সংখ্যা। গতিশীল প্রোগ্রামিং পদ্ধতির শক্তি হ 'ল এটি দ্বিঘাত সময়ে ইনপুট উপরের এবং নীচের গাছের সহ-বিবর্তনের ন্যূনতম ব্যয় গণনা করতে এবং ব্যাকট্র্যাকিংয়ের মাধ্যমে সর্বাধিক পার্সিমোনিয়াস দৃশ্যকল্প পেতে সক্ষম করে। সহ-বিবর্তনের সম্ভাবনা গণনা করতে এবং সম্ভাব্য পুনর্মিলন পেতে এটি একটি সম্ভাব্য কাঠামোতে রূপান্তরিত করা যেতে পারে, দামের সাথে খরচ প্রতিস্থাপন করে, ন্যূনতম যোগফল দ্বারা এবং পণ্য দ্বারা যোগফল। উপরন্তু, একাধিক ব্যাকট্র্যাকের মাধ্যমে, পদ্ধতিটি সমস্ত পার্সিমোনিয়াস সমাধান গণনা করার জন্য বা তাদের সম্ভাবনা অনুযায়ী সর্বোত্তম এবং উপ-সর্বোত্তম পরিস্থিতিগুলির নমুনা নেওয়ার জন্য উপযুক্ত। ইভেন্টের খরচ এবং হারের হিসাব ডায়নামিক প্রোগ্রামিং শুধুমাত্র একটি আংশিক সমাধান এবং পুনর্মিলনের দ্বারা উত্থাপিত বেশ কয়েকটি সমস্যার সমাধান করে না। সবচেয়ে অস্পষ্ট ডিটিএল পুনর্মিলনের সংজ্ঞা দেওয়ার জন্য বিভিন্ন ধরনের ঘটনার (ডি, টি এবং এল) জন্য খরচ নির্ধারণ করা প্রয়োজন। বিভিন্ন ব্যয়ের বরাদ্দ বিভিন্ন পুনর্মিলনের পরিস্থিতি তৈরি করতে পারে, তাই সেই খরচগুলি বেছে নেওয়ার একটি উপায়ের প্রয়োজন রয়েছে। এটি করার জন্য বিভিন্ন পন্থা রয়েছে। কোর-পিএ একটি পুনরাবৃত্তিমূলক পদ্ধতিতে খরচ ভেক্টরের স্থান অন্বেষণ করে, পুনর্মিলনে ইভেন্ট ফ্রিকোয়েন্সিগুলির সাথে একটি ভাল মিল খুঁজে বের করে। এ. এল. ই সর্বাধিক সম্ভাব্যতা দ্বারা ইভেন্টের হার অনুমান করতে একটি সম্ভাব্য কাঠামোতে একই ধারণা ব্যবহার করে। বিকল্পভাবে, সিওএএলএ একটি পূর্বপ্রক্রিয়া যা ক্রমিক মন্টে কার্লোর সাথে আনুমানিক বায়েসিয়ান গণনা ব্যবহার করেঃ অনুকরণ এবং পরিসংখ্যানগত প্রত্যাখ্যান বা ধারাবাহিক পরিশোধন সহ পরামিতিগুলির গ্রহণযোগ্যতা। পার্সিমনি কাঠামোতে, সম্ভাব্য ইভেন্ট ব্যয়ের স্থানটিকে ব্যয়ের ক্ষেত্রগুলিতে বিভক্ত করাও সম্ভব যা একই পেরেটো সর্বোত্তম সমাধানের দিকে পরিচালিত করে। পেরেটো সর্বোত্তম পুনর্মিলনগুলি এমন যে অন্য কোনও পুনর্মিলনের জন্য এক ধরনের ঘটনার (অনুলিপি, স্থানান্তর বা ক্ষতি) জন্য কঠোরভাবে নিকৃষ্ট খরচ হয় না এবং অন্যদের জন্য কম বা সমান হয়। ইভেন্টের খরচ বেছে নেওয়ার জন্য বাহ্যিক বিবেচনার উপর নির্ভর করাও সম্ভব। উদাহরণস্বরূপ, অ্যাংস্ট সফ্টওয়্যারটি এমন খরচ বেছে নেয় যা পিতামাতা এবং শিশুদের প্রজাতির মধ্যে জিনোমের আকার, জিনের সংখ্যার তারতম্যকে হ্রাস করে। সাময়িক সম্ভাবনার সমস্যা গতিশীল প্রোগ্রামিং পদ্ধতি তারিখযুক্ত (অভ্যন্তরীণ নোডগুলি সম্পূর্ণরূপে ক্রমযুক্ত) বা তারিখবিহীন উপরের গাছগুলির জন্য কাজ করে। তবে, তারিখবিহীন গাছগুলির ক্ষেত্রে, একটি সাময়িক সম্ভাব্যতা সমস্যা রয়েছে। প্রকৃতপক্ষে, একটি অনুভূমিক স্থানান্তর বোঝায় যে দাতা এবং প্রাপক সমসাময়িক, তাই গাছের উপর একটি সময় সীমাবদ্ধতা বোঝায়। ফলস্বরূপ, দুটি অনুভূমিক স্থানান্তর অসামঞ্জস্যপূর্ণ হতে পারে, কারণ তারা সময়ের সীমাবদ্ধতার বিরোধিতা করে। গতিশীল প্রোগ্রামিং পদ্ধতি সহজেই এই ধরনের অসঙ্গতিগুলি পরীক্ষা করতে পারে না। যদি উপরের গাছটি তারিখবিহীন হয়, তবে একটি সাময়িকভাবে সম্ভাব্য সবচেয়ে পার্সিমোনিয়াস পুনর্মিলন খুঁজে পাওয়া এনপি-হার্ড। এটি স্থির প্যারামিটার ট্র্যাক্টেবল, যার অর্থ হল আউটপুট পরিস্থিতিতে স্থানান্তরের সংখ্যার একটি সূচকীয় দ্বারা সীমাবদ্ধ সময়ে চলমান অ্যালগরিদম রয়েছে। কিছু সমাধান পূর্ণসংখ্যা রৈখিক প্রোগ্রামিং বা শাখা এবং আবদ্ধ অনুসন্ধানকে বোঝায়। যদি উপরের গাছটি তারিখযুক্ত হয়, তবে কোনও অসামঞ্জস্যতা সমস্যা নেই কারণ অনুভূমিক স্থানান্তরগুলি কখনই সময়ের পিছনে না যেতে বাধ্য হতে পারে। একটি সুসঙ্গত সর্বোত্তম পুনর্মিলন খুঁজে বের করার পরে বহুপদী সময়ে বা রাস্কেলে গতি বাড়ানোর মাধ্যমে সমাধান করা হয়, শুধুমাত্র নোড ম্যাপিংয়ের একটি ভগ্নাংশ পরীক্ষা করে। তারিখবিহীন গাছগুলি নেওয়ার বেশিরভাগ সফ্টওয়্যার অস্থায়ী সম্ভাব্যতা সন্ধান করে না, ব্যতীত জেন, যা একটি জেনেটিক অ্যালগরিদমের মাধ্যমে মোট অর্ডারের স্থান অন্বেষণ করে, বা, একটি পোস্ট প্রক্রিয়াতে, নোটাং এবং ইউক্যালিপ্ট, যা সময় সামঞ্জস্যপূর্ণগুলির জন্য সর্বোত্তম সমাধানের সেটের ভিতরে অনুসন্ধান করে। অন্যান্য পদ্ধতিগুলি পুনর্মিলনের পরিপূরক স্তর হিসাবে কাজ করে, পুনর্মিলন সংশোধন করে বা সম্ভাব্য স্থানান্তরের একটি উপসেট ফেরত দেয়, যা একটি প্রজাতি গাছের তারিখ নির্ধারণ করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। ফাইলোজেনিগুলির বিস্তারঃ মৃতদের মধ্যে থেকে স্থানান্তর সাধারণভাবে ফাইলোজেনেটিক্সে, এটি মনে রাখা গুরুত্বপূর্ণ যে কোনও ফাইলোজেনির প্রতিনিধিত্ব করা বিদ্যমান এবং পূর্বপুরুষের প্রজাতিগুলি বর্তমানে বিদ্যমান বা কখনও বিদ্যমান প্রজাতির একটি বিরল নমুনা। এই কারণেই কেউ নিরাপদে ধরে নিতে পারে যে ফাইলোজেনেটিক পদ্ধতি ব্যবহার করে সনাক্ত করা যেতে পারে এমন সমস্ত স্থানান্তর এমন বংশে উদ্ভূত হয়েছে যা কঠোরভাবে বলতে গেলে, অধ্যয়ন করা ফাইলোজেনি থেকে অনুপস্থিত। ফাইলোজেনেটিক