Agmatidine
অ্যাগমাটিডিন (2-অ্যাগমাটিনাইলসাইটাইডিন, প্রতীক সি + বা এজিএম2সি) হল একটি পরিবর্তিত সাইটিডাইন যা বেশ কয়েকটি আর্কিয়াল এ. ইউ. এ ডিকোডিং টিআর. এন. এ-র অ্যান্টিকোডনের কাঁপানো অবস্থানে উপস্থিত থাকে। অনেক আর্কিয়ায় এ. ইউ. এ কোডনের সঠিক ডিকোডিংয়ের জন্য অ্যাগমাটিডিন অপরিহার্য এবং আইসোলেউসিনের সাথে টিআরএনএআইলে 2-এর অ্যামিনোঅ্যাসিলেশনের জন্য এটি প্রয়োজন। জেনেটিক কোড বর্ণনা করে যে কীভাবে এমআরএনএ-তে ট্রিপল কোডনগুলি নির্দিষ্ট টিআরএনএ অণু দ্বারা প্রোটিন সিকোয়েন্সে অনুবাদ করা হয় যা কোডনগুলির সাথে বেস-পেয়ার করতে পারে। সমস্ত জীবের দীর্ঘমেয়াদী বেঁচে থাকার জন্য জেনেটিক কোডের সঠিক ডিকোডিং একটি মৌলিক পূর্বশর্ত। অ্যান্টিকডনের প্রকৃতি হাইড্রোজেন বন্ধনের নির্দিষ্টতা এবং তাই টিআরএনএ দ্বারা ডিকোডিংয়ের নির্ভুলতা নির্ধারণ করে। আজ অবধি, প্রতিলিপি-পরবর্তী বিভিন্ন পরিবর্তন আবিষ্কৃত হয়েছে যা টিআরএনএগুলিকে তাদের হাইড্রোজেন বন্ধন ক্ষমতা বৃদ্ধিতে সহায়তা করে। এই পরিবর্তনগুলি সাধারণত অ্যান্টিকডনের প্রথম বেসে ঘটে (অবস্থান 34 বা কাঁপানো বেস অবস্থান) যা কোডনের তৃতীয় বেসের সাথে বেস জোড়া এবং টিআরএনএ দ্বারা কোডনের নির্দিষ্ট স্বীকৃতিতে গুরুত্বপূর্ণ। ক্রিকের ওয়াবল নিয়মগুলি প্রস্তাব করে যে কীভাবে টিআরএনএ-র একটি সীমিত সেট ওয়াবল বেস পেয়ারিং ব্যবহার করে কোডনগুলির একটি বিস্তৃত সেটকে ডিকোড করতে পারে। এই নিয়মগুলি ব্যাখ্যা করতে সফল হয়েছে যে কীভাবে বেশিরভাগ জেনেটিক কোড বিশেষভাবে সীমিত সংখ্যক টিআরএনএ দ্বারা অনুবাদ করা হয়। উদাহরণস্বরূপ, প্রথম অ্যান্টিকোডন অবস্থানে জি-এর সাথে একটি একক ফেনিল্যালানাইন টিআরএনএ ইউ বা সি-এর সাথে বেস পেয়ার করতে পারে (এইভাবে ইউইউইউ এবং ইউইউসি-কে ডিকোডিং করতে পারে) এবং অ্যান্টিকোডনে একটি পরিবর্তিত ইউ (2-থাইওইউ) সহ একটি একক লিউসিন টিআরএনএ এ বা জি-এর সাথে বেস পেয়ার করতে পারে (এইভাবে ইউইউএ এবং ইউইউজি-কে ডিকোডিং করতে পারে)। এ. ইউ. এ ডিকোডিংয়ের প্রক্রিয়া এ. ইউ. ইউ, এ. ইউ. সি, এ. ইউ. এ (আইসোলিউসিনের জন্য সমস্ত কোডিং) এবং এ. ইউ. জি (মেথিওনিনের