Triple helix
জ্যামিতি এবং জৈব রসায়নের ক্ষেত্রে, একটি ট্রিপল হেলিক্স (: ট্রিপল হেলিসেস) হল একই অক্ষ সহ তিনটি সঙ্গতিপূর্ণ জ্যামিতিক হেলিসের একটি সেট, যা অক্ষ বরাবর একটি অনুবাদ দ্বারা পৃথক হয়। এর অর্থ হল প্রতিটি হেলিস কেন্দ্রীয় অক্ষ থেকে একই দূরত্ব বজায় রাখে। একটি একক হেলিক্সের মতো, একটি ট্রিপল হেলিক্স তার পিচ, ব্যাস এবং হ্যান্ডনেস দ্বারা চিহ্নিত করা যেতে পারে। ট্রিপল হেলিসের উদাহরণগুলির মধ্যে রয়েছে ট্রিপলেক্স ডিএনএ, ট্রিপলেক্স আরএনএ, কোলাজেন হেলিক্স এবং কোলাজেনের মতো প্রোটিন। একটি ট্রিপল হেলিক্সের নামকরণ করা হয়েছে কারণ এটি তিনটি পৃথক হেলিক্স নিয়ে গঠিত। এই হেলিক্সগুলির প্রত্যেকটি একই অক্ষ ভাগ করে নেয়, তবে তারা একই স্থান নেয় না কারণ প্রতিটি হেলিক্স অক্ষের চারপাশে কৌণিকভাবে অনুবাদ করা হয়। সাধারণত, একটি ট্রিপল হেলিক্সের পরিচয় নির্ভর করে এটি তৈরি করা হেলিক্সের প্রকারের উপর। উদাহরণস্বরূপঃ কোলাজেন প্রোটিনের তিনটি স্ট্র্যান্ড দিয়ে তৈরি একটি ট্রিপল হেলিক্স হল একটি কোলাজেন ট্রিপল হেলিক্স এবং ডিএনএর তিনটি স্ট্র্যান্ড দিয়ে তৈরি একটি ট্রিপল হেলিক্স হল একটি ডিএনএ ট্রিপল হেলিক্স। অন্যান্য ধরনের হেলিসের মতো, ট্রিপল হেলিসের হাত রয়েছেঃ ডান-হাতি বা বাঁ-হাতি। একটি ডানহাতি হেলিক্স তার অক্ষের চারপাশে শুরু থেকে শেষ পর্যন্ত ঘড়ির কাঁটার দিকে ঘোরে। একটি বাঁ-হাতি হেলিক্স হল ডান-হাতি হেলিক্সের আয়নার চিত্র, এবং এটি অক্ষের চারপাশে শুরু থেকে শেষ পর্যন্ত ঘড়ির কাঁটার বিপরীত দিকে চলে। একটি হেলিকাল অণুর শুরু এবং শেষ অণুর নির্দিষ্ট চিহ্নিতকারীগুলির উপর ভিত্তি করে সংজ্ঞায়িত করা হয় যা সহজে পরিবর্তিত হয় না। উদাহরণস্বরূপঃ একটি হেলিকাল প্রোটিনের শুরু হল এর এন টার্মিনাস, এবং ডি. এন. এ-র একটি একক স্ট্র্যান্ডের শুরু হল এর 5 'প্রান্ত। কোলাজেন ট্রিপল হেলিক্স তিনটি কোলাজেন পেপটাইড দিয়ে তৈরি, যার প্রতিটি নিজস্ব বাম হাতের পলিপ্রোলিন হেলিক্স গঠন করে। যখন তিনটি শিকল একত্রিত হয়, তখন ট্রিপল হেলিক্স একটি ডান হাতের অভিযোজন গ্রহণ করে। কোলাজেন পেপটাইড গ্লাই-এক্স-ওয়াই-এর পুনরাবৃত্তি নিয়ে গঠিত, দ্বিতীয় অবশিষ্টাংশ (এক্স) সাধারণত প্রো এবং তৃতীয় (ওয়াই) হাইড্রক্সিপ্রোলিন হয়। একটি ডি. এন. এ ট্রিপল হেলিক্স তিনটি পৃথক ডি. এন. এ স্ট্র্যান্ড নিয়ে গঠিত, যার প্রতিটি হেলিক্সের বাইরের দিকে চিনি/ফসফেট মেরুদণ্ড এবং হেলিক্সের ভিতরের দিকে অবস্থিত। ঘাঁটিগুলি ট্রিপল হেলিক্সের অক্ষের নিকটতম অণুর অংশ এবং মেরুদণ্ডটি অক্ষ থেকে সবচেয়ে দূরে অণুর