TRANSFAC
ট্রান্সফেক (ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর ডাটাবেস) হল ইউক্যারিওটিক ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর, তাদের জিনোমিক বাইন্ডিং সাইট এবং ডিএনএ বাইন্ডিং প্রোফাইলগুলির একটি ম্যানুয়ালি কিউরেটেড ডাটাবেস। সম্ভাব্য ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর বাইন্ডিং সাইটগুলির পূর্বাভাস দিতে ডাটাবেসের বিষয়বস্তু ব্যবহার করা যেতে পারে। পরিচিতি ডাটাবেসের উৎপত্তি ছিল 1988 সালে প্রকাশিত একটি প্রাথমিক তথ্য সংগ্রহ। TRANSFAC নামে প্রকাশিত প্রথম সংস্করণটি জার্মান ন্যাশনাল রিসার্চ সেন্টার ফর বায়োটেকনোলজিতে তৈরি করা হয়েছিল এবং স্থানীয় ইনস্টলেশনের জন্য ডিজাইন করা হয়েছিল (এখনঃ হেল্মহোল্টজ সেন্টার ফর ইনফেকশন রিসার্চ)। 1993 সালে চালু হওয়া প্রথম সর্বজনীন অর্থায়নে পরিচালিত বায়োইনফরম্যাটিক্স প্রকল্পগুলির মধ্যে একটি, ট্রান্সফ্যাক এমন একটি সম্পদে পরিণত হয়েছিল যা ইন্টারনেটে উপলব্ধ হয়েছিল। 1997 সালে, ডাটাবেসের দীর্ঘমেয়াদী অর্থায়ন সুরক্ষিত করার জন্য ট্রান্সফ্যাককে একটি নতুন প্রতিষ্ঠিত সংস্থা, বায়োবেসে স্থানান্তরিত করা হয়েছিল। তারপর থেকে, সবচেয়ে আপ-টু-ডেট সংস্করণটি লাইসেন্সপ্রাপ্ত হতে হবে, যেখানে পুরোনো সংস্করণগুলি অ-বাণিজ্যিক ব্যবহারকারীদের জন্য বিনামূল্যে। জুলাই 2016 থেকে, ট্রান্সফেক জার্মানির ওল্ফেনবুটেলের জিনএক্সপ্লেইন জিএমবিএইচ দ্বারা রক্ষণাবেক্ষণ ও বিতরণ করা হয়। বিষয়বস্তু এবং বৈশিষ্ট্য ডাটাবেসের বিষয়বস্তু এমনভাবে সংগঠিত করা হয় যে এটি ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর (টিএফ) এবং তাদের ডিএনএ বাইন্ডিং সাইট (টিএফবিএস)-এর মধ্যে মিথস্ক্রিয়াকে কেন্দ্র করে। মূল বৈজ্ঞানিক সাহিত্য থেকে উদ্ভূত টিএফগুলি তাদের কাঠামোগত এবং কার্যকরী বৈশিষ্ট্য সম্পর্কে বর্ণনা করা হয়েছে। তাদের ডিএনএ বাঁধাই ক্ষেত্রের বৈশিষ্ট্য অনুসারে পরিবার, শ্রেণী এবং সুপারক্লাসে শ্রেণীবদ্ধ করা হয়। একটি জিনোমিক সাইটের সাথে একটি টিএফ-এর বন্ধন সাইটের স্থানীয়করণ, এর ক্রম এবং প্রয়োগ করা পরীক্ষামূলক পদ্ধতি নির্দিষ্ট করে নথিভুক্ত করা হয়। যে সমস্ত সাইটগুলি একটি টিএফ বা ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত টিএফগুলির একটি গোষ্ঠীকে বোঝায়, সেগুলি সারিবদ্ধ করা হয় এবং একটি অবস্থান-নির্দিষ্ট স্কোরিং ম্যাট্রিক্স (পিএসএসএম) বা কাউন্ট ম্যাট্রিক্স তৈরি করতে ব্যবহৃত হয়। ট্রান্সফেক ম্যাট্রিক্স গ্রন্থাগারের অনেক ম্যাট্রিক্স কিউরেটরদের একটি দল দ্বারা নির্মিত হয়েছে, অন্যগুলি বৈজ্ঞানিক প্রকাশনা থেকে নেওয়া হয়েছে। প্রয়োগ TRANSFAC ডাটাবেস ইউক্যারিওটিক ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টরগুলির একটি বিশ্বকোষ হিসাবে ব্যবহার করা যেতে পারে। প্রতিটি টি. এফ-এর জন্য লক্ষ্য ক্রম এবং নিয়ন্ত্রিত জিনগুলি তালিকাভুক্ত করা যেতে পারে, যা টি. এফ. বি. এস স্বীকৃতি সরঞ্জামের জন্য মানদণ্ড হিসাবে