Proximity extension assay
প্রক্সিমিটি এক্সটেনশন অ্যাসে (পি. ই. এ) হল সেরাম বা প্লাজমার মতো জৈবিক নমুনায় উপস্থিত অনেক নির্দিষ্ট প্রোটিনের পরিমাণ সনাক্ত ও পরিমাপ করার একটি পদ্ধতি। পদ্ধতিটি প্রোটিওমিক্সের গবেষণা ক্ষেত্রে ব্যবহৃত হয়, বিশেষ করে অ্যাফিনিটি প্রোটিওমিক্স, যেখানে একটি বায়োমার্কার হিসাবে ব্যবহারের জন্য রক্তে অনেক নির্দিষ্ট প্রোটিনের প্রাচুর্যের পার্থক্য অনুসন্ধান করা হয়। বায়োমার্কার এবং বায়োমার্কার স্বাক্ষর সংমিশ্রণ, রোগের অবস্থা এবং ওষুধের কার্যকারিতা নির্ধারণের জন্য কার্যকর। প্রোটিন সনাক্তকরণের বেশিরভাগ পদ্ধতিতে প্রোটিন অ্যানালাইটকে প্রথমে ক্যাপচার এবং অচল করার জন্য একটি কঠিন পর্যায় ব্যবহার করা হয়, যেখানে এক বা কয়েকটি প্রোটিনের পরিমাণ নির্ধারণ করা হয়, যেমন এলিসা। বিপরীতে, পি. ই. এ একটি সমজাতীয় এক নল বিক্রিয়া দ্রবণে একটি কঠিন পর্যায় ছাড়াই সঞ্চালিত হয় যেখানে অ্যান্টিবডিগুলির সেটগুলিতে অনন্য ডি. এন. এ সিকোয়েন্স ট্যাগগুলির সাথে মিলিত হয়, তথাকথিত প্রক্সিমিটি প্রোবগুলি প্রতিটি লক্ষ্য প্রোটিনের জন্য নির্দিষ্ট জোড়ায় কাজ করে। পি. ই. এ প্রায়শই অ্যান্টিবডি ব্যবহার করে সঞ্চালিত হয় এবং এটি এক ধরনের ইমিউনোসে। প্রক্সিমিটি প্রোব দ্বারা টার্গেট বাইন্ডিং ডিএনএ-ট্যাগগুলির স্থানীয় আপেক্ষিক কার্যকর ঘনত্ব বাড়ায় যা একে অপরের সাথে দুর্বল পরিপূরকতার সংকরায়নকে সক্ষম করে যা তারপর একটি ডিএনএ পলিমারেজ মধ্যস্থতা এক্সটেনশনকে সক্ষম করে যা প্রতিটি লক্ষ্য প্রোটিনের জন্য নির্দিষ্ট একটি ইউনাইটেড ডিএনএ সিকোয়েন্স গঠন করে। 3 'এক্সোন্যুক্লিয়াস দক্ষ পলিমারেজগুলির ব্যবহার পটভূমির শব্দ হ্রাস করে এবং হাইপার থার্মোস্টেবল পলিমারেজগুলি একটি প্রাকৃতিক হট-স্টার্ট প্রতিক্রিয়ার সাথে একটি সহজ পরীক্ষার মধ্যস্থতা করে। ডিএনএ সিকোয়েন্সের এক্সটেনশন পণ্যগুলির এই তৈরি পুলটি পিসিআর দ্বারা পরিবর্ধিত অ্যামপ্লিকন গঠন করে যেখানে প্রতিটি অ্যামপ্লিকন সিকোয়েন্স একটি লক্ষ্য প্রোটিন পরিচয়ের সাথে মিলে যায় এবং পরিমাণটি তার পরিমাণ প্রতিফলিত করে। পরবর্তীকালে, এই এম্পলিকনগুলি ডিএনএ-ট্যাগ গণনা দ্বারা রিয়েল-টাইম পিসিআর বা পরবর্তী প্রজন্মের ডিএনএ সিকোয়েন্সিং দ্বারা সনাক্ত এবং পরিমাপ করা হয়। পি. ই. এ একযোগে অনেক প্রোটিন সনাক্ত করতে সক্ষম করে (তথাকথিত মাল্টিপ্লেক্সিং) কারণ সম্প্রসারণ প্রতিক্রিয়া থেকে একটি সনাক্তযোগ্য ডি. এন. এ ক্রম তৈরি করতে প্রতি প্রোটিনে দুটি সঠিকভাবে আবদ্ধ অ্যান্টিবডিগুলির সংমিশ্রণ প্রয়োজন। শুধুমাত্র জ্ঞানীয় জোড়া ক্রম সত্য সংকেত হিসাবে সনাক্ত করা হয়, যা একবারে প্রায় 30 টি প্রোটিনে সীমাবদ্ধ কঠিন পর্যায় ক্যাপচার পদ্ধতির বাইরে মাল্টিপ্লেক্সিংকে সক্ষম করে। ডিএনএ পরিবর্ধন শক্তি এক মাইক্রোলিটারের নিচেও মিনিটের নমুনা ভলিউম সক্ষম করে। 1000টিরও বেশি গবেষণা প্রকাশনাতে পি. ই. এ ব্যবহার করা হয়েছে। উন্নয়ন পি. ই. এ প্রক্সিমিটি লাইগেশন অ্যাসে (পি. এল. এ) থেকে উদ্ভূত হয় যা ডি. এন. এ পলিমারেজের পরিবর্তে প্রক্সিমিটি প্রোবের ক্রমকে একত্রিত করতে ডি. এন. এ লিগাজ এনজাইম ব্যবহার করে। পি. এল. এ মাল্টিপ্লেক্সিংয়ের জন্যও উপযুক্ত, তবে সিরাম এবং প্লাজমা নমুনার উপাদান থেকে লিগাজ এনজাইমের এনজাইম্যাটিক নমুনা পরিবর্তনশীল প্রতিরোধে ভুগছে। ডিএনএ পলিমারেজ এনজাইমগুলি একই প্রতিরোধে ভুগছে না এবং সহজেই মাল্টিপ্লেক্সযোগ্য এবং 384 প্রোটিন পর্যন্ত মাল্টিপ্লেক্স করা হয়েছে। পি. ই. এ কর্মক্ষমতা তাপমাত্রা সংবেদনশীল কারণ এটি একটি ডি. এন. এ সংকরায়ন-ভিত্তিক প্রতিক্রিয়া। সুতরাং ঘরের তাপমাত্রায় কোনও ক্রিয়াকলাপ ছাড়াই হাইপার-থার্মোস্টেবল পলিমারেজগুলির ব্যবহার বেঞ্চ টপ প্রতিক্রিয়া সমাবেশকে সমর্থন করে। তথ্যসূত্র প্রোটিওমিক্স বায়োকেমিস্ট্রি সনাক্তকরণ পদ্ধতি