C13orf46
ক্রোমোজোম 13 ওপেন রিডিং ফ্রেম 46 হল একটি প্রোটিন যা মানুষের মধ্যে C13orf46 জিন দ্বারা এনকোড করা হয়। মানুষের মধ্যে, C13orf46 ফুসফুস, পাকস্থলী, প্রস্টেট, প্লীহা এবং থাইমাস সহ টিস্যুতে নিম্ন স্তরে সর্বব্যাপী প্রকাশ পায়। এই জিনটি বিকল্পভাবে আটটি স্প্লাইসড এমআরএনএ ট্রান্সক্রিপ্টকে এনকোড করে, যা পাঁচটি ভিন্ন প্রোটিন আইসোফর্ম তৈরি করে। C13orf46-এর একটি বিকল্প নাম হল LOC100507747। C13orf46 47,563 বেস জোড়ায় বিস্তৃত, 11টি এক্সোন রয়েছে এবং 13q34-এ ক্রোমোজোম 13-এর মাইনাস স্ট্র্যান্ডে রয়েছে। জিন প্রতিবেশী সি13ওআরএফ46-এর আশেপাশের জিনগুলির মধ্যে রয়েছে এলআইএনসি00454, এলআইএনসি00452, সুইংএন, আরএএসএ3 এবং এলওসি124903221। এল. আই. এন. সি. 00454 এবং এল. আই. এন. সি. 00452 (লং ইন্টারজেনিক ননপ্রোটিন কোডিং আর. এন. এ 454 এবং 452) উভয়ই দীর্ঘ নন-কোডিং আর. এন. এ (এল. এন. সি. আর. এন. এ) যা এপিজেনেটিক জিন এক্সপ্রেশন, ক্রোমাটিন পুনর্নির্মাণ এবং জিন প্রতিলিপি এবং অনুবাদের মাত্রা নিয়ন্ত্রণ করে। LINC00454 এবং LINC00452 উভয় অভিব্যক্তিই অণ্ডকোষের মধ্যে সীমাবদ্ধ। LINC00454 ফ্যাক্টর এক্স ঘাটতির সাথে যুক্ত হয়েছে যেখানে LINC00452 ডিম্বাশয়ের কার্সিনোজেনেসিসকে উন্নীত করতে দেখা গেছে। সুইং (এস. ডব্লিউ. আই/এস. এন. এফ কমপ্লেক্স ইন্টারঅ্যাক্টিং জিএএস6 এনহ্যান্সার নন-কোডিং আর. এন. এ) হল একটি এল. এন. সি. আর. এন. এ যা সি13ও. আর. এফ46-এর প্রতিবেশী। সুইং ক্রোমাটিনের ম্যাট্রিক্স সম্পর্কিত এবং অ্যাক্টিন নির্ভর নিয়ন্ত্রকদের সাথে মিথস্ক্রিয়া করে জিএএস 6 (গ্রোথ অ্যারেস্ট স্পেসিফিক 6) অনকোজিনের সক্রিয়করণ নিয়ন্ত্রণ করে। আরএএসএ3 (আরএএস পি21 প্রোটিন অ্যাক্টিভেটর 3) জিন রাস জিটিপেজ সক্রিয়কারী প্রোটিনকে এনকোড করে। এই প্রোটিন রাস পি21-এর ক্রিয়াকলাপকে উদ্দীপিত করতে ইনোসিটোল 1,3,4,5-টেট্রাকিসফসফেটকে আবদ্ধ করে এবং রাস সংকেত পথকে নেতিবাচকভাবে নিয়ন্ত্রণ করে। আর. এ. এস. এ3 চর্বি, লিম্ফ নোড এবং প্লীহার মধ্যে সবচেয়ে বেশি প্রকাশ পায়। এনকোডেড প্রোটিন কোষের ঝিল্লিতে স্থানীয়করণ করা হয়। সি13ওআরএফ46-এর জন্য এমআরএনএ আটটি ভিন্ন প্রতিলিপি রূপ চিহ্নিত করা হয়েছে। এই প্রতিলিপি রূপগুলি বিকল্পভাবে 