অংশ। তৃতীয় স্ট্র্যান্ডটি তুলনামূলকভাবে সাধারণ ডুপ্লেক্স ডিএনএর প্রধান খাঁজটি দখল করে। ট্রিপলএক্স ডি. এন. এ-তে ঘাঁটিগুলি হুগস্টিন বেস পেয়ারিং স্কিম অনুসারে সাজানো হয়। একইভাবে, আর. এন. এ ট্রিপল হেলিসগুলি একটি আর. এন. এ ডুপ্লেক্সের সাথে হাইড্রোজেন বন্ধন গঠনের ফলে গঠিত হয়; ডুপ্লেক্সটি ওয়াটসন-ক্রিক বেস পেয়ারিং নিয়ে গঠিত এবং তৃতীয় স্ট্র্যান্ডটি হুগস্টিন বেস পেয়ারিংয়ের মাধ্যমে আবদ্ধ হয়। স্থিতিশীল কারণ কোলাজেন ট্রিপল হেলিক্সের বেশ কয়েকটি বৈশিষ্ট্য রয়েছে যা এর স্থায়িত্ব বাড়ায়। যখন প্রোলাইনকে গ্লাই-এক্স-ওয়াই অনুক্রমের ওয়াই অবস্থানে অন্তর্ভুক্ত করা হয়, তখন এটি অনুবাদ-পরবর্তী হাইড্রোক্সাইপ্রোলিনে পরিবর্তিত হয়। হাইড্রক্সিপ্রোলিন জলের সাথে অনুকূল মিথস্ক্রিয়ায় প্রবেশ করতে পারে, যা ট্রিপল হেলিক্সকে স্থিতিশীল করে কারণ Y অবশিষ্টাংশগুলি ট্রিপল হেলিক্স কাঠামোতে দ্রাবক-অ্যাক্সেসযোগ্য। পৃথক হেলিসগুলি স্ট্র্যান্ডের মধ্যে গঠিত অ্যামাইড-অ্যামাইড হাইড্রোজেন বন্ধনের একটি বিস্তৃত নেটওয়ার্ক দ্বারাও একত্রিত হয়, যার প্রতিটি ট্রিপল হেলিক্সের সামগ্রিক মুক্ত শক্তিতে প্রায়-2 কিলোক্যালরি/মোল অবদান রাখে। সুপারহেলিক্স গঠন শুধুমাত্র হেলিক্সের অভ্যন্তরে ক্রিটিক্যাল গ্লাইসিনের অবশিষ্টাংশকেই রক্ষা করে না, বরং সামগ্রিক প্রোটিনকে প্রোটিওলাইসিস থেকে রক্ষা করে। ট্রিপল হেলিক্স ডিএনএ এবং আরএনএ একই শক্তির অনেকগুলি দ্বারা স্থিতিশীল হয় যা ডাবল-স্ট্র্যান্ডেড ডিএনএ হেলিসেসকে স্থিতিশীল করে। হেলিক্সের অভ্যন্তরে অবস্থিত নিউক্লিওটাইড ঘাঁটির সাথে, তার অক্ষের কাছাকাছি, ঘাঁটিগুলি অন্যান্য ঘাঁটির সাথে হাইড্রোজেন বন্ধনে জড়িত। কেন্দ্রে বন্ধনযুক্ত ঘাঁটিগুলি জল বাদ দেয়, তাই ডিএনএ ট্রিপল হেলিসেসের স্থিতিশীলতায় হাইড্রোফোবিক প্রভাব বিশেষভাবে গুরুত্বপূর্ণ। জৈব ভূমিকা প্রোটিন কোলাজেন সুপারফ্যামিলির সদস্যরা এক্সট্রাসেলুলার ম্যাট্রিক্সে প্রধান অবদানকারী। ট্রিপল হেলিকাল কাঠামো টান চাপের বিরুদ্ধে দুর্দান্ত প্রতিরোধ প্রদান করে কোলাজেন তন্তুগুলিকে শক্তি এবং স্থিতিশীলতা প্রদান করে। কোলাজেন তন্তুগুলির অনমনীয়তা একটি গুরুত্বপূর্ণ কারণ যা বেশিরভাগ যান্ত্রিক চাপ সহ্য করতে পারে, এটি সারা শরীর জুড়ে ম্যাক্রোমোলিকুলার পরিবহন এবং সামগ্রিক কাঠামোগত সহায়তার জন্য একটি আদর্শ প্রোটিন তৈরি করে। ডি. এন. এ-তে কিছু অলিগোনিউক্লিওটাইড ক্রম রয়েছে, যাকে ট্রিপল-ফর্মিং অলিগোনিউক্লিওটাইডস (টি. এফ. ও) বলা হয় যা ডাবল-স্ট্র্যান্ডেড ডি. এন. এ-র দীর্ঘ অণুর সাথে একটি ট্রিপ্লেক্স গঠনের