গবেষণায় বিলুপ্ত বা নমুনাবিহীন জীববৈচিত্র্যের হিসাব এই প্রক্রিয়াগুলি সম্পর্কে আরও ভাল ধারণা দিতে পারে। মূলত, ডিটিএল পুনর্মিলন পদ্ধতিগুলি এই ঘটনাটিকে স্বীকৃতি দেয়নি এবং কেবল গাছের সমসাময়িক শাখাগুলির মধ্যে স্থানান্তরের অনুমতি দেয়, তাই বেশিরভাগ প্রশংসনীয় সমাধানগুলি উপেক্ষা করে। যাইহোক, তারিখবিহীন উপরের গাছগুলিতে কাজ করার পদ্ধতিগুলিকে একটি ফাইলোজেনির দৃষ্টিকোণ থেকে "ভবিষ্যতে" স্থানান্তরের অনুমতি দিয়ে অজানা বৈচিত্র্যকে অন্তর্নিহিতভাবে পরিচালনা করা হিসাবে দেখা যেতে পারে, অর্থাৎ, দাতা প্রাপকের চেয়ে বেশি প্রাচীন। ভবিষ্যতে স্থানান্তরকে অজানা প্রজাতির প্রজাতিতে রূপান্তরিত করা যেতে পারে, তারপরে অজানা প্রজাতি থেকে স্থানান্তর করা যেতে পারে। এ. এল. ই তার তারিখযুক্ত সংস্করণে জিন বিবর্তনের তারিখযুক্ত জন্ম/মৃত্যুর মডেলে প্রজাতির প্রজাতি/বিলুপ্তির একটি মোরান প্রক্রিয়া যুক্ত করে স্পষ্টভাবে অজানা বৈচিত্র্যকে বিবেচনায় নেয়। মৃতদের থেকে স্থানান্তরগুলি টেরা এবং এক্সেটেরা দ্বারা একটি অস্পষ্ট পরিবেশেও পরিচালিত হয়, যা দেখায় যে এই স্থানান্তরগুলি বিবেচনা করে পুনর্মিলন ব্যবহার করে জিন গাছগুলির পুনর্গঠন করার ক্ষমতা উন্নত করে এবং আরও স্পষ্ট মডেলের সাথে এবং একটি সম্ভাব্য পরিবেশে, এ. এল. ই-তে তারিখবিহীন। জীবভূগোলের সুনির্দিষ্টতাঃ অঞ্চলের "বিবর্তনের" জন্য একটি গাছের মতো কাঠামো জৈবভূগোলের মধ্যে, পুনর্মিলনের পদ্ধতির কিছু প্রয়োগ একটি উপরের গাছ হিসাবে বিবেচিত হয় যা পূর্বপুরুষের নির্দিষ্ট নোড সহ একটি এলাকা ক্ল্যাডোগ্রাম। উদাহরণস্বরূপ, মূলটি হতে পারে প্যানজিয়া এবং নোডগুলি সমসাময়িক মহাদেশ। কখনও কখনও, অভ্যন্তরীণ নোডগুলি পূর্বপুরুষের অঞ্চল নয়, বরং তাদের শিশুদের অঞ্চলের সংযোগ, যা নীচের গাছ বরাবর প্রজাতির বিবর্তনের সম্ভাবনাকে এক বা একাধিক অঞ্চলে বসবাসের জন্য দায়ী করে। এই ক্ষেত্রে, বিবর্তনীয় ঘটনাগুলি হল অভিবাসন, যেখানে একটি প্রজাতি একটি নতুন অঞ্চলে উপনিবেশ স্থাপন করে, অ্যালোপ্যাট্রিক প্রজাতি, বা ভিকারিয়েন্স, হোস্ট/সিম্বিয়ন্ট তুলনার সহ-প্রজাতির সমতুল্য। যদিও এই পদ্ধতিটি সর্বদা একটি গাছ দেয় না (যদি এ, বি, সি পাতার এবি এবং বিসি মিলন বিদ্যমান থাকে, একটি শিশুর একাধিক পিতামাতা থাকতে পারে), এবং এই কাঠামোটি সময়ের সাথে সম্পর্কিত নয় (একটি প্রজাতির পক্ষে অভিবাসনের মাধ্যমে এ থেকে এবি এবং বিলুপ্তির মাধ্যমে এবি থেকে এ যাওয়া সম্ভব), পুনর্মিলন পদ্ধতি-ঘটনা এবং গতিশীল প্রোগ্রামিংয়ের সাথে-উপরের ভৌগলিক কাঠামো এবং নিম্ন প্রজাতির গাছের মধ্যে বিবর্তনীয় পরিস্থিতি অনুমান করতে পারে। ডিভা এবং ল্যাগ্রাঞ্জ দুটি পুনর্মিলনের মডেল যা এই জাতীয় গাছের মতো কাঠামো তৈরি করে এবং তারপরে পুনর্মিলন প্রয়োগ করে, প্রথমটি একটি পার্সিমনি নীতি সহ, দ্বিতীয়টি একটি সম্ভাব্য কাঠামোর মধ্যে। উপরন্তু, বায়োজিওবিয়ার্স একটি জীবভৌগোলিক অনুমান প্যাকেজ যা ডিভা এবং ল্যাগ্রাঞ্জ মডেলগুলিকে পুনরায় প্রয়োগ করে এবং দূরবর্তী নির্ভরশীল স্থানান্তর এবং পরিসংখ্যানগত মডেল নির্বাচনের উপর আলোচনার মতো নতুন বিকল্পের অনুমতি দেয়। গ্রাফিকাল আউটপুট দুটি গাছ এবং একাধিক বিবর্তনীয় ঘটনা তাদের প্রতিনিধিত্ব করার সাথে সংযুক্ত করে, পুনর্মিলন গাছগুলি দেখা একটি চ্যালেঞ্জিং কিন্তু প্রয়োজনীয় প্রশ্ন যাতে পুনর্মিলন অধ্যয়নগুলি আরও সহজলভ্য হয়। কিছু পুনর্মিলন সফ্টওয়্যারের মধ্যে রয়েছে নীচের গাছগুলিতে বিবর্তনীয় ঘটনাগুলির বিবরণ, অন্যগুলি, এবং নির্দিষ্ট প্যাকেজগুলি, ডিএল বা ডিটিএল-এ, উপরের গাছে এম্বেড করা নীচের গাছটির সন্ধান করে। এই ক্ষেত্রে একটি অসুবিধা হল বিভিন্ন পুনর্মিলন সফ্টওয়্যারের জন্য বিভিন্ন আউটপুট বিন্যাস। একটি সাধারণ মান, রেফাইলোক্সএমএল, সম্প্রদায়ের অংশ দ্বারা প্রতিষ্ঠিত এবং অনুমোদিত হয়েছে, এবং একজন দর্শক উপলব্ধ, বহু স্তরের সিস্টেমে পুনর্মিলন প্রদর্শন করতে সক্ষম। অতিরিক্ত ব্যবহারিক বিবেচনার সমাধান জৈবিক তথ্যে ডিটিএল পুনর্মিলন প্রয়োগ করা অনিশ্চয়তা এবং ইনপুট এবং আউটপুটের আত্মবিশ্বাসের মাত্রা সম্পর্কিত বেশ কয়েকটি সমস্যা উত্থাপন করে। আউটপুট সম্পর্কে, উত্তরের অনিশ্চয়তা সমগ্র সমাধান স্থানের অন্বেষণের আহ্বান জানায়। ইনপুট সম্পর্কে, ফাইলোজেনেটিক পুনর্মিলনকে উপরের বা নীচের গাছগুলির রেজোলিউশন বা শিকড়ের অনিশ্চয়তা পরিচালনা করতে হবে, এমনকি তাদের আত্মবিশ্বাস অনুযায়ী শিকড় বা রেজোলিউশন প্রস্তাব করতে হবে। সামঞ্জস্যের স্থান অন্বেষণ ডায়নামিক প্রোগ্রামিং সর্বোত্তমগুলির মধ্যে বা তাদের সম্ভাবনা অনুসারে সামঞ্জস্যের নমুনা নেওয়া সম্ভব করে তোলে। সমাধানের সংখ্যার আনুপাতিক সময়ে এগুলি গণনা করাও সম্ভব, এমন একটি সংখ্যা যা দ্রুত অপ্রয়োজনীয় হয়ে উঠতে পারে (এমনকি শুধুমাত্র সর্বোত্তমগুলির জন্যও)। বহু সম্ভাব্য পুনর্মিলনের মধ্যে কাঠামো খুঁজে বের করা এবং উপস্থাপন করা সাম্প্রতিক পদ্ধতিগত বিকাশের কেন্দ্রবিন্দুতে রয়েছে, বিশেষত হোস্ট এবং সিম্বিয়ন্ট লক্ষ্যযুক্ত পদ্ধতির জন্য। বেশ কয়েকটি