11 টি ভিন্ন এক্সনের বৈচিত্র্য অন্তর্ভুক্ত করার জন্য বিভক্ত করা হয়। অনুবাদ করা বিভিন্ন প্রতিলিপি বৈকল্পিকের উপর নির্ভর করে, 5টি বিভিন্ন সম্ভাব্য প্রোটিন আইসোফর্ম C13orf46 দ্বারা এনকোড করা হয়। C13orf46 দ্বারা এনকোড করা সবচেয়ে সাধারণ প্রোটিন পণ্য হল আইসোফর্ম 1, যা 212 অ্যামিনো অ্যাসিড দীর্ঘ। প্রোটিন C13orf46 জিনের প্রাথমিক প্রোটিন আইসোফর্ম 212 টি অ্যামিনো অ্যাসিড নিয়ে গঠিত। দীর্ঘতম এনকোডেড আইসোফর্ম, যা C13orf46 প্রোটিন আইসোফর্ম X1 নামে পরিচিত, হল 624 অ্যামিনো অ্যাসিড দীর্ঘ। C13orf46 জিন দ্বারা এনকোড করা অন্যান্য প্রোটিন আইসোফর্মগুলি C13orf46 প্রোটিনের এই দুটি সংস্করণের অনুরূপ। প্রাথমিক 212 অ্যামিনো অ্যাসিড প্রোটিনের বিভিন্ন রূপগুলি প্রতিলিপি রূপ 1, এক্স 5, এক্স 6 এবং এক্স 7 দ্বারা এনকোড করা হয়। দীর্ঘতম C13orf46 প্রোটিন আইসোফর্মের বৈচিত্রগুলি প্রতিলিপি বৈকল্পিক X1, X2, X3 এবং X4 দ্বারা এনকোড করা হয়। প্রোটিন আইসোফর্ম 1-এর বৈশিষ্ট্য এবং গঠন C13orf46 আইসোফর্ম 1-এর তাত্ত্বিক আইসোইলেক্ট্রিক বিন্দু 4.84 এবং আনুমানিক আণবিক ওজন 23.4 kDA। এই আইসোফর্মের মধ্যে উচ্চ আপেক্ষিক পরিমাণে গ্লুটামিক অ্যাসিড (15.1%) এবং অ্যাস্পার্টিক অ্যাসিড (7.5%) পাওয়া যায়, যেখানে অ্যামিনো অ্যাসিড ফেনিল্যালানাইন (0.9%) এবং থ্রেওনিন (0.5%) প্রোটিন গঠনের মধ্যে কম পরিমাণে পাওয়া যায়। সি13ওআরএফ46 আইসোফর্ম 1-এর একটি গ্লুটামিক অ্যাসিড সমৃদ্ধ অঞ্চল রয়েছে যেখানে একাধিক গ্লুটামিক অ্যাসিড এবং লাইসিন ডাবল উপস্থিত রয়েছে, যার মধ্যে কয়েকটি পাশাপাশি ঘটে। প্রোটিনের মধ্যে মোট 14টি মাল্টিপ্লেট পাওয়া যায়, যার মধ্যে 12টি চার্জযুক্ত। C13orf46 আইসোফর্ম 1-এ কোনও চার্জ ক্লাস্টার, হাইড্রোফোবিক বিভাগ বা ট্রান্সমেম্ব্রেন বিভাগ থাকার পূর্বাভাস নেই। কাঠামো সি13ওআরএফ46 প্রোটিন আইসোফর্ম 1-এ এলোমেলো মুক্ত কয়েলের অঞ্চলগুলি ছাড়াও 7টি আলফা হেলিস এবং 2টি বিটা স্ট্র্যান্ড রয়েছে বলে পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছে। ডোমেন এবং মোটিফ C13orf46 আইসোফর্ম 1-এর দুটি চিহ্নিত বিশৃঙ্খল অঞ্চল রয়েছে যা অ্যামিনো অ্যাসিড অবশিষ্টাংশ 1 থেকে 148 এবং 168 থেকে 190-এর মধ্যে বিস্তৃত। উপরন্তু, C13orf46 