RaptorX
র্যাপ্টরএক্স হল প্রোটিন কাঠামো এবং ফাংশন পূর্বাভাসের জন্য একটি সফ্টওয়্যার এবং ওয়েব সার্ভার যা অ-বাণিজ্যিক ব্যবহারের জন্য বিনামূল্যে। প্রোটিন কাঠামোর পূর্বাভাসের জন্য র্যাপ্টরএক্স হল সবচেয়ে জনপ্রিয় পদ্ধতিগুলির মধ্যে একটি। অন্যান্য রিমোট হোমোলজি স্বীকৃতি/প্রোটিন থ্রেডিং কৌশলগুলির মতো, র্যাপ্টরএক্স নিয়মিতভাবে নির্ভরযোগ্য প্রোটিন মডেল তৈরি করতে সক্ষম হয় যখন ব্যাপকভাবে ব্যবহৃত পি. এস. আই-ব্লাস্ট পারে না। যাইহোক, র্যাপ্টরএক্স সেই প্রোফাইল-ভিত্তিক পদ্ধতিগুলির (যেমন, এইচ. এইচ. পি. রেড এবং ফাইয়ার2) থেকে উল্লেখযোগ্যভাবে আলাদা যে র্যাপ্টরএক্স কাঠামোর তথ্য কাজে লাগিয়ে প্রচুর সংখ্যক সিকোয়েন্স হোমোলগ ছাড়াই প্রোটিন সিকোয়েন্সের মডেলিংয়ে দক্ষতা অর্জন করে। র্যাপ্টরএক্স সার্ভারটি প্রোটিন কাঠামো পূর্বাভাস পদ্ধতিতে অদক্ষ ব্যবহারকারীদের জন্য একটি ব্যবহারকারী-বান্ধব ইন্টারফেস নিশ্চিত করার জন্য ডিজাইন করা হয়েছে। র্যাপ্টরএক্স প্রকল্পটি 2008 সালে শুরু হয়েছিল এবং 2011 সালে র্যাপ্টরএক্স সার্ভার জনসাধারণের জন্য মুক্তি পায়। স্ট্যান্ডার্ড ব্যবহার র্যাপ্টরএক্স জমা দেওয়ার ফর্মে একটি প্রোটিন সিকোয়েন্স আটকানোর পরে, একজন ব্যবহারকারী সাধারণত একটি ভবিষ্যদ্বাণী সম্পূর্ণ করার জন্য কয়েক ঘন্টা (সিকোয়েন্স দৈর্ঘ্যের উপর নির্ভর করে) অপেক্ষা করবেন। ফলাফলের একটি ওয়েব পেজের লিঙ্ক সহ ব্যবহারকারীকে একটি ইমেল পাঠানো হয়। র্যাপ্টরএক্স সার্ভার বর্তমানে নিম্নলিখিত ফলাফলগুলি তৈরি করেঃ 3-অবস্থা এবং 8-অবস্থা গৌণ কাঠামো পূর্বাভাস, ক্রম-টেমপ্লেট প্রান্তিককরণ, 3ডি কাঠামো পূর্বাভাস, দ্রাবক অ্যাক্সেসিবিলিটি পূর্বাভাস, ব্যাধি পূর্বাভাস এবং বাইন্ডিং সাইট পূর্বাভাস। দৃশ্যমান পরীক্ষা সমর্থন করার জন্য পূর্বাভাসকৃত ফলাফলগুলি প্রদর্শিত হয়। ফলাফলের ফাইলগুলি ডাউনলোডের জন্যও উপলব্ধ। র্যাপ্টরএক্স সার্ভার কিছু কনফিডেন্স স্কোরও তৈরি করে যা পূর্বাভাসকৃত 3ডি মডেলের গুণমান নির্দেশ করে (তাদের সংশ্লিষ্ট স্থানীয় কাঠামোর অনুপস্থিতিতে)। উদাহরণস্বরূপ, এটি একটি থ্রিডি মডেলের আপেক্ষিক বৈশ্বিক মানের জন্য পি-মান, একটি থ্রিডি মডেলের পরম বৈশ্বিক মানের জন্য জিডিটি (গ্লোবাল ডিস্টেন্স টেস্ট) এবং ইউজিডিটি (অস্বাভাবিক-জিডিটি) এবং একটি থ্রিডি মডেলের প্রতিটি অবশিষ্টাংশে পরম স্থানীয় মানের জন্য প্রতি অবস্থান আরএমএসডি তৈরি করে। র্যাপ্টরএক্স-এর প্রয়োগ এবং কার্যকারিতার প্রয়োগগুলির মধ্যে রয়েছে প্রোটিন কাঠামোর পূর্বাভাস, কার্যকারিতার পূর্বাভাস, প্রোটিন ক্রম-কাঠামোর সারিবদ্ধকরণ, প্রোটিনের বিবর্তনীয় শ্রেণিবিন্যাস, সাইট-নির্দেশিত মিউটেজেনেসিস পরিচালনা এবং আণবিক প্রতিস্থাপনের মাধ্যমে প্রোটিন স্ফটিক কাঠামোর সমাধান। সিএএসপি9 ব্লাইন্ড প্রোটিন স্ট্রাকচার প্রেডিকশন পরীক্ষায়, র্যাপ্টরএক্স প্রায় 80টি স্বয়ংক্রিয় স্ট্রাকচার প্রেডিকশন সার্ভারের মধ্যে দ্বিতীয় স্থানে ছিল। র্যাপ্টরএক্স 50টি কঠিনতম সিএএসপি9 টিবিএম (টেমপ্লেট-ভিত্তিক মডেলিং) লক্ষ্যের জন্য সেরা সারিবদ্ধকরণও তৈরি করেছে। CASP10-এ, 15টি সবচেয়ে কঠিন CASP10 TBM লক্ষ্যমাত্রার জন্য শীর্ষ 10টি মানব/সার্ভার গ্রুপের মধ্যে র্যাপ্টরএক্স হল একমাত্র সার্ভার গ্রুপ। ইতিহাস র্যাপ্টরএক্স হল র্যাপ্টর প্রোটিন কাঠামো পূর্বাভাস ব্যবস্থার উত্তরসূরি। র্যাপ্টর ওয়াটারলু বিশ্ববিদ্যালয়ের ডাঃ জিনবো জু এবং ডাঃ মিং লি দ্বারা ডিজাইন এবং বিকাশ করা হয়েছিল। শিকাগোর টয়োটা টেকনোলজিক্যাল ইনস্টিটিউটের অধ্যাপক জিনবো জু-এর নেতৃত্বে একটি গবেষণা দল র্যাপ্টরএক্স-এর নকশা এবং বিকাশ করেছিল। আরও দেখুন প্রোটিন কাঠামোর পূর্বাভাস সিএএসপি প্রোটিন কাঠামোর পূর্বাভাস সফ্টওয়্যারের তালিকা তথ্যসূত্র বাহ্যিক লিঙ্কগুলি গঠন এবং কার্যকারিতার পূর্বাভাসের জন্য র্যাপ্টরএক্স ওয়েব সার্ভার সিএএসপি ওয়েবসাইট অন্যান্য কাঠামোগত বায়োইনফরম্যাটিক্স সফ্টওয়্যার স্ট্রাকচারাল বায়োইনফরম্যাটিক্স সফ্টওয়্যার গণনামূলক বিজ্ঞান