কাজ সর্বোত্তমগুলির একটি অভিন্ন নমুনা থেকে বা সর্বোত্তম সমাধানগুলির সংক্ষিপ্তসার করে একটি গ্রাফ তৈরি করে সংহত উপায়ে পুনর্মিলনের একটি সেট উপস্থাপন করার উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করেছে। সমস্ত অনুকূল (বা উপ-অনুকূল) পুনর্মিলনের উপর ভিত্তি করে নির্দিষ্ট ঘটনাগুলিকে সমর্থন মূল্য প্রদান করে বা একটি ঐকমত্য সমন্বিত বৃক্ষ ব্যবহার করে এটি অর্জন করা যেতে পারে। একটি ডিএল মডেলে, ভাগ করা ঘটনাগুলির উপর ভিত্তি করে একটি মধ্যবর্তী পুনর্মিলন সংজ্ঞায়িত করা এবং বহুপদী সময়ে এটি গণনা করা সম্ভব। ই. এম. পি. আর. ই. এস ক্লাস্টারিংয়ের মাধ্যমে অনুরূপ পুনর্মিলনগুলিকে গোষ্ঠীভুক্ত করতে পারে, বহুপদী সময়ে গণনাযোগ্য পুনর্মিলনের মধ্যে সমস্ত জোড় ভিত্তিক দূরত্ব সহ (সর্বাধিক পার্সিমোনিয়াস পুনর্মিলনের সংখ্যা থেকে স্বাধীনভাবে)। একই লক্ষ্যে, ক্যাপিবারা পুনর্মিলনের মধ্যে সমতুল্য শ্রেণীগুলিকে সংজ্ঞায়িত করে, সমস্ত শ্রেণীর জন্য দক্ষতার সাথে প্রতিনিধিদের গণনা করে এবং রৈখিক বিলম্বের সাথে প্রদত্ত সংখ্যক পুনর্মিলনের ফলাফল দেয় (প্রথমে সর্বোত্তম, তারপর সর্বোত্তম)। অনুভূমিক স্থানান্তর অনুমোদিত দূরত্ব বৃদ্ধি বা হ্রাস করার সময় বেশিরভাগ পার্সিমোনিয়াস পুনর্মিলনের স্থান প্রসারিত বা হ্রাস করা যেতে পারে, যা সহজেই গতিশীল প্রোগ্রামিং দ্বারা করা হয়। রিকনসিলিয়েশন এবং ইনপুট অনিশ্চয়তার সাথে ফাইলোজেনেটিক গাছগুলিকে বোঝানো রিকনসিলিয়েশন দুটি স্থির গাছের সাথে কাজ করে, একটি নিম্ন এবং একটি উপরের, উভয়ই সঠিক এবং শিকড়যুক্ত বলে ধরে নেওয়া হয়। তবে, এই গাছগুলি প্রাথমিক তথ্য নয়। ফাইলোজেনেটিক্সের জন্য সর্বাধিক ব্যবহৃত তথ্যগুলি সংযুক্ত নিউক্লিওটিডিক বা প্রোটিক সিকোয়েন্স নিয়ে গঠিত। ডি. এন. এ নিষ্কাশন, জিনোমের ক্রমবিন্যাস, একত্রিতকরণ এবং টীকা প্রদান, জিনের মধ্যে সমতাত্ত্বিক সম্পর্ককে স্বীকৃতি দেওয়া এবং ফাইলোজেনেটিক পুনর্গঠনের জন্য একাধিক সারিবদ্ধকরণ তৈরি করা হল সমস্ত জটিল প্রক্রিয়া যেখানে ত্রুটিগুলি শেষ পর্যন্ত পুনর্গঠিত গাছকে প্রভাবিত করতে পারে। যে কোনও টপোলজি বা মূলগত ত্রুটি ভুল ব্যাখ্যা করা যেতে পারে এবং নিয়মতান্ত্রিক পক্ষপাতের কারণ হতে পারে। উদাহরণস্বরূপ, ডিএল পুনর্মিলনে, নীচের গাছের পক্ষপাতের ত্রুটিগুলি মূলের কাছাকাছি আরও অনুলিপি ঘটনার প্রতি পুনর্মিলন এবং পাতার কাছাকাছি আরও ক্ষতি করে। অন্যদিকে, সামষ্টিক বিবর্তনীয় মডেল হিসাবে পুনর্মিলন, ক্রম বিবর্তনের ক্ষুদ্র বিবর্তনীয় মডেলের পরিপূরক স্তর হিসাবে কাজ করতে পারে, পলিটমি (দুটির বেশি শিশু সহ নোড) বা শিকড়যুক্ত গাছগুলি সমাধান করতে পারে, বা আরও ভাল ফাইলোজেনি পাওয়ার জন্য সমন্বিত মডেলের মাধ্যমে এর সাথে জড়িত হতে পারে। এই দিকের বেশিরভাগ কাজ জিন/প্রজাতির পুনর্মিলনের উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করে, তবুও কিছু প্রাথমিক পদক্ষেপ হোস্ট/সিম্বিয়ন্টে করা হয়েছে, যেমন শিকড়হীন সিম্বিয়ন্ট গাছ বিবেচনা করা বা জেনের পলিটমি নিয়ে কাজ করা। পুনর্মিলনের মাধ্যমে নীচের গাছগুলির স্থান অন্বেষণ করা সহজেই শিকড়হীন নীচের গাছগুলিকে ইনপুট হিসাবে নিতে পারে, যা প্রায়শই ব্যবহৃত বৈশিষ্ট্য কারণ আণবিক তথ্য থেকে অনুমান করা গাছগুলি সাধারণত শিকড়হীন হয়। সমস্ত সম্ভাব্য শিকড় পরীক্ষা করা সম্ভব, অথবা শিকড়হীন গাছের একটি চিন্তাশীল ট্রিপল ট্র্যাভার্সাল অতিরিক্ত সময় জটিলতা ছাড়াই এটি করার অনুমতি দেয়। একটি ডুপ্লিকেশন-লস মডেলে, খরচ কমানোর জন্য শিকড়ের সেট একে অপরের কাছাকাছি পাওয়া যায়, যা একটি "মালভূমি" গঠন করে, একটি বৈশিষ্ট্য যা ডিটিএল-এ সাধারণীকরণ করে না। পুনর্মিলন ইনপুট নন বাইনারি ট্রি হিসাবেও নেওয়া যেতে পারে, অর্থাৎ, দুটির বেশি শিশু সহ অভ্যন্তরীণ নোড সহ। উদাহরণস্বরূপ, এই ধরনের গাছগুলি কম পরিসংখ্যানগত সমর্থন সহ শাখা সংকুচিত করে পাওয়া যেতে পারে। পুনর্মিলন স্কোর অনুযায়ী একটি অ বাইনারি ট্রি থেকে একটি বাইনারি ট্রি উল্লেখ করা দক্ষ পদ্ধতিতে ডিএল-এ সমাধান করা হয়। ডিটিএল-এ, সমস্যাটি হল এনপি হার্ড। হিউরিস্টিক্স এবং সঠিক স্থির প্যারামিটার ট্র্যাক্টেবল অ্যালগরিদমগুলি সম্ভাব্য সমাধান। নিচু গাছগুলিতে অনিশ্চয়তা সামলানোর আরেকটি উপায় হল একটি গাছের পরিবর্তে বিকল্প নিচু গাছের নমুনা নেওয়া। উদাহরণস্বরূপ, যে গবেষণাপত্রে পুনর্মিলনের নাম দেওয়া হয়েছিল, তাতে সম্ভবত সমস্ত নিম্নতর গাছ বিবেচনা করার এবং এই গাছগুলির মধ্যে থেকে তাদের ডিএল খরচ অনুযায়ী সেরা গাছটি বেছে নেওয়ার প্রস্তাব দেওয়া হয়েছিল, যা ট্রিফিক্স-ডিটিএল দ্বারাও ব্যবহৃত একটি নীতি। নিম্ন গাছের নমুনা একইভাবে সারিবদ্ধ ক্রম অনুসারে তাদের সম্ভাবনা প্রতিফলিত করতে পারে, যেমন বায়েসিয়ান মার্কভ চেইন মন্টে কার্লো পদ্ধতি থেকে প্রাপ্ত যেমন ফাইলোবায়েস-এ প্রয়োগ করা হয়েছে। এ. এন. জি. এস. টি, এ. এল. ই এবং ই. সি. ই. টি. ই. আর. এ "একত্রীকরণ" ব্যবহার করে, যা ডি. টি. এল গতিশীল প্রোগ্রামিংয়ের একটি সম্প্রসারণ যা একক গাছের পরিবর্তে বিকল্প