আইসোফর্ম 1-এর একটি গ্লুটামিক অ্যাসিড সমৃদ্ধ অঞ্চল রয়েছে যা অ্যামিনো অ্যাসিডের অবশিষ্টাংশ 109 থেকে 191 পর্যন্ত বিস্তৃত। C13orf46 আইসোফর্ম 1-এর নিয়ামক এবং অনুবাদ-পরবর্তী পরিবর্তনগুলি বেশ কয়েকটি অনুবাদ-পরবর্তী পরিবর্তনের মধ্য দিয়ে যাওয়ার পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছে যেমন ফসফোরাইলেশন, ও-জিএলসিএনএসাইলেশন, মিউসিনের ধরন গ্যালএনএসি ও-গ্লাইকোসাইলেশন, প্যালমিটোয়লেশন এবং সুময়লেশন। পি. কে. এ, পি. কে. সি, সি. কে. আই. আই, পি. কে. জি, জি. এস. কে 3, সি. ডি. সি 2, আর. এস. কে এবং এ. টি. এম হল এমন কাইনেস যা মানব সি13ওআরএফ46 আইসোফর্ম 1-কে বাঁধতে এবং ফসফোরিলেট করতে পারে বলে পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছে। প্রোটিনের উপর একটি ভবিষ্যদ্বাণীকৃত ফসফোপ্রোটিন-বাইন্ডিং ফসফসাইটও রয়েছে। প্রোটিন আইসোফর্ম এক্স1 বৈশিষ্ট্য সি13ওআরএফ46 আইসোফর্ম এক্স1-এর তাত্ত্বিক আইসোইলেক্ট্রিক বিন্দু 9.33 এবং আনুমানিক আণবিক ওজন 66.7 কেডিএ। C13orf46 আইসোফর্ম X1 প্রোটিনে অন্যান্য মানুষের প্রোটিনের তুলনায় অনেক বেশি পরিমাণে সেরিন (18.4%) এবং লিউসিন (18.8%) থাকে এবং এতে প্রচুর পরিমাণে প্রোলিন (14.4%) থাকে। প্রোটিনের মধ্যে মোটামুটি সমান পরিমাণে সেরিন এবং লিউসিন পাওয়া যায়। সি13ওআরএফ46 আইসোফর্ম এক্স1 প্রোটিন স্বাভাবিক পরিমাণের তুলনায় কম পরিমাণে গ্লুটামিক অ্যাসিড (1.3%), ফেনিল্যালানাইন (0.3%) এবং লাইসিন (0.5%) নিয়ে গঠিত এবং এতে কম পরিমাণে ভ্যালাইন (2.4%) রয়েছে। C13orf46 আইসোফর্ম X1 প্রোটিনের মধ্যে অ্যাস্পারাজিন পাওয়া যায় না। এই আইসোফর্মের মধ্যে, 100টি অ্যামিনো অ্যাসিড মাল্টিপ্লেট পাওয়া যায়, যার মধ্যে 5টি চার্জযুক্ত। প্রোটিনের মধ্যে কোনও চার্জ ক্লাস্টার, হাইড্রোফোবিক সেগমেন্ট বা ট্রান্সমেম্ব্রেন ডোমেনের পূর্বাভাস দেওয়া হয় না। কাঠামো C13orf46 আইসোফর্ম X1 আলফা হেলিসেস, বিটা শীট এবং মুক্ত এলোমেলো কয়েল অঞ্চলের সংমিশ্রণ নিয়ে গঠিত বলে পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছে। C13orf46 আইসোফর্ম X1-এর পূর্বাভাসকৃত কাঠামোর মধ্যে 22টি পূর্বাভাসকৃত আলফা হেলিসেস এবং 18টি পূর্বাভাসকৃত বিটা শীট রয়েছে। C13orf46 আইসোফর্ম