জন্য কোডিং) ধারণকারী বাক্সে ডিকোডিংয়ের প্রক্রিয়া দীর্ঘকাল ধরে বিজ্ঞানীদের কাছে একটি ধাঁধা হিসাবে রয়ে গেছে। এইউইউ এবং এইউসি একটি একক আইসোলেউসিন টিআরএনএ (টিআরএনএআইলে1) দ্বারা ডিকোড করা হয় যার অ্যান্টিকডোনে জি থাকে এবং এইউএ একটি পৃথক টিআরএনএ (টিআরএনএআইলে2) দ্বারা ডিকোড করা হয়। দ্বিতীয় আইসোলেউসিন টিআরএনএ কীভাবে এ. ইউ. জি-কে ডিকোড না করে এ. ইউ. এ-কে ডিকোড করে তা বছরের পর বছর ধরে অনেক আগ্রহের বিষয় হয়ে দাঁড়িয়েছে। বিভিন্ন শ্রেণীর জীব এ. ইউ. এ ডিকোডিং-এর সমস্যাকে ভিন্নভাবে সমাধান করে। উদাহরণস্বরূপ, ইউক্যারিওটসে, 34তম অবস্থানে ইনোসিনযুক্ত একটি টিআরএনএ (আইএইউ অ্যান্টিকোডন) তিনটি আইসোলেউসিন কোডনকেই ডিকোড করতে পারে, অন্যদিকে অ্যান্টিকোডন (siAsi) অ্যান্টিকোডনে সিউডোউরিডিনযুক্ত একটি টিআরএনএ বিশেষভাবে এ. ইউ. এ কোডনকে পড়তে পারে। ইউব্যাকটেরিয়ায়, অ্যান্টিকোডন (এল. এ. ইউ)-এ লাইসিডিনযুক্ত একটি টিআর. এন. এ বিশেষভাবে এ. ইউ. এ-কে ডিকোড করতে পারে, কিন্তু এ. ইউ. জি-কে নয়। যাইহোক, আর্কিয়া যে প্রক্রিয়া দ্বারা এ. ইউ. এ ডিকোডিংয়ের সমস্যা সমাধান করে তা 2010 সালের গোড়ার দিকে জানা যায়নি, যখন দুটি গোষ্ঠী একযোগে প্রতিবেদন প্রকাশ করে যে আর্কিয়াল টিআরএনএআইলে 2-এ 34তম অবস্থানে একটি পরিবর্তিত সাইটিডিন রয়েছে, যার নাম দেওয়া হয়েছিল অ্যাগমাটিডিন। কাঠামো এবং জৈব সংশ্লেষণ অ্যাগমাটিডিন লাইসিডাইনের অনুরূপ যে সাইটিডাইনের সি2-অক্সো গ্রুপ লাইসিডাইনের ক্ষেত্রে লাইসিনের পরিবর্তে অ্যামিনোগুয়ানিডিন অ্যাগমাটিনের দ্বারা প্রতিস্থাপিত হয়। পরিবর্তনটি এনজাইম tRNAIle2 2-এগম্যাটিনিলসাইটাইডিন সিন্থেটেজ দ্বারা পরিচালিত হয়, যা অনেক আর্কিয়াল সদস্যদের মধ্যে উপস্থিত জিন টিয়াস-এর একটি পণ্য। টিয়াএস দ্বারা সাইটিডিনের সি2-অক্সো গ্রুপের সাথে অ্যাগমাটিনের সংযুক্তির মাধ্যমে কোষে অ্যাগমাটিডিন উৎপন্ন হয়। অগ্মাটাইন হল আর্জিনাইনের (সমস্ত কোষে উপস্থিত একটি অ্যামিনো অ্যাসিড) একটি ডিকার্বক্সিলেশন পণ্য। অ্যাগমাটিডিন গঠন একটি তিন-ধাপের পদ্ধতির মাধ্যমে ঘটে। প্রথম ধাপে, টিয়াস এএমপি