নিম্ন গাছের একটি সেটকে দক্ষতার সাথে অতিক্রম করতে সক্ষম। একদিকে একাধিক ক্রম বিন্যাস থেকে এবং অন্যদিকে উপরের গাছের সাথে পুনর্মিলন থেকে, একটি যৌথ সম্ভাবনা দ্বারা পরিচালিত নিম্ন গাছের জায়গায় একটি স্থানীয় অনুসন্ধান, একটি ডিএল মডেলের সাথে ফিলডগে এবং ডিটিএল-এর সাথে জিনেরাক্সে অর্জন করা হয়। ক্রম বিবর্তন এবং শিথিল আণবিক ঘড়ি সহ একটি ডিএল মডেলে, নিচের গাছের স্থানটি একটি এম. সি. এম. সি দিয়ে অন্বেষণ করা যেতে পারে। ডিটিএল স্কোর বাড়ানোর জন্য মোগলিএনএনআই দুর্বলভাবে সমর্থিত নোডগুলিতে ইনপুট জিন ট্রি সংশোধন করতে পারে, অন্যদিকে ট্রীসল্ভ দুর্বলভাবে সমর্থিত নোডগুলিকে ভেঙে দিয়ে যোগ করা মাল্টিফার্কেশনের সমাধান করে। পরিশেষে, সমন্বিত মডেলগুলি-মিশ্রণ ক্রম বিবর্তন এবং পুনর্মিলন-গতিশীল প্রোগ্রামিংয়ের মাধ্যমে একটি যৌথ সম্ভাবনা গণনা করতে পারে (পুনর্মিলন এবং জিন ক্রম বিবর্তন উভয়ের জন্য), মার্কভ চেইন মন্টে কার্লো ব্যবহার করে শাখার দৈর্ঘ্য অনুমান করার জন্য আণবিক ঘড়ি অন্তর্ভুক্ত করতে পারে, একটি ডিএল মডেলে বা একটি শিথিল আণবিক ঘড়ি দিয়ে, এবং একটি ডিটিএল মডেলে। এই মডেলগুলি জিন/প্রজাতির কাঠামোতে প্রয়োগ করা হয়েছে, এখনও হোস্ট/সিম্বিয়ন্ট বা জৈব ভূগোল প্রসঙ্গে নয়। পুনর্মিলন ব্যবহার করে উপরের গাছগুলিকে নির্দেশ করা নিম্ন গাছের একটি সেট থেকে একটি উপরের গাছকে নির্দেশ করা সুপারট্রি সমস্যা সম্পর্কিত একটি দীর্ঘস্থায়ী প্রশ্ন। জিন/প্রজাতির পুনর্মিলনের ক্ষেত্রে এটি বিশেষভাবে আকর্ষণীয় যেখানে সম্পূর্ণ জিনোম সিকোয়েন্স থেকে অনেক (সাধারণত হাজার হাজার) জিন গাছ পাওয়া যায়। সুপারট্রি পদ্ধতিগুলি গাছের সেটের উপর ভিত্তি করে একটি প্রজাতি গাছ একত্রিত করার চেষ্টা করে যা সমসাময়িক প্রজাতির সেট এবং টপোলজির ক্ষেত্রে ভিন্ন হতে পারে, তবে সাধারণত এই পার্থক্যগুলি ব্যাখ্যা করে জৈবিক প্রক্রিয়াটির জন্য বিবেচনা না করেই। যাইহোক, কিছু সুপারট্রি পদ্ধতি প্রজাতি গাছের পুনর্গঠনের জন্য পরিসংখ্যানগতভাবে সামঞ্জস্যপূর্ণ যদি জিন গাছগুলি একটি ডিএল মডেলের অধীনে অনুকরণ করা হয়। এর মানে হল যে, যদি ডিএল মডেলের মাধ্যমে প্রকৃত উপরের গাছ থেকে উৎপন্ন ইনপুট নিম্ন গাছের সংখ্যা অনন্তের দিকে বৃদ্ধি পায়, যদি কোনও অতিরিক্ত ত্রুটি না থাকে, তবে আউটপুট উপরের গাছটি প্রায় নিশ্চিতভাবে সত্যের সাথে মিলিত হয়। এটি একটি চতুষ্কোণ দূরত্বের ক্ষেত্রে দেখানো হয়েছে, এবং একটি সাধারণীকৃত রবিনসন ফোল্ডের মাল্টিকপি দূরত্বের সাথে, আরও ভাল চলমান সময়ের সাথে তবে ধরে নেওয়া যায় যে জিন গাছগুলিতে প্রজাতি গাছের বিরোধিতা করে দ্বিদলীয় বিভাজন নেই, যা একটি ডিএল মডেলের অধীনে বিরল বলে মনে হয়। উপরের গাছগুলির অনুমানের জন্যও পুনর্মিলন ব্যবহার করা যেতে পারে। এটি একটি গণনামূলকভাবে কঠিন সমস্যাঃ ইতিমধ্যেই একটি নন-বাইনারি আপার ট্রি-তে বাইনারি লোয়ার ট্রি-সহ পলিটমি সমাধান করা-একটি ডিএল পুনর্মিলন স্কোরকে ন্যূনতম করা-এনপি-হার্ড। বিশেষ করে, বিভিন্ন জিন গাছের জন্য সর্বোত্তম ডিএল খরচ প্রদান করে প্রজাতি গাছের পুনর্গঠন করা এনপি-শক্ত এবং 2-সামঞ্জস্যপূর্ণ। একে জিন ডুপ্লিকেশন সমস্যা বা আরও সাধারণভাবে জিন ট্রি পার্সিমনি বলা হয়। সমস্যাটিকে আরও ভাল প্রজাতির গাছ পুনর্গঠন পেতে প্যারালজি সনাক্ত করার একটি উপায় হিসাবে দেখা হয়েছিল। এটি এনপি-হার্ড, সমস্যা জটিলতা এবং বিভিন্ন ইনপুট আকার, কাঠামো এবং আইএলএস উপস্থিতি সহ মডেলের আচরণের উপর আকর্ষণীয় ফলাফল সহ। আইএলপি বা হিউরিস্টিক্স সহ একাধিক সমাধান বিদ্যমান, এবং একটি গভীর সমন্বয় স্কোরের সম্ভাবনা সহ। ওডিটিএল ইনপুট জিন গাছ হিসাবে গ্রহণ করে এবং একটি পাহাড়-আরোহণ অনুসন্ধানের সাথে একটি ডিটিএল মডেল অনুসারে সর্বাধিক সম্ভাবনাময় প্রজাতির গাছ অনুসন্ধান করে। এই পদ্ধতিটি সময়মতো অর্ডার করা অভ্যন্তরীণ নোড সহ একটি প্রজাতি গাছ তৈরি করে, যা নিম্ন গাছের মধ্যে স্থানান্তরের পরিস্থিতিগুলির জন্য একটি সময় সামঞ্জস্যতা নিশ্চিত করে। আরও সাধারণ সমস্যা সমাধানের জন্য, ফিলডগ স্থানীয় অনুসন্ধানের একাধিক রাউন্ডের মাধ্যমে একাধিক পারিবারিক সারিবদ্ধকরণ থেকে সর্বাধিক সম্ভাব্যতা প্রজাতির গাছ, জিন গাছ এবং ডিএল পরামিতিগুলির জন্য অনুসন্ধান করে। এইভাবে এটি একই সময়ে উপরের এবং নীচের উভয় গাছ অনুসন্ধান করে। মিক্সট্রিম একটি দ্রুত সমাধান উপস্থাপন করে। দুই-স্তরের ডিটিএল মডেলের সীমাবদ্ধতা গতিশীল প্রোগ্রামিংয়ের একটি সীমাঃ শিশুদের বংশের অ-স্বাধীন বিবর্তন গতিশীল প্রোগ্রামিং কাঠামো, সাধারণ জন্ম ও মৃত্যুর মডেলের মতো, নীচের গাছে শিশুদের বংশের স্বাধীন বিবর্তনের অনুমানের অধীনে কাজ করে। যাইহোক, এই অনুমানটি ধরে রাখা যায় না যদি মডেলটি অন্যান্য বেশ কয়েকটি নথিভুক্ত বিবর্তনীয় ঘটনার সাথে পরিপূরক হয়, যেমন প্রাপক বংশে একটি সমজাতীয় জিনের প্রতিস্থাপনের সাথে অনুভূমিক স্থানান্তর, বা জিন রূপান্তর। প্রতিস্থাপনের সাথে অনুভূমিক স্থানান্তর সাধারণত উপরের গাছের পুনর্বিন্যাস দ্বারা মডেল করা হয়, যাকে সাবট্রি প্রুন অ্যান্ড