বা নতুন ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর বাইন্ডিং সাইট (টি. এফ. বি. এস) স্বীকৃতি অ্যালগরিদমের জন্য প্রশিক্ষণ সেট হিসাবে ব্যবহার করা যেতে পারে। টিএফ শ্রেণিবিন্যাস ডিএনএ-বাইন্ডিং ডোমেনের বৈশিষ্ট্য সম্পর্কিত এই ধরনের ডেটা সেট বিশ্লেষণ করতে সক্ষম করে। আরেকটি প্রয়োগ হল সমস্ত টিএফ পুনরুদ্ধার করা যা একটি প্রদত্ত (সেট) জিন (গুলি) নিয়ন্ত্রণ করে। সিস্টেম-জীববিজ্ঞান অধ্যয়নের প্রেক্ষাপটে, ট্রান্সফেক-এ নথিভুক্ত টিএফ-টার্গেট জিন সম্পর্কগুলি প্রতিলিপি নিয়ন্ত্রক নেটওয়ার্ক তৈরি এবং বিশ্লেষণ করতে ব্যবহৃত হয়েছিল। এখন পর্যন্ত TRANSFAC-এর সবচেয়ে ঘন ঘন ব্যবহার হল সম্ভাব্য TFBS-এর গণনামূলক ভবিষ্যদ্বাণী। বেশ কয়েকটি অ্যালগরিদম রয়েছে যা এই উদ্দেশ্যে পৃথক বাইন্ডিং সাইট বা ম্যাট্রিক্স লাইব্রেরি ব্যবহার করেঃ প্যাচ-ট্রান্সফ্যাক-এ নথিভুক্ত বাইন্ডিং সাইটগুলির সাথে ক্রমের সাদৃশ্য বিশ্লেষণ করে; এটি ডাটাবেসের সাথে সরবরাহ করা হয়। SiteSeer-TRANSFAC-এ নথিভুক্ত বাঁধাই সাইটগুলির সাথে ক্রমের সাদৃশ্য বিশ্লেষণ করে। ম্যাচ-ম্যাট্রিক্স লাইব্রেরি ব্যবহার করে সম্ভাব্য টিএফবিএস সনাক্ত করে; এটি ডাটাবেসের সাথে সরবরাহ করা হয়। টেস (ট্রান্সক্রিপশন এলিমেন্ট সার্চ সিস্টেম)-ট্রান্সফ্যাকের বাঁধাই সাইটগুলির পাশাপাশি ট্রান্সফ্যাকের ম্যাট্রিক্স লাইব্রেরি এবং অন্যান্য তিনটি উৎস ব্যবহার করে সম্ভাব্য বাঁধাই সাইটগুলির সাথে ক্রমের সাদৃশ্য বিশ্লেষণ করে। টেস সিস-রেগুলেটরি মডিউল (সি. আর. এম, টি. এফ. বি. এস-এর চরিত্রগত সংমিশ্রণ) সনাক্তকরণের জন্য একটি প্রোগ্রামও সরবরাহ করে, যা ট্রান্সফ্যাক ম্যাট্রিক্স ব্যবহার করে। প্রোমো-বাণিজ্যিক ডাটাবেস সংস্করণ টি. এফ. এম এক্সপ্লোরারের সহায়তায় টি. এফ. বি. এস-এর ম্যাট্রিক্স-ভিত্তিক ভবিষ্যদ্বাণী-জিনের একটি সেটে সাধারণ সম্ভাব্য টি. এফ. বি. এস-এর সনাক্তকরণ মোটিফমোগুল-বিভিন্ন অ্যালগরিদমের সাথে ম্যাট্রিক্স-ভিত্তিক ক্রম বিশ্লেষণ কনট্রা-সংরক্ষিত প্রবর্তক অঞ্চলে ম্যাট্রিক্স-ভিত্তিক ক্রম বিশ্লেষণ পি. এম. এস (পলি ম্যাট্রিক্স অনুসন্ধান)-সংরক্ষিত প্রবর্তক অঞ্চলে ম্যাট্রিক্স-ভিত্তিক ক্রম বিশ্লেষণ ট্রান্সফ্যাক এবং অন্যান্য উৎসের ম্যাট্রিক্স লাইব্রেরির সাথে ম্যাট্রিক্সের তুলনাঃ ট্রান্সফ্যাক বা অন্যান্য লাইব্রেরির সাথে পৃথক বা ম্যাট্রিক্সের গোষ্ঠীর তুলনা করার জন্য টি-রেগ তুলনামূলক। ম্যাকো (পলি ম্যাট্রিক্স সার্চ)-ম্যাট্রিক্স লাইব্রেরির সঙ্গে ম্যাট্রিক্সের তুলনা। বেশ কয়েকটি সার্ভার ট্রান্সফ্যাকের সাহায্যে গণনা করা জিনোমিক টীকা প্রদান করে। অন্যরা লক্ষ্য জিন সেট অনুমান করার জন্য এই ধরনের বিশ্লেষণ ব্যবহার করেছে। আরও দেখুন ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর বাইন্ডিং সাইট ডেটাবেস রেফারেন্স বাহ্যিক লিঙ্ক এডগার উইঙ্গেন্ডার ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর জেনেটিক্স ডেটাবেসের হোমপেজে ট্রান্সফেক ডাটাবেসের ইতিহাস