GenoCAD
জিনোক্যাড হল কৃত্রিম জীববিজ্ঞানের জন্য প্রাচীনতম কম্পিউটার সহায়ক নকশা সরঞ্জামগুলির মধ্যে একটি। সফ্টওয়্যারটি জেনোফ্যাব, ইনকর্পোরেটেড দ্বারা বিকশিত এবং রক্ষণাবেক্ষণ করা একটি বায়োইনফরম্যাটিক্স সরঞ্জাম। জিনোক্যাড জেনেটিক ইঞ্জিনিয়ারিংয়ের জন্য প্রোটিন এক্সপ্রেশন ভেক্টর, কৃত্রিম জিন নেটওয়ার্ক এবং অন্যান্য জেনেটিক গঠনের নকশাকে সহজতর করে এবং আনুষ্ঠানিক ভাষার তত্ত্বের উপর ভিত্তি করে। জিনোক্যাড আনুষ্ঠানিক ভাষার তত্ত্ব ব্যবহার করে জিনগত গঠনের কার্যকরী সীমাবদ্ধতাগুলিকে আনুষ্ঠানিক করার প্রচেষ্টার একটি শাখা হিসাবে উদ্ভূত হয়েছিল। 2007 সালে, ভার্জিনিয়া বায়োইনফরম্যাটিক্স ইনস্টিটিউট, ভার্জিনিয়া টেকের গবেষকরা ধারণার প্রমাণ হিসাবে ওয়েবসাইট genocad.org (এখন অবসরপ্রাপ্ত) স্থাপন করেছিলেন। ওয়েবসাইটটি ব্যবহার করে, ব্যবহারকারীরা উচ্চ-স্তরের জিনগত গঠনগুলিকে নিম্ন স্তরের জিনগত গঠনের সাথে বারবার প্রতিস্থাপন করে এবং শেষ পর্যন্ত প্রকৃত ডিএনএ সিকোয়েন্স দিয়ে জিন ডিজাইন করতে পারে। 2009 সালের 31শে আগস্ট, ন্যাশনাল সায়েন্স ফাউন্ডেশন জেনোক্যাডের উন্নয়নের জন্য ভার্জিনিয়া টেকের ভার্জিনিয়া বায়োইনফরম্যাটিক্স ইনস্টিটিউটের সহযোগী অধ্যাপক ডঃ জিন পেকাউডকে তিন বছরের $1,421,725 অনুদান প্রদান করে। পেক্কাউড (বর্তমানে সিএসও এবং ভারপ্রাপ্ত সিইও) দ্বারা প্রতিষ্ঠিত একটি সংস্থা জেনোফ্যাব, ইনকর্পোরেটেড দ্বারা জেনোক্যাড তৈরি করা হয়েছিল এবং এখনও করা হচ্ছে, যিনি মূল গবেষণার অন্যতম লেখকও ছিলেন। জেনক্যাডের সোর্স কোডটি মূলত 2009 সালের ডিসেম্বরে সোর্সফোর্জে প্রকাশিত হয়েছিল। জেনক্যাড সংস্করণ 2 নভেম্বর 2011 সালে মুক্তি পায় এবং পরিকল্পিত জেনেটিক কোডের আচরণ অনুকরণ করার ক্ষমতা অন্তর্ভুক্ত করে। এই বৈশিষ্ট্যটি সি. ও. পি. এ. এস. আই-এর পিছনে থাকা দলের সহযোগিতার ফল ছিল। 2015 সালের এপ্রিল মাসে, পেক্কাউড এবং তার সহকর্মীরা জিনোলিব নামে জৈবিক অংশের একটি গ্রন্থাগার প্রকাশ করে, যা জিনোক্যাড প্ল্যাটফর্মে অন্তর্ভুক্ত করা যেতে পারে। লক্ষ্য প্রকল্পের চারটি লক্ষ্য হ 'লঃ E.coli-এ ব্যবহৃত সিন্থেটিক ডিএনএ অণুর কাঠামোর প্রতিনিধিত্ব করার জন্য কম্পিউটার ভাষা, খামির, ইঁদুর এবং আরাবিডোপসিস থালিয়ানা কোষ সংকলক যা ডিএনএ সিকোয়েন্সকে গাণিতিক মডেলে অনুবাদ করতে সক্ষম যাতে এনকোডেড ফেনোটাইপ সহযোগিতামূলক কর্মপ্রবাহের পরিবেশের পূর্বাভাস দেওয়া যায় যা অংশ, নকশা, মনগড়া সংস্থানগুলি ভাগ করে নেওয়ার অনুমতি দেয় যার