রিগ্রাফ্ট (এসপিআর) বলা হয়। এস. পি. আর-এর অধীনে পুনর্মিলন এন. পি-হার্ড, এমনকি তারিখযুক্ত গাছগুলিতেও, এবং আউটপুট আকারের ক্ষেত্রে স্থির-পরামিতি ট্র্যাক্টেবল। অনুভূমিক স্থানান্তর প্রতিস্থাপনের মডেল এবং অনুমান করার আরেকটি উপায় হল সর্বাধিক চুক্তি অরণ্যের মাধ্যমে, যেখানে দুটি অভিন্ন (বা পরিসংখ্যানগতভাবে অবিচ্ছেদ্য) উপরের এবং নীচের বন পাওয়ার জন্য নীচের এবং উপরের গাছগুলিতে শাখা কাটা হয়। সমস্যাটি এনপি-হার্ড, তবে বেশ কয়েকটি আনুমানিক প্রস্তাব করা হয়েছে। ডিএল মডেলের উপরে স্থানান্তর প্রতিস্থাপন বিবেচনা করা যেতে পারে। একই শিরাতে, জিন রূপান্তরকে "প্রতিস্থাপন প্রতিলিপি" হিসাবে দেখা যেতে পারে। এই পরবর্তী ক্ষেত্রে, একটি বহুপদী অ্যালগরিদম যা গতিশীল প্রোগ্রামিং ব্যবহার করে না এবং এলসিএ পদ্ধতির একটি সম্প্রসারণ, জিন রূপান্তর সহ সমস্ত সর্বোত্তম সমাধান খুঁজে পেতে পারে। জনসংখ্যার স্তরের সংহতকরণঃ বিচ্ছিন্ন হতে ব্যর্থতা এবং অসম্পূর্ণ বংশবিন্যাস হোস্ট/সিম্বিয়ন্ট কাঠামোতে, একটি একক সিম্বিয়ন্ট প্রজাতি কখনও কখনও বেশ কয়েকটি হোস্ট প্রজাতির সাথে যুক্ত হয়। এর অর্থ হ 'ল হোস্টের মধ্যে একটি প্রজাতি বা বৈচিত্র্য লক্ষ্য করা গেলেও, জনসংখ্যাগুলি প্রতীকে অবিচ্ছেদ্য। এটি উদাহরণস্বরূপ সিম্বিয়ন্ট ট্রি-তে অতিরিক্ত পলিটমি দ্বারা পরিচালিত হয়, সম্ভবত জটিল অনুমানের সমস্যার দিকে পরিচালিত করে, কারণ পলিটমিগুলি সমাধান করা প্রয়োজন। এটি একটি অতিরিক্ত বিবর্তনীয় ঘটনা "বিচ্ছিন্ন হওয়ার ব্যর্থতা" (জেন, আমোকোয়ালা) দ্বারাও মডেল করা হয়েছে। বিচ্ছিন্ন হতে ব্যর্থতা জনসংখ্যার মধ্যে "মুক্ত" হোস্ট পরিবর্তনের অনুমতি দেওয়ার একটি উপায় হতে পারে, যা ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত হোস্টগুলির মধ্যে প্রতীকগুলির প্রবাহ। সেই দৃষ্টিভঙ্গি অনুসরণ করে, ইউক্যালিপ্টে শুধুমাত্র ঘনিষ্ঠ পোষকের জন্য অনুমোদিত হোস্ট সুইচ বিবেচনা করা হয়। নিকটবর্তী জনসংখ্যার মধ্যে অনুভূমিক প্রবাহের এই ধারণাটি জিন/প্রজাতির কাঠামোর ক্ষেত্রেও প্রয়োগ করা যেতে পারে, জনসংখ্যার মধ্যে জিন প্রবাহের একটি গ্রেডিয়েন্টের উপর ভিত্তি করে প্রজাতির সংজ্ঞা সহ। বিচ্ছিন্ন হতে ব্যর্থতা হ 'ল পুনর্মিলনে জনসংখ্যার গতিশীলতা প্রবর্তনের একটি উপায়, যা মূলত বহু-প্রজাতির স্তরের সাথে খাপ খাইয়ে নেওয়া একটি কাঠামো, যেখানে জনসংখ্যাকে ভালভাবে পৃথক করার কথা। অন্যান্য জনসংখ্যার ঘটনা রয়েছে যা এই কাঠামোকে সীমাবদ্ধ করে, যার মধ্যে একটি হল বংশের গভীর সমন্বয়, যার ফলে অসম্পূর্ণ বংশবিন্যাস বাছাই (আই. এল. এস) হয়, যা ডি. টি. এল মডেল দ্বারা পরিচালিত হয় না। বহু প্রজাতির একত্রীকরণ হল একটি প্রজাতির গাছ বরাবর অ্যালিল বিবর্তনের একটি ধ্রুপদী মডেল, যেখানে অ্যালিলের জন্ম হয় এবং প্রজাতিতে অ্যালিলের বাছাই করা হয়, যা জনসংখ্যার আকার বিবেচনা করে এবং প্রাকৃতিকভাবে আই. এল. এস-কে অন্তর্ভুক্ত করে। একটি পুনর্মিলনের প্রেক্ষাপটে, জনসংখ্যার মডেলের জটিল সংহতকরণ ছাড়াই আই. এল. এস-এর হিসাব রাখার জন্য বেশ কয়েকটি প্রচেষ্টা করা হয়েছে। উদাহরণস্বরূপ, আই. এল. এস-কে জিন গাছের সম্ভাব্য বিবর্তনীয় প্যাটার্ন হিসাবে দেখা যেতে পারে। সেক্ষেত্রে, শিশুদের বংশ একে অপরের থেকে স্বাধীন নয়, যার ফলে জটিলতার ফলাফল পাওয়া যায়। আই. এল. এস একা এল. সি. এ দিয়ে পরিচালনা করা যেতে পারে, কিন্তু আই. এল. এস + ডি. এল পুনর্মিলন এন. পি কঠিন, এমনকি স্থানান্তর ছাড়াই। নটুং পলিটমিতে প্রজাতির গাছের ছোট ছোট শাখাগুলি ভেঙে দিয়ে এবং সেই পলিটমিতে জিন গাছের মুক্ত বৈচিত্র্য হিসাবে আই. এল. এস-কে অনুমতি দিয়ে আই. এল. এস-কে পরিচালনা করে। ই. সি. ই. টি. ই. আর. এ প্রজাতি গাছের সংযুক্ত অংশগুলির সর্বাধিক আকারকে আবদ্ধ করে যেখানে আই. এল. এস ঘটতে পারে, সেই পরামিতিটিতে একটি নির্দিষ্ট পরামিতি ট্র্যাক্টেবল অ্যালগরিদম প্রস্তাব করে। আই. এল. এস এবং ডি. এল একটি গাছের পরিবর্তে একটি উপরের নেটওয়ার্কে বিবেচনা করা যেতে পারে। মডেল প্যারামিটারগুলি অনুমান করার সম্ভাবনা সহ বিশেষভাবে ইন্ট্রোগ্রেশন-এ এই মডেলগুলি। আই. এল. এস-এর জন্য আরও সমন্বিত পুনর্মিলনের মডেল প্রস্তাব করা হয়েছে, যার মধ্যে ডি. এল. সিওল-এর সাথে ডি. এল এবং মাল্টিস্পেশিস কোলসেন্ট উভয়ই রয়েছে। এটি একটি পার্সিমনি অনুবাদ সহ একটি সম্ভাব্য মডেল, যা জিন এবং প্রজাতির মধ্যে একটি মধ্যবর্তী লোকাস গাছের মাধ্যমে পরিচালিত দুটি ক্রমিক এলসিএ-টাইপ হিউরিস্টিক্সের প্রস্তাব দেয়। যাইহোক, জিন/প্রজাতির পুনর্মিলন কাঠামোর বাইরে, আই. এল. এস কোনও নির্দিষ্ট কারণে হোস্ট/সিম্বিয়ন্টে বা জীবভূগোলের ক্ষেত্রে কখনও বিবেচনা করা হয়নি বলে মনে হয়। দুই স্তরের বেশি সহ কোফিলোজেনি পুনর্মিলনের একটি আকর্ষণীয় দিক হল সংগঠনের বিভিন্ন স্তর পরিচালনা করার সাধারণ পদ্ধতিঃ এটি ডোমেন এবং প্রোটিন গাছ, জিন এবং প্রজাতি গাছ, পোষক এবং প্রতীক গাছ, জনসংখ্যা এবং ভৌগলিক গাছের তুলনা করার জন্য ব্যবহৃত হয়। যাইহোক, এখন যেহেতু বিজ্ঞানীরা বিবেচনা করেন যে জৈবিক