List of systems biology modeling software
সিস্টেম বায়োলজি জৈবিক প্রক্রিয়াগুলি বুঝতে এবং ভবিষ্যদ্বাণী করতে সহায়তা করার জন্য গাণিতিক মডেল তৈরির উপর ব্যাপকভাবে নির্ভর করে। প্রথম ডিজিটাল কম্পিউটারের আগমনের পর থেকে মডেল তৈরিতে সহায়তা করার জন্য বিশেষ সফ্টওয়্যার তৈরি করা হয়েছে। নিম্নলিখিত তালিকাটি গবেষকদের জন্য উপলব্ধ বর্তমানে সমর্থিত সফ্টওয়্যার অ্যাপ্লিকেশনগুলি দেয়। আধুনিক সিস্টেম বায়োলজি মডেলিং সফ্টওয়্যারের বিশাল সংখ্যাগরিষ্ঠ অংশ এসবিএমএল-কে সমর্থন করে, যা জৈবিক কোষীয় প্রক্রিয়াগুলির মডেল বিনিময়ের জন্য কার্যত মান। কিছু সরঞ্জাম সেলএমএলকেও সমর্থন করে, যা শারীরবৃত্তীয় প্রক্রিয়াগুলির প্রতিনিধিত্ব করার জন্য ব্যবহৃত একটি মান। স্ট্যান্ডার্ড ফরম্যাট ব্যবহারের সুবিধা হল যে যদিও একটি নির্দিষ্ট সফ্টওয়্যার অ্যাপ্লিকেশন শেষ পর্যন্ত অসমর্থিত এবং এমনকি অব্যবহারযোগ্য হয়ে উঠতে পারে, সেই অ্যাপ্লিকেশন দ্বারা বিকশিত মডেলগুলি সহজেই আরও আধুনিক সমতুল্যগুলিতে স্থানান্তরিত করা যেতে পারে। এটি বৈজ্ঞানিক গবেষণাকে কাজের মূল প্রকাশের অনেক পরে পুনরুত্পাদনযোগ্য করে তোলে। একটি নির্দিষ্ট টুল সম্পর্কে আরও তথ্য পেতে, টুলের নামে ক্লিক করুন। এটি আপনাকে হয় পিয়ার-রিভিউ করা প্রকাশনায় বা কিছু বিরল ক্ষেত্রে, একটি নিবেদিত উইকিপিডিয়া পৃষ্ঠায় নিয়ে যাবে। সক্রিয়ভাবে সমর্থিত ওপেন-সোর্স সফ্টওয়্যার অ্যাপ্লিকেশন সাধারণ তথ্য যখন এসবিএমএল কলামে একটি এন্ট্রি বলে "হ্যাঁ, তবে শুধুমাত্র প্রতিক্রিয়াগুলির জন্য। ", এর মানে হল যে টুলটি শুধুমাত্র এসবিএমএল-এর প্রতিক্রিয়া উপাদানকে সমর্থন করে। উদাহরণস্বরূপ, নিয়ম, ঘটনা ইত্যাদি। সমর্থিত নয়। বিশেষজ্ঞ সরঞ্জাম নিম্নলিখিত টেবিলটি বিশেষজ্ঞ সরঞ্জামগুলিকে তালিকাভুক্ত করে যা মডেলিং সরঞ্জামগুলির সাথে গোষ্ঠীভুক্ত করা যায় না। বৈশিষ্ট্য টেবিল সমর্থিত মডেলিং দৃষ্টান্ত বিভেদক সমীকরণের নির্দিষ্ট বৈশিষ্ট্য ফাইল বিন্যাস সমর্থন এবং ইন্টারফেসের ধরন উন্নত বৈশিষ্ট্য (যেখানে প্রযোজ্য) অন্যান্য বৈশিষ্ট্য কণা-ভিত্তিক সিমুলেটর কণা-ভিত্তিক সিমুলেটরগুলি আগ্রহের প্রতিটি অণুকে অবিচ্ছিন্ন স্থানে একটি পৃথক কণা হিসাবে বিবেচনা করে, আণবিক বিস্তার, অণু-ঝিল্লি মিথস্ক্রিয়া এবং রাসায়নিক প্রতিক্রিয়া অনুকরণ করে। কণা-ভিত্তিক সিমুলেটরগুলির তুলনা নিম্নলিখিত তালিকাটি বেশ কয়েকটি কণা-ভিত্তিক সিমুলেটরগুলির বৈশিষ্ট্যগুলির তুলনা করে। এই টেবিলটি একটি সংস্করণ থেকে সম্পাদিত হয়েছে যা মূলত এনসাইক্লোপিডিয়া অফ কম্পিউটশনাল নিউরোসায়েন্সে প্রকাশিত হয়েছিল। সিস্টেমের সীমানা কোডঃ আর = প্রতিফলিত, এ = শোষণকারী, টি = প্রেরণ, পি = পর্যায়ক্রমিক, এবং আই = মিথস্ক্রিয়া। * অ্যালগরিদম সঠিক কিন্তু মূল টেবিল সংকলনের সময় সফ্টওয়্যার ভুল ফলাফল তৈরি করে। * বিভিন্ন স্তরের বিবরণের কারণে এই বেঞ্চমার্ক রান টাইমগুলি অন্যদের সাথে তুলনীয় নয়। মডেল ক্রমাঙ্কন সফ্টওয়্যার সিস্টেম জীববিজ্ঞান মডেলগুলি বিকাশ করার সময় মডেল ক্রমাঙ্কন একটি মূল কার্যকলাপ। এই টেবিলটি সিস্টেম বায়োলজি মডেলারদের জন্য উপলব্ধ কিছু বর্তমান মডেল ক্রমাঙ্কন সরঞ্জাম তুলে ধরেছে। প্রথম টেবিল তালিকা সরঞ্জামগুলি যা এসবিএমএল-এর সঙ্গে সামঞ্জস্যপূর্ণ। পি. ই. টি. এ. বি হল মডেল ক্রমাঙ্কন রান নির্দিষ্ট করার জন্য একটি সম্প্রদায়গত মান। লিগ্যাসি ওপেন-সোর্স সফ্টওয়্যার অ্যাপ্লিকেশনগুলি 1980-এর দশকের আগে বিকশিত বায়োকেমিক্যাল সিস্টেমগুলির মডেলিংয়ের জন্য কিছু খুব প্রাথমিক সফ্টওয়্যার নীচে তালিকাভুক্ত করা হয়েছে। নিম্নলিখিত তালিকায় 1980 এবং 1990-এর দশকে তৈরি কিছু সফ্টওয়্যার মডেলিং অ্যাপ্লিকেশন দেখানো হয়েছে। ঐতিহাসিক আগ্রহের জন্য তালিকাভুক্ত করা হয়েছে। রেফারেন্স সিস্টেম জীববিজ্ঞান বায়োইনফরম্যাটিক্স বিজ্ঞান সফ্টওয়্যার সিস্টেম