জন্য আবদ্ধ হতে পারে; টি. এফ. ও একটি জিন নিষ্ক্রিয় করতে পারে বা মিউটেশন প্ররোচিত করতে সহায়তা করতে পারে। টি. এফ. ও শুধুমাত্র একটি বৃহত্তর অণুর নির্দিষ্ট স্থানে আবদ্ধ হতে পারে, তাই গবেষকদের প্রথমে নির্ধারণ করতে হবে যে কোনও টি. এফ. ও আগ্রহের জিনের সাথে আবদ্ধ হতে পারে কিনা। এই প্রক্রিয়াটি উন্নত করতে কখনও কখনও টুইস্টেড ইন্টারক্যালটিং নিউক্লিক অ্যাসিড ব্যবহার করা হয়। সিকোয়েন্সিং দ্বারা জিনোম-ব্যাপী টি. এফ. ও-টি. টি. এস জুটির ম্যাপিং অলিগো-লাইব্রেরি ব্যবহার করে পুরো জিনোমে ট্রিপলএক্স গঠনকারী ডি. এন. এ অধ্যয়নের একটি কার্যকর উপায়। সাম্প্রতিক বছরগুলিতে, ট্রিপলএক্স আর. এন. এ-র জৈবিক কার্যকারিতা আরও বেশি অধ্যয়ন করা হয়েছে। কিছু ভূমিকার মধ্যে রয়েছে স্থিতিশীলতা বৃদ্ধি, অনুবাদ, লিগ্যান্ড বন্ধনকে প্রভাবিত করা এবং অনুঘটক। লিগ্যান্ড বন্ধন ট্রিপল হেলিক্স দ্বারা প্রভাবিত হওয়ার একটি উদাহরণ হল এসএএম-2 রাইবোসুইচ যেখানে ট্রিপল হেলিক্স একটি বাঁধাই সাইট তৈরি করে যা অনন্যভাবে এস-অ্যাডেনোসিলমেথিওনিন (এসএএম) গ্রহণ করবে। রাইবোনিউক্লিওপ্রোটিন জটিল টেলোমেরেজ, যা ডি. এন. এ (টেলোমেরেস)-এর লেজ-প্রান্তের প্রতিলিপির জন্য দায়ী, তাতে ট্রিপ্লেক্স আর. এন. এ রয়েছে যা সঠিক টেলোমেরেস কার্যকারিতার জন্য প্রয়োজনীয় বলে মনে করা হয়। প্যান এবং এমএএলএটি1 দীর্ঘ-ননকোডিং আরএনএ-র 3 'প্রান্তে ট্রিপল হেলিক্স পলি (এ) লেজকে ডেডনাইলেশন থেকে রক্ষা করে আরএনএ-কে স্থিতিশীল করতে কাজ করে, যা পরবর্তীকালে ভাইরাল প্যাথোজেনেসিস এবং একাধিক মানব ক্যান্সারে তাদের কার্যকারিতা প্রভাবিত করে। উপরন্তু, আরএনএ ট্রিপল হেলিসগুলি একটি পলি (এ) টেল 3 '-এন্ড বাইন্ডিং পকেট গঠন করে এমআরএনএগুলিকে স্থিতিশীল করতে পারে। গণনামূলক সরঞ্জাম টিডিএফ (ট্রিপলেক্স ডোমেন ফাইন্ডার) টিডিএফ হল আরএনএ-ডিএনএ ট্রিপলেক্স গঠনের সম্ভাবনার পূর্বাভাস দেওয়ার জন্য একটি পাইথন-ভিত্তিক প্যাকেজ। সফ্টওয়্যারটি টি. এফ. ও এবং টি. টি. এস-এর মধ্যে সাবস্ট্রিং গণনা করে শুরু হয় এবং পটভূমির তুলনায় উল্লেখযোগ্য ফলাফল খুঁজে বের করতে পরিসংখ্যানগত পরীক্ষা ব্যবহার করে। ট্রিপলেক্সএফপিপি গভীর শিক্ষার পদ্ধতির উপর ভিত্তি করে তৈরি। এই পাইথন-ভিত্তিক পাইপলাইনগুলি সম্ভবত ট্রিপলএক্স-গঠনকারী এলএনসিআরএনএর পূর্বাভাস দিতে সহায়তা করতে পারে। তবে যেহেতু প্রশিক্ষণের জন্য এলএনসিআরএনএ সীমিত, তাই মেশিন লার্নিং এবং গভীর শিক্ষার পদ্ধতি প্রয়োগ করার আগে অনেক দীর্ঘ পথ যেতে হবে। রেফারেন্স বক্ররেখা জ্যামিতিক আকার হেলিস প্রোটিন কাঠামোগত মোটিফ