এবং পিপিআই উৎপাদনের জন্য এটিপি-র α-β ফসফডিয়েস্টার বন্ধনকে হাইড্রোলাইজ করে। দ্বিতীয় ধাপে, সি34-এর সি2 কার্বনিল অক্সিজেন γ-ফসফরাস পরমাণুকে আক্রমণ করে পি-সি34 মধ্যবর্তী গঠন করে, β-পাই মুক্ত করে। এটি লাইসিডিন গঠনের পদ্ধতির বিপরীতে যেখানে সি2-অক্সো গ্রুপ ফসফোরিলেশনের পরিবর্তে অ্যাডেনাইলেশন দ্বারা সক্রিয় হয়। তৃতীয় ধাপে, অ্যাগম্যাটিনের প্রাথমিক অ্যামিনো গ্রুপ পি-সি34 মধ্যবর্তী সি2 কার্বনকে আক্রমণ করে γ-পাই মুক্ত করে এবং এজিএম2সি গঠন করে। টিয়াস এটিপি-র γ-ফসফেটের সাথে তার Thr18-কে অটোফসফোরিলেট করে, এএমপি এবং β-পাই মুক্ত করে। এটি এজিএম2সি গঠনের জন্য গুরুত্বপূর্ণ বলে জানা যায়, যদিও এর সঠিক ভূমিকা স্পষ্ট নয়। শারীরতত্ত্ব সি34-এর সি2 কার্বনে অ্যাগমাটাইন অংশের সংমিশ্রণ সি34-এর একটি টাউটোমেরিক রূপান্তরকে প্ররোচিত করে যা এর হাইড্রোজেন বন্ধন প্যাটার্নকে পরিবর্তন করে, এটি গুয়ানোসিনের পরিবর্তে অ্যাডেনোসিনের সাথে যুক্ত করতে সক্ষম করে। এইউএ কোডনগুলির ডিকোডিংয়ের জন্য পরিবর্তনটি অপরিহার্য এবং পরিবর্তন ছাড়া একটি টিআরএনএ আইসোলেউসিনের সাথে অ্যামিনোঅ্যাসিলেটেড হয় না। উপরন্তু, এটি দেখানো হয়েছে যে থার্মোকোকাস কোডাকারেনসিসের কার্যকারিতার জন্য অ্যাগম্যাটিন একটি প্রয়োজনীয় বিপাক। বর্তমানে ক্রমবদ্ধ ইউরিয়ারকিয়াল এবং ক্রেনারকিয়াল জিনোমের মধ্যে সিএইউ অ্যান্টিকডন (মেথিওনাইন টিআরএনএ হিসাবে চিহ্নিত) সহ শুধুমাত্র একটি অ্যানোটেটেড আইসোলেউসিন টিআরএনএ এবং তিনটি টিআরএনএ রয়েছে। অতএব, এটি খুব সম্ভবত যে ন্যানোআর্কিয়া এবং কোরার্কিয়ার সমস্ত সদস্য নির্বাচিতভাবে এ. ইউ. এ কোডনগুলি পড়তে অ্যাগমাটিডিন পরিবর্তন ব্যবহার করে। যাইহোক, বর্তমানে ন্যানোআর্কিয়া এবং কোরার্কিয়া থেকে সিকোয়েন্সড জিনোমে দুটি আইসোলেউসিন টিআরএনএ রয়েছে, যার মধ্যে একটিতে ইউএইউ অ্যান্টিকডন রয়েছে (যা সম্ভবত ইন-ভিভোতে রূপান্তরিত হয়)। অতএব, মনে করা হয় যে এই শ্রেণীর আর্কিয়া এ. ইউ. এ ডিকোডিং সমস্যা সমাধানের জন্য ইউক্যারিওটের মতো কৌশল অনুসরণ করে। তথ্যসূত্র নিউক্লিওসাইডস গুয়ানিডাইনস হাইড্রোক্সিমিথাইল যৌগ