X1-এ 26টি পুনরাবৃত্তির একটি সিরিজ রয়েছে, যা ক্রম কাঠামো এবং দৈর্ঘ্যে পরিবর্তিত হয়। চিহ্নিত 26টি পুনরাবৃত্তির ক্রমের মধ্যে 14টি ক্রম 20টি অ্যামিনো অ্যাসিড নিয়ে গঠিত, 5টি পুনরাবৃত্তিতে 21টি অ্যামিনো অ্যাসিড, 3টি পুনরাবৃত্তিতে 22টি অ্যামিনো অ্যাসিড এবং 4টি পুনরাবৃত্তিতে 23টি অ্যামিনো অ্যাসিড দীর্ঘ ছিল। প্রতিটি পুনরাবৃত্তি ক্রম অ্যামিনো অ্যাসিড মেথিওনিন, আইসোলেউসিন বা লিউসিনের সাথে থাকে। 26টি পুনরাবৃত্তির মধ্যে অ্যামিনো অ্যাসিডের প্রধান ক্রম কাঠামো হল এম. এল. এল. এল. এস. টি. জি. সি. এস. এস. এস. পি. ডি. এ. পি. এল. এইচ. কিউ। 26টি পুনরাবৃত্তির একটি সারিবদ্ধকরণ নির্দেশ করে যে পুনরাবৃত্তি অনুক্রমের সর্বাধিক সংরক্ষিত অংশটি অ্যামিনো অ্যাসিড সেরাইনের তিনগুণ সহ অনুক্রমের মাঝখানে ঘটে। ডোমেন এবং মোটিফ C13orf46 আইসোফর্ম X1-এর অ্যামিনো অ্যাসিডের অবশিষ্টাংশ 69 থেকে 87-এর মধ্যে একটি ডাইমারাইজেশন ডোমেনের পূর্বাভাস রয়েছে। প্রবিধান এবং অনুবাদ পরবর্তী পরিবর্তন C13orf46 আইসোফর্ম X1-এর বেশ কয়েকটি অনুবাদ-পরবর্তী পরিবর্তনের মধ্য দিয়ে যাওয়ার পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছে যেমন ফসফোরাইলেশন, ও-জিএলসিএনএসাইলেশন, মিউসিনের ধরন গ্যালএনএসি ও-গ্লাইকোসাইলেশন, প্যালমিটোয়লেশন এবং সুময়লেশন। মানব C13orf46 আইসোফর্ম X1 প্রোটিনে 11টি পূর্বাভাসকৃত পিপিবিডি-নির্দিষ্ট বাঁধাই ফসফোসাইট রয়েছে। সর্বাধিক সংরক্ষিত ফসফোরিলেশন সাইটগুলি 26 টি পুনরাবৃত্তির মধ্যে 23 টির মধ্যে তৃতীয় সেরাইনে ঘটে। পিকেসি, পিকেজি, পিকেএ, পি38এমএপিকে, জিএসকে3, ডিএনএপিকে, সিকেআই, সিডিকে5, সিকেআইআই এবং সিডিসি2 হল কাইনেস যা মানব সি13ওআরএফ46 আইসোফর্ম এক্স1 প্রোটিনকে বাঁধতে এবং ফসফোরিলেট করতে পারে বলে পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছে। পূর্বাভাসকৃত ফসফরিলেটেড স্থানগুলিও এমন স্থান হতে পারে যেখানে ও-গ্লাইকোসাইলেশন ঘটতে পারে। প্রোটিনের মিথস্ক্রিয়া সি13ওআরএফ46 প্রোটিন আইসোফর্ম এক্স1-এ এমএপিকে এবং পি38 মিথস্ক্রিয়া মোটিফ ছাড়াও বেশ কয়েকটি ভবিষ্যদ্বাণীকৃত এস-ফেজ সাইক্লিন বাঁধাই সাইট রয়েছে। এক্সপ্রেশন আরএনএ সিকোয়েন্সিং দেখায় যে C13orf46-এর এক্সপ্রেশন মধ্যবর্তী স্তরে