COPASI
সি. ও. পি. এ. এস. আই (কমপ্লেক্স প্যাথওয়ে সিমুলেটর) একটি ওপেন সোর্স সফ্টওয়্যার অ্যাপ্লিকেশন যা বিপাকীয় নেটওয়ার্ক, কোষ-সংকেত পথ, নিয়ন্ত্রক নেটওয়ার্ক, সংক্রামক রোগ এবং আরও অনেক জৈবিক প্রক্রিয়ার গাণিতিক মডেল তৈরি এবং সমাধান করার জন্য। ইতিহাস কোপাসি গেপাসি সিমুলেশন সফ্টওয়্যারের উপর ভিত্তি করে তৈরি করা হয়েছে যা 1990-এর দশকের গোড়ার দিকে পেড্রো মেন্ডেস দ্বারা তৈরি করা হয়েছিল। কোপাসির প্রাথমিক উন্নয়ন ভার্জিনিয়া বায়োইনফরম্যাটিক্স ইনস্টিটিউট এবং ক্লাউস টিস্চিরা ফাউন্ডেশন দ্বারা অর্থায়ন করা হয়েছিল। বর্তমান উন্নয়ন প্রচেষ্টা জাতীয় স্বাস্থ্য প্রতিষ্ঠান, বিবিএসআরসি এবং জার্মান শিক্ষা মন্ত্রকের অনুদান দ্বারা সমর্থিত। উন্নয়ন দল সি. ও. পি. এ. এস. আই হল ম্যানচেস্টার বিশ্ববিদ্যালয় (ইউ. কে), হাইডেলবার্গ বিশ্ববিদ্যালয় (জার্মানি) এবং ভার্জিনিয়া বায়োইনফরম্যাটিক্স ইনস্টিটিউটের (ইউ. এস. এ) মধ্যে একটি আন্তর্জাতিক সহযোগিতার ফলাফল। প্রকল্পের প্রধান তদন্তকারীরা হলেন পেড্রো মেন্ডেস এবং উরসুলা কামার। প্রধান সফ্টওয়্যার স্থপতি হলেন স্টেফান হুপস এবং স্ভেন সাহলে। সি. ও. পি. এ. এস. আই-এর বৈশিষ্ট্যগুলির মধ্যে জৈবিক প্রক্রিয়াগুলির মডেলগুলি সংজ্ঞায়িত করা, এই মডেলগুলি অনুকরণ ও বিশ্লেষণ করা, বিশ্লেষণ প্রতিবেদন তৈরি করা এবং এস. বি. এম. এল বিন্যাসে আমদানি/রপ্তানি মডেলগুলি অন্তর্ভুক্ত রয়েছে। মডেলের সংজ্ঞাঃ মডেলগুলিকে আণবিক প্রজাতির মধ্যে রাসায়নিক বিক্রিয়া হিসাবে সংজ্ঞায়িত করা হয়। মডেলের গতিবিদ্যা পৃথক প্রতিক্রিয়ার সাথে সম্পর্কিত হার আইন দ্বারা নির্ধারিত হয়। মডেলগুলিতে কম্পার্টমেন্ট, ইভেন্ট এবং অন্যান্য গ্লোবাল ভেরিয়েবলও অন্তর্ভুক্ত থাকতে পারে যা সিস্টেমের গতিশীলতা নির্দিষ্ট করতে সহায়তা করতে পারে। কাজঃ কাজ হল বিভিন্ন ধরনের বিশ্লেষণ যা একটি মডেলে করা যেতে পারে। এগুলির মধ্যে রয়েছে স্থির-অবস্থা বিশ্লেষণ, স্টোইকিওমেট্রিক বিশ্লেষণ, নির্ধারণমূলক এবং স্টোকাস্টিক সিমুলেশন অ্যালগরিদম ব্যবহার করে সময় কোর্স সিমুলেশন, বিপাকীয় নিয়ন্ত্রণ বিশ্লেষণ, লিয়াপুনভ সূচকের গণনা, সময় স্কেল বিচ্ছেদ, পরামিতি স্ক্যান, অপ্টিমাইজেশন এবং পরামিতি অনুমান। আমদানি ও রপ্তানিঃ সি. ও. পি. এ. এস. আই এস. বি. এম. এল ফরম্যাটের পাশাপাশি গেপাসি ফরম্যাটে মডেলগুলি পড়তে পারে। সি. পি. এ. এস. আই এস. বি. এম. এল, সি প্রোগ্রামিং ভাষায় সোর্স কোড, বার্কলে ম্যাডোনা ফাইল এবং এক্স. পি. পি. এ. ইউ. টি ফাইল সহ বিভিন্ন বিন্যাসে মডেল লিখতে পারে। আরও দেখুন সিস্টেম বায়োলজি মডেলিং সফ্টওয়্যার রেফারেন্সের তালিকা বাহ্যিক লিঙ্ক কোপাসি হোম পেজ মেন্ডেস গ্রুপ, ডিপার্টমেন্ট মডেলিং অফ বায়োলজিকাল প্রসেস, হাইডেলবার্গ ইউনিভার্সিটি সিস্টেমস বায়োলজি অর্ডিনারি ডিফারেনশিয়াল ইকুয়েশন ডিপার্টমেন্ট অফ কম্পিউটার সায়েন্স, ইউনিভার্সিটি অফ ম্যানচেস্টার সফ্টওয়্যার আর্টিস্টিক লাইসেন্স ব্যবহার করে