Patrocladogram
প্যাট্রোক্ল্যাডোগ্রাম হল একটি ক্ল্যাডিস্টিক শাখার প্যাটার্ন যা প্যাট্রিস্টিক দূরত্ব (অর্থাৎ, বংশের মধ্যে বিচ্যুতি) ব্যবহার করে সঠিকভাবে সংশোধন করা হয়েছে; এক ধরনের ফাইলোগ্রাম। প্যাট্রিস্টিক দূরত্বকে সংজ্ঞায়িত করা হয়, "একটি ক্ল্যাডোগ্রামের উপর দুটি ট্যাক্সাকে পৃথক করে অ্যাপোমর্ফিক ধাপ পরিবর্তনের সংখ্যা", এবং একটি সাধারণ পূর্বপুরুষ থেকে একটি বৈশিষ্ট্যের বিচ্যুতির পরিমাণ নির্ধারণ করতে একচেটিয়াভাবে ব্যবহৃত হয়। এর অর্থ হল ক্ল্যাডিস্টিক এবং প্যাট্রিস্টিক দূরত্বগুলি একত্রিত করে বিভিন্ন ফেনেটিক অ্যালগরিদম ব্যবহার করে একটি নতুন গাছ তৈরি করা হয়। জৈবিক শ্রেণিবিন্যাসে প্যাট্রোক্ল্যাডোগ্রামের উদ্দেশ্য হল একটি অনুমান তৈরি করা যে ট্যাক্সোনমিক সিদ্ধান্ত নেওয়ার আগে কোন বিবর্তনীয় প্রক্রিয়াগুলি আসলে জড়িত। প্যাট্রোক্ল্যাডোগ্রামগুলি বায়োস্ট্যাটিস্টিক্সের উপর ভিত্তি করে তৈরি করা হয় যার মধ্যে রয়েছে কিন্তু সীমাবদ্ধ নয়ঃ পার্সিমনি, দূরত্ব ম্যাট্রিক্স, সম্ভাব্যতা পদ্ধতি এবং বায়েসিয়ান সম্ভাব্যতা। জিনোমিকভাবে সম্পর্কিত তথ্যের কিছু উদাহরণ যা এই পদ্ধতির জন্য ইনপুট হিসাবে ব্যবহার করা যেতে পারেঃ আণবিক ক্রম, পুরো জিনোম ক্রম, জিন ফ্রিকোয়েন্সি, সীমাবদ্ধতা সাইট, দূরত্ব ম্যাট্রিক্স, অনন্য অক্ষর, এসএনপি-র মতো মিউটেশন এবং মাইটোকন্ড্রিয়াল জিনোম ডেটা। প্যাট্রোক্ল্যাডোগ্রাম ব্যবহারের সতর্কতা হল এমন গ্রাফ যা সাদৃশ্যের অনুমানকে জোর দেয় যেখানে ফাইলোজেনেটিক গাছগুলি এমন গ্রাফ যা সাধারণ পূর্বপুরুষের অনুমানকে জোর দেয়। যখন একটি প্যাট্রোক্ল্যাডোগ্রাম যুক্তিসঙ্গতভাবে একটি তুলনীয় ফাইলোজেনেটিক ট্রি অনুমানের সাথে মেলে না তখন এটি মনোফাইলেটিক গোষ্ঠীগুলিকে সংজ্ঞায়িত করতে ব্যবহার করা উচিত নয়। প্যাট্রোক্ল্যাডোগ্রামের ব্যবহার নতুন বিবর্তনের ব্যাখ্যাকে তির্যক করতে পারে বা সমজাতীয় বৈশিষ্ট্যগুলিকে হোমোপ্লাস্টিক হিসাবে চিত্রিত করতে পারে। প্যাট্রোক্ল্যাডোগ্রাম বিশ্লেষণের জন্য প্রোগ্রামগুলি বেশিরভাগ ফাইলোগ্রামগুলি নিউইক বিন্যাসের কিছু বৈচিত্র্যে সংরক্ষণ করা হয় যেমনঃ পিএইউপি *, এমইজিএ, আণবিক বিবর্তনমূলক জেনেটিক্স বিশ্লেষণ, ক্লাস্টাল, ফিলিপ বা নেক্সাস ফাইল। নিউইক বিন্যাসের এই বিভিন্ন সংস্করণগুলি প্যাট্রোক্ল্যাডোগ্রাম গঠনে প্যাট্রিস্টিক দূরত্বের জন্য একটি ইনপুট হিসাবে ব্যবহার করা যেতে পারে। দুটি বহুল ব্যবহৃত সফ্টওয়্যার রয়েছে; একটি প্যাট্রিস্টিক দূরত্ব বিশ্লেষণের জন্য এবং অন্যটি একটি দর্শনীয় প্যাট্রোক্ল্যাডোগ্রাম তৈরি করার জন্য ব্যবহৃত হয়। নীচের উভয় প্রোগ্রাম দেখুনঃ প্যাট্রিস্টিক প্যাট্রিস্টিক একটি জাভা প্রোগ্রাম যা ইনপুট হিসাবে বিভিন্ন ট্রি ফাইল ব্যবহার করে এবং তাদের প্যাট্রিস্টিক দূরত্ব গণনা করে। প্যাট্রিস্টিক সেই দূরত্বগুলি সংরক্ষণ এবং সম্পাদনা করার অনুমতি দেয়। প্যাট্রিস্টিক ফলাফলের বিভিন্ন গ্রাফিক দৃশ্যের পাশাপাশি এক্সেল ব্যবহার করে গ্রাফিক্স তৈরির জন্য সিএসভি বিন্যাসে সেগুলি সংরক্ষণ করার সম্ভাবনা প্রদান করে। রামি রামি গুচ্ছ তৈরি করতে শাখার দৈর্ঘ্য ব্যবহার করে যা পরে প্যাট্রোক্ল্যাডোগ্রাম হিসাবে দৃশ্যমান হতে পারে। আরও পড়ার তথ্যসূত্র বহিরাগত লিঙ্ক প্যাট্রিস্টিক সফ্টওয়্যার রামি সরফটওয়্যার বায়োইনফরম্যাটিক্স ট্যাক্সোনমি (জীববিজ্ঞান)