ক্রিয়াকলাপের বহু-স্তরের মডেলগুলি জীব এবং তাদের পরিবেশ সম্পর্কে একটি অভিনব এবং খেলা পরিবর্তনকারী দৃষ্টিভঙ্গি নিয়ে আসে, প্রশ্নটি হল এই হোলোবিয়ন্ট যুগে ফাইলোজেনেটিক্স আনার জন্য পুনর্মিলন কীভাবে ব্যবহার করা যায়। বিবর্তনের বিভিন্ন মাত্রায় সত্তাগুলির সহবিবর্তন হলোবিওন্ট ধারণার ভিত্তিতেঃ বৃহদাকার জীব, অণুজীব এবং তাদের জিনগুলির একটি একক বাস্তুতন্ত্রে একটি সাধারণ কার্যকারিতার সাথে আবদ্ধ একটি ভিন্ন ইতিহাস রয়েছে। পোষক, প্রতীক এবং তাদের জিনের জড়িয়ে পড়ার মতো জৈবিক ব্যবস্থা দুটিরও বেশি স্তরের মধ্যে কার্যকরী এবং বিবর্তনীয় নির্ভরশীলতাকে বোঝায়। জটিল বিবর্তনীয় আন্তঃনির্ভরতা সহ বহু স্তরের ব্যবস্থার উদাহরণ জিনগুলি জিনোমের সীমানা অতিক্রম করে সহাবস্থান করে বিভিন্ন জিনোম থেকে জিনের সহযোগিতা এবং সহাবস্থানের সম্ভাবনার উপর জোর দেয়। উদাহরণস্বরূপ, একটি সিম্বিয়ন্ট জিনোমের নির্দিষ্ট জিন তার পোষককে একটি ফাংশন প্রদান করতে পারে, যেমন উপলব্ধ খাওয়ানোর উৎস থেকে অনুপস্থিত একটি গুরুত্বপূর্ণ যৌগ উৎপাদন। একটি আইকনিক উদাহরণ হল রক্ত খাওয়ানো বা সাপ খাওয়ানো পোকামাকড়ের ক্ষেত্রে, যা প্রায়শই এক বা একাধিক ব্যাকটেরিয়ার প্রতীকগুলির উপর নির্ভর করে এমন একটি সম্পদের উপর নির্ভর করে যা চিনির প্রাচুর্যে রয়েছে, তবে প্রয়োজনীয় অ্যামিনো-অ্যাসিড বা ভিটামিনের অভাব রয়েছে। আরেকটি উদাহরণ হল নাইট্রোজেন-ফিক্সিং ব্যাকটেরিয়ার সঙ্গে ফ্যাবেসির সম্পর্ক। পোষকের যৌগিক সুবিধাভোগী সাধারণত সিম্বিয়ন্ট জিনোমে এনকোড করা জিনের একটি সেট দ্বারা উত্পাদিত হয়, যা বিবর্তন জুড়ে, অন্যান্য সিম্বিয়ন্টে এবং/অথবা পোষক জিনোমের ভিতরে এবং বাইরে স্থানান্তরিত হতে পারে। পুনর্মিলন পদ্ধতিতে বিভিন্ন প্রজাতির জিনোমের অংশগুলির মধ্যে বিবর্তনীয় সংযোগ প্রকাশ করার সম্ভাবনা রয়েছে। জিনোমের সীমানার বাইরে সহ-বিবর্তিত জিনের অনুসন্ধান যেখানে সেগুলি এনকোড করা হয়েছে তা হলোবিয়ন্টে জীবের সংযোগের ভিত্তি তুলে ধরবে। অনুভূমিক জিন স্থানান্তরের পথগুলি একাধিক স্তরের উপর নির্ভর করে আন্তঃকোষীয় পারস্পরিক প্রতীকী পোকামাকড় ব্যবস্থায়, অনুভূমিক জিন স্থানান্তরের একাধিক ঘটনা চিহ্নিত করা হয়েছে, তা পোষক থেকে প্রতীক, প্রতীক থেকে পোষক বা প্রতীক থেকে প্রতীক। পুষ্টি পথের সাথে জড়িত এন্ডোসিম্বিয়ন্ট জিনের স্থানান্তর সুবিধাভোগী পোকামাকড়ের পোষকের কাছে অগ্রাধিকারের সাথে ঘটতে দেখা গেছে যদি দাতা এবং প্রাপক বংশগুলি একই পোষককে ভাগ করে নেয়। প্রতিরক্ষামূলক প্রোটিন সরবরাহকারী ব্যাকটেরিয়াল সিম্বিয়ন্ট বা উদ্ভিদের সাথে যুক্ত বাধ্যতামূলক পাতার নোডুল ব্যাকটেরিয়াল সিম্বিয়ন্ট সহ পোকামাকড়ের ক্ষেত্রেও এটি ঘটে। মানব পোষকের মধ্যে, জিন স্থানান্তর একই অঙ্গে হোস্ট করা প্রতীকগুলির মধ্যে অগ্রাধিকারের সাথে ঘটতে দেখা গেছে। হোস্ট/সিম্বিয়ন্ট সিস্টেমে অনুভূমিক জিন স্থানান্তরের একটি পর্যালোচনা একাধিক প্রমাণ সহ এইচজিটিগুলিকে সমর্থন করার গুরুত্বের উপর জোর দেয়। উল্লেখযোগ্যভাবে এটি যুক্তি দেওয়া হয় যে আবাসস্থল, একটি ভৌগলিক অঞ্চল বা একই হোস্ট ভাগ করে নেওয়ার প্রতীকগুলি জড়িত করার সময় স্থানান্তরকে আরও ভাল সমর্থিত হিসাবে বিবেচনা করা উচিত। তবে, মনে রাখা উচিত যে পোষক এবং প্রতীকগুলির বেশিরভাগ বৈচিত্র্য অজানা এবং এই স্থানান্তরগুলি নমুনাবিহীন ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত প্রজাতি, পোষক বা প্রতীকগুলিতে ঘটতে পারে। প্রতীকগুলিতে জিন স্থানান্তর হোস্ট দ্বারা সীমাবদ্ধ এই ধারণাটি হোস্টের ফাইলোজেনেটিক ইতিহাস তদন্ত করতেও ব্যবহার করা যেতে পারে। উদাহরণস্বরূপ, ফাইলোজিওগ্রাফিক্যাল গবেষণার উপর ভিত্তি করে, এটি এখন গৃহীত হয়েছে যে হেলিকোব্যাক্টর পাইলোরি ব্যাকটেরিয়াটি মানব প্রজাতির উৎপত্তি থেকেই মানুষের জনসংখ্যার সাথে যুক্ত। ইউরোপে হেলিকোব্যাক্টর পাইলোরির জিনোমের একটি বিশ্লেষণ থেকে জানা যায় যে এগুলি আফ্রিকান এবং এশিয়ান হেলিকোব্যাক্টর পাইলোরির মধ্যে পুনর্মিলন থেকে নির্গত হয়। এটি দৃঢ়ভাবে সংশ্লিষ্ট মানব জনসংখ্যার মধ্যে প্রাথমিক যোগাযোগকে বোঝায়। একইভাবে, পুনর্মিলন পদ্ধতি ব্যবহার করে বিভিন্ন স্তন্যপায়ী প্রজাতির করোনভাইরাসগুলিতে এইচজিটিগুলির একটি বিশ্লেষণে ভাইরাল বংশের মধ্যে ঘন ঘন যোগাযোগ প্রকাশ পেয়েছে, যা ঘন ঘন হোস্ট সুইচ হিসাবে ব্যাখ্যা করা যেতে পারে। সাংস্কৃতিক বিবর্তন মানব সংস্কৃতির উপাদানগুলির বিবর্তন, উদাহরণস্বরূপ ভাষা এবং লোককাহিনী, মানব জনসংখ্যার জিনতত্ত্বের সাথে, ফাইলোজেনেটিক্সের ধারণাগুলি ব্যবহার করে অধ্যয়ন করা হয়েছে। যদিও এই কাঠামোতে পুনর্মিলন কখনও ব্যবহার করা হয়নি, তবে এই স্তরগুলির সহ-বিবর্তনের উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করে এই স্তরগুলির মধ্যে কয়েকটি গবেষণায় একাধিক স্তরের সংগঠনকে অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে, যার প্রতিটি একটি গাছ বা একটি চরিত্রের বিবর্তন দ্বারা প্রতিনিধিত্ব করে। এই ভাষা গাছের একটি চরিত্রের মডেলের মাধ্যমে