অর্থ একটি বাহ্যিক উপদেষ্টা বোর্ড, একটি বার্ষিক ব্যবহারকারী সম্মেলন এবং শিল্প বৈশিষ্ট্যগুলিতে পৌঁছানোর মাধ্যমে ব্যবহারকারী সম্প্রদায়ের কাছে ফলাফলগুলি প্রেরণ করা। জেনেটিক সিকোয়েন্সের ব্যবস্থাপনাঃ বৈশিষ্ট্যগুলির এই গোষ্ঠীর উদ্দেশ্য হল ব্যবহারকারীদের জেনেটিক অংশগুলির বড় সংগ্রহের মধ্যে, একটি প্রকল্পের জন্য প্রয়োজনীয় অংশগুলি সনাক্ত করতে এবং প্রকল্প-নির্দিষ্ট গ্রন্থাগারে সেগুলিকে সংগঠিত করতে সহায়তা করা। জিনগত অংশঃ অংশগুলির একটি অনন্য শনাক্তকারী, একটি নাম এবং আরও সাধারণ বিবরণ রয়েছে। তাদের একটি ডিএনএ সিকোয়েন্সও রয়েছে। অংশগুলি একটি ব্যাকরণের সাথে যুক্ত এবং একটি অংশ বিভাগের জন্য বরাদ্দ করা হয় যেমন একটি প্রবর্তক, জিন ইত্যাদি। পার্টস লাইব্রেরিঃ লাইব্রেরিতে পার্টস কালেকশন সাজানো হয়। কিছু ক্ষেত্রে আংশিক গ্রন্থাগারগুলি একটি একক উৎস থেকে আমদানি করা অংশগুলির সাথে মিলে যায় যেমন অন্য ক্রম ডাটাবেস। অন্যান্য ক্ষেত্রে, গ্রন্থাগারগুলি একটি নির্দিষ্ট নকশা প্রকল্পের জন্য ব্যবহৃত অংশগুলির সাথে মিলে যায়। কার্ট (ই-কমার্স শপিং কার্টের অনুরূপ) নামে একটি অস্থায়ী স্টোরেজ এলাকার মাধ্যমে যন্ত্রাংশগুলি এক লাইব্রেরি থেকে অন্য লাইব্রেরিতে স্থানান্তরিত করা যেতে পারে। যন্ত্রাংশ অনুসন্ধানঃ ব্যবহারকারীরা লুসিন সার্চ ইঞ্জিন ব্যবহার করে যন্ত্রাংশের ডাটাবেসে অনুসন্ধান করতে পারেন। মৌলিক এবং উন্নত অনুসন্ধান মোড উপলব্ধ। ব্যবহারকারীরা জটিল প্রশ্নগুলি তৈরি করতে পারেন এবং ভবিষ্যতের পুনঃব্যবহারের জন্য সেগুলি সংরক্ষণ করতে পারেন। অংশ আমদানি/রপ্তানিঃ স্ট্যান্ডার্ড ফাইল ফরম্যাট (যেমন, জেনব্যাঙ্ক, ট্যাব ডিলিমিটেড, এফ. এ. এস. টি. এ, এস. বি. এম. এল) ব্যবহার করে অংশগুলি পৃথকভাবে বা সম্পূর্ণ লাইব্রেরি হিসাবে আমদানি ও রপ্তানি করা যেতে পারে। জিনগত গঠনে ক্রমগুলির সংমিশ্রণঃ বৈশিষ্ট্যগুলির এই গোষ্ঠীর উদ্দেশ্য হল একটি নির্দিষ্ট নকশা কৌশলের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ নকশায় জিনগত অংশগুলির সংমিশ্রণের প্রক্রিয়াটিকে সহজতর করা। পয়েন্ট-এন্ড-ক্লিক ডিজাইন টুলঃ এই উইজার্ড ব্যবহারকারীকে ডিজাইনের সিদ্ধান্তের একটি সিরিজের মাধ্যমে গাইড করে যা ডিজাইনের কাঠামো এবং নকশায় অন্তর্ভুক্ত অংশগুলির নির্বাচন নির্ধারণ করে। নকশা ব্যবস্থাপনাঃ নকশাগুলি ব্যবহারকারীর কর্মক্ষেত্রে সংরক্ষণ করা যেতে পারে। পূর্বে সংরক্ষিত নকশাগুলিতে অংশ সম্পাদনা করার পরিণতি সম্পর্কে ব্যবহারকারীদের সতর্ক করার