ফুসফুস, প্রস্টেট, অগ্ন্যাশয় এবং পেটে সবচেয়ে বেশি দেখা যায়। C13orf46-এর অস্থিমজ্জা, প্লীহা, থাইরয়েড, লিম্ফ নোড, পিত্তথলির এবং থাইমাসেও অভিব্যক্তির মাত্রা কম থাকে। সেলুলার স্থানীয়করণ C13orf46 আইসোফর্ম 1 বেশিরভাগ নিউক্লিয়াসের মধ্যে স্থানীয়করণের পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছে। এই প্রোটিন আইসোফর্মটি কোষের ঝিল্লিতেও স্থানীয়করণ করা যেতে পারে। C13orf46 আইসোফর্ম X1 বেশিরভাগ নিউক্লিয়াস বা সাইটোপ্লাজমের মধ্যে স্থানীয় হওয়ার পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছে। হোমোলজি অর্থোলগস C13orf46 জিনের মানব C13orf46 আইসোফর্ম 1 প্রোটিন এবং C13orf46 আইসোফর্ম X1 প্রোটিনের অর্থোলগস রয়েছে, যা প্রাইমেট, স্তন্যপায়ী প্রাণী, পাখি, সরীসৃপ, মাছ এবং অমেরুদণ্ডী প্রাণীর মধ্যে পাওয়া যায়। মানব C13orf46 আইসোফর্ম 1 প্রোটিনের আইসোফর্ম 1 অর্থোলোগ শুধুমাত্র প্রাইমেট এবং স্তন্যপায়ী প্রাণীদের মধ্যে পাওয়া যায় বলে জানা যায়, যা পরামর্শ দেয় যে C13orf46 আইসোফর্ম 1 প্রোটিনের এনকোডিং করা C13orf46 জিনের এই অংশটি প্রায় 99 মিলিয়ন বছর আগে আবির্ভূত হয়েছিল। আইসোফর্ম এক্স1 মানব সি13ওআরএফ46 আইসোফর্ম এক্স1 প্রোটিনের পূর্বাভাসকৃত অর্থোলগগুলি প্রাইমেট, স্তন্যপায়ী প্রাণী, পাখি, সরীসৃপ, মাছ এবং ব্যাকটেরিয়াল ফাইলম লিজিওনেল্লার অমেরুদণ্ডী প্রাণী পর্যন্ত পাওয়া যায়। প্যারালগস হিউম্যান সি13ওআরএফ46 আইসোফর্ম এক্স1 প্রোটিনের মিউসিনের মধ্যে একটি পূর্বাভাসকৃত প্যারালগ রয়েছে, বিশেষ করে মিউসিন-1। এপিথেলিয়াল টিস্যুতে সুরক্ষামূলক শ্লেষ্মা বাধা তৈরিতে মিউসিন একটি ভূমিকা পালন করে। এমইউসি1 জিনটি 1কিউ22-এ ক্রোমোজোম 1-এ অবস্থিত, এতে 11টি এক্সোন রয়েছে এবং এর 22টি ভিন্ন আইসোফর্ম রয়েছে। মিউসিনগুলি অত্যন্ত ও-গ্লাইকোসাইলেটেড এবং প্রোলিন, সেরিন এবং থ্রেওনিনের সাথে প্রচুর পরিমাণে ট্যান্ডেম রিপিট ডোমেন ধারণ করে। পুনরাবৃত্ত অঞ্চলগুলির চারপাশে সিস্টিন সমৃদ্ধ অঞ্চল রয়েছে। মুসিন জিনগুলি সর্বদা একটি সাধারণ পূর্বপুরুষদের ভাগ করে না, অভিসারী বিবর্তনের প্রবণ এবং সাধারণ বিবর্তনীয় ইতিহাসের পরিবর্তে তাদের কার্যকারিতার উপর ভিত্তি করে গোষ্ঠীভুক্ত করা হয়। তথ্যসূত্র