উল্লম্বভাবে প্রেরিত লোককাহিনীগুলি প্রকাশ করার জন্য ভাষা গাছগুলিকে জনসংখ্যা গাছের সাথে তুলনা করা যেতে পারে। লোককাহিনীর বৈচিত্র্যকে একদিকে ভাষার সঙ্গে এবং অন্যদিকে ভূগোলের সঙ্গে যুক্ত করতে প্রতিটি লোককাহিনীর পরিবার, ভাষা, জিনগত বৈচিত্র্য, জনসংখ্যা এবং ভূগোলের বৈচিত্র্যকে দুই-দুই করে তুলনা করা যেতে পারে। এইচ. জি. টি-র প্রচারকারী প্রতীক ভাগ করে নেওয়ার জিনতত্ত্বের মতো, ভাষাগত বাধাগুলি লোককাহিনী বা ভাষার উপাদানগুলির সংক্রমণকে বন্ধ করে দিতে পারে। দ্বি-স্তরের পুনর্মিলন ব্যবহার করে ত্রি-স্তরের ব্যবস্থা তদন্ত করা বহু-স্তরের পুনর্মিলন দ্বি-স্তরের পুনর্মিলনের মতো উন্নত নয়। সংগঠনের দুইটিরও বেশি স্তরের মধ্যে বিবর্তনীয় নির্ভরশীলতার কাছে পৌঁছানোর একটি উপায় হল একটি জৈবিক ব্যবস্থার জটিলতা সম্পর্কে প্রথম অন্তর্দৃষ্টি দেওয়ার জন্য উপলব্ধ মানক দুই-স্তরের পদ্ধতি ব্যবহার করার চেষ্টা করা। বহু-জিন ঘটনাঃ একটি মধ্যবর্তী স্তরের অন্তর্নিহিত বিবেচনা জিন/প্রজাতি বৃক্ষ স্তরে, একটি সাধারণত বিভিন্ন জিন গাছ নিয়ে কাজ করে। এই ক্ষেত্রে, অনুমান করা হয় যে বিভিন্ন জিন পরিবার স্বাধীনভাবে বিকশিত হয়। যাইহোক, এই ক্ষেত্রে হতে হবে না। উদাহরণস্বরূপ, একটি জিনোমের অংশগুলির জন্য অনুলিপি, স্থানান্তর এবং ক্ষতি ঘটতে পারে যা নির্বিচারে সংখ্যক সংলগ্ন জিনের মধ্যে বিস্তৃত। উপরের গাছের অভ্যন্তরে নীচের গাছগুলির জন্য একটি মধ্যবর্তী গাইড ব্যবহার করে এই ধরনের বহু-জিন ইভেন্টগুলি বিবেচনা করা সম্ভব। উদাহরণস্বরূপ, কেউ ডুপ্লিকেশন, ক্ষতি এবং পুরো জিনোম ডুপ্লিকেশন বা একটি পার্সিমোনিয়াস সেটিং সহ একটি তারিখযুক্ত প্রজাতি গাছের সাথে একাধিক জিন গাছের পুনর্মিলনের যৌথ সম্ভাবনা গণনা করতে পারে এবং সমস্যার একটি সংজ্ঞা হল এনপি-হার্ড। একইভাবে, ডিএল কাঠামোটি একটি জিনের পরিবর্তে ক্রোমোজোম বিভাগগুলির অনুলিপি এবং ক্ষতির সাথে সমৃদ্ধ করা যেতে পারে। যাইহোক, ডিএল পুনর্মিলন সেই নতুন সম্ভাবনার সাথে অপ্রয়োজনীয় হয়ে ওঠে। দুটি ধারাবাহিক জিনের মধ্যে যোগসূত্রকে একটি বিবর্তিত চরিত্র হিসাবে মডেল করা যেতে পারে, যা লাভ, ক্ষতি, উৎপত্তি, ভাঙ্গন, অনুলিপি এবং স্থানান্তর সাপেক্ষে। জিনোম সংস্থার মতে, এই সংযোগের বিবর্তন প্রজাতি এবং জিন গাছের একটি অতিরিক্ত স্তর হিসাবে দেখা যায়, যা আংশিকভাবে জিন/প্রজাতি গাছের পুনর্মিলন দ্বারা সীমাবদ্ধ, আংশিকভাবে তার নিজের উপর বিবর্তিত হয়। এইভাবে এটি জিনগুলির মধ্যে সমন্বয় বা সামঞ্জস্যের মডেল তৈরি করে। আরেকটি মাত্রায়, এটি একটি প্রোটিনের অন্তর্গত দুটি ক্ষেত্রের বিবর্তনের মডেলও তৈরি করতে পারে। "স্থানান্তরের মহাসড়ক" সনাক্তকরণ, একটি নির্দিষ্ট দাতার কাছ থেকে জিনের গোষ্ঠীগুলির অগ্রাধিকার অধিগ্রহণ, জিন ইতিহাসের অ-স্বাধীনতার আরেকটি উদাহরণ। একইভাবে, বহু-জিন স্থানান্তর সনাক্ত করা যেতে পারে। এটি পদ্ধতিগত বিকাশের দিকেও পরিচালিত করেছে যেমন ফাইলোজেনেটিক নেটওয়ার্ক ব্যবহার করে পুনর্মিলন, যা স্থানান্তর প্রান্তের সাথে বর্ধিত গাছ হিসাবে দেখা হয়, যা একটি ডিটিএল মডেলে স্থানান্তরকে সীমাবদ্ধ করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। ইন্ট্রোগ্রেশন এবং অসম্পূর্ণ বংশের বাছাইয়ের মডেল তৈরি করতেও নেটওয়ার্ক ব্যবহার করা যেতে পারে। একাধিক জোড়া স্তরে সহবিবর্তন সনাক্ত করা হলোবিওন্টের বিবর্তন বোঝার জন্য একটি কেন্দ্রীয় প্রশ্ন যে স্তরগুলি একে অপরের সাথে সহাবস্থান করে, উদাহরণস্বরূপ পোষক প্রজাতি, পোষক জিন, প্রতীক এবং প্রতীক জিনের মধ্যে। দুটি বিবর্তিত সত্তার একাধিক জোড়া ভিত্তিক তুলনা দ্বারা বিবর্তনের সমস্ত স্তরের মধ্যে একাধিক আন্তঃনির্ভরতার কাছে যাওয়া সম্ভব। একদিকে পোষক এবং প্রতীকগুলির পুনর্মিলন এবং অন্যদিকে ভূগোল এবং প্রতীকগুলি পোষক এবং প্রতীকগুলির বৈচিত্র্যের নিদর্শনগুলি সনাক্ত করতে সহায়তা করতে পারে যা সহবিবর্তন বা নিদর্শনগুলিকে প্রতিফলিত করে যা একটি সাধারণ ভৌগলিক বৈচিত্র্য দ্বারা ব্যাখ্যা করা যেতে পারে। একইভাবে, একটি গবেষণায় স্তন্যপায়ী অন্ত্রের মাইক্রোবায়োমের গঠনে খাদ্য বিবর্তন এবং ফাইলোজেনেটিক জড়তার প্রভাবকে আলাদা করার জন্য পুনর্মিলন পদ্ধতি ব্যবহার করা হয়েছে। স্তন্যপায়ী ফাইলোজেনির উপর পূর্বপুরুষের ডায়েট এবং মাইক্রোবায়োম গঠন পুনর্গঠন করে, গবেষণাটি প্রকাশ করেছে যে উভয় প্রভাবই অবদান রাখে তবে বিভিন্ন সময় স্কেলে। তিন বা ততোধিক স্তরের সুস্পষ্ট মডেলিং হোস্ট/সিম্বিয়ন্ট/জিন হিসাবে একটি বহু-স্তর ব্যবস্থার মডেলে, একই হোস্টের দুটি সিম্বিয়ন্টের মধ্যে অনুভূমিক জিন স্থানান্তরের সম্ভাবনা বেশি হওয়া উচিত। এটি একটি দ্বি-স্তরের জিন গাছ/প্রজাতি গাছ বা পোষক/প্রতীক পুনর্মিলনের জন্য অদৃশ্যঃ কিছু ক্ষেত্রে, দুটি স্তরের যে কোনও সংমিশ্রণের দিকে তাকালে একটি বিবর্তনীয় পরিস্থিতি অনুপস্থিত হতে পারে যা কেবলমাত্র তিনটি গাছ থেকে তথ্য বিবেচনা করা হলে সম্ভবত সবচেয়ে বেশি হতে পারে। একাধিক স্তরে আন্তঃনির্ভরতার সাথে জড়িত ব্যবস্থাগুলির সাথে মানক দ্বি-স্তরের পুনর্মিলনের