জন্য নকশার স্থিতিগুলি নিয়মিত আপডেট করা হয়। রপ্তানি নকশাঃ স্ট্যান্ডার্ড ফাইল ফরম্যাট ব্যবহার করে নকশাগুলি রপ্তানি করা যেতে পারে (যেমন, জেনব্যাঙ্ক, ট্যাব ডিলিমিটেড, এফএএসটিএ)। নকশা নিরাপত্তাঃ ব্যবহারকারীকে উপযুক্ত নকশা কৌশল অনুসরণ করতে বাধ্য করে নকশাগুলি কিছু ধরনের ত্রুটি থেকে সুরক্ষিত থাকে। সিমুলেশনঃ জিনোক্যাডে নকশাকৃত ক্রমগুলি ফলস্বরূপ কোষে রাসায়নিক উৎপাদন প্রদর্শন করার জন্য সিমুলেট করা যেতে পারে। ব্যবহারকারীর কর্মক্ষেত্রঃ ব্যবহারকারীরা জিনোক্যাড ডাটাবেসে অংশ যোগ করে, নির্দিষ্ট নকশা প্রকল্পের সাথে সম্পর্কিত বিশেষ গ্রন্থাগার তৈরি করে এবং উন্নয়নের বিভিন্ন পর্যায়ে নকশা সংরক্ষণ করে তাদের কর্মক্ষেত্রকে ব্যক্তিগতকৃত করতে পারেন। তাত্ত্বিক ভিত্তি জেনোক্যাড আনুষ্ঠানিক ভাষার তত্ত্বের মধ্যে নিহিত; বিশেষত, নকশার নিয়মগুলি বর্ণনা করে যে কীভাবে বিভিন্ন ধরণের অংশগুলিকে একত্রিত করা যায় এবং প্রসঙ্গ-মুক্ত ব্যাকরণ তৈরি করা যায়। একটি প্রসঙ্গ মুক্ত ব্যাকরণকে তার টার্মিনাল, ভেরিয়েবল, স্টার্ট ভেরিয়েবল এবং প্রতিস্থাপনের নিয়ম দ্বারা সংজ্ঞায়িত করা যেতে পারে। জিনোক্যাডে, ব্যাকরণের টার্মিনালগুলি হল ডি. এন. এ-র ক্রম যা একটি নির্দিষ্ট জৈবিক উদ্দেশ্য সম্পাদন করে (যেমন। একজন প্রবর্তক)। ভেরিয়েবলগুলি কম সমজাতীয়ঃ এগুলি দীর্ঘ ক্রমের প্রতিনিধিত্ব করতে পারে যার একাধিক ফাংশন রয়েছে বা ডি. এন. এ-র এমন একটি অংশের প্রতিনিধিত্ব করতে পারে যা ডি. এন. এ-র একাধিক ভিন্ন ক্রমের মধ্যে একটি ধারণ করতে পারে তবে একই ফাংশন সম্পাদন করতে পারে (যেমন। একটি পরিবর্তনশীল প্রোমোটারদের সেটকে উপস্থাপন করে)। জিনোক্যাড-এ ডিএনএ সিকোয়েন্স জৈবিকভাবে কার্যকর কিনা তা নিশ্চিত করার জন্য প্রতিস্থাপনের নিয়ম অন্তর্ভুক্ত রয়েছে। ব্যবহারকারীরা অন্যান্য উদ্দেশ্যেও তাদের নিজস্ব নিয়ম নির্ধারণ করতে পারেন। জিনোক্যাডে ডি. এন. এ-র একটি ক্রম তৈরি করা অনেকটা প্রসঙ্গ-মুক্ত ব্যাকরণে একটি ব্যুৎপত্তি তৈরি করার মতো। ব্যবহারকারী স্টার্ট ভেরিয়েবল দিয়ে শুরু করে এবং বারবার একটি ভেরিয়েবল এবং এর বিকল্প নির্বাচন করে যতক্ষণ না শুধুমাত্র টার্মিনাল অবশিষ্ট থাকে। বিকল্প জিনোক্যাডের সবচেয়ে সাধারণ বিকল্পগুলি হল প্রোটো, জিইসি এবং ইউজিন রেফারেন্স এক্সটার্নাল লিঙ্ক GenoCAD.com প্রজেক্ট পেজ অন সোর্সফোর্জ টিউটোরিয়ালস এবং এফএকিউস পেক্কাউড ল্যাব সিন্থেটিক বায়োলজি ফ্রি বায়োইনফরম্যাটিক্স সফ্টওয়্যার সিস্টেম বায়োলজি বায়োটেকনোলজি।