এই ব্যবহারের সীমাবদ্ধতার মুখোমুখি হওয়ার চেষ্টা করে, বহু-স্তরের মডেল তৈরি ও ব্যবহারের জন্য গত দশকে একটি পদ্ধতিগত প্রচেষ্টা গ্রহণ করা হয়েছে। এর জন্য উপরের এবং নীচের স্তরের মধ্যে কমপক্ষে একটি "মধ্যবর্তী" স্তর চিহ্নিত করা প্রয়োজন। প্রাক-পুনর্মিলনঃ সমন্বিত তিন-স্তরের মডেলের দিকে একটি প্রথম পদক্ষেপ হল দুটি স্তরে ফাইলোজেনেটিক গাছ বিবেচনা করা এবং অন্য স্তরটি শুধুমাত্র একটি গাছের পাতায় অক্ষর দিয়ে প্রতিনিধিত্ব করা। উদাহরণস্বরূপ, হোস্ট এবং সিম্বিয়ন্ট ফাইলোজেনিগুলির একটি পুনর্মিলন ভৌগোলিক তথ্য দ্বারা অবহিত করা যেতে পারে। একটি চরিত্র অনুমান পদ্ধতির মাধ্যমে প্রাপ্ত পোষক এবং প্রতীক প্রজাতির পূর্বপুরুষের ভৌগলিক অবস্থানগুলি তখন পোষক/প্রতীক পুনর্মিলনকে সীমাবদ্ধ করতে ব্যবহার করা যেতে পারেঃ পূর্বপুরুষের পোষক এবং প্রতীকগুলি কেবল তখনই যুক্ত হতে পারে যদি তারা একই ভৌগলিক অবস্থানের অন্তর্গত হয়। আরেকটি মাত্রায়, উপ-জিন স্তরের বিবর্তনকে একটি চরিত্র পদ্ধতির মাধ্যমে দেখা যেতে পারে। এখানে, জিনের অংশগুলি (যেমন। প্রোটিন ডোমেনের জন্য সিকোয়েন্স কোডিং) একটি প্রজাতি গাছের সাথে একটি ডিএল মডেল অনুসারে পুনর্মিলন করা হয় এবং তারা যে জিনগুলির সাথে সম্পর্কিত সেগুলি এই অংশগুলির চরিত্র হিসাবে উল্লেখ করা হয়। পূর্বপুরুষের জিনগুলি তারপর একত্রীকরণ এবং জিন অংশগুলির বিভক্তির মাধ্যমে একটি পশ্চাৎভাগ পুনর্গঠন করা হয়। তৃতীয় স্তর দ্বারা অবহিত দ্বি-স্তরের পুনর্মিলন যেমন উল্লিখিত বেশ কয়েকটি গবেষণায় উল্লেখ করা হয়েছে, একটি উচ্চ স্তর মধ্যবর্তী এবং নিম্ন স্তরের মধ্যে একটি পুনর্মিলনকে অবহিত করতে পারে, বিশেষত অনুভূমিক স্থানান্তরের জন্য। ত্রি-স্তরের মডেলগুলি একটি মধ্যবর্তী গাছ এবং নিম্ন স্তরের মধ্যে একটি উপরের গাছের জ্ঞানের সাথে পুনর্মিলনের জন্য এই অনুমানগুলি বিবেচনা করতে পারে। উদাহরণস্বরূপ, মডেলটি পুনর্মিলনের পরিস্থিতিগুলিকে উচ্চতর সম্ভাবনা দিতে পারে যেখানে একই আবাসস্থল ভাগ করে নেওয়া সত্তাগুলির মধ্যে অনুভূমিক জিন স্থানান্তর ঘটে। ডিটিএল জিন ডোমেন এবং জিন পুনর্মিলনের সাথে নেস্টেড ডিটিএল জিন/প্রজাতির পুনর্মিলনের মাধ্যমে এটি প্রথমবারের জন্য অর্জন করা হয়েছে। আন্তঃ এবং আন্তঃ স্থানান্তরের জন্য বিভিন্ন খরচ নির্ভর করে একই জিনোমের জিনের মধ্যে স্থানান্তর ঘটে কিনা তার উপর। লক্ষ্য করুন যে এই মডেলটি স্পষ্টভাবে তিনটি স্তর এবং তিনটি গাছ বিবেচনা করে, তবে এখনও একটি বাস্তব তিন-স্তরের পুনর্মিলনকে সংজ্ঞায়িত করে না, যার সাথে একটি সম্ভাবনা বা স্কোর সম্পর্কিত। এটি একটি ক্রমিক অপারেশনের উপর নির্ভর করে, যেখানে দ্বিতীয় পুনর্মিলনটি প্রথমটির ফলাফল দ্বারা অবহিত করা হয়। বহু-স্তরের মডেলগুলিতে পুনর্মিলনের সমস্যা পরবর্তী পদক্ষেপটি হল তিনটি নেস্টেড গাছের সমন্বয়ে একটি পুনর্মিলনের স্কোর সংজ্ঞায়িত করা এবং তিনটি গাছ দেওয়া, তাদের স্কোর অনুযায়ী তিন-স্তরের পুনর্মিলন গণনা করা। এটি একটি প্রজাতি/জিন/ডোমেন সিস্টেমের মাধ্যমে অর্জন করা হয়েছে, যেখানে জিনগুলি একটি ডিএল মডেলের সাথে প্রজাতি গাছের মধ্যে বিকশিত হয় এবং ডোমেনগুলি একটি ডিটিএল মডেলের সাথে জিন/প্রজাতি সিস্টেমের মধ্যে বিকশিত হয়, যা দুটি ভিন্ন প্রজাতির জিনের মধ্যে ডোমেন স্থানান্তর নিষিদ্ধ করে। অনুমান যৌথ স্কোর সহ প্রার্থী পরিস্থিতি জড়িত। ন্যূনতম স্কোরের পরিস্থিতি গণনা করা এনপি-হার্ড, তবে গতিশীল প্রোগ্রামিং বা পূর্ণসংখ্যা রৈখিক প্রোগ্রামিং অনুসন্ধানের প্রস্তাব দিতে পারে। একাধিক ডোমেন বিবেচনা করে সমস্যার বৈচিত্র্য পাওয়া যায় এবং এটি একটি সিমুলেশন কাঠামোও। 3-স্তরের নিম্ন/মধ্যবর্তী/উপরের পুনর্মিলনের মডেল ব্যবহার করে মধ্যবর্তী গাছকে নির্দেশ করা ঠিক যেমন নিম্ন বা উপরের ফাইলোজেনিগুলির উন্নতির জন্য দ্বি-স্তরের পুনর্মিলন ব্যবহার করা যেতে পারে, বা সারিবদ্ধ ক্রম থেকে সেগুলি তৈরিতে সহায়তা করার জন্য, যৌথ পুনর্মিলনের মডেলগুলি একই পদ্ধতিতে ব্যবহার করা যেতে পারে। এই শিরাতে, একটি যুগ্ম জিন/প্রজাতি ডিএল, ডোমেন জিন ডিএল এবং একটি বায়েসিয়ান কাঠামোতে জিন সিকোয়েন্স বিবর্তন মডেল জিন গাছের পুনর্গঠনকে উন্নত করে। পুনর্মিলনের বিভিন্ন মডেল বাস্তবায়নের জন্য একাধিক সফ্টওয়্যার তৈরি করা হয়েছে। নিম্নলিখিত টেবিলটি সম্পূর্ণতার লক্ষ্য রাখে না তবে পুনর্মিলনের পরিস্থিতি অনুমান করার জন্য বা সম্পর্কিত ব্যবহারের জন্য গাছগুলিকে পুনর্মিলন করার লক্ষ্যে বেশ কয়েকটি সফ্টওয়্যার সরঞ্জাম উপস্থাপন করে, যেমন গাছগুলি সংশোধন বা অনুমান করা, বা সহবিবর্তন পরীক্ষা করা। আগ্রহের স্তর বিভাগটি সফ্টওয়্যারটি যে স্তরের জন্য প্রয়োগ করা হয়েছিল তার বিশদ বিবরণ দেয়, যদিও এটি সম্পূর্ণরূপে সম্ভব, উদাহরণস্বরূপ, প্রজাতি এবং জিন পুনর্মিলনের জন্য তৈরি একটি সফ্টওয়্যার ব্যবহার করে হোস্ট এবং প্রতীকগুলির মধ্যে পুনর্মিলন করা। পার্সিমনি বা সম্ভাব্যতা হল অন্তর্নিহিত মডেল যা পুনর্মিলনের জন্য ব্যবহৃত হয়। তথ্যসূত্র বাহ্যিক যোগসূত্র ফাইলোজেনেটিক্স বিবর্তনীয় জীববিজ্ঞান